쟁점건물에 대한 수용보상금 산정시 감가상각이 반영되었으므로 그 취득가액에서 감가상각비를 차감하는 것은 이중차감에 해당한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2024.6.5. 경기도 OOO 및 OOO, 같은 시 OOO, 같은 시 OOO 소재 건물 총 1,123.15㎡(이하 “ 쟁점건물”이라 한다)를 공익사업 시행으로 인하여 A에 양도하고 수용보상금 OOO원을 지급받은 후 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 위 양도소득세 신고 내용을 검토한 결과, 청구인이 쟁점건물의 취득가액 산정 시 감가상각누계액을 차감하지 아 니함에 따라 취득가액이 과다하게 신고되었다고 보고 청구인에게 수정신고를 안내하였다.
• 다. 청구인은 이에 따라 쟁점건물의 취득가액에서 감가상각누계액을 차감하여 2024년 귀속 양도소득세를 수정신고하면서 OOO원을 추가납부하였다가 2025.7.10. 쟁점건물에 대한 수용보상금 산정 시 감가상각이 이미 반영되어 그 취득가액에서 감가상각누계액을 차감하는 것은 이중차감에 해당하므로 과다납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.
• 라. 처분청은 청구인의 위 경정청구를 검토한 결과, 소득세법 제97조 제3항에서 ‘사업소득금액 계산 시 필요경비로 산입한 금액이 있을 때에는 이를 공제한 금액을 취득가액으로 한다’고 규정하고 있으므로 쟁점건물의 취득가액에서 감가상각누계액을 차감하여야 한다고 보아 2025.9.9. 청구인의 경정청구 를 거부하였다.
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2025.12.1. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법 제97조 제3항 의 취득가액에서 감가상각비를 차감하는 규정은 일반적인 매매 시에 적용되는 것이고, 수용금액을 결정하는 경우 감정평가 시 감가상각비를 차감하고 수용보상금이 결정되므로 취득가액에서 감가상각비를 차감하는 것은 이중 차감에 해당한다.
• 나. 처분청 의견

(1) 감가상각비의 취득가액 차감은 세법상 당연한 규정이다. 「소득세법은 감가상각대상 자산에 대하여 감가상각비 상당액을 사업소득의 필요경비로 인정함과 동시에 해당 금액을 자산의 취득가액에서 차감하도록 규정하고 있는바, 이는 자산의 사용·노후에 따른 가치 감소분을 각 사업연도의 비용으로 분산시키고, 자산 처분 시에는 감각상각 후의 잔존가액을 기준으로 양도차익을 계산함으로써 감가상각비가 중복공제되는 것을 방지하기 위한 제도이다. 쟁점건물의 취득가액에서 감가상각비 상당액을 차감하여 양도차익을 산정한 것은 위 규정을 그대로 적용한 것으로, 이를 배제할 법적 근거가 없다.

(2) 건물 감정평가 시 감가상각을 반영하는 것은 양도가액 산정의 요소일 뿐 세법상 취득가액 조정과는 별개의 사안이다. 세법은 감가상각비를 필요경비로 인정함과 동시에 취득가액에서 차감하도록 규정 하고 있고 이를 통하여 이중공제를 방지하고 있는데, 보유기간(사업기간) 중 감가상각비 상당액이 필요경비로 이미 공제되었음에도 자산 처분 시 이를 공제하지 아니한다면 당초 취득가액이 계속 유지되어 양도차익이 과소하게 산정되는 결과를 초래하고, 이는 오히려 부동산을 사업용으로 취득하지 않은 납세자들과 비교하여 조세형평을 해치게 된다.

• 가. 쟁 점 쟁점건물에 대한 수용보상금 산정 시 감가상각이 반영되었으므로 그 취득가액에서 감가상각비를 차감하는 것은 이중차감에 해당한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 소득세법 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. 제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 처분청의 안내에 따라 쟁점건물의 취득가액에서 감가상각누계액을 차감하여 2024년 귀속 양도소득세를 수정신고하면서 OOO원을 추가납부하였다가 2025.7.10. 아래 <표1>과 같이 쟁점건물에 대한 수용보상금 산정 시 감가상각이 이미 반영되어 그 취득가액에서 감가상각누계액을 차감하는 것은 이중차감에 해당한다고 주장하면서 과다납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다. <표1> 경정청구 내역

○○○

(2) 처분청은 청구인의 위 경정청구를 검토한 결과, 쟁점건물의 취득가액에서 감가상각누계액을 차감함이 타당하다고 보아 청구인의 경정청구 를 거부하였는바, 처분청의 경정청구처리결과통지서에 기재되어 있는 처리사유는 다음과 같다. 처리 사유 소득세법 제97조 제3항 에 의하면 사업소득금액 계산 시 필요경비로 산입한 금액이 있을 때에는 이를 공제한 금액을 취득가액으로 한다고 규정되어 있는바, 수용 시 감가상각누계액을 고려하여 감정평가하였으니 취득가액에서 감가상각누계액을 차감하지 않아야 한다는 청구주장은 이유 없으므로 본 경정청구 기각합니다.

(3) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 국세청의 국세통합시스템에 의하면, 청구인은 2012.1.1. 쟁점건물을 사업장 소재지로 하고 부동산임대업을 업종으로 하여 사업자등록을 하였다가 2024.5.21. 폐업신고를 한 것으로 나타난다. (나) 청구인이 이 건 양도소득세 신고 시 적용한 쟁점건물의 환산취득가액 및 전기말상각누계액은 아래 <표2>와 같다. <표2> 취득가액 및 전기말상각누계액

○○○ (다) 그 밖에 청구인의 종합소득세 신고서에 의하면, 청구인은 사업소득금액 산정 시 쟁점건물에 대한 감가상각비를 계속적으로 필요경비로 계상한 것으로 나타난다. (라) 청구인은 쟁점건물의 수용보상금 산정 시 감가상각이 반영되었음에도 취득가액에 감가상각누계액을 차감하는 것은 이중차감에 해 당한다고 주장하며 다음과 같은 ‘감정평가액 산출 내역’을 제시하였는데, 동 자료에 따르면 A OOO본부장은 ㈜B 및 ㈜C에 의뢰하여 쟁점건물을 감정평가한 것으로 나타난다.

○○○ (4) 소득세법 제97조 제3항 은 양도소득의 필요경비 계산 시 감가상각비의 이중공제 배제 등을 명확화하기 위하여 2010.12.27. 법률 제10408호로 개정되었는바, 그 주요 내용은 다음과 같다.

• 가. 개정취지 ◦ 납세자가 선택한 경우 객관적으로 확인가능한 필요경비만으로 소득금액을 계산할 수 있는 근거 마련 ◦ 사업소득의 필요경비로 산입된 감가상각비가 양도소득의 필요경비로 이중 공제되지 않도록 명확히 규정
• 나. 개정내용 종전 개정

□ 사업소득의 필요경비에 산입된 감가상각비의 양도소득금액 계산시 취득가액에서 차감 여부 ◦ 취득가액으로 실지거래가액을 적용하는 경우: 차감 ◦ 취득가액으로 매매사례가액·감정 가액·환산가액을 적용하는 경우: 차감하지 않음

□ 감가상각비의 필요경비 이중공제 배제 ◦ (좌 동) ◦ 취득가액으로 매매사례가액·감정 가액·환산가액을 적용하는 경우: 차감함 다. 적용시기 및 적용례 ◦ 2011.1.1. 이후 신고분부터 적용 ◦ 2011.1.1. 이후 양도분부터 적용 (5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물에 대한 수용보상금 산정 시 감가상각이 반영되었으므로 그 취득가액에서 감가상각비를 차감하는 것은 이중차감에 해당한다고 주장하나, 소득세법 제97조 제3항 은 ‘양도자산의 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다’고 규정하고 있는바, 청구인이 쟁점건물을 부동산임대업에 공하면서 사업소득금액 계산 시 이미 감가상각비를 필요경비에 산입한 것으로 확인되므로 (환산)취득가액에서 이를 차감하지 아니할 경우 양도소득금액이 과소 하게 계산되어 이중의 혜택을 받는 결과에 이르는 점, 쟁점건물의 양도 당시 시가 산정을 위하여 감정평가를 실시하면서 감가상각을 반영하였다는 사실이 취득가액에 영향을 줄 수 없고, 이는 대상물건에 대한 물리적 감가, 기능적 감가 또는 경제적 감가 등을 고려하여 쟁점건물을 적정하게 감정하기 위한 방법의 일환으로 보이는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.