[요지] 첨단기술지정 주무부처는 첨단기술기업 지정의 유효기간이 경과하면 그 효력은 당연소멸하여 소급하여 재지정은 어렵다고 답변하였는바, 청구법인의 귀책 없는 상황에 따른 결과라 하더라도, 유효기간 만료일에 소급하여 첨단기술기업의 지위를 인정하는 것은 법적 근거가 없어 받아들이기 어려움
[요지] 첨단기술지정 주무부처는 첨단기술기업 지정의 유효기간이 경과하면 그 효력은 당연소멸하여 소급하여 재지정은 어렵다고 답변하였는바, 청구법인의 귀책 없는 상황에 따른 결과라 하더라도, 유효기간 만료일에 소급하여 첨단기술기업의 지위를 인정하는 것은 법적 근거가 없어 받아들이기 어려움
[참조결정] 조심2021부5503
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 건 쟁점과 관련하여 청구법인이 주장하는 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2020.11.25. 첨단기술기업 지정 만료가 예정되어 그 전인 2020.10.21. 산업통상자원부장관에게 첨단기술제품 신청서를 제출하였고, 산업통상자원부장관이 2020.11.16. 첨단기술제품확인서를 발급함에 따라 이를 포함한 첨부서를 구비하여 첨단기술기업 지정 만료일 이전인 2020.11.23.에 과학기술정보통신부장관에게 첨단기술기업 지정 신청서를 제출하였다. (나) 그러나 청구법인의 귀책사유 없이 첨단기술기업 지정을 위한 기술보증기금의 현장평가가 코로나 바이러스 감염증-19 범유행(이하 “코로나 사태”라 한다)에 시행된 사회적 거리두기로 인하여 2021.1.26.에서야 실시되었고 과학기술정보통신부장관의 첨단기술기업 지정도 늦어져서 2021.3.3.에서야 첨단기술기업 지정서를 발급받을 수 있었다. (다) 청구법인의 첨단기술기업 지정과 관련한 일련의 경위는 아래와 같다. ＜청구법인 주장 첨단기술기업 지정 관련 경위＞
(2) 쟁점감면의 적용을 배제한 이 건 부과처분은 국세기본법 제18조의 소급과세 금지의 원칙에 위배된다. (가) 청구법인은 2020사업연도 법인세 신고 당시 조특법(2018.12.24. 법률 제16009호로 일부 개정된 것) 제12조의2 제1항에 따른 첨단기술기업 지정기한 2021.12.31. 이전인 2021.3.3.에 첨단기술기업으로 지정받았으므로 동 법률에 따른 감면요건을 충족하였을 뿐만 아니라, 2020년에 납세의무가 성립하여 신고ㆍ납부한 법인세 감면에 대하여 처분청이 2023.2.28.에 신설된 조특법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33264호로 일부 개정된 것)을 적용하여 과세한 것은 국세기본법 제18조의 소급과세 금지의 원칙에 위배되므로 이 건 법인세 부과처분은 취소되어야 한다. (나) 청구법인이 2020사업연도 법인세 신고 당시 조특법 제12조의2 제1항 및 제2항 등에 따른 연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 법인세 등의 감면 대상을 요약하면, 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제2조 제1호에 따른 연구개발특구에 입주한 기업으로서 같은 법 제9조 제1항에 따라 2021.12.31.까지 지정을 받은 첨단기술기업이 감면대상사업장에서 산업통상자원부장관이 고시한 첨단기술 및 첨단제품과 관련된 사업을 하는 경우 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있다. (다) 처분청은 위 법인세 감면요건 중에 아무런 법적근거도 없이 청구법인이 2020.12.31. 기준으로 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제9조 제1항에 따른 첨단기술기업 지정이 만료되어 요건을 충족하지 못하였다는 의견이나, 2020사업연도 법인세 신고 당시 조특법 제12조의2 제2항 제1호에서는 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제9조 제1항에 따라 2021년 12월 31일까지 지정을 받은 첨단기술기업을 감면요건으로 명확하게 규정하고 있고, 별도로 대통령령에 위임을 한 내용이 없다. (라) 즉, 청구법인은 첨단기업지정 만료일 이전인 2020.11.23. 적법하게 과학기술정보통신부장관에게 첨단기술기업 지정신청을 하였고, 과학기술정보통신부장관은 코로나 사태로 인한 부득이한 사정으로 지정이 늦어지긴 하였으나 신고 당시 조특법 제12조의2 제2항 제1호상의 만료기한인 2021.12.31.보다 전인 2021.3.3.에 첨단기술기업 지정서를 발급하였으므로 청구법인은 위 법인세 감면요건을 충족하였다. (마) 조특법(2022.12.31. 법률 제19199호로 일부 개정된 것) 제12조의2 제2항 단서 및 같은 법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33264호로 일부 개정된 것) 제12조의2 제2항 제3호가 신설되어 첨단기술기업 지정의 유효기간이 만료된 경우를 법인세 감면대상에서 제외하도록 규정하였는데, 동 법령은 당초의 법령의 취지를 명확히 한 것이므로 청구법인이 2020년 말 기준으로 첨단기술기업 지정이 만료되어 동 법률에 따른 감면대상이 아니라고 보더라도, 이는 명백한 국세기본법 제18조에 따른 ‘소급과세금지의 원칙’ 위배로 위법하다. (바) 신고 당시 조특법 제12조의2 제2항에는 단서 없이 감면내용만 규정되어 있었다가 개정 조특법 제12조의2 제2항 단서에 제1항 제1호 또는 제2호에 따른 지정 또는 등록이 취소되는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다는 규정을 신설(부칙에서 별도의 경과규정 없이 일반적 적용례인 2023년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도부터 적용되는 것으로 규정)하였고, 개정 조특법 시행령 제12조의2 제2항 제3호는 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 시행령 제12조의4 제3항에 따른 첨단기술기업 지정의 유효기간이 만료된 경우. 다만, 유효기간 만료일이 속하는 과세연도 종료일 현재 첨단기술기업으로 재지정된 경우는 제외한다는 각 호를 신설(부칙에 별도의 경과규정 없이 개정 조특법 시행 이후 개시하는 과세연도부터 적용하는 것으로 규정)하였는바, 개정 조특법과 부칙, 개정 조특법 시행령과 부칙 모두 명백하게 개정 조특법 시행 이후 개시하는 과세연도부터 적용한다고 규정하고 있다. (사) 이와 같이 개정 조특법 및 개정 조특법 시행령은 소급입법을 하지 아니하였음이 명백함에도, 처분청은 자의적으로 2020년 말에 성립된 법인세에 대하여 2023년에 개정된 조특법령을 적용하여 법인세 감면을 배제하여 이 건 법인세를 부과한 것은 명백한 소급과세 금지의 원칙을 위반한 것이다.
(3) 청구법인의 첨단기술기업 지위는 2021.3.3. 재지정을 받아 다시 시작된 것이 아니라, 2016년부터 2023년도까지 계속해서 유지되는 것으로 보아야 한다. (가) 청구법인은 첨단기술기업 지정이 2020.11.25. 만료되기 전에 적법절차에 따라 재지정을 받기 위한 절차에 신속하게 들어갔으나 관계부처의 업무처리 지연 및 코로나 사태로 인한 사회적 거리두기 등으로 인하여 청구법인의 의사와는 관계없이 2021.3.3. 재지정을 받은 것으로, 청구법인이 첨단기술기업의 지위는 2020사업연도 말 중지되었다가 2021.3.3. 재지정을 받아 다시 시작된 것이 아니고, 2016년부터 2023년도까지 계속 유지되는 것으로 보아야 한다. (나) 이는 2019.9.3. 산업통상자원부장관으로부터 이미 지정받은 첨단기술제품 확인서와 재지정을 위해 2020.11.16. 받은 첨단기술제품 확인서의 장비 및 기술이 동일함을 보면 알 수 있으며, 청구법인이 첨단기술기업 지정 재연장과 관련하여 당시 연구개발특구에 문의한 결과, 2019년 10월부터 2020년 9월까지의 매출자료를 토대로 작성해야 하므로 2020.10.25. 부가가치세 신고가 종료된 이후에 그 자료를 토대로 자료를 작성해서 신청하여야 하므로 청구법인은 2020년 3/4분기 부가가치세 신고를 신속하게 신고하고 2020.10.21. 첨단기술제품 확인신청서를 산업통상자원부장관에 신청한 것이다. (다) 첨단기술제품 확인신청서 처리기간은 14일이나 해당관청은 그 처리기간을 경과하여 2020.11.16. 첨단기술제품 확인서를 발급하였으며, 이를 첨부하여 과학기술정보통신부장관에 첨단기술기업 지정신청서를 제출하였으나 그 처리기간은 40일이었고 청구법인은 신속하게 지정신청서를 처리하여 재지정해달라고 유선으로 수차례 요청하였으나, 그 당시 코로나 사태로 인하여 해당부처는 대면접촉 등 모든 일정이 지연되어 그로 인하여 40일 내에 현장평가실사를 실시하지도 아니하였는데, 2021.1.26.에서야 현장평가를 실시하고 2021.3.3. 첨단기술기업 지정서가 발급되게 되었다. (라) 이는 해당관청의 처리지연뿐만 아니라, 당시 코로나 사태로 인하여 행정처리가 지연될 수밖에 없었던 것으로 청구법인의 의사 및 재지정을 받기 위한 노력과는 전혀 관계가 없이 지연된 것이다. (마) 청구법인은 신속한 적법절차에 따라 신청하였으나 관계부처의 업무처리 지연 및 코로나 사태로 인하여 늦게 발급된 것으로 이는 청구법인이 어떻게 날짜를 조절할 수 있는 상황이나 위치에 있지 아니한 것인데, 따라서 단순히 2020.12.31. 첨단기술기업 지정이 연장되지 아니하였다고 하여 청구법인이 첨단기술기업의 지위나 그 역할이 취소된 것이 아니므로 청구법인은 2016년부터 2023년까지 변함없이 첨단기술기업이 계속 유지된 것으로 보아야 할 것이며, 실질과세의 원칙에 의거 첨단기술기업이 2020년 말에도 실질적으로 유지된 것으로 보아야 함이 타당하다. (바) 개정 조특법 시행령 제11조의2 제2항 제3호 단서에는 유효기간 만료일이 속하는 과세연도 종료일 현재 첨단기술기업으로 재지정된 경우는 제외한다고 규정하여 감면배제의 예외사유, 즉 감면대상으로 보고 있고 개정 조특법 시행령의 취지를 감안하더라도 청구법인은 2016년부터 2023년까지 첨단기술기업 요건을 유지한 것으로 보아야 한다.
(4) 쟁점감면의 적용을 배제한 이 건 부과처분은 조세형평을 심각히 침해하고 조세공평주의에 위반한 것이다. (가) 일반적으로 첨단기술기업 재지정에 소요되는 기간은 산업통상자원부에 첨단기술제품 확인신청을 하고(처리기한 14일), 확인서를 발급받아 첨단기술기업 지정신청을 하여(처리기한 40일) 그 지정을 받는 데는 소관부처의 규정된 행정처리 기간만 54일에 해당하나 당시 코로나 사태로 인하여 실제적으로는 약 5개월 이상이 소요되었던 것이 실제 상황이었다. (나) 이것은 청구법인과 같이 4/4분기에 재지정 신청에 들어가면 예외없이 해당 사업연도 말에는 첨단기술기업 지정을 받을 수 없는 구조가 되는 것으로 이러한 경제현실을 외면한 채, 단지 과세연도 종료일 현재 청구법인이 첨단기술기업으로 재지정 되지 아니하였다고 하여 쟁점감면을 배제하는 것은 조세형평을 심각히 침해하는 위법한 처분이다. (다) 이러한 현실을 감안하면, 상반기에 첨단기술기업 유효기간이 만료되는 기업은 재지정신청을 하여 그 사업연도 말에는 첨단기술기업 재지정이 되어 법인세 감면이 가능하나, 청구법인처럼 하반기에 첨단기술기업 유효기간이 만료되는 기업, 특히 4/4분기에 그 지정이 만료되는 청구법인과 같은 기업은 사업연도 말에 코로나 사태로 인하여 물리적으로 첨단기술기업 재지정을 받을 수 없는 상황에 처한 것이고 이에 법인세 감면이 불가능하다고 하면 이는 국세기본법 제18조 제1항에 따른 이른바 조세공평주위에 위반한 것이다.
(5) 청구법인은 항변서를 통하여 다음과 같이 처분청의 의견을 반박한다. (가) 청구법인의 2020사업연도 법인세 신고 당시에 시행 중이었던 2018.12.24. 법률 제16009호로 일부 개정된 조특법 제12조의2 제1항에서는 연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 쟁점감면의 요건을, 제2항에서는 쟁점감면의 기간 및 감면율을 규정하고 있었으며, 이 중에 조특법 제12조의2 제1항에 따른 쟁점감면 요건은 ①연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제2조 제1호에 따른 연구개발특구에 입주한 기업으로, ②같은 법 제9조 제1항에 따라 2021.12.31.까지 첨단기술기업으로 지정을 받고, ③감면대상사업장에서 산업통상자원부장관이 고시한 첨단기술 및 첨단제품과 관련된 사업을 하는 경우이다. (나) 청구법인은 2016사업연도부터 2019사업연도까지 4개 사업연도에 위 쟁점감면의 요건을 충족하여 계속해서 감면을 받아 왔고, 감면의 마지막 사업연도인 2020사업연도의 경우에도 코로나 사태로 불가피하게 늦어지긴 하였지만 2021.12.31. 이전인 2021.3.3.에 첨단기술기업으로 재지정받아 쟁점감면의 요건을 충족하였는데, 그럼에도 불구하고 처분청은 조특법령에서 규정하지도 아니한 2020.12.31.까지 첨단기술기업으로 재지정받지 못하였으므로 청구법인이 2020사업연도의 쟁점감면의 요건을 충족하지 못하였다는 의견으로 보이나, 이에 대한 답변내용은 답변서 어디에도 있지 아니하다. (다) 처분청이 제시한 조심 2021부5503, 2022.10.18., 부산지방법원 2023.9.14. 선고 2023구합20103 판결은 조세심판원에서 기각되고 부산지방법원에 행정소송을 제기한 것으로 이 건과 동일한 사실관계이나, 위 선결정례 사례는 쟁점감면의 5번째 사업연도인 2019년에 첨단기술기업 지정에 만료되고 관할부처에 재지정 신청을 하였으나 지정요건 중 연간 총매출액 대비 일정비율 이상 연구개발비 사용조건을 충족하지 못하여 첨단기술기업으로 재지정을 받지 못한 데 반하여, 청구법인은 모든 쟁점감면의 요건을 충족하고 첨단기술기업 지정 만료일 2020.11.16. 이전인 2020.10.21.에 첨단기술ㆍ제품 신청서를, 2020사업연도 만료일 이전인 2020.11.23. 첨단기술기업 지정신청서를 제출하였음에도 코로나 사태로 인한 현장확인의 어려움으로 산업통상자원부장관의 첨단기술ㆍ제품 신청 확인과 과학기술정보통신부장관의 첨단기술기업 지정이 늦어졌을 뿐이며, 처분청이 제시한 선결정례는 해당 사업연도에 첨단기술기업 지정요건을 충족하지 못하여 그 이후에도 지정을 받지 못한 반면에, 청구법인은 해당 사업연도에 첨단기술기업 지정요건을 충족하였을 뿐만 아니라 실제 첨단기술기업으로 지정받은 본질적인 차이가 있다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인이 주장하는 청구법인의 첨단기술기업 지정과 관련한 일련의 경위는 아래와 같으며, 청구법인은 코로나 사태로 인하여 산업통상자원부장관의 첨단기술ㆍ제품 신청 확인과 과학기술정보통신부장관의 첨단기술기업 지정이 늦어졌다고 주장한다. ＜청구법인 주장 첨단기술기업 지정 관련 경위＞ (나) 청구법인은 아래와 같이 ‘실리콘 웨이퍼 결함 IR 검사장비(Silicon Wafer IR Inspection System)’로 2018.11.26. 과학기술정보통신부장관으로부터 첨단기술기업으로 지정(유효기간 2018.11.26.∼2020.11.25.)받은 것으로 나타난다. ＜청구법인 첨단기술기업 지정서(2018.11.26.)＞ (다) 청구법인은 2018.11.26. 과학기술정보통신부장관으로부터 지정받은 첨단기술기업(유효기간 2018.11.26.∼2020.11.25.)의 유효기간이 만료되기 전인 2020.10.21. 종전과 동일하게 ‘실리콘 웨이퍼 결함 IR 검사장비(Silicon Wafer IR Inspection System)’로 첨단기술ㆍ제품 확인 신청서를 제출하고 2020.11.16. 산업통산자원부장관으로부터 첨단기술ㆍ제품 확인서를 발급받았으며, 2020.11.23. 첨단기술기업 지정 신청서를 제출하여 2020사업연도를 경과한 2021.3.3. 과학기술정보통신부장관으로부터 첨단기술기업 지정서를 발급받은 것으로 나타난다. ＜청구법인 첨단기술ㆍ제품 확인서(2020.11.16.)＞ ＜청구법인 종전 첨단기술기업 지정서(2018.11.26.)＞ ＜청구법인 첨단기술기업 지정신청서(2020.11.23.)＞ ＜청구법인 첨단기술기업 지정서(2021.3.3.)＞ (라) 청구법인은 코로나 사태에 시행된 사회적 거리두기에 기인하여 첨단기술기업 지정을 위한 기술보증기금의 첨단기술기업 현장평가가 아래와 같이 2021.1.26.에서야 실시되었고 과학기술정보통신부장관의 첨단기술기업 지정도 늦어져서 2021.3.3.에서야 첨단기술기업 지정서를 발급받을 수 있었으며, 이 과정에서 청구법인의 귀책사유는 없다고 주장한다. ＜기술보증기금 메일(2021.1.22.)＞ (마) 대전지방국세청장은 첨단기술기업 지정에 관하여 주무부처인 과학기술정보통신부에 문의한 결과, 첨단기술기업 지정의 유효기간이 지나면 그 효력은 당연히 소멸한다고 보아야 하고 재지정 시에 유효기간 시작일을 만료일의 다음날로 정정하는 소급 발급은 불가하다는 취지의 답변을 2025.9.16. 공문으로 회신(지역과학기술진흥과-2336, 2025.9.16.)받은 것으로 확인된다. ＜과학기술정보통신부 첨단기술기업 재지정 시 유효기간 문의에 대한 답변(지역과학기술진흥과-2336, 2025.9.16.) 일부＞
(2) 이 건 쟁점감면과 관련하여 조특법령의 신설과 개정내용 및 개정이유 등은 다음과 같다. (가) 연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면 규정에 따른 쟁점감면은 2006.12.30. 법률 제8146호로 일부 개정된 조특법 제12조의2 및 2007.2.28. 대통령령 제19888호로 일부 개정된 같은 법 시행령 제11조의3에서 신설되었는데, 기획재정부가 발간한 2006년 간추린 개정세법에서 설명하는 그 개정내용 및 개정이유 등은 아래와 같다. ＜조특법 제12조의2 및 같은 법 시행령 제11조의3 개정내용 및 개정이유＞ (나) 첨단기술기업 지정 유효기간 만료 등 일정한 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 쟁점감면을 적용하지 아니하는 내용을 규정한 조특법(2022.12.31. 법률 제19199호로 일부 개정된 것) 제12조의2 제2항 단서 및 같은 법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33264호로 일부 개정된 것) 제11조의2 제2항의 신설과 관련하여 기획재정부가 발간한 2022년 간추린 개정세법에서 설명하는 그 개정내용 및 개정이유는 아래와 같다. ＜조특법 제12조의2 제2항 단서 등 개정내용 및 개정이유＞ ＜조특법(2022.12.31. 법률 제19199호로 일부 개정된 것) 제12조의2 제2항 단서 및 조특법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33264호로 일부 개정된 것) 제11조의2 제2항＞
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 청구법인은 2022.12.31. 법률 제19199호로 일부 개정된 조특법 제12조의2 제2항 단서 및 2023.2.28. 대통령령 제33264호로 일부 개정된 같은 법 시행령 제11조의2 제2항의 신설 규정을 근거로 청구법인에 쟁점감면을 배제한 것은 국세기본법 제18조의 소급과세 금지의 원칙에 위배된다고 주장하나, 조특법 제12조의2 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제11조의2 제2항의 신설 규정은 그 개정 취지 등이 세액감면 종료시점 명확화라고 나타나는 점, 쟁점감면 규정은 최소 5개 과세연도 이상의 기간에 대한 감면 규정의 개정임에도 위 신설 규정의 부칙(제19199호, 2022.12.31.)에 이에 대한 별다른 경과규정 없이 바로 시행하도록 규정한 점, 쟁점감면 제도는 최초 도입 시부터 세제 지원의 대상을 대덕연구개발특구 내 연구소기업 및 첨단기술기업으로 한정한 점, 기간과세 세목인 법인세의 납세의무 성립일에 첨단기술기업이 아니라면 법인세를 감면받을 수 없다고 해석하는 것이 타당한 점 등을 종합하면, 위 신설 규정은 쟁점감면에 관한 새로운 요건을 창설하였다기보다는 조특법령상 쟁점감면의 요건을 명확히 하기 위한 확인적 성격의 규정으로 봄이 합리적인 점, 청구법인이 조특법 제12조의2 제2항 단서 신설 이전 조문의 감면대상 첨단기술기업에 해당하는지를 보면, 제1항 및 제2항에서 연구개발특구의 육성에 관한 특별법에 따라 지정을 받은 첨단기술기업이 감면대상사업에서 발생하는 소득에 대하여 최초로 소득이 발생하는 과세연도부터 3년은 100%, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 50%에 상당하는 법인세를 감면하도록 규정하고 있는바, 여기서 감면 혜택의 대상은 첨단기술기업의 감면대상사업에서 발생하는 소득으로 보는 것이 타당하고, 법인세는 기간과세로서 과세요건이나 감면요건 등은 납세의무 성립일인 사업연도 종료일을 기준으로 판단하여야 하므로 사업연도 종료일 현재 첨단기술기업에 해당하여야만 법인세 감면이 가능하다고 해석하는 것이 합리적인 점(부산고등법원 2024.11.8. 선고 2023누22870 판결 참고) 등에 비추어, 청구법인은 첨단기술기업 지정 유효기간이 2020.11.25. 만료되어 2020사업연도 종료일에는 첨단기술기업에 해당한 것으로 보기 어렵다 할 것이다. (나) 또한, 청구법인은 첨단기술기업으로 재지정을 받은 2021.3.3.부터 그 지위가 다시 시작된 것이 아니라, 사실상 2016년부터 2023년도까지 첨단기술기업으로서의 지위가 계속해서 유지되는 것으로 보아 청구법인에 쟁점감면을 적용하여야 한다고 주장하나, 첨단기술기업 지정의 유효기간은 2년인데, 그 유효기간을 2년으로 둔 것은 첨단기술기업으로 지정받은 기업이라 하더라도 이후 지속적으로 연구개발사업에 재투자하여 첨단기술기업으로 재지정받을 수 있도록 유도하기 위한 것으로 보이는 점, 첨단기술기업 지정 주무부처인 과학기술정보통신부는 첨단기술기업 지정의 유효기간이 경과하면 그 효력은 당연히 소멸한다고 보아야 하고 재지정이 되는 경우에는 이를 만료일에 소급하여 지정하기는 어렵다고 답변(지역과학기술진흥과-2336, 2025.9.16.)한 점, 비록 청구법인이 2020.10.21.부터 관련부처들에 첨단기술ㆍ제품신청서 제출 및 첨단기술기업 지정신청서를 제출하였음에도 코로나 사태로 인하여 관련부처들이 처리기한을 초과하여 2020사업연도 이후인 2021.3.3. 첨단기술기업 지정서를 발급하였다 하더라도, 청구주장대로 이를 유효기간 만료일에 소급하여 첨단기술기업의 지위를 인정하는 것은 아무런 근거가 없는 것으로서 행정의 일관성 및 신뢰성 등을 고려할 때 청구주장을 받아들이기 어려워 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 감사원의 시정요구에 따라 쟁점감면의 적용을 배제하여 청구법인에게 2020사업연도 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등
(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.
④ 삭제 ＜1993.12.31＞
⑤ 세법 외의 법률 중 국세의 부과·징수·감면 또는 그 절차에 관하여 규정하고 있는 조항은 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때에는 세법으로 본다.
(2) 조세특례제한법 (가) 2015.12.15. 법률 제13560호로 일부 개정된 것 제12조의2(연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면) ① 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제2조 제1호에 따른 연구개발특구에 입주한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 구역의 사업장(이하 이 조에서 "감면대상사업장"이라 한다)에서 생물산업ㆍ정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업(이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)을 하는 경우에는 제2항부터 제6항까지의 규정에 따라 소득세 또는 법인세를 감면한다.
1. 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제9조 제1항에 따라 2018년 12월 31일까지 지정을 받은 첨단기술기업
2. 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제9조의3 제2항에 따라 2018년 12월 31일까지 등록한 연구소기업
② 제1항에 따른 요건을 갖춘 기업의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해서는 해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(지정을 받은 날 또는 등록한 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 감면대상사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
③ 제2항이 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세의 총합계액이 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 초과하는 경우에는 그 합한 금액을 한도(이하 이 조에서 "감면한도"라 한다)로 하여 세액을 감면한다.
1. 대통령령으로 정하는 투자누계액의 100분의 50
2. 다음 각 목의 금액 중 적은 금액
④ 제2항에 따라 각 과세연도에 감면받을 소득세 또는 법인세에 대하여 감면한도를 적용할 때에는 제3항 제1호의 금액을 먼저 적용한 후 같은 항 제2호의 금액을 적용한다.
⑤ 제3항 제2호를 적용받아 소득세 또는 법인세를 감면받은 기업이 감면받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수가 감면받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.
⑥ 제3항 및 제5항을 적용할 때 상시근로자의 범위, 상시근로자 수의 계산방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
⑦ 제2항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (나) 2016.12.20. 법률 제14390호로 일부 개정된 것 제12조의2(연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면) ① 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제2조 제1호에 따른 연구개발특구에 입주한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 구역의 사업장(이하 이 조에서 "감면대상사업장"이라 한다)에서 생물산업ㆍ정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업(이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)을 하는 경우에는 제2항부터 제6항까지의 규정에 따라 소득세 또는 법인세를 감면한다.
1. 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제9조 제1항에 따라 2018년 12월 31일까지 지정을 받은 첨단기술기업
2. 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제9조의3 제2항에 따라 2018년 12월 31일까지 등록한 연구소기업
② 제1항에 따른 요건을 갖춘 기업의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해서는 해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(지정을 받은 날 또는 등록한 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 감면대상사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
③ 제2항이 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세의 총합계액이 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액을 초과하는 경우에는 그 합한 금액을 한도(이하 이 조에서 "감면한도"라 한다)로 하여 세액을 감면한다. 다만, 대통령령으로 정하는 서비스업(이하 이 조에서 "서비스업"이라 한다)을 영위하는 경우로서 해당 서비스업에서 발생한 소득에 대하여 제2항이 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세 총합계액이 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액과 제3호의 금액 중 큰 금액을 초과하는 경우에는 그 큰 금액을 한도로 하여 세액을 감면할 수 있다.
1. 대통령령으로 정하는 투자누계액의 100분의 50
2. 다음 각 목의 금액 중 적은 금액
3. 다음 각 목의 금액 중 적은 금액
④ 제2항에 따라 각 과세연도에 감면받을 소득세 또는 법인세에 대하여 감면한도를 적용할 때에는 제3항 제1호의 금액을 먼저 적용한 후 같은 항 제2호의 금액을 적용한다.
⑤ 제3항 제2호 또는 제3호를 적용받아 소득세 또는 법인세를 감면받은 기업이 감면받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수가 감면받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.
⑥ 제3항 및 제5항을 적용할 때 상시근로자의 범위, 상시근로자 수의 계산방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
⑦ 제2항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.
⑧ 제3항 각 호 외의 부분 단서에 따라 서비스업에 대한 한도를 적용받는 기업은 제143조를 준용하여 서비스업과 그 밖의 사업을 각각 구분하여 경리하여야 한다. (다) 2018.12.24. 법률 제16009호로 일부 개정된 것 제12조의2(연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면) ① 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제2조 제1호에 따른 연구개발특구에 입주한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 구역의 사업장(이하 이 조에서 "감면대상사업장"이라 한다)에서 생물산업ㆍ정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업(이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)을 하는 경우에는 제2항부터 제6항까지의 규정에 따라 소득세 또는 법인세를 감면한다.
1. 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제9조 제1항에 따라 2021년 12월 31일까지 지정을 받은 첨단기술기업
2. 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제9조의3 제2항에 따라 2021년 12월 31일까지 등록한 연구소기업
② 제1항에 따른 요건을 갖춘 기업의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해서는 해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(지정을 받은 날 또는 등록한 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 감면대상사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
③ 제2항이 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세의 총합계액은 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액을 한도(이하 이 조에서 "감면한도"라 한다)로 한다.
1. 대통령령으로 정하는 투자누계액의 100분의 50
2. 해당 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수 × 1천5백만원[청년 상시근로자와 대통령령으로 정하는 서비스업(이하 이 조에서 "서비스업"이라 한다)을 하는 감면대상사업장의 상시근로자의 경우에는 2천만원]
3. 삭제 ＜2018.12.24＞
④ 제2항에 따라 각 과세연도에 감면받을 소득세 또는 법인세에 대하여 감면한도를 적용할 때에는 제3항 제1호의 금액을 먼저 적용한 후 같은 항 제2호의 금액을 적용한다.
⑤ 제3항 제2호를 적용받아 소득세 또는 법인세를 감면받은 기업이 감면받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수가 감면받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.
⑥ 제3항 및 제5항을 적용할 때 상시근로자 및 청년 상시근로자의 범위, 상시근로자 수의 계산방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
⑦ 제2항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.
⑧ 제3항 제2호에 따라 서비스업에 대한 한도를 적용받는 기업은 제143조를 준용하여 서비스업과 그 밖의 사업을 각각 구분하여 경리하여야 한다. (라) 2022.12.31. 법률 제19199호로 일부 개정된 것 제12조의2(연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면) ① 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제2조 제1호에 따른 연구개발특구에 입주한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 구역의 사업장(이하 이 조에서 "감면대상사업장"이라 한다)에서 생물산업ㆍ정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업(이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)을 하는 경우에는 제2항부터 제8항까지의 규정에 따라 소득세 또는 법인세를 감면한다.
1. 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제9조제1항에 따라 2023년 12월 31일까지 지정을 받은 첨단기술기업
2. 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제9조의3제2항에 따라 2023년 12월 31일까지 등록한 연구소기업
② 제1항에 따른 요건을 갖춘 기업의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해서는 해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(지정을 받은 날 또는 등록한 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 감면대상사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항 제1호 또는 제2호에 따른 지정 또는 등록이 취소되는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다. ※ 부칙 ＜법률 제19199호, 2022.12.31.＞ 제1조(시행일) 이 법은 2023년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 해당 호에서 정한 날부터 시행한다.
1. 제72조 제1항의 개정규정 중 “기업업무추진비”의 개정부분, 같은 조 제6항의 개정규정, 제136조 제목 및 같은 조 제2항의 개정규정, 같은 조 제3항의 개정규정 중 “기업업무추진비” 및 “기업업무추진비 한도액”의 개정부분, 같은 조 제4항의 개정규정 및 제104조의5의 개정규정, 제144조 제1항 및 제2항의 개정규정(제104조의5를 추가하는 부분으로 한정한다): 2024년 1월 1일
2. 제111조의2의 제목, 같은 조 제1항의 개정규정: 2023년 4월 1일
3. 제126조의2(영화상영관에 관한 부분으로 한정한다)의 개정규정: 2023년 7월 1일
4. 법률 제18634호 조세특례제한법 일부개정법률 제16조의4 제3항의 개정규정: 2025년 1월 1일 제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 부칙 제1조에 따른 각 해당 개정규정의 시행일 이후 개시하는 과세연도부터 적용한다.
② 이 법 중 양도소득세에 관한 개정규정은 부칙 제1조에 따른 각 해당 개정규정의 시행일 이후 양도하는 경우부터 적용한다.
③ 이 법 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 부칙 제1조에 따른 각 해당 개정규정의 시행일 이후 상속이 개시되거나 증여를 받는 경우부터 적용한다.
④ 이 법 중 부가가치세에 관한 개정규정은 부칙 제1조에 따른 각 해당 개정규정의 시행일 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다.
(3) 조세특례제한법 시행령 (가) 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부 개정된 것 제11조의2(연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면) ① 법 제12조의2 제1항에서 "생물산업·정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 산업을 영위하는 사업을 말한다.
1. 생명공학육성법 제2조에 따른 생명공학과 관련된 산업(종자 및 묘목생산업, 수산물부화 및 종묘생산업을 포함한다)
2. 정보통신산업 진흥법 제2조 제2호에 따른 정보통신산업
3. 정보통신망 이용촉진 및 정보보호 등에 관한 법률 제2조 제1항 제2호에 따른 정보통신서비스를 제공하는 산업
4. 산업발전법 제5조 제1항에 따라 산업통상자원부장관이 고시한 첨단기술 및 첨단제품과 관련된 산업
② 법 제12조의2 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 투자누계액"이란 법 제12조의2 제2항에 따라 법인세 또는 소득세를 감면받는 해당 과세연도까지의 기획재정부령으로 정하는 사업용자산에 대한 투자 합계액을 말한다.
③ 법 제12조의2 제5항에 따라 납부하여야 할 소득세액 또는 법인세액은 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(그 수가 음수이면 영으로 보고, 감면받은 과세연도 종료일 이후 2개 과세연도 연속으로 상시근로자 수가 감소한 경우에는 두 번째 과세연도에는 첫 번째 과세연도에 납부한 금액을 뺀 금액을 말한다)으로 하며, 이를 상시근로자 수가 감소된 과세연도의 과세표준을 신고할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. 해당 기업의 상시근로자 수가 감소된 과세연도의 직전 2년 이내의 과세연도에 법 제12조의2 제3항 제2호에 따라 감면받은 세액의 합계액 - (상시근로자 수가 감소된 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수 × 1천만원)
④ 법 제12조의2 제6항에 따른 상시근로자의 범위 및 상시근로자 수의 계산방법에 관하여는 제23조 제10항부터 제12항까지의 규정을 준용한다.
⑤ 법 제12조의2 제7항에 따라 법인세 또는 소득세를 감면받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (나) 2017.2.7. 대통령령 제27848호로 일부 개정된 것 제11조의2(연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면) ① 법 제12조의2 제1항에서 "생물산업ㆍ정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 산업을 영위하는 사업을 말한다.
1. 생명공학육성법 제2조에 따른 생명공학과 관련된 산업(종자 및 묘목생산업, 수산물부화 및 수산종자생산업을 포함한다)
2. 정보통신산업 진흥법 제2조 제2호에 따른 정보통신산업
3. 정보통신망 이용촉진 및 정보보호 등에 관한 법률 제2조 제1항 제2호에 따른 정보통신서비스를 제공하는 산업
4. 산업발전법 제5조 제1항에 따라 산업통상자원부장관이 고시한 첨단기술 및 첨단제품과 관련된 산업
② 법 제12조의2 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 투자누계액"이란 법 제12조의2 제2항에 따라 법인세 또는 소득세를 감면받는 해당 과세연도까지의 기획재정부령으로 정하는 사업용자산에 대한 투자 합계액을 말한다.
③ 법 제12조의2 제5항에 따라 납부하여야 할 소득세액 또는 법인세액은 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(그 수가 음수이면 영으로 보고, 감면받은 과세연도 종료일 이후 2개 과세연도 연속으로 상시근로자 수가 감소한 경우에는 두 번째 과세연도에는 첫 번째 과세연도에 납부한 금액을 뺀 금액을 말한다)으로 하며, 이를 상시근로자 수가 감소된 과세연도의 과세표준을 신고할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.
④ 법 제12조의2 제6항에 따른 상시근로자의 범위 및 상시근로자 수의 계산방법에 관하여는 제23조 제10항부터 제12항까지의 규정을 준용한다.
⑤ 법 제12조의2 제7항에 따라 법인세 또는 소득세를 감면받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
⑥ 법 제12조의2 제3항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 서비스업"이란 제23조 제4항에 따른 서비스업을 말한다. (다) 2019.2.12. 대통령령 제29527호로 일부 개정된 것 제11조의2(연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면) ① 법 제12조의2 제1항에서 "생물산업ㆍ정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 산업을 영위하는 사업을 말한다.
1. 생명공학육성법 제2조에 따른 생명공학과 관련된 산업(종자 및 묘목생산업, 수산물부화 및 수산종자생산업을 포함한다)
2. 정보통신산업 진흥법 제2조 제2호에 따른 정보통신산업
3. 정보통신망 이용촉진 및 정보보호 등에 관한 법률 제2조 제1항 제2호에 따른 정보통신서비스를 제공하는 산업
4. 산업발전법 제5조 제1항에 따라 산업통상자원부장관이 고시한 첨단기술 및 첨단제품과 관련된 산업
② 법 제12조의2 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 투자누계액"이란 법 제12조의2 제2항에 따라 법인세 또는 소득세를 감면받는 해당 과세연도까지의 기획재정부령으로 정하는 사업용자산에 대한 투자 합계액을 말한다.
③ 법 제12조의2 제3항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 서비스업"이란 제23조 제4항에 따른 서비스업을 말한다.
④ 법 제12조의2 제5항에 따라 납부하여야 할 소득세액 또는 법인세액은 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(그 수가 음수이면 영으로 보고, 감면받은 과세연도 종료일 이후 2개 과세연도 연속으로 상시근로자 수가 감소한 경우에는 두 번째 과세연도에는 첫 번째 과세연도에 납부한 금액을 뺀 금액을 말한다)으로 하며, 이를 상시근로자 수가 감소된 과세연도의 과세표준을 신고할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.
⑤ 법 제12조의2 제3항 및 제5항을 적용할 때 상시근로자 및 청년상시근로자의 범위는 다음 각 호의 구분에 따른다.
1. 상시근로자의 범위: 제23조 제10항에 따른 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)
2. 청년상시근로자의 범위: 제26조의7 제3항 제1호에 해당하는 사람(이하 이 조에서 "청년상시근로자"라 한다)
⑥ 법 제12조의2 제3항 및 제5항을 적용할 때 상시근로자 수 및 청년상시근로자 수는 다음 각 호의 구분에 따른 계산식에 따라 계산한 수(100분의 1 미만의 부분은 없는 것으로 한다)로 한다.
1. 상시근로자의 수:
2. 청년상시근로자 수:
⑦ 제6항에 따른 상시근로자 수 및 청년상시근로자 수의 계산에 관하여는 제23조 제11항 각 호 외의 부분 후단 및 같은 항 제2호를 준용한다.
⑧ 법 제12조의2 제7항에 따라 법인세 또는 소득세를 감면받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (라) 2023.2.28. 대통령령 제33264호로 일부 개정된 것 제11조의2(연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면) ① 법 제12조의2 제1항에서 "생물산업ㆍ정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 산업을 영위하는 사업을 말한다.
1. 생명공학육성법 제2조 제1호에 따른 생명공학과 관련된 산업(종자 및 묘목생산업, 수산물부화 및 수산종자생산업을 포함한다)
2. 정보통신산업 진흥법 제2조 제2호에 따른 정보통신산업
3. 정보통신망 이용촉진 및 정보보호 등에 관한 법률 제2조 제1항 제2호에 따른 정보통신서비스를 제공하는 산업
4. 산업발전법 제5조 제1항에 따라 산업통상자원부장관이 고시한 첨단기술 및 첨단제품과 관련된 산업
② 법 제12조의2 제2항 단서에서 "지정 또는 등록이 취소되는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.
1. 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제9조의2 제1항에 따라 첨단기술기업의 지정이 취소된 경우
2. 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제9조의4 제1항에 따라 연구소기업의 등록이 취소된 경우
3. 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 시행령 제12조의4 제3항에 따른 첨단기술기업 지정의 유효기간이 만료된 경우. 다만, 유효기간 만료일이 속하는 과세연도 종료일 현재 첨단기술기업으로 재지정된 경우는 제외한다. ※ 부칙 ＜대통령령 제33264호, 2023.2.28.＞ 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 해당 호에서 정한 날부터 시행한다.
1. 제11조의3 제8항 제1호, 제11조의4 제6항 제1호 및 제35조의2 제6항 제1호의 개정규정: 2023년 3월 1일
2. 제22조의10 제2항 제3호 나목의 개정규정: 2023년 3월 28일
3. 제69조제3항, 제104조의2 및 제130조의 개정규정: 2024년 1월 1일
4. 제100조의9 제8항 및 제121조의2 제13항 전단의 개정규정: 2023년 7월 1일
5. 제106조 제7항 제60호ㆍ제61호 및 제112조의2의 개정규정: 2023년 4월 1일 제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제19199호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도부터 적용한다.
② 이 영 중 부가가치세에 관한 개정규정은 부칙 제1조에 따른 각 해당 규정의 시행일 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 경우 또는 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다.
③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 경우부터 적용한다.
④ 이 영 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 상속이 개시되거나 증여받는 경우부터 적용한다.
(4) 연구개발특구의 육성에 관한 특별법(2017.7.26. 법률 제14839호로 타법 개정된 것) 제9조(첨단기술기업의 지정 등) ① 과학기술정보통신부장관은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업을 첨단기술기업으로 지정할 수 있다.
1. 대통령령으로 정하는 기술분야의 국내외 특허권(특허법 제100조에 따른 전용실시권을 포함한다)을 보유할 것
2. 제1호에 따른 특허권을 활용하여 제품을 생산ㆍ판매할 것
3. 특구에 입주하고 있을 것
4. 연간 총매출액에서 연구개발비 및 제2호에 따른 생산ㆍ판매의 매출액이 차지하는 비율이 대통령령으로 정하는 기준에 적합할 것
② 제1항에 따른 첨단기술기업의 지정절차와 그 밖에 첨단기술기업의 지정에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(5) 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 시행령(2019.3.12. 대통령령 제29607호로 일부 개정된 것) 제12조의3(첨단기술기업의 지정요건) ① 법 제9조 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 기술분야"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 분야를 말한다.
1. 산업발전법 제5조 제1항에 따라 산업통상자원부장관이 고시한 첨단기술 및 첨단제품
2. 기술집약도, 기술혁신 속도 및 고부가가치 창출 효과 등을 고려하여 과학기술정보통신부장관이 고시한 첨단기술 및 첨단제품
② 법 제9조 제1항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 기준"이란 다음 각 호의 기준을 말한다. 이 경우 제1호 및 제2호에 적용하는 연간 총매출액은 첨단기술기업의 지정 신청일이 속하는 분기의 직전 4분기의 매출액을 합한 것으로 하되, 기업 창업 후 2분기 이상이 지나고 1년이 지나지 아니한 기업에 대해서는 첨단기술기업의 지정 신청일이 속하는 분기의 직전 분기 매출액을 모두 합한 것으로 한다.
1. 연구개발비(조세특례제한법 시행령 별표 6에 따른 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용 및 같은 표에 따른 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설의 취득비용을 말한다. 이하 같다)가 연간 총매출액에서 차지하는 비율이 다음 각 목의 구분에 따른 비율 이상일 것. 다만, 연구ㆍ시험용 시설의 취득비용의 상한은 다음 각 목의 구분에 따른 비율의 60퍼센트로 한다.
2. 법 제9조 제1항 제2호에 따라 생산ㆍ판매한 제품의 매출액이 연간 총매출액에서 차지하는 비율이 20퍼센트 이상일 것