조세심판원 심판청구 소득세

청구인이 쟁점토지들을 매수하는 과정에서 실질적으로 부담한 금액을 쟁점①, ②토지의 취득가액에 포함해야 한다는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2026-인-0168 선고일 2026.04.01 조세심판원

청구인이 쟁점토지들을 매수하면서 쟁점①, ②토지의 취득가액을 초과하여 추가 부담한 금액이 쟁점①, ②토지의 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 금액이라고 단정하기 어려우므로 청구주장을 받아들이기 어려움

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 아래 <표1>의 1, 3, 5, 9, 10, 12번 토지를 보유하던 중 2018.12.4. a으로부터 아래 <표1>의 2, 4, 6, 7, 8번 토지(이하 “쟁점①토지”라 한다)를 OOO원, 아래 <표1>의 11번 토지(이하 “쟁점②토지”라 한다)를 OOO원에 취득하였고, b는 같은 날 a으로부터 경기도 OOO㎡(이하 “쟁점③토지”라 하고, 쟁점①, ②, ③토지를 합하여 “쟁점토지들”이라 한다)를 OOO원에 취득하였다. 이후 청구인은 2021.12.22. OOO지역주택조합(이하 “조합”이라 한다)에게 아래 <표1>의 1~12번 토지를 OOO원에 양도한 후 2022.2.28. 취득가액을 OOO원(쟁점①, ②토지의 취득가액 OOO원)으로 하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고&;납부하였다. <표1> 청구인의 양도물건 내역 (단위: 원, ㎡)

○○○

  • 나. 이후 청구인은 2025.4.21. 쟁점①, ②토지의 취득가액을 OOO원으로 하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.7.10. 이를 거부하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2025.7.14. 이의신청을 거쳐 2025.11.17. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지들의 취득 및 양도 경위는 다음과 같다. 위 <표1> 기재 토지 및 쟁점③토지는 종중 소유의 토지이고, 공동주택 개발사업이 예정되어 있었다. 종원인 a이 소유한 쟁점토지들의 2순위 근저당채권자인 c의 경매신청으로 2017.7.27. 의정부지방법원의 임의경매(OOO) 개시 결정이 있었다. 청구인은 종중의 어른이자 대지주로서 쟁점토지들이 제3자에게 낙찰될 경우 공동주택 개발사업의 지장을 초래할 것을 우려하여 경매에 입찰하였으나 낙찰받지 못하였다. 이에 청구인은 경매신청인 c에게 낙찰가로는 채권금액 OOO원을 전부 회수할 수 없기 때문에 근저당채권을 모두 변제하는 조건으로 경매를 취하하도록 협의하였고, 2018.12.10. 경매개시결정이 취소되었다. 청구인은 자금이 부족하여 b와 공동투자계약서를 작성하여 쟁점토지들을 공동으로 매입하기로 하였다. 경매신청인 c에게 OOO원(청구인 OOO원, b OOO원)을 지급하고, 1순위 근저당권자 d의 채권최고액 OOO원을 이행인수하기로 하여 2018.12.3. a으로부터 쟁점토지들을 합계 OOO원(쟁점①토지 OOO원, 쟁점②토지 OOO원, 쟁점③토지 OOO원)에 매수한 후 쟁점①, ②토지는 청구인 명의로, 쟁점③토지는 b 명의로 소유권이전등기를 경료하였다. 이후 청구인은 2021.3.5. 위 <표1> 기재 8필지를 OOO원에, b는 2021.12.21. 쟁점③토지를 OOO원에 조합에게 매도하는 계약을 체결하였다. 조합은 청구인과 b가 인수한 1순위 근저당권채무 OOO원(청구인 OOO원, b OOO원)을 근저당권자 d에게 직접 지급하고 매매대금에서 각 공제한 후 남은 잔금을 청구인과 b에게 지급하였다. 이에 청구인은 쟁점①, ②토지의 취득가액을 OOO원(쟁점①토지 OOO원, 쟁점②토지 OOO원)으로 하여 양도소득세를 신고하고, b는 쟁점③토지의 취득가액을 OOO원으로 하여 양도소득세를 각 신고하였다. 그러나 신고서상 쟁점토지들의 취득가액은 청구인과 b 간에 작성한 공동투자에 관한 약정서의 내용과 다르고, 쟁점토지들을 매입하는 과정에서 실제로 부담한 금액(청구인 OOO원, b OOO원)이 반영되지 못하여 이를 바로 잡기 위하여 처분청에 경정청구한 것이다.

(2) 청구인과 b 간의 공동투자에 관한 약정서에 따르면 b는 OOO원을 더 부담했어야 하지만 결과적으로 청구인이 부담한 OOO원을 쟁점①, ②토지의 취득가액으로 반영되어야 한다. 청구인과 b는 쟁점토지들을 공동으로 매수하기 위하여 약정서를 작성하였는바, 임의경매 신청자인 c의 채권액 OOO원 중 청구인은 OOO원, b는 OOO원을 투자하고, 이후 모든 비용은 50: 50으로 부담하기로 하였고, 쟁점토지들을 조합에게 매도하여 수령한 대금을 토지면적과 관계없이 50:50의 권리와 책임을 가진다고 정하였다. 위 약정에 따르면 청구인과 b는 1순위 근저당권자 d의 피담보채무액(OOO원)을 공동 인수하기로 하였기 때문에 청구인의 부담액은 OOO원(OOO원&;OOO원)이고, b의 부담액은 OOO원(OOO원-OOO원)이 된다. 그러나 조합이 쟁점토지들을 매수하면서 1순위 근저당권 피담보채무를 변제하는 과정에서 청구인의 부담금을 OOO원, b의 부담금을 OOO원으로 하여 각 매매대금에서 공제함으로써 취득가액의 혼선이 발생하였다. 청구인은 OOO원 보다 OOO원을 초과하여 부담하였으므로 OOO원을 쟁점①, ②토지의 취득가액에 추가로 포함시켜야 한다.

(3) 쟁점토지들을 매입하는 과정에서 b는 OOO원을 부담하였고, 청구인은 OOO원을 부담한 사실이 명백하다. 그럼에도 b는 쟁점③토지의 양도에 관하여 양도소득세 신고시 취득가액을 OOO원으로 신고하였고, 청구인은 쟁점①, ②토지의 취득가액을 OOO원으로 신고하였다. 그러나 실질적으로 청구인과 b가 부담한 금액과 다르게 청구인은 실질 부담금보다 적게 취득가액으로 신고되었고, b는 실질 부담금보다 많게 취득가액으로 신고 되었기 때문에 실질과세의 원칙에 위배된다. 청구인이 쟁점토지들을 매입하면서 부담한 쟁점토지들의 1순위, 2순위 근저당권 채무액 OOO원(OOO원, OOO원)을 실질취득가액으로 인정하여야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지들의 양도소득세 신고시 취득가액은 청구인과 a 간에 작성한 매매계약서에 따라 정해지는 것이고, 청구인과 b 사이의 약정에 따라 1순위 근저당권자 d의 피담보채무에 대한 부담금(OOO원)과는 무관하다. 쟁점토지들의 매매계약서에는 청구인과 b가 공동매수자로 기재되어 있지 않고, 청구인은 쟁점 ①, ②토지를, b는 쟁점③토지를 각 매수하는 계약을 체결하였고, 해당 매매계약서에는 공동투자 및 1순위 근저당권자 d의 피담보채무금에 대한 부담금에 관한 내용은 기재되어 있지 않다.

(2) 또한 청구인이 b를 상대로 제기한 부당이득금 청구소송(의정부지방법원 2025.3.27. 선고 OOO 판결)의 판결문에는 쟁점토지들의 취득에 관한 약정서를 쟁점토지들을 조합에게 양도하기 전 청구인과 b의 합의에 의해 무효화된 사실이 나타나고, 2순위 근저당권자 c의 피담보채무 금액에 대한 부담금액(청구인 OOO원, b OOO원)에 비례하도록 조정하여 1순위 근저당권자 d의 피담보채무 금액의 부담금액을 청구인은 OOO원, b는 OOO원(2: 1)으로 전제로 하여 조합에게 매도하는 매매계약서를 체결한 것이라고 판단하였다. 일련의 과정을 통해 청구인이 b보다 OOO원을 더 부담하게 된 결과가 발생하였으나 이는 매매행위와 별개의 투자에 따라 발생한 것으로 양도과정에서 실제 지출되거나 부담한 모든 비용을 취득가액 또는 필요경비로 인정할 수 없다. 청구인이 b보다 더 부담한 OOO원은 소득세법상 취득가액 또는 필요경비에 해당하지 않으므로 이를 취득가액 또는 필요경비에 반영하여 양도소득세를 경정하여야 할 이유는 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 청구인이 쟁점토지들을 매수하는 과정에서 실질적으로 부담한 금액(OOO원)을 쟁점①, ②토지의 취득가액에 포함해야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 쟁점토지들의 부동산등기부에 따르면 아래 <표2>과 같이 1순위 근저당권설정등기(채권최고액 OOO원, 채무자 a, 근저당권자 d) 및 2순위 근저당권설정등기(채권최고액 OOO원, 채무자 a, 근저당권자 c)가 경료되어 있었고, 2017.7.25. 2순위 근저당권자 c에 의한 의정부지방법원 임의경매개시결정(OOO)이 있었으며, 2018.11.30. 2순위 근저당권설정등기가 말소된 것으로 나타난다. <표2> 쟁점토지들의 제한물권 내역

○○○ (나) 의정부지방법원 OOO 경매사건 내역에 따르면, 1차, 2차 매각기일이 유찰되었고, 3차 매각기일(2018.11.22.)에 OOO원으로 낙찰되었으나 2018.12.10. 기각으로 종결된 것으로 나타나고, 해당 경매사건의 영수증에는 청구인이 OOO원으로 차순위로 기재되어 있다. (다) 청구인과 b 간에 2018.11.23. 작성한 약정서에는 다음과 같이 기재되어 있다. <청구인과 b 간의 약정서>

○○○○○○ (라) 매매계약서 및 부동산 등기부에 따르면, a은 2018.12.3. 청구인에게 쟁점①토지를 OOO원에, 쟁점②토지를 OOO원에, b에게 쟁점③토지를 OOO원에 각 매도하고 2018.12.4. 쟁점토지들의 소유권이전등기가 각 경료된 것으로 나타난다. 금융증빙에 의하면, 쟁점토지들의 매매대금 합계 OOO원은 쟁점토지들의 2순위 근저당권자 c에게 OOO원(청구인은 OOO원, b는 OOO원을 부담)이 지급되었고, 잔금은 1순위 근저당권자 d의 피담보채무를 이행인수하는 것으로 갈음하여 a에게 별도의 잔금을 지급하지 않은 것으로 나타난다. (마) 2021.3.5. 청구인은 조합에게 위 <표1> 1, 3, 5, 6, 9, 10, 12번 토지를 OOO원에 양도하고, 2021.11.10. 위 <표1> 2, 4, 7, 8, 11번 토지를 OOO원에 양도하는 계약서를 작성하였으며, 각 계약서에는 의무사항으로 청구인은 조합으로부터 잔금을 받음과 동시에 해당 토지들에 설정된 근저당권 등을 말소하여야 하며, 청구인이 이행하지 못할 경우 조합이 처리하고 매매대금에서 공제한다고 기재되어 있다. 청구인의 계좌거래 내역에 따르면, 청구인은 2021.11.12. OOO원, 2021.12.22. OOO원을 수령한 것으로 나타나 매매대금 OOO원 중 조합이 근저당권자 d에게 지급한 OOO원을 제외한 OOO원을 수령한 것으로 나타난다. (바) b는 2021.12.21. 조합에게 쟁점③토지를 OOO원에 양도하는 계약서를 작성하였고, 계약서에는 의무사항으로 조합으로부터 잔금을 받음과 동시에 쟁점③토지에 기 설정된 근저당권 등을 말소하여야 하며, 이를 이행하지 못할 경우 조합이 처리하고 매매대금에서 공제하며, 특약사항으로 조합이 계약금 OOO원을 근저당권자 d에게 지급하고, 잔금을 b 계좌로 입금한다고 기재되어 있다. (사) 청구인은 b를 상대로 부당이득금 청구소송을 제기하였으며, 1심법원은 2025.3.27. 원고의 청구를 기각하였고, 1심 판결문에는 다음과 같이 기재되어 있다(의정부지방법원 고양지원 OOO 판결). <1심 판결문>

○○○ 2심법원은 2025.8.27. 화해권고결정을 하였는바, 피고(b)는 2025.10.31.까지 원고(청구인)에게 OOO원을 지급하되, 만약 이를 지체하면 그에 갈음하여 OOO원 및 지연손해금을 지급하고, 차후 어떤 형태로도 상대방의 법적 책임을 추궁하지 아니하며, 만약 이를 위반하면 위반행위 1회당 OOO원의 비율로 계산한 돈을 지급하고, 원고는 나머지 청구를 포기한다고 기재되어 있고, 청구인은 b로부터 OOO원을 수령한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인이 쟁점①, ②토지의 매수과정에서 실질적으로 부담한 OOO원을 취득가액이라고 주장하나, 소득세법제96조 제1항에서 자산의 취득가액은 원칙적으로 자산의 취득 당시 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(실지거래가액)에 따른다고 규정하는바, 청구인과 a 간에 2018.12.3. 작성한 매매계약서에 따르면, 청구인은 쟁점①토지를 OOO원에, 쟁점②토지를 OOO원에 매수한 것으로 나타나고, 이 건 양도소득세 신고시 쟁점①, ②토지의 취득가액을 OOO원으로 신고하였으며 달리 위 매매계약서의 내용을 부인할 만한 사정이 보이지 않는 점, 청구인은 근저당권자 d의 피담보채무액(OOO원)에 대한 청구인과 b 간의 부담액이 잘못 배분되었다고 주장하나, 청구인이 b를 상대로 부당이득 청구소송의 1심 판결문에는 청구인의 주장을 뒷받침할 증거가 없는 것으로 나타나고, 2심에서 b가 청구인에게 OOO원을 지급하라는 내용의 화해권고결정이 성립되었다는 것만으로 근저당권자 d의 피담보채무액(OOO원)에 대한 청구인의 부담금액은 OOO원, b의 부담금액은 OOO원이라는 전제로 작성된 매매계약서의 내용을 부인하기 어려운 점, 소득세법 시행령제163조 제1항 제2호에는 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액을 규정하고 있는바, 청구인이 쟁점토지들을 매수하면서 쟁점①, ②토지의 취득가액(OOO원)을 초과하여 OOO원을 부담하였으나 추가 부담한 OOO원이 쟁점①, ②토지의 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 금액이라고 단정하기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기 본 법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등 (1) 소득세법 제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. ”실지거래가액“이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말한다. 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

  • 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 (2) 소득세법 시행령 제163조(양도자산의 필요경비) ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액”등으로서 대통령령으로 정하는 것“이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액 계산에 있어서 필요경비 산입된 것을 제외한 금액

⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 ”대통령령으로 정하는 것“이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

  • 가. 증권거래세법에 따라 납부한 증권거래세
  • 나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용
  • 다. 공증비용, 인지대 및 소개비
  • 라. 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용
  • 마. 가목부터 라목까지의 비용과 유사한 비용으로서 재정경제부령으로 정하는 비용

(3) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)