조세심판원 심판청구 법인세

의무고용비율 미달로 부과된 장애인고용부담금의 손금 여부

사건번호 조심-2026-서-0894 선고일 2026.03.12 조세심판원

법령 위반 등 의무불이행에 따른 제재로서 부과되는 공과금으로 손금 부인

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2019∼2023사업연도 법인세 신고 시 장애인고용촉진 및 직업재활법(이하 “장애인고용법”이라 한다) 제33조에 따라 장애인고용부담금 OOO원(이하 “쟁점부담금”이라 한다)을 손금불산입하였다.
  • 나. 이후 청구법인은 2025.3.24. 처분청에 2019∼2023사업연도에 신고한 쟁점부담금은 법인세법 제21조 제5호 에서 규정하는 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지, 제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에 해당하지 아니한다는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.7.29. 이를 거부하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.29. 이의신청을 거쳐 2025.12.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 장애인고용부담금은 법령에 따른 의무 불이행에 대한 ‘제재로서 부과된 공과금’에 해당하지 않으므로 법인세법 제21조 제5호 에 따른 손금불산입되는 공과금에 해당하지 아니한다. (가) 법인세법 제21조 제4호 에 따르면, 법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금 또는 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금은 손금불산입 대상이라고 규정하고 있다. (나) 한편, 장애인고용법 제28조 에 따르면, 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주는 그 근로자의 총수에 따라 대통령령으로 정하는 비율 이상에 해당하는 장애인을 고용하도록 하고, 같은 법 제33조에는 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 장애인고용부담금을 납부하여야 한다고 규정하고 있다. (다) 헌법재판소는 장애인고용부담금에 대하여 사회연대책임의 이념을 반영하여 장애인의 고용에 따르는 경제적 부담을 장애인을 고용하는 사업주와 고용하지 아니하는 사업주 간에 평등하게 조정하고, 실업 중인 장애인의 고용촉진을 위해 장애인을 새로이 고용하는 사업주가 작업설비 등의 개선을 위하여 지는 부담을 줄이기 위한 사업주의 공동 각출금으로써, 고용률을 하회하는 사업체의 사업주로부터 기금을 납부받아 고용률을 초과해서 장애인을 고용한 사업주에게 고용지원금을 지급함으로써 사업주 간의 장애인고용에 수반되는 경제적 부담을 평등화하기 위한 목적의 부담금, 즉 고용에 어려움을 겪는 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 “유도적·조정적 (특별)부담금”의 성격이 강하다고 설시한바 있다(헌법재판소 2003.7.24. 선고 2001헌바96 전원재판부 결정). (라) 즉, 장애인고용부담금은 장애인고용법 상 의무고용률을 적용받지 않거나 의무고용률을 초과하여 장애인을 고용한 사업주에게 지급되는 장애인고용부담금은 “장애인 고용촉진 및 직업재활 기금”의 주된 재원으로서, 의무불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금이라기보다 장애인 고용촉진이라는 공적 목표를 달성하기 위하여 사업자 간에 비용을 분담하기 위한 공과금으로 보는 것이 타당하다. (마) 더욱이 장애인고용법은 장애인고용부담금 관련 신고의무를 이행하지 않거나 거짓으로 신고하는 경우, 별도로 제재로서의 성격을 가진 과태료를 부과하도록 규정하고 있는바, 이러한 구조적 측면에서도 장애인고용부담금 그 자체를 장애인고용법에 따른 “제재로서 부과되는 부담금”으로 보기는 어렵다.

(2) (구)법인세법에서는 내국법인이 납부하는 공과금에 대하여 원칙적으로 손금불산입 대상으로 규정하는 한편, 같은 법 시행령에서 손금불산입 대상에서 제외되는 공과금을 제한적으로 열거하였는데, 장애인고용부담금 또한 손금불산입 대상에서 제외되는 공과금으로 열거되었으나, 헌법재판소는 (구) 법인세법 규정에 대하여 공과금은 법인의 일정한 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반하여 강제적으로 부과되는 것이기 때문에 사업경비의 성격을 띄는 것이므로 공과금은 법인세법상 손금에 산입됨이 원칙이라고 보아 (구) 법인세법 시행령이 공과금을 원칙적으로 손금불산입하고 손금산입 대상 공과금을 제한적으로 열거하는 방식으로 규정한 것을 위헌으로 판단하였고, 이후 법령 개정을 통하여 손금불산입대상 공과금의 범위를 현행 법령과 같은 방식으로 규정하게 되었다. 이러한 세법 개정은 헌법재판소의 위헌 결정의 취지에 따라 법인세법상 공과금의 손금산입 범위가 더 넓어지는 방향으로 개정되었을 뿐, 과거에는 손금산입 대상으로 인정되던 공과금(장애인고용부담금 등)을 더 이상 손금산입 대상으로 인정하지 않겠다는 취지로 개정된 것이 아닌바, 장애인고용부담금이 손금산입 대상 공과금에 해당한다는 입법취지는 현행 법인세법에서도 계속 유지되고 있다고 보아야 한다.

(3) 관련 판례(서울행정법원 2023.5.2. 선고 2022구합65757 판결)에 따르면, 장애인고용부담금은 부담금에 해당할 뿐, 이를 의무불이행에 대한 제재적 성격의 공과금으로 볼 수 없는바, 장애인 고용에 따르는 경제적 부담을 장애인을 고용하는 사업주와 고용하지 아니하는 사업주 간에 평등하게 조정하고, 실업중인 장애인의 고용촉진을 위해 장애인을 새로이 고용하는 사업주가 작업설비 등의 개선을 위하여 지는 부담을 줄이기 위한 사업주의 공동 갹출금이라 할 수 있으며, 재정적인 목적보다는 고용에 어려움을 겪는 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 유도적·조정적 (특별)부담금의 성격이 강하다고 판시하였다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 장애인고용부담금은 법인세법상 ‘법령에 따른 의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금’으로 보는 것이 타당하다. (가) 장애인고용법은 사업주에게 장애인 고용률 준수의무를 부여하고 있고, 의무고용률(3.1%)에 미달하는 경우 부담금을 부과하므로 의무불이행에 대한 제재로서 납부하는 공과금에 해당한다. (나) 장애인고용부담금 산정의 중요한 요소인 ‘부담기초액’은 최저임금법상 최저임금액의 100분의 60이상 범위에서 장애인 고용의무 불이행의 ‘중한 정도’에 따라 가산되고 있고, 특히 장애인 고용의무 불이행의 정도가 가장 중한 정도로서 장애인을 1명 이상 고용하지 아니한 달이 있는 경우 ‘기초부담액’은 최저임금법상의 최저임금액을 그대로 적용하지 않도록 하고 있으므로 이는 장애인 고용부담금이 ‘징벌’적 성격을 갖고 있음을 나타낸다. (다) 또한 장애인고용부담금은 조세와 마찬가지로 공법상의 금전지급의무에 해당하므로 장애인고용부담금 납부의무자가 그 의무를 이행하지 아니하였을 때 국세 체납처분의 예에 따라 강제 징수할 수 있다(장애인고용법 제37조).

(2) 장애인고용부담금은 법인세법상 손금불산입대상 공과금에 해당한다. (가) 장애인고용부담금은 장애인고용법 상 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활이라는 목적을 달성하기 위하여 각 사업주에게 장애인고용의무를 이행하도록 강제하면서 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 장애인고용부담금을 납부하도록 하고 있고, (나) 기획재정부 또한 유권해석(기획재정부 법인세제과-145, 2018.2.21.)을 통하여 장애인고용부담금을 손금불산입 대상 공과금으로 보고 있는바, 장애인고용부담금을 법인세법 제21조 제5호 의 공과금에 포함된다고 해석하는 것이 사회통념상 타당하다. (다) 장애인고용부담금이 손금으로 인정될 경우, 제도의 취지와 달리 장애인 고용을 기피하고 전액 손금이 인정되는 부담금 납부를 선택하게 되는 역효과 문제가 예상되므로 당초 정책적 목적 달성을 저해할 우려 등을 감안할 때, 장애인고용부담금은 손금불산입 대상에 해당한다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점부담금이 법인세법 제21조 제5호 에 따른 손금불산입 대상 공과금에 해당되는지 여부
  • 나. 관련 법령

(1) 법인세법(2024.12.31., 법률 제20613호로 개정되기 전의 것) 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다. 제21조(세금과 공과금의 손금불산입) 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

3. 벌금, 과료 (통고처분에 따른 벌금 또는 과료에 상당하는 금액을 포함한다), 과태료(과료와 과태금을 포함한다), 가산금 및 강제징수비

4. 법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금

5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금 (2) 법인세법 시행령 제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

10. 제세공과금(법 제18조의4에 따른 익금불산입과 법 제57조 제1항 에 따른 세액공제를 모두 적용하지 않는 경우의 외국법인세액을 포함한다) (3) 장애인고용촉진 및 직업재활법 제28조(사업주의 장애인 고용 의무) ① 상시 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 공사 실적액이 고용노동부장관이 정하여 고시하는 금액 이상인 사업주)는 그 근로자의 총수(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사 실적액을 근로자의 총수로 환산한다)의 100분의 5의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율(이하 “의무고용률”이라 한다) 이상에 해당(그 수에서 소수점 이하는 버린다)하는 장애인을 고용하여야 한다.

② 제1항에도 불구하고 특정한 장애인의 능력에 적합하다고 인정되는 직종에 대하여는 장애인을 고용하여야 할 비율을 대통령령으로 따로 정할 수 있다. 이 경우 그 비율은 의무고용률로 보지 아니한다.

③ 의무고용률은 전체 인구 중 장애인의 비율, 전체 근로자 총수에 대한 장애인 근로자의 비율, 장애인 실업자 수 등을 고려하여 5년마다 정한다.

④ 제1항에 따른 상시 고용하는 근로자 수 및 건설업에서의 공사 실적액 산정에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제33조(사업주의 부담금 납부 등) ① 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주(상시 100명 미만의 근로자를 고용하는 사업주는 제외한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 부담금을 납부하여야 한다.

⑤ 사업주는 다음 연도 1월 31일(연도 중에 사업을 그만두거나 끝낸 경우에는 그 사업을 그만두거나 끝낸 날부터 60일)까지 고용노동부장관에게 부담금 산출에 필요한 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항을 적어 신고하고 해당 연도의 부담금을 납부하여야 한다. 제37조(독촉 및 체납처분) ① 고용노동부장관은 부담금, 그 밖에 이 법에 따른 징수금을 납부 의무자가 납부하지 아니하였을 때에는 기한을 정하여 독촉하여야 한다.

② 고용노동부장관은 제1항에 따라 독촉을 하는 경우에는 독촉장을 발부하여야 한다. 이 경우에는 10일 이상의 납부 기간을 주어야 한다.

③ 제1항에 따라 독촉을 받은 자가 그 납부 기한까지 부담금이나 그 밖에 이 법에 따른 징수금을 납부하지 아니하였을 때에 고용노동부장관은 국세 체납처분의 예에 따라 징수할 수 있다.

④ 고용노동부장관은 제3항에 따른 체납처분의 예에 따라 압류한 재산의 공매(公賣)에 전문 지식이 필요하거나 그 밖에 특수한 사정이 있어 직접 공매하기에 적당하지 아니하다고 인정하는 때에는 대통령령으로 정하는 대로 한국자산관리공사 설립 등에 관한 법률에 따라 설립된 한국자산관리공사(이하 “공사”라 한다)에 이를 대행하게 할 수 있고, 이 경우 공매는 고용노동부장관이 한 것으로 본다.

⑤ 고용노동부장관은 제4항에 따라 공사가 공매를 대행하면 고용노동부령으로 정하는 바에 따라 수수료를 지급할 수 있다.

⑥ 제4항에 따라 공사가 공매를 대행하는 경우에 공사의 임원ㆍ직원은 형법 제129조 부터 제132조까지의 규정을 적용하는 경우 공무원으로 본다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2019∼2023사업연도에 장애인고용법 제33조 에 따라 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하여 쟁점부담금을 신고·납부 하면서, 법인세 신고 시 이를 손금불산입 하였는데, 이후 2025.3.24. 처분청에 쟁점부담금은 법인세법 제21조 제5항 에 따른 손금불산입 대상 공과금에 해당하지 아니한다는 취지로 경정청구를 제기하였다. <쟁점부담금 납부내역> (단위: 원)

○○○

(2) 장애인고용부담금의 손금여부에 대한 기획재정부 유권해석은 다음과 같다. <기획재정부 법인세제과-145, 2018.2.21.> 제목: 장애인고용부담금의 손금 여부 요지: 고용노동부장관에게 납부하는 장애인고용부담금은 법인세법 제21조 제5호 에 따른 공과금에 해당되는 것임. 다만, 동 예규는 회신일 이후 장애인고용부담금을 신고·납부하여야 하는 분부터 적용하는 것임 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 법인세법상 공과금은 국가 또는 공공단체에 의하여 국민 또는 공공단체의 구성원에게 강제적으로 부과되는 모든 공적 부담으로 법인의 일정한 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반하여 강제적으로 부과되는 것이기 때문에 사업경비의 성격을 띠는 것이어서 손금에 산입됨이 원칙이고, 예외적으로 그 성질상 비용성을 갖지 않거나 조세정책적 또는 기술적 이유에 의하여 손금에 산입함이 바람직하지 않아 법률이 정한 경우에 한하여 손금산입이 부정되는 것으로 보는 것(대법원 2004.3.18. 선고 2001두1949 전원합의체 판결, 같은 뜻임)이며, 이때 어떠한 공과금이 법인세법 제21조 제5호 에서 정하고 있는 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에 해당하여 손금불산입 대상이 되는지 여부는 단순히 그 명칭만을 가지고 판단할 것이 아니라 그 공과금을 부과하는 목적과 그로 인한 효과, 공과금의 성격, 공과금이 강제하고자 하는 행정법상의 의무 및 의무불이행의 내용, 근거 법령의 제개정 경위 내지 연혁, 규정 형식과 내용(문언) 등 해당 공과금에 관한 실질적인 내용을 두루 종합하여 판단함이 타당하다 할 것인바, 장애인고용법은 장애인의 인간다운 생활을 위해 고용촉진 및 직업재활이 이루어질 수 있도록(제1조) 각 사업주에게 장애인고용의무의 이행을 강제하면서(제28조) 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 장애인고용부담금을 납부하도록(제33조) 규정하고 있는 점, 장애인고용부담금은 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주를 대상으로 고용노동부장관이 징수하는 부담금으로 이는 법인세법 제21조 제5호 의 “법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금”에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점부담금이 법인세법 제21조 제5호 에 따른 손금불산입대상 공과금에 해당하지 아니한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2025중1012, 2025.5.15. 외 다수, 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)