[요지] 처분청이 쟁점부동산에 대하여 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨. / 이 건 처분의 집행정지를 요청하는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨.
[요지] 처분청이 쟁점부동산에 대하여 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨. / 이 건 처분의 집행정지를 요청하는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨.
[참조결정] 조심2022서2080
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 건 처분은 위헌적인 법령에 근거한 처분이므로 타당하지 아니하다. (가) 청구법인은 2010년 사업 개시 이후 관련 법규에 따라 세무서에 사업자등록을 하고 매년 종합부동산세 과세표준 합산배제 신청을 한 결과, 처분청은 종합부동산세 2010년 귀속분부터 2024년 귀속분에 이르기까지 약 15년간 단 한 차례의 이의 없이 청구인의 합산배제 신고를 모두 수리하였고, 그 결과 청구법인에 종합부동산세가 부과되지 아니하였으며, 쟁점부동산의 소재지는 서울특별시 강남구로 2016년 11월 조정대상지역으로 지정된 이후에도 이 건이 부과되기 전까지 계속하여 합산배제를 인정하였는데, 이는 조정대상지역 지정만으로 기존 장기주택임대사업자의 합산배제 자격이 상실되지 않는 점을 과세관청 스스로 인정하고 법을 집행해 왔음을 알수 있다. (나) 헌법재판소(헌법재판소 2024.5.30. 선고 2022헌바238 결정)는 조정대상지역에 대한 중과세 규정에 대하여 합헌결정을 하였으나, 재판관 3인의 반대의견을 보면 ‘주택 소유의 동기나 기간 등 구체적 사정은 일절 고려하지 않고, … 조정대상지역 지정이라는 우연한 사정에 의해 가중된 세율을 적용받도록 하는 것은 … 투기 목적이 없는 자에게 과도하게 재산권을 제한하는 것’으로서 과잉금지원칙에 위배되어 위헌이라고 판단한바 있고, 청구법인은 투기목적 없이 과세관청에 임대사업자로 등록하여 장기간 임대사업을 영위해 온 선량한 사업자로, 청구법인은 보호받아야할 비투기 목적의 부동산 소유자에 해당함에도 쟁점부동산에 대하여 종합부동산세를 부과하였으므로 이 건 처분은 위헌적인 종합부동산세법령에 근거한 처분이므로 타당하지 아니하다. (다) 나아가, 지방자치단체 임대사업자 미등록에 대하여 민간임대주택에 관한 특별법 제67조 제2항은 1천만원 이하의 과태료를 부과하도록 규정하고 있을 뿐인바, 동일한 미등록 행위에 대하여 세법상으로는 당해연도 종합부동산세 OOO원을 부과하고, 나아가 처분청 조사관이 시사한 바와 같이 과거 4년분 소급 부과 시 약 OOO억원을 상회하는 추가 세부담이 예상되는 이 사건 처분의 경제적 효과는 과태료의 수십 배에 달한다. 이는 법익 침해의 최소성 및 법익 균형성을 현저히 벗어나는 것으로 헌법 제37조 제2항이 규정하는 과잉금지원칙에 위배된다. (라) 또한, 지방자치단체에 임대사업자 등록을 마친 사업자와 그렇지 않은 사업자 사이에 수억원의 종합부동산세 차이가 발생하는 것은, 실질적으로 동일한 임대업을 영위하면서도 행정적 형식 요건의 이행 여부만으로 이토록 현저한 세부담 차이를 초래하는바, 이는 헌법 제11조가 보장하는 평등원칙에도 위배된다.
(2) 이 건 처분은 신의성실 및 신뢰보호의 원칙에 위배된다. (가) 국세기본법제18조 제3항은 세법의 해석이나 국세관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있다. (나) 대법원은 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 국세기본법 제15조 및 제18조 제3항이 정하는 신의칙 내지 비과세의 관행이 성립되었다고 하려면 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실 존재뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고, 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것임을 요한다고 해석되며, 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말한다고 판시(대법원 2010.4.15. 선고 2007두19294 판결, 참조)하였다. (다) 처분청은 단순히 과세를 누락했던 것이 아니라 청구법인의 신고내용이 합산배제 요건을 충족하는지 여부를 매년 검토하고 승인하는 등 능동적 행정행위를 반복해 온 것으로, 이는 장기간에 걸친 일관되고 반복적인 행정행위로 대법원 판례가 요구하는 과세하지 않겠다는 묵시적 의사표시라고 보아야 마땅하다. 더욱이, 처분청은 2011년도 최초 합산배제 신고 당시 청구법인이 기재한 시군구 등록번호(42*-***8)의 진위를 확인할 충분한 행정적 수단과 권한을 가지고 있었음에도, 이를 검증하지 아니하고 15년간 합산배제를 인정하여 왔다. 이처럼 과세관청 스스로의 검증 소홀로 인하여 야기된 결과에 대한 불이익을 납세자에게 전가하는 것은 신의성실의 원칙에 정면으로 반한다. (라) 쟁점부동산이 소재한 서울특별시 강남구는 2016년 11월 조정대상지역으로 지정이 되었고, 조정대상지역 지정은 임대주택과 관련한 과세정책의 중대한 변화였으므로 그 요건을 더욱 엄격히 심사할 의무가 있었음에도 2017년부터 2024년까지 8년이 넘는 기간동안 계속하여 합산배제를 인정해 왔으며, 이는 청구법인이 지방자치단체에 임대사업자 등록을 하지 않고 세무서에 임대사업자를 등록한 것만으로도 합산배제 요건을 충족한다는 기존의 법 해석 또는 행정의 관행이 유효함을 재확인한 것이므로 이는 쟁점부동산이 합산배제 임대주택에 해당하지 않는다는 강력한 신뢰의 근거가 된다. (마) 청구법인은 15년이라는 기간 동안 확립된 과세관행을 신뢰하여 안정적으로 임대사업을 영위해왔고, 정부의 부동산 정책이 급변하던 2020년을 전후한 시기는 단기임대 자동말소, 비아파트 장기임대 재등록 허용, 조정대상지역의 급격한 확대로 법률전문가들조차 그 법률효과를 명확히 예측하기 어려운 혼란한 시기였으며, 청구법인과 같은 일반 납세자가 복잡한 법령체계와 과세관청의 상충되는 견해 속에서 합산배제 요건의 변경을 완벽히 파악하고 대응할 것이라고 기대하는 것은 사실상 불가능에 가깝다고 할 것이고, 처분청은 아무런 사전 안내나 시정요구도 없이 15년간의 비과세 관행을 번복하면서 종합부동산세를 부과한 것인바, 청구법인이 과세관청의 오랜 과세관행을 신뢰한 데 그 어떤 귀책사유가 있다고 볼 수 없고, 청구법인의 신뢰는 마땅히 보호받아야 하므로, 신의성실의 원칙 및 국세기본법 제18조 제3항에 위배된 이 건 처분은 취소되는 것이 타당하다. (바) 설령 비과세 관행이 성립하지 않는다고 하더라도, 처분청이 청구법인에게 아무런 사전 안내나 시정 요구 없이 15년간의 비과세 사정을 갑자기 번복한 것은 행정절차법 제21조 및 제22조가 규정하는 처분 전 사전통지 및 의견청취 의무를 해태한 것에 해당하고, 이는 헌법 제12조가 보장하는 적법절차의 원칙에도 위배되며, 과세관청이 납세자에게 아무런 예고 없이 15년의 관행을 번복하여 거액의 세금을 부과하는 것은, 납세자가 사전에 등록을 보완하거나 세부담을 예비할 기회 자체를 박탈한 것이다.
(3) 주택임대사업은 현재까지 중단된 사실이 없으므로 이 건 처분은 실질과세원칙에 위배된다. (가) 국세기본법제14조 제2항은 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질내용에 따라 적용하도록 하고 있고, 법원은 임대주택을 직접 건설했음에도 구청에 건설임대주택이 아닌 매입임대주택으로 잘못 등록하여 종합부동산세 합산배제 혜택을 받지 못한 사안에서 임대사업자 등록이 소유권보존등기 이후 이루어졌거나 매입임대주택으로 잘못 등록이 되었다해도 실질적으로 임대를 목적으로 주택을 건설한 것이 입증된다면 건설임대주택으로 보아 합산배제 혜택을 적용하여야 한다고 판시(서울고등법원 2025.5.16. 선고 2024누58656 판결, 참조)하였다. (나) 종합부동산세 합산배제 제도의 입법취지는 투기목적의 주택보유를 억제하고 장기 임대주택 공급을 장려하는데 있는바, 청구법인의 사업의 실질은 이러한 입법취지에 완벽하게 부합하고 있고, 이 건 처분은 오로지 지방자치단체 임대사업자 미등록이라는 형식적인 흠결만을 문제삼아 15년간 계속 주택임대사업을 영위해 온 청구법인의 사업 실질을 외면한 것으로 이는 국세기본법제14조 제2항의 실질과세원칙에 위배되고, 헌법상 과잉금지원칙에도 위배되며, 조세법 질서의 예측가능성을 침해하는 것이므로 이 건 처분은 취소되는 것이 타당하다.
(4) 이 건 처분은 청구법인에게 회복할 수 없는 손해가 발생하므로 집행이 정지되어야 한다. (가) 처분청의 조사관은 부과제척기간이 남은 과거 4년분까지 소급하여 과세될 수 있음을 청구법인에게 시사하였고, 부과될 금액이 약 4억원을 상회할 것으로 예상되는바, 이는 월세수입 비중이 낮고 전세로 운영되어 현금유동성이 낮은 청구법인의 존립 자체를 위협하는 세부담으로, 이 건 처분의 집행이 계속될 경우 청구법인은 회복하기 어려운 손해를 입게된다. (나) 반면, 처분청은 집행을 본안 판단시까지 정지하더라도 국가의 조세수입이나 공공복리에 중대한 영향을 미칠 우려가 없고, 본안의 명백한 승소가능성이 인정되며, 집행정지의 요건 또한 충족하므로 이 건 처분의 집행은 정지되는 것이 타당하다. 특히, 청구법인의 2025.12.12. 기준 현금성 자산은 OOO원으로, 이미 고지된 종합부동산세 등 OOO원의 1/4에도 미치지 못하며, 연간 당기순이익 역시 2024사업연도 기준 OOO원에 불과하여 사실상 납부 불능 상태이다. 본안 결정 전 강제 징수가 이루어질 경우 청구법인의 사업 기반이 회복 불가능하게 붕괴될 위험이 현저하므로, 집행정지의 긴급한 필요성이 명백하다.
(1) 이 건 처분의 근거법령에 대하여 헌법재판소는 합헌결정을 한바 있다. 헌법재판소는 주택법 및 주거기본법에서 정한 조정대상지역의 의미, 조정대상지역의 지정·해제의 절차 등을 볼 때 종합부동산세법령상 조정대상지역에 대한 중과 규정에 대하여 합헌이라고 결정(헌법재판소 2024.5.30. 선고 2022헌바238 결정)하였음에도 청구법인은 해당 결정 내 소수의견을 들어 종합부동산세법령의 위헌성을 주장하고 있으므로 이는 이치에 맞지 않는다.
(2) 청구법인은 임대사업자로 등록한 사실이 없고, 비과세관행 등에 대한 청구주장은 타당하지 아니하다. (가) 청구법인의 2011년도 귀속 종합부동산세 합산배제 신고서를 보면 시군구등록번호 42*-***8(등록일 2010.12.27.)로 기재하여 지방자치단체에 임대사업자로 등록이 되어 있는 것처럼 신고하였으나, 청구법인은 단 한번도 지방자치단체에 임대사업자로 등록을 한바 없어 사실상 2011년도부터 종합부동산세 과세가 누락되었다. (나) 청구법인은 14년간 쟁점부동산에 대하여 계속 합산배제를 적용하여 과세제외가 되었으므로 이는 과세관청의 묵시적 견해표명에 해당하여 비과세관행이 성립하였다고 주장하나, 처분청은 지방자치단체 임대사업자 등록을 하지 않은 경우에는 계속 종합부동산세를 과세하여 왔고, 앞으로도 과세할 예정이며, 청구법인의 경우 단순 과세누락에 해당하는 것으로, 비과세 관행이라 하더라도 특정 사업자의 특정 부동산에만 비과세 관행이 적용된다고 할 수는 없다. (다) 또한, 청구법인의 주장은 과거 10년간 종합부동산세 누락으로 경제적 이익을 누린 것에 더해 미래에도 과세제외를 주장하는 것으로 과세평등의 원칙에 반하는 주장이다.
(3) 정당한 종합부동산세법령에 근거하여 부과한 이 건 처분은 타당하다. (가) 청구법인은 자기가 지방자치단체 임대사업자를 등록하지 아니한 사안에 대하여 임대사업자 미등록을 형식적인 흠결일 뿐이라고 주장하나, 지방자치단체 임대사업자 등록은 임대료 5% 증액 상한이나 8년 이상(10년 이상) 장기임대요건 등 서민의 주거안정을 위한 목적으로 이를 위반할 경우 과태료까지 부과하고 있음에도 임대사업자 미등록을 단순한 형식적 흠결이라고 주장하는 것은 의무의 부담없이 권리만을 행사하겠다는 것과 같다. (나) 정부가 2020.6.17. 발표한 부동산 종합대책을 보면, 이는 법인을 활용한 투기수요를 근절할 목적으로 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제8호 나목을 보면 합산배제 제외되는 주택은 법인의 경우 조정대상지역 공고가 있은 날(서울특별시 강남구의 경우 2017.8.3.), 이미 공고된 경우는 2020.6.17.이 지난 후 사업자 등록 등을 신청(지방자치단체 임대사업자 등록일, 세무서 임대사업자 등록일 중 늦은 날 기준)한 조정대상지역에 있는 장기일반 민간임대주택에 대하여 종합부동산세 합산배제 적용을 제외하도록 하고 있다. (다) 이 개정 규정의 취지는 사업자등록 신청기한을 두어 신청기한 경과 후에는 더 이상 조정대상지역에 있는 법인이 보유한 임대주택에 종합부동산세 합산배제 혜택을 부여하지 않겠다는 것으로 청구법인은 현재까지 지방자치단체에 임대사업자 등록을 하지 않았으므로 종합부동산세법령상 종합부동산세 합산배제 제외 대상에 해당하지 않는바, 청구법인에게 한 종합부동산세등 부과처분은 타당하다.
3. 심리 및 판단
① 청구법인이 보유한 쟁점부동산에 대하여 종합부동산세를 부과한 처분의 당부
② 이 건 처분에 대하여 집행정지결정을 해야 한다는 청구주장의 당부
(1) 대한민국 헌법 제107조 ① 법률이 헌법에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 법원은 헌법재판소에 제청하여 그 심판에 의하여 재판한다.
② 명령ㆍ규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원은 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다.
③ 재판의 전심절차로서 행정심판을 할 수 있다. 행정심판의 절차는 법률로 정하되, 사법절차가 준용되어야 한다. 제111조 ① 헌법재판소는 다음 사항을 관장한다.
1. 법원의 제청에 의한 법률의 위헌여부 심판
(2) 국세기본법 제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다.
1. 조세범 처벌절차법에 따른 통고처분
2. 감사원법에 따라 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분
3. 이 법 및 세법에 따른 과태료 부과처분 제56조(다른 법률과의 관계) ① 제55조에 규정된 처분에 대해서는 행정심판법의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 심사청구 또는 심판청구에 관하여는 행정심판법 제15조, 제16조, 제20조부터 제22조까지, 제29조, 제36조 제1항, 제39조, 제40조, 제42조 및 제51조를 준용하며, 이 경우 “위원회”는 “국세심사위원회”, “조세심판관회의” 또는 “조세심판관합동회의”로 본다. 제57조(심사청구 등이 집행에 미치는 효력) ① 이의신청, 심사청구 또는 심판청구는 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 해당 처분의 집행에 효력을 미치지 아니한다. 다만, 해당 재결청(裁決廳)이 처분의 집행 또는 절차의 속행 때문에 이의신청인, 심사청구인 또는 심판청구인에게 중대한 손해가 생기는 것을 예방할 필요성이 긴급하다고 인정할 때에는 처분의 집행 또는 절차 속행의 전부 또는 일부의 정지(이하 “집행정지”라 한다)를 결정할 수 있다.
② 재결청은 집행정지 또는 집행정지의 취소에 관하여 심리ㆍ결정하면 지체 없이 당사자에게 통지하여야 한다.
(3) 국세기본법 시행령 제45조(처분집행중지) 법 제57조 단서에 따른 처분의 집행중지는 이의신청인, 심사청구인 또는 심판청구인이 심각한 재해를 입은 경우에 이를 정부가 조사하기 위하여 상당한 시일이 필요하다고 인정되는 경우에만 할 수 있다.
(4) 국세징수법 제52조(채권 압류의 효력 및 추심) ① 채권 압류의 효력은 제51조 제1항에 따라 채권 압류 통지서가 제3채무자에게 송달된 때에 발생한다.
② 관할 세무서장은 제51조 제1항에 따른 통지를 한 경우 체납액을 한도로 하여 체납자인 채권자를 대위(代位)한다.
③ 관할 세무서장은 제2항에 따라 채권자를 대위하는 경우 압류 후 1년 이내에 제3채무자에 대한 이행의 촉구와 채무 이행의 소송을 제기하여야 한다. 다만, 체납된 국세와 관련하여 국세기본법에 따른 이의신청ㆍ심사청구ㆍ심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 행정소송(이하 “심판청구등”이라 한다)이 계속 중이거나 그 밖에 이에 준하는 사유로 법률상ㆍ사실상 추심이 불가능한 경우에는 그러하지 아니하다.
④ 관할 세무서장은 제3항 단서의 사유가 해소되어 추심이 가능해진 때에는 지체 없이 제3채무자에 대한 이행의 촉구와 채무 이행의 소송을 제기하여야 한다. 제66조(공매) ⑤ 제1항 및 제2항에도 불구하고 심판청구등이 계속 중인 국세의 체납으로 압류한 재산은 그 신청 또는 청구에 대한 결정이나 소(訴)에 대한 판결이 확정되기 전에는 공매할 수 없다. 다만, 그 재산이 제67조 제2호에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
(5) 종합부동산세법 제8조(과세표준) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.
1. 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 민간임대주택, 공공주택 특별법에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택
2. 제1호의 주택외에 종업원의 주거에 제공하기 위한 기숙사 및 사원용 주택, 주택건설사업자가 건축하여 소유하고 있는 미분양주택, 가정어린이집용 주택, 수도권정비계획법 제2조 제1호에 따른 수도권 외 지역에 소재하는 1주택 등 종합부동산세를 부과하는 목적에 적합하지 아니한 것으로서 대통령령으로 정하는 주택. 이 경우 수도권 외 지역에 소재하는 1주택의 경우에는 2009년 1월 1일부터 2011년 12월 31일까지의 기간 중 납세의무가 성립하는 분에 한정한다.
③ 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장(이하 “관할세무서장”이라 한다)에게 해당 주택의 보유현황을 신고하여야 한다.
(6) 종합부동산세법 시행령(2020.8.7. 대통령령 제30921호로 일부개정된 것) 제3조(합산배제 임대주택) ① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 공공주택 특별법 제4조에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다) 또는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지, 제10호 또는 제11호의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호 또는 제9호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 주택의 보유현황 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.
8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 가목 1)부터 3)까지의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 나목 1)부터 4)까지에 해당하는 주택의 경우는 제외한다.
1. 다음의 구분에 따른 공시가격이 그 구분에 따른 금액 이하일 것
(1) 해당 주택의 소재지가 수도권인 경우: 6억원
(2) 해당 주택의 소재지가 수도권 밖의 지역인 경우: 3억원
2. 10년 이상 계속하여 임대하는 것일 것. 이 경우 임대기간을 계산할 때 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 제3항에 따라 같은 법 제2조 제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 제7항 제1호에도 불구하고 같은 법 시행령 제34조 제1항 제3호에 따른 시점부터 그 기간을 계산한다.
3. 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 민간임대주택에 관한 특별법 제44조 제4항에 따라 정한 기준을 준용한다.
1. 1세대가 국내에 1주택 이상을 보유한 상태에서 세대원이 새로 취득(제7항 제2호 또는 제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우의 취득은 제외한다)한 조정대상지역(주택법 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역을 말한다. 이하 같다)에 있는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 주택(주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다)을 취득하거나 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다]
2. 법인 또는 법인으로 보는 단체가 조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상지역의 경우 2020년 6월 17일을 말한다)이 지난 후에 사업자등록등을 신청(임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함하며, 제7항 제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우는 멸실된 주택에 대한 신청을 말한다)한 조정대상지역에 있는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택
3. 2020년 7월 11일 이후 종전의 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 제1항에 따라 등록 신청한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택
4. 종전의 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택으로서 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조 제3항에 따라 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택으로 변경신고한 주택
(7) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 일부개정된 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(주택법 제2조 제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다.
7. “임대사업자”란 공공주택 특별법 제4조 제1항에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다. 제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다. 다만, 외국인은 국내에 체류하는 자로서 출입국관리법 제10조의 체류자격에 따른 활동범위를 고려하여 대통령령으로 정하는 체류자격에 해당하는 경우에 한정하여 등록을 신청할 수 있다.
② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.
1. 삭제
2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택
3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택 제67조(과태료) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게는 1천만원 이하의 과태료를 부과한다.
1. 제5조 제1항에 따른 등록을 하지 아니하고 민간임대주택을 임대한 자
(1) 쟁점부동산에 대한 처분청의 종합부동산세등 부과 경위는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2010.7.5. 처분청에 부동산임대업(주업종 코드 701103)으로 사업자등록을 하고, 2011.9.22. 2011년도 귀속 종합부동산세 신고 시 쟁점부동산 16호실에 대하여 아래 ＜표＞와 같이 처분청에 등록한 사업자번호(등록일 2010.7.5.)와 시군구 등록번호 42*-***8(등록일 2010.12.27.)로 기재하여 임대주택 합산배제신고서를 제출하였으며, 이후에도 동일하게 쟁점부동산에 대하여 임대주택 합산배제신고를 하였고, 이에 처분청은 청구법인에게 2024년 귀속분까지 종합부동산세등을 부과하지 아니하였다. ＜표＞ 청구법인의 2011년도 귀속 임대주택 합산배제 신고서(일부발췌) (나) 쟁점부동산이 위치한 서울특별시 강남구는 2016.11.3. 조정대상지역으로 지정되었고, 정부는 2020.8.7. 대통령령 제30921호 종합부동산세법 시행령을 개정하였으며, 이에 따르면, 개인 다주택자가 법인을 통해 주택을 분산 보유함으로써 다주택자에 대한 종합부동산세 과세를 회피하는 것을 방지하기 위하여 법인이 조정대상지역 공고일이 지난 후 또는 기존 조정대상지역에서 2020.6.17.이 지난 후에 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택의 임대사업자 등록 등을 신청한 주택은 종합부동산세 과세표준 합산의 대상에 포함하도록 하였다. (다) 처분청은 청구법인이 쟁점부동산에 대하여 임대사업자 등록을 한 사실이 확인되지 않아 청구법인에게 2025년 귀속 종합부동산세 등을 부과하였다. (라) 처분청 조사관은 담당 구청에 청구법인이 기재한 임대사업자 등록번호를 확인해 본 결과 전혀 등록된바 없는 불명의 번호라는 확인을 받았고, 현재까지도 청구법인이 임대사업자로 등록된바 없으며, 이 건 종합부동산세등은 청구법인의 신청으로 6개월 징수유예되었으고, 2026.4.16. 심판관회의에 출석하여 청구법인이 2011년 최초 쟁점부동산에 대하여 종합부동산세 합산배제신고를 한 이후에는 별도로 합산배제신고를 하지 않았다고 답변하였다. (마) 처분청이 청구법인에게 한 종합부동산세 부과처분의 근거인 종합부동산세법령에 대하여 헌법재판소나 대법원이 위헌이나 무효로 결정한 사실이 없다.
(2) 집행정지의 필요성이 있다며 청구법인이 제시한 자료는 다음과 같다. (가) 2015.1.1.부터 2025.12.16.까지의 청구법인의 OOO 거래내역서을 보면 청구법인의 계좌에 보유중인 현금성 자산은 2025.12.12. 기준 OOO원으로 나타난다. (나) 처분청이 발급한 청구법인의 표준재무제표증명서(2022사업연도∼2024사업연도)를 보면 청구법인의 자본금은 5천만원이고, 표준손익계산서상 부동산임대수입은 2022사업연도 OOO원, 2023사업연도 OOO원, 2024사업연도 OOO원이며, 당기순손익은 2022사업연도 OOO원, 2023사업연도 OOO원, 2024사업연도 OOO원으로 나타난다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 종합부동산세등 부과처분이 위헌인 법령에 근거한 처분이므로 위법하고, 평등의 원칙, 신뢰보호원칙, 실질과세의 원칙등에도 위배된다고 주장하나, 종합부동산세법제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항, 민간임대주택에 관한 특별법제2조 제7호 등에 따르면, 임대주택으로서 종합부동산세 합산배제 대상이 되기 위해서는 법인세법에 따른 주택임대업 사업자등록뿐만 아니라 민간임대주택에 관한 특별법제2조 제7호에 따른 임대사업자로 등록한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 임대주택이어야 하고, 종합부동산세법 시행령제3조 제1항 제8호 나목 2)는 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 법인이 조정대상지역의 공고가 있은 날이 지난 후에 사업자등록등을 신청한 조정대상지역에 있는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택은 합산배제 임대주택에서 제외하도록 규정하고 있다. 청구법인은 2010.7.5. 처분청에 주택임대사업자로 등록을 하고 2011년도 귀속 종합부동산세 신고서 제출 시 쟁점부동산을 임대주택 합산배제신청서를 제출하면서 시군구 등록번호 42*-***8(등록일 2010.12.27.)로 기재하여 제출하였으나, 이는 알 수 없는 등록번호로 확인이 되고, 쟁점부동산이 속한 서울특별시 강남구는 2016.11.3. 조정대상지역으로 지정되었으며, 임대사업자의 공적 의무강화 등을 통한 주택시장의 안정화를 목적으로 2020.8.7. 개정된 종합부동산세법 시행령에 따르면, 2020.6.17.이 지난 후에 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택의 임대사업자 등록 등을 신청한 주택은 종합부동산세 과세표준 합산의 대상에 포함하도록 하였으나, 현재까지도 청구법인이 민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제7호에 따른 임대사업자로 등록한 사실이 확인되지 않는 점, 청구법인은 이 건 부과처분 이전까지 비과세 관행이나 실질적으로 주택임대사업을 하였다는 점을 들어 이 건 처분이 부당하다고 주장하나, 종합부동산세법령에 명백하게 규정된 과세대상에 대하여 그간 처분청이 오류로 과세누락을 했다는 사정만으로 비과세 관행이 적용된다 할 수 없고, 청구법인이 임대주택 합산배제 신고서에 기재한 임대사업자 등록번호는 확인이 불가능한 정보인바, 이를 근거로 이 건 처분이 부당하다는 주장은 인정하기 어려운 점, 헌법 제111조 제1항은 법률의 위헌 여부에 관한 심판은 헌법재판소가 관장하도록 규정하고 있고, 제2항은 명령ㆍ규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원은 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다고 규정하고 있으며, 청구법인이 근거로 든 헌법재판소 2024.5.30. 선고 2022헌바238 결정에 따르면 종합부동산세법령상 조정대상지역에 대한 중과 규정에 대하여 합헌이라고 결정하였고, 청구법인은 해당 결정의 소수의견을 들어 위헌성을 주장하고 있으며, 평등의 원칙, 신뢰보호의 원칙 등 헌법에 위배되었다고 주장하는 종합부동산세법령에 대하여 헌법재판소나 대법원이 위헌이나 무효로 판단한 사실이 나타나지 않으므로, 처분 당시 유효한 규정들을 근거로 하여 이루어진 과세처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단되는 점(조심 2022서2080 외 123건, 2022.4.19. 외 다수, 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 쟁점부동산에 대하여 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 국세기본법 제56조는 처분의 효력정지를 규정한 행정심판법 제30조를 준용하지 않고 있고, 국세기본법제57조 제1항은 심판청구는 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 해당 처분의 집행에 효력을 미치지 아니하나, 다만, 재결청(裁決廳)인 우리 원이 처분의 집행 또는 절차의 속행때문에 심판청구인에게 중대한 손해가 생기는 것을 예방할 필요성이 긴급하다고 인정할 때에는 처분의 집행 또는 절차 속행의 전부 또는 일부의 정지(이하 "집행정지"라 한다)를 결정할 수 있도록 규정하고 있다. 청구법인은 이 건 처분의 집행정지를 하지 않을 경우 청구법인에게 중대한 손해가 발생한다거나 청구법인의 명백한 승소가능성이 인정되므로 집행정지의 요건을 충족한다고 주장하나, 처분청의 현행 법령에 근거한 이 건 종합부동산세등 부과처분이 청구법인에게 중대한 손해를 발생시키는 것이라고 볼 수 없고, 청구법인과 같은 경우에 대하여 법원 단계에서 현재까지 인용된 사례가 없어 이후 명백한 승소가능성이 있다고 볼 여지도 없는바, 이 건 처분의 집행정지를 요청하는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.