처분청이 청구인의 쟁점주택에 대한 임대사업자등록이 민간임대주택법 제6조 제5항에 따라 2020.9.21. 자동말소된 사실을 확인한 점, 처분청이 청구인에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 한 것으로 보기 어려우므로 이 건에 대하여 신뢰보호원칙 등을 적용하기 어려운 점 등에 비추어, 위 청구주장을 받아들이기는 어렵다 할 것임.
처분청이 청구인의 쟁점주택에 대한 임대사업자등록이 민간임대주택법 제6조 제5항에 따라 2020.9.21. 자동말소된 사실을 확인한 점, 처분청이 청구인에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 한 것으로 보기 어려우므로 이 건에 대하여 신뢰보호원칙 등을 적용하기 어려운 점 등에 비추어, 위 청구주장을 받아들이기는 어렵다 할 것임.
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
○○○
- 다. 청구인은 이에 불복하여 2025.12.19. 심판청구를 제기하였다.
(1) 처분청이 확인한 사실관계는 아래와 같다. (가) 서울특별시 송파구청장이 발급한 임대사업자등록증에 따르면 청구인은 2014.10.20. 쟁점임대주택을 ‘5년 임대주택(건설)’으로 하여 임대사업자등록(2014-송파구-임대사업자-OOO)을 한 것으로 나타나고, 처분청은 2025년 ‘등록말소 임대주택에 대한 종합부동산세 합산배제 사후관리 점검’ 당시 위 임대사업자의 등록이 2020.8.18. 개정된 민간임대주택법 제6조 제5항 에 따라 2020.10.20. 임대의무기간의 경과로 자동말소된 사실이 확인되는 것으로 보았다. (나) 국세청 전산자료에 따르면, 청구인은 2019.12.4. 쟁점주택에 대하여 종합부동산세 과세표준 합산배제 신고를 한 사실이 나타나고, 이후 추가로 해당 신고(또는 정정신고)를 한 사실이 없다. (다) 처분청은 당초 2021∼2024년 연도별로 정기분 종합부동산세의 결정 당시 쟁점주택을 주택분 과세대상 물건에서 제외하였으나, 2025년 ‘등록말소 임대주택에 대한 종합부동산세 합산배제 사후관리 점검’ 당시 청구인의 쟁점주택 임대사업자 등록이 2020.10.20. 자동말소되었음을 확인하여 쟁점주택을 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에 따른 과세표준 합산배제 대상 임대주택에서 제외하여 이 건 과세처분을 하였다.
(2) 청구인이 제출한 심리자료는 아래와 같다. (가) 청구인은 쟁점주택의 임대사업자 등록을 한 관할 지방자치단체인 서울특별시 송파구청장이 민간임대주택법 및 행정절차법상 중요한 행정처분인 ‘임대사업자의 자동말소’를 하였음에도 청구인에게 그 사실을 공식적으로 통보하지 않았고, 이러한 사실은 청구인이 서울특별시 송파구청장에게 이러한 사실을 지적하며 그 자동말소의 통보에 관한 문서의 발송기록을 요청하는 내용의 정보공개청구를 하였으나 서울특별시 송파구청장이 해당 문서의 공개 없이 오직 위 자동말소 당시의 ‘공문’만을 회신한 것으로 입증된다고 주장하면서, 해당 공문을 제출하였다. (나) 청구인은 그동안 이 건 과세처분 외의 제세를 성실하게 납부하는 등 조세회피와는 무관한 선량한 납세자로서 임대사업자로서의 의무(민간임대주택법상 임대료 증액 제한 등)를 성실히 이행했음에도, 국세기본법상 신의성실의 원칙과 신뢰보호원칙에 위배되는 이 건 과세처분을 받았다고 주장하면서, 국세‧지방세 완납증명서, 임대사업자 등록증 및 2020.10.20. 임대사업자 등록 자동말소 이후의 임대차계약서 13부를 제출하였다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 민간임대주택법의 관할 지방자치단체인 서울특별시 송파구청장과 같은 법의 임대사업자 등록 여부에 따라 종합부동산세 과세표준의 합산배제 등을 하는 처분청이 각 2020.8.18. 개정된 민간임대주택법 제6조 제5항 에 따른 임대주택 등록말소 사실의 통지 누락 및 이와 관련한 종합부동산세의 부과처분을 지연하여서 청구인의 임대사업자 재등록 등 자기구제의 기회가 박탈되고 5년간의 종합부동산세를 한꺼번에 부과하는 등 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙 및 신뢰보호원칙에 위배된다고 주장한다. 그러나 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호의 위임에 따른 같은 법 시행령 제3조 제1항에서 “ 민간임대주택법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하거나 소유하고 있는 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택”을 합산배제 임대주택으로 규정하고 있고, 이때 민간임대주택법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자는 같은 법 제5조에 따라 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 관할 지방자치단체장에게 주택임대사업자등록을 한 자로, 단순히 민간임대주택법에 따른 임대사업자등록을 하는 것에서 나아가 그러한 임대사업자등록을 유효하게 유지하고 있을 것까지를 포함한다고 해석하여야 하며, 2020.8.18. 개정된 민간임대주택법 제6조 제5항 에 따라 이루어진 단기민간임대주택에 대한 등록말소의 경우 법률에 직접 근거하여 이루어진 것이어서 별도의 처분 또는 통지가 필요하다고 볼 수 없는바(조심 2022서7226, 2022.12.15. 같은 뜻임), 처분청이 청구인의 쟁점주택에 대한 임대사업자등록이 민간임대주택법 제6조 제5항 에 따라 2020.9.21. 자동말소된 사실을 확인한 점, 처분청이 청구인에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 한 것으로 보기 어려우므로 이 건에 대하여 신뢰보호원칙 등을 적용하기 어려운 점 등에 비추어, 위 청구주장을 받아들이기는 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점주택에 대하여 2021∼2025년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2021.6.1., 2022.6.1., 2023.6.1., 2024.6.1. 2025.6.1.) 현재 종합부동산세 합산배제 임대주택의 요건을 충족하지 못하였다고 보아 청구인에게 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법 」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 종합부동산세법 제8조(과세표준) ②다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.
1. 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 민간임대주택, 공공주택 특별법에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택 제17조(결정과 경정) ①관할세무서장 또는 납세지 관할 지방국세청장(이하 “관할지방국세청장”이라 한다)은 과세대상 누락, 위법 또는 착오 등으로 인하여 종합부동산세를 새로 부과할 필요가 있거나 이미 부과한 세액을 경정할 경우에는 다시 부과ㆍ징수할 수 있다. (2) 종합부동산세법 시행령(2025.12.30. 대통령령 제35947호로 일부개정되기 전의 것) 제3조(합산배제 임대주택) ① 법 제8조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 공공주택 특별법 제4조 에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다) 또는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지, 제10호 또는 제11호의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호 또는 제9호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다. (후단 생략)
1. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택과 공공주택 특별법 제2조 제1호 의2에 따른 공공건설임대주택(이하 이 조에서 "건설임대주택"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우(각목 생략)
2. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택과 공공주택 특별법 제2조 제1호 의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 "매입임대주택"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(각목 생략)
3. 임대사업자의 지위에서 2005년 1월 5일 이전부터 임대하고 있던 임대주택으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택(단서 생략)
4. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(각목 생략)
민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제4호 에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택(각목 생략)
민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제6호 의2에 따른 단기민간임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택(각목 생략)
민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제6호 의2에 따른 단기민간임대주택으로서 가목1)부터 3)까지의 요건을 모두 갖춘 주택. (단서 및 각목 생략)
⑨ 법 제8조 제2항 제1호에 따른 주택을 보유한 자가 합산배제 임대주택의 규정을 적용받으려는 때에는 기획재정부령으로 정하는 임대주택 합산배제 신고서에 따라 신고하여야 한다. 다만, 최초의 합산배제 신고를 한 연도의 다음 연도부터는 그 신고한 내용 중 기획재정부령으로 정하는 사항에 변동이 없는 경우에는 신고하지 아니할 수 있다. (3) 임대주택법 (2014.5.28. 법률 제12704호로 일부개정되어 2014.9.29. 시행된 것) 제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.
1. “임대주택”이라 함은 임대 목적에 제공되는 건설임대주택 및 매입임대주택을 말한다.
2. “건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다.
4. “임대사업자”란 국가, 지방자치단체, 한국토지주택공사, 지방공사, 제6조에 따라 주택임대사업을 하기 위하여 등록한 자 또는 제7조에 따라 설립된 임대주택조합을 말한다. 제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장·군수·구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다. (단서 생략) 제6조(임대사업자의 등록) ① 대통령령으로 정하는 호수(戶數) 이상의 주택을 임대하려는 자는 특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.
③ 제1항과 제2항에 따른 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 임대 주택법 시행령(2014.9.24. 대통령령 제25634호로 일부개정된 것) 제13조(임대주택의 임대의무기간 등) ① 법 제16조제1항제4호에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 말한다.
1. 준공공임대주택으로 등록한 민간건설임대주택 또는 매입임대주택: 준공공임대주택의 임대 개시일부터 10년. (후단 생략)
2. 그 밖의 임대주택: 임대 개시일부터 5년 (5) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 “준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.
2. “민간건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.
5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.
6. “단기민간임대주택”이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.
7. "임대사업자"란 공공주택 특별법 제4조 제1항 에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다. (6) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 것) 제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "민간임대주택"이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 "준주택"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.
2. "민간건설임대주택"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.
5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(주택법 제2조 제20호 의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다.
6. 삭제 <2020. 8. 18.>
7. "임대사업자"란 공공주택 특별법 제4조 제1항 에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다. 제6조[임대사업자 등록의 말소] ⑤ 종전의 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트(주택법 제2조 제20호 의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다. 부칙 <법률 제17482호, 2020.8.18.> 제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제6조 제1항 제12호, 제48조 제2항 및 법률 제17452호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 제5조, 제5조의6, 제5조의7, 제6조, 제43조, 제67조의 개정규정은 2020년 12월 10일부터 시행한다. 제7조(자동 등록 말소 관련 경과조치) 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 제2조 제5호에 따른 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다.
(7) 국세기본법 제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. (단서 생략)
⑨ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다. 제21조(납세의무의 성립시기) ② 제1항에 따른 국세를 납부할 의무의 성립시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.
10. 종합부동산세: 과세기준일 (8) 국세기본법 시행령 제12조의3(국세 부과제척기간의 기산일) ① 법 제26조의2 제9항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.
2. 종합부동산세 및 인지세의 경우 해당 국세의 납세의무가 성립한 날
결정 내용은 붙임과 같습니다.