조세심판원 심판청구 종합부동산세

신축 후 미분양·공실 상태인 쟁점주택에 대하여 종합부동산세를 부과한 처분의 당부

사건번호 조심-2026-서-0346 선고일 2026.02.19 조세심판원

국세청은 합산배제 신고기간 내에 신고서를 제출하지 않은 경우에도 실질적 요건을 충족하였다면 사후적으로 합산배제 적용이 가능하다고 해석·집행하고 있는 점(서면-2022-부동산-4958, 2023.10.5.) 등에 비추어, 처분청이 쟁점주택을 종합부동산세 합산대상으로 보아 청구법인게게 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

[이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인(대표이사 A, 1인 주주 법인임)은 2021.7.21. 부동산 개발업 영위를 목적으로 설립되었고, 2021.12.15. 도봉구청장으로부터 건축법 제11조 에 따른 허가를 받아 2024.10.21. OOO 소재 신축빌라 10세대(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 준공하였다.
  • 나. 처분청은 쟁점주택을 종합부동산세 과세대상이 되는 주택으로 보아, 2025.11.20. 청구법인에게 2025년 귀속 종합부동산세 OOO원을 결정·고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.12.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점주택은 2024.10.21. 사용승인 이후 현재까지 전 세대가 미분양 및 미임대 상태로 공실이고, 수익이 전혀 발생하지 않고 있다. 실질적으로 주거 기능을 상실했음이 증명됨에도, 단순히 공부상 주택으로 등록되어 있다는 이유만으로 거액의 세금을 부과하는 것은 국세기본법상 실질과세의 원칙에 정면으로 위배된다.

(2) 조세는 납세자의 담세력에 맞게 부과되어야 한다는 응능부담의 원칙과 과잉금지의 원칙(비례의 원칙)이 준수되어야 하는바, 청구법인은 대규모 사업손실로 파산 위기에 직면해 있고, 특히 청구법인 대표이사의 배우자가 중병에 걸려 고액의 치료비가 발생하는 등 경제적으로 매우 가혹한 상황이다. 이러한 사정을 외면한 채 징벌적 과세를 유지하는 것은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견 (1) 종합부동산세법 제7조 에 따라 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 쟁점주택은 과세기준일 현재 건축물대장 및 등기부등본상 '주택'으로 등록되어 있고, 주택분 재산세가 부과되었으므로 종합부동산세 과세처분은 적법하다.

(2) 헌법재판소 및 대법원에 의하여 무효로 확인되지 않은 법령의 위헌성 여부에 대한 판단은 조세심판원의 판단 범위를 벗어나는 것이므로 청구법인의 주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 신축 후 미분양·공실 상태인 쟁점주택에 대하여 종합부동산세를 부과한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령 등

(1) 종합부동산세법 제1조(목적) 이 법은 고액의 부동산 보유자에 대하여 종합부동산세를 부과하여 부동산보유에 대한 조세부담의 형평성을 제고하고, 부동산의 가격안정을 도모함으로써 지방재정의 균형발전과 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다. 제7조(납세의무자) ①과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 제8조(과세표준) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 민간임대주택, 공공주택 특별법에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택

2. 제1호의 주택외에 종업원의 주거에 제공하기 위한 기숙사 및 사원용 주택, 주택건설사업자가 건축하여 소유하고 있는 미분양주택, 가정어린이집용 주택, 수도권정비계획법 제2조제1호 에 따른 수도권 외 지역에 소재하는 1주택 등 종합부동산세를 부과하는 목적에 적합하지 아니한 것으로서 대통령령으로 정하는 주택. 이 경우 수도권 외 지역에 소재하는 1주택의 경우에는 2009년 1월 1일부터 2011년 12월 31일까지의 기간 중 납세의무가 성립하는 분에 한정한다.

③ 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장(이하 “관할세무서장”이라 한다)에게 해당 주택의 보유현황을 신고하여야 한다. (2) 종합부동산세법 시행령 제4조(합산배제 사원용주택등) ① 법 제8조 제2항 제2호 전단에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 다음 각 호의 주택(이하 “합산배제 사원용주택등”이라 한다)을 말한다.

3. 과세기준일 현재 사업자등록을 한 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 자가 건축하여 소유하는 주택으로서 재정경제부령이 정하는 미분양 주택

  • 가. 주택법 제15조 에 따른 사업계획승인을 얻은 자
  • 나. 건축법제11조에 따른 허가를 받은 자

⑤ 법 제8조 제2항 제2호에 따른 주택(제1항 제13호에 해당하는 주택은 제외한다)을 보유한 자가 합산배제 사원용주택등의 규정을 적용받으려는 때에는 재정경제부령으로 정하는 사원용주택등 합산배제 신고서에 따라 신고해야 한다. 다만, 최초의 합산배제 신고를 한 연도의 다음 연도부터는 그 신고한 내용 중 재정경제부령으로 정하는 사항에 변동이 없는 경우에는 신고하지 않을 수 있다. (3) 종합부동산세법 시행규칙 제4조(합산배제 미분양 주택의 범위) 영 제4조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 “재정경제부령이 정하는 미분양 주택”이란 주택을 신축하여 판매하는 자가 소유한 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 미분양 주택을 말한다.

1. 주택법 제15조 에 따른 사업계획승인을 받은 자가 건축하여 소유하는 미분양 주택으로서 2005년 1월 1일 이후에 주택분 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년이 경과하지 않은 주택. (단서 및 각 호 생략)

2. 건축법 제11조 에 따른 허가를 받은 자가 건축하여 소유하는 미분양 주택으로서 2005년 1월 1일 이후에 주택분 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년이 경과하지 않은 주택. (단서 및 각 호 생략)

(4) 건축법 제11조(건축허가) ① 건축물을 건축하거나 대수선하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 허가를 받아야 한다. 다만, 21층 이상의 건축물 등 대통령령으로 정하는 용도 및 규모의 건축물을 특별시나 광역시에 건축하려면 특별시장이나 광역시장의 허가를 받아야 한다. (5) 건축법 시행령 제9조(건축허가 등의 신청) ① 법 제11조 제1항에 따라 건축물의 건축 또는 대수선의 허가를 받으려는 자는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 허가신청서에 관계 서류를 첨부하여 허가권자에게 제출하여야 한다. (단서 생략)

② 허가권자는 법 제11조 제1항에 따라 허가를 하였으면 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 허가서를 신청인에게 발급하여야 한다. (6) 건축법 시행규칙 제8조(건축허가서 등) ① 영 제9조 제2항에 따른 건축허가서 및 영 제15조 제9항에 따른 가설건축물 건축허가서는 별지 제2호서식과 같다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 부동산 개발업 영위를 목적으로 2021.7.21. 설립되어(<그림1> 참고), 2021.12.15. 건축법 제11조 에 따른 허가(<그림2> 참고)를 받아 쟁점주택을 신축하였다. <그림1> 청구법인 사업자등록증 ㅇㅇㅇ <그림2> 건축 허가서 ㅇㅇㅇ

(2) 쟁점주택은 2024.10.21. 사용승인되었고, 주택분 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날은 2025.6.1.이며, 쟁점주택의 부동산 등기부등본(<그림3> 참고) 확인 결과, 사용승인일 이후 2024.11.26. 신탁을 원인으로 하여 수탁자인 A(주)에 소유권이 이전된 것으로 확인된다. 해당 신탁은 부동산담보신탁계약서 및 신탁특약(<그림4> 참고)상 대출을 위한 담보신탁으로 확인된다. <그림3> 등기부등본(10세대 모두 동일함) ㅇㅇㅇ (그림 삽입을 위한 여백임) <그림4> 부동산담보신탁계약서 및 신탁특약 주요내용 ㅇㅇㅇ

(3) 청구법인은 쟁점주택의 실질적 주거 기능 상실을 입증하기 위해 공공요금(가스·전기·수도) 사용실적 내역, 소방서 현장 실사 결과, 전입세대 확인서 등을 제출한바, 쟁점주택은 사용승인 이후 전세대에 거주자가 없는 공실 상태임이 확인된다.

(4) 청구법인은 2025년 상반기 재무제표상 자본잠식 상태이고 부채 총액이 약 OOO원에 이르며 매출 없이 비용만 발생하고 있고, 이 건 처분으로 인한 법인 파산 및 쟁점주택 경매 시 치료에 필요한 최소한의 경제력마저 상실하여 중증 환자의 생존권을 박탈하는 부당한 결과를 초래한다는 주장과 함께, 대표이사 배우자가 중증 환자(암 4기)임을 입증하는 진단서 등을 제출하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 종합부동산세법 제8조 제2항 제2호 에서 “주택건설사업자가 건축하여 소유하고 있는 미분양 주택 등 대통령령으로 정하는 주택”은 과세표준 합산 대상주택의 범위에서 제외하며, 같은 법 시행령 제4조 제1항 제3호에서 대통령령으로 정하는 주택을 “과세기준일 현재 사업자등록을 한 자로서 건축법 제11조 에 따른 허가를 받은 자가 건축하여 소유하는 주택으로서 재정경제부령이 정하는 미분양 주택”으로 규정하고, 같은 법 시행규칙 제4조 제2호에서 재정경제부령이 정하는 미분양 주택을 “주택을 신축하여 판매하는 자가 소유한 건축법 제11조 에 따른 허가를 받은 자가 건축하여 소유하는 미분양 주택으로서 2005년 1월 1일 이후에 주택분 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년이 경과하지 않은 주택”으로 규정하는 바, 쟁점주택은 과세기준일 현재 사업자등록을 하고, 건축법 제11조 에 따른 허가를 받은 청구법인이 건축하여 소유하는 주택으로서, 소방서 공문 및 공공요금 내역 등을 통해 사용승인 후 5년 이내의 미분양 주택으로 확인되는 주택이므로, 종합부동산세법 제8조 제2항 제2호 에 따라 종합부동산세를 부과하는 목적에 적합하지 아니한 주택에 해당하는 점, 비록 종합부동산세법령은 합산배제를 받으려면 합산배제신고서에 따라 신고해야 한다고 규정하고 있으나, 국세청은 합산배제 신고기간 내에 신고서를 제출하지 않은 경우에도 실질적 요건을 충족하였다면 사후적으로 합산배제 적용이 가능하다고 해석‧집행하고 있는 점(서면-2022-부동산-4958, 2023.10.5.) 등에 비추어, 처분청이 쟁점주택을 종합부동산세 합산대상으로 보아 청구법인에게 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

OO세무서장이 2025.11.20. 청구법인에게 한 종합부동산세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)