이와 같은 사정을 종합하여 보면, 쟁점주택이 합산배제 임대주택 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단됨
이와 같은 사정을 종합하여 보면, 쟁점주택이 합산배제 임대주택 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단됨
○○○
- 라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.11.20. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점주택에 대하여 관할 세무서장에게 부동산 임대업으로 사업자등록을 신청하였고, 관할 지방자치단체장에게 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록 신청을 마친 후, 실제로 주택임대사업을 영위하면서 임대차계약 체결, 임대수익 발생에 따른 법인세 신고 등 관련 제세 의무를 성실히 이행하여 왔다. 청구법인의 사업자등록증상 업태·종목이 ‘부동산/임대’로 기재되어 있으나, 이는 주택임대를 포함하는 개념으로 보아야 하고, 별도로 종목 등에 ‘주택임대업’이라는 문구를 추가하지 않았다는 사정만으로 종합부동산세 합산배제 임대주택 요건을 충족하지 못하였다고 보는 것은 지나치게 형식적인 해석이고 실질과세의 원칙에도 위배된다. 과거 과세관청의 질의회신(서면인터넷방문상담5팀-633, 2008.3.24.) 에 따르면, 지방자치단체장에게 임대사업자로 등록하고 세무서에 등록된 사업자번호로 임대주택에서 발생하는 수입금액 등을 세법이 정하는 바에 따라 신고·납부하였다면, 합산배제 임대주택 요건을 충족한 것으로 회신한 바 있다.
- 나. 처분청 의견 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 는 종합부동산세 과세표준에 합산되지 아니하는 임대주택을 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제3조 제1항은 그 요건으로 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하거나 소유하고 있는 주택일 것을 규정하고 있으며, 동 규정은 2008.2.22. 개정을 통해 합산배제 임대주택의 요건을 ‘사업자등록’이 아닌 ‘주택임대업 사업자등록’으로 명확히 하였다. 청구법인은 과세기준일 현재 주택임대업으로 사업자등록을 신청하거나 정정한 사실이 없다. 따라서 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 에서 규정한 주택임대업 사업자등록 요건을 충족하지 못하였다. 종합부동산세 합산배제 임대주택에 관한 규정은 조세부담을 경감하는 특례 규정에 해당하므로, 조세법률주의 원칙상 법문대로 엄격하게 해석하여야 한다. 법령에서 정한 주택임대업 사업자등록 요건이 충족되지 아니한 이상 설령 청구법인이 주택임대사업을 영위하고 관련 세금을 신고·납부하였다고 하더라도, 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 에서 정한 주택임대업 사업자등록 요건을 대체할 수는 없다.
(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 국세통합전산망(NTIS)에서 확인되는 쟁점주택에 관한 사업자등록내역에 의하면, 해당 사업장은 청구법인의 지점으로 상호는 (재)A, 소재지는 서울특별시 OOO, 개업일은 2018.5.4.로 확인되며 주업종으로 업종코드 701201, 주업태 부동산, 주종목 임대로 등록된 사실이 확인된다(이후 청구법인은 2025.8.28. 주업종을 주거용 부동산 임대(701103), 부업종을 부동산 임대(701201)로 사업자등록 정정신청을 하였다). (나) 청구법인은 2021년 9월경 OOO가 준공된 이후 임대를 개시하여 부동산임대업을 영위하면서 과세매출과 면세수입금액을 구분하여 신고하였는바, 청구법인의 부가가치세 신고현황은 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구법인의 OOO 부동산 임대 관련 부가가치세 신고 현황
○○○ (다) 국세청 “업종코드-한국표준산업분류 연계표”상 부동산 임대에 대한 내용은 아래 <표3>과 같다. <표3> 업종코드-한국표준산업분류 연계표 내역
○○○ (라) 청구법인이 제출한 제출한 과세관청 질의회신문의 내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 서면인터넷방문상담5팀-633, 2008.3.24. 회신문
○○○ (마) 처분청이 제시한 민간임대주택법 시행규칙 별지 제1호 서식상 사업장 현황 기재란에 주택임대업 관련 업태·종목·업종코드가 기재되어 있다. <표5> 민간임대주택법 시행규칙 별지 제1호 서식 中
○○○ (바) 2008년 6월 발간된 기획재정부의 “2007 간추린 개정세법 해설”[544페이지 12. 합산배제 임대주택 사업자요건 명확화(영§3①)]의 내용은 아래 <표6>과 같다. <표6> 2007 간추린 개정세법 해설 종 전 개 정
□ 합산배제 임대주택 사업자요건
○ 임대주택법제2조제4호의 규정에 따른 임대사업자등록
○ 소득세법제168조 또는 법인세법 제111조의 규정에 따른 사업자등록
□ 합산배제 임대주택 사업자요건 <좌 동>
○ 소득세법제168조 또는 법인세법 제111조의 규정에 따른 주택임대 사업자등록
(2) 개정이유
• 현행 합산배제 임대주택 사업자는 주택임대사업자 등록을 할 것이 요구되나, 조문상 ‘사업자등록’이라 표기되어 있어
• 다른 업종의 사업자등록만으로 합산배제임대주택의 요건을 구비한 것으로 오인할 가능성이 있어 요건을 명확히 할 필요
(3) 적용시기 및 적용례
• 2008.1.1. 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용 (사) 청구법인이 사업자등록 신청 당시 제출한 사업자등록신청서는 아래 <그림>과 같다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 아래와 같이 살피건대, 처분청은 이 사건 과세기준일 현재 청구법인이 부동산임대업으로만 사업자등록을 하였을 뿐, 주택임대업으로 등록한 사실이 없어 쟁점주택은 합산배제 임대주택에 해당하지 않는다는 의견이다. 그러나, 한국표준산업분류에 따르면 부동산 임대업은 그 하위 분류로 주거용 건물 임대업과 비주거용 건물 임대업 등을 하위 분류로 두고 있는바, 청구법인의 사업자등록증에는 업태가 ‘부동산’, 종목이 ‘임대’로 기재되어 있고 실제로 청구법인은 주택임대업을 영위하면서 관련 수입금액 등을 신고·납부한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 주택임대업 사업자등록 의무를 미이행하였다고 단정하기는 어려워 보인다. 또한, 국세통합전산망에 등록된 청구법인의 업종코드가 비주거용 부동산 임대업(701201)로 등록되어 있기는 하나 해당 업종코드는 경비율 산정 등을 위한 관리 목적의 분류 코드로 보일 뿐 이를 주택임대업 사업자등록 여부를 판단하기 위한 법정 요건으로 기능한다고 보기도 어렵다. 아울러, 이 사건 심리 중 2026.2.27. 대통령령 제36132호로 개정된 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 은 합산배제 임대주택 요건을 “과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 사업자등록을 한 자”로 완화하였고 같은 영 부칙 제2조(합산배제 임대주택에 관한 적용례)는 위 개정규정이 이 영 시행 이후 과세표준 및 세액을 신고하거나 결정·경정하는 분부터 적용되는 것으로 규정하고 있는 점도 함께 고려할 필요가 있어 보인다. 이와 같은 사정을 종합하여 보면, 쟁점주택이 합산배제 임대주택 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 종합부동산세법 제7조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자로서 국내에 있는 재산세 과세대상인 주택의 공시가격을 합산한 금액이 6억원을 초과하는 자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 제8조(과세표준) ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.
1. 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 민간임대주택, 공공주택 특별법에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택
③ 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 해당 주택의 보유현황을 신고하여야 한다. (2) 종합부동산세법 시행령(2026.2.27. 대통령령 제36132호로 일부개정되기 전의 것) 제3조(합산배제 임대주택) ① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 공공주택 특별법제4조에 따른 공공주택사업자 또는 민간임대주택에 관한 특별법제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법제168조 또는 법인세법제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다. (각 호 생략) (3) 종합부동산세법 시행령(2026.2.27. 대통령령 제36132호로 일부개정된 것) 제3조(합산배제 임대주택) ①법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 공공주택 특별법 제4조 에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다) 또는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지, 제10호 또는 제11호의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호 또는 제9호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 주택의 보유현황 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다. (각 호 생략) 부칙 제2조(합산배제 임대주택에 관한 적용례) 제3조 제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준 및 세액을 신고하거나 결정ㆍ경정하는 경우부터 적용한다. (4) 소득세법 제168조(사업자등록 및 고유번호의 부여) ① 새로 사업을 시작하는 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. (5) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 일부개정된 것) 제220조(사업자등록 및 고유번호의 부여) ① 법 제168조 제1항에 따라 사업자등록을 하려는 자는 사업장마다 사업 개시일부터 20일 이내에 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사업자등록신청서를 사업장 소재지 관할 세무서장에게 제출해야 한다.
② 법 제168조 제1항에 따라 사업자등록을 하려는 자 중 주택임대사업을 하려는 자는 제1항에 따른 사업자등록신청서를 제출할 때 기획재정부령으로 정하는 임대주택명세서를 첨부해야 한다. 이 경우 임대주택명세서에 갈음해 민간임대주택에 관한 특별법 시행령 제4조 제5항 에 따른 임대사업자 등록증 사본을 첨부할 수 있다.
③ 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말한다)에게 임대사업자 등록을 신청하면서 법 제168조 제1항에 따른 사업자등록을 위해 민간임대주택에 관한 특별법 시행령 제4조 제3항 에 따른 신청서에 제1항에 따른 사업자등록신청서를 함께 제출한 경우에는 법 제168조 제1항에 따른 사업자등록을 신청한 것으로 본다. 이 경우 부가가치세법 시행령 제11조 제5항 본문에 따른 발급기한은 사업자등록신청서가 국세정보통신망에 도달한 때부터 기산한다. (6) 법인세법 제111조(사업자등록) ① 신규로 사업을 시작하는 법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. 이 경우 내국법인이 제109조 제1항에 따른 법인 설립신고를 하기 전에 등록하는 때에는 같은 항에 따른 주주등의 명세서를 제출하여야 한다.
② 부가가치세법에 따라 사업자등록을 한 사업자는 그 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다.
(7) 부가가치세법 제8조(사업자등록) ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다. (8) 부가가치세법 시행령 제11조(사업자등록 신청과 사업자등록증 발급) ① 법 제8조제1항에 따라 사업자등록을 하려는 사업자는 사업장마다 다음 각 호의 사항을 적은 사업자등록 신청서를 관할 세무서장이나 그 밖에 신청인의 편의에 따라 선택한 세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)해야 한다.
3. 사업 개시 연월일 또는 사업장 설치 착수 연월일
(9) 민간임대주택에 관한 특별법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택〔토지를 임파하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다〕으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.
2. “민간건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.
7. “임대사업자”란 공공주택 특별법제4조 제1항에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다. 제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장·군수·구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다. (10) 민간임대주택에 관한 특별법 시행령(2023.9.26, 대통령령 제33764호로 일부개정되기전의 것) 제4조(임대사업자 등록 및 변경신고 등) ③ 법 제5조 제1항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자는 신청서에 국토교통부령으로 정하는 서류를 첨부하여 임대사업자의 주소지를 관할하는 특별자치시장, 특별자치도지사, 시장, 군수 또는 자치구청장(이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다) 또는 해당 민간임대주택의 소재지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출하여야 한다.
(11) 국세기본법 제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
종로세무서장이 2025.10.14. 청구법인에게 한 2022∼2024년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.