위법한 압수·수색에 근거한 세무조사에 따른 부적법한 처분이라는 주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2015.3.16. 설립되어 서울특별시 서초구 OOO에서 전자부품 제조업을 영위하는 법인으로, 가상현실 시뮬레이터 기기를 연구․개발하여 대학교 및 기업체에 공급하거나 방위산업체에 관련 기자재를 납품하고 있다.
• 나. 서울금천경찰서장은 2023.12.28. OOO 납품사건과 관련된 특정경제범죄가중처벌등에 관한 법률 위반(횡령) 등 사건을 수사하는 과정에서 청구법인의 대표이사 C, 경영기획실장 A, 기장 세무사 B(이하 “C 등 2인”이라 한다)의 가공세금계산서 발행 및 수취 등 조세범처벌법 위반 혐의를 확인하여 처분청에 조세범처벌절차법 제4조 에 따른 고발을 의뢰하였다.
• 다. 처분청은 2024.5.16.부터 2024.8.22.까지 청구법인의 2019년 제2기부터 2021년 제1기까지 부가가치세 세목별 조사(조세범칙조사 전환, 이하 “쟁점세무조사”라 한다)를 실시하여 청구법인이 주식회사 D 외 7개 업체로부터 재화의 공급 없이 발행 및 수취한 가공세금계산서와 관련된 부가가치세 합계 OOO원을 경정․고지한 후 해당 가공세금계산서 중 2020사업연도 중 수취한 사실과 다른 세금계산서 7매(공급가액 합계 OOO원)와 00세무서장이 청구법인의 거래처인 주식회사 E에 대하여 세무조사를 실시한 결과 주식회사 E가 청구법인에게 발급한 세금계산서 2매(공급가액 합계 OOO원)를 가공세금계산서에 해당하는 것으로 보아 처분청에 통보한 과세자료에 따라 아래 <표1> 기재의 세금계산서와 관련된 손금(OOO원, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 불산입하여 2025.8.18. 및 2025.8.20. 청구법인에게 2020사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하고, 쟁점금액을 대표자인 C에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다. <표1> 이 건 부과처분 관련 가공 세금계산서

○○○

• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.11.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점세무조사 및 이 건 과세처분에 대한 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2022.5.3. 서울금천경찰서장에게 청구법인 직원 F을 청구법인 소유 그래픽카드를 횡령(시가 OOO원)한 혐의로 고소하였는데, 서울금천경찰서장은 고소일로부터 약 1년이 지난 2023.4.19. 청구법인의 대표이사 C 등을 사기사건의 피의자로 인지하였다면서 서울남부지방법원 판사 유ㅇ우로부터 압수수색검증영장을 발부받은 후 2023.4.26. 위 영장을 근거로 수사관 30명을 청구법인 사무실에 투입하여 압수수색(이하 “쟁점압수수색”이라 한다)을 진행하여 청구법인 대표이사 및 직원들이 사용한 컴퓨터에 저장된 자료 등 다량의 자료를 확보하였다. (나) 이후 서울금천경찰서장은 압수․수색을 통해 확보한 자료 중 청구법인이 수취 및 발급한 세금계산서 관련 자료를 처분청에 전달하여 청구법인의 조세범 처벌법상 위반 혐의에 대한 고발의뢰 협조를 요청하였고, 처분청은 전달 받은 세금계산서 관련 자료를 토대로 쟁점세무조사를 실시한 결과 청구법인이 사실과 다른 세금계산서를 발급 및 수취한 것으로 보야아 한다는 취지로 청구법인에게 세무조사결과 통지를 하여 부가가치세 부과처분을 하였으며, 이후 같은 사유로 이 건 부과처분을 하였다.

(2) 헌법상 적법절차원칙 등에 비추어 볼 때, 위법한 세무조사 또는 위법하게 수집된 증거자료에 따라 처분청이 한 이 건 처분은 위법하다. (가) 헌법 제12조 제1항은 모든 국민은 신체의 자유를 가진다. 누구든지 법률에 의하지 아니하고는 체포․구속․압수․수색 또는 심문을 받지 아니하며 법률과 적법한 절차에 의하지 아니하고는 처벌․보안처분 또는 강제노역을 받지 아니한다고 규정하고 있고, 헌법재판소는 이러한 헌법상 원칙인 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고 모든 국가작용 전반에 대해 적용된다고 결정하고 있으며(헌법재판소 1992.12.24. 선고 92헌가8, 전원재판부 결정), 대법원도 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위하여 필요불가결하며 종국적으로는 조세의 탈루를 막고 납세자의 성실한 신고를 담보하는 중요한 기능을 수행하지만 이러한 세무공무원의 세무조사권의 행사에도 적법절차의 원칙이 준수되어야 할 것이므로 세무조사권 행사에도 적법절차의 원칙이 준수되어야 한다고 판시하였다(대법원 2014.7.26. 선고 2012두911 판결). (나) 쟁점압수수색에 대한 영장에 기재된 범죄사실은 청구법인이 2019.10.25.경부터 청구법인의 거래처인 주식회사 G에 OOO장비(계약대금 OOO원) 11식을 순차로 납품하던 중 2020년 5월 초순경부터 2021년 10월경까지 중고 GTX 1060을 내장한 컴퓨터 141대(총 6식)를 G에 납품함으로써 재산상이익(그래픽카드 차액을 기준으로 OOO원의 피해액)을 취득하였다는 것으로서, 위 압수수색영장으로는 ‘2020년 5월 초순경부터 2021년 10월경까지 중고 GTX 1060을 내장한 컴퓨터 납품’에 대한 범죄사실 관련 자료만을 압수할 수 있는 것이나, 서울금천경찰서장은 실제로 이 건 범죄사실(중고 그래픽카드 탑재 컴퓨터 납품)과는 전혀 관련이 없는 2015년경부터 2023년 4월까지의 OOO 사업과 관련된 모든 자료, OOO 이외의 청구법인의 다른 사업자료, 청구법인의 각종 내부 보안자료, 청구법인 직원의 개인자료까지 대대적으로 압수하였는바, 이는 압수수색영장에 기재된 범죄행위와 관련하여 수집된 증거 외에 OOO 사업 전반에 대해 광범위하게 수집된 증거로서 압수․수색 영장의 범위를 벗어난 위법한 증거에 해당할 뿐만 아니라 압수영장 미제시, 참여권 미보장, 포괄적인 압수목록 교부, 압수방법 및 제한의 위반 등을 이유로 위법한 증거에 해당한다. (다) 한편 청구법인이 쟁점압수수색에 대하여 2023.6.22. 서울중앙지방법원에 제기한 준항고 사건에 대하여 서울중앙지방법원은 2025.2.19. 쟁점압수수색이 위법하므로 이를 취소한다는 인용 결정을 하였는바, 법원도 쟁점압수수색의 위법함을 인정하고 있다. (라) 따라서 서울금천경찰서장이 쟁점압수수색을 통해 위법하게 확보한 자료를 기초하여 처분청이 실시한 쟁점세무조사의 경우 헌법상 적법절차의 원칙상 위법하게 수집된 증거에 따른 세무조사로서 위법하다 할 것이고, 이 건 부과처분 또한 위법한 세무조사 및 위법하게 수집된 자료에 의한 것으로서 위법한 처분에 해당한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 처분청은 서울금천경찰서장의 고발의뢰서상 기재된 내용 뿐만아니라 청구법인이 신고한 자료 등을 종합적으로 분석하여 청구법인을 세무조사 대상으로 선정하였는바, 쟁점세무조사의 경우 국세기본법상 적법한 절차에 따른 것으로서 위법한 세무조사에 해당하지 않는다.

(2) 쟁점압수수색에 따라 확보된 자료에 기반하여 쟁점세무조사를 실시한 후 그 결과에 따라 이 건 부과처분을 하였다는 청구법인의 주장을 인정하더라도, 청구법인이 쟁점압수수색에 대하여 제기한 준항고에 대하여 서울중앙지방법원이 쟁점압수수색이 위법하다고 결정한 사실이 있으나, 이에 대하여 서울금천경찰서장이 위 서울중앙지방법원의 결정에 대해 불복을 제기하여 현재 심리(대법원 계류 중) 중인바, 쟁점압수수색이 위법하다고 확정된 사실도 없으므로, 이 건 부과처분을 취소할 사유가 발생하였다고 볼 수 없다.

위법한 압수·수색에 근거한 세무조사가 위법하므로 그에 따른 이 건 처분도 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다. (가) 서울금천경찰서장은 C 등 2인을 사기 사건의 피의자로 인지하여 아래 <표2>와 같이 압수수색영장을 발부받아 쟁점압수수색을 실시하였고, 2023.12.28. OOO OOO 시뮬레이터 납품사건과 관련된 특정경제범죄가중처벌등에 관한 법률 위반(횡령) 등 사건을 수사하는 과정에서 C 등 2인의 가공세금계산서 발행 및 수취 행위 등 조세범처벌법 위반 혐의를 확인하여 처분청에 조세범처벌절차법 제4조 에 따른 고발을 의뢰를 한 것으로 확인된다. <표2> 쟁점압수수색 영장

○○○ (나) C은 서울금천경찰서장의 쟁점압수수색절차 진행에 대하여 2023.6.22. 서울중앙지방법원에 준항고장을 제출하였고, 이에 대하여 서울중앙지방법원은 2025.2.19. 쟁점압수수색이 위법하므로 이를 취소한다는 취지의 인용결정(서울중앙지방법원 OOO, 2024.2.19.)을 하였으며, 서울금천경찰서장은 서울중앙지방법원의 결정에 대하여 재항고를 제기하여 현재 대법원 계류 중(대법원 OOO인 것으로 확인된다. <표3> 서울중앙지방법원 결정문

○○○ (다) 청구법인은 2023.6.22. 제기한 준항고 사건의 결정이 있을 때까지 쟁점세무조사를 중지해 달라하는 취지로 2024.5.29. 집행정지 신청을 하였으나, 법원은 청구법인에게 회복하기 어려운 손해가 발생할 우려가 있다거나 예방차원에서 처분의 효력을 정지하여야 할 이유가 없다는 사유로 기각결정(2024아11827)을 한 것으로 확인된다. (라) 처분청은 2024.5.16.부터 2024.8.22.까지 쟁점세무조사를 실시한 결과 청구법인이 ㈜D 외 7개 업체로부터 재화의 공급 없이 아래 <표5>와 같이 공급가액 합계 OOO

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 위법한 세무조사인 쟁점세무조사에 기인한 이 건 처분 또한 위법하다고 주장하나, 서울금천경찰서장이 2023.12.28. C 등 2인에 대하여 특정경제범죄가중처벌등에 관한 법률 위반(횡령) 혐의 등 사건을 수사하는 과정에서 청구법인의 가공세금계산서 발행 및 수취 등 조세범 처벌법 위반 혐의를 확인한 후 처분청에 조세범처벌절차법 제4조 에 따른 고발을 의뢰한 것에 불과하고, 서울금천경찰서장의 수사건과 별개로 처분청 및 강남세무서장이 실시한 세무조사에 따라 이 건 처분의 근거자료를 확보하였는바, 이 건 처분이 서울금천경찰서장의 위법하게 수집한 증거만을 기초로 한 것으로 보기 어려우며, 설령 서울금천경찰서장이 수집한 증거가 위법하다 하더라도 그것만으로 이 건 처분이 위법하게 되는 것은 아닌 점(조심 OOO, 2025.11.24., 같은 뜻임), 서울중앙지방법원이 2023.6.22. 쟁점압수수색에 대한 준항고 사건(서울중앙지방법원 OOO, 2025.2.19.)에 대하여 인용결정하였으나, 서울금천경찰서장은 이에 재항고하여 대법원에 계류중(대법원 OOO)이므로, 준항고 사건의 인용결정만으로 서울금천경찰서장의 쟁점압수수색이 위법한 것으로 확정되었다고 볼 수도 없는 점 등에 비추어 청구법인의 위 주장을 받아들이기는 어려우므로, 처분청이 쟁점금액을 손금불산입하고, 대표자에게 상여로 소득처분하여 청구법인에게 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 국세기본법 제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정) ① 세무조사는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 수행한다. 다만, 납세자의 주된 사업장 등이 납세지와 관할을 달리하거나 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우에는 국세청장(같은 지방국세청 소관 세무서 관할 조정의 경우에는 지방국세청장)이 그 관할을 조정할 수 있다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 정기적으로 신고의 적정성을 검증하기 위하여 대상을 선정(이하 "정기선정"이라 한다)하여 세무조사를 할 수 있다. 이 경우 세무공무원은 객관적 기준에 따라 공정하게 그 대상을 선정하여야 한다.

1. 국세청장이 납세자의 신고 내용에 대하여 과세자료, 세무정보 및 주식회사의 외부감사에 관한 법률에 따른 감사의견, 외부감사 실시내용 등 회계성실도 자료 등을 고려하여 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하는 경우

2. 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 아니한 납세자에 대하여 업종, 규모, 경제력 집중 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고 내용이 적정한지를 검증할 필요가 있는 경우

3. 무작위추출방식으로 표본조사를 하려는 경우

③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우

2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우

4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

④ 세무공무원은 과세관청의 조사결정에 의하여 과세표준과 세액이 확정되는 세목의 경우 과세표준과 세액을 결정하기 위하여 세무조사를 할 수 있다.

⑤ 세무공무원은 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 자에 대해서는 제2항에 따른 세무조사를 하지 아니할 수 있다. 다만, 객관적인 증거자료에 의하여 과소신고한 것이 명백한 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 업종별 수입금액이 대통령령으로 정하는 금액 이하인 사업자

2. 장부 기록 등이 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업자 (2) 조세범 처벌법 제10조(세금계산서의 발급의무 위반 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 1년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

1. 부가가치세법에 따라 세금계산서(전자세금계산서를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 발급하여야 할 자가 세금계산서를 발급하지 아니하거나 거짓으로 기재하여 발급한 행위

2. 소득세법 또는 법인세법에 따라 계산서(전자계산서를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 발급하여야 할 자가 계산서를 발급하지 아니하거나 거짓으로 기재하여 발급한 행위

3. 부가가치세법에 따라 매출처별 세금계산서합계표를 제출하여야 할 자가 매출처별 세금계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위

4. 소득세법 또는 법인세법에 따라 매출처별 계산서합계표를 제출하여야 할 자가 매출처별 계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 1년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

1. 부가가치세법에 따라 세금계산서를 발급받아야 할 자가 통정하여 세금계산서를 발급받지 아니하거나 거짓으로 기재한 세금계산서를 발급받은 행위

2. 소득세법 또는 법인세법에 따라 계산서를 발급받아야 할 자가 통정하여 계산서를 발급받지 아니하거나 거짓으로 기재한 계산서를 발급받은 행위

3. 부가가치세법에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하여야 할 자가 통정하여 매입처별 세금계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위

4. 소득세법 또는 법인세법에 따라 매입처별 계산서합계표를 제출하여야 할 자가 통정하여 매입처별 계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위

③ 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 3년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

1. 부가가치세법에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 행위

2. 소득세법 및 법인세법에 따른 계산서를 발급하거나 발급받은 행위

3. 부가가치세법에 따른 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위

4. 소득세법 및 법인세법에 따른 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위 제17조(고발) ① 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 통고처분을 거치지 아니하고 그 대상자를 즉시 고발하여야 한다.

1. 정상(情狀)에 따라 징역형에 처할 것으로 판단되는 경우

2. 제15조 제1항에 따른 통고대로 이행할 자금이나 납부 능력이 없다고 인정되는 경우

3. 거소가 분명하지 아니하거나 서류의 수령을 거부하여 통고처분을 할 수 없는 경우

4. 도주하거나 증거를 인멸할 우려가 있는 경우

② 지방국세청장 또는 세무서장은 제15조 제1항에 따라 통고처분을 받은 자가 통고서를 송달받은 날부터 15일 이내에 통고대로 이행하지 아니한 경우에는 고발하여야 한다. 다만, 15일이 지났더라도 고발되기 전에 통고대로 이행하였을 때에는 그러하지 아니하다.