가. 청구인은 2014.9.30. 부산광역시 사상구 OOO에서 ‘OOO'라는 상호로 개업하여 제조업(OOO)을 영위하는 사업자로, 2014년 제2기∼2017년 제2기 과세기간 동안 부가가치세를 신고·납부하였다.
나. 처분청은 청구인의 부가가치세 신고 내용을 검토한 결과, 청구인이 적격 증빙을 수취하지 아니하였다고 보아, 2018.8.8. 관련 매입세액 합계 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 부인하여 2014년 제2기부터 2017년 제2기까지 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다.
다. 이후, 청구인은 2025.12.24., 2025.12.29. 처분청에 2014년 제2기∼2017년 제2기 부가가치세 과세기간에 대하여 쟁점매입세액을 공제하여 달라는 취지의 경정청구를 각각 제기하였으나, 처분청은 2026.1.8. 국세기본법 제45조의2 제1항 에 따른 경정청구 요건을 충족하지 아니하였다고 보아 각각 ‘각하’ 결정을 하였다.
라. 청구인은 이에 불복하여 2026.2.25. 심판청구를 제기하였다.
마. 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. 국세기본법 제45조의2 제1항 에 따르면 ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다’고 규정하고 있고, 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안날부터 3개월 이내에 경정을 청구할 수 있다고 규정하고 있다. 처분청이 2018.8.8. 청구인에게 한 2014년 제2기∼2017년 제2기 부가가치세 부과처분과 관련한 경정청구는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액의 처분이 있음을 안 날(2018.8.8.)부터 3개월 이내에 제기하여야 함에도, 청구인은 이 건 경정청구를 2025.12.24., 2025.12.29. 각 제기한 것으로 나타나는바, 이는 청구기간을 도과한 부적법한 경정청구에 해당하는 점, 이 건 경정청구에 대한 처분청의 거부통지는 단순한 민원 회신으로 국세기본법상 불복청구의 대상이 되는 처분으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 이 건 심판청구는 부적법한 심판청구에 해당한다고 판단된다.
2. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.