조세심판원 심판청구 종합부동산세

임대주택등록의 자동말소로 종합부동산세 합산배제 임대주택 요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 과세한 처분의 당부

사건번호 조심-2026-부-0196 선고일 2026.03.26 조세심판원

처분청이 2021~2024년 과세기준일 현재 쟁점임대주택을 합산배제 임대주택에 해당하지 아니한 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2004.10.27. 부산광역시 부산진구 OOO 외 1필지에 근린생활시설 및 공동주택(OOO, 79세대)을 건축하였고, 위 79세대 중 OOO세대(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)를 2007.12.7. 부산광역시 서구청장에게 건설임대주택(5년)으로 임대사업자등록을 하면서 2008.10.2. 처분청에 ‘주택임대업’을 추가하여 사업자등록을 하고 임대사업을 영위하였으나, 2020.8.18. 민간임대주택에 관한 특별법(이하 “민간임대주택법”이라 한다)이 개정됨에 따라 단기민간임대주택 제도가 폐지되었고, 같은 법 제6조에 의하여 2020.10.26. 부산광역시 서구청장으로부터 청구인의 주택임대등록이 말소되었다.

(3) 납세자는 헌법과 조세법률주의에 따라 납세의무를 성실히 이행하여야 할 뿐만 아니라 동시에 정당한 납세 절차와 방어권을 보장받을 권리가 있는 것인데, 처분청은 4년간 단 한 차례도 안내 및 과세예고를 하지 않은 것은 사실상 납세자의 권리 행사 기회를 박탈한 것으로 정상적인 행정이라기보다 약탈적 과세에 가까우므로 이건 처분은 취소되어야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 종합부동산세 합산배제는 종합부동산세법 제8조 제2항 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에 따라 지방자치단체와 관할세무서에 임대사업자등록이 되어 있어야 하고, 과세기준일(6월 1일) 현재 계속 임대 중 이어야 하는 요건을 충족해야 합산배제를 적용할 수 있는 것인데, 청구인은 2020.10.26. 부산광역시 서구청장으로부터 임대업등록이 말소되었다. (가) 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호에 따르면, 대통령령으로 정하는 임대주택에 대하여 종합부동산세 과세표준 합산 대상에서 제외한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제3조 제1항에는 민간임대주택법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하거나 소유한 주택을 합산 배제 임대주택이라 규정하고 있다. (나) 처분청은 청구인의 등록말소 임대주택에 대한 종합부동산세 합산배제 적정 여부 확인을 위해 관할 지방자치단체에 청구인의 임대사업자등록 현황을 확인한 결과, 청구인은 2007.12.7. 부산광역시 서구청장에게 임대사업자(5년 임대주택, 건설)를 등록하였고, 처분청에 주택임대업을 추가등록 하였으나, 2020.10.26. 부산광역시 서구청장은 민간임대주택법 개정(폐지유형 등록임대주택 자동말소 직권 조치)에 따라 청구인의 임대사업자등록을 전체 말소(폐업)하여 2021년 귀속부터는 쟁점임대주택이 합산배제 대상에 해당하지 아니하였다.

(2) 청구인은 처분청으로부터 임대주택 관련 법령 변동이나 종합부동산세 합산배제 요건 상실 등에 대한 어떠한 고지나 안내도 하지 아니함으로써 청구인의 방어권을 무력화하고 예측 가능성이 침해되었다고 주장하나, 합산배제 임대주택에 대한 그 신고 의무는 청구인에게 있고, 처분청은 관련 법 개정사항에 대해 청구인에게 통지할 의무는 없다. (가) 종합부동산세법 제8조 제3항 및 같은 법 시행령 제3조 제9항에 따르면, “합산배제 적용 대상 임대주택을 보유한 자가 합산배제 임대주택의 규정을 적용받으려는 때에는 매년 9.16.∼9.30. 까지 임대주택 합산배제 신고서에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 하는데, 다만, 최초의 합산배제 신고를 한 연도의 다음 연도부터는 그 신고한 내용 중 소유권 또는 전용면적의 변동이 없는 경우에는 신고하지 아니할 수 있다”고 규정하고 있는바, 청구인은 2020.10.26. 부산광역시 서구청장으로부터 임대주택 사업자가 말소되어 지위가 상실되었다면, 다음 해 2021.9.16.∼2021.9.30. 기간에 관할 세무서장에게 합산배제 임대주택의 변동사항을 신고하였어야 하나, 청구인은 쟁점임대주택 합산배제와 관련한 변동사항을 신고하지 아니하였다. (나) 임대주택 합산배제 신고는 합산배제 적용을 받고자 하는 청구인이 직접 신고기한 내에 신고를 해야하는 것으로, 민간주택임대업자라면 누구나 반드시 신고해야 하는 강제사항이 아니기 때문에 그 여부는 청구인이 선택하여야 한다.

(3) 청구인은 2025.11.11. 처분청이 일괄로 2021∼2024년 귀속 종합부동산세를 부과처분한 것은 절차상 중대한 하자이고, 명백한 직무유기로 조세법률주의, 신뢰보호원칙, 소급과세 금지의 원칙 등을 위반하는 조치라고 주장하나, 국세기본법 제26조의2 제1항 에 따르면, 종합부동산세 부과제척기간은 5년이고, 종합부동산세법 제17조에는 과세대상 누락, 위법 또는 착오 등으로 인하여 종합부동산세를 새로 부과할 필요가 있거나 이미 부과한 세액을 경정할 경우 다시 부과·징수할 수 있도록 규정하고 있는바, 당초 과세표준 합산 누락된 합산배제 물건에 대하여 한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 임대주택등록의 자동말소로 종합부동산세 합산배제 임대주택 요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 과세한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 처분청이 부과한 2021∼2024년 귀속 종합부동산세 고지내역은 다음과 같다. <표2> 2021∼2024년 귀속 종합부동산세 고지내역 (단위: 원)

○○○ (나) 쟁점임대주택과 관련하여 제출된 임대사업자등록증, 사업자등록증의 주요내용은 아래와 같다. <임대사업자등록증, 2007.12.7.>

○○○ <사업자등록증, 2008.10.2.>

○○○ (다) 청구인의 임대사업자등록증의 주요 변경사항은 다음과 같다. <임대사업자등록증 변경내용>

○○○ (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에 따르면, 종합부동산세 합산배제가 적용되는 임대주택은 민간임대주택법 제2조 제7호 및 제5조에 따라 주택임대사업 영위를 목적으로 관할 지방자치단체체장에게 임대사업자등록을 한 자로서 과세기준일 현재소득세법에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 임대하고 있는 주택이어야 하는데, 여기서 ‘임대사업자등록을 한 자’는 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록뿐만 아니라 그 등록을 유효하게 유지하고 있을 것까지를 포함한다 할 것인 바 (조심 2025서1443, 2025.7.11. 외 다수, 같은 뜻임), 청구인은 2007.12.7. 관할 지방자치단체장에게 쟁점임대주택의 임대사업자등록을 하였으나, 쟁점임대주택의 등록말소는 2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 민간임대주택법 제6조 제5항 에 따라 2020.10.26. 등록말소된 것으로 나타나는 점, 민간임대주택법 및 종합부동산세법 부칙 등에서 민간임대주택에 대한 임대사업자 등록의 자동말소에 따른 구제에 대하여 별도의 경과규정을 두고 있지 않는 이상 쟁점임대주택은 종합부동산세 합산배제 대상에서 제외된다 할 것인 점 등에 비추어, 처분청이 2021∼2024년 과세기준일 현재 쟁점임대주택을 합산배제 임대주택에 해당하지 아니한 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지>: 관련 법령 등

심판청구를 기각한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)