00사업연도에 감가상각부인(유보)된 000억원은 손비로 계상하지 않은 경우, 상각범위액을 한도로 00-00사업연도에 손금산입하는 것이므로, 임의로 00사업연도부터 손금산입할 수 없음
00사업연도에 감가상각부인(유보)된 000억원은 손비로 계상하지 않은 경우, 상각범위액을 한도로 00-00사업연도에 손금산입하는 것이므로, 임의로 00사업연도부터 손금산입할 수 없음
[이 유]
○○○
- 나. OO세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.4.7.∼2025.6.25. 기간 동안 청구법인에 대한 비정기 세무조사(조사대상 사업연도: 2020〜2023년)를 실시한 결과, 청구법인이 2017년에 유보처리한 감가상각부인액 누계 OOO원을 2020〜2024사업연도에 손금산입(추인)한 것에 대하여, 청구법인이 상각부인액을 시인부족액이 발생한 2018사업연도부터 손금으로 추인하지 아니하고 임의로 손금산입 시기를 이 월하여 아래 <표2>와 같이 2020〜2023사업연도에 과다하게 손금산입한 것으로 보아 이를 손금불산입하여 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2025.8.12. 청구법인에게 2020〜2023사업연도 법인세 합계 OOO원(2020사업연도분 OOO원, 2021사업연도분 OOO원, 2022사업연도분 OOO원, 2023사업연도분 OOO원) 을 경정․고지하였다. <표2> 세무조사 결과에 따른 청구법인의 과다추인액
○○○
- 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.11.7. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장
(1) 조사청은 법령 해석 오류로 정률법상 상각범위액 계산구조를 오인하여 손금추인이 없는 상각부인액을 잘못 차감하여 상각범위액을 계산한 것이므로, 청구법인의 감가상각비 계상 및 추인은 ｢법인세법 시행령｣ 제26조 제2항 제2호 (이하 “쟁점규정①”이라 한다) 및 제32조(이하 “쟁점규정②”라 한다)에 따른 정당한 손금에 해당하고, 처분청이 이를 손금 과다추인으로 보아 청구법인에게 법인세를 경정·고지한 처분은 부당하다. (가) 청구법인은 2017사업연도에 최초로 외부회계감사 대상이 되어 기업회계기준에 따라 과거에 미상각한 감가상각비를 계상하고, 세무조정 과정에서 세법상 한도를 초과한 금액 OOO원을 손금불산입(상각부인) 처리하였으며, 이후 2018〜2019사업연도에 시인부족액이 발생하였으나 이월결손금이 존재하여 실질적 세부담이 발생하지 않아 감가상각에 대한 세무조정(손금추인)을 반영하지 아니하였고, 2020〜2023사업연도 법인세 신고 시 시인부족액이 발생함에 따라 과거의 상각부인액을 손금으로 추인하였다. (나) 조사청은 청구법인이 2018〜2019사업연도에 손금으로 추인하지 아니한 상각부인액을 쟁점규정①의 “이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액”으로 보아 미상각잔액에서 차감하였는데, “이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액”이란 실제로 세법상 손금으로 인정된 금액을 의미하고, 손금추인이 이루어지지 않은 상각부인액은 누적 손금산입액에 포함되지 않으므로 여전히 미상각잔액으로 남아 다음 사업연도의 상각범위액 산정 시 그대로 이월되는 것이다. (다) 감가상각제도 자체가 납세자가 손금계상 여부를 결정할 수 있는 임의감가상각을 택하고 있으므로 쟁점규정② 후단의 “손금에 산입한다”는 규정은 납세자에게 손금산입을 허용하는 권리규정으로 해석하여야 하는 것이고, 이를 강제규정으로 해석하여 납세자가 추인하지 않은 상각부인액을 소멸시키는 것은 그 입법의 취지와 실질과세 원칙에 반하여 위법하다. 만일 쟁점규정②의 “손금으로 추인한다”는 규정이 강제규정이라면 손금추인을 하지 않았을 경우 상각부인액이 소멸한다거나 경정청구만을 위해 손금산입할 수 있다는 등의 단서조항이 있어야 하나 현행 법령상 이러한 규정은 존재하지 않고, 경정청구를 통한 손금추인의 적합성 여부를 다툰 조세심판원의 심판례(국심 2005서995, 2006.11.29.)가 있는 것 또한 해당 규정이 강제규정이 아님을 방증한다. (라) 감가상각제도는 자산의 취득가액을 그 효익이 발생하는 기간에 합리적으로 배분하여 법인의 실질손익을 정확히 반영하고 조세부담의 시기적 형평을 확보하기 위한 제도로서, 법인의 경제적 실질을 충분히 반영하여 과세하기 위한 정책적 장치라고 할 것이고, 청구법인이 2018〜2019사업연도에 전기이월된 상각부인액을 손금으로 추인하지 않은 것은 단순히 세법 해석과 손금계상 시기의 문제일 뿐, 청구법인은 지속적 결손 상태에 있었으므로 인위적인 손익조작을 통해 세부담을 줄일 동기가 전혀 없었고, 실제로 손익을 조작하거나 과세표준을 인위적으로 낮추는 등 실질적 변동을 초래하지도 않았는데, 2018〜2019사업연도에 손금추인을 하지 않았다는 이유만으로 상각부인액을 소멸시키는 것은 세법상 취지와 실질과세원칙에 반하는 것이다.
(2) 제주세무서장이 2021년경 실시한 세무조사 당시 감가상각 관련 사항에 대하여 경정권을 행사하거나 손금귀속시기 시정을 안내하였다면 청구법인은 경정청구를 통해 적법한 절차로 손금추인을 정리할 수 있었을 것이나, 과세관청의 소극적 태도로 정당한 구제의 기회를 상실하였을 뿐 아니라 이를 장기간 방치하여 가산세까지 부과받게 되었고, 조사청의 뒤늦은 지적으로 경정청구 대상인 2018〜2019사업연도의 법정 경정청구기간이 경과한 상황에서 2020〜2023사업연도의 손금추인만 전면 부인당하는 부당한 결과가 초래된바, 이는 실질과세 원칙, 신의성실 원칙 및 신뢰보호 원칙에 명백히 반하는 행정적 과실로서 부당하다.
(3) 청구법인은 지역사회의 의료서비스를 담당하는 공익법인으로서 매 사업연도마다 납세의무를 성실히 이행해 왔고, 만일 이 건 부과처분이 확정되어 약 OOO 원의 세부담을 지게 된다면(현재 6개월 납부유예 중이고 6개월 이후에도 현실적으로 납부가 어려운 재정 상황으로서 이후 가산세가 누적될 우려), 공익적 의료서비스를 지속하기 어렵게 되어 지역사회의 의료체계에 중대한 지장이 초래될 수 있다는 점 또한 고려되어야 한다.
- 나. 처분청 의견
(1) 감가상각 시부인계산 결과로 발생한 상각부인액은 그 후 사업연도에 시인부족액이 발생하면 반드시 손금으로 추인되어야 하는 것이고, 세법에 따라 올바르게 계산된 손금추인액은 상각범위액 계산 시 쟁점규정①의 “이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액”에 해당한다. (가) ｢법인세법｣의 감가상각 관련 규정은 감가상각비의 손금산입 시기에 대해 명확히 규정하고 있지 않고, 법인이 결산서에 반영한 사업연도에 그 손금산입의 시기를 선택한 것으로 보아 상각범위액의 한도 내에서 손금으로 인정하게 되는 것인데, 청구법인은 감가상각의 누적효과를 이익잉여금의 감소로 처리하였고, 이러한 경우에도 법인이 결산서에 손비로 계상한 것으로 보는 것이다(법인세법 기본통칙 23-0…4 참고). (나) 한편 감가상각 시부인계산의 전제는 법인이 결산서에 감가상각비를 계상하는 것인데, 그 감가상각비가 상각범위액 내의 금액이든지, 상각범위액을 초과하여 상각부인액이 발생하든지, 법인이 감가상각비를 손비로 계상한 때를 손금의 산입시기로 선택한다는 점은 동일한바, 상각부인액이 발생하는 경우에도 이미 감가상각 시부인계산을 행한 과세기간의 결산서에 감가상각비를 반영한 것이므로 이미 손금산입 시기를 선택한 것이고, 상각부인액에 대한 손금추인의 귀속연도는 더 이상 법인의 선택 사항이 아니게 되는 것이다. (다) 손금으로 추인하지 않은 상각부인액이 상각범위액 계산에 있어서 “이미 감가상각비로서 손금에 산입한 금액”에 해당하지 않는다는 것은 전제부터 잘못된 주장으로서, 세법에 따라 올바르게 계산된 손금추인액은 상각범위액 계산 시 이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액에 해당하는 것이고, 올바른 상각범위액은 기업회계기준이나 법인의 잘못된 세무조정과 무관하게 ｢법인세법｣에 따라 정당하게 계산된 세무상 장부가액을 기준으로 계산하는 것인바, 쟁점규정①에서 정률법의 감가상각방법은 해당 ‘감가상각자산의 취득가액에서 이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액을 공제한 잔액(미상각잔액)’에 상각률을 곱하는 것이라고 규정하고 있고, ‘자산의 취득가액에서 이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액을 공제한 잔액(미상각잔액)’이란 결국 자산의 세무상 장부가액을 말하는 것이다. (라) 법령에 따라 당연히 손금으로 추인하였어야 할 상각부인액을 법인의 잘못된 세무조정으로 손금에 산입하지 않았다고 해서 이를 “이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액”에 해당하지 않는다고 본다면, 법인이 상각부인액을 손금으로 추인하는 세무조정을 하지 않는 동안에는 세무상 장부가액과 상각범위액보다 법인이 계산한 금액이 계속해서 과다하게 계산되는 것이고, 이는 법인이 자의적 판단에 따라 손금추인의 시기를 결정하는 결과가 된다.
(2) 쟁점규정②도 시인부족액을 한도로 하여 상각부인액을 손금에 산입하는 것이고, 법인이 감가상각비를 손비로 계상하지 않은 경우에도 상각범위액을 한도로 그 상각부인액을 손금에 산입한다고 규정하고 있는데, 이는 상각부인액이 발생한 후의 사업연도에 시인부족액이 발생하였으나 해당 사업연도에 감가상각비를 계상하지 아니하였다고 하여 손금에 산입하지 않는다면, 결국 법인이 상각부인액의 손금 추인 시기를 자의적으로 선택하게 되는 것을 방지하기 위한 취지이다. 조세심판원의 심판례(국심 2007서2332, 2007.10.31.)도 법인이 자본적 지출에 해당하는 금액을 손금으로 계상하여 이를 감가상각비로 결산서에 반영한 것으로 보아 감가상각 시부인하여 상각부인액이 발생한 사안에서 ‘감가상각비의 손금산입은 당해 법인이 스스로 장부상에 감가상각비를 계상한 경우, 즉 결산조정을 한 경우에 한하여 손금에 산입하는 확정결산주의를 채택하고 있고, 이에 따라 감가상각부인 누계액이 있는 법인은 그 후 사업연도에 발생한 시인부족액을 한도로 손금에 추인하여야 하고 시인부족액이 발생한 각 사업연도에 손금으로 추인하지 아니하고 이월하여 손금으로 추인할 수 없는 것’이라고 판단하였다.
(3) 적정한 세무상 손익을 계산함에 있어서는 일부 제척기간이 경과한 사업연도가 있다 하더라도 동일한 방법을 적용해야 하고, 조세심판원의 심판례(국심 2005서2639, 2006.8.31.)도 재고자산의 오류가 2개 사업연도 이상의 손익에 영향을 미치고 그 중 일부 사업연도가 부과제척기간 이내인 경우에는 부과제척기간이 경과한 사업연도에 발생한 재고자산의 오류를 재계산하되 그 과세표준과 세액을 변경하는 결정이나 경정을 하지 않는 것이며, 이 경우 부과제척기간이 경과하지 아니한 나머지 사업연도의 재고자산은 세법의 규정에 따라 올바르게 수정하여 이를 기초로 그 사업연도의 과세표준과 세액을 변경하는 결정이나 경정을 하여야 하는 것이라고 판단하였다.
(1) 법인세법 제23조【감가상각비의 손금불산입】① 내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산(이하 이 조에서 “감가상각자산”이라 한다)에 대한 감가상각비를 손비로 계상한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 “상각범위액”이라 한다)의 범위에서 그 계상한 감가상각비를 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다. (2) 법인세법 시행령 제26조【상각범위액의 계산】① 법 제23조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액”이란 개별 감가상각자산별로 다음 각 호의 구분에 따른 상각방법 중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의하여 계산한 금액(이하 “상각범위액”이라 한다)을 말한다.
1. 건축물과 무형자산(제3호 및 제6호부터 제9호까지의 자산은 제외한다): 정액법
2. 건축물 외의 유형자산(제4호의 광업용 유형자산은 제외한다): 정률법 또는 정액법
② 제1항 각 호에 따른 상각방법은 다음과 같다.
1. 정액법：당해 감가상각자산의 취득가액(제72조의 규정에 의한 취득가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에 당해 자산의 내용연수에 따른 상각률을 곱하여 계산한 각 사업연도의 상각범위액이 매년 균등하게 되는 상각방법
2. 정률법: 해당 감가상각자산의 취득가액에서 이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액[법 제27조의2 제1항에 따른 업무용승용차(이하 “업무용승용차”라 한다)의 경우에는 같은 조 제2항 및 제3항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다]을 공제한 잔액(이하 “미상각잔액”이라 한다)에 해당 자산의 내용연수에 따른 상각률을 곱하여 계산한 각 사업연도의 상각범위액이 매년 체감되는 상각방법 제28조【내용연수와 상각률】① 감가상각자산의 내용연수와 해당 내용연수에 따른 상각률은 다음 각 호의 구분에 따른다.
1. 재정경제부령으로 정하는 시험연구용자산과 제24조 제1항 제2호가목부터 라목까지의 규정에 따른 무형자산: 재정경제부령으로 정하는 내용연수와 그에 따른 재정경제부령으로 정하는 상각방법별 상각률(이하 “상각률”이라 한다)
2. 제1호 외의 감가상각자산(제24조 제1항 제2호 바목부터 차목까지의 규정에 따른 무형자산은 제외한다): 구조 또는 자산별ㆍ업종별로 기준내용연수에 그 기준내용연수의 100분의 25를 가감하여 재정경제부령으로 정하는 내용연수범위(이하 “내용연수범위”라 한다) 안에서 법인이 선택하여 납세지 관할 세무서장에게 신고한 내용연수(이하 “신고내용연수”라 한다)와 그에 따른 상각률. 다만, 제3항 각 호의 신고기한 내에 신고를 하지 않은 경우에는 기준내용연수와 그에 따른 상각률로 한다. 제32조【상각부인액 등의 처리】① 법 제23조 제5항에 따라 법인이 상각범위액을 초과해 손금에 산입하지 않는 금액(이하 이 조에서 “상각부인액”이라 한다)은 그 후의 사업연도에 해당 법인이 손비로 계상한 감가상각비가 상각범위액에 미달하는 경우에 그 미달하는 금액(이하 이 조에서 “시인부족액”이라 한다)을 한도로 손금에 산입한다. 이 경우 법인이 감가상각비를 손비로 계상하지 않은 경우에도 상각범위액을 한도로 그 상각부인액을 손금에 산입한다. (3) 법인세법 시행규칙 제15조【내용연수와 상각률】②영 제28조 제1항 제1호에서 “재정경제부령으로 정하는 내용연수”란 별표 2 및 별표 3에 규정된 내용연수를 말하고, 같은 호에서 “재정경제부령으로 정하는 상각방법별 상각률”이란 별표4에 규정된 상각률을 말한다. [별표4] 감가상각자산의 상각률표 내용연수 정액법에 의한 상각률 정률법에 의한 상각률 년 할분리 할분리 2 500 777 3 333 632 4 250 528 5 200 451 … … …
(1) 청구법인의 사업자 기본현황은 아래 <표3>과 같다. <표3> 청구법인의 사업자 기본현황
○○○
(2) 조사청의 조사결과종결보고서에 따르면 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구법인은 1981년에 A 신경외과로 시작하여 2002년에 OOO재단(공익법인)을 설립하고, 2013년에 A 일가가 제주특별자치도 제주시 OOO 부지를 출연하고 건물을 신축하여 ‘B’이라는 상호의 종합병원을 운영하고 있는 의료법인이다. (나) 조사청은 청구법인에 대하여 2025.4.7.부터 2025.6.25.까지 청구법인의 2020〜2023사업연도 법인통합조사를 실시하여, 청구법인이 2017사업연도에 발생(유보)한 의료기기 등 감가상각부인액 OOO원을 시인부족액이 발생하는 2018사업연도부터 손금산입(추인)하여야 함에도 2020사업연도부터 손금산입하였다고 보아, 2020〜2023사업연도(조사대상기간)의 적정한 상각범위액을 산정하여 과다손금추인액을 위 <표2>와 같이 계산하고 손금불산입(유보)한 것으로 나타난다. (다) 조사청은 조사결과 아래 <표4>와 같은 내용을 적출하여, 청구법인의 2020〜2023사업연도 법인세 OOO원 및 원천세 OOO원에 대한 과세자료를 처분청에 통보한 것으로 나타난다. <표4> 조사적출내용
○○○
(3) 처분청이 청구법인에게 2020〜2023사업연도 법인세를 경정·고지한 내역은 아래 <표5>와 같다. <표5> 청구법인의 2020〜2023사업연도 법인세 경정·고지 내역
○○○ (4) 처분청이 청구법인의 2017사업연도 감가상각부인액의 손금 추인 한도인 연도별 시인부족액을 재계산한 내역은 아래 <표6>과 같다. <표6> 처분청의 청구법인의 감가상각 시인부족액 계산내역
○○○ (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점규정
② 가 강제규정이 아니라 납세자에게 손금산입을 허용하는 규정이므로 청구법인이 2018〜2019사업연도에 추인하지 않은 상각부인액을 쟁점규정①의 “이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액”으로 볼 수 없다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는 것(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 등)인바, 쟁점규정②는 상각부인액은 그 후의 사업연도에 시인부족액을 한도로 손금에 산입하고, 법인이 감가상각비를 손비로 계상하지 않은 경우에도 상각범위액을 한도로 그 상각부인액을 손금에 산입한다고 규정하고 있으므로, 청구법인이 2018〜2019사업연도에 결손 등을 이유로 감가상각비를 손금으로 추인하지 않았다 하더라도 상각범위액을 한도로 그 상각부인액을 손금에 산입하여야 하고, 2020사업연도 이후에는 그 손금추인액을 “이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액”으로 보아 상각범위액을 산정하여야 한다고 보이는 점, 일부 사업연도의 부과제척기간이 경과하였다 하더라도 먼저 부과제척기간을 고려하지 아니한 상태에서 세법에 따라 정당하게 신고하여야 할 각 사업연도별 손익을 재계산하고 부과제척기간이 경과하지 아니한 사업연도분에 대해서는 재계산된(오류가 없는) 손익을 당해 사업연도의 손익으로 보는 것이 ｢국세기본법｣에서 부과제척기간을 둔 취지에 비추어 합리적이라고 보이는 점(국심 2005서2639, 2006.8.31., 같은 뜻임) 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
[주 문] 심판청구를 기각한다.