쟁점토지의 양도는 조특법상 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면이 적용되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다
쟁점토지의 양도는 조특법상 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면이 적용되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다
문서번호 조심-2026-광-0188 결정유형 기각 세목 양도소득세 생산일자 2026.03.11 귀속연도 2023 제목 2023년 귀속 양도소득세 수정신고를 한 청구인이 이에 대한 경정청구를 한데 대해 처분청이 2024.7.9.자 무납부고지부터 3개월을 경과하였다는 사유로 청구인의 경정청구를 각하하는 결정을 한 것은 위법ㆍ부당한지 여부 요지 쟁점토지 항공사진에 의하면 2021년에 쟁점토지 일부에 나무가 식재되어 있다가 2022년 3월 이후에는 경작한 흔적이 없는 것으로 확인되고, 감나무 재배로 인한 판매실적 등은 제시된 사실이 없는 점, 청구인이 쟁점토지를 상속으로 취득한 이후 적어도 1년이상 직접 경작하였다고 인정하기 어려우므로 쟁점토지의 양도는 조특법상 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면이 적용되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다. 결정내용 결정 내용은 붙임과 같습니다.
국세기본법 제45조 제2항 상세내용 [주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
1. 2024.5.7. 과세표준금액 664,111,243원으로 신고하였다가, 2024.5.10. 취득가액에서 기타 부대비용 22,847,650원을 제외하여 과세표준금액 691,866,316원을 신고하였다. 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면이 적용되어야하므로 2023년 귀속 양도소득세 116,313,680원을 환급하여야 한다는 취지로 경정청구 를 하였고, 처분청은 경정청구기한 3개월을 경과하여 제기하였다는 이유로 2025.8.27. 이를 거부(각하결정)하였다.
(1) 2023년 귀속 양도소득세 수정신고를 한 청구인이 이에 대한 경 정청구를 한데 대해 처분청이 2024.7.9.자 무납부고지부터 3개월을 경 과하였다는 사유로 청구인의 경정청구를 각하하는 결정을 한 것은 위 법ㆍ부당하다. (가) 국세기본법 제45조의2 제1항 본문은 “법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출한 자는 그 신고한 과세표준과 세액이 정부가 과세하여야 할 과세표준과 세액을 초과하는 때에는 법정신고기한이 지난 날부터 5년 이내에 그 초과 부분에 대한 경정을 청구할 수 있 다”고 규정하고 있는바, 이 건 경정청구는 실지조사 과정 및 세무대 리인의 권유에 따라 이루어진 자진 수정신고에 의해 과다하게 신고된 세액을 바로잡기 위한 것으로서, 이는 과세관청의 증액경정으로 인한 세액 증가분에 대한 것이 아니라, 청구인의 신고 자체가 과다한 부분 을 바로잡는 통상의 경정청구에 해당한다. (나) 국세기본법 제45조의2 제1항 단서규정은 “다만, 결정 또 는 경정으로 인하여 증가된 세액이 있는 경우에는 그 처분이 있음을 안 날부터 3개월 이내에 청구하여야 한다.“고 규정하는바, 이는 과세 관청의 증액경정으로 인하여 세액이 증가한 부분에 한정하여 예외적 으로 짧은 불복기간(3개월)을 두는 취지일 것이나 이 건의 경우 처분청은 증액경정 처분을 한 사실이 없고, 그에 관한 경정결정 통지서가 청구인에게 송달된 사실도 없으므로, 국세기본법 제45조의2 제1항 단서가 예정하는 ‘결정 또는 경정으로 인한 증가세액’이 존재하지 않는다. 그럼에도 처분청은 수정신고일 또는 무납부고지일을 기준으로 3개월이 경과하였다는 사유로 이 건 경정청구를 각하하였으므로, 이는 국세기본법 제45조의2 의 문언과 체계에 반하는 위법한 결정이다. (다) 처분청은 수정신고일(2024.5.10.)부터 3개월을 경과하여 제기 한 경정청구는 부적법하다는 의견이나, 납세자의 수정신고일을 기준 으로 90일 이내 경정청구를 제기하여야 한다는 법적 근거는 존재하지 아니한다. 또한 이 건 무납부고지일(2024.7.9.)을 기준으로 한다 하더라도, 청구인은 위 무납부고지를 등기우편이나 홈택스 전자문서함을 통해 받은 사실이 없어 행정처분의 성립요건인 ‘도달’ 자체가 없었으므로 이를 청구인에 대한 처분이라고 볼 수 없다. (라) 청구인은 자경감면, 소득(4,000만 원 대여금), 실지조사 결과의 타당성 등을 정당하게 다투기 위해 경정청구를 제기하였는데, 처분청이 청구인의 경정청구에 대해 각하결정으로 본안 심리를 회피 한 것은 납세자의 권리구제 기회를 박탈한 것으로서 이는 납세자 권 리보호 원칙 및 실질과세원칙에 반하여 위법ㆍ부당하다.
(2) 쟁점토지는 청구인의 부친이 1966년에 매입하여 논농사로 경작 하시다가 나이가 들어 2011년경 밭농사로 전환하여 다년생 과실수인 감나무를 식재하였고, 청구인이 2013년에 이를 상속으로 취득한 후 2023년 양도할때까지 실질적으로 경작한 사실이 농지원부, 경작 사진, 농자재 구입내역 등을 통해 확인된다. (가) 처분청은 청구인의 근로소득을 기준으로 감면요건을 판단하 였으나, 이 건 세무조사 당시 청구인이 소명하지 못한 소득 상황을 감안하면, 쟁점토지의 양도는 조특법상 8년 이상 자경농지에 대한 감 면요건을 충족하였다. (나) 처분청은 청구인이 ㈜OO토에서 근무(2021년 6월～2023년 3월, 1년 9개월간)했던 기간 중 급여대장에 등재되지 않고 청구인의 계좌에 입금된 4,000만원을 급여로 보았으나, 아래 <표1>과 같이 이 는 청구인이 배우자 명의의 회사 지분을 취득하기 위해 개인적으로 차용한 금전으로서, 자금흐름도, 이체내역, 지분취득 관련 자료 등을 통해 근로소득이 아닌 사실이 확인된다. 또한 위 금전거래 내역을 보면, 송금인이 자신의 편의를 위해 메모에 회사명을 기재하였는데, 처분청이 이를 소득으로 보아 조특법상 감면요건을 배제한 것은 사실오인 및 실질과세원칙에 위반되는 것이 고, 실제 청구인의 근로소득 내역은 아래 <표2>와 같다. ㈜OOO 오토 연구소 2021.6.〜2023.3. 21 개월 35,500 과세연도 포함 ㈜OOO 오토 연구소 2023.4.〜2025.8. 29 개월 75,000
(1) 세무조사 결과 확인된 내용에 따라 청구인이 양도소득세 과세 표준 및 세액을 수정신고한 것은 과세표준 및 세액을 증액 결정하기 위한 세무조사 전반의 과정 중 국세기본법 제81조의12 에 따라 세 무조사 결과 통지라는 조사 과정에 포함되는 것으로서 증액경정 처분에 해당하고, 증액경정 처분에 대한 경정청구 기한은 국세기본법 제45조의2 제1항 단서 규정에 따라 처분이 있음을 안 날(2024.6.7. 세 무조사 결과통지일)로부터 3개월 이내인바, 청구인이 청구기한 2024.8.20.을 경과하여 한 경정청구를 처분청이 거부(민원회신에 불과 함)한 것은 정당하고, 불복청구 기한을 경과하여 제기한 이 건 심판청 구 또한 각하되어야 한다. (가) 청구인은 세무공무원으로부터 조사 절차에 따라 수정신고 할 수 있음을 안내받아 2024.5.7. 수정신고를 하였고, 처분청의 양도소득세 실지 조사결과 확인한 내용에 따라 2024.5.10. 양도소득세 과세표 준 및 세액을 재차 수정신고하였다. 처분청은 청구인이 8년 자경감면을 받기 위해 총급여액을 조작한 혐의를 확인하여 세무조사를 실시하였고, 실지조사 결과 청구인이 2022년에 ㈜OOO 오토에 근무하면서 총급여 78,200,000원을 수령하면 서, 조특법상 8년 자경농지 감면규정을 적용 받기 위해 총급여 중 5,500,000원은 본인 명의 농협계좌(216014-51-277 ***)로 직접 입금 받고, 나머지 급여 42,700,000원은 경리 업무를 담당하고 있는 OOO 명의 기업은행계좌를 통해 청구인 명의 농협계좌로 입금 받은 사실을 확인하였다. 청구인은 조사담당 세무공무원으로부터 2022년 귀속 총급여액이 3천7백만원을 초과하여 8년 자경 감면 요건 충족하지 않고, 이에 따라 세무조사 종결 후 감면신고한 금액에 대해 감면 부인하고 고지할 것이라는 내용과 그 전에 수정신고를 할 수 있다는 내용에 대해 설명 을 들은 후 OOO 계좌를 통해 입금받은 금액이 ㈜OO이오토에 근로 를제공하고 받은대가임을 인정하고 쟁점토지에 대한 양도소득세 수 정신고를 하였다. (나) 양도소득세 수정신고는 국세기본법 및 같은 법 시행령에 서 규정한 증액 경정을 하기 위한 조사 절차 중 하나로서 증액 경정 처분에 해당한다. 국세기본법 제2조 제21호 에서 “세무조사”란 국세의 과세표준 과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다고 규정되어 있고, 같은 법 제81조의12 제1항 및 같은 법 시행령 제63조 의13은 조사종결일로부터 20일 이내에 세무조사 내용, 경정할 과세표 준 및 세액, 산출근거, 세무조사 대상 세목 및 과세기간, 과세표준 및 세액을 경정한 사유, 관할세무서장이 과세표준과 세액을 경정하여 통 지하기 전까지 수정신고 납부가 가능하다는 사실, 과세전적부심사를 청구할 수 있다는 사실을 납세자에게 설명하고 이를 서면으로 통지하여야 한다고 규정하고 있다. (다) 처분청이 관련 법령에 따라 청구인에게 세무서장이 과세표준 및 세액을 경정하여 통지하기 전까지 수정신고할 수 있다고 설명하고 청구인이 이에 따라 양도소득세 과세표준 및 세액을 수정신고한 것은 세무조사의 한 부분에 해당하므로 이에 대해서는 국세기본법 제45 조의2 제1항 단서 조항이 적용되는 것이고, 청구인이 처분이 있음을 안날(2024.6.7.)부터 3개월(2024.9.6.)이 경과하여 2025.8.17.에 한 경정 청구는 요건에 맞지 않으므로 청구인이 제출한 단순민원에 대해 처 분청이 각하 결정하여 회신한 것은 정당하다. 법원은 조사결과에 따라 수정신고한 건에 대한 경정청구 기한은 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에 따라 90일이고, 청구기간 90 일을 경과하여 경정청구한 건에 대한 거부통지는 단순한 민원회신의 성격을 가질 뿐 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다 판 시하였다(인천지방법원 2017.8.17. 선고 2016구합53498 판결, 참조) 따라서 국세기본법에 납세의무자의 권리에 대한 사후구제제 도로서 경정청구제도보다 먼저 불복청구제도를 도입하고 불복청구기 간(90일)을 경정청구기간(3년)보다 단기의 불변기간으로 규정하고 있는 점(국세청 심사-2006-0336), 과세관청의 증액경정처분에 대하여 아무런 제한 없이 경정청구를 인정하게 되면 결국 경정청구 기간보다 단기간인 불복청구기간이 이보다 장기간인 경정청구기간으로 연장되는 결과를 초래하여 서로 다른 도입목적을 가진 양 제도의 기능이중 첩적으로 작용하여 상호 충돌될 수 있는 점, 경정처분의 효력에 대하여 국세기본법 제22조의2 제1항 을 신설(2002.12.18.)하여 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에관한 이법 또는세법에서 규정하는권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다고 규정하고 있는 점, 증액경정처분에 대하여는 불복 청구제도를 통한 구제절차가 시행ㆍ정착된 후에 납세의무자 스스로 신고한 세액이 잘못 과다신고된 경우 등에 이를 시정할 수 있는 권리를 보장하기 위하여 경정청구제도가 도입된 점 등을 감안하면, 증액 경정처분에 대한 경정청구 기한은 통지받은 날부터 3개월이라 하겠다.
(2) 이 건 세무조사 결과 청구인의 2022년 귀속 총급여액이 3천7백 만원을 초과한 것으로 확인되었고, 청구인이 제출한 증빙서류만으로 는 청구인이 2022년에 쟁점토지를 직접 경작했는지 여부를 확인할 수 없는 반면, 2022년에 촬영된 쟁점토지 항공사진에 의하면 잡풀이무성한 휴경 농지로 확인된다. (가) 청구인이 2022년 ㈜OO이오토에 근로를 제공하고 받은 총급여 액은 78,200,000원으로서, 그 중 42,700,000원은 ㈜OO이오토 경리직원 배미선 명의 기업은행계좌(58403132501 ***)를 거쳐 입금 받은 사실이 청구인에 대한 문답 등 조사과정에서 확인되었으나, 청구인은 이 건 심판청구에서는 이를 OOO으로부터 차입한 금액이라고 주장하고 있다. (나) ㈜OO이오토가 제출한 2021년 〜2023년 근로소득지급명세서를 보면, 아래 <표3>과 같이 다른 직원들의 급여가 증가한데 반해 청구 인의 2022년 급여만 급격하게 감소한 것으로 나타난다. 또한 청구인은 ㈜OO이오토와 체결한 근로계약서(2021.6.7.자, 2021 년 6월부터 2022년 6월까지, 연봉총액 36,000,000원)를 제출하였으나, 계약서상 연봉총액과 실제로수령한 금액이 달라 청구인이 제출한 근로계약서는 신뢰하기 어렵다. (다) 청구인이 제출한 근로계약서상 총급여액과 실제 신고한 총급여 액의 차이는 아래 <표4>와 같이 연간 500만원 내지 1,500만원 정도이고, ㈜OO이오토가 제출한 근로소득 지급명세서를 기준으로 연도별 청구인이 수령한 총급여를 계산한 결과 청구인이 증거자료로 제출한 근로계약서상 연봉총액과 상이한 사실이 확인된다. (라) 근로계약서상으로는 계약기간 종료일(매년 6월 6일)에 연봉을 재계약한다고 기재되어 있으나 금융거래 현장확인 결과, 근로계약서 상연봉제 협상일과 다르게 2022.1.10.〜2023.3.10. 기간동안 약 2,760,610원을 수령하고 2023.4.10.부터 매달 약 5,349,313원을 수령한 사실로 보아 청구인이 증거자료로 제출한 근로계약서상 총연봉이 36,000,000원이라는 주장은 신뢰할 수 없다. (마) 청구인은 ㈜아이오토 경리직원 OOO 로부터 4,000만원을 차용했다고 주장하나, OOO이 2022.7.29.부터 2022.11.23.까지 기간동안 8차례에 걸쳐 청구인에게 계좌로 위 금액을 이체하면서 적요에‘차용’ 등의 내용을 기재하지 아니하고 ‘하계휴가비’ 또는 ‘아이오토’라고 기재한 사실로 보아 OOO이 ㈜OO이오토로부터 위 금액을 입금받 아 청구인에게 근로제공의 대가로 이체한 것으로 보인다. 또한 청구인은 OOO으로부터 이체받은 청구인의 계좌내역만 제출하였을뿐 배미 선이 입금한 위 금액의 출처를 확인할 수 있는 자료 는 제출하지 아니하였고, 쟁점토지를 2023.5.15.에 1,209백만원에 양도 하고도 이 건 세무조사 당시까지 배미 선에게 위 금액을 변제한 사실은 확인되지 아니한 사실을 감안하면, 이 건 세무조사 종결 후인 2024.8.2.에 22,500,500원을 OOO에게 일부 변제하였다는 청구주장은 신뢰하기 어렵다. (바) 이 건 세무조사 당시 쟁점토지에 대한 경작 여부를 인터넷포털사이트 다음 항공사진으로 확인 결과, 쟁점토지는 잡풀이 무성한 상태로 2021년부터 양도일(2023.5.15.)까지 경작한 사실이 없는 휴경농 지로 보인다.
② 제1항에 따른 국세를 납부할 의무의 성립시기는 다음 각 호의 구 분에 따른다.
1. 소득세ㆍ법인세: 과세기간이 끝나는 때. (단서 생략) 제22조 【납세의무의 확정】① 국세는이 법및 세법에서정하는 절 차에 따라 그 세액이 확정된다.
② 다음 각 호의 국세는 납세의무자가 과세표준과 세액을 정부에 신 고했을 때에 확정된다. 다만, 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세표준과 세액이 세법에서 정하는 바와맞지 아니한 경우에는 정부가 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하는 때에 그 결정 또는 경정에 따라 확정된다.
제26조의2 【국세의 부과제척기간】① 국세를 부과할 수 있는 기간 (이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년 으로 한다. 제45조 【수정신고】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(소득세법제73조 제1항 제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해 당하는 자를 포함한다) 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신 고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또 는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2 제1항부터 제4항까지의 규 정에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.
1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치 지 못할 때 2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급 세액을 초과할 때 제45조의2 【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까 지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수 정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한 이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결 정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3 개월 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액, 세액공제액또는환급세액에 미치지못할때 제55조 【불복】① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변 경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. (단서 생략) ※홈택스서비스 이용에 관한 규정(2020.12.30. 국세청고시 제 2021-39호로 일부개정된 것) 제20조 【전자고지 방법】① 전자고지는 전자고지를 신청한 납세자에게 고지된 내용을 국세정보통신망에 저장하는 것을 말한다.
② 전자고지를 신청한 납세자는 홈택스에 등록한 전자우편, 휴대전화 단문메시지 또는 모바일 메신저로 고지 사실을 안내 받을 수 있다. (2) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정 신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과 세표준과 세액을 결정한다.
② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.
(3) 조세특례제한법(2023.12.31. 법률 제19936호로 일부개정되기 전 의 것) 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지 소재지에 거 주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[괄호생략] 대통령령 으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략) (4) 조세특례제한법 시행령(2024.2.29. 대통령령 제34263호로 일부개정되기 전의 것) 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8 년[괄호생략] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자 인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.
1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치및국 제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) ‧군‧구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역
2. 제1호의 지역과 연접한 시‧군‧구안의 지역
3. 해당 농지로부터 직선거리 30 킬로미터 이내의 지역
④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(괄호생략) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.
1. (생략)
2. (생략)
⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. (단서 생략)
⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제1항 각 호의 어느 하나에 따른 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다. 이하이 항및 제12항에서 같다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.
1. 피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작기간으로 한정한다)
2. 피상속인이 배우자로부터 상속받아 경작한 사실이 있는 경우에는 피상속인의 배우자가 취득하여 경작한 기간 ⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의재 배에 상시 종사하는 것 2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동 력에의하여 경작 또는 재배하는 것. ⑭ 제4항 ‧제6항 ‧제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상 속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각 에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.
1. 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업‧임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 “사업소득금액”이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.
2. 소득세법 제24조 제1항 에 따른 사업소득 총수입금액(농업‧임 업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대 업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업 소득은 제외한다)이 같은 법 시행령 제208조 제5항 제2호 각 목 의 금액 이상인 과세기간이 있는 경우
(5) 소득세법(2023.12.31. 법률 제19933호로 일부개정되기 전의 것) 제20조 【근로소득】① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급ㆍ급료ㆍ보수ㆍ세비ㆍ임금ㆍ상여 ㆍ수당과 이와 유사한 성질의 급여
② 근로소득금액은 제1항 각 호의 소득의 금액의 합계액(비과세소득 의 금액은 제외하며, 이하 "총급여액"이라 한다)에서 제47조에 따른 근로소득공제를 적용한 금액으로 한다. 제94조 【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공 부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는건물(건물에 부속된 시설물과구축물을 포함한다)의 양도로 발 생하는 소득 제104조 【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 해당 과세 기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금 액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액 으로 한다.
8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지 (표 생략)
④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 양도하는 경우 제55 조 제1항 [제3호(같은 호 단서에 해당하는 경우를 포함한다)의 경우에 는 제1항 제8호 ]에따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용한다. (이하 생략)
3. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제104조 의3에 따른 비사업용 토지. (단서 생략) 제104조의3 【비사업용 토지의 범위】① 제104조 제1항 제8호에서 " 비사업용 토지"란 해당토지를 소유하는기간 중대통령령으로 정하 는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
1. 농지로서 다음 각 목의어느 하나에 해당하는 것
1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해 당하는 기간
(1) 처분청과 청구인이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사 실이 확인된다. (가) 청구인은 이 건 세무조사 기간(2024.4.29.부터 2024.5.13.까지) 중인 2024.5.7., 2024.5.10. 쟁점토지의 양도와 관련하여 2023년 귀속 양도소득세 수정신고를 하였고, 2025.8.14. 처분청에 쟁점토지의 양도는 조특법상 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면이 적용되어야 하므로 2023년 귀속 양도소득세 116,313,680원을 환급하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였으며, 처분청은 경정청구기한 3개월을 경과하였다는 사유로 2025.8.27. 이를 거부(각하결정)하였다. (나) 처분청이 제출한 국세청 전산자료(전자고지 신청이력조회, 징 수결정ㆍ송달내역 상세조회 화면 출력물)를 보면, 이 건 세무조사 결과통지는 2024.6.7. 등기우편(등기번호 109862655OOOOO) 청구에게 송달되었고, 청구인은 2022.1.15. 전자우편주소(@naver.com) 를 입력하여 전자고지를 신청하였으며(이후 해지내역 없음), 처분청이 2024.7.9. 전자고지의 방법으로 이 건 무납부고지를 한 것으로 확인된다. (다) 처분청 조사종결보고서에 의하면, 쟁점토지는 청구인이 상속 을 원인으로 취득하기 전 피상속인이 8년이상 자경한 농지로서, 상속 인이 1년 이상만 경작하면 피상속인의 경작기간과 통산하여 8년 이상 자경농지에 대한 조특법상 감면요건에 해당하는바, 청구인이 쟁점토 지를 2013.8.14. 상속으로 취득하여 2023.4.18. 양도할때까지 사업소득 금액과 총급여액의 합계액이 3,700만원 미만인 과세기간이 2022년(3,500만원) 한 해이나, 실제로는 위 2022년 과세기간에 급여 등으로 7,600만원을 지급받은 사실을 확인하여 쟁점토지의 양도는 조특법상 자경감면 요건에 해당하지 아니하는 것으로 보았고, 또한 청구인이 취득가액으로 신고한 인근토지 매매사례가액인 692백만원을 부인하고, 상속세 신고 시 결정가액인 352백만원을 취득가액으로 하여, 위와 같은 내용으로 청구인이 한 수정신고를 시인하고 조사를 종결한 것으로 나타난다. (라) 청구인은 2022년 과세기간에 ㈜OO이오토 계좌(IBK 기업은행 58402800001)에서 본인 농협은행계좌(216014-51-277 )로 급여, 상여, 연구수당 등을 지급받았는데, 2022.7.29.부터 2022.11.23.까지 ㈜OO이오토 직원 OOO의 개인계좌(IBK 기업은행 58403132501)에서 8회 합계 42,700,000원을 입금받은 사실이 확인된다. (마) 처분청은 위와 같이 OOO이 입금한 금액 42,700,000원과 근 로소득 신고금액 35,500,000원을 합한 금액인 78,200,000원을 청구인의 2022년 과세기간 급여총액으로 보았고, 청구인은 2022.11.4. 및 2022.11.23. OOO으로부터 5회에 걸쳐 입금받은 금액 합계 4,000만원은OOO으로부터 차용한 금액으로서 그 중 일부인 22,500,500원을 2024.8.2. OOO에게 계좌로 이체하여 상환하였다고 주장하면서 위 청구인 명의 농협은행계좌(216014-51-277 )에서 ㈜OO이오토 직원 OOO의 개인계좌(IBK 기업은행 58403132501***)로 입금한 입출금거 래내역(거래기록사항에 OOO으로 기재됨)을 심리자료로 제시하였다. (바) 청구인은 2022년 대비 2023년 과세기간 급여액이 74,933,330원으로 증가한 것은 총 사업비 4,554,750,000원인 국책연구과제 선정 에따른 성과급이 반영된 것이라고 주장하면서, 국책연구개발사업협약서(2022.4.28.자, 연구책임자 청구인), 특허증(“냉동및 냉장을 위한 수송기기의 친환경 냉방 시스템”, 2023.1.31. 출원, 2024.3.4. 등록), 연구수당 입금내역(2023.12.8. 2회 합계 7,500,000원) 등을 심리자료로 제시하였다. (사) 청구인은 농지원부, 농업경영체 등록 확인서(2022.7.26.자, 최 초등록일 2014.1.8.), 농자재ㆍ농기구 구입 영수증 등을 제출하였다. (아) 처분청이 제시한 2021년 〜2023년 쟁점토지 항공사진은 아래 와 같다.
(2) 이상의사실관계및관련법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점① 에 대하여 살피건대, 국세기본법 제45조 의 규정에 의한 수정신고는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 할 수 있는 것인바, 이 건의 경우 청구인이 쟁점토지 양도에 대한 조특법상 자경감면 관련 세무조사를 받고서 세무조사결과통지를 2024.6.7.에 받기 전인 2024.5.7. 및 2024.5.10. 쟁점토지 양도에 대한 양도소득세 수정신고를 한 사실이 있을 뿐, 처분청이 2024.6.7. 세무조 사결과통지를 하거나 2024.7.9. 무납부고지를 한 것을 처분청이 ‘각 세 법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정 하여 통지’한 것으로 볼 수 없는 점, 국세기본법 제45조의2 제1항 에 의한 경정청구는 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있는 것인바, 이 건의 경우 청구인은 2023년 귀속 쟁점토지 양도소득에 대해 2023.7.30. 예정신고를, 2024.5.7. 및 2024.5.10. 수정신고를 하였으므로 법정신고기한(2024.5.31.)이 지난 후 5년 이내인 2025.8.14. 처분청에 이 건 경정청구를 제기하였고, 이에 대해 처분청이 거부하여 이 건 심판청구를 하였으므로 이는 경정청구 거부에 따른 적법한 청구로서 본안심리 대상에 해당한다. (나) 다음으로, 쟁점② 에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지의 양도는 조특법상 8년 이상 자경농지에 해당하므로 양도소득세 감면이 적용되어야 한다고 주장하나, 청구인은 쟁점토지를 2013.8.14. 상속받아 2023.5.15.까지 보유하는 기간 동안 1988년 1월부터 2018년 3월까지㈜현대자동차에서, 2018년 6월부터 2021년 4월까지 ㈜OO림에서, 2021년 6월부터 2025년 4월까지 ㈜OO이오토에서 상시근로자로 근무한 사실이 확인되고, 위 쟁점토지 보유기간 중 2022년을 제외하고 과세 기간 총급여액이 3,700만원을 초과한 것으로 확인되는 점, 청구인은 이 건 처분청의 세무조사 기간 중 2022년 과세기간에 근 무처 ㈜OO이오토 경리직원 OOO으로부터 ‘하계휴가비, 아이오토’라는 내역으로 급여계좌로 입금받은 금액 합계 4,270만원을 급여로 인정하여 수정신고를 하였다가 이 건 심판청구에서는 위 금액이 배미선으로부터 차용한 것이라고 주장하나, 청구인이 근무한 ㈜OO이오토의 직원 급여가 전년도와 대비하여 2022년에 전반적으로 상승한데 비해 청구인의 급여는 약 1,000만원이 감소하게 된 합리적인 사유가 확인 되지 아니하고, 청구인이 이 건 세무조사결과를 통지받은 후인 2024.8.2. OOO에게 22,500,500원을 입금한 내역 이외에 차용증, 원금 및 이자 상환내역, 입금자인 배미 선의 입금계좌 거래내역 등 위 금액 을 차용한 것이라는 청구주장을 입증할 객관적이고 구체적인 자료는 제시되지 아니한 점, 청구인은 2021년부터 쟁점토지에 감나무를 식재하였다고 주장하나, 쟁점토지 항공사진에 의하면 2021년에 쟁점토지 일부에 나무가 식재되어 있다가 2022년 3월 이후에는 경작한 흔적이 없는 것으로 확인되고, 감나무 재배로 인한 판매실적 등은 제시된 사실이 없는 점 등에 비추어 청구인이 쟁점토지를 상속으로 취득한 이후 적어도 1년 이상 직접 경작하였다고 인정하기 어려우므로 쟁점토지의 양도는 조특법상 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면이 적용되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.