3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 양도 당시 쟁점토지가 농지에 해당하지 않는 것으로 보아 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 부인한 처분의 당부
- 나. 관련 법령
(1) 조세특례제한법 (2023.4.11. 법률 제19328호로 일부 개정된 것) 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령 (2024.3.28. 대통령령 제34365호로 일부 개정된 것) 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.
1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역
2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구 안의 지역
3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역
④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.
⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.
1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우: 매매계약일 현재의 농지 기준
2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우: 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준
3. 광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률, 지방자치단체의 조례 및 지방자치단체의 예산에 따라 광산피해를 방지하기 위하여 휴경하고 있는 경우: 휴경계약일 현재의 농지 기준
⑧ 법 제69조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우"란 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
1. 당해 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 휴업·폐업하거나 해산하는 경우
2. 당해 토지를 3년 이상 경작하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우
⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제1항 각 호의 어느 하나에 따른 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다. 이하 이 항 및 제12항에서 같다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.
1. 피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작기간으로 한정한다)
2. 피상속인이 배우자로부터 상속받아 경작한 사실이 있는 경우에는 피상속인의 배우자가 취득하여 경작한 기간
⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것
2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.
⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.
1. 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.
(1) 쟁점토지의 양도 당시 농지에 해당한다고 주장하며 청구인이 제출한 자료는 아래와 같다. (가) 청구인이 제출한 자경 감면 요건의 충족여부는 아래와 같다. <표3> 자경감면 요건의 충족 여부 (나) 청구인이 제출한 농지원부는 아래와 같고, 최초 작성일자는 2019.10.28.로 나타난다. <농지원부(일부 발췌)> (다) 청구인이 제출한 농업경영체 등록 확인서는 아래와 같다. <농업경영체 등록 확인서> (라) 청구인이 제출한 비료 등 구매 내역은 아래와 같다. <비료 등의 구매 내역> (마) 청구인이 제출한 인우보증서 등은 아래와 같다. <인우보증서> <사실확인서> (바) 청구인이 제출한 지장물보상합의서 등과 2026.3.6. 조세심판관회의에 출석하여 의견진술 시 추가로 제출한 농지대장 전환에 따른 안내문은 아래와 같다. <지장물 보상 합의서와 확약서> (그림 삽입을 위한 여백) <농지대장 전환에 따른 안내문>
(2) 처분청이 조사 당시 인근에 거주한 주민들로부터 징취한 확인서는 아래와 같다. <처분청이 징취한 확인서>
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 8년 이상 자경농지로서 양도소득세 감면대상 농지인지 여부를 결정함에 있어 공부상 지목이 농지이더라도 양도일 현재 실제로 경작에 사용되고 있지 아니한 토지는 농경지로 사용되지 않고 있는 것이 토지 소유자의 자의에 의한 것이든 타의에 의한 것이든 일시적으로 휴경상태에 있는 것이 아닌 한 양도일 현재 농지라고 볼 수 없어 양도소득세 감면 대상인 토지에 해당하지 않는다고 보아야 할 것인바(대법원 1998.9.22. 선고 97누706 판결 참조), 청구인은 쟁점토지 인근에 있는 거주지에 살면서 쟁점토지를 실제 경작하였음이 농지원부, 지장물보상합의서, 영농자재 구매확인서, 농업인 경영등록체, 인우증명서, 농지대장 전환에 따른 안내문 등을 통해 구체적으로 확인되고, 쟁점토지를 양도할 당시 일시적으로 경작하지 아니하였다고 주장하나, OOO에서 쟁점토지 수용 전 토지감정을 위해 2022.12.6.에 현장확인한 사진을 보면 쟁점토지에서 유채 등 농작물을 경작한 사실이 없음이 확인되어 쟁점토지는 사실상 잡종지 또는 나대지로 방치된 것으로 보이고, 2023.4.27. 및 2024.5.16.에 드론으로 촬영한 사진 에서는 OOO가 차고지로 사용하고 있는 것으로 보이는 점, 청구인이 제출한 농지원부, 지장물보상합의서 등만으로는 쟁점토지가 양도 당시 일시적인 휴경상태의 농지에 해당한다고 단정하기 어렵고, 청구인은 유채 등의 농작물을 경작하였다고 주장만 할 뿐, 영농장비, 유채씨앗 등의 자경 관련 구체적·객관적인 입증자료를 제출하지 못하고 있고, 처분청의 조사 당시에도 자경에 사용된 농기계의 종류와 그 임대인 등에 대해 명확히 답변하지 못한 점, 또한, 청구인은 2022년 전에는 직불금을 신청한 내역이 없고, 2022년∼2024년에 신청한 직불금 내역에는 쟁점토지가 포함되지 않았는데, 이에 대한 이유를 명확히 설명하지 못하는 점, 처분청이 조사 당시 인근에 거주한 주민들로부터 징취한 확인서에 따르면 쟁점토지에서 유채꽃 등의 경작물이 심어진 것을 본 적이 없다고 진술하고 있는 점 등에 비추어, 처분청이 양도 당시 쟁점토지가 농지에 해당하지 않는 것으로 보아, 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 부인하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.