조세심판원 심판청구 소득세

양도 당시 쟁점토지가 농지에 해당하지 않는 것으로 보아 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 부인한 처분의 당부

사건번호 조심-2026-광-0072 선고일 2026.03.24 조세심판원

OO개발공사에서 쟁점토지 수용 전 토지감정을 위해 현장확인한 사진을 보면 쟁점토지에서 유채등 농작물을 경작한 사실이 없음이 확인되어 쟁점토지는 사실상 잡종지 또는 나대지로 방치된 것으로 보이고, 촬영된 사진에서는 차고지로 사용하고 있는 것으로 보이는 점, 청구인이 자경 관련 구체적·객관적인 입증자료를 제출하지 못하고 있고, 처분청의 조사 당시에도 자경에 사용된 농기계의 종류와 그 임대인 등에 대해 명확히 답변하지 못한 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2014.5.15. 상속을 원인으로 취득한 전라북도 고창읍 OOO소재 답 2,758㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2024.10.25. OOO에게 양도(수용)가액 OOO원에 양도한 후, 2024.11.25. 양도소득세 예정 신고 시 조세특례제한법 제69조 에 따른 8년 이상 자경농지에 대한 감면 OOO원을 적용하여 신고하였다.
  • 나. 처분청은 2025.5.12.부터 2025.7.5.까지 양도소득세 감면 요건 충족 여부를 확인하기 위해 조사를 실시한 결과, 쟁점토지는 양도당시 농지에 해당하지 않는 것으로 보아 자경농지에 대한 감면을 부인하여, 2025.9.5. 청구인에게 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2025.11.10. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 모친이 1965.10.5.부터 사망(2014.4.7.) 시까지 경작한 쟁점토지를 2014.5.15. 상속받아 2024.10.25. OOO에 수용될 때까지 농지로서 계속 영농에 이용하였다. 쟁점토지가 양도 당시 농지의 요건을 충족하지 못한다는 처분청 의견의 근거는 쟁점토지의 항공사진이 전부로서, 청구인은 쟁점토지 인근에 있는 거주지에 살면서 쟁점토지를 실제 경작하였음이 농지원부, 지장물보상합의서, 영농자재 구매확인서, 농업인 경영등록체, 인우증명서 등을 통해 구체적으로 확인된다. 청구인이 쟁점토지를 양도할 당시 일시적으로 경작하지 아니한 사유는 2024.5.8. 토지수용기관인 OOO영농보상 담당자OOO가 지장물보상합의서를 작성함에 있어 청구인으로부터 징구한 확약서(2024.5.8. 청구인이 쟁점토지에 대한 실제경작자로서 경작 중인 농작물이 있는 경우 보상금 수령 후 공사 착공에 지장이 없도록 조치할 것이며, 불이행시에는 공사의 임의철거 등 어떠한 조치에도 하등의 이의를 제기치 않겠음, 당시 담당자 전○호는 청구인에게 이제부터는 농사를 짓지 않아도 된다고 하였음)를 신뢰하였고, 청구인의 입장에서는 언제 수용될지 모르는 상황 하에서 수확기까지 단기간에 경작하는 것이 무리라고 보여 휴경하였을 뿐이다. 따라서 청구인은 쟁점토지를 보유하면서 경작기간 동안 특별한 직업없이 농업에만 전념한 농민임이 확인됨에도 선친 대대로 농지로 이용된 쟁점토지를 양도 당시 농지가 아니라고 보아 청구인에게 한 이 건 처분은 너무나도 가혹하고 억울한 처분이다.

(2) 처분청은 쟁점토지를 OOO가 임차하여 사용하였다는 의견이나, OOO가 사용한 토지는 쟁점토지가 아닌 같은 리 OOO이고, 청구인의 동생이 본인 소유인 토지를 OOO에게 임대하였다고 구체적으로 확인되고 있는 것으로 보아, 쟁점토지와는 전혀 관계없음이 확인됨에도 이 건 처분의 근거로 제시하는 것은 위법·부당하다. 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 2014.5.15. 쟁점토지를 모친으로부터 상속받았고, 2024.10.25. OOO에게 양도 시까지 계속 영농에 이용하였다고 주장하나, 청구인이 쟁점토지 소재지에 전입한(배우자 및 자녀는 미전입) 것은 2016.4.20.부터인 것으로 확인되고, <표1> 청구인의 주소지 변경 이력 또한 청구인은 2018년까지 복수의 사업장에서 근로한 사실이 근로소득지급명세서를 통해 확인된다. <표2> 청구인의 근로 내역 (단위: 년, 원) 청구인은 처분청에 제출한 경작사실 확인서에서 재촌·자경기간을 2019년∼2024년으로 주장하였으며, 조사착수일인 2025.5.14. 면담을 통해 2019.11.26. 농업경영체 등록 후 2020년 유채, 2021년 콩, 2022년∼2024년 유채를 경작하였고 주장하였으나, 아래와 같이 상속 이후 양도 시까지 계속 영농에 종사였다고 볼 수 없는 정황 및 증빙이 확인된다.

(2) 청구인은 처분청이 쟁점토지가 양도 당시 농지에 해당하는지 여부 확인을 항공사진만을 근거로 하였고, 농지원부, 지장물보상합의서, 농업인 경영등록체, 인우증명서 등을 통해 양도당시 농지임이 입증된다고 주장하나, 청구인은 2022년 이전에는 직불금을 신청한 내역이 없으며, 2022년∼2024년 신청한 직불금 내역에는 쟁점토지가 포함되지 않았음이 확인된다. 청구인이 제출한 경작사실확인서의 작성자인 유○종(이장)을 조사과정에서 면담한바, 최근 몇 년간 쟁점토지 위에 작물이 식재된 것을 본 적 없고 청구인이 경작하는 모습 또한 목격한 바 없다고 확인하였다. 또한 경작사실확인서 작성자인 청구인의 동생 a을 조사과정에서 면담한바, 2019년∼2024년에 어떤 작물을 재배했는지 알지 못한다고 진술하였다. 조사 과정에서 쟁점토지 인근 거주 주민을 탐문한바, 쟁점토지 인근 지번인 같은 리 OOO소재 컨테이너 박스에서 2022년∼2025년 4월 사이 거주한 주민 김○기 및 쟁점토지 인근에서 사업장을 영위하는 OOO대리점의 직원 송○성은 쟁점토지에서 유채꽃이 개화한 장면을 본 적이 없다고 진술하였다. OOO에서 쟁점토지 수용 전 토지감정을 위해 2022.12.6. 및 2023.4.27., 2024.5.16.에 쟁점토지를 현장확인한 사진을 보면 쟁점토지에서 유채 등 농작물을 경작한 사실이 없음이 확인되며, 2023.4.27. 및 2024.5.16.에 드론으로 촬영한 사진 에서는 OOO가 쟁점토지를 건설중기 차고지로 사용하였음이 확인된다. <2022.12.6. OOO에서 촬영한 사진> <2023.4.27., 2024.5.16. OOO의 드론 촬영 사진> 청구인이 쟁점토지를 실제 경작하였다면 사용된 농기계의 종류와 임대인 등이 누구냐는 조사반의 질의에 대해 제출된 증빙이 없으며, 여타 영농장비 및 농약, 종자 등의 구입 증빙 또한 제출되지 않았다. 청구인이 자경의 근거로 주장하는 농업경영체 등록 확인서는 “실제 경작 여부를 최초 신청 시 경영체등록 신청서에 첨부되는 영농사실확인서(통상 이장이 확인자임)를 통해 확인하고 있으며, 실경작자의 진위 여부까지 검증할 수는 없다”라고 OOO직원과의 전화 통화를 통해 확인하였는바, 양도 당시 자경 여부를 입증할 수 있는 근거가 아니다. 청구인의 또 다른 자경 주장 증빙인 지장물보상합의서는 OOO가 처분청에게 “농업손실보상금은 공공사업시행지역 안에서 수용의 대상인 농지를 이용하여 경작을 하는 자가 그 농지의 수용으로 인하여 장래의 영농을 계속하지 못하게 되어 특별한 희생이 생기는 경우 이를 보상하는 것으로 관련 공부인 농지원부 및 농업경영체확인서 등을 통해 확인하였다”라고 회신하였는바, 이 역시 청구인의 양도 당시 자경 여부를 입증할 근거가 될 수 없다. <OOO의 회신문> 청구인은 2024.5.8. 공사 착공에 지장이 없게 조치하겠다는 확약서를 제출한 후 언제 수용될지 모르는 상황에서 경작은 무리라고 판단하여 휴경하였다고도 주장하나, 양도소득세 신고 시 제출한 8년 자경 사실확인서에는 경작기간이 2019년 11월부터 2024년 10월까지 약 5년 정도이며 유채 등을 재배하였다고 주장하였다. <양도소득세 신고 시 제출한 사실확인서> 청구인은 조사과정에서 제출한 소명서에서 쟁점토지의 소유권 이전 시점까지 경작이 가능하였다고 진술하였으며, 1차 소명서와 2차 소명서에서 공통적으로 양도시점까지 유채 등의 재배가 이뤄졌다고 주장하였다. <청구인이 제출한 소명서> 조사과정에서 쟁점토지의 항공사진을 확인한바, 청구인이 재촌·자경을 주장하는 기간 동안 지상 위에 작물이 재배되는 상황을 확인할 수 없으며, 2023.4월 및 2024.3.16.에 촬영된 항공사진에서는 쟁점토지 및 같은 리 OOO등 지상 위에 중장비가 소재하는 현황이 확인되고 지번별로 경계를 나눌 수 있는 구조물이나 표식은 전혀 보이지 않아 쟁점토지와 인근토지를 구분없이 농지 외의 목적으로 사용한 것으로 판단된다. <쟁점토지 항공 사진> 위와 같이 청구인은 조사 과정에서 양도 시점까지 자경이 가능하였고 실제 자경하였다고 주장하였으나, 심판청구에서는 OOO에 확약서를 제출한 시점 이후 자경이 제한되어 휴경하였다고 주장을 번복하고 있어 진술의 신빙성에 의문이 있고, 설령, 쟁점토지가 개발사업에 의한 토지 및 지장물 조사 후 경작이 중단되었다고 하더라도 그와 같은 사유만으로는 일시적인 휴경상태로 볼 수 없어 양도일 현재 농지라고 할 수 없다는 다수의 판례(대법원 2010.10.14. 선고 2010두8782 판결 외 다수)에 비추어, 청구인이 일시적 휴경을 사유로 양도 당시 농지라 주장함은 이유 없다.

(4) 청구인의 주장과 같이 2024년 5월 확약서 제출 시점까지 작물을 재배했다면, 재배작물 보호 및 개별 소유권 주장을 위해 a이 OOO에 임대한 OOO등과 식별 및 분리가 가능하도록 표시 및 경계시설이 당연히 존재하여야 하나, 항공사진에서 보는 바와 같이 쟁점토지와 인근토지가 어떠한 구분표시도 없이 나대지 상태로 하나의 용도로 활용되었음을 확인할 수 있는바, 청구인의 주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 양도 당시 쟁점토지가 농지에 해당하지 않는 것으로 보아 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 부인한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 (2023.4.11. 법률 제19328호로 일부 개정된 것) 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령 (2024.3.28. 대통령령 제34365호로 일부 개정된 것) 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우: 매매계약일 현재의 농지 기준

2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우: 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준

3. 광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률, 지방자치단체의 조례 및 지방자치단체의 예산에 따라 광산피해를 방지하기 위하여 휴경하고 있는 경우: 휴경계약일 현재의 농지 기준

⑧ 법 제69조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우"란 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 당해 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 휴업·폐업하거나 해산하는 경우

2. 당해 토지를 3년 이상 경작하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우

⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제1항 각 호의 어느 하나에 따른 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다. 이하 이 항 및 제12항에서 같다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작기간으로 한정한다)

2. 피상속인이 배우자로부터 상속받아 경작한 사실이 있는 경우에는 피상속인의 배우자가 취득하여 경작한 기간

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

1. 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지의 양도 당시 농지에 해당한다고 주장하며 청구인이 제출한 자료는 아래와 같다. (가) 청구인이 제출한 자경 감면 요건의 충족여부는 아래와 같다. <표3> 자경감면 요건의 충족 여부 (나) 청구인이 제출한 농지원부는 아래와 같고, 최초 작성일자는 2019.10.28.로 나타난다. <농지원부(일부 발췌)> (다) 청구인이 제출한 농업경영체 등록 확인서는 아래와 같다. <농업경영체 등록 확인서> (라) 청구인이 제출한 비료 등 구매 내역은 아래와 같다. <비료 등의 구매 내역> (마) 청구인이 제출한 인우보증서 등은 아래와 같다. <인우보증서> <사실확인서> (바) 청구인이 제출한 지장물보상합의서 등과 2026.3.6. 조세심판관회의에 출석하여 의견진술 시 추가로 제출한 농지대장 전환에 따른 안내문은 아래와 같다. <지장물 보상 합의서와 확약서> (그림 삽입을 위한 여백) <농지대장 전환에 따른 안내문>

(2) 처분청이 조사 당시 인근에 거주한 주민들로부터 징취한 확인서는 아래와 같다. <처분청이 징취한 확인서>

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 8년 이상 자경농지로서 양도소득세 감면대상 농지인지 여부를 결정함에 있어 공부상 지목이 농지이더라도 양도일 현재 실제로 경작에 사용되고 있지 아니한 토지는 농경지로 사용되지 않고 있는 것이 토지 소유자의 자의에 의한 것이든 타의에 의한 것이든 일시적으로 휴경상태에 있는 것이 아닌 한 양도일 현재 농지라고 볼 수 없어 양도소득세 감면 대상인 토지에 해당하지 않는다고 보아야 할 것인바(대법원 1998.9.22. 선고 97누706 판결 참조), 청구인은 쟁점토지 인근에 있는 거주지에 살면서 쟁점토지를 실제 경작하였음이 농지원부, 지장물보상합의서, 영농자재 구매확인서, 농업인 경영등록체, 인우증명서, 농지대장 전환에 따른 안내문 등을 통해 구체적으로 확인되고, 쟁점토지를 양도할 당시 일시적으로 경작하지 아니하였다고 주장하나, OOO에서 쟁점토지 수용 전 토지감정을 위해 2022.12.6.에 현장확인한 사진을 보면 쟁점토지에서 유채 등 농작물을 경작한 사실이 없음이 확인되어 쟁점토지는 사실상 잡종지 또는 나대지로 방치된 것으로 보이고, 2023.4.27. 및 2024.5.16.에 드론으로 촬영한 사진 에서는 OOO가 차고지로 사용하고 있는 것으로 보이는 점, 청구인이 제출한 농지원부, 지장물보상합의서 등만으로는 쟁점토지가 양도 당시 일시적인 휴경상태의 농지에 해당한다고 단정하기 어렵고, 청구인은 유채 등의 농작물을 경작하였다고 주장만 할 뿐, 영농장비, 유채씨앗 등의 자경 관련 구체적·객관적인 입증자료를 제출하지 못하고 있고, 처분청의 조사 당시에도 자경에 사용된 농기계의 종류와 그 임대인 등에 대해 명확히 답변하지 못한 점, 또한, 청구인은 2022년 전에는 직불금을 신청한 내역이 없고, 2022년∼2024년에 신청한 직불금 내역에는 쟁점토지가 포함되지 않았는데, 이에 대한 이유를 명확히 설명하지 못하는 점, 처분청이 조사 당시 인근에 거주한 주민들로부터 징취한 확인서에 따르면 쟁점토지에서 유채꽃 등의 경작물이 심어진 것을 본 적이 없다고 진술하고 있는 점 등에 비추어, 처분청이 양도 당시 쟁점토지가 농지에 해당하지 않는 것으로 보아, 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 부인하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)