조세심판원 심판청구 상속증여세

공익법인인 청구법인이 내국법인의 발행주식총수의 5%를 초과하여 보유하고 있고, 2020.12.22 개정된 상증세법상 주식보유기준 적용 제외요건 중 출연재산가액 1% 이상 공익 목적 사용의무를 충족하지 못하였다고 보아 증여세 가산세를 부과한 처분의 당부

사건번호 조심-2025-중-4383 선고일 2026.03.12 조세심판원

출연재산가액의 1% 상당액 이상 의무지출과 관련한 개정규정은 그 시행일 이후 개시하는 과세기간 또는 사업연도분부터 적용하도록 규정하고 있는바, 출연시기와 관련해서는 별도로 규정한 내용은 없어 청구주장을 받아들이기 어려움

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 1990.12.13. 공익법인의 설립·운영에 관한 법률에 따라 장학 및 문화사업을 목적으로 설립된 공익법인으로서 1993.6.18. A(주)의 총발행주식의 12.5%인 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 출연받아 현재까지 청구법인의 수익용 자산으로 보유하고 있다.
  • 나. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인의 2022사업연도 현재 쟁점주식 보유와 관련하여 2020.12.22. 개정된 상속세 및 증여세법(이하 “상증세법”이라 한다) 제49조 제1항에 따라 같은 법 제48조 제2항 및 제11항 각호의 요건을 충족하는지 여부에 대한 서면검토를 실시한 결과, 청구법인이 주식등의 보유기준을 초과하여 주식등을 보유할 수 있는 상증세법 제48조 제11항 제2호 수익용 출연재산가액 1% 이상 공익목적 사용의무를 위반하였다는 조사결과를 통보하였고, 이에 처분청은 2025.8.11. 청구법인에게 상증세법 제78조 제4항에 따른 보유기준 5%를 초과하는 주식의 가액을 OOO원으로 평가하여 이에 대한 증여세(가산세 5%) OOO원 및 상증세법 제78조 제9항 제3호에 직접 공익목적사업에 사용해야 하는 기준금액에 미달한 금액 OOO원에 대한 증여세(가산세 10%) OOO원을 결정․고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 청구법인은 주식초과보유 요건을 충족해 온 성실공익법인이고, 1993년 출연받은 쟁점주식을 보유하는 데 대하여 2020.12.22. 개정된 상증세법 제48조를 적용하여 증여세(가산세)를 부과하는 것은 타당하지 아니하다.

(1) 청구법인은 1993.12.31. 현재 A㈜ 주식 12.2%를 출연받아 보유하고 있는 공익법인으로, 1993.12.31. 당시 A㈜ 발행주식을 5% 초과 보유하고 있었으나, 운용소득의 90% 이상을 장학금 지급 등 공익목적에 사용하는 등 요건을 갖춘 성실공익법인에 해당하여 상증세법 제49조 제1항의 주식처분의무 대상에서 제외되어 왔고, 1990.12.31. 및 1993.12.31. 개정된 상속세법 제8조의2 제1항은 공익법인이 내국법인의 주식 등 발행주식총수의 각 20%와 5%를 초과하여 출연받거나 취득하는 경우에는 상속세 등을 과세하도록 개정되었으나, 개정일 이전부터 보유하고 있는 주식에 대해서는 적용되지 아니한다고 부칙에 규정되어 있어 청구법인이 보유하고 있던 쟁점주식에 대해서는 1993.12.31. 개정된 상속세법이 적용되지 않았다.

(2) 2008.2.2. 대통령령 제20261호로 개정되기 전 상증세법 시행령을 보면 제42조 제1항 성실공익법인의 요건을 개정하면서 부칙에 이 영 시행 후 최초로 공익법인등에 출연하거나 공익법인 등이 주식등을 취득하는 분부터 적용한다고 하였고, 상증세법 제49조 제1항 주식보유기준의 적용이 제외되는 성실공익법인에 해당하는지를 판단할 때 2008.2.22. 개정된 상증세법 시행령의 강화된 성실공익법인의 요건은 2008.2.22. 이후 최초로 공익법인에 주식을 출연하거나 주식을 취득하는분에 대하여 적용되는 것이므로 위 시행일 전인 1993년에 출연받아 보유하는 쟁점주식에 대해서는 적용되지 않는다.

(3) 서울행정법원 판례(서울행정법원 2021.10.5. 선고 2020구합77435 판결)을 보면 2008년 개정된 상증세법 시행령 부칙 제3조 제1항은 시행일 전부터 보유하던 주식에 대하여 강화된 성실공익법인 요건이 적용되지 않는다고 판결하였고, 항소심인 서울고등법원 판례(서울고등법원 2022.8.19. 선고 2021누65820 판결) 내용도 1심 판결내용과 같으며, 부칙 제3조 제1항은 2008년 개정 시행령 제42조를 포함한 개정 규정 자체에 대한 적용시기와 적용범위를 정한 것으로 해석하는 것이 문언에 합치된다고 판결하였고, 대법원 판례(대법원 2022.11.3. 선고 2022두49588, 2022두49007 판결) 역시 2008.2.22. 이후 최초로 공익법인에 출연하거나 공익법인의 주식을 취득하는 분에 대하여 적용된다고 보았다.

(4) 2007.12.31. 개정된 상증세법 제48조는 공익법인에 대한 주식 등의 출연을 활성화하기 위하여 회계 등이 투명한 공익법인의 주식보유에 대한 세제상 제한을 완화하기 위하여 도입된 규정인 반면, 상증세법 제49조는 1996.12.30. 상증세법을 개정하면서 도입된 규정으로 동일 종목을 기준으로 5%를 초과하여 보유하는 주식에 대하여 일정기간 내 다른 종목 주식으로 대체하여 분산 보유하도록 하기 위한 것으로 공익법인의 주식 5% 보유기준을 초과하여 보유한 주식에 대하여 그 보유에 따른 가산세를 부과하면서 제49조 제1항 단서에 해당하는 공익법인에 대해서는 주식 5% 보유금지의 예외를 인정하고 있는바, 상증세법 제48조와 제49조는 입법취지 및 과세대상을 달리하고 있고, 2007.12.31. 개정된 상증세법의 부칙 제3조는 제48조에 대해서만 이 법 시행 후 최초로 공익법인등에 주식등을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용하도록 하면서 제49조에 대해서는 부칙 제3조에 포함되어 있지 아니하므로 1993년에 취득한 쟁점주식에 대하여 가산세를 부과하는 것은 타당하지 아니하다.

(5) 현행 상증세법 제48조 제11항 제1호는 성실공익법인등이 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 주식을 출연받은 후 성실공익법인 등에 해당하지 않게 된 경우에는 상증세법 제48조 제1항에 따라 증여세 과세가액에 산입하거나 제48조 제2항에 따라 그 사유가 발생한 날에 공익법인이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하도록 규정하고 있고, 같은 법 제49조 제1항은 공익법인 등이 1996.12.31. 현재 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 내국법인의 주식등을 보유하고 있는 경우에는 각호의 기한까지 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하여 보유하지 않도록 하여야 하는데 직접 공익목적에 사용한 실적과 공익법인 등의 공익기여도 등을 고려하여 기준에 부합하는 공익법인등에 대해서는 적용하지 않도록 규정하고 있다. 특히 상증세법 제48조 제11항은 2022.1.1. 이후부터는 출연재산가액의 1% 이상을 공익목적사업에 사용하지 않을 경우 5% 초과 주식보유분에 대하여 가산세 등을 부과하도록 개정되었으나, 청구법인은 쟁점주식을 1993.12.31. 이전 출연받아 보유하고 있었고, 매년 회계감사를 통하여 회계자료를 공시하고 있으며, 출연재산가액의 1% 이상을 공익목적사업에 사용하였으므로 청구법인의 쟁점주식 보유에 대하여 증여세(가산세) 부과대상이라고 보아 과세한 처분은 타당하지 아니하다.

  • 나. 처분청 의견 청구법인은 2020.12.22. 개정된 상증세법 제48조 및 제49조의 공익법인의 주식초과보유 요건을 충족하지 못하였으므로 주식보유기준 위반 증여세(가산세)와 출연재산가액 1% 이상 공익목적 의무사용 미이행 증여세(가산세)를 부과한 처분은 타당하다.

(1) 상증세법 제49조의 주식 보유기준 적용대상에서 제외되는 공익법인의 요건은 최초 규정 신설 후 사회적 환경 변화와 정책적 목적에 따라 법령 개정을 통해 변경되어 왔고, 상증세법 제49조는 1996.12.30. 해당 조항이 신설되기 전부터 보유하던 주식이라 하더라도 이는 내국법인 총발행주식의 5%를 초과하여 보유하는 것을 제한하기 위한 규정이며, 이에 대하여 헌법재판소 역시 과거 주식 취득 제한이 없었던 시기에 취득한 주식이라도 1996.12.30. 개정된 상증세법에 따라 매각 유예시기가 지난 이후 5% 초과 보유 주식에 대한 제재에 문제가 없다고 결정하였는바, 청구법인의 경우와 같이 주식의 취득・보유에 제한이 없던 시기에 취득한 주식이라 할지라도 달리 볼 수는 없다 할 것이다.

(2) 청구법인은 주식 초과보유 요건 위반과 관련한 일부 판례 등을 근거로 가산세 부과대상에 해당하지 않다고 주장하나, 청구법인이 제시한 판례는 2008.2.22. 개정된 상증세법 시행령에 대한 판결이므로 2022사업연도에 대한 과세처분에 대하여 적용하기 어렵고, 2020.12.22. 개정된 상증세법은 성실공익법인 확인제도를 폐지하고 주식초과보유 법인 의무이행 여부 신고제를 신설하였으며, 주식 초과보유 시 공익목적사업의 지출을 강화하여 시행령이 아닌 모법에 규정하는 등 제도 자체를 변경하였다. 또한, 2008.2.22. 개정된 상증세법 시행령의 부칙에는 개정 규정의 적용대상을 영 시행 이후 출연 또는 취득한 주식임을 명시적으로 규정하고 있었으나, 2020.12.22. 개정된 상증세법의 부칙을 보면, 그 시행시기만 규정하고 있을 뿐 주식의 취득시기 등에 대하여 명시적으로 규정한바 없어 청구법인이 제시한 판례와 명백한 차이가 있고, 설령 청구법인의 주장대로 2008.2.22. 개정된 상증세법 시행령 시행 전 취득한 주식에 대해 당시 개정으로 인해 강화된 요건을 적용할 수 없다 하더라도 출연재산 1% 이상 의무사용 요건은 2020.12.22. 상증세법 개정 시 공익법인 환경 변화 및 정책 목적 등에 따라 새롭게 추가된 요건으로 법령과 그 부칙에 별도의 경과규정이 없는 이상 과세기준일 현재의 규정을 적용하는 것이 타당하므로 2022.12.22. 개정된 상증세법을 청구법인에게 적용하여야 한다.

(3) 또한 청구법인은 출연재산가액 1% 이상 공익목적 의무사용 요건을 충족하였다고 주장하나, 수익용 출연재산가액은 재무상태표상 가액을 그대로 사용하는 것이 아니라 상증세법에 따른 평가액과 비교하여 재무상태표상 가액이 평가액 대비 70%에 미달할 경우 평가액을 사용하도록 하고 있고, 청구법인의 수익용 출연재산 중 쟁점주식의 재무상태표상 가액은 OOO원이고 상증세법상 평가액은 OOO원으로서 재무상태표상 가액이 상증세법상 평가액의 70%에 미달하므로 청구법인의 수익용 출연재산가액은 매도가능증권 평가액 OOO원과 단기금융상품 OOO원을 합산한 OOO원이며, 청구법인은 이에 따른 사용기준금액 OOO원에 미달하는 OOO원을 사용하였으므로 청구법인은 출연재산가액 1% 공익목적 의무사용 요건을 충족하지 못하였음이 확인되어 상증세법 제78조 제4항 및 제9항에 따른 가산세를 부과한 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 공익법인인 청구법인이 내국법인의 발행주식총수의 5%를 초과하여 보유하고 있고, 2020.12.22. 개정된 상증세법상 주식보유기준 적용 제외요건 중 출연재산가액 1% 이상 공익목적 사용의무를 충족하지 못하였다고 보아 증여세 가산세를 부과한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령 (1) 상속세 및 증여세법 (가) 2021.12.21. 법률 제18591호로 일부개정된 것 제48조(공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등) ① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 “주식등”이라 한다)을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분은 제외한다. 이하 이 조에서 “발행주식총수등”이라 한다)의 제16조 제2항 제2호에 따른 비율을 초과하는 경우(제16조 제3항 각 호에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그 초과하는 가액을 증여세 과세가액에 산입한다.

1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

2. 출연자 및 그의 특수관계인이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

3. 출연자 및 그의 특수관계인으로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

② 세무서장등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조 제9항에 따른 가산세를 부과한다.

7. 다음 각 목의 공익법인등이 대통령령으로 정하는 출연재산가액에 100분의 1(제16조 제2항 제2호 가목에 해당하는 공익법인등이 발행주식총수등의 100분의 10을 초과하여 보유하고 있는 경우에는 100분의 3)을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 금액(이하 제78조 제9항 제3호에서 “기준금액”이라 한다)에 미달하여 직접 공익목적사업(소득세법에 따라 소득세 과세대상이 되거나 법인세법에 따라 법인세 과세대상이 되는 사업은 제외한다)에 사용한 경우

⑪ 공익법인등이 내국법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 주식등을 출연(출연받은 재산 및 출연받은 재산의 매각대금으로 주식등을 취득하는 경우를 포함한다)받은 후 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하지 아니하게 된 경우에는 제16조 제2항 또는 제48조 제1항에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입하거나 같은 조 제2항에 따라 즉시 증여세를 부과한다.

1. 제2항 제3호에 따른 운용소득에 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 계산한 금액 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것

2. 제2항 제7호에 따른 출연재산가액에 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 계산한 금액 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것

3. 그 밖에 공익법인등의 이사의 구성 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족할 것

⑬ 제16조 제2항에 따라 내국법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 주식등을 출연받은 자 등 대통령령으로 정하는 공익법인등은 과세기간 또는 사업연도의 의무이행 여부 등에 관한 사항을 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 지방국세청장에게 신고하여야 한다. 제49조(공익법인등의 주식등의 보유기준) ① 공익법인등이 1996년 12월 31일 현재 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(이하 이 조에서 “발행주식총수등”이라 한다)의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 “주식등”이라 한다)을 보유하고 있는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기한까지 그 발행주식총수등의 100분의 5(이하 “주식등의 보유기준”이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 제48조제11항 각 호의 요건을 충족하는 공익법인등과 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 공익법인등에 대해서는 그러하지 아니하다.

1. 그 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하고 100분의 20 이하인 경우: 1999년 12월 31일까지 제78조(가산세 등) ④ 세무서장등은 공익법인등이 제49조 제1항 각 호의 어느 하나에 규정된 기한이 지난 후에도 같은 항에 따른 주식등의 보유기준을 초과하여 보유하는 경우에는 같은 항 각 호의 어느 하나에 규정된 기한의 종료일 현재(같은 항 각 호 외의 부분 단서를 적용받는 경우에는 그 기준에 미달하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도 종료일 현재) 그 보유기준을 초과하는 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 항 및 제7항에서 “주식등”이라 한다)에 대하여 매년 말 현재 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. 이 경우 가산세의 부과기간은 10년을 초과하지 못한다.

⑨ 세무서장등은 공익법인등이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호의 구분에 따른 금액에 100분의 10에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. 이 경우 제1호와 제3호에 동시에 해당하는 경우에는 더 큰 금액으로 한다.

3. 제48조 제2항 제7호에 해당하는 경우: 기준금액에서 직접 공익목적사업에 사용한 금액을 차감한 금액 부칙< 2021.12.21., 제18591호> 제1조(시행일) 이 법은 2022년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제35조 제3항 (소득세법 제87조의27 에 따라 준용되는 경우에 관한 부분에 한정한다) 및 제73조의2의 개정규정은 2023년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 상속이 개시되거나 증여를 받는 분부터 적용한다. (나) 2020.12.22. 법률 제17654호로 일부개정된 것 제48조(공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등) ① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 “주식등”이라 한다)을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분은 제외한다. 이하 이 조에서 “발행주식총수등”이라 한다)의 제16조 제2항 제2호에 따른 비율을 초과하는 경우(제16조 제3항 각 호에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그 초과하는 가액을 증여세 과세가액에 산입한다.

1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

2. 출연자 및 그의 특수관계인이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

3. 출연자 및 그의 특수관계인으로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

② 세무서장등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조 제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

7. 공익법인등(자산 규모, 사업의 특성 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인등은 제외한다)이 대통령령으로 정하는 출연재산가액에 100분의 1(제16조 제2항 제2호 가목에 해당하는 공익법인등이 발행주식총수등의 100분의 10을 초과하여 보유하고 있는 경우에는 100분의 3)을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 금액(이하 제78조 제9항 제3호에서 “기준금액”이라 한다)에 미달하여 직접 공익목적사업(소득세법에 따라 소득세 과세대상이 되거나 법인세법에 따라 법인세 과세대상이 되는 사업은 제외한다)에 사용한 경우

⑪ 공익법인등이 내국법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 주식등을 출연(출연받은 재산 및 출연받은 재산의 매각대금으로 주식등을 취득하는 경우를 포함한다)받은 후 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하지 아니하게 된 경우에는 제16조 제2항 또는 제48조 제1항에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입하거나 같은 조 제2항에 따라 즉시 증여세를 부과한다.

1. 제2항 제3호에 따른 운용소득에 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 계산한 금액 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것

2. 제2항 제7호에 따른 출연재산가액에 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 계산한 금액 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것

3. 그 밖에 공익법인등의 이사의 구성 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족할 것 부칙 <2020.12.22., 제17654호> 제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제48조 제11항 제2호, 제60조 제1항 제2호 및 제65조 제2항의 개정규정은 2022년 1월 1일부터 시행한다. 제3조(공익법인등의 요건 등에 관한 적용례) 제16조 제2항 제2호ㆍ제3항ㆍ제5항, 제48조 제2항ㆍ제9항ㆍ제11항부터 제14항까지 및 제49조 제1항 단서의 개정규정은 이 법 시행(제48조 제11항 제2호의 경우는 2022년 1월 1일을 말한다) 이후 개시하는 과세기간 또는 사업연도 분부터 적용한다. 제5조(공익법인등의 요건 등에 관한 경과조치) 이 법 시행(제48조 제11항 제2호의 경우는 2022년 1월 1일을 말한다) 전에 개시한 과세기간 또는 사업연도 분에 대해서는 제48조 제2항, 제11항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (2) 상속세 및 증여세법 시행령 (가) 2022.2.15. 대통령령 제32414호로 일부개정된 것 제38조(공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리) ⑲ 법 제48조 제2항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 출연재산가액”이란 직접 공익목적사업에 사용해야 할 과세기간 또는 사업연도의 직전 과세기간 또는 사업연도 종료일 현재 재무상태표 및 운영성과표를 기준으로 다음의 계산식에 따라 계산한 가액을 말한다. 다만, 공익법인등이 제41조의2 제6항에 따른 공익법인등에 해당하거나 제43조 제3항에 따른 공익법인등에 해당하지 않는 경우로서 재무상태표상 자산가액이 법 제4장에 따라 평가한 가액의 100분의 70 이하인 경우에는 같은 장에 따라 평가한 가액을 기준으로 다음의 계산식에 따라 계산한 가액을 말한다. 제41조의2(공익법인등의 주식보유 요건 및 의무이행 신고) ① 법 제48조 제11항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비율”이란 100분의 80을 말한다.

② 법 제48조 제11항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 비율”이란 100분의 1을 말한다.

③ 법 제48조 제11항 제3호에서 “공익법인등의 이사의 구성 등 대통령령으로 정하는 요건”이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

1. 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인등의 총 출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액 이하를 출연한 자는 제외한다) 또는 그의 특수관계인이 공익법인등의 이사 현원(이사 현원이 5명 미만인 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 않을 것. 다만, 제38조 제12항 각 호에 따른 사유로 출연자 또는 그의 특수관계인이 이사 현원의 5분의 1을 초과하여 이사가 된 경우로서 해당 사유가 발생한 날부터 2개월 이내에 이사를 보충하거나 교체 임명하여 출연자 또는 그의 특수관계인인 이사가 이사 현원의 5분의 1을 초과하지 않게 된 경우에는 계속하여 본문의 요건을 충족한 것으로 본다.

2. 법 제48조 제3항에 해당하지 않을 것

3. 법 제48조 제10항 전단에 따른 광고ㆍ홍보를 하지 않을 것 (나) 2021.2.17. 대통령령 제31446호로 일부개정된 것 제41조의2(공익법인등의 주식보유 요건 및 의무이행 신고) ① 법 제48조 제11항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비율”이란 100분의 80을 말한다.

② 법 제48조 제11항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 비율”이란 100분의 1을 말한다.

③ 법 제48조 제11항 제3호에서 “공익법인등의 이사의 구성 등 대통령령으로 정하는 요건”이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

1. 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인등의 총 출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액 이하를 출연한 자는 제외한다) 또는 그의 특수관계인이 공익법인등의 이사 현원(이사 현원이 5명 미만인 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 않을 것. 다만, 제38조 제12항 각 호에 따른 사유로 출연자 또는 그의 특수관계인이 이사 현원의 5분의 1을 초과하여 이사가 된 경우로서 해당 사유가 발생한 날부터 2개월 이내에 이사를 보충하거나 교체 임명하여 출연자 또는 그의 특수관계인인 이사가 이사 현원의 5분의 1을 초과하지 않게 된 경우에는 계속하여 본문의 요건을 충족한 것으로 본다.

2. 법 제48조 제3항에 해당하지 않을 것

3. 법 제48조 제10항 전단에 따른 광고ㆍ홍보를 하지 않을 것 부칙 <2021.2.17., 제31446호> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제38조 제5항 각 호 외의 부분 전단, 제41조의2 제2항, 제43조 제5항ㆍ제8항, 제60조 제2항 및 제71조 제1항 제2호 가목의 개정규정은 2022년 1월 1일부터 시행한다. 상속세법 1990.12.31. 법률 제4283호로 개정된 것 1993.12.31. 법률 제4662호로 개정된 것 제8조의2(상속세과세가액 불산입) ①다음 각호에 게기하는 재산의 가액은 상속세과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 그 재산에서 생기는 이익의 전부 또는 일부가 상속인ㆍ피상속인 또는 그 친족에게 귀속되는 경우에는 예외로 한다.

1. 대통령령이 정하는 바에 의하여 운영되는 종교사업ㆍ자선사업ㆍ학술사업 기타공익사업(이하“公益事業”이라 한다)에 출연한 재산. 다만, 공익사업을 영위하는 자에게 내국법인의 발행주식총액 또는 출자총액의 100분의 20을 초과하여 주식 또는 출자지분을 출연(株式 또는 出資持分외의 財産을 出捐받은 후 그 出捐받은 금액으로 內國法人의 發行株式總額 또는 出資總額의 100分의 20을 초과하여 所有하게 되는 경우를 포함한다)하는 경우 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 초과부분을 제외한다. 제8조의2(상속세과세가액 불산입) ① 다음 각호에 게기하는 재산의 가액은 상속세과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 그 재산에서 생기는 이익의 전부 또는 일부가 상속인ㆍ피상속인 또는 그 친족에게 귀속되는 경우에는 예외로 한다.

1. 대통령령이 정하는 바에 의하여 운영되는 종교사업ㆍ자선사업ㆍ학술사업 기타공익사업(이하“公益事業”이라 한다)에 출연한 재산. 다만, 공익사업을 영위하는 자에게 내국법인의 주식 또는 출자지분(이하 이 條에서 “株式”이라 한다)을 출연하는 경우로서 출연하는 주식(出捐전 5年이내에 다른 公益事業에 出捐한 株式을 포함한다)과 출연당시 당해 공익사업을 영위하는 자가 소유하는 주식을 합하여 당해 내국법인의 발행주식총액 또는 출자총액의 100분의 5를 초과하는 경우 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 초과부분을 제외한다. 부칙 제1조(시행일) 이 법은 1991년 1월 1일부터 시행한다. 제3조(공익법인에 초과출연한 주식의 상속세 과세가액산입에 관한 적용례) 제8조의2 제1항 제1호 단서의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발행주식총액 또는 출자총액의 100분의 20을 초과하여 출연(株式 또는 出資特分외의 財産을 出捐받은 후 그 出捐받은 금액으로 內國法人의 發行株式總額 또는 出資總額의 100分의 20을 초과하여 所有하게 되는 경우를 포함한다)하는 것부터 적용한다. 부칙 제1조(시행일) 이 법은 1994년 1월 1일부터 시행한다. 제3조(공익사업에 초과출연한 주식의 상속세과세가액산입에 관한 적용례) 제8조의2 제1항 제1호 및 제4항 제3호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 공익사업에 주식 또는 출자지분을 출연하거나 공익사업을 영위하는 자가 주식 또는 출자지분을 취득하는 것부터 적용한다. 다만, 내국법인의 발행주식총액 또는 출자총액의 100분의 5를 초과하는지의 여부를 판정함에 있어서는 이 법 시행전에 공익사업에 출연한 주식 또는 출자지분과 공익사업을 영위하는 자가 이 법 시행전부터 소유하고 있는 주식 또는 출자지분을 포함한다. 상증세법 1996.12.30. 법률 제5193호로 전부개정된 것 2007.12.31. 법률 제8828호로 일부개정된 것 제49조(공익법인등의 주식등의 보유기준) ① 공익법인등이 1996년 12월 31일 현재 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식등을 보유하고 있는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 기간이내에 당해 발행주식총수등의 100분의 5(이하 "주식등의 보유기준"이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 직접 공익목적사업에의 사용실적 기타 당해 공익법인등의 공익기여도등을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인등과 국가・지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령이 정하는 공익법인등에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 당해 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하고 100분의 20이하인 경우에는 이 법 시행일부터 3년이내

2. 당해 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수등의 100분의 20을 초과하는 경우에는 이 법 시행일부터 5년이내 제49조(공익법인등의 주식등의 보유기준) ① 공익법인등이 1996년 12월 31일 현재 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식등을 보유하고 있는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 기간까지 당해 발행주식총수등의 100분의 5(이하 "株式등의 보유기준"이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 직접 공익목적사업에의 사용실적 기타 당해 공익법인등의 공익기여도등을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인등과 국가·지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령이 정하는 공익법인등에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 당해 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하고 100분의 20이하인 경우에는 1999년 12월 31일까지

2. 당해 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수등의 100분의 20을 초과하는 경우에는 2001년 12월 31일까지 제16조(공익법인등의 출연재산에 대한 상속세과세가액 불산입) ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조와 제48조, 제49조 및 제78조 제4항・제7항에서 "주식등"이라 한다)을 출연하는 경우로서 출연하는 주식등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수 또는 출자총액(이하 이 조와 제48조・제49조 및 제63조 제3항에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 100분의 5[대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등으로서 제50조 제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용과 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시를 이행하는 공익법인등(이하 "성실공익법인등”이라 한다)에 출연하는 경우에는 100분의 10]를 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세과세가액에 산입한다. 다만, 제49조 제1항 각 호외의 부분 단서에 해당하는 것으로서독점규제 및 공정거래에 관한 법률제9조의 규정에 의한 상호출자제한기업집단(이하 "상호출자제한기업집단"이라 한다)과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인등에 당해 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식등을 출연하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 출연자가 출연할 당시 당해 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

2. 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 당해 공익법인등외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등 부칙 제1조(시행일) 이 법은 1997년 1월 1일부터 시행한다. 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2008년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제48조 제9항 및 제78조 제10항의 개정규정은 2009년 1월 1일부터 시행한다. 제3조 (공익법인등의 주식등의 출연・취득에 관한 적용례) 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문과 제48조 제1항 각 호 외의 부분 단서, 같은 조 제2항 제2호 및 같은 조 제11항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공익법인등에 주식등을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용한다. 상증세법 시행령 1996.12.31. 대통령령 제15193호로 일부개정된 것 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 일부개정된 것 제42조(주식등의 보유기준의 적용대상에서 제외되는 공익법인등) ① 법 제49조 제1항 단서 전단에서 "대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인등"이라 함은 당해 공익법인등의 운용소득중 다음 각호의 1에 해당하는 금액 중 큰 금액이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인등(이하 이 조에서 "성 실공익법인등"이라 한다)을 말한다.

1. 제38조 제4항 제1호의 규정에 의한 금액에서 동항 제2호의 규정에 의한 금액을 차감한 금액의 100분의 80에 상당하는 금액

2. 총리령이 정하는 출연재산(직접 공익목적사업에 사용한 분을 제외한다)가액의 100분의 5에 상당하는 금액 제42조(주식등의 보유기준의 적용대상에서 제외되는 공익법인등) ① 법 제49조 제1항 단서 전단에서 "대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인등"이라 함은 성실공익법인등을 말한다. 제13조(공익법인 출연재산에 대한 출연방법등) ③ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말한다.

1. 해당 공익법인등의 운용소득(제38조 제5항에 따른 운용소득을 말한다)의 100분의 90 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인등

2. 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자는 제외한다) 또는 그와 특수관계에 있는 자(제19조 제2항 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 "주주등 1인"은 "출연자"로 본다)가 공익법인등의 이사 현원(이사 현원이 5명에 미달하는 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 아니하는 공익법인등

⑤ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에 따른 성실공익법인등(이하 "성실공익법인등"이라 한다)은 주식등의 출연일 또는 취득일 현재를 기준으로 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말한다.

1. 법 제50조 제3항에 따라 외부감사를 이행한 공익법인등

2. 법 제50조의2에 따라 전용계좌를 개설하여 사용하고 있는 공익법인등

3. 법 제50조의3에 따라 결산서류등의 공시를 이행한 공익법인등

4. 제3항에 해당하는 공익법인등 부칙 제1조(시행일) 이 영은 1997년 1월 1일부터 시행한다. 제3조(공익법인등에 초과출연한 주식등의 과세가액산입에 관한 적용례) ② 내국법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 5를 초과하는지의 여부를 판정함에 있어서 이 영 시행 전에 공익법인등에 이미 출연한 당해 내국법인의 주식 또는 출자지분과 공익법인등이 이 법 시행 전부터 보유하고 있는 당해 내국법인의 주식 또는 출자지분은 이를 포함하여 계산한다. 부칙 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 제3조(공익법인등의 주식등의 출연・취득에 관한 적용례) 제13조 제3항·제5항 및 제7항 제2호, 제37조 제6항 및 제7항, 제40조 및 제42조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 공익법인등에 주식등을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용한다. ※ 그 외 상증세법 및 상증세법 시행령 개정 내용 비교

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 현황 및 조사청의 조사결과는 다음과 같다. (가) 청구법인은 1990.12.13. 공익법인의 설립·운영에 관한 법률에 따라 장학 및 문화사업을 목적으로 설립된 공익법인으로서 1993.6.18. A(주)의 총발행주식의 12.5%인 의결권이 있는 쟁점주식 OOO주를 청구법인의 이사장의 부 B으로부터 출연받은 후 2022.12.31. 현재까지 쟁점주식을 보유하고 있다. (나) 청구법인의 2021.12.31. 기준 재무상태표상 수익용 출연재산가액은 단기금융상품 OOO원 및 A㈜의 쟁점주식 가액은 OOO원인 것으로 나타난다. (다) 조사청은 청구법인의 2021.12.31. 현재 재무상태표상 수익용 출연재산가액은 단기금융상품 OOO원 및 쟁점주식 OOO원이고, 상증세법 시행령 제38조 제19항에 따른 쟁점주식의 2021사업연도말 평가액은 OOO원으로 산정되어 재무상태표상 가액이 상증세법상 평가액의 70%에 미달하므로, 보충적 평가를 통해 쟁점주식가액과 의무사용 출연재산대상가액을 산정하고, 청구법인이 직접 공익목적사업에 사용한 실적금액은 사용기준금액 OOO원을 충족하지 못하였다고 판단하였다. <표1> 청구법인의 출연재산 의무사용 실적 현황

○○○ (라) 처분청은 청구법인이 2020.12.22. 법률 제17654호로 개정된 상증세법 제48조 제11항의 요건을 미충족하였다고 보아 상증세법 제78조 제4항에 따른 청구법인에게 쟁점주식 중 사업연도말 5% 초과보유분 주식 OOO주의 가액 OOO원(1주당 보충적 평가액 OOO원)을 기준으로 주식초과보유 요건 위반에 대한 가산세(5%) OOO원 및 같은 조 제7항에 따른 출연재산 1% 미달사용액 OOO원(사용기준금액 OOO원 – 공익목적사용금액 OOO원)에 대한 가산세(10%) OOO원을 부과하였다.

(2) 상증세법령상 공익법인의 주식초과보유 요건의 변경 현황은 아래 <표2>와 같고, 주식초과보유 요건과 관련하여 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정된 상증세법 시행령 부칙에만 주식의 출연 또는 취득시기가 명시되어 있었던 것으로 나타나며, 기획재정부의 2021년 개정세법 해설내용은 아래 <표3>과 같다. <표2> 공익법인의 주식초과보유 요건 변경 현황

○○○ <표3> 기획재정부의 2021년 개정세법 해설 공익법인 과세체계 개선(상증세법 제16조, 제48조, 상증세법 시행령 제41조의2) [개정내용] 종전 개정

□ 공익법인이 출연받은 주식에 대한 상속ㆍ증여세 면제 한도 구분 한도 성실공익법인 10% 의결권 불행사& 장학·사회복지사업 성실공익법인 20% 상호출자제한기업집단과특수관계인 성실공익법인 5% 기타 일반 공익법인 5%

□ 일반공익법인과 성실공익법인을 공익법인으로 통합 구분 한도 공익법인 10% 의결권 불행사& 장학·사회복지사업 성실공익법인 20% 상호출자제한기업집단과특수관계인 성실공익법인 5% ①∼⑤의 경우에는 주식 5% 초과분에 대해 증여세 부과 ① 공익목적사업에 운용소득의 80% 이상 미사용 ② 공익목적사업에 출연재산가액의 1% 이상 미사용 ③ 출연자ㆍ특수관계인이 이사 수의 1/5 초과 취임 ④ 정당한 대가없이 출연자ㆍ특수 관계인이 출연재산 사용 ⑤ 정당한 대가없이 특수관계법인 광고ㆍ홍보 【개정이유】

▣ 주식 출연 관련 공익법인 유형 개선 【적용시기 및 적용례】 ▣ ’21.1.1. 이후 개시하는 과세기간 또는 사업연도 분부터 적용(출연재산가액의 1% 상당액 이상 사용의무 요건은 ’22.1.1. 이후 개시하는 과세기간 또는 사업연도 분부터 적용)

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 1993년 쟁점주식을 출연받아 보유하면서 주식 초과보유 요건을 계속하여 충족해 온 성실공익법인으로, 1993년 출연받은 주식에 대하여 2020.12.22. 개정된 상증세법을 적용하여 과세한 처분은 부당하다고 주장하나, 청구법인의 2022사업연도 과세기간에 시행되는 상증세법(2021.12.21. 법률 제18591호로 개정된 것) 제48조 제11항 제2호 및 제2항 제7호는 공익법인등이 내국법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 주식 등을 출연받은 후, 출연재산가액에 1%에 미달하여 직접 공익사업목적에 사용한 경우, 제48조 제1항에 따라 증여세 과세가액에 산입하거나 같은 조 제2항에 따라 즉시 증여세(가산세)를 부과한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32414호로 개정된 것) 제38조 제19항 단서는 출연재산가액을 산정함에 있어 재무상태표상 자산가액이 법 제4장에 따라 평가한 가액의 100분의 70 이하인 경 우에는 같은 장에 따라 평가한 가액을 기준으로 계산하도록 규정하고 있다. 청구법인의 2021.12.31. 현재 재무상태표상 수익용 출연재산가액은 단기금융상품 OOO원 및 쟁점주식 OOO원이고, 상증세법 시행령 제38조 제19항에 따른 쟁점주식의 평가액은 OOO원으로 산정되는바, 청구법인의 재무상태표상 가액이 상증세법상 평가액의 100분의 70 이하에 해당하므로, 보충적 평가를 통해 쟁점주식가액과 의무사용 출연재산대상가액을 산정하는 것이 타당해 보이고, 청구법인이 직접 공익목적사업에 사용한 실적금액은 OOO원으로 사용기준금액 OOO원에 미달하여 공익법인의 주식 초과보유 요건을 충족하지 못하여 상증세법 제78조의 가산세 부과대상에 해당하는 점, 2020.12.22. 제17654호로 개정된 상증세법의 부칙 제1조 및 제3조를 보면 개정된 제48조 제11항 제2호의 공익법인의 주식 초과보유 요건을 2022.1.1.부터 시행하고, 2022.1.1. 이후 개시하는 과세기간 또는 사업연도 분부터 적용하도록 하며, 제5조 경과규정에서도 제48조 제11항 제2호의 경우 시행일을 2022.1.1.로 규정하고 있고, 위 법 제48조 제11항 제2호의 위임에 따라 2021.2.17. 제31446호로 개정된 상증세법 시행령 제41조의2 제2항 역시 부칙 제1조에서 2022년 1월 1일부터 시행한다고 규정하고 있는 등 출연재산가액의 1% 상당액 이상 의무지출 조건은 출연시기와 관련없이 그 시행일 이후 개시하는 과세기간 또는 사업연도 분부터 적용하도록 하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 주식등의 보유기준을 초과하여 주식등을 보유할 수 있는 수익용 출연재산가액 1% 이상 공익목적 사용의무를 위반하였다고 보아 처분청이 증여세(가산세)를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본 법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)