쟁점공사가 부가가치세 과세대상인지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2009.2.9. 설립되어 건설업, 부동산업, 도소매 및 서비스업 등을 주요사업으로 하는 지방공기업이다.
• 나. 청구법인은 2021.4.27. OOO시청과 ‘대형(화물)자동차 공영차고지 조성사업(이하 “쟁점사업”이라 한다) 위‧수탁 계약’(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하고, ① 토지매수 및 보상업무 위‧수탁 사업비, ② 사업 인허가 위‧수탁사업비, ③ 시설공사(주차장 조성공사 및 기타 부대공사, 이하 “쟁점공사”라 한다) 위‧수탁 사업비 등을 수령하고, 이 중 시설공사 위‧수탁 사업비(이하 “쟁점사업비”라 한다)에 대하여 세금계산서를 발급하고, 공급가액을 부가가치세 과세표준에 포함하여 부가가치세를 신고‧납부하였다.
• 다. 이후 청구법인은 쟁점계약에 따라 자기 명의로써 타인(OOO시청)의 계산으로 쟁점사업비를 지출한 위탁매매인에 해당하므로 부가가치세 납부 의무가 없다고 보아, 2025.5.15. 처분청에 쟁점공사와 관련하여 기 납부한 2023년 제1기∼2024년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 환급해달라는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.7.30. 경정청구 거부통지를 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 청구법인이 자기 명의와 계산으로 쟁점사업을 수행하였다는 의견이나, 이는 부당한 의견이다. (가) ‘OOO 설립 및 운영에 관한 조례’에 따른 주요 사업, 지방공기업법제71조 및 같은 법 시행령 제63조에 따른 OOO시청과의 위수탁 계약 체결, 해당 사업 완료로 완성물 이전에 따른 경제적 효과 이전, 지방자치단체 수탁 사업의 수익 인식 등을 종합적으로 판단하였을 때, 쟁점공사는 조세특례제한법 제106조 제1항 제6호 에 따른 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역에 해당하므로, 부가가치세 면세 대상이다. (나) 청구법인은 상법 제113조 에 따른 자기 명의로써 타인(OOO시청)의 계산으로 쟁점사업비를 지출한 준위탁매매인에 해당한다. 부가가치세법 제10조 제7항 은 “위탁매매의 경우 위탁자가 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다”고 규정하고 있고, 법원은 준위탁매매인에 의한 용역 공급의 경우에도 위 규정이 유추 적용되며, 이때 준위탁매매에 해당하는지 여부는 계약의 명칭이나 형식적인 문언을 떠나 계약내용의 실질을 중시하여 판단해야 한다고 판시한 바 있다(대법원 2023.12.28. 선고 2020두56780 판결). 쟁점계약을 살펴보면, 제1조에서 위‧수탁계약이 지방공기업법 제71조 및 같은 법 시행령 제63조, ‘OOO 설립 및 운영에 관한 조례’ 제20조 내지 제21조 규정에 근거한 것이라고 규정하고 있는데, 지방공기업법 제71조 는 지방공사(청구법인)가 지방자치단체(OOO시청)의 사업을 대행할 때 지방자치단체가 사업비를 부담하도록 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제63조는 대행업무 수행을 위해 위탁계약을 체결하며, 구체적인 사업경비와 대행수수료를 지방자치단체가 지방공사(청구법인)에게 지급하도록 규정하고 있다. 이러한 쟁점계약 내용 및 관련 법령 등을 고려할 때, 쟁점사업은 단순한 대행사업에 불과하므로, 청구법인은 준위탁매매에 해당하는 것이다. 또한, 쟁점사업의 완성된 목적물은 OOO시청에 귀속되어, 청구법인의 사업 수행으로 인한 경제적 효과가 OOO시청에 귀속된다고 볼 수 있고, 청구법인은 사전에 OOO시청에 보고하고 승인을 받으며, OOO시청의 감독을 받는 관계에 있다는 점에서도 청구법인은 준위탁매매인에 해당한다 할 것이다.

(2) 처분청은 쟁점사업에 관한 하자보수책임이 청구법인에 있다는 이유로 경정청구 거부처분을 하였으나, 하자보수책임은 시공사에게 있는 것이고, 청구법인은 OOO시청에게 별도의 하자보수책임을 부담하지 않는바, 이는 부당한 처분이다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점공사용역을 공급하는 지위를 가지고 있으며, OOO시청은 위 용역을 공급받는 지위를 가지고 있는바, 청구법인이 OOO시청으로부터 지급받은 용역대가는 부가가치세 과세대상에 해당한다. 쟁점공사는 청구법인이 OOO시청의 행정업무를 대행하는 사업이 아니라, 청구법인이 OOO시청에 공사용역을 제공하는 사업이다. 청구법인은 OOO시청에 제공한 ‘안전진단용역’ 등에 대해서는 과세사업으로 보아 지속적으로 매출세금계산서를 발급하였음에도, 쟁점사업은 부가가치세 과세대상이 아니라고 주장하고 있는바, 이는 타당성이 결여된 주장이다.

(2) 처분청은 쟁점사업 전체를 과세대상으로 본 것이 아니라, 쟁점사업 중 쟁점공사만 과세대상으로 본 것이다. 처분청은 쟁점사업 중 쟁점공사를 제외한 토지매수 및 보상업무 위‧수탁 사업비, 사업 인허가 위‧수탁사업비는 청구법인이 OOO시청의 도시개발을 위한 토지수용 업무 등을 대행하는 것으로 판단하여 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는다고 판단하였다. 쟁점계약서 제5조(업무의 분담)에 따르면, 토지매입 및 지장물 등의 보상에 관해서는 위탁자의 명의로 수탁자가 수행하는 것으로 분명하게 업무가 구분되었기에, 처분청은 이에 대해서는 부가가치세 과세대상에서 제외하였으며, 쟁점공사에 대해서만 부가가치세 과세대상이라고 판단한 것이다.

(3) 청구법인은 쟁점사업과 관련된 매입세금계산서를 위탁자인 OOO시청의 명의가 아닌 청구법인의 명의로 수취하였다. 기획재정부 유권해석에 따르면, ‘공사가 해당 사업을 자기의 책임과 계산으로 수행한 경우에는 개발비용을 포함한 개발수수료가 공급가액이 되며, 개발비용에 대한 매입세금계산서는 공사 명의로 발급받는 것’이라고 해석하고 있다(부가가치세제과-26, 2023.1.27.). 쟁점계약서 제5조(업무의 분담)에서는 “사업 인허가, 용지보상, 공사발주, 공사계약, 공사감독(감리)업무, 관련기관 협의 등 제반 업무를 수탁자의 명의로 수행하여야 한다”고 정하고 있고, 제15조(인계·인수 등)에서는 “하자에 대하여는 수탁자가 하자보수를 완료한다”고 명시되어 있어, 쟁점공사는 청구법인의 책임 및 주도하에 이루어진 것이다. 만약, 청구주장과 같이 청구법인이 준위탁매매인에 해당한다면, 쟁점공사와 관련된 매입세금계산서를 OOO시청 명의로 수취하였어야 할 것이나, 청구법인은 청구법인 명의로 매입세금계산서를 수취하였다.

(4) 청구법인은 사업비를 포괄적으로 수령하여 청구법인이 수립한 사업계획 등에 따라 지출한 것으로 판단되는바, 타인의 계산으로 쟁점공사를 수행하였다고 보기는 어렵다. 국세청 유권해석에 따르면, 위탁자로부터 공유재산 개발사업을 위탁받은 지방공사가 시설물을 신축하여 지방자치단체에 귀속하고 개발비용과 개발보수를 받는 경우로서 지방자치단체의 책임과 계산으로 사업이 수행되고, 지방공사는 단순 대행하는 경우 개발보수가 공급가액이 되는 것이나, 지방공사가 포괄적으로 위탁받아 수행하는 경우에는 개발비용도 공급가액에 포함되는 것이라고 해석하고 있다(법령해석과-425, 2021.2.3.). 청구법인은 OOO시청으로부터 쟁점사업비를 포괄적으로 수령하여 청구법인이 수립한 사업계획 및 계약에 따라 지출한 것으로 판단되는바, 이를 타인의 계산으로 수행하였다고 보기 어렵다. 청구법인의 ‘위‧수탁개발대행사업비 부가가치세 납부액 및 집행액’의 지출내역을 살펴보면, 공사발주 및 공사계약을 청구법인 명의로 직접 진행한 사실이 확인되고, 쟁점계약서 제15조에는 하자담보책임권 및 하자보수보증금도 청구법인이 가지고 있다가 그 권리를 건물 완공시에 OOO시청에 넘기는 것으로 되어 있으며, 청구법인이 하자보수를 완료하여야 할 책임자인 것으로 확인된다. 따라서, 쟁점계약은 위임계약이라기보다는 도급계약으로 판단된다.

(5) 쟁점공사를 부가가치세 과세대상으로 보지 않을 경우, 경쟁관계에 있는 민간 기업과의 조세 중립성을 저해할 우려가 있는 점도 고려되어야 한다.

• 가. 쟁점 쟁점공사는 부가가치세 과세대상이 아니라는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다. (가) 청구법인이 2021.4.27. OOO시청과 체결한 쟁점계약의 내용은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점계약서

○○○ (나) 청구법인은 2024.12.10. OOO시청과 체결한 쟁점사업 위‧수탁 계약서(변경)를 제출하였으며, 아래 <표2>와 같이 제5조에 “수탁자 매입세금계산서의 공급받는자는 사업시행자인 위탁자로 한다”는 문구가 추가된 것으로 나타난다. <표2> 쟁점사업 위‧수탁 계약서(변경)

○○○ (다) 처분청이 제출한 쟁점공사와 관련된 청구법인의 ‘위‧수탁개발대행사업비 부가가치세 납부액 및 집행액’ 자료를 요약하면 아래 <표3>과 같다. <표3> 청구법인의 위‧수탁개발대행사업비 부가가치세 납부액 및 집행액 (단위: 백만원)

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO시청으로부터 위탁받은 쟁점공사는 조세특례제한법 제106조 제1항 제6호 에 따른 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 용역에 해당하므로 부가가치세 과세대상이 아니라고 주장하나, 청구법인이 OOO시청과 체결한 쟁점계약서에 따르면, 제5조(업무의 분담)에서 “공사발주, 공사계약, 공사감독(감리)업무, 관련기관 협의 등 제반 업무를 수탁자의 명의로 수행하여야 한다”고 정하고 있고, 제15조(인계·인수 등)에 “하자에 대하여는 수탁자가 하자보수를 완료한다”고 명시되어 있는 등 그 형식은 대행계약이나 쟁점공사의 실질은 도급공사에 해당하는 것으로 보이는 점, 조세특례제한법 제106조 제1항 제6호 에서 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 용역을 부가가치세 면세대상으로 규정한 취지는 정부업무를 대행하는 단체는 국가‧지방자치단체 등을 대신하여 용역을 공급하는 것이므로, 결국 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 용역은 국가 또는 지방자치단체 등이 용역을 공급하는 것과 그 성격이 동일하다고 보아 이를 면세대상으로 규정한 것으로 보이는바, 쟁점공사는 OOO시청이 공급하는 용역을 청구법인이 대행한 것이 아니라, OOO시청이 청구법인으로부터 공급받은 용역에 해당하므로, 조세특례제한법 제106조 제1항 제6호 에 따른 면세대상에 해당하지 않는 것으로 판단되는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 부가가치세법 제10조(재화 공급의 특례) ⑦ 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매를 할 때에는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다. 다만, 위탁자 또는 본인을 알 수 없는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 수탁자 또는 대리인에게 재화를 공급하거나 수탁자 또는 대리인으로부터 재화를 공급받은 것으로 본다. 제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제32조(세금계산서 등) ⑥ 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역을 공급하는 자이거나 공급받는 자가 아닌 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급하거나 발급받을 수 있다. (2) 부가가치세법 시행령 제69조(위탁판매 등에 대한 세금계산서 발급) ① 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우 수탁자 또는 대리인이 재화를 인도할 때에는 법 제32조 제6항에 따라 수탁자 또는 대리인이 위탁자 또는 본인의 명의로 세금계산서를 발급하며, 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 인도하는 때에는 위탁자 또는 본인이 세금계산서를 발급할 수 있다. 이 경우 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다.

② 위탁매입 또는 대리인에 의한 매입의 경우에는 법 제32조 제6항에 따라 공급자가 위탁자 또는 본인을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한다. 이 경우 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다.

(3) 조세특례제한법 제106조(부가가치세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. (후단 생략)

6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

(4) 상법 제113조(준위탁매매인) 본장의 규정은 자기명의로써 타인의 계산으로 매매아닌 행위를 영업으로 하는 자에 준용한다.

(5) 지방공기업법 제71조(대행사업의 비용 부담) ① 공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행할 수 있으며, 이 경우에 필요한 비용은 국가 또는 지방자치단체가 부담한다.

② 제1항에 따른 비용의 부담에 필요한 사항은 대통령령으로 정하는 사항을 제외하고는 조례로 정한다. (6) 지방공기업법 시행령 제63조(대행업무의 비용부담등) ① 공사가 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하고자 하는 때에는 위탁계약에 의한다.

② 공사가 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 국가 또는 지방자치단체가 부담하여야 할 경비의 범위는 다음과 같다.

1. 사업실시에 따른 사업계획의 수립, 사전조사, 용역등에 소요되는 경비

2. 사업의 집행에 소요되는 시설비ㆍ인건비 및 부대경비

3. 사업의 종료후 결산이전 또는 시설물등의 인계이전까지의 사이에 시설물등을 관리하는 데 소요되는 경비

4. 사업의 대행에 따른 대행수수료

5. 기타 사업집행상 필수적으로 소요되는 경비

③ 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체가 비용을 부담하는 경우, 공사는 미리 자금집행계획을 수립하여 국가 또는 지방자치단체에 제출하여야 하며, 국가 또는 지방자치단체는 다른 자금에 앞서 이에 대한 자금을 우선적으로 지급하되, 그 지급시기를 조정하고자 하는 때에는 공사와 협의하여야 한다.

④ 공사가 그 대행사업을 종료한 때에는 지체없이 국가 또는 지방자치단체가 부담한 비용을 정산하여야 한다.

⑤ 공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행함에 있어 특히 필요한 경우에는 지방자치단체의 장의 승인을 얻어 그 사업의 일부를 제3자로 하여금 시행하게 할 수 있다.