국내 미등록된 외국특허권 사용료의 국내원천소득 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 미합중국 법률에 따라 설립된 법인으로, 2018.12.7. 청구법인과 A 주식회사(이하 “A”라고 한다) 간의 특허침해소송을 종료하고 OOO의 제조 등에 필요한 특허권 OOO개의 사용을 허락하고 A로부터 그 대가로 로열티를 지급받기로 하는 화해 및 라이선스 계약(Settlement and License Agreement)을 체결하였고, 청구법인의 계열사인 B 및 C는 2012.12.26. D 주식회사(이하 “D”라고 한다)와 사이에 각각 OOO의 제조 등에 필요한 특허권 OOO개의 사용을 허락하고, 그 대가로 로열티를 지급받기로 하는 계약(Patent License Agreement)을 체결하였다.
• 나. 청구법인은 사용료 명목으로 A로부터 2020.2.25.～2020.5.28. 기간 중에 합계 OOO원, D로부터 2020.2.28.～2020.11.30. 기간 중에 합계 OOO원 총 합계 OOO원(이하 “쟁점사용료”라 한다)을 수령하였고, 아래 <표1>과 같이 이를 원천징수 대상인 사용료 소득으로 보아 A는 원천징수한 법인세 합계 OOO원을, D는 원천징수한 법인세 합계 OOO원을 각 신고․납부하였다. <표1> 쟁점사용료 및 원천세 내역 (단위: 천원)

○○○

• 다. 청구법인은 2024.12.23. 및 2024.12.24. 쟁점사용료가 국내원천소득에 해당하지 않는다는 이유로 원천징수분 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으며, 처분청 AA세무서장은 2025.7.29., 처분청 BB세무서장은 2025.8.19. 이를 각 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.21. 및 2025.10.27. 심판청구를 각 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 미국법인으로서 쟁점사용료가 국내원천소득인지 여부는 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약(이하 “한미조세협약”이라 한다) 에 따라 판단하여야 하는바, 한미조세협약 제6조 제3항은 ‘특허권 등의 재산이 어느 일방체약국 내에서 사용되는 경우에 한하여 당해 재산의 사용대가가 동 일방체약국에 원천을 둔 소득으로 취급된다’라고 규정하고 있다. 특허권의 속지주의 원칙상 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미치는 것이므로, 청구법인이 지급받은 쟁점사용료는 대부분 국내에 등록되지 않은 특허권에 관한 소득으로서 국내원천소득인 특허권 사용의 대가가 될 수 없다. 국내에 등록되지 않은 특허사용에 대한 대가가 국내원천소득에 해당하는가 여부에 관하여 대법원은 ‘ 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미치는 것이므로, 미국법인이 대한민국에 특허를 등록하여 대한민국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받은 소득을 의미한다’라고 판시하였다(대법원 1992.5.12. 선고 91누6887 판결 등 참조), 또한 ‘한미조세협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받은 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다(대법원 2018.12.27. 선고 2016두42883 판결 참조)’고 판시하였다. 이와 같이 국내에 등록되지 않은 특허에 대한 대가로서 쟁점사용료는 국내원천소득이 될 수 없다. 그럼에도 A와 D가 청구법인에게 쟁점사용료를 지급하면서 한미조세협약 제14조 제1항이 정하는 제한세율 15%으로 원천징수를 하면서 신고 납부하였으나 이는 국내원천소득에 해당되지 않기 때문에 청구법인에게 전액환급되어야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 수령한 쟁점사용료는 A와 D가 국내에서 OOO의 제조 등에 필요한 특허기술 등을 사용한 대가로 이는 해당 특허권이 국내에서 사용된 것으로 한미조세협약 제6조 및 제14조에 의하여 국내원천소득에 해당한다. 한미조세협약은 사용료 소득의 과세권을 배부함에 있어서 제6조 및 제14조에서 재산의 사용지국에서 소득원천이 있고 소득원천지국에서 제한적 과세권을 행사할 수 있도록 규정하고 있는바, 특허권의 과세권 배분에 대하여만 규정하고 있을 뿐, 사용지국에 대한 판단기준을 제시하고 있지 않으므로 사용지국에 대한 판단은 법인세법 규정에 의하여야 한다. 법인세법(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 것) 제93조 제9호에서 해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조․판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다고 규정함으로써 사용지에 대한 규정을 명확히 하였으며, OECD모델조세조약 주석서에 기재된 내용 역시 사용료를 정의함에 있어 “해당 재산 등의 권리가 공공 등기부에 등록되었는지 여부나 등록되어야 하는지의 여부와 무관하게 그 권리의 사용이나 사용권에 대한 지불에 해당한다”라고 명시되었으므로, 한미조세협약에 명시적인 반대 규정이 없는 이상 특허권의 등록 여부와 상관없이 국내에서 제품 제조․판매 등에 사용된 동 특허권의 사용지가 국내에 있는 것으로 보는 것이 타당하다. 또한 대법원은 특허권 속지주의는 특허기술의 사용지와 직접 관련된 원칙이 아니며, 사용의 대상인 특허기술에 재산적 가치가 없어 그 사용대가를 지급하는 것을 상정할 수 없다는 논리가 도출되지는 않다고 하면서, 특허권 속지주의에 기초하여 국내 미등록 특허권의 국내 사용이나 그 사용대가 지급을 관념할 수 없다는 관점에 기초한 종전 판례도 더 이상 유지될 수 없다고 판시하며, 한미조세협약상 특허의 사용은 특허권 자체의 사용이 아니라 특허기술을 제조․판매 등에 사실상 사용하는 것을 의미한다고 해석한다고 판시하였다(대법원 2025.9.18. 선고 2021두69908 판결). 따라서 청구법인이 A와 D로부터 수령한 쟁점사용료는 국내원천소득으로 보아야 한다.

(2) 한편, A가 사용한 특허권 OOO개 중 OOO개, D가 사용한 특허권 OOO개 중 OOO개는 대한민국으로 등록된 특허권으로 나타나는바, 쟁점사용료의 안분방법에 대한 증명책임은 납세자가 부담하고, 청구법인이 특허별로 얼마를 지급받은 것인지 알 수 있는 자료를 제출하지 않았다.

• 가. 쟁점 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용료는 국내원천소득에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률 등 (1) 법인세법(2019.12.31 법률 제16833호로 개정된 것) 제93조(외국법인의 국내원천소득) 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

8. 국내원천 사용료소득: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리ㆍ자산 또는 정보(이하 이 호에서 “권리등”이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리등을 양도함으로써 발생하는 소득

• 가. 학술 또는 예술상의 저작물(영화필름을 포함한다)의 저작권, 특허권, 상표권, 디자인, 모형, 도면, 비밀스러운 공식 또는 공정(工程), 라디오ㆍ텔레비전방송용 필름 및 테이프, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리
• 나. 산업상ㆍ상업상ㆍ과학상의 지식ㆍ경험에 관한 정보 또는 노하우
• 다. 사용지(使用地)를 기준으로 국내원천소득 해당 여부를 규정하는 조세조약(이하 이 조에서 “사용지 기준 조세조약”이라 한다)에서 사용료의 정의에 포함되는 그 밖에 이와 유사한 재산 또는 권리[특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 그 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 조에서 “특허권등”이라 한다)가 국내에서 등록되지 아니하였으나 그에 포함된 제조방법ㆍ기술ㆍ정보 등이 국내에서의 제조ㆍ생산과 관련되는 등 국내에서 사실상 실시되거나 사용되는 것을 말한다] 제98조(외국법인에 대한 원천징수 또는 징수의 특례) ① 외국법인에 대하여 제93조 제1호ㆍ제2호 및 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 국내원천소득으로서 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득의 금액(국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 금액을 포함한다)을 지급하는 자(제93조 제7호에 따른 국내원천 부동산등양도소득의 금액을 지급하는 거주자 및 비거주자는 제외한다)는 제97조에도 불구하고 그 지급을 할 때에 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 해당 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.

6. 제93조 제8호에 따른 국내원천 사용료소득: 지급금액의 100분의 20 (2) 대한민국과 미합중국 간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약 제2조(일반적 정의) (2) 이 협약에서 사용되나 이 협약에서 정의되지 아니한 기타의 용어는, 달리 문맥에 따르지 아니하는 한, 그 조세가 결정되는 체약국의 법에 따라 내포하는 의미를 가진다. 상기 규정에 불구하고 일방 체약국의 법에 따른 그러한 용어의 의미가 타방 체약국의 법에 따른 용어의 의미와 상이하거나, 또는 그러한 용어의 의미가 어느 한 체약국의 법에 따라 용이하게 결정될 수 없는 경우에 양 체약국의 권한있는 당국은 이중과세를 방지하거나 또는 이 협약의 기타의 목적을 촉진하기 위하여 이 협약의 목적상 동 용어의 공통적 의미를 확정할 수 있다. 제6조(소득의 원천) 이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.

(3) 제14조(사용료) (4)항에 규정된 재산(선박 또는 항공기에 관해서 본조(5)항에 규정된 것 이외의 재산)의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다. 제14조(사용료) (1) 타방 체약국의 거주자에 의하여 일방 체약국내의 원천으로부터 발생되는 사용료에 대하여 동 일방 체약국이 부과하는 조세는, 하기 (2)항 및 (3)항에 규정된 경우를 제외하고는, 그 사용료 총액의 15퍼센트를 초과해서는 아니 된다.

(2) 저작권 또는 문학, 연극, 음악 또는 예술작품의 생산 또는 재생산권으로부터 일방 체약국의 거주자에 의하여 발생되는 사용료와, 라디오 또는 텔레비전방송용 필름과 테이프를 포함하여 영화필름의 사용 또는 사용권에 대한 대가로 받는 사용료는, 동 사용료 총액의 10퍼센트를 초과하는 세율로써 동 타방 체약국에 의하여 과세될 수 없다.

(4) 본 조에서 사용되는 "사용료"라 함은 다음의 것을 의미한다. (a) 문학·예술·과학작품의 저작권 또는 영화필름·라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권 특히, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능(기술), 선박 또는 항공기(임대인이 선박 또는 항공기의 국제운수상의 운행에 종사하지 아니하는 자인 경우에 한함)의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금 (b) 그러한 재산 또는 권리(선박 또는 항공기는 제외됨)의 매각, 교환 또는 기타의 처분에서 발생한 소득 중에서 동 매각, 교환 또는 기타의 유상처분으로 취득된 금액이 그러한 재산 또는 권리의 생산성, 사용 또는 처분에 상응하는 부분 사용료에는 광산, 채석장 또는 기타 자연자원의 운용에 관련하여 지급되는 사용료, 임차료 또는 기타의 금액은 포함되지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2018.12.7. A와 특허침해소송을 종료하고 OOO의 제조 등에 필요한 특허권 OOO개의 사용을 허락하고 A로부터 그 대가로 로열티를 지급받기로 하는 화해 및 라이선스 계약(Settlement and License Agreement)을 체결하였다. (나) 청구법인의 계열사인 B 및 C는 2012.12.26. D와 사이에 각각 OOO의 제조 등에 필요한 특허권 OOO개의 사용을 허락하고, 그 대가로 로열티를 지급받기로 하는 계약(Patent License Agreement)을 체결하였다. (다) A와 D는 OOO의 제조 등에 청구법인의 특허권을 사용하고, A는 2020.2.25.～2020.5.28. 기간 중에 합계 OOO원을, D는 2020.2.28.～2020.11.30. 기간 중에 합계 OOO원을 청구법인에게 각각 지급하였고, 한미조세조약 제14조 제1항에 따라 15%의 세율을 적용하여 처분청에 각각 신고․납부하였다. (라) 청구법인은 2024.12.23. 처분청 BB세무서장에 D로부터 수령한 합계 OOO원에 대하여 원천징수세액 OOO원을, 2024.12.24. 처분청 AA세무서장에 A로부터 수령한 합계 OOO원에 대하여 원천징수세액 합계 OOO원 을 환급하여 줄 것을 경정청구하였으나, 처분청들은 2025.7.29. 및 2025.8.19. 이를 각 거부하였다. (마) 처분청의 경정청구 검토서에는 A가 사용한 특허권 OOO개 중 OOO개, D가 사용한 특허권 OOO개 중 OOO개는 대한민국으로 등록된 특허권이라고 기재되어 있으나, 청구법인은 쟁점사용료 중 국내에 등록된 특허권에 대한 사용 대가를 특정할 수 있는 자료를 제출하지 않았다. (바) 기 획재정부가 발간한 2019년 간추린 개정세법에 따르면, 2019.12.31. 법률 제16833호로 개정된 법인세법제93조 제8호의 개정 내용 및 개정이유는 다음과 같다.

1. 국내 미등록 특허 사용대가의 국내원천소득 과세체계 개선

① 국내원천 사용료소득 중 국내 미등록 특허 사용대가의 과세체계 변경(소득법 §119, 법인법 §93) 종 전 개 정

□ 국내원천 사용료 소득 ㅇ (과세대상) 다음의 권리․자산․정보의 국내 사용․지급․양도 대가 - 학술․예술상의 저작물의 저작권, 특허권 등 및 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리 - 산업상․상업상․과학상의 지식․경험에 관한 정보 또는 노하우 <추가> - (원천 판단의 특례) 국외에서 등록된 권리(특허권 등)가 국내에서 제조․판매 등에 사용된 경우 국내 사용으로 간주

□ 국내 미등록 특허 사용대가의 과세체계 변경 (좌동) - 사용지(使用地) 기준 조세조약 상 사용료의 정의에 포함되는 ‘기타 이와 유사한 재산․권리’ ㆍ 국내 미등록 특허권 등에 포함된 제조방법ㆍ기술ㆍ정보 등이 국내에서 제조ㆍ생산 등에 사용될 것 <삭제> (1) 개정내용 (2) 개정이유 ㅇ 국내 미등록 특허의 사용대가에 대한 과세권 확보 (3) 적용시기 및 적용례 ㅇ 2020.1.1. 이후 지급하는 소득 분부터 적용 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점사용료가 국내원천소득에 해당하지 않는다고 주장하나, 한미조세협약 제6조 제3항에서 “사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다”고 규정하고 있는데, 이는 소득의 원천지국 판단기준을 사용지로 정한 것일 뿐 그 사용지의 판정기준을 제시하고 있지 아니하므로 그에 대한 판단은 국내 세법에 따르는 것이 타당한 점, 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 법인세법제93조 제9호에서 “해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조ㆍ판매 등에 사용된 경우에는 국내등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.”라고 규정하고 있었고, 2019.12.31. 법률 제16833호로 개정된 법인세법제93조 제8호에서도 특허권 등이 국내에서 등록되지 아니하였으나 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리 등을 양도함으로써 발생하는 소득은 외국법인의 국내원천소득에 해당한다고 명확히 규정하고 있는 점, 법인세법제93조 제8호에서 말하는 ‘사용’은 독점적 효력을 가지는 특허권 자체를 사용하는 것이 아니라 그 특허권의 대상이 되는 제조방법․기술․정보 등을 사용한다는 의미로 보아야 하고, 국내 미등록 특허권의 특허기술이 국내에서 사용되었다면 그 대가인 사용료소득은 국내원천소득에 해당하는 점(대법원 2025.9.18. 선고 2021두59908 전원합의체 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.