신성장·원천기술연구개발비 세액공제 대상 여부

[주 문] OO 세무서장이 2025.6.5. 청구법인에게 한 2019사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은 청구법인의 연구개발활동의 범위, 연구개발활동에 소요된 비용, 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비와 일반연구ㆍ인력개발비를 각각 별개의 회계로 구분경리하였는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 OOO 설립되어 OOO 전문 제조업을 영위하고 있고, 2002년 1월 코스닥 상장한 법인으로서 2019사업연도 법인세 신고시 일반연구 및 인력개발비(이하 “일반 연구인력개발비”라 한다)로 신고한 OOO원에 대하여 일반 연구인력개발비 세액공제를 적용하여 2019사업연도 법인세 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 청구법인은 2025.3.31. 2019사업연도 일반 연구인력개발비로 신고한 OOO원 중 OOO원(인건비 OOO원, 재료비 OOO원, 이하 “쟁점연구개발비”라 한다)이 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 하고, 조세특례제한법 시행령을 “조특법 시행령”이라 한다) 제10조 제1항 제1호의 신성장·원천기술연구개발비 세액공제(이하 “쟁점세액공제”라 한다) 대상에 해당한다고 보아 쟁점세액공제를 적용하여 과다하게 신고․납부한 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2025.6.5. 쟁점연구개발비가 쟁점세액공제 대상에 해당하는지 여부가 불분명하고, 청구법인이 신성장동력·원천기술 연구개발 활동이나 비용에 대한 서류를 제출하지 않아 검토가 불가능하다고 보아 이를 거부하였다. <표1> 청구법인의 경정청구 내역

○○○ <표2> 쟁점연구개발비 재분류에 따른 공제세액

○○○

• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 연구개발의 내용 및 경정청구시 관련 자료를 제출하지 못한 경위는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2025.3.31. 청구법인이 2019사업연도에 수행한 연구과제가 신성장동력·원천기술연구개발비에 대한 쟁점세액공제를 적용받을 수 있는 기술에 해당하는지 여부에 대하여 신성장동력·원천기술심의위원회(이하 “심의위원회”라 한다)의 심의를 얻기 위해 A(이하 “A”라 한다)에 기술인증을 신청을 하였고, 심판청구 접수일까지도 A 및 심의위원회에서 청구법인의 신청내용을 검토하고 있어 청구법인이 신청한 과제 중 신성장·원천기술 대상 과제의 범위를 확정하지 못하였고, 기획재정부 명의의 인정서를 수령하지 못하여 처분청이 요청한 심의위원회 결정문 등 관련 서류를 처분청에 제출하지 못하였다. (나) 청구법인은 OOO에 설립된 이후 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조 의 2 제1항에 따라 1993년 2월 27일 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소를 설립하였다. 청구법인의 연구소는 OOO 기술을 전문으로 조명·디스플레이·자동차·UV 등 광범위한 분야의 OOO 제품을 연구개발하면서 꾸준한 기술 혁신과 품질 경쟁력을 바탕으로 OOO 전문 제조사로 성장하였고, 특히 OOO 패키징 분야에서 세계적으로 인정받는 기술력과 안정적인 생산능력을 갖추었으며, 현재 이 분야에서 B(독일), C(일본)에 이은 세계 시장 점유율 3위 및 국내 1위를 기록하고 있다. (다) 청구법인의 연구소에서 연구하는 신성장동력·원천기술 과제는 차세대 OOO반도체 OOO기술로 디스플레이OOO용 적용기술(과제수 159개)과 OOO용 구조 및 공정개발(과제수 46개)을 연구하고 있는데, 청구법인은 자체 개발한 원천기술을 기반으로 와이어를 사용하지 않고 기판에 직접 OOO 칩을 부착할 수 있는 초소형 고집적 패키징 기술인 OOO을 상용화하는 데 성공하였고, 이 기술은 공정 단축, 소형화, 고신뢰성 등에서 기존 패키징 방식과 명확히 차별화되며, 산업적 유용성과 기술적 진보성을 동시에 인정받고 있는 독보적인 기술이다. <표3> 청구법인의 신성장동력·원천기술 연구과제 내역

○○○

(2) 청구법인의 연구개발과제는 2025.10.16. 신성장동력·원천기술을 얻기 위한 과제로 인정되었으므로 쟁점연구개발비는 쟁점세액공제 대상에 해당한다. (가) 청구법인은 2025.10.16. 기획재정부가 발송한 심의결과 안내 공문을 통해 청구법인이 2019년부터 2023년까지 신청한 과제가 신성장동력·원천기술을 얻기 위한 과제로 인정되었음을 확인받았고, 이는 조특법 시행령 별표7에 따른 신성장동력·원천기술에 해당하는 것으로 확인된 경우 해당 연구개발활동과 관련된 비용은 신성장동력·원천기술 세액공제 대상으로 보아야 한다. (나) 청구법인은 A에 신성장·원천기술 기술인정을 신청한 연구개발과제가 모두 심의위원회의 심의를 통과할 지 그 결과를 미리 알지 못한 상황에서 연구비 등에 대한 세부 명세를 제출하는데 어려움이 있었고, 심판청구서 제출 이후 항변서를 제출하면서 청구법인이 경정청구시 제출한 신성장·원천기술을 얻기 위해 수행한 연구개발과제에 대한 쟁점연구개발비를 확정할 수 있었다. (다) 청구법인이 쟁점연구개발비를 집계한 방식은 다음과 같다.

1. 쟁점연구개발비 중 인건비(이하 “쟁점인건비”라 한다)의 경우, 청구법인이 A협회에 분기별로 신고한 연구개발전담부서 및 소속인원 현황을 확인하여 그 인원 중 신성장과제를 수행한 인원의 인건비를 쟁점인건비로 집계하였다.

2. 쟁점연구개발비 중 재료비(이하 “쟁점재료비”라 한다)의 경우, 연구개발활동에 사용한 원재료 등 재료비 명세를 확인하고, 프로젝트코드를 기준으로 일반연구과제 비용과 신성장동력·원천기술연구 비용을 구분한 후 해당 구분에 근거하여 신성장동력·원천기술연구와 관련된 재료비만을 쟁점재료비로 집계하였다.

3. 쟁점연구개발비 집계 결과, 청구법인이 A로부터 신성장·원천기술로 인정받은 기술 중 첫 번째 기술인 디스플레이 OOO용 적용 기술(이하 “IT사업군 기술”이라 한다)과 두 번째 기술인 OOO 기술을 적용한 Slim 헤드램프 및 지능형 광원 개발 기술(이하 “AM사업군 기술”이라 한다) 각각에 해당하는 쟁점연구개발비는 아래 <표4>와 같고, 위 분류에 근거자료인 산출명세서를 제출하였다. <표4> 청구법인의 신성장동력·원천기술 연구과제별 연구개발비용

○○○ (라) 조특법 제10조 제1항 제1호 및 같은법 시행령 제9조 제2항 및 별표7은 신성장동력·원천기술을 정하고 있고, 조특법 제10조 제1항 제1호 가목은 쟁점세액공제를 적용할 때 해당 사업연도의 신성장동력·원천기술연구개발비 발생액에 대하여 중소기업에 해당하지 않는 중견기업의 경우 100분의 20의 공제율을 적용하도록 하고 있으며, 나목에서는 해당 과세연도의 수입금액에서 신성장동력·원천기술연구개발비가 차지하는 비율에 3배를 곱한 비율을 가목의 공제율에 더하여 적용하도록 하면서, 나목에서 계산한 비율은 10%를 한도로 하고 있는바, 청구법인의 쟁점연구개발비의 세액공제액은 아래 <표5>와 같이 공제율은 20.98%로 산정이 된다. <표5> 청구법인의 쟁점연구개발비 세액공제율 산정 내역

○○○ (마) 청구법인의 연구개발과제는 이미 심의위원회의 판단을 통해 신성장·원천기술로 인정되었는바, 쟁점세액공제의 요건을 충족하였으므로 이 건 거부처분은 취소되는 것이 타당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 2019사업연도에 수행한 연구과제에서 발생한 쟁점연구개발비가 조특법 제10조 제1항 제1호의 쟁점세액공제를 적용받을 수 있는 비용에 해당한다고 주장하나, 청구법인이 신성장동력·원천기술로 주장하는 연구과제명 및 기술명은 전문적인 기술영역으로서 조특법 시행령 별표7에 명시하고 있는 기술에 해당하는지 여부에 대한 판단은 A에 있고, 청구법인은 신성장동력·원천기술이라고 주장하는 연구과제 및 기술에 대하여 A에서 확인받은 관련 서류를 통해 이를 입증하여야 함에도 이를 입증할 서류를 제출하지 아니하였다. <표6> 연구인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인(국세청 발간)

○○○

(2) 청구법인은 당초 2019사업연도 일반 연구인력개발비 OOO원 중 쟁점연구개발비(인건비 OOO원, 재료비 OOO원 합계 OOO원)는 쟁점세액공제 대상이라고 주장하나, 청구법인은 신성장동력·원천기술 연구개발비 명세서(조특법 시행규칙 별지 제3호 서식 2)와 관련하여 이를 증빙할 만한 관련 서류(예시: 신성장동력·원천기술 분야별 대상기술 연구개발계획서, 전담부서의 조직·직원현황 및 연구요원의 자격을 증명하는 서류, 일반연구개발비와 신성장동력·원천기술의 구분경리 명세, 신성장동력·원천기술 연구개발 업무에 사용되는 견본품·원재료·시약류 구입명세, 그 밖에 신성장동력·원천기술 분야별 대상기술임을 증명하는 서류 등)를 제출하지 아니하였다. 또한, 처분청은 청구법인에게 ‘1차 법인세 경정청구 보정요구 및 진행상황 통지’OOO 및 ‘2차 법인세 경정청구 보정요구 및 진행상황 통지’OOO를 통하여 쟁점연구개발비가 쟁점세액공제 대상 관련인지 서류를 요구하였으나, 청구법인이 이를 제출하지 아니하여 청구법인의 신성장·원천기술 연구개발 활동이나 그 비용이 적정한지 여부에 대하여 검토가 불가능하다고 판단하여 청구법인의 경정청구를 거부하였는바, 이 건 거부처분은 타당하다.

• 가. 쟁점 쟁점연구개발비가 신성장동력ㆍ원천기술개발비로서 세액공제 대상인지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2019.12.31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것) 제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장동력ㆍ원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액

• 가. 기업유형에 따른 비율

1. 중소기업에 해당하는 경우: 100분의 30

2. 그 밖의 경우: 100분의 20[대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 “중견기업”이라 한다) 중 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 코스닥시장에 상장한 중견기업(이하 이 조에서 “코스닥상장중견기업”이라 한다)의 경우 100분의 25]

• 나. 해당 과세연도의 수입금액에서 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비가 차지하는 비율에 대통령령으로 정하는 일정배수를 곱한 비율. 다만, 100분의 10(코스닥상장중견기업의 경우 100분의 15)을 한도로 한다.

3. 제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구ㆍ인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 25(중견기업의 경우에는 100분의 40, 중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25

2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

• 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15
• 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

3. 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8

4. 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 2를 한도로 한다) 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

④ 제1항 제1호를 적용받으려는 내국인은 일반연구ㆍ인력개발비와 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 일부개정된 것) 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ① 법 제10조 제1항 제1호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비”란 다음 각 호의 구분에 따른 비용(이하 이 조에서 “신성장동력ㆍ원천기술연구개발비”라 한다)을 말한다. 다만, 제8조 제1항 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 자체 연구개발의 경우: 다음 각 목의 비용

• 가. 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표 7에 따른 신성장동력ㆍ원천기술 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 “신성장동력ㆍ원천기술연구개발업무”라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.
• 나. 신성장동력ㆍ원천기술연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비 및 소프트웨어(문화산업진흥 기본법 제2조 제2호 에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비

2. 위탁 및 공동연구개발의 경우: 기획재정부령으로 정하는 기관에 신성장동력ㆍ원천기술연구개발업무를 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영ㆍ관리ㆍ지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

② 법 제10조 제1항 제1호 가목 2)에서 “대통령령으로 정하는 중견기업”이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업을 말한다.

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 업종을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것. 이 경우 둘 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.

• 가. 제29조 제3항에 따른 소비성서비스업
• 나. 중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령 제2조 제2항 제2호 각 목의 업종

3. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령 제2조 제2항 제1호에 적합할 것

4. 직전 3개 과세연도의 매출액(매출액은 제2조 제4항에 따른 계산방법으로 산출하며, 과세연도가 1년 미만인 과세연도의 매출액은 1년으로 환산한 매출액을 말한다)의 평균금액이 5천억원 미만인 기업일 것

③ 법 제10조 제1항 제1호나 목 본문에서 “대통령령으로 정하는 일정배수”란 3배를 말한다.

⑧ 법 제10조 제1항 제1호를 적용받으려는 내국인은 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비 및 일반연구ㆍ인력개발비를 각각 별개의 회계로 구분경리하여야 한다. 이 경우 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비가 일반연구ㆍ인력개발비와 공통되는 경우에는 해당 비용을 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비 및 일반연구ㆍ인력개발비로 안분하여 계산한다.

⑨ 법 제10조 제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서 및 연구개발계획서 등 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑩ 내국인이 지출한 연구개발비가 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비에 해당되는지 여부에 관한 사항 및 제22조의5 제1항에 따른 사항을 심의하기 위하여 산업통상자원부장관 소속으로 신성장동력ㆍ원천기술심의위원회를 둘 수 있다.

⑪ 제10항에 따른 신성장동력ㆍ원천기술심의위원회의 구성 및 운영 등에 필요한 사항은 기획재정부와 산업통상자원부의 공동부령으로 정한다. [별표 7] 신성장동력ㆍ원천기술 분야별 대상기술(제9조 제1항 관련) 구분 분야 신성장동력·원천기술

신산업ㆍ환경

• 다. 에너지 효율향상

5. 웨이퍼레벨 칩 패키징 공정기술: LED 칩을 미세 패턴이 가공된 열전도성이 높은 웨이퍼 위에서 일련의 공정을 통하여 패키징한 후 다이싱(dicing)하여 칩 패키지를 제조하는 기술

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 연구개발과제에 대한 심의위원회 심의경과는 다음과 같다. (가) 청구법인은 전자부품, 컴퓨터, 영상·음향 및 통신장비 제조업을 운영하고 있는 코스닥상장된 대기업으로 2025.3.31. 이 건 경정청구를 제기하면서 같은 날 심의위원회에 청구법인의 2019사업연도부터 2023사업연도까지 청구법인의 연구개발과제가 신성장·원천기술 연구개발에 해당하는지 여부에 대하여 아래 <표7>과 같이 A에 심의를 요청하였다. <표7> 청구법인의 신성장·원천기술(연구개발) 인정 신청서

○○○ (나) 처분청은 청구법인의 경정청구에 대하여 ‘1차 법인세 경정청구 보정요구 및 진행상황 통지’OOO 및 ‘2차 법인세 경정청구 보정요구 및 진행상황 통지’OOO을 통하여 쟁점연구개발비가 쟁점세액공제 대상인지 여부에 대한 관련 서류를 요구하였으나 청구법인이 제출하지 아니하여 신성장·원천기술 연구개발 활동이나 그 비용이 적정한지 여부에 대한 검토가 불가능하다고 판단하여 청구법인의 경정청구를 거부한 것으로 나타난다. (다) 2025.10.16. 기획재정부장관은 심의위원회의 심의결과를 청구법인에게 통지하였고, 공문에 첨부된 심의결과에 의하면, 아래 <표8>과 같이 청구법인이 신청한 1개 기술 2개 과제, 신청금액 OOO원이 신성장·원천기술 및 그 비용에 해당한다고 기재되어 있다. <표8> 2025.10.16. 기획재정부장관이 송부한 심의결과 공문 첨부내용

○○○

(2) 청구법인은 쟁점연구개발비 명세로 아래 <표9>의 예시의 자료를 6장의 분량으로 제출하였다. <표9> 쟁점연구개발비 명세(예시)

○○○

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점연구개발비가 신성장·원천기술개발비로서 세액공제대상인지에 대한 증빙자료를 요청하였으나 제출하지 않아 경정청구를 거부한 것이므로 이 건 처분은 타당하다는 의견이나, 청구법인은 2025.3.31. A에 2019사업연도부터 2023사업연도까지 신성장·원천기술과제에 대해 심의신청을 하였고, 청구법인이 제출한 신성장·원천기술(연구개발)인정 신청서를 보면, 2019사업연도의 경우 대상기술은 조특법 시행령 별표7의 8. 다, 5)로 기재되어 있으며, 과제 수는 2개, 2019사업연도의 총 연구개발비는 OOO원으로 기재되어 있고, 기획재정부장관은 2025.10.6. 청구법인에게 청구법인이 신청한 1개 기술, 2개 과제, 신청금액 OOO원이 신성장·원천기술 및 그 비용에 해당한다고 통지한 것으로 나타나 쟁점연구개발비가 신성장·원천기술개발비로서 세액공제대상에 해당할 여지가 있는 것으로 보인다. 다만, 신성장·원천기술과제에 해당하는지 여부에 대한 검토 권한은 A에 있다 하더 라도, 조특법 제10조 제4항은 제1항 제1호를 적용받으려는 경우 일반연구ㆍ인력개발비와 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비를 구분경리하도록 규정하고 있고, 청구법인이 쟁점연구개발비와 관련하여 이를 증빙할 수 있는 서류(전담부서의 조직 및 직원현황, 연구자의 자격, 일반연구개발비와 신성장동력·원천기술의 구분경리 명세, 신성장동력·원천기술 연구개발 업무에 사용되는 견본품 등 구입명세 등)를 제출하지 아니하여 청구법인의 연구개발활동과 그 비용의 적정여부에 대한 과세관청의 검토가 필요해 보이는바, 처분청이 청구법인으로부터 관련자료를 제출받아 청구법인의 연구개발활동의 범위, 연구개발활동에 소요된 비용, 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비 및 일반연구ㆍ인력개발비를 각각 별개의 회계로 구분경리하였는지 여부 등 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본 법 제80조의2, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.