조세심판원 심판청구 소득세

쟁점특허권 양도대가를 근로소득에 해당하는 직무발명보상금으로 보아 원천징수분 근로소득세를 과세한 처분의 당부

사건번호 조심-2025-중-3316 선고일 2026.02.26 조세심판원

쟁점특허권 출원자는 청구법인의 전반적인 업무를 총괄하는 대표이사로 재직중 쟁점특허권을 발명한 것으로 확인되고 이는 청구법인의 업무범위에 속하는 것으로 보이며, 쟁점특허권은 기존 제작·제작 판매중인 제품(스캐너, POS기)과 연관성이 있어 기존 사업영역과 무관한 발명이라 보기 어려움

[주 문] 심판청구를 기각한다 [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2001.11.12. 청구법인의 대표이사 A가 설립하여 하드웨어개발 및 제조업을 영위하는 법인으로 2022.12.5. A가 출원하여 등록한 특허권(이하 “쟁점특허권”이라 한다)을 취득하고 그 대가로 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 A에게 지급한 후 이를 A의 기타소득으로 보아 2022년 12월 귀속 원천징수분 기타소득세 OOO원을 신고․납부하였다.
  • 나. 처분청은 쟁점금액이 소득세법제20조 제1항 제5호의 직무발명보상금으로서 근로소득에 해당하는 것으로 보아 2025.3.10. 청구법인에게 2022년 12월 귀속 원천징수분 근로소득세 OOO원을 결정․고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.11. 이의신청을 거쳐 2025.7.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점특허권의 경우 취득 당시 청구법인의 직무에 연관된 것이 아니므로 쟁점특허권의 취득 대가로 지급한 쟁점금액의 경우 직무발명보상금에 해당하지 않는다. (가) 청구법인은 쟁점특허권을 취득할 당시에는 POS 단말기 제조․판매만을 하였던 상태였고, 쟁점특허권을 취득한 후 2023사업연도부터 모터구동 스캐너 제품 및 부품도 판매하였으며, 쟁점특허권의 경우 이미지 캡처를 통한 마킹 용지 판독 시스템(모터구동없는 카메라방식 스캔방법)에 대한 것으로서 이는 스캐너 사업분야 중 신기술로 이와 관련된 매출을 발생시키지 못하고 있다. (나) 발명진흥법 제2조 제2호 는 ‘직무발명’이란 종업원 등이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자 등의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다고 규정하고 있고, 직무발명보상금의 경우 그 직무발명이 회사에 매출에 영향을 미쳐 기여한 바에 따른 보상금으로 보아야 할 것인데, 쟁점특허권과 관련하여 청구법인의 관련 매출이 창출된 사실이 없는 이상 그 대가로 지급한 쟁점금액을 소득세법제20조 제1항 제5호의 직무발명보상금으로 볼 수 없다.

(2) 쟁점금액을 직무발명보상금으로 보아 대표자 상여로 처리하고, 쟁점특허권 관련 비용을 조세특례제한법상 연구인력개발비 세액공제 대상에 해당하는 것으로 보아 법인세를 신고하였다면, 과세관청이 이를 직무발명보상으로 인정하지 않아 연구인력개발비 세액공제를 부인하였을 것인바, 이 건 과세처분은 논리에 맞지 않은 상황으로, 만일 쟁점금액을 직무발병보상금으로 본다면 처분청은 같은 논리로 쟁점특허권과 관련된 비용에 대하여 조세특례제한법상 연구인력개발비 세액공제를 적용하여야 할 것이다.

  • 나. 처분청 의견 쟁점특허권의 등록․출원자인 A는 청구법인의 대표이사로서 청구법인의 새로운 사업분야 모색 등 경영 전반에 대한 업무를 수행할 임무가 있다고 할 것인데, 쟁점특허권의 등록․출원 후 이를 청구법인에게 양도한 행위는 청구법인의 대표이사로서 청구법인의 새로운 사업분야 진출 모색과정에서 이루어진 행위라고 보아야 할 것이므로 쟁점특허권의 양도대가로서 A가 수취한 쟁점금액은 소득세법제20조 제1항 제5호의 직무발명보상금으로서 근로소득에 해당한다고 할 것이다.
3. 심리 및 판단
쟁점

쟁점금액은 개인의 무형자산(특허권)을 양도한 대가로 근로소득이 아닌 기타소득으로 구분되어야 한다는 청구주장의 당부

  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구법인은 2001.11.12.을 개업일로 하여 사업자등록을 마친 법인으로 법인등기사항증명서상 목적사업은 아래 <표1>과 같다.

1. 하드웨어 개발, 제조 및 판매업

5. 무역업

6. 온라인 게임의 제작, 판매 및 유통업

7. 부동산 임대 및 매매업

8. 위 각호에 관련된 부대사업 일체 <표1> 청구법인 등기사항증명서상 목적사업 내역 (나) 쟁점특허권에 대한 특허출원 및 등록과 관련된 기본사항은 아래 <표2> 및 <표3>과 같다. <표2> 쟁점특허권 출원 및 등록내역 OOO <표3> 쟁점특허권 특허내용 요약 OOO (다) 청구법인은 2022.12.5. 쟁점특허권에 대하여 A와 특허권양수도계약을 체결하여 이를 취득하였고, 쟁점특허권에 대한 감정평가를 감정기관에 의뢰하였으며, 아래 <표5>와 같이 산정된 쟁점특허권의 감정평가액을 기준으로 하여 쟁점특허권을 청구법인의 무형자산으로 계상한 후 2022사업연도 법인세 신고시 이와 같은 내용의 표준재무상태표를 제출하였다. <표4> 특허권양수도계약서

○○○ <표5> 쟁점특허권 감정평가액(기준일자 2022.12.12. / 평가서작성일자 2022.12.13.)

○○○

(2) 청구법인은 쟁점특허권에 대한 특허내용상 청구법인의 사업 범위와 무관하고, 쟁점특허권 관련 매출 또한 쟁점특허권 취득 전․후로 발생한 사실이 전혀 없어 쟁점특허권에 대한 대가인 쟁점금액을 직무발명보상금으로 볼 수 없다고 주장하면서 2021∼2023사업연도 수출신고필증(주된 거래품목 스캐너, 포스기)을 제출하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점특허권의 취득대가로 청구법인의 대표이사에게 지급한 쟁점금액이 직무발명보상금이 아니므로, 이는 소득세법상 근로소득에 해당하지 않는다고 주장하나, 발명진흥법제2조 제2호는 직무발명을 종업원 등이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자 등의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다고 규정하고 있는데, ‘그 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명’이란 종업원 등이 담당하는 직무내용과 책임범위로 보아 발명을 꾀하고 이를 수행하는 것이 당연히 예정되거나 또는 기대되는 경우를 말한다고 할 것인바(대법원 1991.12.27. 선고 91후1113 판결, 같은 뜻임), 쟁점특허권의 출원자인 A의 경우 하드웨어 제조 및 판매업을 주 목적사업으로서 영위하는 청구법인의 전반적인 업무를 총괄하는 대표이사로서 재직하던 중 쟁점특허권을 발명한 것으로 확인되는 이상, 이는 성질상 청구법인의 업무 범위에 속하는 것으로 보이므로, 그 발명행위가 청구법인의 대표이사인 A의 직무에 속하는 발명에 해당하는 것으로 보이는 점, 쟁점특허권은 ‘이미지 캡처를 통한 마킹 용지 판독 시스템 및 마킹용지 판독방법’에 관한 것으로서 기존 제작․판매 중인 제품과 연관성이 있어 보이므로 이를 청구법인의 기존 사업 영역과 무관한 발명이라고 보기는 어려워 보이는 점 등에 비추어, 청구법인의 위 주장을 인정하기는 어려우므로 처분청이 쟁점금액을 직무발명보상금으로서소득세법상 근로소득에 해당하는 것으로 보아 청구법인에게 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 소득세법 제12조(비과세소득) 다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

5. 기타소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

  • 라. 발명진흥법 제2조 제2호 에 따른 직무발명으로 받는 다음의 보상금

1. 종업원이 발명진흥법 제15조 에 따라 사용자로부터 받는 보상금 제14조(과세표준의 계산) ③ 다음 각 호에 따른 소득의 금액은 종합소득과세표준을 계산할 때 합산하지 아니한다.

8. 다음 각 목에 해당하는 기타소득(이하 “분리과세기타소득”이라 한다)

  • 가. 제21조 제1항 제1호부터 제8호까지, 제8호의2, 제9호부터 제20호까지, 제22호, 제22호의2 및 제26호에 따른 기타소득(라목 및 마목의 소득은 제외한다)으로서 같은 조 제3항에 따른 기타소득금액이 300만원 이하이면서 제127조에 따라 원천징수(제127조 제1항 제6호 나목에 해당하여 원천징수되지 아니하는 경우를 포함한다)된 소득. 다만, 해당 소득이 있는 거주자가 종합소득과세표준을 계산할 때 그 소득을 합산하려는 경우 그 소득은 분리과세기타소득에서 제외한다. 제20조(근로소득) ① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급ㆍ급료ㆍ보수ㆍ세비ㆍ임금ㆍ상여ㆍ수당과 이와 유사한 성질의 급여

2. 법인의 주주총회ㆍ사원총회 또는 이에 준하는 의결기관의 결의에 따라 상여로 받는 소득

3. 법인세법에 따라 상여로 처분된 금액

4. 퇴직함으로써 받는 소득으로서 퇴직소득에 속하지 아니하는 소득

5. 종업원등 또는 대학의 교직원이 지급받는 직무발명보상금(제21조 제1항 제22호의2에 따른 직무발명보상금은 제외한다) 제21조(기타소득) ① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

7. 광업권ㆍ어업권ㆍ양식업권ㆍ산업재산권ㆍ산업정보, 산업상 비밀, 상표권ㆍ영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발ㆍ이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품 22의2. 종업원등 또는 대학의 교직원이 퇴직한 후에 지급받는 직무발명보상금 제127조(원천징수의무) ① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

4. 근로소득. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득은 제외한다.

6. 기타소득. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득은 제외한다.

  • 가. 제8호에 따른 소득
  • 나. 제21조 제1항 제10호에 따른 위약금ㆍ배상금(계약금이 위약금ㆍ배상금으로 대체되는 경우만 해당한다)
  • 다. 제21조 제1항 제23호 또는 제24호에 따른 소득 제129조(원천징수세율) ① 원천징수의무자가 제127조 제1항 각 호에 따른 소득을 지급하여 소득세를 원천징수할 때 적용하는 세율(이하 “원천징수세율”이라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따른다.

4. 근로소득에 대해서는 기본세율. 다만, 일용근로자의 근로소득에 대해서는 100분의 6으로 한다.

6. 기타소득에 대해서는 다음에 규정하는 세율. 다만, 제8호를 적용받는 경우는 제외한다.

  • 가. 제14조 제3항 제8호 라목 및 마목에 해당하는 소득금액이 3억원을 초과하는 경우 그 초과하는 분에 대해서는 100분의 30
  • 나. 제21조 제1항 제18호 및 제21호에 따른 기타소득에 대해서는 100분의 15
  • 라. 그 밖의 기타소득에 대해서는 100분의 20

(2) 발명진흥법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.

3. “개인발명가”란 직무발명 외의 발명을 한 자를 말한다. 제10조(직무발명) ① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권에 대하여 통상실시권을 가진다. 제15조(직무발명에 대한 보상) ① 종업원등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)