쟁점주택의 양도가 1세대1주택 비과세 대상에 해당하는지 여부

[주 문] 기흥세무서장이 2025.4.18. 청구인에게 한 2024년 귀속 양도소득세 OOO원에 대한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구인은 서울특별시 동작구 OOO 토지 및 겸용주택 1/2 지분(사당동, 이하 “쟁점주택”이라 한다)을 2020.1.7. 취득하여 2024.9.20. OOO원에 양도한 후 2024.11.5. 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다가, 2025.2.25. 쟁점주택은 부득이한 사유(근무상 형편)로 1년 이상 거주한 주택에 해당하므로 1세대 1주택 비과세 적용하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 현재 주소지로 이사한 후 신규 직장에 취업을 하였으므로 쟁점주택의 양도는 소득세법 시행령 제154조 제1항 제3호 의 부득이한 사유 요건에 충족하지 않는다고 보아, 2025.4.18. 청구인에게 이를 거부통지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2025.7.16. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 당초 배우자 A과 자녀 둘(B 2011년생, C 2010년생)과 함께 단란한 가정을 이루고 있던 중 배우자가 2019.6.5. 사망하여 암담한 사정에 처하였었는데 부모님의 권유로 쟁점주택에 전입(2019.10.28.)하여 거주하던 중 부친께서 소유 지분을 증여(2020.1.7.)해 주었고, 청구인은 쟁점주택 취득일(2020.1.7.)부터 양도일까지 약 1년 5개월 거주하였다. 청구인은 배우자의 사망으로 쟁점주택 1층에 베이커리를 운영하는 동생 박우석을 도와 생계를 유지하는 중 미래를 위해 독립적으로 두 자녀를 부양하고자, 간호조무사자격증(2021.4.6.)을 취득하여 경기도 용인시 OOO 소재 OOO한의원(이하 “쟁점한의원”이라 한다)에 간호사로 취업을 하게 되었으나, 어린 두 자녀를 부양하면서 출퇴근이 불가능하였던 바 직장 소재지인 경기도 용인시 OOO로 2021.6.11. 이사하게 되었으며, 2024.9.20. 쟁점주택을 양도하였다.

(2) 청구인의 재직증명서와 원천징수영수증상 재직기간이 2021.9.1.부터인 것으로 되어 있으나, 병원 개업의 제반 절차와 형식상 준비 및 사업자등록 등 단순히 고용자(쟁점한의원)의 사정상 그렇게 되어 있을 뿐 실제로 청구인이 이사하기 이전부터 출근한 상태였다. 청구인이 한의원에 취직을 하지 않았다면 자녀 둘을 부양하는 청구인이 가장으로서 연고가 없는 경기도 용인시로 이전할 이유가 전혀 없고, 청구인이 주거를 이전한 후 양도일 현재까지도 같은 직장에서 계속 근무하고 자녀들도 직장 근처에 소재한 중학교에 재학 중으로 쟁점주택에 다시 거주할 필요도 없었던 바, 근무형편상의 부득이한 사유가 단기간 내에 해소될 수 없다고 판단되어 쟁점주택을 양도한 것이다.

(3) 1세대 1주택 양도에 따른 비과세의 취지가 국민의 주거생활의 안정과 거주이전의 자유를 보장하여 주려는 데에 있고, 쟁점주택의 양도가 1세대 1주택에 해당하는지 여부는 양도일 현재를 기준으로 판단하여야 할 것이다. 또한, 근무상의 형편 등 부득이한 사유로 양도하는 경우에 해당하는 1세대 1주택 비과세 특례 관련 소득세법 시행령 제154조 제1항 제3호 에서 “1년 이상 거주한 주택을 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 양도하는 경우”라고 규정하고 있어서 양도일 현재 거주기간을 채우지 못하는 사유가 있으면 되는 것으로 볼 수 있는데도 불구하고, 소득세법 시행규칙제71조 제3항에서 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 다른 시ㆍ군으로 주거를 이전하는 경우”라고 되어 있는데 이를 사유와 주거이전 및 양도가 일련의 순서인 것처럼 자의적으로 해석하는 것은 처분청의 법령 적용상의 해석 착오라고 할 것이다. 위와 같이 부득이한 사유와 주거이전 및 양도가 일련의 순서인 것처럼 해석한다면 청구인은 편모 가장인데도 직장을 포기하고 가족과 함께 쟁점주택으로 주거를 재이전하여 거주요건 해당기간 2년 중 1년 5개월 거주한 기간의 차이인 잔여기간 7개월을 거주하여 소정의 거주기간을 채웠어야만 한다는 논리인데 이는 쟁점주택의 양도한 사실이 부득이한 사유 때문인 것의 취지와 어긋난다 할 것이다. 따라서, 이 건은 소득세법 시행령 제154조 제1항 제3호 에 의한 1년 이상 거주한 주택을 근무상의 형편 등 부득이한 사유로 양도하는 경우에 해당하는 것이므로 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하여야 할 것이다.

• 나. 처분청 의견 (1) 소득세법 시행령제154조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제71조 제3항에 의하면 1년 이상 거주한 주택을 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 그 밖에 부득이한 사유란 세대의 구성원 중 일부 또는 세대전원이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 다른 시·군으로 주거를 이전하는 경우로 규정하고 있고, 조세법률주의의 원칙상 1세대 1주택 비과세요건에 관한 법령도 엄격하게 해석하여야 하기 때문에 확장해석이나 유추적용은 허용되지 않는다. 또한, 부득이한 사유로 보유 및 거주기간에 대한 특례 규정이 적용되는 요건은 해당 각 호의 어느 하나에 해당하는 부득이한 사유가 발생하고 현재의 주소지에서는 출퇴근이 곤란하므로 세대 전원이 거주지를 다른 시·군으로 이전하는 사유가 동시에 발생한 경우를 의미한다 할 것이다.

(2) 청구인이 제출한 사실확인서에 의하면 청구인은 2021.6.1.부터 2021.8.31.까지 쟁점한의원 개원준비과정 행정절차 및 인력채용 임대 및 장비구입 등 사업자등록 전에 업무보조자로 업무를 수행하였다고 되어 있으나, 해당 쟁점한의원은 당초 D의 배우자가 2019.3.1.부 터 2021.8.19.까지 동일한 상호로 한의원을 운영하였고, 이후 D가 배우자의 한의원을 그대로 인수받아 2021.9.1. 개업한 것으로 확인된다. 또한 청구인이 2021.6.1.부터 2021.8.31.까지 실질적으로 근무했다는 내용을 확인할 수 있는 구체적인 증빙서류 및 현재 주소지로 이사하기 전까지 출·퇴근 관련 교통비 등 증빙서류를 전혀 제출하지 못하고 있고, 이사하기 전부터 쟁점한의원에 취업이 예정되어 있다는 증빙도 없으므로 청구인의 주장은 신뢰하기 어렵다. 청구인은 간호조무사 자격증이 있어 병원 등 취업에 관련하여 지역 문제가 크게 지장이 없었을 것으로 판단되며 다른 개인적인 사유로 현재 주소지로 이사 후 2021.9.1. 쟁점한의원에 취업하였을 개연성도 있으므로, 쟁점주택의 양도는 소득세법 시행령제154조 제1항 및 소득세법 시행규칙제71조 제3항에 따른 세대의 구성원 중 일부 또는 세대전원이 근무상의 형편 등의 사유로 다른 시·군으로 주거를 이전하는 경우로 보기 어려워 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점주택의 양도가 1세대1주택 비과세 대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제89조[비과세 양도소득] ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 (2) 소득세법 시행령 제154조[1세대1주택의 범위] ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

3. 1년 이상 거주한 주택을 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 양도하는 경우 (3) 소득세법 시행규칙 제71조[1세대1주택의 범위] ① 영 제154조 제1항 본문에서 규정하는 보유기간의 확인은 당해 주택의 등기부등본 또는 토지ㆍ건축물대장등본 등에 의한다.

③ 영 제154조 제1항 제1호 및 제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유"란 세대의 구성원 중 일부(영 제154조 제1항 제1호의 경우를 말한다) 또는 세대 전원(영 제154조 제1항 제3호의 경우를 말한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 다른 시(특별시, 광역시, 특별자치시 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조, 제72조 및 제75조의2에서 같다)ㆍ군으로 주거를 이전하는 경우(광역시지역 안에서 구지역과 읍ㆍ면지역 간에 주거를 이전하는 경우와 특별자치시, 지방자치법제7조 제2항에 따라 설치된 도농복합형태의 시지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법제10조 제2항에 따라 설치된 행정시 안에서 동지역과 읍ㆍ면지역 간에 주거를 이전하는 경우를 포함한다. 이하 이 조, 제72조 및 제75조의2에서 같다)를 말한다.

2. 직장의 변경이나 전근 등 근무상의 형편

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인의 근무처인 경기도 용인시 OOO 소재 쟁점한의원은 당초 D의 배우자인 E이 2019.3.1. 한의원을 개업하여 운영하던 중 다른 지역으로 이전하여 개원(2021.8.19.)하면서 D가 배우자의 사업장을 인수 받아 2021.9.1. 개원한 것으로 아래 <표1>과 같이 확인된다. <표1> 쟁점한의원 개업 등 관련 ㅇㅇㅇ

(2) 청구인이 현재 살고 있는 경기도 용인시 OOO의 전세계약서에, 2021.5.7. 임대차계약을 하고 2021.6.11. 이사(잔금)를 한 것으로 확인되고, 쟁점한의원이 제출한 근로소득원천징수영수증에 청구인은 2021.9.1.부터 2021.12.31.까지 OOO원을, 2022.1.1.부터 2022.12.31.까지 OOO원, 2023.1.1.부터 2023.12.31.까지 OOO원을 수령한 것으로 나타난다.

(3) 쟁점한의원의 원장 D가 작성한 사실확인서(2024.10.31.)의 주요내용에 의하면, 청구인은 개원에 필요한 준비과정에서 사업자등록전 사실상 업무보조형태의 근무를 하였음을 확인하고, 근무기간은 2021.6.1.〜2021.8.31.까지이며 2021.9.1.부터는 정규직으로 변경되었으며, 근무 내용은 개원준비과정 행정절차(사업자등록, 의료기관개설신고 외 보조), 인력채용(신규입사자가 면접 및 구인 보조), 임대 및 장비구입(견적서 등 보조)으로 기재되어 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 타 지역으로 이사를 한 후 쟁점한의원에 취업한 것으로 이 건은 근무상의 형편에 따른 1세대1주택 비과세 대상에 해당하지 않는다는 의견이나, 쟁점한의원의 원장 D는 사실확인서에서 청구인이 2021.6.1.부터 근무한 것으로 진술하였고, 청구인도 간호조무사 자격증을 취득하여 업무를 처음하는 것으로 수련기간이 필요하였을 것으로 보여 6월부터 8월까지는 정식 직원은 아니라고 하더라도 쟁점한의원의 개원 준비 등으로 쟁점한의원에서 근무하였다는 청구주장에 신빙성이 있어 보이는 점, 설령 주거지 이전(2021.6.11.)이 먼저 이루어졌다하더라도 쟁점주택을 양도한 사유가 청구인의 취업(2021.9.1.)에 따른 것이 관련 증빙상 확인되고, 청구인은 근무상 형편으로 주거지를 이전 및 1년 이상 거주한 주택을 양도한 경우에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 청구인에게 한 이 건 경정청구 거부처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.