쟁점매입세금계산서를 실물 거래 없이 수취한 것으로 보아 과세한 처분의 당부

[주 문] 처분청이 2024.11.18. 청구법인에게 한 부가가치세 합계 OOO원(2014년 제2기분 OOO원, 2018년 제2기분 OOO원 및 2019년 제1기분 OOO원) 및 법인세 합계 OOO원(2014사업연도분 OOO원, 2018사업연도분 OOO원, 2019사업연도분 OOO원)의 각 부과처분 및 2025.7.22. 청구인에게 한 종합소득세 합계 OOO원(2014년 귀속분 OOO원 및 2019년 귀속분 OOO원)의 경정청구 거부처분은,

1. 위 법인세 부과처분 및 경정청구 거부처분을 취소하고,

2. 나머지 청구는 기각한다. [이 유]

• 가. 주식회사 A(이하 “청구법인”이라 한다)은 2007.6.11.부터 경기도 OO시 OOO, 1층에서 건축자재 도매업을 영위하고 있고 B(이하 “청구인”이라 하고, 청구법인과 합하여 “청구법인등”이라 한다)은 청구법인의 대표이사로 재직하고 있으며, 청구법인은 아래와 같이 거래처로부터 매입세금계산서를 수취하면서 재화(건축자재)를 공급받은 것으로 하여 부가가치세 및 법인세 신고시 관련한 매입액에 관한 매입세액을 공제하고 그 매입액 상당액을 손금에 산입하였다.

(1) 청구법인은 2014년 제2기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 C(이하 “쟁점매입처1”이라 한다)으로부터 공급가액 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서1”이라 하고, 관련한 거래를 “쟁점거래1”이라 한다)를 수취하였다.

(2) 청구법인은 2018년 제2기 및 2019년 제1기 과세기간에 D 주식회사(이하 “쟁점매입처2”라 하고, 쟁점매입처1과 합하여 “쟁점매입처”라 한다)로부터 공급가액 각 OOO원 및 OOO원 합계 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서2”, 관련한 거래를 “쟁점거래2”라 하고, 쟁점매입세금계산서1과 합하여 “쟁점매입세금계산서”, 쟁점거래1과 합하여 “쟁점거래”라 한다)를 수취하였다.

• 나. 처분청은 쟁점매입처를 관할하는 각 세무서장으로부터 청구법인이 자료상인 쟁점매입처로부터 쟁점매입세금계산서를 실물 거래 없이 가공으로 수취하였다는 내용의 과세자료를 받아 청구법인에 대한 부가가치세 조사를 한 결과, 위 과세자료에 따라 쟁점매입세금계산서를 실물 거래 없는 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인이 각 과세기간에 공제받은 매입세액 및 각 사업연도에 손금산입한 매입액을 부인하여, 2024.11.18. 청구법인에게 부가가치세 합계 OOO원(2014년 제2기분 OOO원, 2018년 제2기분 OOO원 및 2019년 제1기분 OOO원) 및 법인세 합계 OOO원(2014사업연도분 OOO원, 2018사업연도분 OOO원, 2019사업연도분 OOO원)을 경정‧고지하였다. 한편 처분청은 2024.11.11. 청구법인에게 이 건 법인세 부과처분시 익금에 산입한 쟁점매입세금계산서의 공급대가 상당액인 OOO원(2014년 귀속분 OOO원, 2018년 귀속분 OOO원, 2019년 귀속분 OOO원)을 청구인의 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였고, 2024.12.9. 청구법인은 통지된 금액을 반영하여 법인세(근로소득세 원천징수분)를 수정신고 및 일부 납부하였으며, 2025.7.18. 청구인은 기납부한 세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나 2025.7.22. 처분청은 이를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2025.2.4. 이의신청을 거쳐 2025.7.7. 및 2025.7.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인등 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인등 주장 (1) 쟁점매입세금계산서는 실물 거래시 발급받은 것이므로 사실에 부합한 것으로 보아야 한다. 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙인바, 청구인은 2022.5.16. 처분청으로부터 쟁점매입세금계산서에 관한 소명 요청을 받고 2022.5.23. 처분청에 27쪽 분량의 입증자료를 제출하였고 이 건에 관한 이의신청의 심리 당시인 2025.2.4.에도 89쪽에 달하는 입증자료를 제출하여서 쟁점매입세금계산서가 사실에 부합한 세금계산서임을 소명하였으나, 청구법인이 쟁점거래로 매입한 재화의 전부를 매출하였고 처분청도 이에 대해서 부인하지 않았음에도 매입거래인 쟁점거래만을 가공거래로 보았고 이는 ‘매입한 물건 없이 매출만하였다’는 불합리한 결론에 이른다고 할 것이며, 처분청은 단지 쟁점매입처의 관할세무서장이 쟁점매입처에 대한 전반적인 조사를 통해 제기된 ‘쟁점매입세금계산서가 사실과 다르다는 혐의’에 대해 구체적인 확인 없이 불명확한 선행 조사의 내용을 받아들여 청구법인에게 부가가치세와 법인세를 부과였으므로 이 건 과세처분은 위법‧부당하다. 한편 만약 쟁점매입세금계산서를 공급하는 자가 다른 것으로 보아야 하더라도(쟁점거래를 가공거래가 아니라 위장거래로 보는 것), 청구법인은 쟁점거래시 쟁점매입처의 사업자등록증을 확인하였고, 특히 쟁점거래2의 경우 이외에도 쟁점매입처2 소속 직원의 명함, 통장 사본뿐만 아니라 재화의 상차사진도 확인하였음을 감안하면, 청구법인을 선의의 거래당사자라 할 것이므로 청구법인에게 부가가치세를 부과할 수 없다. 처분청은 쟁점거래의 대금이 쟁점매입처에 입금되면 단시간 내에 유사한 금액이 다른 사업자에게 이체된 사실을 가공거래의 전형적인 방식에 해당한다는 이유로 쟁점거래를 가공거래로 보았으나, 사업자가 거래처로부터 매입세금계산서를 수취하고 해당 거래처에 매입대금을 지급한 사실만 확인되고 해당 사업자가 위 매입대금을 받환받은 사실이 객관적으로 입증되지 않았다면 그 지급 후 즉시 출금된 사정을 이유로 가공거래의 전형으로 볼 수는 없는바, 쟁점매입처에 관한 각 관할세무서장의 조사결과에 의하더라도 청구법인이 쟁점매입처에 쟁점거래의 각 대금을 입금하고 단기간 내에 유사한 금액이 다른 사업자에게 이체되었다고 기재되어 있을 뿐 청구법인등에게 반환되었다는 내용은 없으므로, 쟁점거래 대금의 수수방식을 이유로 쟁점거래를 가공거래로 본 처분청의 의견은 근거과세원칙에 위배되므로 위법‧부당하다. 한편 처분청은 청구법인이 쟁점매입세금계산서가 실물 거래에 근거하는 등 사실에 부합한 세금계산서임을 객관적‧구체적인 자료로 입증하지 못하였다는 의견이나, 국세기본법 제85조의3 에서 납세자가 거래에 관한 장부 및 증빙서류를 관련 국세의 법정신고기한 경과일부터 5년간 보존하도록 규정하고 있는바, 장부와 증빙자료의 보존기간이 경과한 후에 과세자료가 통보된 경우에는 납세자에게 그 보존기간이 경과하지 않은 경우와 같은 정도의 입증책임을 부담시키는 것이 무리라 할 것인바, 처분청이 이 건과 관련하여 청구법인에게 최초로 소명을 요청한 2022.5.16.은 쟁점매입세금계산서 중 2014년 제2기분의 부가가치세(2015.1.25.) 및 법인세(2015.3.30.)의 각 과세표준 신고기한으로부터 장부의 보존기한(각 2020.1.25. 및 2020.3.30.) 5년을 훌쩍 넘겼고, 더욱이 처분청은 2022.5.23. 청구법인으로부터 소명자료를 받았음에도 2년이 넘도록 추가로 소명요청을 하지 않다가 2024.9.23.에 이르러서야 비로소 청구법인에게 이 건 과세처분에 관한 과세예고통지를 거쳐 이 건 과세처분을 한 것은 청구법인이 다양한 방법으로 추가 입증(쟁점매입처의 임직원에게 연락하여 쟁점거래가 실제 발생한 사실을 확인받고 이를 입증하는 것 등)을 하는 등 정당한 방어권을 행사하는데 어려움을 주는 것이라 할 것이어서 위법‧부당하다. (2) 설령 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 것으로 보아야 하더라도 청구법인은 쟁점거래로 부정행위를 한 사실이 없으므로 5년의 부과제척기간을 적용하여야 한다. 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에 따른 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우에 해당하는 것으로 보아 10년의 부과제척기간을 적용하기 위해서는, 납세자에게 허위의 세금계산서로 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에 허위의 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고‧납부하거나 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고‧납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다 할 것이고, 세금계산서를 발급받은 사업자의 입장에서는 거짓 세금계산서를 수취하여 공제받는 것이 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 인식이 있어야 할 것이며, 납세자가 사실과 다른 세금계산서를 수수하였더라도 관련 당사자들이 부가가치세를 신고‧납부하는 과정에서 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오지 않았다면 부정행위에 해당되지는 않는다 할 것인바, 청구법인은 쟁점매입세금계산서를 수취하면서 쟁점매입처에게 그 기재된 부가가치세 상당액을 지급하면서 쟁점매입처가 그 부가가치세 상당액을 매출세액으로 신고‧납부할 것으로 알고 있었을 뿐, 청구법인이 쟁점매입세금계산서에 기재된 매입세액을 매출세액에서 공제받는 것이 결과적으로 국가 조세수입의 감소를 가져오게 될 것이라는 인식이 없었으므로 쟁점거래에 대하여 통상의 부과제척기간(5년)만을 적용하여야 할 것이고, 그렇다면 이 건 부가가치세 부과처분은 그 부과제척기간을 경과한 후에 이루어진 것이어서 위법하다(이 건 법인세 및 종합소득세 부과처분도 이 건 부가가치세의 부과를 전제로 한 것이어서 동일하게 위법하다). (3) 설령 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 것으로 보아 청구법인에게 부가가치세와 법인세를 부과하여야 하더라도 청구인에게 쟁점거래대금 상당액이 사외유출된 것으로 볼 수 없다. 앞서 제시하였듯이 처분청은 쟁점매입처의 관할세무서장으로부터 받은 과세자료 외에 청구법인등이 쟁점매입처 등으로부터 쟁점거래의 대금을 반환받은 사실을 입증하지 못하였음에도 청구인이 쟁점거래의 대금을 반환받았다는 전제로 청구법인에 대한 소득금액통지를 거쳐 청구인에게 이 건 종합소득세 부과처분을 하였고, 이후 청구인이 그 부당함을 이유로 소득금액통지 금액의 감액 및 이 건 부과처분 상당액의 환급을 구하는 이 건 경정청구를 하였음에도 이를 거부한 처분은 근거과세원칙에 위배되므로 위법‧부당하다.
• 나. 처분청 의견 (1) 쟁점매입세금계산서는 실물 거래 없이 발급받은 것이므로 사실과 다른 것으로 보아야 한다. 처분청은 각 관할세무서장으로부터 쟁점매입처가 자료상에 해당하여서 쟁점매입세금계산서상의 재화를 공급할 수 있는 사업자가 아니라는 내용의 세무조사 결과를 통보받았다. 즉 관련 세무조사의 결과에 의하면 쟁점매입처1의 사업장은 상가 밀집지역의 좁은 도로가에 소재하여서 쟁점매입세금계산서1에 기재된 단관파이프의 거래단위(500개∼1,500개)를 보관할 야적장, 운송차량 등을 전혀 갖출 수 없는 곳이었고, 2014년 중의 매출액과 매입액 모두 가공인 전부 자료상이었다(이를 이유로 쟁점매입처1과 대표자인 F이 고발되었다). 또한 쟁점매입처2는 영위 업종(금형 제조업)과 쟁점매입세금계산서2에 기재된 재화(건축자재)가 서로 불일치하였고 쟁점매입처2에게 해당 재화를 공급하였다는 사업자(K)도 자료상으로 확정되었으며, 쟁점매입처2의 실행위자는 명의상의 대표이사(J)가 아니라 거짓세금계산서 수수 협의로 조세범칙 처분을 받은 이력이 있는 자(E)인 것으로 확인되었다. 나아가 청구법인을 비롯한 사업자가 쟁점매입처에 거래대금을 입금하면 유사한 금액이 다수의 개인 및 사업자 명의의 계좌로 입금되는 등 전형적인 자료상의 금융거래(정상거래임을 가장하기 위한 것)가 있었던 것으로 확인되었다. 한편 청구법인은 쟁점거래시 사업자등록증, 소속 직원의 명함 등을 받는 등 거래상대방의 확인을 위한 주의의무를 다하였다고 주장하나, 청구법인은 2007.6.20. 개업하여 오랫동안 건축자재 도매업을 영위하여서 해당 업종의 특성상 유통과정이 무질서한 사실을 충분히 알고 있었을 것인데도 각 사업장을 방문하여 쟁점매입처가 정상적인 사업자인지 여부를 확인하지 않은 것으로 보인다(만약 그 방문확인을 하였다면 쟁점사업장이 쟁점매입세금계산서에 기재된 재화를 공급할 능력이 없다는 사실의 확인이 가능하였을 것이다). 특히 쟁점거래2의 경우 쟁점매입처2의 소속 직원(E)이 청구법인을 방문하여 시작하였음이 관할세무서장(CC세무서장)의 세무조사 결과로 확인되었다. 따라서 처분청에서 쟁점매입세금계산서를 실물 거래 없이 수수된 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인에게 이 건 부가가치세 및 법인세를 부과한 이 건 처분은 적법‧정당하다. (2) 청구법인이 자료상인 쟁점매입처와 쟁점거래를 한 것은 부정행위에 해당하므로 10년의 부과제척기간을 적용하여야 한다. 청구법인은 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 것으로 보아야 하더라도 관련한 납세의무를 성실하게 이행하였을 뿐 쟁점매입세금계산서상의 부가가치세 납세의무를 면탈함으로써 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 인식이 없었으므로 부정행위를 한 것으로 볼 수 없다고 주장하나, 쟁점거래의 당사자인 청구법인과 쟁점매입처는 사실과 다른 쟁점매입세금계산서에 기재된 매입세액을 매출세액에서 공제받아 그 세액만큼의 국가수입을 면탈하거나(청구법인), 쟁점매입세금계산서의 매출세액을 포함하여 산출된 납부할 세액의 일부만 납부하거나 전액 미납부하여 그 부족세액만큼의 국가수입을 면탈하였는바(쟁점매입처), 쟁점거래를 통해 국가의 조세수입 감소가 초래되었다 할 것이어서 청구법인은 거짓세금계산서인 쟁점매입세금계산서를 수수하였다는 쟁점거래를 통해 부정행위를 한 것으로 보아야 하고 그렇다면 쟁점거래에 대하여 10년의 부과제척기간을 적용하여야 하므로, 이 건 부가가치세 부과 및 이에 따른 법인세와 종합소득세 부과는 국세 부과제척기간 이내에 이루어진 처분으로서 적법‧정당하다. (3) 쟁점매입세금계산서의 공급대가 상당액이 청구법인의 사외로 유출되고 그 귀속이 불분명한 이상 대표자인 청구인에게 귀속된 것으로 봄이 타당하다. 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 에서 법인의 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속에 따라 소득처분하되, 그 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 보도록 규정하고 있는바, 청구법인이 자료상인 쟁점매입처에 쟁점매입세금계산서의 공급대가를 송금함으로써 청구법인의 사외에 유출된 것이 분명하고 그 귀속이 불분명한 이상 위 규정에 따라 청구법인의 대표자인 청구인에게 상여로 소득처분하여야 한다 할 것이므로, 이에 따라 처분청이 청구법인에게 쟁점매입세금계산서의 공급대가 상당액을 청구인의 상여로 소득처분하는 통지를 한 후 청구법인의 원천징수 미이행에 따라 청구인에게 이에 대한 종합소득세를 부과하고 그 감액을 구하는 이 건 경정청구를 거부한 이 건 처분은 적법‧타당하다.

• 가. 쟁점

① 청구법인이 쟁점매입세금계산서를 실물 거래 없이 수취한 것(가공거래)으로 보아 청구법인에게 부가가치세와 법인세를 각 부과한 처분의 당부

② 10년의 부과제척기간을 적용한 처분의 당부

③ (예비적으로) 쟁점매입세금계산서의 공급가액 상당액이 청구인에게 사외유출된 것으로 본 이 건 경정청구 거부처분의 당부

• 나. 관련 법령 등: <별지2> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 확인한 사실관계는 아래와 같다. (가) AA세무서장이 처분청에게 송부하였다는 쟁점매입세금계산서1에 관한 세무조사 결과 및 과세자료의 주요 내용은 아래와 같다. 1) 쟁점매입처1은 2014.1.20.∼2015.9.30. 기간 중 OO광역시 OOO구 OOO에서 철강 및 건축자재 도매업을 영위하였고, 대표자는 F이다. 2) 쟁점매입처1의 사업장 소재지는 OO광역시 OOOO구OOO으로, 세무공무원의 현장확인 결과 OOO의 정문 앞에 상가가 위치하여 영위 업종(철강 등 도매업)을 위한 야적장, 운송차량 등의 설비를 갖출 수 없다. 3) AA세무서장이 대표자인 F에게 쟁점매입처1의 거래 전반에 대한 소명을 요청하였고, F은 거래처 1곳(주식회사 G)과의 업무상 메일의 복사본 및 거래명세서만을 제출하였다. 4) AA세무서장은 쟁점매입처1이 20개 매출처에 거짓 매출세금계산서를 발급한 것으로 보았고, 이 중 쟁점거래1에 대한 조사 내용을 보면, 쟁점매입처1이 청구법인에게 2014년 제2기 공급가액 OOO원 상당의 쟁점매입세금계산서1을 발급하였는데, 금융거래내역의 조회 결과 청구법인이 쟁점거래1의 매출대금을 입금한 후 단기간 내에 비슷한 액수로 여러 사업장(주식회사 H, 주식회사 I, 주식회사 G 등)에 출금되었으며, 쟁점매입처1이 쟁점거래1의 보관 또는 운송에 관한 대금지급 내역을 제출하지 않은 등의 사유로 쟁점매입세금계산서1을 실제 거래 없이 사실과 다른 세금계산서로 보았다. 5) AA세무서장은 쟁점매입처1이 세금계산서의 발급의무 위반 등을 한 것으로 보아 쟁점매입처1과 그 대표자 F을 관계 기관에 고발하고 쟁점매입세금계산서1 등 거짓세금계산서로 확인된 금액(쟁점매입처1이 2014년 제2기 부가가치세로 신고한 매출 OOO원 및 매입 OOO원 상당의 전부)에 대한 부가가치세를 경정하고 관련한 과세자료의 통보를 하였다. (나) BB세무서장이 처분청에게 송부하였다는 쟁점매입세금계산서1에 관한 세무조사 결과 및 과세자료의 주요 내용은 아래와 같다. 1) 쟁점매입처2는 2012.10.25.∼2019.5.13.(과세관청 직권폐업) 기간 중 경기도 OO시 OOO에서 건설가설재 도매업을 영위하였고, 대표자는 J이다. 2) BB세무서장의 현장확인 결과, 쟁점매입처2의 2017.3.30. 전 사업장 소재지는 경기도 OO시 OOO였는데 유치권 행사로 방치되어 있었고, 2017.3.30. 이후 사업장(같은 시 OOO)은 공부상 판넬형태의 단측주택인데 그곳에 대표자 등 임직원 또는 제조시설 및 세금계산서(쟁점매입처2가 발급한 것)상의 재화(가설재 등 건설부자재)가 없었으며, 다수인이 상주하고 있어서 그 지상건물이 사무실인지 거주지인지 구분할 수 없는 상태였다. 3) BB세무서장이 대표자인 J에게 쟁점매입처2의 거래 전반(주요 상품의 설명, 매입 경위 및 매입처, 시장 단가, 대금결제 등)에 대한 소명을 요청하였으나, J는 대부분의 거래를 직원(‘김부장’이라고 호칭하였다)이 하여서 잘 모르지만 본인(J)이 쟁점매입처2를 설립하였으므로 관련한 책임을 지겠다고 답변하였고, 거래증빙(매입‧매출을 입증할 수 있는 상품수불 내역, 재고자산 명세, 매출시 출고지시서, 화주가 발급하는 화물명세서, 매입시 수취하는 거래명세서 또는 물품인수증 등)을 제출하지 못하였다. 한편 쟁점매입처2에 대한 보충조사 결과, 쟁점매입처2가 주요 매출품목인 건설 가설재를 야적할 공간 또는 제조시설을 보유하지 않았고, 조사종결시까지 대표자 J 및 관련인에 대한 연락이 되지 않았는데, BB세무서장이 쟁점매입처2의 매출처 다수에 확인한 바에 의하면 해당 매출처들이 쟁점매입처2의 소속 직원인 E을 통해 쟁점매입처2와 거래하였다고 진술하였고, BB세무서장은 수사기관에서 E이 거짓 세금계산서 수수의 실행위자라는 혐의로 추가 고발의 요청을 받았음을 이유로 E을 쟁점매입처2가 발급한 매출세금계산서 중 2019년 제1기분의 실행위자로 보았다.

4. BB세무서장이 한 매출처 조사 중 청구법인에 대한 것은 아래와 같다. 가) BB세무서장의 쟁점매입세금계산서2 중 2018년 제2기분에 관한 조사 결과, BB세무서장은 해당 세금계산서에는 쟁점매입처2가 청구법인에게 건축자재(유로폼, 파이프 등)인 재화를 매출한 것으로 기재되어 있으나, 해당 재화는 쟁점매입처2가 다른 과세관청으로부터 자료상으로 확정된 ‘K’으로부터 매입한 것인데 관련 세금계산서가 거짓 세금계산서로 수수된 것으로 확정되었음을 감안하면 쟁점매입처2가 쟁점매입세금계산서2 중 2018년 제2기분에 기재된 위 재화를 실제로 매입한 것으로 볼 수 없고 그 매입 내역도 확인할 수 없는 것으로 보았다. 한편 BB세무서장의 금융현장 확인 결과, ㉠쟁점매입처2의 매출처가 쟁점매입처2 명의의 계좌로 세금계산서의 수수 시기의 앞뒤로 거래대금을 입금한 후 즉시 또는 수 시간 내에 자료상으로 확정된 K의 등록사업자 계좌(L 명의의 것)로 이체되었고, ㉡쟁점매입처2가 위 K의 등록사업자 계좌로 입금하면 즉시 다수의 개인 명의 계좌로 입금되거나 현금으로 출금된 것으로 확인되었으며, BB세무서장은 이러한 금융거래에 대하여 자료상 거래를 정상거래로 보이기 위한 가장행위로 보았다. BB세무서장은 이러한 조사결과를 근거로 쟁점매입세금계산서2 중 2018년 제2기분을 가공거래로 수수된 거짓 세금계산서로 보았다. 나) BB세무서장의 쟁점매입세금계산서2 중 2019년 제1기분에 관한 조사 결과, 청구법인이 해당 조사 당시 BB세무서장에게 증빙자료(전자세금계산서 사본, 금융증빙 및 거래명세표)를 제출하면서 쟁점거래2 중 해당 거래가 실제 거래임을 주장하였으나, BB세무서장은 청구법인이 실제 거래임을 입증할 만한 증빙자료(운송 및 화물인수증, 쟁점매입처2로부터 쟁점매입세금계산서2 중 2019년 제1기분에 기재된 품목을 매입한 내역)를 제출하지 않았고 앞서 제시된 자료상의 금융거래 방법(청구법인이 쟁점매입처2에게 1회 OOO원 상당의 거래대금을 입금하였으나 그 입금 즉시 K의 등록사업자 계좌로 이체되었다)으로 거래대금이 수수되었다는 이유로 쟁점매입세금계산서2 중 2019년 제1기분도 가공거래로 수수된 거짓 세금계산서로 보았다. 5) BB세무서장은 쟁점매입처2가 세금계산서의 발급의무 위반 등을 한 것으로 보아 쟁점매입처2와 대표자 J를 관계 기관에 고발하고 쟁점매입세금계산서2 등 거짓세금계산서로 확인된 금액(쟁점매입처1이 2018년 제2기 및 2019년 제1기 부가가치세로 신고한 매출‧매입의 합계 OOO원 중 95.6% 상당인 OOO원)에 대한 부가가치세를 경정하고 관련한 과세자료의 통보를 하였다.

(2) 청구법인등이 제출한 심리자료는 아래와 같다. (가) 청구법인등은 각 관할세무서장 및 수사기관이 쟁점매입처에 대한 조사 당시 해당 관할세무서장 및 수사기관에 실지거래에 관한 자료(이를 요약하면 아래 <표1> 기재와 같다)를 제출하였고, 이 건 이의신청 당시 처분청에게 해당 자료를 제출하였으며, 이 중 청구인이 BB세무서장의 쟁점매입세금계산서2 중 2019년 제1기분에 대한 조사 당시 세무공무원에게 한 문답 내용을 보면, 청구인은 2018 11월 중 쟁점매입처2와의 첫 거래가 있기 10일 전쯤 쟁점매입처2 소속 직원이 청구법인에 방문하여 거래를 개시하여 2019년 1월까지 거래하였고, 해당 직원의 이름은 E이고 해당 직원으로부터 그 직원의 명함과 쟁점매입처2의 사업자등록증을 받았으며, 처분청에 실지거래에 관한 증빙으로 쟁점매입세금계산서2 중 2019년 제1기분과 거래명세표 1매를 제출하였고, 그 거래대금은 청구법인이 쟁점매입세금계산서2에 기재된 물품이 청구법인에 도착하면 결제하였고 이에 대한 증빙으로 이체내역 1매와 통상사본 1매를 제출한 것으로 기재되어 있다. <표1> 청구법인등이 쟁점매입처에 대한 조사 및 수사 당시 제출한 자료 (나) 청구법인등은 2022.5.16. 처분청으로부터 쟁점매입세금계산서에 관한 소명 요청을 받고 2022.5.23. 처분청에 27쪽 분량의 입증자료(이를 요약하면 아래 <표2> 기재와 같다)를 제출하였다고 주장하면서, 해당 입증자료를 제출하였다. <표2> 청구법인이 제출한 해명자료 목록 (다) 청구법인등이 이 건 이의신청시 처분청에 제출한 자료 등은 아래와 같다. 1) 청구법인등은 쟁점매입처로부터 매입한 상품을 전액 실제로 매출하였다고 주장하면서 상품의 계정과목과 그 금액이 표시된 2018∼2023사업연도 기간의 재무상태표 해당 부분을 제출하였고, 이를 보면 각 사업연도별로 평균 OOO원 상당(최소 OOO원 및 최대 OOO원으로, 2020년말부터는 OOO원 이상)의 상품의 재고자산 기말잔액이 있었던 것으로 나타난다. 2) 청구법인등은 2014.7.22.∼2014.10.23. 기간 중 쟁점매입처1로부터 쟁점매입세금계산서1를 수취하고 매입한 재화를 2014.7.22.∼2014.10.29. 기간 중 인테크인테리어 등의 매출처에게 48회에 걸쳐 매출하였고 처분청이 그 매출내역에 대해서는 아무런 문제를 제기하지 않았다고 주장하면서 매출내역(표), 매출세금계산서 및 전자거래명세서를 제출하였다. 3) 청구법인등은 2018.11.5.∼2019.1.5. 기간 중 쟁점매입처2로부터 쟁점매입세금계산서2를 수취하고 매입한 재화를 매출하였다고 주장하면서, 쟁점매입처2가 2018.10.31. 발급받았다는 납세증명서, 쟁점거래2로 매입한 재화를 매출한 거래 중 일부(2018.11.5.∼2018.11.9. 기간에 대한 것)에 관한 재품의 인수 증빙(상차 사진 및 기사의 문자메시지, 매출처의 발주서 및 인수증)을 제출하였다.

(3) 청구법인등은 2025.9.30. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 당초 청구주장과 같은 취지의 진술과 더불어, 쟁점거래로 매입한 재화의 전부를 3개월 이내에 기매입한 다른 재화(단관파이프, 합판 등)를 포함하여 매출하였고, 각 부가가치세 과세기간별로 총 매입액 중 쟁점거래분의 비율이 1% 내외에 불과하다고 주장하면서, <별지3> 기재와 같은 쟁점거래1‧2별 매입‧매출 내역 및 각 부가가치세 과세기간별 쟁점거래 내역(표)와 부가가치세 신고서를 각각 제출하였다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점매입처의 관할세무서장으로부터 받은 과세자료를 근거로 청구법인이 자료상인 쟁점매입처로부터 실물 거래 없이 쟁점매입세금계산서를 발급받았다고 보아 청구법인에게 부가가치세와 법인세를 각각 부과하였는데, 위 과세자료에 의하면 쟁점매입처가 쟁점매입세금계산서에 기재된 재화(단관파이프, 합판 등)를 적재할 만한 야적장이 없고 쟁점매입세금계산서 등 사실과 다른 세금계산서를 수수한 혐의로 형사고발된 점 등에 비추어 쟁점매입처가 청구법인에게 쟁점매입세금계산서에 기재된 재화를 공급한 것으로 볼 수는 없다 할 것이므로, 처분청이 쟁점매입세금계산서를 공급하는 자가 잘못 기재된 것으로 보아 청구법인에게 부가가치세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 그러나 청구법인등이 제출한 쟁점거래가 이루어진 부가가치세 과세기간별(2014년 제2기, 2018년 제2기 및 2019년 제1기) 매입‧매출 내역에 의하면 청구법인이 쟁점거래로 매입한 재화를 기매입한 다른 재화를 포함하여 전부 매출한 것으로 나타나는 점, 처분청이 쟁점거래와 관련한 매출에 대해서는 부인한 사실이 없는 점, 위 과세자료에서 쟁점매입처의 관할세무서장이 금융거래 조사로 확인하였다는 회전거래를 통하여 청구법인이 쟁점거래대금을 돌려받은 사실은 확인되지 않은 점(쟁점거래가 실물 거래 없이 쟁점매입세금계산서만을 수수할 목적이었다면 쟁점거래대금의 회수 사실로 그 목적이 뒷받침되었을 것이다) 등에 비추어 청구법인은 쟁점매입처 외의 다른 매입처로부터 쟁점매입세금계산서상의 재화를 매입하여 매출한 것으로 봄이 타당하다 할 것이므로, 처분청이 쟁점매입세금계산서의 공급가액 상당액을 손금불산입하여 청구법인에게 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 및 제1호의2에서 납세자의 부정행위로 국세 및 부가가치세법 제60조 제3항 에 따른 가산세를 부과하는 경우에는 부과제척기간을 10년으로, 이외에 과소신고 등의 경우에는 부과제척기간을 5년으로 각각 규정하고 있고, 납세자가 거짓 세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제받은 경우 그러한 행위가 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 및 제1호의2에 따른 부정행위에 해당하기 위해서는 거짓 세금계산서를 수수한 당사자에게 그에 따른 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 인식이 있어야 할 것이고(거짓 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈하는 것 등), 납세자가 사실과 다른 세금계산서를 수수하였더라도 관련 당사자들이 부가가치세를 신고‧납부하는 과정에서 국가의 조세수입 감소를 가져오지 않았다면 부정행위에 해당되지는 않는다 할 것인바, 쟁점매입처가 쟁점매입세금계산서에 기재된 부가가치세를 포함하여 각 과세기간에 대한 신고를 하였으나 무납부 또는 과소납부하였고 청구법인도 그 매입세액을 매출세액에서 공제받은 점, 쟁점매입처가 쟁점거래 외에 나머지 대부분의 매출‧매입을 실물 거래 없이 가공으로 세금계산서를 수수함으로써 관계 기관에 고발되었고 청구법인도 쟁점매입처가 쟁점매입세금계산서에 기재된 재화의 실제 공급자인지 충분히 확인하지 않음으로써 결과적으로 자료상 혐의로 고발된 쟁점매입처와 쟁점거래를 하게 된 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점매입처로부터 쟁점매입세금계산서를 발급받은 것에 대하여 부정행위가 없었다고 보기는 어려워 보이므로, 처분청이 이에 대하여 10년의 부과제척기간을 적용하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 앞서 쟁점①에서 처분청이 쟁점매입세금계산서의 공급가액 상당액을 손금불산입하여 청구법인에게 법인세를 부과한 처분에 잘못이 있다고 본 이상, 처분청이 위 처분에 근거하여 쟁점매입세금계산서의 공급가액과 매입세액 상당액을 청구인의 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지한 것과 관련하여 청구법인이 법인세(근로소득세 원천징수분)를 수정신고‧납부한 후 청구인이 그 납부세액 상당의 종합소득세 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호와 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 쟁점매입세금계산서 발행 내역(표, 청구법인등이 정리한 것)

① 쟁점매입세금계산서1

○○○

② 쟁점매입세금계산서2

○○○ <별지2> 관련 법령

(1) 국세기본법(2019.12.31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것) 제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. 제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. (단서 생략)

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(괄호 생략). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(괄호 생략)으로 한다. 1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간

• 가. 소득세법 제81조 제3항 제4호
• 나. 법인세법 제75조 의 8 제1항 제4호
• 다. 부가가치세법 제60조 제2항 제2호 ㆍ제3항 및 제4항

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간(역외거래의 경우 10년간)

3. 제1호ㆍ제1호의 2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간(괄호 생략) (2) 국세기본법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30400호로 일부개정되기 전의 것) 제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위"란 조세범 처벌법 제3조 제6항 에 해당하는 행위를 말한다.

(3) 조세범 처벌법 제3조(조세 포탈 등) ⑥ 제1항에서 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

4. 재산의 은닉, 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6. 조세특례제한법 제5조의2 제1호 에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위

(4) 부가가치세법(2019.12.31. 법률 제16845호로 개정되기 전의 것) 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제60조(가산세) ②사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다.

2. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 공급가액의 2퍼센트. (단서 생략)

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서등에 적힌 금액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서등에 적힌 금액의 3퍼센트

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우: 그 공급가액의 2퍼센트

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 공급가액의 2퍼센트

5. 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서등의 공급가액을 과다하게 기재한 경우: 실제보다 과다하게 기재한 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

6. 재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서등을 발급받은 경우: 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

④ 사업자가 아닌 자가 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서를 발급하거나 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급받으면 사업자로 보고 그 세금계산서에 적힌 공급가액의 3퍼센트를 그 세금계산서를 발급하거나 발급받은 자에게 사업자등록증을 발급한 세무서장이 가산세로 징수한다. (후단 생략)

(5) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 일부 개정된 것) 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고·결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)‧배당‧기타사외유출(其他社外流出)‧사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 국세기본법 제45조 에 따른 수정신고 (6) 법인세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30396호로 일부개정되기 전의 것) 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. (후단 생략).

1. 익금에 산입한 금액(괄호 생략)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 <별지3> 청구법인등이 2025.9.30. 개최된 조세심판관회의에서 추가로 제출한 증빙자료 등