청구법인의 창업중소기업에 해당하지 않는 것으로 보아 창업중소기업 세액감면을 부인한 처분의 당부

• 가. 청구법인은 2021.1.27. 강원특별자치도 강릉시 OOO에서 설립(주업종: 제조업/원시가공, 부업종: 도소매,창고업/수산물 무역,보관 및 전자상거래)된 법인으로, 2021∼2023사업연도에 청구법인이 제조업을 영위한 것으로 보아조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제6조의 창업중소기업에 대한 세액감면 및 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하여 법인세를 신고하였다.
• 나. OO지방국세청장(이하 “감사청”이라 한다)은 2024.8.26.부터 2024.9.12.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시하여, 청구법인이 제조업이 아닌 도소매업을 영위한 것으로 보아 청구법인이 적용한 ① 창업중소기업에 대한 세액감면을 배제하고(감면비율: 50%→0%) ② 중소기업에 대한 특별세액감면 중 감면비율을 변경(감면비율: 30%→10%)하여 2021∼2023사업연도 법인세를 경정할 것을 지적하였고, 이에 따라 처분청은 2025.1.24. 청구법인에게 2021∼2023사업연도 법인세 합계 OOO원(<표1> 참조)을 경정·고지하였다. <표1> 법인세 신고 및 경정내역

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• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 제조업을 영위한 것으로 보아야 하므로 처분청이 창업중소기업에 대한 세액감면을 배제하거나 중소기업에 대한 특별세액감면 중 감면 비율을 변경한 당초 처분은 위법하고 부당하다.

(1) 청구법인은 수산물을 구입하여 가공설비가 있는 가공업체에 염장 등 가공을 의뢰하여 이를 인수한 후 거래처에 납품하였다.

(2) 청구법인은 조특법 시행규칙 제4조의2에 따른 제조업을 영위한 것으로 보아야 하므로, 처분청이 창업중소기업에 대한 세액감면을 배제하거나 중소기업에 대한 특별세액감면 중 감면 비율을 변경한 당초 처분은 위법하고 부당하다.

• 나. 처분청 의견 청구법인은 제조원가명세서상 외주가공비를 계상하지 않았고 관련 매입세금계산서를 수취한 사실도 없어 제조업을 영위하였다고 보기 어렵고, 청구법인이 창업한 것으로 볼 수도 없어 당초 처분 정당하다.

(1) 청구법인은 제조원가명세서상 외주가공비를 계상하지 않았고, 외주가공 관련하여 매입세금계산서를 수취한 사실도 없으므로 외주가공하여 판매하였다는 청구법인의 주장은 설득력이 없으며, 생산할 제품을 직접 기획하지도 않고 해당 제품을 자기 명의로 제조하지 아니하였으므로 유사 제조업을 영위하였다는 청구주장 또한 이유 없다.

(2) 청구법인은 어업회사법인 주식회사 B(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 공동대표였던 A이 설립하였고, B과 동일 사업장에서 동일한 업종을 영위하고 있으며, 청구법인의 주주 구성 등을 고려할 때 창업한 것으로 볼 수 없으므로, 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 배제한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 도소매업을 영위한 것으로 보아 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 배제하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 처분청은 청구법인이 외주가공비로 지출한 사실이 없다며 제조원가명세서를 제출하였고 아래 <표2>와 같다. <표2> 제조원가명세서

○○○ (나) 처분청은 청구법인과 쟁점법인이 동일 사업장이고 청구법인이 창업하였다고 볼 수 없다며 청구법인의 사업장 임대차계약서를 아래 <표3>과 같이 제출하였다. <표3> 청구법인 임대차 계약서

○○○ (다) 청구법인과 쟁점법인의 법인등기사항전부증명서상 목적과 임원에 관한 사항은 아래 <표4>와 같다. <표4> 법인등기사항전부증명서상 목적 및 임원 사항 발췌

○○○ (라) 청구법인의 주업종과 부업종 내역은 아래 <표5>와 같다. <표5> 청구법인의 주업종과 부업종 내역

○○○ (마) 청구법인은 외부업체에 외주임가공 등을 의뢰하였다며 ‘OEM 공급계약서’, 매입․매출장(요약본) 등을 증빙으로 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 가공업체에 염장 등 가공을 의뢰하여 이를 인수한 후 거래처에 납품하는 방식으로 제조업을 영위하였으므로 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 적용하여야 한다고 주장하나, 청구법인은 쟁점법인의 공동대표였던 A이 설립하였고, 쟁점법인과 동일 사업장에서 동일한 업종을 영위하고 있으며, 청구법인의 주주 구성 등을 고려할 때 ‘창업’한 것으로 보기 어려운 점, 청구법인은 가공업체에 외주임가공 등을 의뢰하였다며 ‘OEM 공급계약서’를 제출하였으나, 상기 계약서 제1조에는 “갑은 을에게 OEM으로 생산할 제품의 크기, 색상, 디자인, 포장방법 등 제품 사양을 제공하고 을이 별도로 협의하여 결정한다.”고 단순히 기재되어 있을 뿐이어서, 수산물 가공에 관한 계약서로 보기에 부족해 보이는 가운데, 청구법인은 이외 직접 기획한 것을 외주가공을 통해 제조업을 영위하였다고 볼만한 자료를 제시하지 아니한 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인에 대하여 조특법 제6조 등에서 규정하는 요건에 부합하지 아니한 것으로 보아 관련 세액감면을 배제하거나 감면비율을 변경하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.