쟁점건물을 신축하여 마트와 주차장으로 함께 사용하는 경우 공통매입세액을 안분함에 있어 주차장은 별도 사업장이므로 주차장 사용면적 전체를 과세사업면적에 포함시켜야 한다는 청구주장의 당부 등

[주 문] OOO세무서장이 2025.3.7. 청구법인에게 한 2023년 제2기분 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소하고, 나머지 청구는 이를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 ○○도 OOO 소재 토지에 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 2023년 12월에 신축(준공)한 후 건축비와 관련한 부가가치세 매입세액 OOO원(이하 “쟁점공통매입세액”이라 한다)에 대하여 쟁점건물을 마트(이하 “쟁점마트”라 한다)와 주차장(이하 “쟁점주차장”이라 한다)으로 사용함에 따라 과세사업(쟁점마트 중 과세분, 쟁점주차장)과 면세사업(쟁점마트 중 면세분)을 면적을 기준으로 안분하여 2023년 제2기분 부가가치세를 신고하였다. <표1> 쟁점건물 사용면적 현황

○○○ <표2> 청구법인의 당초 신고내역

○○○

• 나. ○○지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024년 4월 청구법인이 신고한 2023년 제2기 부가가치세를 검토한 결과 쟁점공통매입세액을 안분함에 있어 쟁점주차장 면적을 분모에서 제외하여야 한다고 보아 청구법인에게 수정신고를 안내하였고, 이에 따라 청구법인은 2024.9.3. 쟁점건물에 대한 불공제매입세액을 재안분(수정신고)하여 OOO원(가산세 포함)을 납부하였다.
• 다. 이후 청구법인은 쟁점매입세액 안분시 쟁점주차장을 분모에 포함하여야 한다고 보아 2024.11.7. 경정청구를 하였고, 이에 대하여 처분청은 2025.1.15. 경정청구 거부처분을 하였다.
• 라. 한편, 조사청은 경정청구거부처분과 별도로 쟁점매입세액을 아래와 같이 재계산하여 과세자료를 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2025.3.7. 2023년 제2기분 부가가치세 OOO원을 청구법인에게 경정·고지하였다.

• 아 래-

(1) (1차 안분) 쟁점매입세액 중 쟁점마트와 쟁점주차장을 면적기준으로 안분함

○○○

(2) (2차 안분) 쟁점마트 관련 세액을 과·면세사용면적을 기준으로 안분하여 불공제세액을 산정하였고, 쟁점주차장 관련 세액은 주차장 사용과 관련한 공급가액이 확인되지 않으므로 쟁점마트 고객들이 쟁점주차장을 이용하고 있는 점을 고려하여 2023년 제2기 쟁점마트의 과세분 공급가액과 면세분 공급가액 및 쟁점주차장의 예정공급가액(청구법인이 당초 신고시 제출한 금액)을 이용하여 안분계산함

○○○

• 마. 청구법인은 경정청구 거부처분과 부과처분에 불복하여 2025.4.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 이 건 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다. (가) 청구법인은 ○○도 OOO 도시계획 중 지구단위계획에 따라 인근 OOO 주차난 해결을 위해 자동차 관련시설 용지인 주차장 용지에 주차전용 건축물을 신축하였다. 지방자치단체의 공익목적에 부합하고 주차전용으로 용도가 제한되는 건축물을 신축하여 주차장업을 위탁운영하고 있다. 이와 함께 주차전용건물을 건축하면서 건축법으로 제한된 30% 범위내에서 쟁점마트를 설치운영 중이다. 따라서 쟁점마트의 부수적인 주차장이 아닌 별개의 사업영역으로 쟁점주차장을 부가가치세 과세사업으로서 영위하고 있는 것이다. (나) 청구법인의 정관 및 법인등기부에 ‘주차장운영업’이 주된 사업목적으로 등재되어 있고 사업자등록증에도 주차장업이 별도 업종으로 표기되어 있다. 청구법인은 건축법에 따라 쟁점건물 중 70% 이상을 쟁점주차장으로 사용하고 있고, 쟁점마트는 30% 범위 내에서 운영하고 있으므로 쟁점주차장을 일반주차장과 달리 볼 이유가 없다. (다) 청구법인은 쟁점주차장을 ○○도 OOO에 조성될 OOO와 OOO의 주차장 수요 문제를 해결하기 위해 건설하였고 쟁점주차장을 월 매출 OOO원을 예상하고 A㈜와 위탁운영계약을 통해 운영하고 있으므로 쟁점주차장을 쟁점마트와 별개 사업장으로 보아야 하며, 이 경우 쟁점공통매입세액을 안분계산함에 있어 쟁점주차장을 별개의 과세사업으로 보아 매입세액을 공제하여야 할 것이다.

(2) 설령 쟁점공통매입세액을 안분계산함에 있어 쟁점주차장을 쟁점마트 고객들이 사용하는 사실을 감안하여 쟁점마트와 함께 안분계산하여야 한다하더라도 쟁점쟁점주차장과 관련한 불공제매입세액은 쟁점마트의 과·면세 사용면적을 기준으로 산정하여야 하고, 처분청과 같이 쟁점마트의 2023년 제2기 과·면세 공급가액과 쟁점주차장의 예정공급가액을 사용하여 계산하는 것은 위법·부당하다. (가) 처분청은 쟁점공통매입세액을 면적을 기준으로 하여 쟁점마트 관련 세액과 쟁점주차장 관련 세액으로 1차 안분한 후 2차 안분계산시 쟁점마트 관련 세액은 쟁점마트 사용 면적 중 과세매출구역의 면적과 면세매출구역의 면적을 기준으로 안분하였으나, 쟁점주차장 관련 세액의 경우 2차 안분하면서 쟁점마트의 2023년 제2기 과·면세 공급가액과 쟁점주차장의 예정공급가액을 기준으로 사용하였다. (나) 부가가치세법 시행령제81조 제1항은 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액의 경우 공급가액에 따르도록 하고 있고, 공급가액이 없는 건축물 등의 경우 같은 조 제4항에 따라 면적기준을 우선 적용하도록 하고 있다. 그럼에도 불구하고 처분청은 1차 안분계산과 2차 안분시 쟁점마트 관련 세액은 모두 면적기준을 적용하였으면서도 쟁점주차장 관련 세액을 2차 안분할 때에만 공급가액 기준을 적용함으로써 논리적·법리적으로 맞지 않는 불공제세액을 산정하였다. (다) 처분청이 쟁점주차장 관련 세액을 안분하면서 적용한 청구법인의 2023년 제2기 과·면세 공급가액을 살펴보면, 청구법인이 2023년 12월에 쟁점마트를 오픈하면서 영업기간은 12일에 불과하고, 그나마도 오픈 초기 할인행사와 홍보를 위하여 비정상적인 매출이 발생한 것임에도 이를 정상매출로 보아 쟁점주차장의 2차 안분계산에 사용하는 오류를 범하였다. 이는 처분청이 1차 안분계산시 쟁점마트의 과·면세 공급가액을 사용하지 않고 면적기준을 사용하였다는 사실과 배치되는 것이다. (라) 앞서 설명한 바와 같이 처분청은 쟁점주차장 관련 세액을 안분함에 있어서 쟁점마트의 2023년 12월에 12일간 발생한 과·면세 공급가액을 안분기준으로 사용하였으나, 쟁점주차장과 관련한 매출은 2023년에 발생한 사실이 없으므로 (쟁점마트 매출이 정상매출인지 여부와 상관없이) 공급가액을 기준으로 사용할 수 없다. 오히려 처분청이 쟁점주차장을 쟁점마트 고객들이 주로 사용하는 시설이라고 보고 있는 점을 감안할 때 쟁점마트 관련 세액을 2차 안분계산할 때 적용하였던 것과 같이 면적 기준을 적용하여야 할 것이다. (마) 더욱이 처분청이 쟁점마트의 공급가액과 함께 쟁점주차장의 예정공급가액을 함께 안분기준으로 사용한 것은 법령에 근거를 찾아보기 어려운 위법·부당한 처분이다.

(3) 처분청은 청구인이 조사청의 수정신고 안내에 따라 수정신고를 완료하고 추가 납부세액을 납부한 사실을 확인하여 수정신고가 적정하다는 견해표명을 하였으나, 이후 이건 부과처분을 하였으므로 이는 국세기본법제15조 신의성실원칙에 반하는 위법한 처분에 해당한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 처분청은 쟁점주차장을 쟁점마트의 공용시설로 보지않고 쟁점마트와 별개의 사업장이지만, 쟁점마트와 공간적으로 구분되어 있지 않고, 쟁점마트 고객에게 일정한 무료주차를 제공하고 있어 쟁점주차장이 쟁점마트의 원활한 운영을 위한 것으로 보아 쟁점매입세액이 쟁점마트와 쟁점주차장 모두와 관련된 공통매입세액에 해당한다고 판단하여 경정청구 거부처분을 하였다. (2) 쟁점주차장 관련 세액을 2차 안분계산하면서 쟁점마트의 공급가액과 쟁점주차장의 예정공급가액을 기준으로 하여 계산한 것은 정당하다. (가) 예규(법규과-261, 2009.10.7. 외 다수)에서 병원 신축건물의 매입세액 공제시 1차로 실지귀속에 따라 안분하여 계산하고, 2차로 실지귀속이 불분명한 경우 과·면세 공급가액 비율로 안분하고 있으므로 처분청도 2023년 12월 신축되어 실지귀속이 확인되는 쟁점마트와 쟁점주차장의 면적을 기준으로 1차 안분계산을 한 후 쟁점주차장 관련 세액은 쟁점주차장을 쟁점마트 고객(과·면세)과 그 외 고객(과세)이 사용하고 있으나 그 주차장 사용면적을 구분할 수 없으므로(실지귀속이 불분명) 예정공급가액을 이용하여 2차 안분계산을 하였다. (나) 쟁점마트의 2023년 제2기 과·면세 공급가액 비율을 보면 과세 39.9%, 면세 60.1%이고, 2024년 제1기 과·면세 공급가액 비율을 보면 과세 38.6%, 면세 61.4%로 나타나 2023년 제2기 공급가액이 정상매출에 해당하지 않는다는 청구주장은 타당하지 않다. (다) 처분청은 청구법인이 쟁점주차장의 위탁업체와 작성한 계약서에 따른 예정공급가액(OOO원)을 쟁점주차장의 안분기준으로 사용한 것이므로 쟁점주차장의 공급가액이 발생하는 기간에 추후 정산하면 될 것이다.

(3) 과세관청은 청구법인의 수정신고를 적정하다고 통지하였을 뿐이고, 청구법인 당초 신고와 수정신고시 쟁점주차장의 안분계산 방식을 달리한 사실을 감안할 납세자인 청구법인에게 귀책사유가 없다고 할 수 없는 등 신의성실의 원칙에 위배되지 않으며 청구법인의 신고에 누락된 불공제액을 추가로 고지하였을 뿐이므로 이중과세에도 해당하지 않는다.

• 가. 쟁점

① 쟁점건물을 신축하여 마트와 주차장으로 함께 사용하는 경우 공통매입세액을 안분(면적기준)함에 있어 주차장은 별도 사업장이므로 주차장 사용면적 전체를 과세사업면적에 포함시켜야 한다는 청구주장의 당부

② 쟁점건물 공통매입세액을 안분계산함에 있어 주차장 관련 공급가액이 확인되지 않으므로 공통매입세액도 마트의 과면세 사용 면적 비율을 적용하여 안분하여야 한다는 청구주장의 당부

③ 쟁점부동산에 대한 공통매입세액 안분계산을 다시 하여 추가 고지한 것은 신뢰보호원칙에 반한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 “공통매입세액 안분기준”이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. (2) 부가가치세법 시행령 제81조(공통매입세액 안분 계산) ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. 면세사업등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 전 사업장의 면세공급가액 전 사업장의 총공급가액

④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항 제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조 제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2022.4.15. 슈퍼마켓업을 목적사업으로 하여 설립되었고, 쟁점건물을 2022년 4월에 착공하여 2023년 12월에 준공하였으며, 쟁점건물의 현황(층별 용도 및 면적구분 등)은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점건물 현황

○○○ (나) 청구법인의 법인등기부를 보면 주차장업이 2022.7.12. 추가된 것으로 확인되고, 청구법인은 슈퍼마켓 판매업과 주차장업을 각각 별도로 사업자등록신고한 것으로 나타난다. <표4> 청구법인 등기부 중 일부

○○○ (다) 청구법인은 A㈜와 쟁점주차장 관리용역계약을 체결하였고, 계약서는 아래 <표5>와 같다. <표5> 쟁점주차장 관리용역계약

○○○ (라) 쟁점건물에 붙어 있는 쟁점주차장 이용 안내문(<표6>)을 보면 쟁점마트를 이용하는 고객에게 무료주차를 제공하고 있는 사실이 나타난다. <표6> 쟁점건물 내 주차장 이용안내

○○○ (마) 청구법인은 쟁점②와 관련하여 쟁점주차장이 쟁점마트 고객을 위해 사용되고 일반 사용자의 매출은 거의 없다는 증빙으로 아래 <표7>과 같이 주차요금 매출자료를 제출하였다. <표7> 쟁점주차장의 주차요금 현황

○○○ (바) 쟁점건물의 앞·뒷면 사진(로드뷰)은 아래 <표8>과 같다. <표8> 쟁점건물 사진

○○○ (사) 청구법인이 이 건 고지처분이 신뢰보호원칙 등에 반한다는 주장과 함께 제출한 쟁점공통매입세액 신고 및 고지처분 내역 등은 아래 <표9>와 같다. <표9> 쟁점공통매입세액 관련 신고 및 고지처분 등

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점주차장이 과세사업장에 해당하므로 쟁점건물과 관련한 쟁점공통매입세액 안분계산시 쟁점주차장 면적 전체를 과세사업장으로 매입세액을 공제해야 한다고 주장하나, 쟁점주차장은 쟁점마트와 같이 쟁점건물 내에 위치하고, 쟁점마트 고객 이외의 고객이 이용한 사실이 확인되지 않으며, 쟁점마트 고객에 한하여 주차요금을 2시간까지 무료로 제공하고 있고, 쟁점건물 사진(로드뷰)을 보면 주변에 나대지가 많아 유료주차장인 쟁점주차장을 이용할 유인이 적어보이는 등 쟁점주차장이 사실상 쟁점마트의 고객만을 위한 전용주차장에 해당한다고 보이므로 쟁점공통매입세액 안분계산시 쟁점주차장 면적 전체를 과세면적으로 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점공통매입세액 중 쟁점주차장과 관련한 공통매입세액의 불공제액을 계산함에 있어 쟁점마트의 ‘면세공급가액/(쟁점마트의 공급가액+쟁점주차장의 예정공급가액)’ 비율을 이용하였으나, 부가가치세법 시행령제81조 제1항과 같은 조 제4항에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우로서 건물 또는 구축물을 신축하였으나 해당 과세기간 중 과·면세사업의 공급가액 중 어느 한쪽이 없는 공통매입세액은 예정사용면적의 비율을 매입가액의 비율이나 예정공급가액의 비율에 우선하여 적용하고 이후 사용면적의 비율이 확정되는 때에 사용면적을 기준으로 정산한다고 규정하고 있는바, 쟁점건물의 신축과정에서 발생한 쟁점공통매입세액은 발생한 각 과세기간마다 예정사용면적 비율에 따라 안분하여야 하고, 쟁점건물의 사용면적 비율이 확정되는 2023년 제2기에 이를 정산하여야 하므로 쟁점주차장과 관련한 공통매입세액 불공제액을 산정함에 있어 쟁점마트의 불공제액을 산정할 때와 마찬가지로 ‘쟁점마트의 면세면적/쟁점마트의 전용면적’ 비율을 이용하여야 하고, 쟁점건물 신축 이후에 발생한 쟁점마트의 공급가액을 쟁점건물 신축시 발생한 공통매입세액 안분계산에 사용할 수 없는 것으로 보이므로 이 건 부가가치세 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 부가가치세 부과처분이 신뢰보호원칙에 반한다고 주장하나, 신뢰보호원칙은 과세관청의 공적견해표명 등을 전제로 주장할 수 있는 것이나 이 건과 관련하여 과세관청의 공적견해표명이 있었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.