조세심판원 심판청구 법인세

미환류소득 산정시 이월결손금 중복 차감 가능여부

사건번호 조심-2025-중-1862 선고일 2025.07.21

합병으로 승계한 이월결손금을 미환류소득 산정시 재차 차감할 수 없음

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 1992.11.27. 설립되어 전자제품용 원자재를 생산하는 회사로, 2015.12.18. A 주식회사(이하 “피합병법인”이라 한)를 흡수합병하면서 이월결손금을 승계하였다. 청구법인은 2017사업연도 법인세 신고 후 승계한 이월결손금 잔액 OOO원(이하 “쟁점이월결손금”이라 한다)을 2018사업연도 ‘미환류소득에 대한 법인세’ 신고 시 기업소득에서 차감한 후, 2019사업연도 미환류소득에 대한 법인세 신고 시 다시 그 금액을 기업소득에서 차감하였다.
  • 나. OO지방국세청장은 청구법인의 미환류소득에 대한 법인세 신고내용을 검토하여, 청구법인이 2018사업연도의 기업소득에서 이미 차감한 쟁점이월결손금을 2019사업연도의 기업소득에서 재차 차감한 것은 잘못이라는 내용의 검토결과를 통보하였고, 이에 따라 처분청은 쟁점이월결손금을 2019사업연도의 기업소득에 더하여 2025.3.12. 청구법인에게 2019사업연도 미환류소득에 대한 법인세 OOO원(가산세 OOO원이 포함된 금액임)을 경정․고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 미환류소득에 대한 법인세 추가 납부 취지에 따라 피합병법인으로부터 승계하여 공제되지 않은 이월결손금은 재차 차감이 가능하다. 법인세와는 별개로 미환류소득에 대한 법인세 추가 납부 제도는 ‘기업의 소득을 투자, 임금 증가 등으로 활용하도록 하여 기업소득과 가계소득 간의 선순환을 유도한다’는 독립된 취지를 가지고 있으므로, 이월결손금으로 인하여 환류 여력이 없는 경우까지 법인세 과세표준 산정 방식을 들어 이월결손금 재차 차감의 적용을 부인하는 것은 기업소득·가계소득 간 선순환 유도 취지인 미환류세제 제도의 취지에 반하는 결과를 초래한다.

(2) 미환류소득 계산 시 차감하는 이월결손금은 조세특례제한법 시행령(이하 “조특법 시행령”이라 하고, 해당 본법을 “조특법”이라 한다) 제100조의32 제4항에 따라 계산하여야 함에도 각 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세표준 계산 시 적용되는 법인세법제13조의 이월결손금 공제 규정을 합리적인 이유없이 확장하여 적용하는 것은 조세법률주의에 반하므로 위법하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 미환류소득에 따른 법인세 산정에 관한 법령에 따르면, 승계한 이월결손금을 매 사업연도에 계속 재차 차감할 수 없다. 조특법상 투자‧상생협력촉진세제는 기업의 소득을 투자‧임금 증가 등으로 활용하도록 하여 기업소득과 가계소득 간 선순환을 유도하기 위한 것으로, 미환류소득의 계산은 각 사업연도 소득에 국세 환급이자 등을 가산하고 이월결손금 등을 차감하여 지출 가능한 금액(기업소득)을 산정하는 구조이고, 이월결손금 상당액을 기업소득에서 차감하는 이유는 이월결손금의 발생으로 환류여력이 없는 기업에게 환류소득에 대한 법인세 부담을 완화해 주기 위한 것이다. 만약 청구주장과 같이 승계한 이월결손금을 매년 반복하여 차감하게 되면, 미환류소득에 대한 법인세 부담을 과도하게 완화해 주게 되어, 자체적으로 발생한 이월결손금만 있거나 이월결손금이 없는 법인들과의 형평성에도 어긋나는 등 미환류소득에 대한 법인세 제도의 취지에 어긋난다.

(2) 미환류소득에 대한 법인세와 관련한 기업소득 산정에 있어 이월결손금 재차 차감(공제)이 가능하다는 명시적인 규정이 존재하지 않으므로, 이 건 처분이 조세법률주의 위반이라는 청구주장은 타당하지 아니하다. 또한 2022.2.15. 개정된 조세특례제한법 시행령제100조의32 제4항 제2호에서 당초 “공제한 결손금”에서 “공제할 수 있는 결손금”으로 개정되었는데, 이는 법인세 과세표준 계산 시 적용되는 이월결손금 공제한도 규정이 미환류소득 법인세 계산을 위한 기업소득 계산 시에는 적용되지 않는다는 점을 명문화한 것일 뿐, 이월결손금의 재차 공제가 허용된다는 의미는 아니다. 기획재정부의 유권해석(법인세제과-333, 2022.8.24.)도 합병으로 승계한 이월결손금의 재차 차감은 불가능하다고 회신한 바 있다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 청구법인이 합병으로 승계한 이월결손금을 이후 사업연도 미환류소득에 대한 법인세의 기업소득 산정 시 매년 재차 차감하여야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의해 아래의 내용이 확인된다. (가) 법인세 신고서 등에 따르면, 청구법인은 미환류소득에 대한 법인세를 산정함에 있어, 청구법인이 피합병법인으로부터 승계한 쟁점이월결손금(OOO원)을 2018사업연도 및 2019사업연도의 기업소득에서 각각 차감하여 신고하였으며, 처분청은 쟁점이월결손금을 2019사업연도 기업소득에서 차감하지 아니하여 경정한 것으로 나타난다. (나) 제도의 취지 및 연혁 등에 따르면, 미환류소득에 대한 법인세는 기업의 소득을 투자․임금증가․배당재원 등으로 활용하도록 하여 기업소득․가계소득 간 선순환울 유도할 목적으로 2015년에 법인세법제56조에 신설되었다가 2017.12.19. 조특법 제100조의32로 이관되었다. (다) 조특법 제100조의32 제4항 제2호 라목에서 기업소득의 차감항목인 이월결손금에 대하여 아래와 같이 규정하였다. 2022.12.31. 개정 전 2022.12.31. 개정 후 법인세법 제13조 제1항 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다) 법인세법 제13조 제1항 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금. 이 경우 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 단서의 한도는 적용하지 않으며, 합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 제1항ㆍ제2항과 제46조의4 제1항에 따른 공제제한 규정은 적용하지 않는다. * 기획재정부 발간 2021 간추린개정세법에서 위 개정이유를 이월결 손금 공제한도(60%)를 적용 하지 않기 위한 것으로 설명하고 있음 (라) 기획재정부는 유권해석(법인세제과-333, 2022.8.24.)에서 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금을 이후 사업연도에도 계속하여 재차 차감할 수 없다는 취지로 답변한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 합병으로 승계한 이월결손금을 이후 사업연도 미환류소득에 대한 법인세의 기업소득 산정 시 매년 재차 차감하여야 한다고 주장한다. 살피건대, 조특법 시행령 제100조의32 제4항 본문 및 제2호 라목에 따르면 기업소득 산정 시 각 사업연도의 소득에서 ‘ 법인세법 제13조 제1항 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금 (합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다) ’ 등을 빼도록 규정하고 있고, 쟁점이월결손금은 청구법인의 법인세 과세표준 계산 시 해당 사업연도의 소득에서 공제되지 아니한 결손금에 해당하여, 쟁점이월결손금이 매 사업연도에 계속 차감되는 것으로 보기 어려운 점, 합병으로 인하여 승계한 이월결손금을 매년 반복하여 차감하게 되면, 미환류소득에 대한 법인세 부담을 과도하게 완화해 주게 되어, 기업의 소득을 투자‧임금 증가 등으로 활용하도록 하기 위한 제도의 취지에 맞지 않고, 자체적으로 발생한 이월결손금만 있거나 이월결손금이 없는 법인들과의 형평성에 어긋나는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 합병으로 승계한 쟁점이월결손금을 기업소득 산정 시 매년 각 사업연도 소득에서 재차 차감하는 것은 타당하지 아니하다 할 것인바, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항 제1호 가목부터 다목까지의 규정에 따른 투자, 임금 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 법인세법 제13조 에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.

1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인은 제외한다.

  • 가. 대통령령으로 정하는 중소기업
  • 나. 대통령령으로 정하는 비영리법인
  • 다. 제104조의31 제1항 및 법인세법제51조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인
2. 각 사업연도 종료일 현재

독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인

② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 "미환류소득"이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 "초과환류액"이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(법인세법제76조의17에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 해당 사업연도(2022년 12월 31일이 속하는 사업연도까지를 말한다)의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 "기업소득"이라 한다)에 100분의 60부터 100분의 80까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액을 공제하는 방법

  • 가. 기계장치 등 대통령령으로 정하는 자산에 대한 투자 합계액
  • 나. 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 해당 사업연도 임금증가금액으로서 다음 구분에 따른 금액이 있는 경우 그 금액을 합한 금액

1. 상시근로자의 해당 사업연도 임금이 증가한 경우

  • 가) 해당 사업연도의 상시근로자 수가 직전 사업연도의 상시근로자 수보다 증가하지 아니한 경우: 상시근로자 임금증가금액
  • 나) 해당 사업연도의 상시근로자 수가 직전 사업연도의 상시근로자 수보다 증가한 경우: 기존 상시근로자 임금증가금액에 100분의 150을 곱한 금액과 신규 상시근로자 임금증가금액에 100분의 200을 곱한 금액을 합한 금액

2. 해당 사업연도에 대통령령으로 정하는 청년정규직근로자(이하 이 조에서 "청년정규직근로자"라 한다) 수가 직전 사업연도의 청년정규직근로자 수보다 증가한 경우: 해당 사업연도의 청년정규직근로자에 대한 임금증가금액

3. 해당 사업연도에 근로기간 및 근로형태 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 정규직 전환 근로자(이하 이 조에서 "정규직 전환 근로자"라 한다)가 있는 경우: 정규직 전환 근로자(청년정규직근로자는 제외한다)에 대한 임금증가금액

  • 다. 대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률 제2조 제3호에 따른 상생협력을 위하여 지출하는 금액 등 대통령령으로 정하는 금액에 100분의 300을 곱한 금액

2. 기업소득에 100분의 10부터 100분의 20까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 제1호 각 목(가목에 따른 자산에 대한 투자 합계액은 제외한다)의 합계액을 공제하는 방법 (2) 조세특례제한법 시행령 (가) 2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것 제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ④ 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 법인세법 제14조 에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 "기업소득"이라 한다)으로 한다. 다만, 법인세법 제2장의3에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인으로서 각 연결법인의 기업소득 합계액이 3천억원을 초과하는 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 하고, 그 밖의 법인의 경우로서 기업소득이 3천억원을 초과하는 경우에는 3천억원으로 한다. (중략)

1. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액

  • 가. 법인세법 제18조 제4호 에 따른 환급금에 대한 이자
  • 나. 법인세법 제18조의2 에 따른 수입배당금액 중 익금에 산입하지 아니한 금액
  • 다. 법인세법 제24조 제5항 에 따라 이월되어 해당 사업연도의 손금에 산입한 금액
  • 라. 해당 사업연도에 법 제100조의32 제2항 제1호 가목을 적용받은 자산에 대한 감가상각비로서 해당 사업연도에 손금으로 산입한 금액

2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액

  • 가. 해당 사업연도의 법인세액(법인세법 제57조 에 따라 내국법인이 직접 납부한 외국법인세액으로서 손금에 산입하지 아니한 세액과 같은 법 제15조 제2항 제2호에 따른 외국법인세액을 포함한다), 법인세 감면액에 대한 농어촌특별세액 및 법인지방소득세액
  • 나. 상법 제458조 에 따라 해당 사업연도에 의무적으로 적립하는 이익준비금
  • 다. 법령에 따라 의무적으로 적립하는 적립금으로서 기획재정부령으로 정하는 금액
  • 라. 법인세법 제13조 제1항 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다)

⑤ 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 비율”이란 100분의 70을 말하고, 같은 항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 비율”이란 100분의 15를 말한다. (나) 2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정된 것 제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례) ④ 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 법인세법 제14조 에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 "기업소득"이라 한다)으로 한다. 다만, 법인세법 제2장의3에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인으로서 각 연결법인의 기업소득 합계액이 3천억원을 초과하는 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 하고, 그 밖의 법인의 경우로서 기업소득이 3천억원을 초과하는 경우에는 3천억원으로 한다.

1. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액(각 목 생략)

2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액

  • 가. 해당 사업연도의 기획재정부령으로 정하는 법인세액(법인세법 제57조 에 따라 내국법인이 직접 납부한 외국법인세액으로서 손금에 산입하지 아니한 세액과 같은 법 제15조 제2항 제2호에 따른 외국법인세액을 포함한다), 법인세 감면액에 대한 농어촌특별세액 및 기획재정부령으로 정하는 법인지방소득세액
  • 나. 상법 제458조 에 따라 해당 사업연도에 의무적으로 적립하는 이익준비금
  • 다. 법령에 따라 의무적으로 적립하는 적립금으로서 기획재정부령으로 정하는 금액
  • 라. 법인세법 제13조 제1항 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금. 이 경우 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 단서의 한도는 적용하지 않으며, 합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 제1항ㆍ제2항과 제46조의4 제1항에 따른 공제제한 규정은 적용하지 않는다.

(3) 법인세법(2022.12.31. 법률 제19193호로 일부개정되기 전의 것) 제13조(과세표준) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 60[ 조세특례제한법 제6조제1항 에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다.

1. 제14조 제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액

  • 가. 각 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것
  • 나. 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나 국세기본법 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것 제14조(각 사업연도의 소득) ③ 내국법인의 이월결손금은 각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액으로 한다. 제44조의3(적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례) ② 적격합병을 한 합병법인은 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1항 제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다. 제45조(합병 시 이월결손금 등 공제 제한) ① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1항 제1호에 따른 결손금 중 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 결손금을 제외한 금액은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조 제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.

② 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

⑤ 제1항과 제2항에 따른 합병법인의 합병등기일 현재 결손금과 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금에 대한 공제는 제13조 제1항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른 소득금액의 100분의 60(중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100)을 한도로 한다.

1. 합병법인의 합병등기일 현재 결손금의 경우: 합병법인의 소득금액에서 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 차감한 금액

2. 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금의 경우: 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)