청구법인이 내국법인으로부터 지급받은 국내 미등록된 특허권의 사용대가 및 그 침해에 따른 합의금이 국내원천소득(사용료)에 해당하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 미합중국(이하 “미국”이라고 한다) 법률에 따라 미국에 설립된 유한책임회사로 미용 의료기기 관련 특허권(미국에 등록, 이하 “쟁점특허권”이라 한다)을 다수 보유하고 있다.
• 나. 청구법인은 2023.11.3. 내국법인인 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)에게 쟁점특허권에 대한 사용권을 허여하고, 그 대가로 세후 미화 OOO 달러를 지급받기로 하는 내용의 계약을 체결하였고, 이에 A은 2023.12.7. 청구법인에게 사용료를 지급하면서 국내원천소득에 해당하는 것으로 보아, 대한민국과 미합중국 간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약(이하 “한미조세조약”이라 한다) 제14조 제1항에 따른 제한세율 15%를 적용하여 2023년 11월․12월 귀속 원천징수분 법인세 합계 OOO원을 각 신고․납부하였다. 한편, 청구법인은 2023년 3월경 내국법인인 주식회사 B(이하 “B”라 한다)가 미국 시장에서 판매중인 의료기기가 청구법인의 쟁점특허권을 무단으로 사용․침해한 것으로 주장하며 미국 국제무역위원회(ITC)에 특허권 침해 조사를 요청하였고, 이후 조사가 진행되는 과정에서 B는 2024년 2월경 청구법인과 합의금으로 미화 OOO달러(세후금액)를, 쟁점특허권 사용료로 미화 OOO달러(세후금액)을 지급하기로 하는 분쟁합의계약을 체결하였으며, 이에 B는 2024.3.8. 및 2024.3.29. 위 금액을 지급하면서 국내원천소득에 해당하는 것으로 보아, 합의금에 대해서는 20% 세율을 적용하고, 사용료에 대해서는 15%의 세율을 각 적용하여 2024년 3월 귀속 원천징수분 법인세 합계 OOO원을 각 신고․납부하였다.
• 다. 청구법인은 2024.5.21.(안양) 및 2024.6.3.(동고양) A 및 B로부터 지급받은 쟁점특허권 사용료와 합의금은 국내에 미등록된 특허권의 사용료와 관련된 것으로서 한미조세조약 제6조 제3항에 따라 원천징수대상인 국내원천소득에 해당하지 아니한다는 이유로 위 신고․납부한 원천징수분 법인세(합계 OOO원)의 환급을 구하는 각 경정청구를 하였으나, 처분청들은 2025.1.17.(안양) 및 2025.1.20.(동고양) 청구법인에게 이를 거부하는 통지를 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.24. 각 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인과 A 및 B 사이에 쟁점특허권 사용에 따른 계약이 체결될 당시 쟁점특허권은 미국에 등록된 특허권으로서 국내에는 등록된 특허권이 존재하지 않았다. 한미조세조약 제6조 제3항에 의하면, 미국 거주자가 국내 거주자로부터 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용에 대한 대가로서 받은 사용료는 원천징수대상인 국내원천소득에 해당하지 아니한다. (2) 최근 미국 소재 OOO와 OOO의 거래와 관련한 대법원 판결을 보면, 위와 같이 한미조세조약 제6조 제3항에 따라 국내에 등록되지 않은 특허 사용료를 지불할 경우 특허권사용료에 대한 원천징수는 취소해야 한다는 판결(1심 수원지방법원 2019.2.13. 선고 2017구합 71599 판결, 2심 수원고등법원 2019.7.17. 선고 2019누10074 판결, 3심 대법원 2019.11.28. 선고 2019두49229 판결)이 있었고, 청구법인의 사례는 이와 동일하므로 이 건 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 (1) 한미조세조약 제6조 제3항은 “제14조 제4항의 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다”라고 규정하고 있다. 동 조항에서는 “사용지 기준”만을 규정하고 있고 “사용지에 대한 판단기준”은 제시하고 있지 아니하므로 사용지에 대한 판단기준은 국내세법에 따라야 한다. (가) 2019.12.31. 법률 제16833호 로 개정된 법인세법 제93조 제8호 는 다목을 신설하며, 특허권과 같이 권한 행사에 등록이 필요한 권리가 국내에서 등록되지 않았으나, 그 특허권에 포함된 제조방법·기술 등이 국내에서 사실상 사용되는 경우, ‘ 그 밖에 이와 유사한 재산·권리 ’ 에 대한 사용료 소득으로 분류하여 국내원천소득으로 규정하였다. (나) 위 개정 이유는 국내 미등록 특허권 사용은 특허권과 그 성격이 구분되는 소득으로써 특허권과는 별개의 ‘유사한 재산·권리’에 대한 사용료 소득으로 분류하여 기존의 ‘특허권 속지주의’ 기반의 판단을 피하고, 과세권을 확보하고자 하는 취지이다. (다) 특허권의 경우 ‘등록’이라는 행정적인 절차가 완료됨으로써 국가로부터 ‘권리’로서의 효력이 부여되는 것이나, ‘그 밖에 이와 유사한 권리’에 속하는 특허기술 등의 지식재산은 ‘법적 권리’에 해당하는 것이 아니고, 등록 여부 등과 관계없이 그 지식재산 자체로서 경제적 가치를 지니고 있는 것이므로 특허기술 등의 지식재산은 그 경제적 사용지에 따라 소재지가 결정될 수밖에 없다. (라) 위와 같이 청구법인이 지급받은 사용료는 2020.1.1. 이후 지급된 국내 미등록 특허의 사용대가로서 (특허권과 별개의) ‘유사한 재산 권리’에 대한 사용료소득으로 분류된다. 이러한 지적재산은 특허권과 같은 ‘법적 권리’에 해당하는 것이 아니고, 등록 여부 등에 관계없이 그 지식재산 자체로서 경제적 가치를 지니고 있는 것이므로, 속지주의 원칙이 적용되는 것이 아니라 그 경제적 사용지에 따라 원천이 결정되어야 할 것이다. (마) 최근 심판례(조심 2024서5682, 2025.2.12.)에서도 ‘2019.12.31. 법률 제16833호로 개정된 법인세법 제93조 제8호 에서도 특허권 등이 국내에서 등록되지 아니하였으나 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우에 그 대가 및 그 권리 등을 양도함으로써 발생하는 소득은 외국법인의 국내원천소득에 해당한다고 명확히 규정하고 있는 점’을 들어 국내 미등록 특허권 사용대가를 국내원천소득으로 판단하였고, 법원(수원지방법원 2025.2.20. 선고 2019구합66980 판결)도 ‘사용료소득이 국내원천소득인지 여부를 판단함에 있어서는 특허법상 속지주의 개념을 차용할 것이 아니라, 국내에서 국내 미등록 특허의 내용을 이루는 기술 등을 사용하는 대가로 사용료가 지급되었는지를 기준’으로 판단하여야 함을 판시한 바, 청구법인의 이 건 소득 역시 국내에서 특허기술을 사용한 대가로 지급되었기에 국내원천소득에 해당한다. (2) 국내세법상 국내에서 비거주자에게 지급하는 합의금은 국내원천 기타소득에 해당한다. (가) 한미조세조약 제6조는 배당, 이자, 사용료, 임대소득, 용역의 대가, 재산의 매매소득 등의 원천을 정하면서 이외의 규정되지 않은 소득 원천은 각 체약국의 법에 따라 결정하도록 규정하고 있다. 따라서 합의금과 같은 특허권 침해에 따른 손해배상금·보상금·화해금은 관련 한미조세조약에 규정이 없으므로 국내세법을 기준으로 소득을 구분하고 국내원천 여부를 파악해야 한다. (나) 외국법인의 국내원천소득을 정의한 법인세법 제93조 제10호 차목을 보면, 사용지 기준 조세조약 상대국의 법인이 소유한 국내 미등록 특허권을 침해하여 발생하는 손해에 대하여 국내에서 지급하는 손해배상금을 국내원천 기타소득으로 규정하고 있다. (다) 위와 같이 한미조세조약에서는 특허침해로 인한 손해배상금의 경우 별도로 원천을 규정해 놓지 않았고, 법인세법에서는 국외에서 등록된 특허권 등을 침해하여 국내에서 지급하는 손해배상금을 국내원천 기타소득으로 보도록 규정하고 있으므로 국내 미등록을 이유로 국내원천소득에 해당되지 않는다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다.

• 가. 쟁 점 국내 미등록 특허권의 사용료 등이 국내원천소득에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 법인세법 제93조(외국법인의 국내원천소득) 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

8. 국내원천 사용료소득: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리ㆍ자산 또는 정보(이하 이 호에서 “권리등”이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리등을 양도함으로써 발생하는 소득. 이 경우 제4호에 따른 산업상ㆍ상업상ㆍ과학상의 기계ㆍ설비ㆍ장치 등을 임대함으로써 발생하는 소득을 조세조약에서 사용료소득으로 구분하는 경우 그 사용대가를 포함한다.

• 가. 학술 또는 예술상의 저작물(영화필름을 포함한다)의 저작권, 특허권, 상표권, 디자인, 모형, 도면, 비밀스러운 공식 또는 공정(工程), 라디오ㆍ텔레비전방송용 필름 및 테이프, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리
• 나. 산업상ㆍ상업상ㆍ과학상의 지식ㆍ경험에 관한 정보 또는 노하우
• 다. 사용지(使用地)를 기준으로 국내원천소득 해당 여부를 규정하는 조세조약(이하 이 조에서 “사용지 기준 조세조약”이라 한다)에서 사용료의 정의에 포함되는 그 밖에 이와 유사한 재산 또는 권리[특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 그 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 조에서 “특허권등”이라 한다)가 국내에서 등록되지 아니하였으나 그에 포함된 제조방법ㆍ기술ㆍ정보 등이 국내에서의 제조ㆍ생산과 관련되는 등 국내에서 사실상 실시되거나 사용되는 것을 말한다]

10. 국내원천 기타소득: 제1호부터 제9호까지의 규정에 따른 소득 외의 소득으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

• 나. 국내에서 지급하는 위약금이나 배상금으로서 대통령령으로 정하는 소득
• 차. 사용지 기준 조세조약 상대국의 법인이 소유한 특허권등으로서 국내에서 등록되지 아니하고 국외에서 등록된 특허권등을 침해하여 발생하는 손해에 대하여 국내에서 지급하는 손해배상금ㆍ보상금ㆍ화해금ㆍ일실이익 또는 그 밖에 이와 유사한 소득. 이 경우 해당 특허권등에 포함된 제조방법ㆍ기술ㆍ정보 등이 국내에서의 제조ㆍ생산과 관련되는 등 국내에서 사실상 실시되거나 사용되는 것과 관련되어 지급하는 소득으로 한정한다. 제98조(외국법인에 대한 원천징수 또는 징수의 특례) ① 외국법인에 대하여 제93조 제1호ㆍ제2호 및 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 국내원천소득으로서 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득의 금액(국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 금액을 포함한다)을 지급하는 자(제93조 제7호에 따른 국내원천 부동산등양도소득의 금액을 지급하는 거주자 및 비거주자는 제외한다)는 제97조에도 불구하고 그 지급을 할 때에 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 해당 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.

④ 납세지 관할 세무서장은 원천징수의무자가 제1항 및 제5항부터 제12항까지의 규정에 따라 외국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여야 할 금액을 원천징수하지 아니하였거나 원천징수한 금액을 제1항에 따른 기한까지 납부하지 아니하면 지체 없이 국세징수의 예에 따라 원천징수의무자로부터 그 징수하는 금액에 국세기본법 제47조의5 제1항 에 따른 금액을 가산하여 법인세로 징수하여야 한다. (2) 법인세법 시행령 제132조(국내원천소득의 범위) ⑩ 법 제93조 제10호 나목에서 “대통령령으로 정하는 소득”이란 재산권에 관한 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 지급받는 손해배상으로서 그 명목 여하에 불구하고 본래의 계약내용이 되는 지급자체에 대한 손해를 넘어 배상받는 금전 또는 기타 물품의 가액을 말한다.

(3) 대한민국과 미합중국 간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약 제2조(일반적 정의) (2) 이 협약에서 사용되나 이 협약에서 정의되지 아니한 기타의 용어는, 달리 문맥에 따르지 아니하는 한, 그 조세가 결정되는 체약국의 법에 따라 내포하는 의미를 가진다. 상기 규정에 불구하고 일방 체약국의 법에 따른 그러한 용어의 의미가 타방 체약국의 법에 따른 용어의 의미와 상이하거나, 또는 그러한 용어의 의미가 어느 한 체약국의 법에 따라 용이하게 결정될 수 없는 경우에 양 체약국의 권한있는 당국은 이중과세를 방지하거나 또는 이 협약의 기타의 목적을 촉진하기 위하여 이 협약의 목적상 동 용어의 공통적 의미를 확정할 수 있다. 제6조(소득의 원천) 이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.

(3) 제14조(사용료) (4)항에 규정된 재산(선박 또는 항공기에 관해서 본조(5)항에 규정된 것 이외의 재산)의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.

(9) 본조 (1)항 내지 (8)항이 적용되지 아니하는 항목의 소득원천은 각 체약국의 법에 따라 그 체약국에 의하여 결정된다. 전기 규정에 불구하고 일방 체약국의 법에 의한 어떤 항목의 소득원천이, 타방 체약국의 법에 의한 그러한 소득원천과 상이하거나 또는 그러한 소득원천이 어느 체약국의 법에 의하여 용이하게 결정될 수 없을 경우에, 양 체약국의 권한있는 당국은 이중과세를 회피하기 위하여 또는 이 협약의 기타 목적을 촉진하기 위하여 이 협약의 목적을 위한 항목의 소득에 대한 공동의 원천을 확정할 수 있다. 제14조(사용료) (1) 타방 체약국의 거주자에 의하여 일방 체약국내의 원천으로부터 발생되는 사용료에 대하여 동 일방 체약국이 부과하는 조세는, 하기(2)항 및 (3)항에 규정된 경우를 제외하고는, 그 사용료 총액의 15퍼센트를 초과해서는 아니된다.

(2) 저작권 또는 문학, 연극, 음악 또는 예술작품의 생산 또는 재생산권으로부터 일방 체약국의 거주자에 의하여 발생되는 사용료와, 라디오 또는 텔레비전방송용 필름과 테이프를 포함하여 영화필름의 사용 또는 사용권에 대한 대가로 받는 사용료는, 동 사용료 총액의 10퍼센트를 초과하는 세율로써 동 타방 체약국에 의하여 과세될 수 없다.

(3) 일방 체약국의 거주자인 사용료 수취인이 타방 체약국내에서 고정사업장을 가지며 또한 동 사용료를 발생시키는 권리 또는 재산이 동 고정사업장과 실질적으로 관련되어 있는 경우에는, 상기 (1)항 및 (2)항이 적용되지 아니한다. 그러한 경우에는, 제8조(사업소득) (6) (a)항이 적용된다.

(4) 본 조에서 사용되는 "사용료"라 함은 다음의 것을 의미한다. (a) 문학·예술·과학작품의 저작권 또는 영화필름·라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권 특히, 의장,신안,도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능(기술), 선박 또는 항공기(임대인이 선박 또는 항공기의 국제운수상의 운행에 종사하지 아니하는 자인 경우에 한함)의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금 (b) 그러한 재산 또는 권리(선박 또는 항공기는 제외됨)의 매각, 교환 또는 기타의 처분에서 발생한 소득 중에서 동 매각, 교환 또는 기타의 유상처분으로 취득된 금액이 그러한 재산 또는 권리의 생산성, 사용 또는 처분에 상응하는 부분 사용료에는 광산, 채석장 또는 기타 자연자원의 운용에 관련하여 지급되는 사용료, 임차료 또는 기타의 금액은 포함되지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청과 청구법인이 제출한 원천징수영수증 등 심리자료를 보면, 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2023년～2024년 기간 동안 B 및 A으로부터 쟁점특허권과 관련된 합의금 및 특허권 사용료를 지급받았는데, 그 대금지급 및 원천징수분 법인세 내용은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점특허권 관련 대금지급 및 원천징수내역 등 ㅇㅇㅇ (나) 청구법인이 받은 위 사용료가 국내에 미등록된 특허권의 사용대가(합의금 포함)로 지급된 것이라는 점과 청구법인이 비거주자인 점에 대하여는 청구법인과 처분청들 간에 이견이 없다. (2) 기획재정부가 발간한 ‘2008 간추린 개정세법’에 의하면, 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 법인세법 제93조 제9호 (현행 제8호)의 개정내용 및 개정이유는 아래 <표2>와 같고, ‘2019 간추린 개정세법’에 의하면, 법인세법 제93조 제8호 의 개정내용 등은 아래 <표3>과 같다. <표2> 2008년 간추린 개정세법

13. 특허권 등의 사용료에 대한 국내원천소득 범위 개선 [ 소득세법 §119(11), 법인세법 §93(9)]

(1) 개정내용 종 전 개 정 ㅇ 저작권․특허권․상표권․ 디자인권․노하우 등 사용료 의 국내원천소득 판정기준

• 지급지 또는 사용지

• 조세조약상 ‘사용지’를 채택(미국ㆍ태국)하는 경우 사용지 ㆍ사용지 개념 중 국내에 등록되지 않은 특허권은 국내에서 사용한 것으로 볼 수 없어 국외원천소득에 해당(대법원 2005두8641)

• 등록을 요하는 특허권 등 사용료의 사용지 판정기준 보완 특허권ㆍ상표권ㆍ디자인권ㆍ실용신안권 ㆍ국내 등록유무에 불구하고 국내에서 사실상 사용하는 경우 사용지를 국내로 보아 국내원천소득으로 과세

(2) 개정이유

□ 대법원 판례에 따라 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용대가에 대하여 과세할 수 없는 문제점을 입법적으로 보완 ※ OECD모델 조세조약에서도 사용료는 공인등록기관 등록여부에 상관없이 권리를 사용ㆍ사용할 권리에 대한 지급금을 의미 (주석서 12-8) (3) 적용시기 및 적용례 ㅇ 이 법 시행 이후 최초로 소득이 발생하는 분부터 적용 <표3> 2019년 간추린 개정세법 <국내 미등록 특허 사용대가의 국내원천소득 과세체계 개선> (1) 개정내용 종전 개정

□ 국내원천 사용료소득 ㅇ (과세대상) 다음의 권리ㆍ자산 ㆍ정보의 국내 사용 ㆍ지급 ㆍ양도 대가 - 학술ㆍ예술상의 저작물의 저작권, 특허권 등 및 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리 - 산업상ㆍ상업상ㆍ과학상의 지식ㆍ경험에 관한 정보 또는 노하우 <추가> - (원천 판단의 특례) 국외에서 등록된 권리(특허권 등)가 국내에서 제조ㆍ판매 등에 사용된 경우 국내 사용으로 간주

□ 국내 미등록 특허 사용대가의 과세체계 변경 <좌동> - 사용지(使用地) 기준 조세조약상 사용료의 정의에 포함되는 ‘기타 이와 유사한 재산ㆍ권리’ ㆍ 국내 미등록 특허권 등에 포함된 제조방법ㆍ기술ㆍ정보 등이 국내에서 제조 ㆍ생산 등에 사용될 것 <삭제> (2) 개정이유 ◦ 국내 미등록 특허의 사용대가에 대한 과세권 확보 (3) 적용시기 및 적용례 ◦ 2020.1.1. 이후 지급하는 소득 분부터 적용 (1) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점특허권 사용료 등이 국내에 등록되지 아니한 특허권과 관련하여 지급받은 것이므로, 처분청들이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 주장하나, 한미조세조약 제6조 제3항에서 ‘사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다’라고 규정하고 있는데, 이는 소득의 원천지국 판단기준을 사용지로 정한 것일 뿐 그 사용지의 판정기준을 제시하고 있지 아니하므로 그에 대한 판단은 국내세법에 따르는 것이 타당하며, 법인세법 제93조 제8호 에서 ‘해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다’고 명확히 규정하고 있는 점, 청구법인이 B로부터 지급받은 합의금은 법인세법 제93조 제10호 차목에 따른 국내에 미등록되고 국외에서 등록된 특허권 등을 침해하여 발생하는 손해에 대하여 국내에서 지급하는 손해배상금으로 볼 수도 있는 점 등에 비추어, 이 건 특허권 사용료 및 합의금은 청구법인의 국내원천소득에 해당한다고 보는 것이 타당하므로 처분청들이 청구법인에게 한 원천징수분 법인세의 각 경정청구 거부처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2022중5865, 2022.10.6. 외 다수, 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.