개정후시행령을 소급적용하여 1세대1주택 비과세를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부 등

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2010.2.12. 경기도 안양시 만안구 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)에 전입하여 거주하다가 2021.3.8. OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터 쟁점주택을 OOO원에 임대분양전환으로 취득하였고, 2021.6.9. OOO원에 이를 양도한 후, 2021.8.21. 1세대1주택 비과세 특례를 적용하여 2021년 귀속 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점주택이 ｢공공주택 특별법｣ 제2조 제1의2에 따른 공공매입임대주택으로 ｢소득세법 시행령｣(2022.2.15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것, 이하 “개정전시행령”이라 한다) 제154조 제1항 단서에 따른 보유기간 및 거주기간의 제한 배제 대상에 해당하지 않는다고 보아 1세대1주택 비과세 특례 적용을 부인하여, 2025.1.20. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원(일반과소신고가산세 OOO원, 납부지연가산세 OOO원 합계 OOO원 포함)을 경정‧고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2025.3.16. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) (주위적 청구) 개정전시행령의 개정은 반성적 고려에 따른 것으로 그 개정 내용을 소급적용하여 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대1주택 비과세 특례를 적용하여야 한다. (가) 2022.2.15. 개정된 ｢소득세법 시행령｣(대통령령 제32420호, 이하 “개정후시행령”이라 한다) 제154조 제1항은 1세대1주택 비과세 특례 적용 시 보유기간 및 거주기간의 제한 배제 대상에 ‘공공매입임대주택’을 포함하였다. 개정전시행령은 공공매입임대아파트 소유자들을 혼동시키는 요소가 있었다. 이에 임차인은 물론 공인중개사, 세무사, 국세청 공무원조차도 공공매입임대아파트와 공공건설임대아파트의 차이를 모르고 비과세로 상담해준 경우가 많았다. 일반적으로 개정된 법령은 불소급을 원칙으로 하지만, ‘문제에 대한 반성적 고려를 거쳐 개정된 법’은 소급되어야 할 것(대법원 2007.2.22. 선고 2004두12957 판결, 참조)이고, 헌법불합치결정을 매개로 하지 않았더라도, 법령이 단순한 정책변경에 따라 개정된 것이 아니라 개정 전의 구 법령에 위헌적 요소가 있어서 이를 해소하려는 반성적 고려에서 개정된 것이며, 그 개정을 통하여 개정 전의 구 법령보다 행정상대방의 법적 지위를 유리하게 하는 데 그 입법 취지가 있다면, 법원은 마찬가지의 이유에서 예외적으로 위헌성이 제거된 개정 법령을 소급적용하는 것이 타당한 경우가 있다(대법원 2021.3.11. 선고 2020두49850 판결, 같은 뜻임). (나) 입법자가 개정법령에 소급적용 근거를 두지 않은 것이 불소급의 절대적 기준이 될 수 없다. 구 법령이 명백한 위헌이라면, 과도한 불이익을 당할 처지에 놓인 행정상대방의 지위를 유리하게 하기 위해 마땅히 신 법령이 소급적용되어야 한다. 개정후시행령의 소급은 세 종류의 임대아파트를 공평하게 대해야 한다는 조세공평의 원칙에 부합한다. 위헌적 요소 때문에 개정된 법률은 당시 법원에서 계속 중인 사건이나 결정 이후에 제소된 사건에도 소급적용된다(대법원 1993.1.15. 선고 92다12377 판결, 참조). 하물며 본 사건은 위헌적 법령이 개정(2022.2.15.)된지 2년 8개월 이후에 개정전시행령이 위헌임을 알면서도 적용한 것인 만큼 위법을 저지른 것에 해당한다. 본 사안은 개정후시행령 개정 이전에 양도(2021.6.9)되었지만, 과세예고통지(2024.10.23.) 이전에 개정(2022.2.15.)이 도래했다는 점에서, 즉 2024년 10월까지도 가산세가 계속 늘어나면서 양도소득세는 부과되지 않고 있었던 ‘계속된 사실’에 해당한다는 점에서 개정후시행령을 적용해야 한다. (2) (예비적 청구) 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다. (가) 처분청도 모르고 지나왔다가 나중에야 비과세가 아니라는 것을 알게되었는데, 일반인인 청구인이 과세대상이라는 것을 알기는 어려웠다. (나) 청구인은 녹내장, 우울증 등으로 사회생활에 적응하지 못하고, 책대여점을 했던 30대를 제외하고는 늘 병을 달고 방에 갇혀 살아왔다. 그간 대부분의 가족생활비는 대리인인 동생이 해결해왔다. 그러다가 2010년 1월 정부의 배려 덕분에 약간의 전세보증금으로 부모님과 함께 쟁점주택에 거주할 수 있게 되었고, 10년이 지나 분양전환되어 돈을 빌려 분양받은 후, 취득세, 중개비, 이자 등을 제외하고 쟁점주택의 양도차익으로 부모님과 함께 여생을 살아갈 빌라를 구입하였다. 청구인의 전 재산은 지금 살고 있는 빌라뿐이며, 예금, 보험, 국민연금 같은 것도 전혀 없다. 이제 20대 때부터 좋지 않았던 눈이 더욱 나빠져 앞도 잘 보이지 않는다. 이제 3년 전 양도한 쟁점주택에 취‧등록세, 중개비 등을 제외하고도 양도차익보다도 더 많은 OOO원 정도의 양도소득세에 지방세까지 OOO원 정도가 추가로 부과되었는데, 이를 내지 못해 가산세는 늘어나고 공매처분까지 된다면, 57세 청구인과 84세 노부모는 갈 데가 없다. 청구인은 아무 힘도 없는 사람이지만 평생 이익을 얻기 위해 편법을 쓰거나 탈세를 해본 적이 없다. 그런 사람에게 문제를 해소하기 위해 개정후시행령이 개정된지 2년 반이 지난 뒤에 개정전시행령에 근거하여 전재산을 세금으로 내라는 것은 헌법에 위배된다.
• 나. 처분청 의견 (1) (주위적 청구 관련) 개정후시행령 제154조 제1항 제1호에 보유․거주기간 요건 적용 대상에서 제외되는 임대주택 유형에 ‘공공매입임대주택’이 추가되었고, 같은 법 부칙 제1조 및 제2조에서 해당 개정규정은 개정규정의 시행일(2022.2.15.) 이후 양도하는 분부터 적용하도록 규정하고 있다. 쟁점주택의 양도일은 2021.6.9.이므로 개정후시행령을 적용하기 어렵고, 동일한 쟁점을 다룬 판결에서도 2022.2.15. 이전 양도분에 대하여는 개정후시행령을 소급하여 적용하지 않음을 확인하고 있다(서울고등법원 2024.6.25. 선고 2024누32425 판결 등, 참조). 또한 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다. (2) (예비적 청구 관련) 세법상 가산세는 행정상 제재로서 납세자의 고의․과실을 고려하지 않을 뿐만 아니라 법령의 부지․착오 등도 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하고 청구인의 비과세신고는 단순한 법령의 부지 내지는 오해에 불과하여 청구인의 신고의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 위의 청구주장을 받아들이기 어렵다(대법원 2009.4.23. 선고 2007두3107 판결, 참조).

• 가. 쟁 점

① (주위적 청구) 개정후시행령을 소급적용하여 1세대1주택 비과세를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

② (예비적 청구) 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지

• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구인의 주민등록표(등본 주소 변동)에 따르면, 청구인은 2010.2.12. 쟁점주택으로 전입하였고, 2021.6.9. 같은 구 OOO로 전입한 것으로 나타난다. (나) 등기사항전부증명서에 따르면, 쟁점주택은 2010.4.22. OOO아파트재건축정비사업조합에 의하여 소유권보존등기가 경료되었고, 매매를 원인으로 2010.6.8. OOO에 소유권이전등기가 경료되었다. (다) 청구인은 2021.2.23. OOO과 주택가격을 OOO원으로 하여 쟁점주택에 대한 주택분양계약(임대분양전환)을 체결하였고, 2021.3.8. 소유자를 청구인으로 하는 소유권이전등기를 경료하였다. (라) 청구인은 2021.3.11. 쟁점주택을 매매대금 OOO원에 양도하는 매매계약을 체결하였고, 2021.6.9. 소유자를 매수인으로 하는 소유권이전등기가 경료되었다. (마) 개정후시행령 제154조 제1항 제1호는 1세대1주택 비과세 판정 시 보유‧거주기간의 제한을 받지 않는 대상에 공공 매입임대주택도 포함하였는바, 법제처 제공 ‘개정이유’에 따르면 그 주요내용은 아래와 같다. <개정이유의 주요내용>
• 마. 양도소득세 보유ㆍ거주기간 특례 적용대상 확대(제154조 제1항 제1호) 민간건설임대주택이나 공공건설임대주택 외에 공공매입임대주택을 취득하여 양도하는 경우에도 1세대 1주택 비과세 요건을 판단할 때 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않는 특례를 적용받을 수 있도록 하여 공공임대주택의 공급을 활성화하고 공공임대주택 간의 과세 형평성을 높임. (바) 청구인은 개정후시행령이 반성적 고려에서 개정된 것이라며 언론 보도내용, 처분청 공무원과의 통화 녹취록 등을 제출하였는바, 이에 따르면, 임대주택의 유형에 따라 불합리가 발생하여 논란이 된다거나, 개정후시행령이 시행되었으나 소급적용이 안 되어 가산세가 과다징수된다는 비판의 내용 등이 확인된다. (1) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 개정후시행령을 적용하여 1세대1주택 비과세 특례를 적용하여야 한다고 주장하나, 양도소득세 납세의무는 ‘양도일’이 속하는 달의 말일에 성립하는 것이고, 이후 관련 법령이 납세자에게 유리하게 바뀌더라도 별도의 경과규정이 없는 한 이미 성립한 납세의무에는 영향을 주지 못하는 점, 소급입법금지원칙은 ‘납세자에게 불리한 경우’를 전제로 하지만, 반대로 납세자에게 유리하게 개정되었다 하더라도 입법자가 명시적으로 소급적용을 허용하지 않는 이상, 당연히 소급적용되는 것으로 보기 어려운 점, 청구인이 제시한 대법원 2007.2.22.선고 2004두12957 판결은 정책변경보다는 위헌적 요소를 해소하기 위해 관련 시행령이 장해등급 결정 전에 개정‧시행된 경우 예외적으로 개정 시행령을 적용하여야 한다는 취지이나, 개정후시행령은 청구주장과 같이 위헌적 요소를 해소하기 위한 것이라기보다는 1세대1주택 비과세 특례 적용을 공공매입임대주택까지 확대하고자 하는 정책적 목적에서 개정된 것으로 보이고, 개정후시행령 부칙 제2조 제2항에서 양도소득세에 관한 개정규정은 그 시행일 이후 양도하는 경우부터 적용한다고 규정하여 그 적용일을 명시적으로 규정하고 있는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (2) 다음으로, 쟁점 2 에 대하여 살피건대, 청구인은 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 주장하나, 개정전시행령 제154조 제1항 제1호에서 1세대1주택 비과세 판정 시 보유‧거주기간의 제한을 받지 않는 주택으로 ‘민간건설임대주 택’ 및 ‘공공건설임대주택’을 명시하고 있었고, ｢공공주택 특별법｣ 제2조 제1호의2 및 제1호의3에서 공공건설임대주택과 공공매입임대주택의 정의를 각각 달리 규정하고 있었던 점에서 청구인이 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법령의 부지 내지 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는 것으로 보이므로, 위 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 소득세법(2021.12.8. 법률 제18578호로 개정되기 전의 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 (2) 소득세법 시행령 (가) 2022.2.15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 ｢주택법｣ 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

1. ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택 또는 ｢공공주택 특별법｣ 제2조 제1호 의2에 따른 공공건설임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 해당 건설임대주택의 임차일부터 해당 주택의 양도일까지의 기간 중 세대전원이 거주(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 거주하지 못하는 경우를 포함한다)한 기간이 5년 이상인 경우 (나) 2022.2.15. 대통령령 제32420호로 개정된 것 제154조(1세대1주택의 범위) ① (생략)

1. ｢민간임대주택에 관한 특별법｣에 따른 민간건설임대주택이나 ｢공공주택 특별법｣에 따른 공공건설임대주택 또는 공공매입임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 해당 임대주택의 임차일부터 양도일까지의 기간 중 세대전원이 거주(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 거주하지 못하는 경우를 포함한다)한 기간이 5년 이상인 경우 부 칙 <제32420호, 2022.2.15.> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 해당 호에서 정한 날부터 시행한다.

1. 제40조의2 제1항 제2호 다목의 개정규정: 2022년 4월 14일

2. 제116조의4의 개정규정과 대통령령 제31442호 소득세법 시행령 일부개정령 제211조의2 제2항, 같은 조 제3항 제2호 및 부칙 제12조ㆍ제25조의 개정규정: 2022년 7월 1일

3. 제129조 제4항 제1호, 제152조의2, 제157조, 제157조의2, 제159조의2, 제161조의2, 제162조 제6항 제3호, 같은 조 제7항 제3호, 제165조 제8항 제1호, 제167조의8, 제176조의2 제2항 제1호, 제178조의11 및 제178조의12의 개정규정과 대통령령 제31442호 소득세법 시행령 일부개정령 제150조의9 제1항ㆍ제3항, 제150조의13 제3항ㆍ제4항, 제150조의14 제1항, 제150조의17 제8항, 제150조의21 제1항 각 호 외의 부분 후단, 같은 항 제5호, 제150조의22 제1항 제2호 가목 1), 같은 조 제3항, 제150조의25, 제184조의5 제2항 제1호, 제203조의2 제4항부터 제16항까지, 제203조의4 제1항 및 제225조의2의 개정규정: 2025년 1월 1일

4. 별표 3의3의 개정규정: 2023년 1월 1일 제2조(일반적 적용례) ① 이 영은 부칙 제1조에 따른 각 해당 개정규정의 시행일이 속하는 과세기간에 발생하는 소득부터 적용한다.

② 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 부칙 제1조에 따른 각 해당 개정규정의 시행일 이후 양도하는 경우부터 적용한다. (3) 공공주택 특별법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “공공주택”이란 제4조 제1항 각 호에 규정된 자 또는 제4조 제2항 에 따른 공공주택사업자가 국가 또는 지방자치단체의 재정이나 ｢주택도시기금법｣에 따른 주택도시기금(이하 “주택도시기금”이라 한다)을 지원받아 이 법 또는 다른 법률에 따라 건설, 매입 또는 임차하여 공급하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다.

• 가. 임대 또는 임대한 후 분양전환을 할 목적으로 공급하는 ｢주택법｣ 제2조 제1호에 따른 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택(이하 “공공임대주택”이라 한다)
• 나. 분양을 목적으로 공급하는 주택으로서 ｢주택법｣ 제2조 제5호 에 따른 국민주택규모 이하의 주택(이하 “공공분양주택”이라 한다) 1의2. “공공건설임대주택”이란 제4조에 따른 공공주택사업자가 직접 건설하여 공급하는 공공임대주택을 말한다. 1의3. “공공매입임대주택”이란 제4조에 따른 공공주택사업자가 직접 건설하지 아니하고 매매 등으로 취득하여 공급하는 공공임대주택을 말한다. 제4조(공공주택사업자) ① 국토교통부장관은 다음 각 호의 자 중에서 공공주택사업자를 지정한다.

2. ｢한국토지주택공사법｣에 따른 한국토지주택공사

3. ｢지방공기업법｣ 제49조 에 따라 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사

4. ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣ 제5조 에 따른 공공기관 중 대통령령으로 정하는 기관 (1) 국세기본법 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다. 제21조(납세의무의 성립시기) ① 국세를 납부할 의무는 이 법 및 세법에서 정하는 과세요건이 충족되면 성립한다.

② 제1항에 따른 국세를 납부할 의무의 성립시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 소득세ㆍ법인세: 과세기간이 끝나는 때. 다만, 청산소득에 대한 법인세는 그 법인이 해산을 하는 때를 말한다.

③ 다음 각 호의 국세를 납부할 의무의 성립시기는 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른다.

2. 납세조합이 징수하는 소득세 또는 예정신고납부하는 소득세: 과세표준이 되는 금액이 발생한 달의 말일