청구법인이 통상 부과제척기간이 경과한 후에 제출한 수정신고서는 과세표준 및 세액의 확정력이 없으므로 수정신고의 확정력이 있음을 전제로 이루어진 이 건 고지처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
청구법인이 통상 부과제척기간이 경과한 후에 제출한 수정신고서는 과세표준 및 세액의 확정력이 없으므로 수정신고의 확정력이 있음을 전제로 이루어진 이 건 고지처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
문서번호 조심-2025-중-1665 결정유형 취소 세목 법인 생산일자 2025.07.02 귀속연도 2025 제목 청구법인이 부과체적기간을 경과하여 제출한 수정신고에 대하여 과세표준 및 세액의 확정력이 있다고 보아 무납부세액을 고지한 처분의 당부 요지 청구법인이 통상 부과제척기간이 경과한 후에 제출한 수정신고서는 과세표준 및 세액의 확정력이 없으므로 수정신고의 확정력이 있음을 전제로 이루어진 이 건 고지처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨 결정내용 결정 내용은 붙임과 같습니다.
국세기본법 제22조의2제1항 / 국세기본법 제45조제1항 / 국세기본법 제26조의2제1항 상세내용 [주 문] OO 세무서장이 2024.7.18. 청구법인에게 한 2012〜2014사업연도 법인세 합계 OOO원 (2012사업연도분 OOO원, 2013사업연도분 OOO원 및 2014사업연도분 OOO원)의 각 고지처분은 이를 취소한다. [이 유]
(2) 한편, 국세기본법 제26조의2 제1항 부터 제5항까지는 통상의 부과제척기간을, 같은 조 제6항부터 제8항까지는 특례 부과제척기간을 각각 구분하여 규정하고 있는 바와 같이 국세기본법은 별도의 항목으로 부과제척기간을 엄격히 구분하여 규정하고 있으므로, 통상의 부과제척기간만을 명시한 제45조 제1항의 과세표준수정신고서 제출기한에 대한 제한은 상당히 중요하다 할 수 있는바, 청구법인은 쟁점결정에 따라 발생한 이자비용 감소액을 손금불산입하여 2022.12.15. 처분청에 법인세 수정신고를 하였고, 이를 접수한 처분청은 수정신고 당시 2002〜2017사업연도 법인세의 경우 부과제척기간이 도과되었다는 이유로 무효로 본 반면, 2018사업연도 법인세 수정신고분에 대하여만 과소신고가산세 등을 포함하여 경정‧고지하였다.
(3) 과세처분이 당연무효라고 하기 위해서는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고, 그 하자가 중요한 법규에 위반한 것이고, 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고도 명백한 것인가의 여부를 판별하는 데에는 그 처분의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰할 필요가 있는 것인바, 이러한 관점에서 볼 때 과세대상이 되는 법률관계나 사실관계가 전혀 없는 납세자에게 한 처분은 그 하자가 중대하고도 명백하나, 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적 사정이 있어 그것이 과세대상이 되는지가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면, 그 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고 할 수 없다(대법원 2022.1.27. 선고 2021두48144 판결 등 참조).
(4) 조세심판원은 부과제척기간 경과 후 수정신고를 허용하는 경우 신고내용에 오류 또는 누락이 있더라도 이를 결정‧경정하기 어렵고, 국세 관련 권리관계를 조속히 확정시키려는 부과제척기간의 취지에도 반하게 되는 점, 부과제척기간이 경과하여 소멸된 납세의무가 수정신고를 하였다고 하여 다시 성립한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 부과제척기간이 지난 처분은 유효하지 않다고 결정한 바 있다(조심 2016중2042, 2016.10.27. 참조).
(5) 또한, 법원은 조세법률주의 원칙상 과세요건, 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하 는 것은 허용되지 않는다고 판시하고 있는바(대법원 2004.5.27. 선고 2002두6781 판결 등 참조), 청구법인은 통상의 제척기간이 도과한 2022.12.15. 수정신고를 행하였는데, 이는 국세 관련 권리관계를 조속히 확정시키려는 부과제척기간의 취지에 반하고, 조세법률주의에 따라서 과세표준 수정신고서를 법률에 명시된 기한 내에 제출하지 않은 이 건 수정신고에 대하여 세액이 확정되는 효력을 인정하게 될 경우, 해당 규정이 형해화될 수도 있다.
(6) 처분청은 이 건 수정신고가 취소사유는 될 수 있을지라도 중대하고 명백한 하자로 볼 수 없어 당연무효가 아니라고 해석하는 것이 법을 임의로 확장하거나 유추 해석한 것으로 볼 수 없고, 청구법인의 채무부존재확인소송의 상대방인 ㈜A가 이 판결이 후발적 경정청구에 해당한다는 사유로 경정청구를 하여 고액의 법인세를 환급받은 사실이 있는 점 등을 근거로 청구주장을 받아들이지 아니하였으나, 이 건 수정신고는 중대한 하자가 있는 신고로서 당연무효에 해 당한다. 따라서 ㈜A가 쟁점결정을 후발적 경정청구 사유로 보아 경정청구를 제기하여 법인세를 환급받았다고 하더라도 이를 이 건 수정신고가 당연무효임을 판단함에 있어 판단근거로 삼을 수는 없다.
(7) 이 건 수정신고는 통상의 부과제척기간이 경과한 후에 한 것으로서 그 요건을 충족하지 못하여 부적법하고, 요건을 충족하지 못한 수정신고는 확정력이 없으므로 이 건 처분 당시 2012〜2014사업연도 법인세의 부과제척기간은 이미 경과하였으며, 성립된 납세의무에 대하여 부과제척기간 이내에 경정·결정 등이 이루어지지 않아 납세의무가 확정되지 않은 상황에서 국세기본법 제45조의2 에 명시된 특례제척기간 내의 수정신고를 허용한다면 법조문을 형해화할 우려가 있으므로 이 건 수정신고는 중대하고 명백한 하자가 있다. 따라서 이 건 수정신고를 적법한 것으로 본다면 이는 조세법률주의를 위반하여 납세의무자의 예측가능성과 법적안정성을 저해할 수 있으므로 부당하다.
(1) 수정신고를 하면서 무납부한 세액을 납부고지하는 것은 불복청구 대상인 과세처분이 아니라 징수절차에 불과하므로 이 건 심판청구는 부적법하다. (가) 법인세는 국세기본법 제22조 에 따라 납세의무자가 과세 표준과 세액을 정부에 신고한 때에 확정되는 신고납부 방식의 국세이고, 신고납부방식의 국세는 납세자가 신고함으로써 조세채무가 확정되는 것으로서, 수정신고는 납세자가 스스로 인정하고 신고한 것이다. (나) 대법원은 ‘납세의무자가 그 과세표준과 세액을 신고하는 때에 세액이 확정되어 신고와 함께 세액을 납부할 의무가 있는 것으로서, 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고만 하고 세액을 납부하지 아니하여 과세관청이 신고한 사항에 대하여 아무런 경정 없이 신고내용과 동일한 세액을 납부하도록 고지한 것은 확정된 조세의 징수를 위한 징수처분일 뿐 취소소송의 대상이 되는 과세처분으로 볼 수는 없다’고 판시하고 있다(대법원 2004.9.3. 선고 2003두8180 판결 참조). (다) 이 건 법인세 고지 또한 청구법인이 직접 수정신고서를 제출한 것으로 그 납세의무는 청구법인이 수정신고한 때에 이미 확정된 것이며, 이를 납부하지 않아 고지하는 것은 이미 조세채무가 확정되 었으나 납부하지 않은 세액을 징수하기 위한 절차에 지나지 않으므로, 이 건 납부고지는 불복청구의 대상이 되는 부과처분에 해당하지 않는다.
(2) 청구법인은 특례 부과제척기간 내에 제출한 수정신고가 당연무효에 해당하여 이에 대한 징수처분도 당연무효라고 주장하나, 특례 부과제척기간 내에 이루어진 이 건 수정신고는 중요한 법규 위반 또는 객관적으로 명백한 하자가 있는 것으로 볼 수 없으므로 당연무효에 해당하지 않는다. (가) 판례에 따르면 신고납세방식의 조세에서 납세사유가 없음에도 불이익을 피하기 위해 불가피하게 신고행위(수정신고)를 하고 세금납부를 하였는데, 수정신고의 하자에 관하여 다른 구제수단이 없는 경우에는 위 수정신고를 당연무효로 봄이 상당하다고 할 수 있고(대법 원 2009.9.10. 선고 2009다11808 판결 참조), 부과제척기간이 만료되면 과세권자는 새로운 결정이나 증액경정·결정은 물론 감액경정·결정 등 어떠한 처분도 할 수 없게 되므로(대법원 1994.8.26. 선고 94다3667 판결 등 참조), 부과제척기간 경과 후에 한 수정신고는 다른 구제수단이 없는 경우에 해당하여 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효에 해당한다고 판단하고 있는바(서울고등법원 2019.11.20. 선고 2018나2038650 판결 참조), 이 건과 같이 특례 부과제척기간 내에 한 수정신고에 대하여는 과세관청의 증액 또는 감액경정·결정 등의 처분이 가능하므로 당연무효라고 볼 수 없다. (나) 2011년 세법 개정으로 수정신고기한을 부과제척기간 내로 제한하기 이전에는 부과제척기간에 관계없이 관할 세무서장이 결정･경정하여 통지하기 전까지는 언제든지 수정신고를 할 수 있었고, 부과제척기간은 국세를 부과할 수 있는 기간을 말하는 것으로 통상의 부과제척기간과 동 기간이 경과한 후에도 부과권을 행사할 수 있는 특례 부과제척기간을 포함하고 있다. 기획재정부가 발간한 ‘2011 간추린 개정세법’에 따르면, 2011.12.31. 법률 제11124호로 개정된 국세기본법 제45조 제1항 의 개정 취지는 부과제척기간 경과 후에도 수정신고를 허용하는 것은 국세 관련 권리관계를 조속히 확정시키려는 부과 제척기간의 취지에 맞지 않고 허용할 실익도 크지 않으므로 개정한다고 하여 개정 이유에서 통상의 부과제척기간과 특례 부과제척기간을 특별히 구분하고 있지 않다. (다) 2011년 국세기본법 제45조 의 개정으로 수정신고기한이 부과제척기간 내로 제한되었으나, 세법개정 전에도 판례는 부과제척기간 경과 후 제출한 수정신고를 증액이나 감액경정·결정 등 어떠한 처분도 할 수 없으므로 당연무효로 보았고, 이때 부과제척기간은 통상의 제척기간과 특례 부과제척기간을 구분하지 아니하였으며, 이를 규정한 개정세법의 개정 이유에서도 특별히 구분하고 있지 않다. 따라서 현행 세법규정이 수정신고기한을 통상의 부과제척기간 내로 규정하고 있다고 하더라도 판례 및 세법의 개정취지 등을 고려하면, 특례 부과제척기간 내에 이루어진 이 건 수정신고를 당연무효라고 볼 수는 없다. (라) 국세기본법 제15조 는 ‘납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다’고 규정하고 있고, 수정신고는 세 법에 의하여 신고하여야 할 과세표준과 세액에 미달하게 신고한 경우에 납세의무자가 자발적으로 시정할 수 있는 기회를 부여한다는 중요한 세법적 의미를 지니고 있다. 이 건과 같은 민사소송의 경우 그 결과를 납세자의 신고 없이 과세관청이 인지하여 과세한다는 것은 예상하기 어려워 납세의무자의 성실한 자발적 신고가 무엇보다 중요한데, 특례 부과제척기간 내에 행한 수정신고를 무조건 무효라고 한다면 법의 목적과 의미에도 반한다. 따라서 특례 부과제척기간 내에 청구법인이 세법에 의하여 신고하여야 할 법인세 과세표준과 세액을 자발적으로 시정하기 위하여 성실히 수행한 이 건 수정신고를 당연무효라고 볼 수 없다. (마) 한편, 청구법인과 채무부존재확인소송을 다투던 상대방인 A㈜는 쟁점결정을 후발적 경정청구 사유로 보아 경정청구를 제기하여 고액의 법인세를 환급받은 사실이 있다. (바) 대법원은 ‘과세처분이 당연무효라고 하기 위해서는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 그 하자가 중요한 법규에 위반한 것이고 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고도 명백한 것인가의 여부를 판별함에 있어서는 당해 과세처분의 근거가 되는 법규에 목적, 의미 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰함을 요한다’고 판시하고 있다(대법원 1990.11.27. 선고 90다카10862 판결 참조).
(3) 따라서 청구법인이 과세관청의 증액 또는 감액경정결정 등의 처분이 가능한 특례 부과제척기간 내에 자발적으로 시정하기 위해 수정신 고를 한 점, 판례 및 세법의 개정이유에서 수정신고를 부과제척기간이 끝나기 전까지 허용한다고 보고 있는 점, A㈜가 후 발적 경정청구를 통하여 고액의 법인세를 환급받은 점 등을 종합적으로 고려하면 이 건 수정신고가 중대한 법률 위반 및 객관적으로 명백한 하자가 있는 경우에 해당하지 아니하여 당연무효라고 할 수 없으므로 이에 근거한 이 건 징수처분 또한 적법하다.
② 다음 각 호의 국세는 납세의무자가 과세표준과 세액을 정부에 신고했을 때에 확정된다. 다만, 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세표준과 세액이 세법에서 정하는 바와 맞지 아니한 경우에는 정부가 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하는 때에 그 결정 또는 경정에 따라 확정된다.
제22조의2【수정신고의 효력】① 제22조 제2항 각 호에 따른 국세의 수정신고(과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자의 수정신고로 한정한다)는 당초의 신고에 따라 확정된 과세표준과 세액을 증액하여 확정하는 효력을 가진다.
② 제1항에 따른 국세의 수정신고는 당초 신고에 따라 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리‧의무관계에 영향을 미치지 아니한다. 제26조【납부의무의 소멸】국세 및 강제징수비를 납부할 의무는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에 소멸한다.
2. 제26조의2에 따라 국세를 부과할 수 있는 기간에 국세가 부과되지 아니하고 그 기간이 끝난 때 제26조의2【국세부과제척기간】① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[ 국제조세조정에 관한 법률 제2조 제1항 제1호 에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매‧임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.
⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.
5. 최초의 신고‧결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그 거래‧행위 등과 관련된 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)에 의하여 다른 것으로 확정된 경우: 판결이 확정된 날부터 1년(이하 생략) 제27조【국세징수권의 소멸시효】① 국세의 징수를 목적으로 하는 국가의 권리(이하 이 조에서 “국세징수권”이라 한다)는 이를 행사할 수 있는 때부터 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성된다. 이 경우 다음 각 호의 국세의 금액은 가산세를 제외한 금액으로 한다.
1. 5억원 이상의 국세: 10년
2. 제1호 외의 국세: 5년
② 제1항의 소멸시효에 관하여는 이 법 또는 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 민법에 따른다.
③ 제1항에 따른 국세징수권을 행사할 수 있는 때는 다음 각 호의 날을 말한다.
1. 과세표준과 세액의 신고에 의하여 납세의무가 확정되는 국세의 경우 신고한 세액에 대해서는 그 법정 신고납부기한의 다음 날
2. 과세표준과 세액을 정부가 결정, 경정 또는 수시부과결정하는 경우 납부고지한 세액에 대해서는 그 고지에 따른 납부기한의 다음 날 제45조【수정신고】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(소득세법 제73조 제1항 제1호 부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다) 및 제45조의3 제1항에 따른 기한 후 과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.
(1) 청구법인이 A㈜를 상대로 채무부존재확인소송을 제기한 결과, 법원은 2021.12.2. 청구법인에게 OOO원 및 이에 대하여 연 6%로 계산한 이자를 지급하라는 내용의 화해권고결정을 하였고, 쟁점결정이 2021.12.18. 확정됨에 따라 청구법인은 전기수정이익 OOO원을 손금불산입(유보)하여 2022.12.15. 처분청에 2002〜2020사업연도 법인세 수정신고를 하였으나, 추가 납부세액을 무납부하였다.
(2) 처분청은 2023.8.10. 청구법인의 위 2002〜2020사업연도 법인세 수정신고 중 2002〜2017사업연도분에 대하여는 부과제척기간 도과를 이유로 경정‧결정하지 아니한 반면, 2018〜2020사업연도분에 대하여만 경정하였는바, 당시 처분청이 작성한 ‘수정신고 검토보고서’의 주요 내용은 다음과 같다.
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(3) 이후 감사청이 2024.4.30. 청구법인의 2002〜2017사업연도분 수 정신고는 특례 부과제척기간이 적용되므로 과세표준과 세액을 확정하는 효력이 있다고 보아 무납부세액을 고지하도록 처분청에 지시하였고, 처분청은 이에 따라 아래 <표1>과 같이 수정신고 미결정분에 대하여 2024.7.18. 청구법인에게 이 건 법인세를 고지하였 다. <표1> 이 건 법인세 고지 내역
○○○
(4) 한편, A㈜는 쟁점결정을 근거로 후발적 경정청구를 제기하여 2022.11.10. 법인세 합계 OOO원을 환급받은 것으로 나타난다.
(5) 청구법인은 2022.12.15.자 2012〜2014사업연도 법인세에 대한 수정신고는 국세기본법 제45조에 따른 수정신고의 요건(통상의 부과제척기간이 끝나기 전까지 수정신고서 제출)을 충족하지 아니하여 무효에 해당한다고 주장하며 이 건 화해권고결정서 및 수정신고서 접수증 등을 제시하고 있는바, 동 접수증에 의하면 청구법인은 2022.12.15. 동OO세무서 민원실에 2012〜2014사업연도 법인세 수정 신고서를 접수한 것으로 나타나고(접수번호: OOO), 이에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다. (6) 국세기본법 제45조 제1항 은 2011.12.31. 법률 제11124호로 다음과 같이 개정되었는바, 기획재정부가 발간한 ‘2011 간추린 개정세법’에 따 르면 ‘ 부과제척기간 경과 후에도 수정신고를 허용하는 것은 국세 관련 권리 관계를 조속히 확정시키려는 부과제척기간의 취지에 맞지 않으며, 허용할 실익도 크지 않다’는 것을 개정 이유로 기재하고 있고, 위 조항은 2019.12.31. 법률 제16841호로 개정되면서, 과세표준 수정신고서를 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 기간이 끝나기 전까지 제출할 수 있게 되었는데, 이는 기한 후 신고자에 대해서도 자기시정 기회를 부여하기 위한 것이다. 개정 전 개정 후
① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(소득세법 제73조 제1항 제1호 부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.
① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(소득세법 제73조 제1항 제1호 부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2 제1항 * 에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다. ＊ 통상의 부과제척기간에 관한 규정이고, 특례 부과제척기간(결정 또는 판결이 확정되거나 상호합의가 종결된 날부터 1년)은 같은 조 제2항에서 규정하고 있음 (7) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살 피건대, 처분청은 청구법인이 2022.12.15. 2012〜2014사업연도 법인세를 수정신고하면서 납부하지 아니한 추가납부세액을 납부고지하였으나, 국세기본법 제45조 제1항 이 2011.12.31. 법률 제11124호로 개정되어 과세표준수정신고서는 같은 법 제26조의2 제1항에 따른 기간(통 상의 부과제척기간)이 끝나기 전까지 제출할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제26조에서 제26조의2에 따라 국세를 부과할 수 있는 기간에 국세가 부과되지 아니하고 그 기간이 끝난 때 국세 및 강제징수비를 납부할 의무는 소멸하는 것으로 규정하고 있는바, 조세채무가 소멸하면 과세관청이 부과권을 행사한다거나 납세자 및 과세관청이 과세표준 또는 세액을 변경하는 결정‧경정도 할 수 없어 부과제척기간이 경과하여 제출한 수정신고서는 효력이 없음에도(조심 2016중2042, 2016.10.27., 같은 뜻임), 청구법인은 부과제척기간(2018.3.31., 2019.3.31. 및 2010.3.31.)이 경과한 후인 2022.12.15.에 이 건 수정신고서를 제출하였고, 처분청도 당초 부과제척기간이 경과한 사업연도(2012～2014사업연도분)에 대한 수정신고 내용을 부인하여 경정‧결정하지 아니한 것으로 나타나는 점, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해 석하는 것은 허용되지 않는다고 할 것인바(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 등 참조), 국세기본법 제45조 제1항 은 국세 관련 권리관계를 조속히 확정시키려는 부과제척기간의 취지에 부합하기 위하여 2011.12.31. 개정되었는데, 개정 당시 국세기본법 제26조의2 제2항 에서 특례 부과제척기간을 별도로 규정하고 있었음에도 같은 법 제45조 제1항은 과세표준수정신고서를 같은 법 제26조의2 제1항에 따른 기간이 끝나기 전까지 제출할 수 있다고 규정하였는바, 이는 통상의 부과제척기간이 경과된 후에는 수정신고를 허용하지 아니한다는 취지로 보이는 점, 특례 부과제척기간을 규정한 국세기본법 제26조의2 제2항 의 입법취지는 국세에 관한 부과처분이 있은 후에 그 처분에 대한 행정심판 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 경과되어 그 결정 또는 판결이 부과제척기간이 지난 후에 확정된 경우에 과세관청이 쟁송절차에서 유리한 결과를 이끌어 낸 납세자에 대하여 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사태가 발생하는 것을 방지하려는 데에 있는바, 특례 부과제척기간의 적용 범위를 지나치게 확장하는 것은 이러한 입법취지에 반할 수 있는 점 등에 비추어, 청구법인이 통상의 부과제척기간이 경과한 후에 제출한 2012〜2014사업연도 법인세 과세표준수정신고서는 부적법하다 할 것이므로, 당초 청구법인의 수정신고가 적법함을 전제로 이루어진 이 건 고지처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본 법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.