주식매수선택권 행사이익 산정 시 쟁점주식의 시가를 보충적 평가방법으로 평가한 가액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부

• 가. 청구인은 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)에서 근무하면서 2017.4.28. A으로부터 주식매수선택권(부여주식수 166주, 행사가격 OOO원; 부여주식수 1,372주, 행사가격 OOO원)을 부여받았고, 2019.12.23.에 주식매수선택권 40주를, 2020.1.22.에 주식매수선택권 267주를 각 행사한 후, 행사이익 OOO원[40주×(OOO원-OOO)원] 및 OOO원[267주×(OOO원-OOO)원]을 주식매수선택권 행사이익으로 하여 2019년 및 2020년 귀속 종합소득세(근로소득세 원천징수분)를 신고․납부하였다.
• 나. 청구인은 2024.12.17. 주식매수선택권 행사이익 판정 시 비상장주식의 시가 산정기준은 상속세 및 증여세법(이하 “상증세법”이라 한다) 제60조 및 같은 법 시행령 제54조의 규정에 따라 보충적 평가방법으로 산정해야 한다며 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.2.18. 이를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2025.3.11. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 주식매수선택권 행사이익을 판정하기 위한 비상장주식의 시가 산정 기준을 따로 정하여 두고 있지 않으므로, 그 기준을 정하고 있는 상증세법 제60조의 규정에 따라 비상장주식의 시가를 산정하여야 한다. 처분청은 법인세법 시행령 제89조 에 따른 매매사례가액을 시가로 본다는 의견이나, 위 규정은 부당행위계산부인에 대한 규정이어서 주식매수선택권 행사 시 비상장주식 시가 평가에 적용할 수 없고, 주식매수선택권 행사이익의 시가산정 기준이 없는 이상, 상증세법 제60조에 따라 불특정 다수인 사이에 자유로운 거래 시 거래가액을 시가로 보아야한다. 한편 상장주식과 달리 비상장주식의 거래에 관하여는 납세자가 이를 확인하기 어렵고, 특정기간에만 거래된 비상장주식의 거래가액을 시가로 인정하기도 어려우며, 상증세법 시행령 제49조 제1항 제1호에서 액면가액의 합계액으로 발행주식총액 또는 출자총액의 1/100 또는 OOO원 미만의 거래가액인 경우 매매사례가액에서 제외하도록 규정하고 있다. 따라서 상증세법 제60조 제2항에 따른 매매사례가액을 적용할 수 없을 경우에는 같은 조 제3항에 따라 상증세법 제63조에 따라 비상장주식을 평가하여야 하고, 이와 같이 평가하는 경우 이 건 주식매수선택권 행사 시 1주당 가액은 2019년 OOO원, 2020년 OOO원으로 산정된다.

(2) 근로자에게 주식매수선택권을 부여한 취지는 근로자의 애사심과 근로의욕을 고취시키고자 한 것이지 과도하게 주식을 평가하여 세금에 대한 부담을 주고자 함이 아니다. 회사 발행 주식 중 극히 일부를 소유한 근로자가 회사의 주요 의사결정에 영향을 미칠만한 주주권을 행사할 수도 없고, 주식매수선택권을 부여받아 향후 이를 행사하는 시점에 실질적인 금전상 이익을 얻게 되는 것이므로 주식매수선택권을 부여받는 시점에 행사에 따른 이익을 확인할 수는 없는 것이며, 추후 비슷한 가격에 매도될 수 있을지도 모르는 불확정한 매매사례가액을 시가로 평가하여 과세하는 것은 입법미비에 따른 조세부담을 납세자에게 부담시키는 것으로서 불합리한데도 처분청이 이를 고려하지 아니하고 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 (1) 소득세법 제20조 제3항, 같은 법 시행령 제38조 제1항 제17호는 법인의 임원 또는 종업원이 당해 법인으로부터 부여받은 주식매수선택권을 당해 법인 등에서 근무하는 기간 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다)을 근로소득으로 규정하고 있고, 그와 같은 근로소득금액의 산정에 관하여 소득세법 제24조 제2항 은 금전 외의 것을 수입하는 때에는 그 수입금액을 그 거래 당시의 가액에 의하여 계산하도록 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제51조 제5항 제5호, 같은 법 시행규칙 제22조의2는 비상장주식의 수입금액 계산에 있어서는 법인세법 시행령 제89조 를 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있다. 소득세법 및 그 시행령 조항 등은 근로소득에 해당하는 주식매수선택권의 행사이익을 산정하기 위한 규정이고, 반면 법인세법 시행령 제89조 는 이른바 ‘부당행위계산의 부인’에 관련된 규정으로, 법인과 특수관계인 사이의 거래는 당사자들의 밀접한 관계로 말미암아 그 거래가액이 통상의 거래에 의하여 정상적으로 형성되는 자산의 가액보다 지나치게 고평가되거나 저평가될 우려가 있어 그와 같은 거래가액을 인정하지 않겠다는 취지로 도입된 것이다. 이와 같이 양 규정의 목적이 상이한 점에 비추어 보면, 소득세법 시행규칙 제22조의2 에 따라 법인세법 시행령 제89조 를 준용함에 있어 법인과 특수관계인 사이의 거래라 하더라도 그 거래가액이 객관적으로 보아 일반적이고도 정상적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있다면 주식매수선택권의 행사이익을 산정할 수 있는 ‘시가’에 해당한다고 봄이 타당하다(서울고등법원 2018.2.27. 선고 2017누70498 판결, 참조). 이 건의 경우 청구인이 주식매수선택권을 행사한 날인 2019.12.23.부터 3일 후인 2019.12.26.에 해당 주식을 매매하고 이에 대한 양도소득세 및 증권거래세를 신고ㆍ납부한 사례가 확인되고, 해당 거래는 청구인 외 6인이 C 주식회사를 매수인으로 2019.12.26. 1주당 OOO원에 2,220주를 총 매매대금 OOO원에, 같은 날 A 외 7인이 B 주식회사를 매수인으로 같은 가액에 1,686주를 총 매매대금 OOO원에 거래한 사실이 확인된다. 따라서 청구인의 이 건 주식매수선택권 행사에 따른 거래가액은 불특정다수인 간 거래가액인 ‘시가’에 해당하므로 시가가 불분명할 때 적용되는 보충적 평가방법으로 이 건 주식가액을 평가하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 상증세법 시행령 제49조 제1항 제1호에서 액면가액의 합계액으로 발행주식총액 또는 출자총액의 1/100 또는 OOO원 미만의 거래가액인 경우 매매사례가액에서 제외하도록 규정하고 있는바, 청구인 외 14인의 2019.12.26.자 A 주식 거래내역을 보면, 2019 귀속 총 발행주식 190,185주 중 3,906주를 매도하여 액면가 OOO원인 A 비상장주식의 가액(OOO원)이 발행주식총액 또는 출자총액의 100분의 1에 해당하는 금액(OOO원)과 OOO원 중 적은 금액 미만에 해당되지 아니하므로 상증세법 시행령 제49조 제1항 제1호 나목에 따른 매매사례가액에 대한 제외사유에 해당되지 아니한다.

• 가. 쟁점 주식매수선택권 행사이익 산정 시 쟁점주식의 시가를 보충적 평가방법으로 평가한 가액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인이 제시한 심리자료에 의하면, 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인이 부여받은 주식매수선택권과 행사내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 주식매수선택권 부여 및 행사내역 ㅇㅇㅇ (나) 2019.12.26.자 청구인을 포함한 14인의 주식 거래내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 2019.12.26.자 주식 거래내역 ㅇㅇㅇ (다) 법인등기사항일부증명서에 의하면, 이 건 처분청이 매매사례가액으로 본 2019.12.26.자 청구인 등 14인의 주식 양도거래 당시 A의 발행주식 총수는 190,185주이고 발행주식총액은 OOO원(액면가 OOO원)이며, 위 2019.12.26.자 매매거래주식수(3,906주)는 A 총발행주식수(190,185주)의 1% 이상에 해당하는 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 주식매수선택권 행사이익 판정 시 비상장주식의 시가 산정기준은 상증세법 제60조 및 같은 법 시행령 제54조의 규정에 따라 보충적 평가방법으로 산정하여야 한다고 주장하나, 소득세법 제20조 및 같은 법 시행령 제38조 제1항 제17호에서 법인의 임원 또는 종업원이 당해 법인으로부터 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액)을 근로소득으로 보도록 규정하고 있는 점, 청구인이 주식매수선택권을 행사한 날인 2019.12.23. 및 2020.1.22.부터 1개월 이내인 2019.12.26.에 청구인을 포함한 14인이 A과 특수관계인에 해당하지 아니하는 C 주식회사 및 B 주식회사에 1주당 OOO원의 가액으로 A의 주식을 총 3,906주, 매매대금 총액 OOO원에 양도한 사실이 확인되는 점, 위 2019.12.26.자 주식거래는 특수관계 없는 자 간의 거래로서 매매거래주식수 3,906주가 A 총발행주식수 190,185주의 1% 이상에 해당하고, 거래가액은 OOO원 이상에 해당하는 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 주식매수선택권 행사이익을 계산함에 있어 소득세법 시행령 제51조 제5항 및 법인세법 시행령 제89조 제1항 에 따라 2019.12.26.자로 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격인 1주당 OOO원을 시가로 적용하여야 하는 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등 (1) 상법 제340조의2【주식매수선택권】 ① 회사는 정관으로 정하는 바에 따라 제434조의 주주총회의 결의로 회사의 설립·경영 및 기술혁신 등에 기여하거나 기여할 수 있는 회사의 이사, 집행임원, 감사 또는 피용자(被用者)에게 미리 정한 가액(이하 "주식매수선택권의 행사가액"이라 한다)으로 신주를 인수하거나 자기의 주식을 매수할 수 있는 권리(이하 "주식매수선택권"이라 한다)를 부여할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가액이 주식의 실질가액보다 낮은 경우에 회사는 그 차액을 금전으로 지급하거나 그 차액에 상당하는 자기의 주식을 양도할 수 있다. 이 경우 주식의 실질가액은 주식매수선택권의 행사일을 기준으로 평가한다.

(2) 소득세법 제20조【근로소득】(2019.12.31. 법률 제16834호로 개정되기 이전의 것) ③ 근로소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제24조【총수입금액의 계산】① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액(총급여액과 총연금액을 포함한다. 이하 같다)은 해당 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액으로 한다.

② 제1항의 경우 금전 외의 것을 수입할 때에는 그 수입금액을 그 거래 당시의 가액에 의하여 계산한다.

③ 총수입금액을 계산할 때 수입하였거나 수입할 금액의 범위와 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 소득세법 시행령 제38조【근로소득의 범위】① 법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다.

17. 법인의 임원 또는 종업원이 해당 법인 또는 해당 법인과 ｢법인세법 시행령｣ 제2조 제5항 에 따른 특수관계에 있는 법인(이하 이 호에서 "해당 법인등"이라 한다)으로부터 부여받은 주식매수선택권을 해당 법인등에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다) 제51조【총수입금액의 계산】⑤ 법 제24조 제2항을 적용함에 있어서 금전외의 것에 대한 수입금액의 계산은 다음 각호에 의한다.

1. 제조업자ㆍ생산업자 또는 판매업자로부터 그 제조ㆍ생산 또는 판매하는 물품을 인도받은 때에는 그 제조업자ㆍ생산업자 또는 판매업자의 판매가액

2. 제조업자ㆍ생산업자 또는 판매업자가 아닌 자로부터 물품을 인도 받은 때에는 시가

3. 법인으로부터 이익배당으로 받은 주식은 그 액면가액

4. 주식의 발행법인으로부터 신주인수권을 받은 때(주주로서 받은 경우를 제외한다)에는 신주인수권에 의하여 납입한 날의 신주가액에서 당해신주의 발행가액을 공제한 금액

5. 제1호 내지 제4호외의 경우에는 기획재정부령이 정하는 시가 (4) 소득세법 시행규칙 제22조의2【시가의 계산】영 제51조 제5항 제5호에서 “기획재정부령이 정하는 시가”라 함은 법인세법 시행령 제89조 를 준용하여 계산한 금액으로 한다. (5) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. (6) 법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 일부개정된 것) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조 를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호 ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다. (7) 상속세 및 증여세법 제63조【유가증권 등의 평가】(2019.12.25. 법률 제1605호로 개정되기 이전의 것) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

• 가. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식등 중 대통령령으로 정하는 주식등(이하 이 호에서 "상장주식"이라 한다)은 평가기준일(평가기준일이 공휴일 등 대통령령으로 정하는 매매가 없는 날인 경우에는 그 전일을 기준으로 한다) 이전·이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따라 거래소허가를 받은 거래소(이하 "거래소"라 한다) 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액(평균액을 계산할 때 평가기준일 이전·이후 각 2개월 동안에 증자·합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전·이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다). 제38조에 따라 합병으로 인한 이익을 계산할 때 합병(분할합병을 포함한다)으로 소멸하거나 흡수되는 법인 또는 신설되거나 존속하는 법인이 보유한 상장주식의 시가는 평가기준일 현재의 거래소 최종 시세가액으로 한다.
• 나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다. (8) 상속세 및 증여세법 시행령 제49조【평가의 원칙등】① 법 제60조 제2항에서 "수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것"이란 평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다. 이하 이 항에서 "평가기간"이라 한다)이내의 기간 중 매매·감정·수용·경매(민사집행법에 따른 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 조 및 제49조의2에서 "매매등"이라 한다)가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다.

1. 해당 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 가. 특수관계인과의 거래 등으로 그 거래가액이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우
• 나. 거래된 비상장주식의 가액(액면가액의 합계액을 말한다)이 다음의 금액 중 적은 금액 미만인 경우(제49조의2 제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 그 거래가액이 거래의 관행상 정당한 사유가 있다고 인정되는 경우는 제외한다)

1. 액면가액의 합계액으로 계산한 해당 법인의 발행주식총액 또는 출자총액의 100분의 1에 해당하는 금액

2. 3억원 제54조【비상장주식등의 평가】(2019.12.31. 법령 제30285호로 개정되기 이전의 것) ① 법 제63조 제1항 제1호 나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 "비상장주식등"이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(소득세법 제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다. 1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 "순자산가치"라 한다)

③ 제1항 및 제2항을 적용할 때 법 제63조 제1항 제1호 나목의 주식등을 발행한 법인이 다른 비상장주식등을 발행한 법인의 발행주식총수등(자기주식과 자기출자지분은 제외한다)의 100분의 10 이하의 주식 및 출자지분을 소유하고 있는 경우에는 그 다른 비상장주식등의 평가는 제1항 및 제2항에도 불구하고 법인세법 시행령 제74조 제1항 제1호 마목에 따른 취득가액에 의할 수 있다. 다만, 법 제60조 제1항에 따른 시가가 있으면 시가를 우선하여 적용한다.