쟁점개발비와 관련한 자료만으로 개발비 관련 지출을 신뢰성 있게 측정할 수 있다고 보기 어려운 등 자산화 기준을 충족하였다고 보기 어려우므로 개발비로 보아 과세한 처분은 잘못이 있음
쟁점개발비와 관련한 자료만으로 개발비 관련 지출을 신뢰성 있게 측정할 수 있다고 보기 어려운 등 자산화 기준을 충족하였다고 보기 어려우므로 개발비로 보아 과세한 처분은 잘못이 있음
[사건번호] 조심2025중1290 (2025.06.10) [세 목] 법인 [결정유형] 취소 --------------------------------------------------------------------------------- [제 목] 청구법인이 당기비용처리한 쟁점개발비(연구부서 인건비)를 무형자산인 개발비로 보아 손금불산입한 처분의 당부 [결정요지] 쟁점개발비와 관련한 자료만으로 개발비 관련 지출을 신뢰성 있게 측정할 수 있다고 보기 어려운 등 자산화 기준을 충족하였다고 보기 어려우므로 개발비로 보아 과세한 처분은 잘못이 있음 [관련법령] 법인세법 제23조 / 법인세법 제41조 / 법인세법 제43조 / 법인세법 시행령제24조제1항제2호 / 법인세법 시행령제72조제2항 [참조결정] [따른결정] --------------------------------------------------------------------------------- [주 문] AAA세무서장이 2024.12.5. 청구법인에게 한 법인세 2019사업연도분 OOO원, 2020사업연도분 OOO원, 2021사업연도분 OOO원, 2022사업연도분 OOO원, 2023사업연도분 OOO원 에 대한 각 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
1. 청구법인은 2005사업연도부터 공인회계사로부터 외부감사를 받아오면서 쟁점개발비를 매 사업연도마다 비용처리하였고, 청구법인의 결산 재무제표에 대하여 2005사업연도 이래 외부감사은 모두 적정 의견을 제시하고 있는바, 청구법인이 기업회계기준에 따라 자산으로 인식할 개발비를 비용처리하여 분식회계하였다고 볼 수는 없다.
2. K-IFRS 기준서는 개발비의 아래 자산화 요건 6가지를 모두 만족하는 경우에 한하여 자산으로 인식할 수 있도록 허용하고 있어 자산화 요건을 매우 엄격하게 적용하고 있고, 청구법인이 지출한 연구비용은 K-IFRS 기준서에서 규정한 자산화 요건을 충족하지 못하여 연구비용과 관련한 지출에 대하여 연구단계에서 발생한 지출은 모두 당기비용으로 인식하였던 것이며, 특히 기준서 (6)의 요건인 프로젝트별로 구분하여 지출액을 관리하여야 하는 요건을 충족하지 못한다. <K-IFRS 기준서 자산인식의 요건> 다음 사항을 모두 제시할 수 있는 경우에만 개발활동(또는 내부 프로젝트의 개발단계)에서 발생한 무형자산을 인식한다.
(1) 무형자산을 사용하거나 판매하기 위해 그 자산을 완성할 수 있는 기술적 실현 가능성
(2) 무형자산을 완성하여 사용하거나 판매하려는 기업의 의도
(3) 무형자산을 사용하거나 판매할 수 있는 기업의 능력
(4) 무형자산이 미래 경제적 효익을 창출하는 방법. 무형자산을 거래하는 시장이 존재하거나 내부적으로 사용할 것이라면 그 유용성을 제시할 수 있음
(5) 무형자산의 개발을 완료하고 그것을 판매․사용하는데 필요한 기술적, 재정적 자원 등의 입수 가능성
(6) 개발 과정에서 발생한 무형자산의 관련 지출을 신뢰성 있게 측정할 수 있는 기업의 능력 (나) 처분청이 자산요건을 충족하였다고 본 개발비용은 개발프로젝트별로 원가를 산정한 것이 아닌 연구활동을 하는 부서 중 특정부서(연구팀, 제형 연구팀)의 인건비만을 집계(쟁점개발비)하여 과세처분한 것으로, K-IFRS 기준서에 따른 개발비로 인정될 수 없으며, 자산화한 개발비는 프로젝트별로 사용가능 시점부터 감가상각을 개시하여야 함에도 불구하고 처분청은 직전연도 자산으로 인식하여 익금과세한 개발비를 차기연도부터 감가상각을 개시하였는 바, 이는 처분청도 개발프로젝트별로 구분하지 아니하였다는 반증으로, K-IFRS 기준서에 따른 개발비로 볼 수 없음이 명백하다.
1. 법인세법상 개발비는 최초부터 이연자산(비용의 이연)에 포함되었던 것으로 기업회계기준에서 이연자산이 폐지되고 무형자산으로 변경된 것인 바, 법인세법에서도 원칙적으로 비용지출시점에 손금으로 보는 것이 타당하고, 이연자산은 당기 지출한 비용을 회계목적에 따라 미래 사업연도로 비용을 이연시키는 자산으로서 과거 법인세법에서는 개발비를 이연자산으로 분류하고 있었다. 2000년에 들어서면서 기업회계기준에서 이연자산이 폐지되면서 법인세법상 이연자산으로 분류하던 자산(창업비 등)들이 대부분 당기비용 처리가 되고, 개발비만 무형자산으로 변경된 것으로 본질적으로 개발비는 당기비용을 회계목적에 따라서 미래 사업연도로 비용을 이연하기 위한 회계처리인 것이므로, 청구법인이 자산으로 인식하지 아니하고 당기비용 처리한 연구비용 관련 지출액을 법인세법에서 임의적으로 당기비용을 부인하고 비용을 이연처리할 수는 없는 것이다.
2. 법인세법상 개발비는 본질적으로 당기비용으로 처리하여야 할 지출액을 회사가 결산상 자산으로 계상하면서 세금을 조기 납부한 경우에 그 처리를 법인세법에서도 인정하겠다는 취지이고, 법인세법에서도 당해 법인이 개발비로 계상한 것(법인세법 시행령제24조 제1항 제2호 사목)을 개발비로 인정하고 있으며, 현행 법인세법 기본통칙에서도 법인이 무형고정자산인 개발비로 계상한 경우에 한하여 적용(법인세법 기본통칙 23-26...9) 한다고 규정하고 있으며, 현행 집행기준에서도 법인이 무형고정자산인 개발비로 계상한 경우에 한하여 적용(법인세법 집행기준 23-26-7)한다고 규정하고 있다. 다만, 법인세법 시행령에서는 2021년에 법조문을 정리하면서 ‘당해 법인이 개발비로 계상한 것’에서 ‘기업회계기준에 따른 개발비 요건은 갖춘 것’으로 법조문이 변경되었으나, 법 개정 이전에도 판례에서는 개발비에 대하여 법인세법상 자산으로 보아야 하는지 여부에 대하여 비용으로 보는 사례, 자산으로 보는 사례가 병존하고 있었던 점을 고려하면, 본 법조문의 변경은 새로운 법의 개정이라기 보다는 법조문의 구체화 측면에서의 변경으로 보아야 할 것이며, 현행 법인세법 기본통칙 및 집행기준이 시행령 개정 이후에도 여전히 종전의 법조문을 인용하여 풀이한 점을 보면, 2021년 법조문의 변경으로 법의 해석이 달라졌다고 볼 수는 없다. (다) 처분청은 개발프로젝트별 구분 없이 청구법인의 연구소 중 특정 연구팀의 인건비를 전액 개발비 자산으로 본 것이고, 기업회계기준에 따른 개발프로젝트별로 식별가능한 지출구분에 따라 개발비 자산으로 인식한 것이 아니다.
1. 처분청의 과세내역을 보면 회사의 4개 부문의 개발부서(연구개발부, 화장품개발부, 의료기기개발부, 원료개발부) 중 연구개발부 및 화장품개발부 일부 부서의 인건비만을 자산화대상으로 보았고, 이는 개발프로젝트별 구분이 아닌 특정부서 인건비 전액을 자산화 대상 개발비로 보아 과세한 것이다. <처분청의 개발비 과세근거> ㅇㅇㅇ
2. 기업회계기준에 따른 개발비는 개발 프로젝트별로 해당 지출액을 엄격하게 구분·관리하여야 할 것이고, 이를 위해서는 개발인력의 프로젝트별 관리가 필수적이며, 특정 인원이 특정 프로젝트에 얼마의 시간을 투입했는지 명백하게 확인할 수 있는 증거로 관리해야 하나, 이러한 관리 노력이 부재한 상태에서 당기비용으로 계상한 개발비를 사후적으로 자산으로 계상하는 것은 불가능하고, 설사 자산으로 계상하였다고 하더라도 회계감사 시 프로젝트별 투입내용을 입증할 수 없기 때문에 개발비의 자산성을 부인당하게 될 것이다.
3. 외부 회계감사를 적정하게 받는 국내의 모든 회사 중에 상기와 같이 개발프로젝트별 구분 없이 연구개발비용을 개발비 자산으로 인식하는 회사는 없을 것이고, 청구법인이 이 건 조사 당시에 재료비 등 일부 지출에 대하여만 개발프로젝트 구분이 가능한 것으로 제시하였으며, 인건비에 대하여는 구분된 자료를 제시하지 못했음에도 불구하고 처분청은 인건비에 대하여 기업회계기준에 따른 개발비로 보아 과세하였는바, 이는 기업회계기준을 어긋난다 할 것이다.
4. 국내 1위 기업인 OOO, 제약 1위 기업인 OOO 등 국내의 상장법인들 중에는 연구개발비용을 자산으로 인식하고 있지 않은 회사들이 다수 존재하는 바, 개발비는 본래 회사의 회계정책상의 의사결정에 따라 인식 여부를 판단할 수 있는 것이고, 기업회계기준상 자산으로 인식하기 위한 개발비는 개발비의 자산요건을 충족하기 위한 엄격한 관리뿐만 아니라 결산기마다 개발 프로젝트별로 손상검토 등의 유지관리를 하여야 하는 것으로 자산으로 관리함에 따른 관리비용이 오히려 더 큰 경우가 많아 R&D투자를 많이 하고 있는 국내 리딩기업들도 연구개발비용을 전액 당기 비용처리하고 있고, 개발비 자산으로 인식하고 있지 아니한 것이다.
(2) 특허관리팀의 업무는 국내외 특허와 관련된 전반적인 업무를 수행하는 부서로서 이 팀의 인건비인 쟁점인건비는 특허권 취득원가를 구성할 수준으로 취득 활동과 연관이 있다고 볼 수는 없다. (가) 청구법인은 연구소 내에 특허와 관련하여 별도팀을 구성하여 특허권 및 상표권을 관리하도록 하고 있으며, 아래 <표3>의 업무분장표와 같이 특허관리팀은 특허의 출원, 등록 및 등록 후 유지관리, 상표의 출원, 등록 및 등록 후 갱신관리 등 특허 및 상표 관련한 전반적인 업무를 전담하고 있는 조직인바, 이 관리팀은 특허권 자산의 취득만을 위한 부서가 아니고, 팀의 인건비인 쟁점인건비는 특허권 특허번호별로 식별하여 구분관리 할 수도 없으므로, 특허권 자산으로 인식하여 과세처분한 것은 부당하다. <표3> 특허관리팀 업무분장표 ㅇㅇㅇ (나) 기업회계기준에서는 특허권의 자산 취득가액을 구성함에 있어서 명백하게 자산을 취득하는데 직간접으로 기여한 식별가능한 지출액을 자산의 취득가액으로 보고 있는바, 특허출원 시에는 출원비용을 선급금으로 계상하다가 특정 특허등록 시에 출원비용과 함께 특허등록 시 발생한 지출액을 자산화하는 것으로, 특허 등록절차에 직간접으로 기여한 지출액을 특허번호별로 구분하여 자산의 취득가액으로 인식하는 것이다. 또한, 자산화한 특허권은 특허번호별로 등록(사용가능 시점) 후 허여기간에 상각하여야 하며, 특허권별로 등록시점이 상이함에도 불구하고 처분청은 직전연도 자산으로 인식하여 익금산입한 특허권을 차기 연도부터 매년 균등액으로 감가상각하였는바, 처분청도 익금과세한 특허권이 특허번호로 구분이 불가능하여 특허권의 취득가액 구성요건을 충족하지 못하고 있다는 사실을 반증하는 것이다. (다) 가사, 자산의 취득을 위한 부서의 인건비를 모두 자산화하여야 한다면, 일반회사의 구매팀은 회사의 자산취득을 위하여 존재하는 부서이므로 구매팀의 인건비도 모두 자산화하여야 한다는 지나치게 확장된 해석을 하게 되는 결과를 초래할 것이고, 청구법인의 2023년 12월말 기준 특허현황을 보면 아래 <표4>와 같이 전체 출원 1,085건(국내 186건, 해외 899건) 중 등록된 건은 746건(국내 99건, 해외 647건)이며, 등록 전 출원 중인 특허권 및 등록 후 특허 유지를 위한 활동이 모두 특허관리팀의 업무에 해당하는 바, 등록 전 출원 중인 특허관련 비용은 특허권 자산으로 인식할 수 없고, 등록 후 유지관리 중인 특허관련 비용도 특허권 자산으로 인식할 수 없다. <표4> 청구법인의 특허현황(2023년 12월말 기준) ㅇㅇㅇ (라) 결과적으로 특허권을 자산으로 인식하기 위해서는 관련지출액을 특허번호별로 관리할 수 있어야 하고, 특정 특허의 취득을 위하여 지출되었다는 명백한 구분관리가 없는 한 특정 특허자산의 취득원가를 구성한다고 볼 수 없으며, 이에 청구법인은 개별 자산별로 식별이 불가능한 특허관리팀의 쟁점인건비를 당기비용처리하였던 것이므로, 이 건 처분은 부당하다.
1. 청구법인은 2019년 이전부터 펩타이드를 관련 원천기술을 확보하고 필러·화장품 등을 제품화하였고, 대표적인 제품인 레보필(필러)의 경우 2012년 출시되어 130여 개국에 수출되는 청구법인의 주요 판매 품목이다. 또한, 청구법인은 펩타이드 기술을 응용하여 필러뿐만 아니라 혈당치료제 등 의료기기 및 건강기능식품 분야까지 제품확장을 시도하였으며, 그 결과로 2022년 3월 ‘디글루스테론’(혈당 조절을 위한 기능성 식품 원료 펩타이드)이 미국식품의약국(FDA) 의 신규 건강보조성분으로 인증(NDI, New Dietary Ingredient) 받았으며 2022년 5월 해당 제품을 미국시장에 출시한 사실이 있다.
2. 2025년에는 디글루스테론에 후속 제품으로 근육 개선용 ‘마이키오’, 체중조절제 ‘코글루타이드’ 등을 출시할 예정이라고 발표하는 등 기존 펩타이드 기술을 이용한 제품 확장이 시도되고 있는 바, 이러한 사실은 청구법인이 무형자산을 완성할 수 있는 기술 실현 가능성 및 판매하려는 기업의 의도와 능력을 갖추었을 뿐만 아니라, 해외시장에서 자체 브랜드로 판매가 이루어지고 있는 등 무형자산의 거래시장이 존재한다는 사실을 입증하므로 K-IFRS의 자산인식요건 (1)〜(5)를 충족하였다고 볼 수 있다.
3. 청구법인은 개발비용을 프로젝트별로 구분하여 지출액을 관리하지 못하므로 기준서 (6)의 조건을 충족하지 못한다고 주장하나, 조사 시 확보한 여러 자료를 통해 연구 프로젝트 또는 제품과 관련한 비용을 특정하고 구분하여 측정할 수 있다는 사실은 연구소장과의 인터뷰 및 청구법인의 연구조직 및 연구팀별 과제명과 청구법인이 제출한 연구개발비의 제품별, 프로젝트별 구분 내역을 통해 확인된다. 또한, 연구소장의 문답서에서 펩타이드 핵심기술은 레보필 등의 필러로 이미 대부분 제품화되었으며 추가 효능 등을 연구하여 제품군을 확장하고 있고, 연구팀원 모두가 프로젝트에 관여하고 있으며, 연구팀이 수행한 업무는 프로젝트별로 나눠져 있다고 답변한바, 단순 연구단계가 아닌 개발이 완료되어 제품 또는 프로세스를 사용할 수 있는 구체적 개발 단계에 해당하므로 기업회계기준을 준용한다 하더라도 쟁점개발비는 자산요건에 해당한다.
4. 과세관청은 조사과정에서 경상개발비에 대하여 실질적인 자산화 여부를 검토할 수 있도록 기능별, 제품별, 프로젝트별 구분되는 비용을 제출할 것을 지속적으로 요구하였고, 실제로 청구법인도 연구팀의 프로젝트별로 성과중심의 개발활동 기록을 내부적으로 관리해 왔을 뿐 아니라 조사과정에서도 경상개발비에 대해 관련 제품 및 관련 부서를 일부 구분·제출하였으므로 그 구분이 불가능한 것은 아니므로, 프로젝트별로 구분 기장한 내역이 없어 개발비의 자산화가 불가능하다는 청구법인의 주장은 사후적인 주장에 불과하다.
5. 이미 판매 중인 제품과 관련한 연구업무를 담당하는 연구팀 인건비 및 상용화 직전 제품의 제형을 결정하고 연구하는 제형연구팀의 인건비의 경우, 회사가 프로젝트별로 구분하여 개발비로 계상해왔다고 가정한 경우라도 필수적으로 포함될 수 밖에 없는 최소한의 비용에 해당한다. (다) 청구법인과 동일한 업종의 회사들은 이미 제품화 상용화 된 개발비를 자산으로 계상하고 있다.
1. 청구법인과 동일한 업종(의료용 물질 및 의약품 제조업)을 운영 중인 기업들의 개발비 계상내역을 살펴보면 개발 완료되거나 시판 중인 제품의 경우 관련 비용을 자산화하고 있는 것을 확인할 수 있고, 청구법인은 제약회사와 동일한 업종을 영위할 뿐 아니라 피부에 직접 주사하는 필러 제품 및 건강기능식품의 경우 치료제의 지속적인 임상실험을 거쳐 승인이 완료되어야 제품화할 수 있다는 점에서 제약 바이오산업의 제품생산과 유사하다.
2. 청구법인이 혈당치료 목적으로 개발한 디글루스테롤 성분은 임상실험이 완료되어 미국 FDA 승인을 획득하는 등 이미 자산화 가능 단계를 충족한 것으로 판단되므로 이미 판매 중인 제품과 관련하여 지속적·고정적으로 지출되어 온 쟁점개발비는 제약·바이오 산업에 관한 회계처리 지침을 따른다 하더라도 측정 가능한 자산화 대상 개발비로 계상되어야 한다. 따라서, 청구법인은 펩타이드 원천기술을 이용하여 새로운 효능을 발견하면 해당 후보물질을 접목한 제품을 구상하고 임상단계를 거쳐 국가기관의 승인을 받는 단계까지 세부적으로 관리하고 있음에도, 5년간 약 OOO원의 경상개발비의 자산화 요건을 검토하지 않고 모두 비용 처리하였으므로 쟁점개발비를 무형자산으로 익금산입한 처분은 정당하다. (라) 개발비에 관한 기업회계가 일반적으로 공정․타당하다고 인정되는 경우 조사․결정의 기초로 존중될 수 있지만 그러하지 않은 경우에는 과세관청은 이를 경정할 수 있다.
1. 국세기본법제20조(기업회계의 존중)는 ‘세무공무원이 국세의 과세표준을 조사ㆍ결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것은 존중하여야 하나 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다’라고 규정하고 있고, 법인세법 시행령제24조 제1항 제2호 바목에서 법인이 개발비로 계상한 경우 이를 무형자산으로 볼 수 있다고 한 취지는 법인으로 하여금 개발비 계상 여부를 선택할 수 있도록 한 것이 아니라, 기업회계기준에 부합하도록 회계처리한 경우 이를 존중한다는 것인바, 결국 개발비에 관한 기업회계가 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 경우에는 과세표준 조사ㆍ결정의 기초로 존중될 수 있지만, 그러하지 아니한 경우에는 과세관청의 경정권에 의하여 이를 경정할 수 있다고 봄이 타당하다.
2. 기업회계 존중의 원칙 단서에서는 ‘세법에 특별한 규정이 있는 경우 이를 적용하지 않는다’고 규정하여 과세소득을 계산함에 있어서는 기업회계기준에 부합하는지에 대한 회계감사인의 판단과 다르게 다시 회계기준의 요건을 충족하는지에 대해 판단할 수 있도록 하였는바, 회계감사를 받은 법인의 회계처리에 대해서도 개발비 같은 손익의 이연항목에 대해서는 세법상 별도로 규정한 사항이 있으면 자의적인 판단을 배제하고 다시 한번 적정한 과세소득 산정을 허용한 것으로 보는 것이 명확한 해석이다.
(2) 법인세법제41조 및 같은 법 시행령 제72조에 따라 특허개발과 관련된 쟁점인건비는 특허권(무형자산)의 취득가액에 포함해야 한다. (가) 2022년 당시 조직도상 특허관리팀은 중앙연구소 소속으로 김은희 외 2명으로 구성되어 있었으며 소수의 인원으로 운영되고 있어 특허 관련 업무 외에 기타 행정업무는 수행하지 않은 것으로 확인되므로, 특허관리팀의 인건비는 특허권이라는 자산을 생산하기 위해 필수적으로 발생되는 원가에 해당하고 이는 법인세법 시행령제72조의 노무비에 해당하므로 특허권 취득가액에 포함되어야 할 것이다. (나) 쟁점인건비가 한국채택국제회계기준(K-IFRS)에 따라 특허권에 취득원가에 포함되는지 여부와 관련하여, 청구법인이 특허와 관련한 지출을 비용으로 계상하다가 특허 등록시점에 자산화하는 회계처리를 한 것은 해당 시점에는 기업회계기준에 의한 자산의 인식요건을 충족하였다고 본 것이므로, 특허권과 기타 부대비용이 해당 시점에 자산성을 가진다는 점은 처분청과 이견이 없다. (다) 청구법인은 약 1,000건이 넘는 특허권 등을 출연하면서 아래 <표5>와 같은 특허권을 보유한 것으로 신고하였으나, 해당 특허 등록을 위해 제3자인 법무법인에게 지급하는 비용만을 취득원가로 계상하고 청구법인의 연구소 등 회사가 자체적으로 발생하는 원가인 쟁점인건비는 당기 비용으로 처리하고 있다. <표5> 청구법인 특허권 및 경상개발비 신고 내역 ㅇㅇㅇ 만약 특허관리팀의 업무를 제3자에게 대행하고 대금을 지급하였다면 관련 비용도 특허권 자산의 취득가액에 포함하였을 것으로 해당 조직이 내부에 존재한다는 이유만으로 관련 쟁점인건비를 당기 비용으로 계상하는 것은 합리적이지 않다. (라) 청구법인은 매년 특허권을 창출하고 이 중 상당수가 이미 제품화에 이미 사용되고 있는바, 이는 특허관리팀의 인건비는 미래 경제적 효익을 발생시키는 자산이며, 무형자산의 생산에 직접적으로 발생되는 자산의 취득원가에 해당함을 입증하는 것이고, 청구법인이 제출한 특허관리팀의 업무분장표의 1)〜4)는 모두 특허 출원을 위한 업무로 대부분의 업무는 무형자산의 창출 또는 취득에 해당한다고 볼 수 있다. 설령 특허관리팀의 인건비를 전체를 취득원가로 볼 수 없다고 판단하였다면 청구법인은 조사과정에서 합리적인 배부기준을 제시하고 이에 대한 자료를 제출하였어야 할 책임이 있음에도 불구하고 어떠한 반증도 제시하지 않았고, 오히려 특허관리팀이 특허권 취득업무를 수행했다는 사실은 회사가 여러 차례 인정한 바, 단순히 특허번호별로 관리를 하지 않았다는 이유만으로 발생원가를 당기 비용으로 처리해야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.
① 당기 비용으로 인식한 쟁점개발비가 무형자산 인식요건을 충족하는지 여부
② 특허관리팀의 쟁점인건비가 특허권 취득원가에 포함되는지 여부
2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산: 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액 제43조[기업회계기준과 관행의 적용] 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계기준 또는 관행에 따른다. (2) 법인세법 시행령 제24조[감가상각자산의 범위] ① 법 제23조 제1항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산"이란 다음 각 호의 유형자산 및 무형자산(제3항의 자산은 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형자산
2. 자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득 한 자산：원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액
(3) K-IFRS 기업회계기준서 제1038호 무형자산 문단 8) 용어의 정의 개발: 상업적인 생산이나 사용 전에 연구결과나 관련 지식을 새롭거나 현저히 개량된 재료, 장치, 제품, 공정, 시스템이나 용역의 생산을 위한 계획이나 설계에 적용하는 활동 문단 62) 원가계산시스템으로 무형자산을 내부적으로 창출하는 데 발생한 원가를 신뢰성 있게 측정할 수도 있다. 예를 들어, 저작권이나 라이선스를 획득하거나 컴퓨터소프트웨어를 개발하는 과정에서 발생한 급여 등의 지출을 원가계산시스템으로 신뢰성 있게 측정할 수 있다. 문단 66) 내부적으로 창출한 무형자산의 원가는 그 자산의 창출, 제조 및 경영자가 의도하는 방식으로 운영될 수 있게 준비하는 데 필요한 직접 관련된 모든 원가를 포함한다. 직접 관련된 원가의 예는 다음과 같다. ⑴ 무형자산의 창출에 사용되었거나 소비된 재료원가, 용역원가 등 ⑵ 무형자산의 창출을 위하여 발생한 종업원 급여(기업회계기준서 제1019호의 정의 참조) ⑶ 법적 권리를 등록하기 위한 수수료
(2) 청구법인은 한국표준산업분류상 의료용 물질 및 의약품 제조업을 영위하는바, 처분청은 동일한 업종의 타 기업 개발비 계상 내역 및 타 기업의 사업보고서의 일부 내용을 <표1>·<표2>와 같이 제시하며, 동일 업종의 다른 회사들은 개발비(자산)를 계상하고 있다는 의견이다. <표1> 국내 동일업종 개발비 계상 내역 ㅇㅇㅇ <표2> OOO 2022년 사업보고서 ㅇㅇㅇ
(3) 청구법인은 국내의 상장법인들 중에는 연구개발비용을 자산으로 인식하고 있지 않는 회사들이 다수 존재한다고 주장하며 OOO 및 OOO의 공시 내역을 제출하였는데, 일부 내용은 아래와 같다. <OOO 전자공시 중 개발비 내역 중 일부> ㅇㅇㅇ <OOO 전자공시 중 개발비 내역> ㅇㅇㅇ (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점개발비가 이미 개발이 완료된 기술 또는 그 기술을 확장하여 제품을 개발하는 것이므로 자산화되어야 한다는 의견이나, 쟁점개발비의 전체가 이미 개발된 기술에 대한 인건비라는 확인이 없고, 제출된 자료만으로는 개발비 관련 지출을 신뢰성 있게 측정할 수 있다고 보기 어려울 뿐만 아니라 쟁점개발비의 배분 기준(프로젝트별 투입 시간 및 내용)이 명확하지 않아 K-IFRS 의 자산화 기준 중 (6)을 충족하지 못하는 것으로 보이는 점, 이렇게 구분·관리가 부재한 상태에서 당기 비용으로 계상한 개발비를 사후적으로 자산에 해당한다고 보고 계상하는 것은 무리가 있어 보이고, 청구법인의 회계처리가 명백히 기업회계기준 등에 반하는 것이라면 과세대상이 될 수 있을 것이나 쟁점개발비의 자산화 여부는 비용의 기간 귀속에 차이가 있을 뿐이고, 청구법인의 당초 회계처리가 적정하다는 회계감사인의 의견도 있는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점개발비를 무형자산의 인식기준을 충족하는 개발비로 보아 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 특허관리팀의 인건비는 특허권 자산에 필수적인 비용으로 그 취득원가에 포함되어야 한다는 의견이나, 청구법인은 연구소 내에 특허와 관련하여 별도팀을 구성하여 특허권 및 상표권을 관리하도록 하고 있는 반면에 특허관리팀은 특허 등의 출원, 등록 및 등록 후 유지관리, 갱신관리 등 특허 및 상표와 관련한 전반적인 업무를 전담하고 있는 조직인바, 이들의 인건비를 무형자산인 특허권 취득가액에 배분하기 위해서는 각 특허권별로 합리적 기준에 따라 구분되어야 할 것임에도 청구법인이 이를 구분 및 관리하였다고 보기 어려운 점, 기 등록된 특허가 아닌 등록 전후의 활동과 관련한 비용을 모두 각 개별 특허권 취득가액으로 인식하기도 어려워 보이는 점 등에 비추어, 처분청의 이 부분 과세처분도 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.