쟁점세금계산서를 실물거래 없는 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 서울특별시 OO구 OOO에서 2019.9.20.부터 의류 및 공조시스템 설치사업을 영위하고 있는 사업자로, 2020년 제2기부터 2021년 제2기 부가가치세 과세기간 까지 주식회사 A(이하 “쟁점법인”이라 한다)로부터 <표1> 기재와 같이 동관 등을 매입하고 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하였다. <표1> 쟁점세금계산서 내역

○○○

• 나. AA세무서장은 2024.3.11.부터 2024.6.6.까지 쟁점법인에 대한 부가가치세 조사를 실시하여 쟁점법인이 청구법인에게 2020년부터 2022년까지 총 공급가액 OOO원을 가공매출한 것으로 보아, 해당기간 쟁점법인의 부가가치세를 경정․고지함과 동시에 처분청에 청구법인에 대한 과세자료를 파생하였다.
• 다. 처분청은 쟁점세금계산서가 가공매입에 해당하는 것으로 보아, 2024.11.18. 청구법인에게 부가가치세 2020년 제2기분〜2021년 제2기분 합계 OOO원, 2020사업연도 법인세 OOO원을 각 경정․고지하였다. <표2> 부가가치세 및 법인세 경정 내역

○○○

• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점세금계산서는 부가가치세법상 적정한 거래에 따라 정당하게 수수한 세금계산서에 해당한다. (가) 청구법인의 사업이력, 부가가치세 신고내용, 주요 매출처 및 매입처는 <표3> 내지 <표6> 기재와 같다. 상호 업종 사업자등록 일자 ㈜A○○○ 서비스/공조시스템설비 2019.9.20. 전자상거래/의류 <표3> 청구법인 사업이력 <표4> 청구법인의 부가가치세 신고내용

○○○ <표5> 주요 매출처

○○○ <표6> 주요 매입처

○○○ (나) 청구법인은 공조시스템설치 및 의류 전자상거래 사업을 목적으로 설립된 업체로 공조시스템 설치 공사에서 배관은 냉․난방수나 냉매를 순환시키는 역할을 하기 때문에 중앙 냉․난방 시스템에서는 건물 전체로 냉․난방수를 공급하는 배관이 매우 중요하다. 청구법인은 코로나 시기에 공사계약 취소와 기존 공사대금 미지급, 대여금 미회수 등 여러 악재가 발생하여 어려움을 겪고 있는 와중에 현금 여력이 많은 기업인 주식회사 B(이하 “B”이라 한다)에게 자재 구매를 요청하여 동배관을 구입하기로 하였다. 그런데 B은 자재구매 전 구매대금 회수를 보장받기 위하여 매출채권에 대한 보증보험을 요구하였다. 청구법인은 B과 계약당시 설립된지 2년이 되지 않은 법인이어서 매출채권보증보험에 가입할 수 없었다. 그래서 2016년에 설립된 쟁점법인이 매출채권 보증보험에 가입하고 B으로부터 동배관을 구입하는 계약을 체결하고 청구법인에게 동배관을 공급하였다. 청구법인이 구입한 동배관은 에어컨이 설치되는 현장으로 직접 배송받았다. 청구법인은 동배관 매입에 대해 거래시마다 전자세금계산서를 교부받았고, 이에 대한 대금지급은 <표7>과 같이 쟁점법인에 계좌이체로 지급하였다. <표7> 전자세금계산서 수취 및 대금지급내역

○○○

(2) 청구법인은 쟁점법인에서 구입한 동관을 사용하여 공조시스템 설치공사를 하였다. 청구법인은 <표8>과 같이 하도급을 받은 현장에서 동배관을 배송받아 공조시스템 설치공사를 하였다. <표8> 하도급 공사 내역

○○○

(3) 처분청 의견에 대한 항변 (가) 대표자의 겸직여부는 거래의 실질성과 무관하다. C 대표가 청구법인과 쟁점법인의 대표를 겸직하였다는 사실은 단지 인적 구성의 특성일 뿐이고, 거래가 존재했는지의 실질 판단과는 직접적인 관련이 없다. 법인간 거래는 대표자의 동일 여부와 관계없이 자산의 이동, 대금의 지급, 회계처리의 정당성이 존재하면 실질거래로 인정된다. 청구법인은 실제 자재를 공급받아 현장에 사용하였고, 대금도 정상적으로 지급하였으며 이에 대한 회계처리도 적법하게 이루어졌다. 따라서 본 거래는 실재 거래로 평가되어야 한다. (나) 처분청은 매출채권보험증권 보장기간이 세금계산서상 공급일자와 불일치한다는 이유로 실거래를 부정하고 있으나 이는 보험증권의 기능과 성격에 대한 오해이다. 매출채권보험은 특정 거래에 대응하여 개별적으로 체결되는 것이 아니라 상시거래처의 신용 위험을 포괄적으로 담보하는 계약형태가 일반적이다. 따라서 보장기간과 공급일자의 불일치만으로 거래 자체가 가공임을 단정할 수 없다. 또한 보험계약 체결 사실 자체가 B을 정식거래처로 인식하고 있었음을 나타내는 정황증거라고 할 것이다. (다) 쟁점법인의 다른 거래가 가공거래로 확정된 것과 이 건은 무관하다. 처분청이 주장하는 가공거래 확정은 쟁점법인 또는 그 상위거래처와의 관계에서 발생한 사안으로 청구법인의 거래의 실재성과는 직접적인 관련이 없다. 청구법인은 실제로 자재를 인수하여 자사 현장에 투입하였고, 대금도 정상적으로 지급하였다. B과 쟁점법인간 자급 환류 정황은 청구법인이 알 수 없는 제3자간 사정으로 청구법인의 적법한 거래에 영향을 미치지 않는다. (라) 일부 자금 환류 정황만으로 가공거래로 단정할 수 없다. 쟁점법인에서 지급한 자금 중 일부가 관련자에게 환류되었다는 사실만으로 전체 거래가 가공이라고 단정하는 것은 부적절하다. 또한 일부 자금의 환류가 존재한다 하더라도 그것이 고의적인 가공거래였음을 입증할 책임은 과세당국에 있다. (마) 서울AA경찰서장은 2025.7.1. 쟁점법인 및 쟁점법인 대표이사에 대한 조세범 처벌법위반(허위세금계산서 발급)혐의에 대하여 불기소결정(증거불충분, 혐의없음)하였다. 수사기관의 ‘증거불충분으로 혐의없음’에 따른 불기소결정은 단순히 형사상 책임이 없다는 차원을 넘어 쟁점세금계산서의 가공성을 입증할 객관적 증거가 없음을 확인한 것으로 이는 곧 거래의 실재성을 뒷받침할 수 있는 중요한 근거라 할 수 있다.

(4) 소결 위와 같이 청구법인은 쟁점법인에서 정상적으로 공조시스템 설비자재인 동관을 구입하였고 이를 청구법인이 수급한 공사현장으로 배송받아 공조시스템 설비공사를 하였으므로 부가가치세 매입세액 공제를 허용하는 것이 타당하다. 따라서 이 건 부가가치세 및 법인세 부과처분은 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 처분 경위 AA세무서장은 2024.3.11.부터 2024.6.6.까지 쟁점법인에 대하여 부가가치세 세목별조사를 실시하여 청구법인이 쟁점법인으로부터 수취한 쟁점세금계산서 거래를 가공거래로 확정하였다. AA세무서장의 쟁점법인에 대한 조사종결보고서에 의하면, ‘쟁점법인은 B을 통하여 동관을 매입하여 청구법인에 매출하였다고 소명하였고, 이에 대한 증빙자료로 매입처․매출처 원장, B으로부터 쟁점법인이 매입한 자재에 대한 사용현장에 대한 자료를 제출하였으나 공사내용이 맞지 않고, B으로부터의 매입이 가공인바, 청구법인과의 거래도 가공으로 확정함’이라고 기재되어 있는 것으로 확인된다. AA세무서장은 쟁점법인이 B으로부터 2020년부터 2021년까지 매입한 공급가액 OOO원을 전액 가공거래로 확정한 사실이 확인되고, 가공거래로 확정한 이유는 OOO 이 D(주)로부터 동관을 매입하여 쟁점법인에에 공급하였다고 주장하였으나 D(주)에 대한 세무조사 결과 전액 가공거래로 확정된 점과 쟁점법인이 B에 동관 구입대금으로 지급한 거래대금이 다시 쟁점법인의 관련인 및 신원 미상자에게 반환되는 점 등을 들고 있다. <참고> 동관거래 흐름도

○○○ (2) 청구법인은 쟁점세금계산서 거래가 정상 매입거래로 B으로부터 동배관을 직접 배송받았다고 주장하나 이를 확인할 수 있는 증거자료를 제출하지 못하고 있다. 또한 쟁점법인과 B과의 거래가 정상거래라고 주장하며 제출한 매출채권보험증권에 의하면 보험기간이 2021.11.24.부터 2022.11.23.까지로 확인되는데 쟁점세금계산서의 공급일자는 2020.12.15.부터 2021.8.18.로 확인되는바 그 기간이 전혀 달라 쟁점세금계산서가 정상거래로 수취한 세금계산서인지 여부를 확인할 수 있는 증거자료로 볼 수 없다. 청구법인은 쟁점세금계산서는 정상 매입거래에 해당한다고 주장하며 쟁점법인에 거래대금을 계좌이체로 지급하였다고 주장하나, 청구법인 대표이사 C는 쟁점법인과 쟁점 매입거래 당시 쟁점법인의 대표이사를 겸하고 있었다. AA세무서장의 문답서에 의하면 C는 쟁점법인과 청구법인의 대표자로서 쟁점법인과 청구법인에 대한 세금계산서 발행 및 통장관리를 하였다고 진술하고 있는 것을 확인할 수 있는데, 결국 청구법인이 쟁점법인에 거래대금을 계좌로 이체하는 것은 청구법인의 대표이사 C가 단독으로 할 수 있는 것으로 쟁점법인에 계좌이체 하였다는 사실만으로 쟁점세금계산서가 정상거래로 수취한 세금계산서임을 입증할 수 없다. 청구법인은 쟁점세금계산서는 정상 매입거래라고 주장하며 쟁점법인으로부터 구입한 동관을 사용하여 공사를 하였다고 주장하고 있다. 그러나 청구법인이 제출한 공사명 명세 및 관련 서류는 청구법인의 공사매출에 있어 동관이 필요하다는 사실을 입증할 수 있을 뿐, 청구법인이 해당 공사현장에서 쟁점법인으로부터 매입한 동관을 사용한 사실을 입증하는 것은 아니다. 청구법인은 쟁점세금계산서의 거래품목을 동관으로 기재하고 있고, 동관은 쟁점법인의 매입처인 B으로부터 매입하여 쟁점법인이 청구법인에게 공급한 것으로 기재되어 있으나, 조사종결보고서에 의하면 쟁점법인이 B으로부터의 매입거래와 관련하여 거래대금이 쟁점법인로 다시 반환된 사실 등에 의해 가공거래로 확정되었다. 따라서 청구법인이 쟁점법인으로부터 동관을 매입하였다는 주장은 사실과 다르다. 이상에서 살펴 본 바와 같이 처분청이 청구법인이 쟁점세금계산서를 가공매입에 해당하는 것으로 보아, 청구법인에게 이 건 법인세 및 부가가치세를 경정․고지한 처분은 달리 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) AA 세무서장은 2024.3.11.부터 2024.6.6.까지 쟁점법인에 대한 부가가치세 조사를 실시하여 쟁점법인이 청구법인에게 2020년부터 2022년까지 총 공급가액 OOO원을 가공매출한 것으로 보아, 해당기간 쟁점법인의 부가가치세를 경정․고지하였다. 쟁점법인에 대한 조사종결보고서의 구체적 내용은 다음과 같다.

○○○

(2) AA세무서장이 2024.4.15. 쟁점법인 대표이사 C에 대하여 진행한 조사 내용(문답서)은 다음과 같다.

○○○

(3) AA세무서장은 쟁점법인 대표자 C 및 실행위자 E을 재화나 용역의 공급없이 거짓세금계산서를 발급하고, 재화나 용역을 공급받음 없이 거짓 세금계산서를 수취하여 조세범 처벌법 제10조 제3항 을 위반한 것으로 보아, 조세범 처벌절차법 제17조 제1항 에 따라 고발하였으나, 서울AA경찰서장은 2025.7.1. 쟁점법인 및 쟁점법인 대표이사에 대한 조세범 처벌법위반(허위세금계산서 발급)혐의에 대하여 불기소결정(증거불충분, 혐의없음)한 것으로 확인된다. 불기소 결정의 주요내용은 다음과 같다.

○○○

(4) 청구법인은 쟁점세금계산서가 부가가치세법상 적정한 거래에 따라 정당하게 수수한 세금계산서에 해당한다고 주장하며 물품납품, 설치도급계약서, 견적서, 민간건설공사 표준도급계약서, 매출채권보험증권 등을 제출하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대 청구법인은 쟁점법인에서 정상적으로 공조시스템 설비자재인 동관을 구입하였고 이를 청구법인이 수급한 공사현장으로 배송받아 공조시스템 설비공사를 하였으므로 관련 매입세액을 공제하여야 한다고 주장한다. 그러나 쟁점세금계산서 등 거래를 살펴보면, 청구법인은 쟁점법인으로부터 동관을 매입하고, 쟁점법인은 B으로부터 동관을 매입하였으며 B은 D(주)로부터 동관을 매입한 것으로 되어 있는데, 청구법인과 쟁점법인간 거래에 앞서 이루어진 D(주)와 B의 동관거래 및 B과 쟁점법인의 동관거래가 모두 가공거래로 확정되었으므로 그 이후에 이루어진 청구법인과 쟁점법인간 동관거래를 정상거래로 보기는 어려운 것으로 보인다. 청구법인은 이에 대하여 쟁점세금계산서상 기재와 달리 실제 동관은 쟁점법인이 아닌 B으로부터 매입하였으나 동관거래 자체는 실재한다는 취지로도 주장하며 이와 같은 사실을 입증하기 위해 물품납품․설치 도급계약서, 견적서, 민간건설공사표준도급계약서, 매출채권보험증권 등을 제출하였다. 그러나 물품납품․설치 도급계약서, 견적서는 쟁점법인에 대한 AA세무서장의 세무조사 당시 정상거래로 확정된 F(주)와의 거래건으로 쟁점세금계산서 거래(가공거래)와 무관한 점, 쟁점법인과 B과의 거래가 정상거래라고 주장하며 제출한 매출채권보험증권에 의하면 보험기간이 2021.11.24.부터 2022.11.23.까지로 확인되는데 쟁점세금계산서의 공급일자는 2020.12.15.부터 2021.8.18.로 확인되는바 그 기간이 전혀 달라 쟁점세금계산서가 정상거래로 수취한 세금계산서인지 여부를 확인할 수 있는 증거자료로 보기 어려운 점, 그 외 쟁점세금계산서가 거래상대방을 통해 확인한 실제 거래가 없는 사실과 다른 세금계산서라는 처분청의 의견에 대하여 청구인은 이 건 심판청구 과정에서 거래를 하였다는 등의 취지로 답변을 하고 있을 뿐 동 거래가 실물이 수반한 정상적인 것이라고 반증할 만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점, 쟁점법인 등의 세금계산서 수수의무 위반 혐의에 대하여 수사기관의 수사결과 증거불충분의 이유로 무혐의 또는 불기소처분을 받았다 하더라도 그것으로 관련 세법상 쟁점세금계산서에 대해 거래가 입증된 것으로 단정할 수 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점세금계산서를 실물 거래없는 가공의 것으로 보아 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률

(1) 부가가치세법 제32조[세금계산서 등] ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에 따라 세금계산서를 발급하려면 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 "전자세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.

③ 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하였을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 대통령령으로 정하는 전자세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하여야 한다.

④ 제2항에도 불구하고 전기사업법 제2조 제2호 에 따른 전기사업자가 산업용 전력을 공급하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우 해당 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 전자세금계산서임을 적은 계산서를 발급하고 전자세금계산서 파일을 국세청장에게 전송할 수 있다. 이 경우 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하고 제3항에 따른 발급명세를 전송한 것으로 본다.

⑤ 전자세금계산서를 발급하여야 하는 사업자가 아닌 사업자도 제2항 및 제3항에 따라 전자세금계산서를 발급하고 전자세금계산서 발급명세를 전송할 수 있다.

⑥ 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역을 공급하는 자이거나 공급받는 자가 아닌 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급하거나 발급받을 수 있다.

⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다.

⑧ 세금계산서, 전자세금계산서, 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서의 작성과 발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

5. 개별소비세법 제1조 제2항 제3호 에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액

6. 기업업무추진비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(제5조 제1항에 따른 과세기간의 기산일을 말한다)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제57조[결정과 경정] ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우

② 납세지 관할 세무서장등은 제1항에 따라 각 예정신고기간 및 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

1. 과세표준을 계산할 때 필요한 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료가 없거나 그 중요한 부분이 갖추어지지 아니한 경우

2. 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료의 내용이 시설규모, 종업원 수와 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가에 비추어 거짓임이 명백한 경우

3. 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료의 내용이 원자재 사용량, 동력(動力) 사용량이나 그 밖의 조업 상황에 비추어 거짓임이 명백한 경우

③ 납세지 관할 세무서장등은 제1항 및 제2항에 따라 결정하거나 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류가 있거나 누락된 내용이 발견되면 즉시 다시 경정한다.