조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점토지의 취득시기(대금청산일)가 불분명한 것으로 보아 소유권이전 등기접수일을 취득일로 하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

사건번호 조심-2025-중-1129 선고일 2025.05.22

문서감정 결과 및 매매계약서상 표기된 소재지(분할등기 되기 전임에도 분할등기에 따라 변경된 지번을 기재) 등으로 보아 해당 매매계약서는 사후 임의작성되었을 가능성이 높아 이를 그대로 신뢰하기 어려운 점, 청구인 명의 계좌에서 양도인 및 그 배우자와의 고액 이체내역이 다수 확인되므로 0000.0.00. 이체금액을 쟁점토지 취득에 따른 잔금이라고 특정하기도 어려운 점, 쟁점토지에 대하여 매매예약을 원인으로 한 소유권이전청구권 가등기 및 가등기에 의한 본등기 청구소송 결과에 따라 쟁점토지 소유권이전 등기가 경료된 점, 부동산에 대한 명의신탁이 성립하기 위해서는 당사자 사이의 명의신탁 약정이 반드시 필요한 것이나, 청구인은 명의신탁 약정과 관련한 구체적인 입증자료 제시가 없는 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 1999.12.20. 그의 동생(이하 “양도인”이라 한다)으로부터 경기도 성남시 수정구 OOO 토지를 OOO원에 취득하기로 하는 매매계약을 체결하였으나 소유권이전등기를 하지 아니하였고, 이후 여러 차례의 토지분할 및 지목변경을 거쳐 2017.10.27. 같은 동 OOO 대 502㎡ 및 OOO 도로 58㎡(2개 필지를 합하여 “쟁점토지”라 한다)를 매매를 원인으로 소유권이전등기를 하였다.
  • 나. 2020.3.13. 청구인은 쟁점토지를 공공용지의 협의 취득을 원인으로 한국토지주택공사에 OOO원에 양도한 후, 2020.6.1. 쟁점토지의 취득일을 매매계약서상 잔금지급일인 2000.1.30.로, 취득가액을 OOO원으로, 장기보유특별공제율을 30%로, 2020년 귀속 양도소득세를 신고하였다.
  • 다. 처분청은 2024.7.10.부터 2024.7.29.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점토지의 취득시기가 불분명한 것으로 보아 소유권이전등기 접수일인 2017.10.27.을 취득일로 보고 취득가액 및 장기보유특별공제를 재계산하여, 2024.11.12. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원(농어촌특별세 OOO원 포함)을 경정․고지하였다.
  • 라. 청구인은 이에 불복하여 2025.1.24. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 청구인은 1999.12.20. 양도인으로부터 ‘경기도 성남시 수정구 OOO’ 토지를 OOO원에 취득하는 내용의 매매계약을 체결하고, 청구인 명의의 계좌에서 양도인의 배우자인 a에게 2003.4.7. OOO원 및 2004.5.28. 잔금 OOO원을 이체한 사실이 있으며, 2004.5.28. 쟁점토지를 취득한 후 사실상․법률상의 이유로 소유권 이전등기를 하지 못해 양도인에게 명의신탁하였다가 2015.7.21. 매매를 원인으로 소유권이전청구권 가등기를 한 후 2017.10.27. 소유권이전등기를 하였을 뿐, 2004년부터 쟁점토지에 대한 재산세를 부담하는 등 실질적인 소유자이며, 예금거래 실적증명서 등을 통해 이를 확인할 수 있는바, 명의신탁이 해지되면서 소유권이 이전된 것이므로 실제 잔금청산일인 2004.5.28.을 쟁점토지의 취득일로 하여 양도차익을 산정하는 것이 타당하다.

(1) 일반적으로 부동산의 취득시기 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날이고, 대금을 청산한 날이 불분명한 경우에는 등기부등본상의 등기접수일인바 계약일자, 매매대금 등에 대한 명백한 증빙이 있고, 2004.5.28. 잔금청산이 되었다는 사실을 확인할 입증서류가 있음에도 불구하고 처분청이 소유권이전등기 접수일을 취득시기로 본 것은 소득세법 시행령제162조의 입법취지 및 실질과세원칙에 위배된다.

(2) 또한, 명의신탁 관계가 성립하기 위하여는 당사자 사이에 명의신탁 약정이 필요하나, 명의신탁은 당사자 사이의 의사합치에 의하여 성립되는 계약이고 계약은 명시적으로 뿐만 아니라 묵시적으로도 성립될 수 있다. 이 건의 경우 양도인과 청구인이 1999.12.20. 쟁점토지 매매계약을 체결한 후, 양수인인 청구인이 두 차례 걸쳐 매매대금 전액을 양도인에게 지급한 이후 매매 당시 청구인이농지법상 농지취득자격증명을 받지 못하여 쟁점토지에 대하여 소유권이전등기를 마치는 것이 법률상 불가능하여 당사자 간 합의로 소유권을 이전하지 않고 양도인의 명의로 두기로 하였을 뿐만 아니라, 위 잔금지급일 이후부터 청구인이 쟁점토지를 관리하고, 쟁점토지에 대한 재산세를 납부하였으므로 당사자 사이에 명의신탁 약정이 있었음이 충분히 인정된다 할 것이다.

(3) 양자 간 등기명의신탁에 있어서 명의신탁자는 신탁부동산의 소유자로서 명의수탁자를 상대로 원인무효를 이유로 소유권이전등기의 말소를 구할 수 있을 뿐 아니라, 진정한 등기명의의 회복을 원인으로 한 소유권이전등기절차의 이행을 구할 수 있는바(대법원 2013.2.28. 선고 2010다89814 판결 등), 양자 간 등기명의신탁은 약정 및 물권변동이 무효이므로, 청구인은 양도인을 상대로 명의신탁 해지에 따른 소유권이전등기를 청구할 수 없었고, 명의신탁자는 원인무효를 원인으로 명의수탁자의 소유권이전등기 말소를 청구하거나 진정한 등기명의 회복을 원인으로 한 소유권 이전등기 청구를 할 수 있으나, 이 건의 경우 일반적인 양자 간 명의신탁 등기 사례와 달리 청구인이 소유권을 취득한 바 없어 원인무효를 원인으로 명의수탁자 등기말소의 청구를 할 수 없는 상황이었다. 결국 청구인이 소유권이전등기를 할 수 있는 방법은 매매계약에 따라 소유권 이전청구를 할 수밖에 없었으므로, 매매계약에 따른 가등기 및 본등기에 따라 쟁점토지의 소유권을 취득하였던 것이다.

  • 나. 처분청 의견 청구인이 양도소득세 신고 당시 제출한 매매계약서의 작성일이 계약일 이후로 확인되었고, 잔금청산일이라고 주장하는 날 이후로 양도인에게 지급한 금액이 OOO원이 있으며, 청구인이 양도인에게 대여한 금액과 관련하여 2011년 ‘양도담보계약서’를 작성하였을 뿐만 아니라, 2015년 ‘매매예약증서’ 작성 및 ‘소유권이전청구권 가등기’를 한 사실 등으로 보아, 청구인이 양도인에게 대여한 금액을 상환 받지 못하자 매매예약 가등기 후 소송을 통한 본등기를 한 것으로 판단되며, 채무에 갈음하여 대물 변제하는 부동산의 경우에는 소유권 이전에 관한 등기접수일이 양도 및 취득시기가 되므로 쟁점토지의 등기접수일을 취득일로 보아 청구인에게 과세한 이 건 처분은 적법하다.

(1) 우선 쟁점토지 소유권이전 현황을 살펴보면, 다음과 같다. (가) 양도인(채무자)이 2011.1.31. 양수인(채권자)인 청구인에 대하여 부담하는 채무(원금 OOO원, 이자 연12%, 변제기일 2015.5.30.)를 담보하기 위해 ‘경기도 성남시 수정구 OOO 전 560㎡(이하 “분할전 쟁점토지”라 한다)’에 대해 양도담보권을 설정하여 청구인에게 매매형식으로 소유권을 이전하는 등의 양도담보계약을 체결한 사실이 확인된다. (나) 양도예약자인 양도인과 양수예약자인 청구인은 2015.6.9. 분할전 쟁점토지에 대하여 대금 OOO원에 매매 예약한다는 내용으로 매매 예약을 체결한 사실이 확인된다. (다) 청구인이 2015.7.21. 경기도 성남시 수정구 OOO 대 274㎡와 분할전 쟁점토지에 대하여 2015.6.9.자로 ‘매매예약’을 원인으로 소유권이전청구권 가등기를 관할 등기소에 접수한 사실이 확인된다. (라) 청구인은 2017년 양도인을 피고로 하는 가등기에 의한 본등기 청구의 소를 제기하였는바, 청구취지는 분할 전 쟁점토지에 대하여 2015.7.21. 수원지방법원 성남지원 등기과 접수 제36737호의 소유권이전청구권보전의 가등기에 기한 “이 사건 소장 부본 송달일자 매매예약완결의 원인으로 한 소유권 이전의 본등기 절차를 이행하고, 같은 토지를 인도하라”는 내용으로, 이에 법원은 2017.8.29. ‘2017.7.11.자 매매예약 완결을 원인으로 한 소유권이전등기절차를 이행하고, 분할 전 쟁점토지를 인도하라’는 판결을 한 사실이 확인된다.

(2) 양도인에게 명의신탁한 재산을 추후 소유권을 이전받은 것이라는 청구인의 주장은 다음과 같은 이유로 타당하지 않다. (가) 매매계약서상 당초 ‘경기도 성남시 수정구 OOO’ 외에 파란색 글씨로 ‘OOO번지’가 추가 기재된 사실이 확인되고, 서울지방국세청의 과학조사담당관실에 쟁점토지에 대한 부동산매매계약서를 ‘문서감정’한 결과, 동 계약서의 작성시점이 1999년이 아닌 2002년 이후 작성된 것으로 확인되었다. (나) 청구인이 매매계약서상 잔금지급일인 2000.1.30.에 매매대금을 지급했다고 주장하여 처분청은 이에 대한 거래내역 등 금융증빙을 요청하자, 청구인은 다시 2003년 중에 지급하였다고 주장을 번복하였고, 이에 대해 확인한바, 청구인이 양도인에게 대여한 금액이 금융증빙에 포함되어 있는 것으로 확인되었다. (다) 위 ‘쟁점토지에 대한 소유권이전 현황’과 같이 청구인이 양도인에게 대여한 금액을 상환받지 못하자 ‘매매예약 가등기를 통한 본등기’를 한 것으로 판단된다. (라) ‘가등기에 의한 본등기 청구의 소’ 판결에 따라 2017.10.27. 쟁점토지의 소유권등기가 청구인에게 이전되자, 양도인은 2017.12.29. 2017년 귀속 양도소득세(양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원)를 신고·납부하였고, 3년 4개월이 경과한 2021.4.16. 청구인이 신고한 내용과 동일한 내용의 경정청구서를 노원세무서에 접수하였으며, 노원세무서장은 ‘매매계약서 작성 시 토지지번 및 면적 등 상이하고 재산세를 일부 대신 납부하였다는 이유만으로 양도인의 주장을 받아들일 수 없어 경정청구를 기각한다’는 결정을 하였다. (마) 청구인 명의의 계좌(OOO, OOO, OOO) 거래내역을 살펴본 결과, 잔금청산일로 주장하는 2004.5.28. 이후 청구인이 양도인 및 그 배우자에게 2010.12.31.까지 지급한 금액이 OOO원으로 확인되고, 잔금으로 주장하는 금액을 포함하여 청구인이 양도인에게 대여한 금액으로 판단된다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점토지의 취득시기(대금청산일)가 불분명한 것으로 보아 소유권이전 등기접수일을 취득일로 하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지에 대하여 2015.7.21. 매매예약을 원인으로 소유권이전청구권 가등기를 하였고, 2017.10.27. 매매를 원인으로 소유권이전등기를 하였으며, 2020.3.13. 공공용지의 협의 취득을 원인으로 한국토지주택공사에 양도한 것으로 나타나는바, 쟁점토지가 포함된 토지의 분할내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 토지 분할 내역 (단위: ㎡) OOO

(2) 2007년 및 2008년경 소유자인 청구인의 동생(양도인)이 경기도 성남시 수정구 OOO 소재 주택 및 토지, 같은 동 OOO 토지(쟁점토지 중 일부)에 대하여 청구인을 채무자로 하여 근저당권이 설정한 사실이 있는바, 근저당권 설정 현황은 아래 <표2>와 같다. <표2> 근저당권 설정 내역 OOO

(3) 청구인은 쟁점토지의 취득일은 잔금지급일인 2004.5.28.이라고 주장하면서 쟁점토지의 취득시 매매계약서, 양도담보계약서, 매매예약 체결내역, 가등기에 의한 본등기 청구소송의 소장과 판결문, 지방세 세목별 과세증명서 및 청구인 명의 계좌거래내역 등을 제출하였다. (가) 쟁점토지의 취득시 매매계약서는 중개업자의 중개 없이 쌍방합의로 작성된 계약서이고, 부동산등기사항전부증명서에 따르면 동 매매계약서 작성일인 1999.12.20.에는 경기도 성남시 수정구 OOO에서 같은 동 OOO이 분할되기 전이며, 같은 동 OOO의 면적은 939㎡로 확인되어 매매계약서와는 차이가 있는 것으로 나타난다. (나) 양도인(채무자)과 청구인(채권자) 간에 2011.1.31. 체결된 양도 담보계약은 양도인이 청구인에 대하여 부담하는 채무(원금 OOO원, 이자 연12%, 변제기 2015.5.30.)를 담보하기 위하여 쟁점토지에 양도담보권을 설정하는 계약이다. (다) 매매예약증서는 양도예약자인 양도인과 양수예약자인 청구인 간에 2015.6.9. 작성되었고, 쟁점토지를 대금 OOO원에 매매예약체결(매매완결일자 2015.12.30.)하는 내용이다. (라) 소장 및 판결서에 따르면, 청구인(원고)이 2017년에 양도인(피고)을 상대로 쟁점토지에 대하여 2015.7.21. 접수한 소유권이전청구권보전의 가등기에 의한 본등기 청구를 제기한 소송으로, 법원은 피고에게 “쟁점토지를 2017.7.11.자 매매예약완결을 원인으로 한 소유권이전등기절차를 이행하고, 해당 토지를 인도하라”는 원고 승소판결(수원지방법원 성남지원 2017.8.29. 선고 2017가합404531 판결)을 하였다. (마) 청구인은 쟁점토지의 취득과 관련하여 2003.4.7. OOO원 및 2004.5.28. 잔금 OOO원을 청구인 명의의 계좌에서 양도인의 배우자인 a에게 송금하였다는 입증자료로 청구인 명의의 우리은행 계좌(OOO, 조회기간 1995.1.1.∼2019.12.31.) 예금거래실적증명서를 제출하였다. (바) 청구인은 2004년부터 양도인에게 부과된 재산세를 부담하였다는 증빙으로 양도인의 지방세 세목별 과세증명서 및 청구인 명의의 우리은행 계좌(OOO), 하나은행 계좌(OOO, OOO)를 제출하였는바, 해당 과세내역과 계좌출금내역을 상호 대사한 결과는 아래 <표3>과 같다. <표3> 지방세 납부내역 및 지출내역 비교 (단위: 원) OOO

(4) 처분청은 이 건 과세근거로 양도소득세 조사종결보고서, 부동산매매계약서의 문서감정서, 청구인이 양도인 및 그 배우자에게 송금한 내역 등을 제출하였다. (가) 처분청은 2024.7.10. 서울지방국세청에 쟁점토지의 취득과 관련한 매매계약서에 대하여 문서감정을 신청한 결과, “매매계약서는 A에서 제작한 2002년 신개정판 서식과 유사한 양식에 작성한 것으로 본 부동산매매계약서(OOO원, 1999.12.20.)는 사후 작성되었을 가능성이 높음”이라는 내용을 회신(2024.8.1.) 받았다. (나) 처분청은 청구인이 잔금청산일로 주장하는 2004.5.28. 이후 양도인과 양도인의 배우자인 a에게 2010.12.31.까지 지급한 금액이 OOO원으로 확인되는바, 잔금으로 주장하는 금액을 포함하여 청구인이 양도인에게 대여한 것으로 판단된다는 의견으로, 청구인의 계좌에서 양도인과 양도인의 배우자인 a에게 송금한 내역은 아래 <표4>와 같다. <표4> 청구인이 양도인의 배우자에게 송금한 내역 (단위: 원) OOO (다) 양도인은 2017.12.29. 쟁점토지 양도와 관련하여 양도일을 2017.10.27., 양도가액을 OOO원으로 적용하여 2017년 귀속 양도소득세을 신고하였고, 이후 2021.4.16. 2017년 귀속 양도소득세 신고분에 대해 1999.12.20.에 이미 청구인에게 OOO원에 쟁점토지를 양도하여 납세의무가 없는 양도소득세를 납부하였으므로 기납부한 세액을 환급해달라는 취지로 노원세무서장에게 경정청구서를 제출하였으나, 노원세무서장은 수원지방법원 성남지원(2017가합404531)에서 매매예약가등기 소송에 따른 양도분 예정신고자로 매매계약서 작성 시 토지지번 및 면적 등이 상이하고 재산세를 일부 대신 납부하였다는 이유만으로 청구인 소유라는 주장은 받아들일 수 없으므로 경정청구 거부통지를 하였으며, 이에 양도인은 2021.6.30. 노원세무서에 이의신청을 제기하면서 2000년에 청구인에게 쟁점토지를 양도하였고 양도대금으로 2003.1.30. OOO원, 2003.4.7. OOO원을 수령하였다고 주장하였으나 양도인의 취하로 종결처리 되었다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인이 제출한 쟁점토지 취득 관련 매매계약서상 계약일자는 1999.12.20.으로 기재되어 있으나, 문서감정 결과 및 매매계약서상 표기된 소재지(분할등기 되기 전임에도 분할등기에 따라 변경된 지번을 기재) 등으로 보아 해당 매매계약서는 사후 임의작성되었을 가능성이 높아 이를 그대로 신뢰하기 어려운 점, 청구인은 당초 양도소득세 신고 시 쟁점토지 취득일을 매매계약서상 잔금지급일인 2000.1.30.로 적용하였으나, 처분청의 양도소득세 조사 시 2003.4.7. OOO원과 2004.5.28. OOO원을 청구인이 양도인의 배우자에게 송금하였음을 이유로 실제 잔금청산일을 2004.5.28.로 번복하였는바, 청구인 명의 계좌에서 2003.4.7., 2004.5.28. 외에 양도인 및 그 배우자와의 고액 이체내역이 다수 확인되므로 2004.5.28. 이체금액을 쟁점토지 취득에 따른 잔금이라고 특정하기도 어려운 점, 쟁점토지에 대하여 매매예약을 원인으로 한 소유권이전청구권 가등기(2015.7.21.) 및 가등기에 의한 본등기 청구소송 결과(수원지방법원 성남지원 2017.8.29. 선고 2017가합404531 판결)에 따라 쟁점토지 소유권이전 등기가 경료된 점, 부동산에 대한 명의신탁이 성립하기 위해서는 당사자 사이의 명의신탁 약정이 반드시 필요한 것(대법원 2008.2.14. 선고 2007다69148 판결, 같은 뜻임)이나, 청구인은 명의신탁 약정과 관련한 구체적인 입증자료 제시가 없는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지의 취득시기(대금청산일)가 불분명한 것으로 보아 소유권이전 등기접수일을 쟁점토지 취득일로 하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관계 법령

(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 소득세법 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (3) 소득세법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다. 1.대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

3. 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용 수익일 중 빠른 날

4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 건축법 제22조 제2항 에 따른 사용승인서 교부일. 사용승인서 교부일 전에 사실상 사용하거나 같은 조 제3항제2호에 따른 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인을 받은 날 중 빠른 날로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.

5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날

6. 민법 제245조 제1항 의 규정에 의하여 부동산의 소유권을 취득하는 경우에는 당해부동산의 점유를 개시한 날

7. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기 접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다.

8. 완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도 또는 취득한 경우로서 해당 자산의 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날. 이 경우 건설 중인 건물의 완성된 날에 관하여는 제4호를 준용한다.

심판청구를 기각한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)