쟁점토지의 양도가액을 등기부 기재가액으로 보아 과세한 처분의 당부

• 가. 청구인은 2018.5.10. 경기도 성남시 OOO답 328㎡, OOO답 1㎡, OOO전 15㎡, OOO답 1㎡ 합계 345㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 같은 동 OOO답 602㎡(이하 “쟁점외토지”라 하고, 쟁점토지와 합하여 이하 “이 사건 양도토지”라 한다)를 취득하였고, 2019.4.29. 쟁점외토지를 b에게, 2019.5.23. 쟁점토지를 주식회사 a(이하 “a”이라 한다)에 각각 양도(이하 “이 사건 양도”라 한다)한 후, 2024.4.22. 아래 <표1>과 같이 양도소득세를 기한후신고하였다. <표1> 양도소득세 기한후신고 내역 (단위: 백만원)
• 나. 처분청은 2024.8.7.∼2024.8.26. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점토지의 양도가액을 등기부 기재가액인 OOO원으로 보아 2024.11.21. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정‧고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2025.2.6. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 이 사건의 경위는 아래와 같다. (가) (공동개발사업 추진) 청구인은 알고 지내던 c의 제안으로 이 사건 양도토지 일대를 개발하는 부동산 공동사업 계약을 2017.7.27. c․d, a과 체결하고, 청구인은 주로 사업비 조달 등의 업무를, c․d은 토목 및 건축 인‧허가 업무 등 개발 관련 업무를 수행하기로 하였다. (나) (사업 철수 및 정산 약정) 청구인은 개발행위가 지연됨에 따라 불만을 토로하였고, c․d은 청구인 명의의 토지 소유권 및 a의 주식과 경영권을 요구하면서 토지 소유권과 a의 주식을 취득할 사람으로 b을 데리고 와서, 청구인은 2018.3.29. 쟁점토지 등 매입 필지 전부와 a의 주식 및 경영권을 b에게 이전하는 내용의 약정서를 체결하게 되었다. (다) (매매정산 합의) 이후 a, 청구인 및 b은 2018.8.24. 부동산 매매정산 합의서(이하 “정산합의서”라 한다)를 작성하여 쟁점토지는 OOO원, 쟁점외토지는 OOO원에 매매하기로 하고, 매매대상 토지에 관련된 모든 비용(허가비, 양도소득세, 설계비, 농지전용비, 컨설팅비, 기타 세금 등)은 b의 부담으로 하기로 하였다. (라) (총괄매매계약) 청구인, b 및 a은 2018.12.28. 청구인이 이 사건 양도토지 전체를 OOO원에 b 및 a에 양도하는 부동산매매계약서(이하 “총괄계약서”라 한다)를 체결하였고, a은 이 날 청구인 명의 계좌로 계약금 OOO원을 지급하였다. (마) (개별매매계약) 청구인과 b은 2019.4.15. 쟁점외토지를 OOO원에 매매하기로 하는 부동산매매계약서(이하 “쟁점외토지계약서”라 한다)를 체결하였는바, 그 매매대금은 정산합의서의 내용과 일치한다. 하지만, 처분청이 과세근거로 보고 있는 쟁점토지에 대한 매매계약서(이하 “쟁점토지계약서”라 한다)는 허위의 계약서로 청구인이 교부받지 않아 보관하고 있지 않지만, 등기소에서 확인한 계약서의 내용에 따르면, 그 계약체결일은 2019.3.29.이고 매매대금은 아래 <표1>과 같이 기재되어 있다. <표1> 쟁점토지계약서 매매대금 지급 내용 (단위: 원) 지급일이 2019.3.29.로 기재된 계약금 OOO원은 2018.12.28. 총괄계약서 체결 후 지급한 금액으로 보이나, 청구인은 2019.3.29. 쟁점토지계약서상의 계약금 OOO원을 지급받은 바 없다. (바) (소유권 이전, 매매대금 수취) d은 2019.4.26. 청구인에게 매도용 인감증명서를 요청해와 청구인은 이를 발급하여 전달하였고, 2019.4.29. a로부터 OOO원, b으로부터 OOO원 합계 OOO원을 받았는데, b으로부터 받은 OOO원은 쟁점외토지에 대한 매매대금이고, e로부터 받은 OOO원과 2019.3.29. e로부터 받은 총괄계약서상의 계약금 OOO원 합계 OOO원은 쟁점토지에 대한 매매대금이다. (사) (세금납부 확인서 수취) 청구인은 개발비용이 얼마나 소요될지 모르는 상황에서 매매대금을 실제 수령액보다 높이 신고하게 되면 양도소득세 문제가 발생할까 우려되어 확인서를 요구하였고, 그리하여 a과 b은 2019.4.29. 쟁점토지와 관련된 세금에 대해서 본인들이 모두 부담하겠다는 내용의 확인서를 작성하여 청구인에게 교부하였다. 이에 따라 청구인은 쟁점토지 등에 대한 세금을 모두 b․a측이 모두 납부하기로 한 것으로 생각하여 양도소득세에 대해서는 전혀 신경을 쓰지 않고 있었다. (아) d은 2019.5.22. 청구인에게 쟁점토지계약서를 촬영하여 전송한 후 “원래의 본 계약서는 그대로 유효하고 본 계약서는 세금 절세를 위한 것입니다.”라고 문자 전송을 하였다. 여기서 ‘원래의 본 계약서’는 매매대금이 OOO원으로 기재된 총괄계약서를 의미하고, ‘본 계약서’는 매매대금이 OOO원인 계약서를 의미한다. ‘절세를 위한 것’이라는 의미는 농지전용부담금 및 개발행위허가에 소요되는 돈을 비용을 처리하여 양도소득세를 줄이고자 했던 것으로 보인다. 그 이후 d은 2019.6.1. “사장님 세무신고는 수정해서 마무리했구요. 양도세 줄이는 것은 같이 상의해야 할 것 같습니다.”라는 내용의 문자를 청구인에게 전송하였다. (자) 청구인은 이 사건 양도토지와 관련한 소유권이전등기나 세무신고 등의 업무는 매수인측에서 모두 진행하기로 하였기에, 청구인은 그들이 요청하는 모든 관련 서류를 전달하였고 그들이 필요하다며 청구인의 인감도장 날인을 요구하면 모두 응해왔다. 그런데, 2023년 5월 이후부터 이 사건 양도토지에 대한 과세예고 및 세무조사가 진행되어 이 사건 과세처분에 이른 것이다. (차) 이에 청구인은 b 및 a 등을 상대로 민사 소송 및 형사고소를 제기하였다. (2) 앞서 본 바와 같이, 쟁점토지의 실지거래가액은 OOO원임에도, a측은 청구인을 기망하여 그 매매대금을 OOO원으로 허위기재하고 신고까지 한 것이다. 양도소득세란 개인이 토지, 건물 등 부동산 등을 양도함으로 인하여 발생하는 이익(소득)을 과세대상으로 하여 부과하는 세금을 의미하는데, 쟁점토지에 대한 실지거래가액이 위와 같이 OOO원임에도 처분청은 a이 일방적으로 신고하여 등기한 OOO원을 기준으로 청구인에게 양도소득세를 부과한바, 이는 결국 청구인에게 존재하지도 않는 이익에 대하여 과세를 하는 것이나 다름없다. 따라서 실질과세원칙에 따라 이 사건 처분은 취소되어야 한다.
• 가. 처분청 의견 (1) 청구인이 제출한 2018.8.24.자 정산합의서에는 쟁점토지 및 쟁점외토지 매각대금 OOO원에 대하여 2018.12.28.까지 지급하기로 되어있고, ‘매매대금 전액을 지급함과 동시에 소유권이전 등기를 경료하기로 한다’라고 되어있으나, 정산합의서에 정한 기한까지 소유권이전이 이루어지지 않았다. (2) 청구인에 따르면, 청구인 등은 이 사건 양도토지를 쟁점외토지와 쟁점토지로 구분 계약하기로 하였고, 쟁점외토지 매매대금 OOO원은 2019.4.29. b으로부터 청구인 계좌로 8회에 걸쳐 입금됨과 동시에 같은 날 소유권이 이전되었으며, 이는 쟁점외토지에 대한 구분계약서 즉, 쟁점외토지계약서의 내용과 같다. (3) 그러나, 청구인이 허위라고 주장하는 쟁점토지계약서를 보면, 계약금 OOO원(2019.3.29.), 중도금 OOO원(2019.4.29.), 잔금 OOO원(2019.5.21.)으로 되어 있고, 중도금 OOO원은 2019.4.29. 청구인의 계좌에 입금된 것으로 확인된다. (가) 쟁점토지의 소유권이전등기는 2019.5.23. 완료된 것으로 확인되고, 같은 날 근저당권이 설정되었는데, 청구주장대로 쟁점토지의 매매대금이 OOO원이라면 2019.4.29.자로 소유권이전등기가 이루어졌어야 했다. (나) 또한, 2019.5.23. 청구인이 주고받은 문자 내역을 보면, 청구인도 쟁점토지계약서의 내용을 확인하였음이 나타난다. (다) a은 계정별원장에 쟁점토지 매입가액을 OOO원으로 계상하였다. (4) 등기소에 제출한 소유권이전 관련 서류를 보면 쟁점토지의 매매가액이 OOO원으로 기재되어 있으며, 취득세 과세표준도 OOO원으로 동일하며 위임장에 청구인의 인감도장이 찍혀있는 점, 쟁점토지계약서의 내용(잔금지급일 2019.5.21.)대로 2019.5.23. 소유권이 이전되었고, 같은 날 청구인은 메시지로 계약서를 확인하고 인감증명서와 위임장을 법무사에게 제출한 점, 쟁점토지의 등기부등본 기재가액이 실제 거래가액과 다르다는 부분에 대하여 이를 주장하는 청구인이 입증하여야 하나, 청구인이 제출한 고소장과 화해권고결정 내용으로는 청구주장이 충분히 입증되었다고 보기 어려운 점 등을 종합할 때, 쟁점토지의 양도가액을 등기부등본에 기재된 가액으로 하여 과세한 이 사건 처분은 정당하다.

쟁점토지의 양도가액을 등기부 기재가액으로 보아 과세한 처분의 당부

• 가. 관련 법률 (1) 소득세법 제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다. (2) 국세기본법 제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
• 나. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구인, a 및 c․d이 2017.7.27. 체결한 ‘부동산 공동사업 계약서’에 따르면, 당사자들은 쟁점토지 일대 3,920㎡에 OOO공동주택 신축사업을 공동으로 시행하기로 하고 수익을 배분하는 계약을 체결하였다. <부동산 공동사업 계약서 주요내용> (나) 이후 청구인은 위 공동사업에서 빠지기로 하고, 청구인 소유의 토지 및 a의 경영권을 c․d측에게 넘겨주기로 하였다며 2018.3.29.자 약정서를 제출하였다. <약정서 주요내용> (다) 청구인, a 및 b이 2018.8.24. 작성한 정산합의서에 따르면, OOO공동주택 신축사업과 관련하여 당사자들 간 체결된 부동산매매약정에 관하여 이 사건 양도토지에 대한 매매정산(매매 대금 합계 OOO원)에 합의하기로 하였는바, 그 주요내용은 아래와 같다. <정산합의서 주요내용> (라) a의 등기사항전부증명서에 따르면, 청구인은 2015.7.21. 사내이사로 취임하였다가 2018.8.24. 사임하였고, b은 2018.8.24. 사내이사로 취임하였다. (마) 청구인은 2018.12.28.자 총괄계약서를 제출하였는바, 이에 따르면, 청구인은 이 사건 양도토지를 OOO원(잔금지급일 2019.4.30.)에 e 및 b에게 양도하는 것으로 기재되어 있다. <2018.12.28.자 총괄계약서 주요내용> (바) 청구인이 제출한 2019.3.29.자 쟁점토지계약서에 따르면, 청구인은 쟁점토지를 OOO원(잔금지급일 2019.5.21.)에 a에 양도하는 것으로 기재되어 있는데, 청구인은 쟁점토지계약서가 그 매매대금이 정산합의서 및 총괄계약서상의 매매대금 OOO원과 다르고, 쟁점외토지에 대한 매매계약서와 달리 청구인의 막도장만 날인되어 있으며, 청구인에게 교부된 바도 없어 a측이 매매대금을 부풀리기 위해 허위로 작성하여 등기접수한 서류라고 주장한다. <쟁점토지계약서 주요내용> (사) 청구인이 제출한 2019.4.15.자 쟁점외토지계약서에 따르면, 청구인은 쟁점외토지를 OOO 원(잔금지급일 2019.4.26.)에 b에게 양도하는 것으로 기재되어 있다. <쟁점외토지계약서 주요내용> (아) 청구인이 제출한 a 및 b으로부터 입금받은 계좌이체내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구인 계좌OOO입금내역(청구인 제출) (단위: 원) (자) 청구인이 제출한 2019.4.29.자 b의 확인서에 따르면, b은 청구인과 a 간 매매에 관하여 발생되는 세금을 전적으로 부담하겠다는 취지의 확인서를 작성하였다. <확인서 주요내용> (차) 위임장 등에 따르면, 법무사 f가 청구인 및 a의 위임을 받아 쟁점토지의 소유권이전등기를 신청하였고, 신청서류에는 청구인이 직접 발급받은 부동산매도용 인감증명서가 첨부된 것으로 나타난다. <쟁점토지 소유권이전 관련 위임장 일부> <등기신청 시 첨부된 청구인의 인감증명서> (카) 부동산거래계약신고필증에 따르면, 청구인과 a은 쟁점토지의 거래가격을 OOO원으로 하여 2019.5.23. 경기도 성남시 분당구청장에게 부동산 거래 신고를 한 것으로 나타난다. (타) 이 사건 양도와 관련한 쟁점외토지 및 쟁점토지의 각 등기사항전부증명서의 주요내용은 아래 <표3> 및 <표4>와 같다. <표3> 쟁점외토지의 등기사항전부증명서 주요내용 <표4> 쟁점토지의 등기사항전부증명서 주요내용 (파) 청구인이 제출한 모바일 문자 송수신 내역을 보면, 아래와 같은 내용이 나타난다. 1) 청구인은 2023.5.17. 과세예고된 쟁점토지에 대한 양도소득세를 a과 b이 해결하기로 하였다며 d에게 납부를 요구하였다. 1) 이에 대해 d은 2023.6.21. 청구인에게 아래의 작성 글을 찍은 사진을 청구인에게 전송하였다. <d의 작성 글 주요내용> (하) 청구인은 2024.6.3. a 및 b을 상대로 수원지방법원에 a 및 b이 부담해야 할 청구인의 양도소득세에 대한 약정금 청구의 소를 제기하였고, 수원지방법원은 2024.12.17. 화해권고결정(OOO)을 하여 a 및 b이 OOO원 및 OOO원, 이에 대한 각 연체이자를 청구인에게 지급하도록 결정하였다. (거) 쟁점토지 및 쟁점외토지의 2018.1.1. 및 2019.1.1. 기준 각 개별공시지가 내역은 아래 <표5>와 같다. <표5> 쟁점토지 및 쟁점외토지의 개별공시지가 내역 (단위: 원, ㎡) (1) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 특별한 사정이 없는 한, 등기부 기재가액을 실지거래가액으로 추정하는 것이 합리적이라 할 것이나, 쟁점토지의 등기부 기재가액OOO의 근거가 된 쟁점토지계약서에는 쟁점외토지계약서와 달리 청구인의 인감이 날인되어 있지 아니하고, 그 대금지급조건이 청구인의 금융거래내역과 일치하지 아니하여 그 내용의 신빙성을 인정하기 어려운 점, 청구인의 계좌이체내역에 따라 확인되는 이 사건 양도토지의 거래대금 합계 OOO원은 정산합의서 및 총괄계약서의 내용과 일치하는 점 등에 비추어 등기부 기재가액 OOO원을 쟁점토지의 실지거래가액으로 보기는 어려운 측면이 있는 반면, 청구인과 매수인측이 주고받은 문자 등에 따르면, a측이 쟁점토지의 소유권을 이전하기 전까지 소요되는 개발비용을 지출하고 해당 금액을 양도가액 및 필요경비에 포함하는 것으로 합의한 정황이 나타나는바, 처분청이 2017.7.27.자 부동산 공동사업 계약서, 2018.3.29.자 약정서 및 2018.8.24.자 부동산 매매정산 합의서상 각 당사자들 간의 금융거래내역 및 채권채무관계, a의 장부 등을 토대로 정산합의서상 쟁점토지의 양도가액인 OOO원에 합산할 금액이 있는지를 재조사하여 그 결과에 따라 이 사건 부과처분의 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.