조세심판원 심판청구 양도소득세

8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 부인한 처분의 당부

사건번호 조심-2025-중-0835 선고일 2025.05.13

쟁점토지의 쌀직불금은 청구인의 배우자가 수령한 것으로 나타나는 점, 경작확인서만으로는 청구인이 쟁점토지 8년 자경 사실을 입증하기에 부족한 점, 그 외 청구인은 쟁점토지 8년 자경 사실을 입증할 객관적인 자료는 제출하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 직접 경작하지 아니한 것으로 보아 청구인의 쟁점토지 양도에 대하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 양도소득세를 경정·고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2003.1.3. 경기도 화성시 OOO 답 946㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)와 같은 리 OOO 답 909㎡(이하 “쟁점②토지”라 하고 쟁점①토지와 함께 “쟁점토지”라 한다)를 증여로 취득하고, 2019.8.8. 매매로 OOO원에 양도한 후, 8년 이상 자경감면을 적용하여 2024.5.20. 양도소득세 OOO원을 기한 후 신고하였다.
  • 나. 처분청은 청구인의 양도소득세 기한 후 신고서를 검토한 결과, 쟁점토지를 청구인이 직접 경작하지 않은 것으로 보아 조세특례제한법 제69조 에 따른 자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 부인하고, 2024.10.17. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2025.1.10. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지를 2003.1.3. 증여받아 2019.8.8. 양도시까지 쟁점토지 인근에 거주하며 벼농사를 지었다.

(1) 청구인은 A조합에 2014.3.4. 조합원으로 가입하였다. 이 건 과세전적부심사 결정문에는 청구인이 조합원 가입 후 농협으로부터 농자재를 구입하기 시작한 시기가 2014.3.20.로, 이때부터 쟁점토지의 양도일까지 약 5년 5개월로 청구인이 쟁점토지를 자경한 기간이 8년에 모자란다고 하나, 이는 청구인이 조합원가입의 필요성을 느끼지 못하다가 나중에 가입한 것으로 조합원가입 이후 농자재 구입이력만 남아 있어 조합원가입 이전의 구입증빙을 구하지 못하기 때문이지 청구인은 조합원가입 이전에도 농자재를 구입하여 농사를 지었으며, 조합원가입을 하지 않았다고 하여 농사를 짓지 못하는 것도 아니다.

(2) 청구인의 농업경영체등록확인서에는 청구인의 배우자인 a(이하 “배우자”라 한다)이 경영주로, 청구인은 경영주외 농업인으로 기재되어 있으며, 쟁점토지의 경영형태는 자경으로 기재되어 있다. 또한, 직불금 신청 시 경영주인 배우자와 경영주외 농업인인 청구인이 신청인으로 각각 서명 되어 있고, 직불금 수령은 편의상 경영주 한사람의 통장으로 일괄 지급받고 있으며, 매년 직불금신청시 작성하여 제출한 농업경영체(등록 변경)신청서의 경영주외의 농업인란에는 청구인의 성명이 기재되어 있고 청구인은 농업종사형태에 전업으로, 농업종사기간에는 40년(농업시작년도: 1979년)으로 기재되어 있다. 처분청은 쟁점토지에 대한 직불금을 배우자가 수령하여 청구인의 배우자가 농사를 지은 것으로 간주하고 있으나, 처분청의 과세전적부심사결정서에서 배우자의 2012년부터 2019년까지의 사업소득(운수업)발생 내역을 기재한 바와 같이 배우자는 운수업을 하면서 쟁점토지 경작을 전업으로 할 수는 없다.

(3) 청구인은 쟁점토지 인근 주민의 경작확인원을 제출하였고, 이 경작확인원에 따르면 b 외 6인은 청구인이 2003년경부터 2019년 8월경까지 찰벼, 추청, 수향미의 벼농사를 지었다고 확인하고 있다.

(4) 청구인에 대한 A조합의 거래자별매출내역에는 청구인이 2014.3.20.부터 2024.8.1.까지 농자재를 구입한 내역과 배우자가 2015.3.4.부터 2024.7.11.까지 농자재를 구입한 내역이 기재되어 있다. 배우자는 고향이 경기도 화성시로 농사철에는 고향동네 친구들에게 농기계를 빌려서 청구인과 함께 농작업을 하였다.

(5) 쟁점토지에 대한 농지원부상 소유농지의 소유자를 배우자로 기재되어 있는데, 이에 대하여 관할 읍사무소에 확인한바, 당초 기재오류에 의한 것으로 현재 농지원부는 폐쇄되어 정정이 불가능하다고 하며, 쟁점토지뿐만 아니라 같은 농지원부상 다른 토지들도 잘못 기재되어 있음(2필지를 제외하고 기재오류)이 아래 <표1>과 같이 확인된다. <표1> 농지원부 오류 기재 내역 OOO

(6) 청구인이 쟁점토지 중 일부를 2018년에 양도하고 이에 대하여 동수원세무서장(처분청 분서 이전 관할세무서장)이 8년 자경 감면을 적용한 사실이 있음에도 그 후 1년이 경과한 2019년에 양도한 쟁점토지에 대해서는 동일한 감면을 인정하지 않는다는 것은 이해할 수 없다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 농자재를 구입한 거래자별 매출내역을 제출하였으나, 매출내역 거래일은 2014.3.20.부터 기재되어 있고 쟁점토지의 양도일은 2019.8.8.이라서 2014.3.20.부터 기산하여 자경기간을 계산하더라도 5년 5개월 밖에 되지 않아 청구인은 자경감면에 필요한 8년 이상의 기간 요건을 충족하지 못한다.

(2) 청구인은 2003년부터 2019년 8월경까지 경작하였다는 경작확인서를 제출하였으나, 청구인이 제출한 조합원증명서상 조합원 가입일자는 2014.3.4.로 이때부터 양도시점(2019.8.8.)까지 자경기간을 통산하여도 8년 이상의 기간 요건에 충족하지 않을뿐더러 경작확인서만으로는 청구인이 직접 경작하였다는 충분한 증빙으로 보기 어렵다. 또한, 청구인이 2003년부터 2019년 8월경까지 찰벼, 추청, 수향미의 벼농사를 지었다고 하나, 청구인이 직접 경작한 사실을 입증할 수 있는 증거서류는 없으며, 쟁점농지의 면적은 1,855㎡(약 561평)으로 벼농사를 위하여 필요한 노동력을 고려하면 최소한 농기계(경운기, 이앙기, 트렉터, 콤바인 등)를 보유하면서 농작업에 직접 자기가 농기계를 조작한 사실이 확인되어야 하나, 청구인은 농기계를 보유한 이력이 없고, 청구인이 노동력의 전부 내지는 1/2이상의 노동력을 투입하여 농사를 지을 수 있는 여건이라 보기 어렵다. 더욱이 쌀 직불금 수령, 농자재 관련 거래내역 등이 청구인이 아닌 배우자의 명의로 이루어졌는데, 청구인이 자경하였음을 입증할 만한 객관적인 증빙의 제시도 없다.

(3) 따라서 청구인의 제출증빙과 확인내역 등을 종합하여 볼 때 청구인은 쟁점토지에서 농작업에 상시 종사하거나 농작업의 1/2 이상을 자기 노동력으로 경작하였다고 볼 수 없어 자경 감면 적용을 배제하고 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 부인한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2026년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 농지이양은퇴보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 농지이양은퇴보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 지방자치법 제3조 제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 “대통령령으로 정하는 소득"이란 소득세법 제95조 제1항 에 따른 양도소득금액(이하 이 항에서 “양도소득금액"이라 한다)중 다음 계산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가를 양도 당시의 기준시가로 보며, 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득하거나 양도한 경우 또는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날이 도래하는 경우

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 2003.1.3. 쟁점①토지와 경기도 화성시 OOO 면적 1,243㎡를 증여로 취득하였으며, 이 중 같은 리 OOO 면적 334㎡는 2018.3.16. 매매로 OOO원에 양도하고, 이에 대하여 2018.5.31. 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 적용하여 양도소득세 신고를 하였으며, 동수원세무서장은 청구인의 신고내용대로 결정하였다. 2019.8.8. 쟁점①토지와 쟁점②토지(경기도 화성시 OOO 면적 1,243㎡ 중 일부양도 후 남은 면적 909㎡)는 OOO원에 매매로 양도한 후, 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 적용하여 2024.5.20. 이 건에 대한 양도소득세 기한 후 신고하였다. (나) 처분청은 청구인의 양도소득세 기한 후 신고서를 검토하여, 양도소득세 합산대상 소득금액을 더하고 8년이상 자경 감면을 부인하여 아래 <표2>와 같이 2019년 귀속 양도소득세 OOO원 과세예고 통지를 하였고, 이에 대해 청구인은 2024.8.16. 과세전적부심사청구를 제기하였으며, 처분청은 2024.9.26. 청구인의 과세전적부심사청구를 불채택하였다. <표2> 양도소득세 신고 및 경정 내역 (단위: 원) OOO 2019.5.20. 경기도 화성시 OOO 토지 양도 (다) 쟁점토지의 등기사항전부증명서상 내용은 아래 <표3>, <표4>와 같다. <표3> 쟁점①토지 등기사항전부증명서상 내용 OOO <표4> 쟁점②토지 등기사항전부증명서상 내용 OOO 국세청 전산망에 의하면 청구인은 2018.3.16. 일부지분 양도에 대해 2018.5.31. 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 적용하여 동수원세무서(처분청 분서 이전 관할세무서)에 양도소득세 예정신고를 하였고 신고내용대로 결정되었음 (라) 주민등록등본에 의하면 쟁점토지 보유기간 동안 청구인과 배우자의 주소 변동내역은 아래 <표5>와 같다. <표5> 청구인과 배우자의 주소 변동내역 OOO (마) 농지원부에 따르면 최초작성일자는 2005.12.22.이고 농업인은 배우자이며 경작구분은 자경으로 나타난다. 청구인이 이 건 심판청구 시 제출한 농지원부는 출력일자 2024.9.12.로 처분청의 과세전적부심사청구 시 제시한 농지원부와는 다르며, 처분청의 과세전적부심사결정서에 ‘(농지원부상) 쟁점토지의 소유자 성명은 청구인 c이 아닌 배우자 a으로 기재되어 있으나 일부 오류기재된 것으로 보임’ 이라고 아래 표<6>과 같이 기재되어있다. <표6> 과세전적부심사청구 결정서 일부발췌 OOO (바) 농업경영체 등록(변경등록) 확인서에는 농업경영체 최초등록일자는 2011.9.6., 최종변경일자는 2022.12.12., 경영주는 배우자, 경영주 외 농업인은 청구인으로, 쟁점토지의 실제 지목은 논, 경영형태는 자경으로 기재되어 있다. (사) 농업경영체 등록(변경등록) 신청서상 경영주인 농업인은 배우자로, 경영주외 농업인은 청구인으로, 청구인의 농업종사 형태는 전업, 농업종사기간은 40년(농업시작년도 1979년)으로, 쟁점토지의 실제 지목은 논, 경영형태는 자경으로 신청하였음이 나타난다. 직불금・보조금 신청은 배우자로 기재되어 있고, 쟁점토지에 대한 쌀 직불금 수령 내역은 아래 <표7>과 같다. <표7> 쟁점토지의 쌀 직불금 수령내역 (단위: ㎡, 원) OOO (아) A조합장이 발급한 조합원증명서상 청구인은 2014.3.4. A조합의 조합원으로 가입한 것으로 나타나며, A조합에서 발급한 거래자별 매출내역은 아래 <표8>과 같고 청구인과 배우자는 2014.3.20.부터 거래한 것으로 나타난다. <표8> 거래자별 매출내역(A조합) (단위: 건, 원) OOO (자) 배우자의 기본증명서 상 출생장소는 경기도 OOO번지, 신고일은 1961.11.13.로 기재되어 있고, 청구인은 2003년부터 2019년 8월경까지 청구인이 직접 농사를 지었음을 확인하는 b 외 6명의 서명이 기재되어 있는 경작확인원을 제출하였다. (차) 국세청 전산망에 의하면 쟁점토지 보유기간 동안 청구인의 경우 종합소득세 신고 내역은 확인되지 않고, 배우자의 경우 운수업에 종사하여 연평균 수입금액이 약 OOO원(소득금액 약 OOO원)으로 나타난다. (카) 그 밖에 처분청은 국토지리정보원(www.ngii.go.kr)과 국세청 전산망의 국세공간정보에 나타나는 쟁점토지의 항공사진을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 자신이 2003년부터 쟁점토지를 직접 경작한 사실이 농업경영체등록확인서(2011.9.6. 최초등록), 소유농지 현황, 쌀직불금 수령내역, 경작사실확인서, 거래내역서에 의해 확인된다고 주장하나, 토지가 농지로 경작된 사실이 인정된다고 하더라도 그 소유자인 원고가 자경한 사실까지 추정되는 것은 아니고, 원고가 쟁점토지를 농지로 자경한 사실은 그와 같은 사실을 주장하는 원고가 입증하여야 하는 것이고(대법원 1993.7.13. 선고 92누11893 판결 외 다수, 같은 뜻임), 조세법률주의와 조세공평의 이념에서 비롯된 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되므로, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않아 농지 자경으로 인한 조세 감면은 그와 같은 사실을 주장하는 자가 적극적으로 입증하여야 할 것인바(대법원 2007.7.12. 선고 2005두15021 판결, 같은 뜻임), 농업경영체등록확인서상 청구인이 농업경영체 경영주 외 농업인으로 등록된 시점은 2011.9.6.이며, A조합에 조합원으로 가입한 시점은 2014.3.4.인 점, 농자재구매내역인 거래자별 매출내역의 거래시작일은 2014.3.20.인 점, 쟁점토지의 쌀 직불금은 청구인의 배우자가 수령한 것으로 나타나는 점, 경작확인서만으로는 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 자경한 사실을 입증하기에 부족한 점, 그 외 청구인은 쟁점토지를 8년 이상 자경한 사실을 입증할 객관적인 자료는 제출하지 못하고 있는 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 직접 경작하지 아니한 것으로 보아 청구인의 쟁점토지 양도에 대하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 양도소득세를 경정·고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

심판청구를 기각한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)