제2차 납세의무자 지정·고지 처분의 당부

문서번호 조심-2025-중-0235 결정유형 재조사 세목 부가 생산일자 2025.05.01 귀속연도 2014년 제1기∼2017년 제2기 제목 제2차 납세의무자 지정·고지 처분의 당부 요지 14년 거래는 가공이라는 구체적 확인 없이 매입처 대표의 확인서에 의존한 것으로 보여 가공거래로 단정할 입증이 부족해 보이는 바, 그 부분에 대한 실질조사가 필요함 결정내용 결정 내용은 붙임과 같습니다.

국세기본법 제39조 상세내용 [주 문]

○○세무서장이 2024.5.8. 및 2024.5.23. 청구인에게 한 주식회사 a의 체납세액에 대한 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지 처분(세부내역: 아래 <표1> 기재)은 2014년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2014년 제2기 부가가치세 OOO원에 대한 납부고지 처분과 관련하여 주식회사 a의 장부 및 거래증빙 등의 자료를 토대로 주식회사 a이 실제 공급가액보다 과다하게 적힌 세금계산서를 수취하였는지를 재조사하여 그 결과에 따라 그 세액(납부고지액)을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]

• 가. 주식회사 a(이하 “쟁점법인”이라 한다) 는 1994.12.16. 개업(2019.9.30. 직권폐업)하여 자동차부품 생산을 주요사업으로 하는 법인이고, 청구인은 2012.6.22.∼2018.4.5. 기간 동안 쟁점법인의 대표이사로 재직하였다.
• 나. △△세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2021.3.15.∼2021.5.31. 기간 동안 쟁점법인의 매입처 b 주식회사(이하 “쟁점매입처”라 한다)에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점매입처가 쟁점법인에 실제 공급가액보다 과다하게 세금계산서를 발급하였다고 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 이에 처분청은 쟁점법인이 쟁점매입처로부터 2014년 제1기부터 2017년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 동안 실제 공급가액보다 합계 OOO원(이하 “쟁점매입금액”이라 한다)이 과다하게 적힌 세금계산서를 수취한 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 쟁점법인에게 2014년 제1기부터 2017년 제2기까지의 부가가치세 합계 OOO원을 경정‧고지하였으나, 쟁점법인은 이를 체납하였다.
• 다. 이에 따라 처분청은 청구인을 쟁점법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자(과점주주)로 지정하여 아래 <표1>과 같이 청구인에게 부가가치세 합계 OOO원을 납부고지(이하 “이 사건 처분”이라 한다)하였다. <표1> 납부고지 내역 (단위: 원, %)
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2024.7.29. 이의신청을 거쳐, 2024.12.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) (사실확인 부재 및 근거과세 위반) 처분청은 쟁점매입처에 대한 조사자료만을 근거로 과세하였고, 쟁점법인에 대한 사실관계를 확인하거나 해명할 기회를 주지 않았다. (가) 2014년도분의 경우 처분청이 제시한 거래명세서에 청구인은 서명한 사실이 없고, 육안으로 보아도 청구인이 확인서에 한 서명과 다르다는 것을 알 수 있다. 즉, 쟁점매입처가 임의로 청구인의 서명을 기재하여 작성한 것이며, 설령 청구인이 서명을 하였다 하더라도 그 거래명세서를 근거로 실제 거래 없이 공급가액을 과다 기재하였다고 볼 수는 없다. 공급가액이 청구인에게 되돌아 왔다거나, 그 외 장부 등으로 허위의 거래가 확인되지 않음에도 이에 대하여 과세한 것은 근거과세원칙을 위반한 위법한 처분이다. (나) 2015∼2017년도분의 경우 과다 기재 매입금액의 대상 물건으로 추정되는 ‘산기관’을 쟁점법인이 납품한 프레임에 장착하여 주식회사 c에 공급하였는바, 쟁점법인은 정상적으로 매출거래를 하였으므로 공급한 제품에 필수적으로 장착되는 산기관 역시 정상적으로 매입하였다고 봄이 타당하다. (2) (기망에 의한 확인서 작성) 청구인은 실제 공급가액보다 과다하게 세금계산서를 수취하였다는 취지의 확인서(이하 “쟁점확인서”라 한다)를 작성한 사실이 있지만, 쟁점매입처의 대표자 d 가 청구인은 재산이 없으니 문제가 없고, 문제가 생기면 본인이 책임지겠다고 한 말에 속아 작성한 것이다. (다) d 는 무자료 거래를 반복하는 인물로, 문제가 발생하면 책임을 타인에게 전가하는 수법을 업계에서 사용하고 있음에도 처분청이 이를 고려하지 않고 오로지 청구인이 거래처를 보호하기 위해 정상세금계산서임에도 공급가액이 사실과 다르게 적힌 세금계산서를 수취하였다는 취지의 쟁점확인서를 작성하였다 하여 과세한 것은 부당하다. 또한, 쟁점확인서의 작성시기는 2021년 5월인데, 이 때 청구인은 쟁점법인의 대표자도 아니었으며, 조사청이나 처분청의 세무공무원이 쟁점법인이나 청구인에 대하여 사실관계를 질문하거나 확인서를 요구한 사실도 없다. (라) 청구인이 쟁점매입처에 대한 수사 당시 참고인으로 출석하여 쟁점매입금액과 관련하여 허위 거래를 시인하는 취지의 진술을 한 것은 아무 문제가 없을 것이라는 d의 말에 속아서 시키는대로 한 것이다. 이렇게 진술한 것은 청구인의 실수이지만, 아무런 증거나 근거 없는 단순한 진술을 과세근거로 삼을 수는 없다. 허위 거래에 대한 청구인의 진술이 있었다 하더라도 과세 대상으로 삼기 위해서는 그를 뒷받침하는 구체적인 근거가 있어야 할 것이다. (3) (쟁점매입처의 형사판결 관련) 처분청은 OOO 판결(이하 “쟁점매입처판결”이라 한다)을 근거로 이 사건 처분의 정당성을 주장하나, 쟁점매입처판결은 쟁점매입처나 d의 행위에 대하여 적용할 수 있는 것이지, 청구인은 쟁점매입금액과 관련하여 형사재판을 받은 사실도, 세무조사를 받은 사실도 없어 청구인에 대한 과세 시 쟁점매입처판결을 그 근거로 삼을 수 없다. (4) (자금흐름 관련) 쟁점법인이 쟁점매입금액을 되돌려 받았다면 쟁점매입처의 현금 또는 수표 인출내역이나 제3자에게 이체한 거래내역이 있어야 할 것이나, 처분청은 이에 대한 입증자료를 제시하지 못하고 있다. (마) 청구인 및 배우자(e)의 계좌로 입금된 OOO원은 과다 매입금액으로 시인하나, 그 외 금액은 쟁점법인이 되돌려 받았다는 근거가 없으므로 과다 매입금액으로 인정할 수 없다. (바) d 계좌출금액 OOO원 중 청구인측에 이체된 OOO원을 제외하고 다른 금액은 청구인이 아닌 제3자에게 지급되었다. 또한, 실물 거래 없이 지급한 대금은 보통 1∼3일 이내에 공급받은자가 되돌려 받기 마련인데, 쟁점매입금액을 d이 보관하고 있다가 쟁점법인의 요구에 따라 조금씩 나누어서 지급하였다는 것은 자료상 거래에서 현실(관행)에 맞지 않는 것이다. f 가 수령하였다고 하는 OOO원의 수표 또한 쟁점법인과 관계가 없다.
• 가. 처분청 의견 (1) 청구인은 쟁점매입금액과 관련한 해명의 기회를 부여받지 못했다고 주장하나, 처분청은 쟁점법인에 과세자료 해명안내문을 정상적으로 발송하였고, 과세자료 해명안내문은 법령에서 강제한 사항도 아니므로, 이 사건 처분에 절차적 하자가 존재한다고 볼 수 없다. (2) 청구인은 다수 법인과 개인사업체를 운영해 온 경험이 풍부한 사업자로 현재까지 쟁점매입처와 거래하고 있는 점, 쟁점확인서는 3회에 걸쳐 작성되었고 그 작성 과정과 내용의 구체성, 금융거래의 연관성 등에 비추어 단순히 세법에 무지하여 d에게 속아 이를 작성하였다는 청구주장은 신빙성이 떨어진다. (3) 쟁점매입처판결에 따르면, 법원은 쟁점매입금액과 관련된 세금계산서가 재화나 용역을 공급한 것처럼 거짓으로 작성되었다고 판단하였는바, 특별한 사정이 없는 한 그 사실관계를 부정하기 어렵다(대법원 2019.7.4. 선고 2018두66869 판결 등, 참조). (4) 조사청의 조사결과에 따르면, 대금을 쟁점법인에 되돌려준 사실이 확인되고 되돌려준 방법은 ① 쟁점매입처의 가공매입처에서 쟁점매입처의 직원 g에게 수표를 지급하고, ② 받은 수표를 g 를 포함한 직원들이 현금으로 교환하거나 g 본인 계좌 및 대표자 d의 계좌에 입금한 후, ③ 쟁점법인에 계좌이체 또는 수표나 현금으로 전달하거나, 쟁점법인이 요청하는 제3자에게 계좌이체 또는 수표나 현금으로 전달하였다는 내용이 구체적으로 명시되어 있으며, 이는 조사 당시 확인된 계좌거래내역에 의하여 확인된다.

쟁점법인이 실제 공급가액을 초과하여 기재한 세금계산서를 수취한 것으로 보아 해당 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부

• 가. 관련 법률 (1) 국세기본법 제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다. (5) 부가가치세법 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

• 나. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 내용이 나타난다. (가) 국세청 전산자료에 따른 쟁점법인 및 쟁점매입처의 사업자등록 내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점법인 및 쟁점매입처의 사업자등록 내역 (나) 처분청은 청구인이 쟁점법인을 포함한 9개 법인(비영리법인 포함) 및 개인사업체의 대표자를 역임하였고, 현재 주식회사 h, 주식회사 i 및 OOO 등의 대표로 재직하고 있으며, 최근까지 청구인이 대표로 있는 주식회사 j 와 쟁점법인이 지속적으로 거래를 하고 있다는 의견을 제시하며 청구인이 대표자로 재직한 사업체 목록 및 주식회사 j와 쟁점법인의 거래내역을 제출하였다. <표3> 청구인이 대표자로 재직한 사업체 목록 <표4> 주식회사 j와 쟁점법인의 거래내역 (단위: 원) (다) 부가가치세 경정 결의서상 쟁점법인의 신고 및 처분청 경정 내역은 아래 <표5>와 같다. <표5> 쟁점법인의 부가가치세 신고 및 처분청 경정 내역 (단위: 천원) (라) 처분청의 과세기간별 쟁점매입금액 산정내역은 아래 <표6>과 같다. <표6> 처분청의 과세기간별 쟁점매입금액 산정내역 (단위: 천원) (마) 처분청은 쟁점법인에게 ‘과세자료 해명안내문’과 ‘과세예고 통지 서’를 정상적으로 발송하여 소명의 기회를 부여하였다고 주장하며 내부전산화면을 제출하였다. (바) 처분청이 작성한 쟁점매입금액 관련 자금흐름도는 아래 <그림>과 같다. <그림> 쟁점매입금액 관련 자금흐름도 (단위: 백만원) (사) 2014년 제1․2기분에 대한 처분청의 과세근거는 다음과 같다. 1) 쟁점매입처 대표자 d의 확인서(2014년도분) 2) 2014년에 발급된 거래명세서 13건 (아) 2015년 제1기∼2017년 제2기분에 대한 처분청의 과세근거는 다음과 같다. 1) 조사청의 쟁점매입처에 대한 세무조사 결과복명서 보충조서의 주요내용 2) 조사청의 쟁점매입처에 대한 세무조사 시 청구인이 작성한 쟁점확인서 3) 조사청의 세무조사 시 작성된 쟁점매입처 대표자 d의 심문조서 주요내용 4) 청구인이 ｢특정경제범죄 가능처벌 등에 관한 법률｣ 위반(조세) 피의사건과 관련하여 2021.12.17. 경기○○○○경찰서에 출석하여 작성한 진술조서 주요내용 5) d이 ｢조세범 처벌법｣ 위반 등 피의사건과 관련하여 2022.4.15. ○○지방검찰청에 출석하여 작성한 피의자신문조서의 주요내용 6) g(d의 조카, 쟁점매입처의 직원) 가 2021.12.17. ○○경찰서에 출석하여 작성한 진술조서 주요내용 7) 쟁점매입처판결 주요내용(d 및 쟁점매입처의 ｢조세범 처벌법｣ 위반 혐의에 대한 판결로 2022.7.19. 유죄로 선고되었고 항소 없이 2022.7.27. 확정) 8) 처분청이 d의 계좌(OOO은행 1002-530-) 및 g의 계좌(OOO은행 1005-702-, OOO은행 11029)의 거래내역을 정리한 자료 (단위: 천원) (자) 청구인이 제출한 증빙의 내용은 다음과 같다. 9) 청구인은 2014년도분 거래명세서를 본인이 작성한 것이 아니라고 주장하며 쟁점확인서상의 서명과 대조한 자료를 제시하였다. 10) 청구인은 처분청이 부인한 매입금액은 산기관과 관련된 것이라고 추정하였고, 쟁점매입처로부터 산기관의 월별 매입현황과 산기관 관련 매출업체인 주식회사 c(오수처리시설 설계 및 시공업체)에 대한 월별 매출현황을 제시하며 작성한 아래 <표7>을 근거로 매입 수량과 매출 수량이 비슷하여 쟁점매입금액 중 OOO원을 제외한 금액은 실제 거래금액에 해당한다고 주장한다. <표7> 쟁점매입처 및 주식회사 c와의 산기관 매입 및 매출 현황 (단위: 천원) 11) 청구인은 주식회사 c 대표자 k가 “2015∼2017년 동안 쟁점법인에서 거래명세서상의 제품(프레임)을 공급받은 사실이 있으며 제품별 산기관이 장착된 사실을 확인한다.”는 내용으로 작성한 사실확인서를 제출하였다. 12) 청구인은 d에게 쟁점확인서를 작성하여 주고, 위 참고인 진술조서와 같이 진술한 이유가 d의 말에 속아 한 것이라고 주장하며 녹취록을 제출하였다. (1) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (차) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 불복에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리할 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 할 것이다. 따라서 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청인 피고에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자측에서 이를 입증할 필요가 있다고 할 것이다(대법원 1997.9.26.선고 96누8192 판결 등, 같은 뜻임). (가) 청구인은 쟁점매입금액이 실제 거래금액임에도 불구하고, 처분청이 사실관계의 확인이나 거래증빙 등에 의하지 않고 기망에 의하여 청구인이 작성한 확인서 등을 근거로 실제 공급가액보다 과다하게 세금계산서에 기재된 금액으로 보았으므로 이 사건 처분이 위법하다고 주장하나, 조세불복에 있어서 형사재판에서 인정된 사실에 구속을 받는 것은 아니라 할지라도 이미 확정된 관련 있는 형사판결의 인정사실은 이를 채용할 수 없는 특별사정이 나타나 있지 않는 한 이를 배척할 수 없다(대법원 1987.5.26. 선고 85누351 판결 등, 같은 뜻임) 할 것인바, 쟁점매입처판결에서 피고인의 법정진술, 청구인 등의 경찰 진술조서, 쟁점매입처의 장부 등을 증거로 하여 쟁점매입금액 중 2016년 제1기부터 2017년 제1기분 공급가액 합계 OOO원이 과다기재된 것으로 인정된 점, 청구인은 조사청의 쟁점매입처에 대한 세무조사 시 3차례에 걸쳐 쟁점매입금액 중 2015년부터 2017년까지의 거래분이 실제 거래보다 과다하게 기재된 것이고 과다 지급한 대금을 되돌려 받았다는 내용의 확인서를 제출하였으며 경찰 조사에서도 위 확인서와 동일한 내용의 진술을 한 것으로 나타나는 점, 이후 청구인은 d에게 속아 허위로 위 확인서를 작성하고 진술을 하였다고 주장하고 있으나, 장기간 다수의 사업체를 운영하고 있고, 이 사건 처분이 있은 후에도 청구인이 대표자로 있는 주식회사 j와 쟁점매입처는 계속하여 거래하고 있으며, 청구인 스스로 금융거래내역으로 확인되는 OOO원은 쟁점매입처에 매입대금으로 지급하였다가 되돌려받은 금액이라고 인정하고 있는 사실 등을 고려할 때 위 청구주장을 신뢰하기 어려운 점 등에 비추어, 청구인이 2015년 제1기부터 2017년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 동안 실제 공급가액보다 합계 OOO원을 과다 기재한 세금계산서를 수취하였다는 사실이 상당한 정도로 입증된 반면, 청구인이 제출한 자료만으로는 쟁점매입금액이 실제 거래에 따른 것이라고 인정하기 어려운 것으로 보이므로, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다만, 쟁점매입금액 중 2014년분은 청구인 스스로 공급가액을 세금계산서에 과다기재하였다고 인정하거나 확인한 사실이 없는 점, 쟁점매입처판결에서도 이에 대한 사실인정이 없었던 점, 처분청이 2014년분에 대한 과세근거로 제시한 증빙은 쟁점매입처의 대표자 d의 확인서와 거래명세서뿐인데, 2014년도분 거래명세서에 기재된 청구인의 서명이 쟁점확인서의 그것과 확연히 차이가 나 위조 가능성을 배제할 수 없어 과세근거로 삼기 어려운 점, 그렇다면 인정할 수 있는 과세근거는 d의 확인서뿐인데, 거래상대방의 확인서만으로 쟁점매입금액을 실제 거래 없이 과다기재한 금액으로 인정하기는 어렵다 할 것이므로, 처분청이 쟁점법인 및 쟁점매입처의 장부, 금융거래내역 등 객관적인 증빙에 의하여 쟁점매입금액 중 2014년분이 실제 공급가액보다 과다하게 기재되어 세금계산서가 발급되었는지를 재조사 하여 그 결과에 따라 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.