조세심판원 심판청구 국세징수

제2차 납세의무자 지정·고지 처분의 당부

사건번호 조심-2025-중-0203 선고일 2025.04.17

청구인 제시자료에 의하면 청구인의 보유지분이 감소하였다는 주장은 신빙성 있어 보이는바, 체납법인의 유상증자 당시 자본금을 납입한 주체 등에 대한 사실관계를 재조사할 필요가 있음

[주 문] AAA세무서장이 2024.4.24. 주식회사 A의 부가가치세 2018년 제2기분 OOO원, 2021년 제2기분 OOO원 및 법인세 2018사업연도분 OOO원의 체납세액과 관련하여 청구인을 위 법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고, 청구인의 지분비율(53.57%)에 해당하는 합계 OOO원을 납부고지한 각 처분은 2015년경 주식회사 A의 유상증자 당시 자본금을 납입한 주체, 2016년 이후 청구인이 위 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하였는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지 처분을 경정한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 주식회사 A(이하 “체납법인” 또는 “회사”라 한다)은 2008.11.11. 경기도 군포시 OOO에서 설립되어 알루미늄 도매업 등을 영위하다가 2021.9.25. 폐업하였는데, 2024년 4월 현재 아래 <표1>과 같이 2018년 제2기 부가가치세 OOO원 등 합계 OOO원을 체납하였다. <표1> 체납세액 및 제2차 납세의무 고지 내역 ㅇㅇㅇ
  • 나. 한편, 체납법인이 제출한 주식등변동상황명세서상 청구인은 2014년~2021년 기간 동안 체납법인의 발행주식 75,000주(53.57%, 총 140,000주, 이하 청구인이 보유한 주식을 “쟁점주식”이라 한다)를 보유하고 있는 과점주주인 것으로 나타나는데, 처분청은 체납법인의 재산으로 체납액에 충당하여도 부족하다고 보아 청구인을 체납법인의 제2차 납세의무자로 지정하고 위 <표1>과 같이 청구인의 지분에 상당하는 체납세액 합계 OOO원(이하 “쟁점체납세액”이라 한다)에 대하여 2024.4.24. 청구인에게 국세징수법 제7조 등에 따라 납부고지를 하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2024.6.21. 이의신청을 거쳐 2024.12.3. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 체납법인의 발행주식 총수의 50% 이상을 보유하고 있는 과점주주가 아니다. (가) 체납법인의 주주인 A은 2015.12.1. 자본금 OOO원을 투자하면서, 자본금 증액을 원인으로 한 증자등기를 하였고, 이에 따라 청구인의 지분은 25%가 되었다. 체납법인의 등기사항전부증명서를 보면, 자본금이 OOO원에서 2015.11.17. OOO원으로 변경된 사실이 나타난다. 유상증자 당시 체납법인은 매출이 거의 없고 사업이 지지부진한 회사였으나, A은 B․C와 함께 사업 아이템이 있으니 청구인과 함께 하자고 제의를 하여 뜻을 모으게 되었다. 이에 체납법인의 운영, 제조․생산은 A이 맡고 나머지 사람들은 아이템 개발 등의 자문을 하기로 하고, A은 추가로 자본금 OOO원을 투입한 것이다. 이에 따라 A이 불입한 OOO원을 감안하여, 체납법인의 주식 양수도 등을 통하여 지분관계를 정리하였고, 나아가 체납법인에 대한 회사의 운영은 A이 책임을 지고 맡기로 하였으며, A이 대표이사로 재직하고 있는 주식회사 B가 제품의 개발과 생산을 맡기로 하였다. 이에 회사의 지분구조를 청구인 25%, C 25%(D의 배우자), B 25%, A 21.4%로 조정하기로 최종 협의하였다. 위와 같은 지분 배분 이유는 청구인, C 및 B은 신규 사업아이템을 찾는데 주력하고, 지분은 각각 25%로 하며, A은 회사의 운영을 맡고 또한 본인의 다른 회사가 있기 때문에 21.4%의 지분을 갖기로 협의한 것이다. (나) 처분청은 주금납입증명서 등 금융증빙이 제출되지 않았고, 청구인이 제출한 사실확인서만으로는 A이 체납법인의 과점주주라거나 체납법인의 실질 대표이사라는 점을 확인할 수 있는 객관적 증빙자료가 아니라고 하나, 법인등기부상 증자등기가 이루어진 것이 나타나므로 증자가 이루어진 사실을 알 수 있고, B이 소지하고 있는 주주명부에 비추어 실제 회사의 지분구조의 조정이 이루어진 사실도 확인된다. B은 2019.7.10. 회사로부터 주주명부를 받게 되었고, 해당 주주명부에 따르면, 청구인이 체납법인에 대한 25%의 지분을 보유하고 있는 사실이 나타난다. (다) B의 사실확인서에 의하여 회사의 지분구조 변경 및 경위가 충분히 설명된다. B의 지위, 사실확인서 및 추가진술서의 내용을 보면, 당시 회사의 지분구조 변경 및 경위가 충분히 설명된다.

(2) 청구인은 주주권을 행사할 지위에 있지 않았고, 회사의 경영에 관여하거나 지배적인 영향력을 행사할 지위에 있지도 않았다. (가) 청구인은 주주권을 행사한 사실도 없고, 행사할 이유도 없었다. 체납법인은 A의 책임하에 운영되었고, 경영상 주요한 판단은 A에 의해 이루어졌으며, 실제 청구인은 주주총회 등의 통지를 받거나 참석한 일이 없음은 물론이고, 위 회사에 출입하며 회사 상황을 살펴보는 기본적인 일조차 한 적이 없다. 심지어는 위 회사가 경기도 화성시로 잠깐 이전하였다가 군포시로 옮긴 것도 본건이 발생한 이후에야 알게 되었을 뿐이다. (나) 처분청은 대법원(2003.7.8. 선고 2001두5354 판결) 판결을 인용하며, 주식의 소유 사실과 관련하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다는 의견이나, 이러한 대법원 판시사항을 그대로 인용함은 적절하지 않다. 관련 규정의 개정내용을 보면, 국세기본법 제39조 제2호 의 경우 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들을 과점주주로 규정하고 있는데, 2018.1.1. 개정법률이 시행되기 전에는, 해당 주식보유자에 대하여 ‘그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들’로 규정하였지만, 개정 시 ‘그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들’로 더욱 엄격하게 규정하였다. 나아가 이러한 과점주주의 제2차 납세의무는 상법상 주주 등의 유한책임 원칙에 대한 중대한 예외로서 본래의 납세의무자가 아닌 제3자에게 보충적인 납세의무를 부과하는 것이므로 그 적용 요건을 엄격하게 해석하여야 한다(대법원 2019.5.16. 선고 2018두36110 판결 참조). 결국 본건에 있어서도 주식의 소유사실과 관련하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족한 것으로 볼 수 없으며 더욱 엄격하게 해석할 필요가 있다. (다) 또한 청구인은 보유주식에 대한 주주권을 행사하거나 경영에 지배적인 영향을 행사할 지위에 있지도 않았다. 청구인은 체납법인의 임원으로 재직한 사실이 없고, 체납법인은 A의 책임하에 운영되었으며, 경영상 주요한 판단에 대하여 청구인이 통지를 받은 사실도 없다. 처분청도 실제 체납법인의 실제 소유주이자 운영자는 A으로 밝히고 있다.

(3) 청구인은 본건 납부고지에 대한 당초 과세 원인에 대해서 전혀 알지 못한다. 본건 체납법인의 가공매출은 A의 범법행위에 기인한 것으로, 정상적인 거래에 의한 매출에 기인한 것이 아니다. 정상적인 거래를 통한 매출 등이었다면 청구인은 연말의 재무제표 등을 통하여 인지할 가능성이 있었을 것이고, 나아가 미연의 방지를 위한 노력도 가능하였을 것이나, 본건의 경우 A의 범법행위에 대한 고발 및 처벌 이후에야 어느 정도 실체가 드러난 것으로 청구인은 이에 대하여 전혀 인지하지 못하였고, 이 건 세금 부과를 받기 전까지도 해당 전말에 대해 전혀 알지 못하였다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점주식을 2016년 당시 회사의 실제 운영자인 A에게 일부 양도하여 과점주주가 아니라고 주장하나, 쟁점주식 양도와 관련하여 법정신고기한 내 이를 입증할 신고내역(양도소득세, 증권거래세, 주식등변동상황명세서)이 존재하지 않으며, 현재까지 양도소득세 및 증권거래세의 기한후 신고 및 납부도 이루어지지 않고 있다. 청구인은 주식 양도에 대한 사항이 반영된 주주명부를 심판청구 시 제출하였으나, 이것은 여전히 공식적인 증빙으로 입증될 수 있는 객관적인 자료라고 볼 수 없으며, 2015년 체납법인의 증자 등기원인이 청구인의 지분율 변경이라는 객관적인 증빙도 제출되지 않았다. 또한 사실확인서를 제출한 B이 청구인의 주식양도를 인정하고 있다고 하지만 B이 체납법인과 어떠한 관계가 있는지 확인할 수 있는 객관적인 자료도 존재하지 아니한다.

(2) 청구인은 체납법인의 경영관계에 대해서 전혀 알지 못한다고 주장하나, 청구인이 2016년부터 대표로 재직하고 있던 주식회사 C(이하 “C”이라 한다)과 체납법인을 실질적으로 경영했다는 A이 소유하고 있던 주식회사 D(이하 “D”라 한다)는 경제적인 연관관계가 확인된다. (가) 체납법인과 D는 2016.7.14. 체납법인이 경기도 군포시 OOO로 본점을 이전하면서 D가 전대인으로, 체납법인이 전차인으로 계약한 이후 폐업 시까지 한 사업장을 공유하였다. 또한 체납법인의 실제 운영자라는 A의 2016~2021년 근로소득 및 사업소득 지급명세서 조회 결과, 체납법인이 아닌 D에서 지속적으로 급여 수령을 한 것으로 확인되었으며, 체납법인의 대표이사인 E, F도 체납법인이 아닌 D에서 매월 급여를 지급받는 등 체납법인은 D와 경제적 연관관계가 있음이 확인된다. (나) C과 D는 2016년 7월에 첫 거래가 이루어졌고, C이 D를 거래상대방으로 하여 아래 <표2>와 같이 상당액의 세금계산서를 발급․수취한 사실이 나타난다. <표2> C의 세금계산서 발급 및 수취내역 ㅇㅇㅇ (다) 특히, C은 D의 사업장 이전과 상관없이 폐업할 때까지 매월 임대료 항목으로 매년 약 OOO원 내외의 세금계산서를 발급하였다. 청구인은 OEM으로 생산권을 넘기면서 C이 사용하던 사업장을 D에게 전대하여 사용하였다고 주장하나, 이러한 사실을 증빙할만한 객관적인 자료가 제출되지 않았다. 또한 C은 부동산 임대업을 영위하고 있지 않으며 다른 사업자인 주식회사 E, OOO이 D를 임차인으로 하여 부가가치세를 신고한 내역이 세금계산서 및 부동산임대공급가액 명세서에서 나타난다.

(3) 청구인은 2014년부터 체납법인 폐업 시까지 주식 53.57%를 보유하여 체납법인의 발행주식 총수의 50% 이상을 보유하고 있는 과점주주로 나타나는바, 청구인이 실제 주주권을 행사한 사실은 없다고 하더라도 주주권을 행사할 수 있는 위치에 있었던 것으로 볼 수 있다. A이 자본금 OOO원을 투자하여 청구인의 지분이 25%로 변경되었다고 주장하나, 주금납입증명서 등 금융증빙이 제출되지 않았으며 청구인이 제출한 사실확인서로는 A이 체납법인의 과점주주라거나 실질 대표이사라는 점을 확인할 수 있는 객관적 증빙자료가 되지 않는다. 청구인이 보유한 쟁점주식에 대하여 주주권을 행사하거나 경영에 지배적인 영향을 행사할 지위에 있지 않았다는 입증을 하지 못하는 점, 청구인이 감사직에서 사임하였다는 사실만으로는 체납법인의 명목상 주주에 불과하다는 구체적인 증거로 인정하기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하여 납부통지한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 쟁점체납세액(법인세 및 부가가치세)을 납부고지 한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)

  • 가. 합자회사의 유한책임사원
  • 나. 유한책임회사의 사원
  • 다. 유한회사의 사원

(2) 국세징수법 제7조(제2차 납세의무자 등에 대한 납부고지) ① 관할 세무서장은 납세자의 체납액을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조에서 “제2차 납세의무자등”이라 한다)로부터 징수하는 경우 징수하려는 체납액의 과세기간, 세목, 세액, 산출 근거, 납부하여야 할 기한(납부고지를 하는 날부터 30일 이내의 범위로 정한다), 납부장소, 제2차 납세의무자등으로부터 징수할 금액, 그 산출 근거, 그 밖에 필요한 사항을 적은 납부고지서를 제2차 납세의무자등에게 발급하여야 한다.

1. 제2차 납세의무자

  • 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제출한 주식등변동상황명세서 등 심리자료를 보면, 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 처분청이 제출한 체납법인의 주식등변동상황명세서를 보면, 체납법인의 주주현황은 아래 <표3>과 같이 나타난다. <표3> 체납법인 주주현황 (단위: 주, %) 주주 2014년 2015년 2016년 2021년 성명 관계 주식수 지분율 주식수 지분율 주식수 지분율 주식수 지분율 청구인 본인 75,000 75.0 75,000 53.57 75,000 53.57 … 75,000 53.57 조영란 기타 5,000 5.0 5,000 3.57 5,000 3.57 5,000 3.57 신준혁 기타 20,000 20.0 20,000 14.29 20,000 14.29 20,000 14.29 김진규 기타

• - 40,000 28.57

• -

• - E 기타

• -

• - 20,000 14.29 20,000 14.29 A 기타

• -

• - 20,000 14.29 20,000 14.29 합 계 100,000 100.0 140,000 100.0 140,000 100.0 140,000 100.0 (나) 청구인의 사업자등록 이력은 아래 <표4>와 같다. <표4> 사업자등록이력 ㅇㅇㅇ (다) 체납법인의 법인등기사항전부증명서상 나타나는 주요 임원의 변경이력은 아래 <표5>와 같다. <표5> 체납법인의 등기사항전부증명서 주요 내용 ㅇㅇㅇ (라) 청구인의 근로소득 발생내역은 아래 <표6>과 같다. <표6> 청구인의 근로소득내역 ㅇㅇㅇ (마) 체납법인의 체납발생 내역 및 고지사유는 아래 <표7>과 같다. <표7> 국세 체납세액 내용 ㅇㅇㅇ (바) 체납법인의 2018사업연도 법인세 및 부가가치세에 관한 세무조사 종결보고서 내용을 보면, 세무조사 당시(2020년 11월) 처분청에서 체납법인의 실제 대표이사를 A이라고 확인한 것으로 보이는 바, 주요 내용은 아래 <표8>과 같다. <표8> 조사종결보고서 주요 내용 (가) 조사경위 AAA세무서장이 D의 ’18.2기 신고분에 대한 조사(2020.11.20.∼ 2021.1.8.)결과 D가 체납법인으로부터 수취한 OOO원의 세금계산서를 가공거래로 확정하여 통보한 과세자료에 기초하여 조사착수하였다. (나) 조사내용

○ 과세자료 발생처(D) 조사‧고발 결과 체납법인으로부터 수취한 매입 세금계산서(OOO원)와 OOO에 발급한 매출 세금계산서(OOO원)를 가공으로 확정하여 고발(범칙 실행위자 D 대표 A)하였으나, 검찰은 AAA세무서장이 가공으로 판단하여 고발한 금액 중 OOO원, OOO원(아래 그림 중 ()부분 금액)만을 가공으로 판단하여 실행위자 A에게 벌금형 부과하여 그대로 확정됨 ㅇㅇㅇ D 대표 A이 체납법인의 실제 소유주이자 운영자인 사실이 체납법인의 대표이사로 등기된 E, F의 진술로 확인되어 본 가공매출 관련 실행위자는 A이다. 법원의 약식명령에 대하여 반박할 추가 증거가 없고, A이 사망한 상태여서 추가 사실관계 확인도 어려운 점을 감안하여 D에 대한 법원의 약식명령과 동일하게 D에 대한 매출액 OOO원 중 OOO원을 가공으로 확정하고, 매입처에 대한 조사결과 세금계산서 수취금액 전액 OOO원을 가공으로 확정함 (2) 청구인이 제출한 주주명부 등 심리자료를 보면, 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인이 제출한 주주명부는 아래 <표9>와 같다. <표9> 체납법인 주주명부(2019.7.10.) ㅇㅇㅇ (나) 청구인이 제출한 주주명부 및 유상증자와 관련한 B(체납법인의 주주임)의 추가진술서 내용은 아래 <표10>과 같다. <표10> B의 추가진술서 ㅇㅇㅇ (다) 청구인이 제출한 A의 조세범 처벌법 위반에 대한 법원의 약식명령은 아래 <표11>과 같다. <표11> A에 대한 법원의 약식명령 ㅇㅇㅇ (3) 이 상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 체납법인의 과점주주에 해당한다는 의견이나, 체납법인의 등기사항전부증명서를 보면, 2016년 이후 청구인은 체납법인의 임원(이사 또는 감사)으로 재직하지 아니하였고, 급여를 수령한 사실도 없는 것으로 나타나는 점, 2020년 11월에 체납법인에 대하여 실시한 세무조사 과정에서 처분청은 체납법인의 실제 운영(경영)자를 A으로 확인한 것으로 보이는 점, 청구인이 제출한 주주명부에는 청구인이 체납법인의 지분 25%를 소유하고 있는 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 청구인을 체납법인의 실질적인 과점주주로 단정하기는 어렵다고 판단된다. 다만, 처분청에 제출된 주식등변동상황명세서상 청구인은 체납법인의 지분 53.57%를 소유한 것으로 나타나고 있고, 체납법인의 실제 과점주주가 누구인지 확인하기 위한 조사가 실시되지 아니한 점 등을 고려할 때, 금융조회 등을 통해 체납법인의 유상증자 당시 자본금을 납입한 주체, E, B이 각 체납법인의 주주명부, 추가진술서를 작성하게 된 경위 및 그 진위, 체납법인의 주주총회 또는 이사회 의사록 및 체납법인 계좌 출금액의 귀속자 등을 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지 처분을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)