공사가 진행된 부분에 대해서는 과세대상 용역의 제공이 있었던 것으로 보이고 청구인이 제기한 소송에서도 법원은 양측 주장을 배척하면서 쟁점공사에 따른 각자의 손실은 각자 부담으로 하고 상대방에 대한 어떤 채권‧채무도 존재하지 아니함을 확인한다고 결정한 것으로 보아 동 금액에 손해배상금 등이 포함되어 있다고 보기 어려워 보이므로 매입자발행 세금계산서 발급대상으로 봄이 타당함
공사가 진행된 부분에 대해서는 과세대상 용역의 제공이 있었던 것으로 보이고 청구인이 제기한 소송에서도 법원은 양측 주장을 배척하면서 쟁점공사에 따른 각자의 손실은 각자 부담으로 하고 상대방에 대한 어떤 채권‧채무도 존재하지 아니함을 확인한다고 결정한 것으로 보아 동 금액에 손해배상금 등이 포함되어 있다고 보기 어려워 보이므로 매입자발행 세금계산서 발급대상으로 봄이 타당함
(1) 매입자발행세금계산서 제도의 입법취지는 매입자보다 경제적으로 우월한 지위에 있는 재화·용역의 매출자가 과세표준 노출 등을 이유로 매출세금계산서 발급을 거부하는 사례를 방지하는 동시에 매입자의 매입세액공제를 적절하게 받을 수 있도록 허용함에 있는바, 쟁점거래처가 청구인으로부터 수령한 공사대금 OOO원(부가가치세 포함)에 대하여 세금계산서를 발행하지 아니한 것은 사업과 관련하여 청구인으로부터 거래징수한 부가가치세 매출세액을 과세관청에 신고 하지 않고 탈세하려는 의도가 있을 뿐만 아니라 청구인이 쟁점거래처에 지급한 부가가치세 매입세액을 공제받지 못하도록 하려는 의도가 있다.
(2) 또한, 도급공사에 있어 ‘계약의 해제’란 미완성부분에만 영향을 미친다. 처분청은 쟁점계약의 해제로 인하여 동 계약은 당초부터 효력이 없는 것으로 보아야 한다는 의견이나, 도급건설계약에 따라 공사가 진행되어 건물이 상당 부분 건축된 상태에서 공사도급계약이 해제되었다면 그 계약해제의 효력은 향후 미완성 부분에만 그치는 것 (대법원 선고 1997.2.25. 선고 96다43454 판결 외 다수 참조)이므로 이미 진행된 용역의 공급에는 부가가치세법상 과세요건이 완성되어 공급자는 매출세금계산서를 발행하여 거래징수한 부가가치세를 납부하여야 하고 공급받는 자는 거래징수된 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제받을 수 있다.
(3) 청구인은 쟁점거래처가 설계도면과 달리 부실시공을 하고, 하도급 업체에게 지급하여야 할 공사대금을 지급하지 않는 등 공사가 원만히 진행되지 않아 더 이상 신뢰할 수 없어서 쟁점소송을 제기하기에 이르렀다. 또한, 쟁점계약과 관련하여 청구인은 기성금 추정액을 OOO원으로 주장한 반면, 쟁점거래처는 OOO원으로 주장하여 양측의 주장이 크게 달라 상호 원만히 조정할 수 없었기 때문에 청구인이 쟁점거래처에 금융계좌로 실제 지급한 OOO원과 기성금 추정치 OOO원의 차액을 반환받고자 하는 취지에서 쟁점소송을 제기한 것이고 이에 대하여 법원은 화해권고결정을 하였다. 즉, 법원은 청구인과 쟁점거래처 사이에 2023.4.27. 체결된 쟁점계약 및 2023.8.17. 체결된 위 펜션 조성공사와 같은 토지 지상의 단독주택 조성공사 계약에 관한 각자의 손실은 각자의 부담으로 하고 상대방에 대하여 어떠한 채권‧채무도 존재하지 아니함을 확인한다고 결정하였는데, 이는 청구인이 주장한 기성금 추정액 OOO원과 쟁점거래처가 주장한 기성금 추정액 OOO원은 모두 객관적인 증빙이 없는 추정치에 불과하므로, 법원은 이를 배척하고 청구인이 쟁점거래처에 금융계좌로 실제 지급한 OOO원을 기성금으로 확정한 것이다. 따라서 쟁점거래처는 이미 공급한 용역의 대가를 청구인으로부터 수령한 OOO원으로 계상하고 여기에 발생한 공사원가를 차감하면 자연스럽게 공사손실이 계상될 것이며, 청구인은 향후 수입금액에서 이미 지급한 OOO원을 공사원가로 계상함으로써 자연스럽게 공사손실이 계상될 것이므로, 도급공사금액 및 기타 채권·채무는 화해권고 결정이 확정된 이후 더 이상 존재하지 아니함을 명백히 확인할 수 있다. (4) 부가가치세법 제34조의2 및 같은 법 시행령 제71조의2에 따라 매입자발행세금계산서를 발행하려는 거래사실 확인 신청인은 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 관할세무서에 거래사실의 확인을 신청하여야 하는데, 청구인이 매 입자발행세금계산서 발급을 위한 거래사실확인 신청 시 제출한 쟁점소송에 관한 법원의 화해권고결정서는 거래사실을 확인할 수 있는 객관적이고 확정적인 입증자료에 해당한다.
(5) 한편, 처분청은 쟁점거래처가 ‘거래상대방으로부터 대금 등을 받았다고 하더라고 재화, 용역의 공급에 대한 반대급부가 성립되지 않는 지급액은 부가가치세 과세대상이 될 수 없다’는 의견이나, 쟁점 거래처가 쟁점계약에 따라 청구인으로부터 수령한 OOO원은 사업과 관련하여 실제 공사를 진행하고 완성한 부분에 해당하는 부가가치세법 제4조 에서 정한 과세대상인 용역의 공급대가에 해당한다.
(1) 청구인이 2023.12.12. 쟁점거래처의 공사대금 미지급 및 부실시 공을 사유로 공사계약 해제를 통지하는 내용증명 우편을 발송함에 따라 당초 체결된 쟁점계약의 효력이 소급하여 상실되었으므로 쟁점거래처의 부가가치세 납세의무는 성립되지 아니하고, 법원은 쟁점소송에 대하여 ‘청구인과 쟁점거래처 사이에 체결된 공사계약에 관한 각자의 손실은 각자의 부담으로 하고 상대방에 대하여 어떠한 채권‧채무도 존재하지 않는다는 것을 확인한다’는 화해권고결정을 하였다.
(2) 한편, 매입자발행세금계산서의 신청인은 부가가치세법 제34조의2 및 같은 법 시행령 제71조의2 제8항은 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 관할세무서에 거래사실의 확인을 신청하도록 규정함으로써 신청인에게 거래사실에 대한 입증책임을 부여하고 있는바, 청구인이 제출한 증빙자료만으로는 요청한 공사대금 OOO원에 대한 거래금액 확인이 불가능하므로 당초 “거래사실 확인불가”는 적정하다.
(1) 부가가치세법 제16조【용역의 공급시기】① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.
2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때
② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제34조의2【매입자발행세금계산서에 따른 매입세액 공제 특례】① 제32조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자(이하 이 항에서 “사업자”라 한다)가 재화 또는 용역을 공급하고 제34조에 따른 세금계산서 발급 시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우(사업자의 부도‧폐업, 공급 계약의 해제‧변경 또는 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우로서 사업자가 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서를 발급하지 아니한 경우를 포함한다) 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발행할 수 있다.
② 제1항에 따른 세금계산서(이하 “매입자발행세금계산서”라 한다)에 기재된 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 제37조, 제38조 및 제63조 제3항에 따른 공제를 받을 수 있는 매입세액으로 본다.
③ 제1항 및 제2항에서 정한 사항 외에 매입자발행세금계산서의 발급 대상 및 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 시행령 제29조【할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조 제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.
1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우
2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우
3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우
4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우
② 법 제16조 제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.
1. 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우: 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 제71조의2【매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등】① 법 제34조의2 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사 업자”란 법 제32조에 따른 세금계산서 발급의무가 있는 사업자(제73조 제3항 및 제4항에 따라 세금계산서 발급의무가 있는 사업자를 포함한다)를 말한다.
② 법 제34조의2 제1항에서 ”대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우”란 재화 또는 용역을 공급한 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 소재불명 또는 연락두절 상태인 경우
2. 휴업이나 그 밖의 부득이한 사유로 세금계산서를 발급받는 것이 곤란하다고 국세청장이 인정하는 경우
③ 법 제34조의2 제2항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 “신청인”이라 한다)는 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일부터 1년 이내에 기획재정부령으로 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인 관할 세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다.
④ 제3항에 따른 거래사실의 확인신청 대상이 되는 거래는 거래 건당 공급대가가 5만원 이상인 경우로 한다.
⑤ 제3항에 따른 신청을 받은 관할 세무서장은 신청서에 재화 또는 용역을 공급한 자(이하 이 조에서 “공급자”라 한다)의 인적사항이 부정확하거나 신청서 기재방식에 흠이 있는 경우에는 신청일부터 7일 이내에 일정한 기간을 정하여 보정요구를 할 수 있다.
⑥ 신청인이 제5항의 기간 이내에 보정요구에 응하지 아니하거나 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 신청인 관할 세무서장은 거래사실의 확인을 거부하는 결정을 하여야 한다.
1. 제3항의 신청기간을 넘긴 것이 명백한 경우
2. 신청서의 내용으로 보아 거래 당시 미등록사업자 또는 휴·폐업자와 거래한 것이 명백한 경우
⑦ 신청인 관할 세무서장은 제6항에 따른 확인을 거부하는 결정을 하지 아니한 신청에 대해서는 거래사실확인신청서가 제출된 날(제5항에 따라 보정을 요구하였을 때에는 보정이 된 날)부터 7일 이내에 신청서와 제출된 증빙서류를 공급자 관할 세무서장에게 송부하여야 한다.
⑧ 제7항에 따라 신청서를 송부받은 공급자 관할 세무서장은 신청인의 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래사실여부를 확인하여야 한다. 이 경우 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다.
⑨ 공급자 관할 세무서장은 신청일의 다음 달 말일까지 거래사실여부를 확인한 후 다음 각 호의 구분에 따른 통지를 공급자와 신청인 관할 세무서장에게 하여야 한다. 다만, 공급자의 부도, 일시 부재 등기획재정부령으로 정하는 불가피한 사유가 있는 경우에는 거래사실 확인기간을 20일 이내의 범위에서 연장할 수 있다.
1. 거래사실이 확인되는 경우: 공급자 및 공급받는 자의 사업자등록번호, 작성연월일, 공급가액 및 부가가치세액 등을 포함한 거래사실 확인 통지
2. 거래사실이 확인되지 아니하는 경우: 거래사실 확인불가 통지
⑩ 신청인 관할 세무서장은 공급자 관할 세무서장으로부터 제9항의 통지를 받은 후 즉시 신청인에게 그 확인결과를 통지하여야 한다.
⑪ 제10항에 따라 신청인 관할 세무서장으로부터 제9항 제1호에 따른 거래사실 확인 통지를 받은 신청인은 공급자 관할 세무서장이 확인한 거래일자를 작성일자로 하여 매입자발행세금계산서를 발행하여 공급자에게 교부하여야 한다.
⑫ 제11항에도 불구하고 신청인 및 공급자가 관할 세무서장으로부터 제9항 제1호의 통지를 받은 때에는 신청인이 매입자발행세금계산서를 공급자에게 교부한 것으로 본다.
⑬ 제11항 또는 제12항에 따라 매입자발행세금계산서를 공급자에게 교부하였거나 교부한 것으로 보는 경우 신청인은 법 제48조에 따른 예정신고, 법 제49조에 따른 확정신고 또는 국세기본법 제45조의2 제1항 에 따른 경정청구를 할 때 기획재정부령으로 정하는 매입자발행세금계산서합계표를 제출한 경우에는 매입자발행세금계산서에 기재된 매입세액을 법 제37조, 제38조 및 제63조 제3항에 따라 해당 재화 또는 용역의 공급시기에 해당하는 과세기간의 매출세액 또는 납부세액에서 매입세액으로 공제받을 수 있다. (3) 부가가치세법 기본통칙 4-0…1【손해배상금 등】① 각종 원인에 의하여 사업자가 받는 다음 각 호에 예시하는 손해배상금 등은 과세대상이 되지 아니한다.
1. 소유재화의 파손‧훼손‧도난 등으로 인하여 가해자로부터 받는 손해배상금
2. 도급공사 및 납품계약서상 그 기일의 지연으로 인하여 발주자가 받는 지체상금
3. 공급받을 자의 해약으로 인하여 공급할 자가 재화 또는 용역의 공급 없이 받는 위약금 또는 이와 유사한 손해배상금
4. 대여한 재화의 망실에 대하여 받는 변상금
5. 부동산을 타인이 적법한 권한 없이 처음부터 계약상 또는 법률상의 원인 없이 불법으로 점유하여 법원의 판결에 따라 지급받는 부당이득금 및 지연손해금은 용역의 공급에 해당하지 아니한다.
6. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관계없이 지급받는 손실보상금 및 이주보상비
(2) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 2023.8.24. 충청북도 청주시 상당구 OOO 소재 쟁점사업장에 대하여 아래 <표1>과 같이 사업자등록을 하였다. <표1> 쟁점사업장 사업자등록 내역 개업일 2023.11.1. 업종 숙박업(펜션), 소매업(편의점), 서비스업(축제기획), 제조업(조형물 제작 대표자 청구인 외 2명 (나) 청구인이 사업자등록 신청 시 첨부한 사업기획서(표지) 및 2025년 5월 사업장 현황은 다음과 같다.
○○○ (다) 쟁점사업장의 부가가치세 신고 내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 부가가치세 신고 내역
○○○ (라) 청구인은 2023.4.27. 쟁점거래처와 쟁점계약을 체결하고 쟁점 공사를 진행하다가 2023.8.17. 쟁점사업장 소재지에 단독주택 조성공사 계약을 추가로 체결하였는바, 청구인이 쟁점거래처와 작성한 공사계약서는 다음과 같다.
○○○ (마) 쟁점거래처와 쟁점하도급업체가 쟁점공사와 관련하여 수수한 (수정)세금계산서 내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 세금계산서 수수 내역
○○○ (바) 청구인이 쟁점공사와 관련하여 쟁점거래처에 지급한 공사대금 및 증빙자료 내역 아래 <표4>와 같다. <표4> 공사대금 지급 내역 등
○○○ (사) 쟁점거래처의 쟁점공사 시공 당시 공사현장 및 조형물을 촬영한 사진은 다음과 같다.
○○○ (아) 청구인은 쟁점거래처의 공사대금 미지급 및 부실시공을 사유로 2023.12.12. 다음과 같이 쟁점거래처에 쟁점계약 해제를 통지하는 내용증명 우편을 발송하였다.
○○○ (자) 이후, 청구인은 쟁점계약을 해제하고 2024.1.19. 쟁점거래처를 상대로 공사대금반환청구소송(쟁점소송)을 제기하였으며, 법원은 이에 대하여 2024.11.18. 다음과 같이 화해권고결정을 하였고, 청구인 및 쟁점거래처가 이의제기 신청을 아니함에 따라 동 소송은 2024.12.6. 확정되었다.
○○○ (차) 청구인은 2025.2.25. 쟁점소송을 근거로 처분청에 매입자발행세금계산서 발급을 위한 거래사실확인을 신청하였고, 처분청이 이에 대하여 영등포세무서에 거래사실 확인을 요청함에 따라 영등포세무서장은 쟁점거래처가 2025.3.5. 제출한 다음과 같은 의견서를 근거로 처분청에 ‘거래사실 확인불가’로 회신하였으며, 처분청은 이에 따라 2025.3.14. 청구인에게 같은 내용을 통지하였다.
○○○
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청 은 청구인이 제출한 증빙자료만으로는 쟁점거래처와의 거래사실을 확인하기 어렵다는 의견이나, 부가가치세법 시행령 제71조의2 의 매입자발행세금계산서 특례 규정은 재화 또는 용역의 공급자가 세금계산서를 그 공급을 받는 자에게 교부하지 않는 경우 그 공급받는 자가 관할세무서로부터 거래사실 확인을 받아 세금계산서를 직접 발행할 수 있도록 한 것으로서, 이는 특히 경제적으로 우월한 지위에 있는 공급자가 과세표준이 노출되는 것을 피하기 위하여 세금계산서를 발 급하지 않는 등의 경우에 공급받는 자(매입자)가 공급자(매출자)의 조력 없이도 매입세액 공제를 받을 수 있는 특례를 규정한 것인바(대법원 2017.12.28. 선고 2017다265266 판결, 참조), 이 건의 경우 금융증빙 등에 의하여 청구인이 2023.5.1.〜2023.11.17. 기간 동안 쟁점공사와 관련하여 쟁점거래처에 OOO원(세금계산서 발행분 제외)을 지급한 사실이 확인되는 반면, 이후 쟁점계약 해제를 사유로 동 금액 전체 또는 일부를 반환받은 사실은 확인되지 아니하는 점, 청구인은 쟁점거래처를 상대로 쟁점소송을 제기하면서 쟁점공사의 기성금 추정액을 OOO원으로 주장한 반면, 쟁점거래처는 OOO원으로 다투고 있었으나, 법원이 양측 주장을 배척하면서 쟁점공사 등에 따른 각자의 손실은 각자의 부담으로 하고 상대방에 대하여 어떠한 채권·채무도 존재하지 아니함을 확인한다고 결정하였는바, 금융증빙에 의하여 확인되는 OOO원이 기성금으로 확정된 것으로 볼 수 있고, 동 금액에 공사대금 외에 지체상금, 손해배상금 등이 포함되어 있다고 보기는 어려운 점, 청구인이 제시한 쟁점계약 관련 공사계약서 및 공사현장 사진 등에 의하면 건물 및 조형물의 공사가 상당부분 진행된 것으로 보여 이미 진행된 공사부분에 대해서는 과세대상 용역의 공급이 있었던 것으로 보이는 점, 청구인이 매입자발행세금계산서 발급으로 관련 매입세액을 공제받더라도 쟁점거래처는 이를 매출세액으로 납부하여야 하므로 국고 일실이 발생하지 아니하는 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점거래처에 공사대금을 지급하고 건설용역을 공급받은 것으로 봄이 타당하다 할 것이므로, 처분청이 청구인의 매입자발행세금계산서 발급을 위한 거래사실 확인 신청을 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
붙임과 같음