청구법인이 거래 구조를 변경한 이후 청구법인의 총 공급가액 중 면세사업등의 비율이 증가하였고, 거래구조의 변경에 따라 필리핀 자회사의 매출대금의 국내수령 및 계산서 발행, 비과세사업 관련 원자재의 국내구매 등이 발생하여 공통지원조직에서 발생한 비용이 과세사업에만 사용된다고 보기 어려우며, 그 중 일부는 필리핀 자회사와 관련한 매출에도 귀속되는 것으로 보 이므로 쟁점매입세액을 공통매입세액으로 보아 안분함이 타당
청구법인이 거래 구조를 변경한 이후 청구법인의 총 공급가액 중 면세사업등의 비율이 증가하였고, 거래구조의 변경에 따라 필리핀 자회사의 매출대금의 국내수령 및 계산서 발행, 비과세사업 관련 원자재의 국내구매 등이 발생하여 공통지원조직에서 발생한 비용이 과세사업에만 사용된다고 보기 어려우며, 그 중 일부는 필리핀 자회사와 관련한 매출에도 귀속되는 것으로 보 이므로 쟁점매입세액을 공통매입세액으로 보아 안분함이 타당
[이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 전단계세액공제를 채택하고 있는 부가가치세법상 쟁점매입세액은 전부 과세사업에 실지귀속되는 매입세액이므로 전액 매입세액공제 되어야 한다. (가) 부가가치세법 제31조 및 제37조에서는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 그 공급가액에 관한 부가가치세를 그 공급받는 자로부터 징수하여야 한다고 규정하고, 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하고 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받은 세액으로 한다고 규정함으로써 이른바 전단계(前段階)세액공제제도를 채택하고 있다. 이는 최종소비자에 이르기까지의 각 거래단계에서 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 공급을 받는 사업자로부터 매출세액을 징수하여 국가에 납부하고, 그 세액을 징수당한 사업자는 이를 국가로부터 매입세액으로 공제·환급받는 과정을 통하여 그 세액의 부담을 다음 단계의 사업자에게 차례로 전가하여 궁극적으로 최종소비자에게 이를 부담시키는 것을 근간으로 하고 있다(OOO). (나) 부가가치세법에서는 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화에 대한 부가가치세액을 매출세액에서 공제하는 매입세액으로 정하면서 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화를 공급하는 사업(이하 “면세사업 등”)과 관련된 매입세액은 공제하지 아니하는 매입세액으로 열거하고 있고(제38조 제1항 제1호 및 제39조 제1항 제7호), 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 면세공급가액의 비율 등 공통매입세액 안분기준을 적용하여 안분계산하도록 하고 있으며(제40조), 이는 전단계세액공제제도 구조상 사업자가 각 거래단계에 창출한 부가가치에 합리적으로 과세되도록 하기 위한 것이다. (다) 부가가치세법상 면세제도는 면세사업자가 공급하는 재화ㆍ용역 중에서 동 면세사업자가 창출한 부가가치에 대해서만 부가가치세를 면제하는 부분면세제도인 것에 비하여 영세율제도는 일정한 과세거래에 대하여 0%의 세율을 적용하는 것으로서 영세율이 적용되는 재화 및 용역의 부가가치총액에 대해서는 부가가치세의 부담을 전혀 지지 않게 하는 완전면세제도인 점을 고려할 때, 영세율이 적용되는 거래의 전단계에서 발생한 매입세액은 전액 공제받을 매입세액으로 보는 것이 영세율 취지에 부합한다. (라) 쟁점수출거래 및 쟁점국외거래와 관련하여 청구법인은 (i) 원부자재를 국내에서 조달한 후 그대로 A에게 유상으로 수출하는 거래와 함께 (ii) A가 위 원부자재와 A 자체적으로 해외에서 조달하는 원부자재를 통해 제조한 반도체 패키지 완성품을 청구법인이 매입한 후 국내 고객사에게 A가 외국에서 직접 인도하도록 하는 거래를 하고 있는바, 쟁점매입세액이 부가가치세법상 공제대상 매입세액인지 여부를 판단하기 위해서는 쟁점매입세액이 어떠한 거래에 귀속되는지에 대하여 검토하여야 한다.
1. 청구법인의 반도체 패키지 거래구조를 보면, (i) 원부자재를 국내 거래처로부터 공급받으면서 매출세액을 징수당한 후 해당 원부자재를 그대로 A에게 유상으로 수출하면서 그 공급에 대하여 영세율을 적용하고, (ii) A로부터 이 건 반도체 패키지를 구입하면서 국내로 수입하지 아니하고 A가 외국에서 직접 국내 고객사의 외국거래처에게 인도하게 함으로써 반도체 패키지 구입에 대한 매입세액을 부담하지 아니하고, 국내 고객사에 대한 공급에 대해서도 매출세액 징수 없이 계산서를 발급하고 있다. 즉, 위와 같은 거래구조를 각 거래 단계별로 구분하여 보면, ①국내 과세사업자로부터 재화를 공급받는 거래에 이어 ② 해당 재화를 외국으로 유상 반출하는 수출 거래로 이어지는 단계를 거치며, ③A에서 자원을 투입하여 완제품을 생산하게 되면 ④ A가 완성한 반도체 패키지를 청구법인이 구입하는 거래 후, ⑤ 국내 과세사업자인 국내 고객사의 외국창고에 반도체 패키지를 인도하는 국외 거래 단계로 이루어진다.
2. 거래구조 변경 전 청구법인은 위 거래 단계 중 ①〜②단계 거래만 발생하였다가, 거래구조 변경 후 ④〜⑤단계 거래가 추가 발생하게 되었는데, 쟁점매입세액은 청구법인의 공장관리비, 출퇴근버스 운영비, 전산유지관리비, 직원식대, 경비용역, 회계·법률 자문수수료, 기숙사관리비 등으로서 거래구조 변경전 ①〜②단계 거래만 발생할 때부터, 즉 과세사업만 운영할 때부터 필수적으로 수반되는 비용이다.
3. 거래구조 변경에 따른 청구법인 업무의 변경 내용을 보면, ④〜⑤단계에서는 OOO에서 검수 완료한 완제품을 A가 OOO 보세창고에 입고하면 매입과 매출을 동시에 인식하므로 청구법인이 ④〜⑤단계 거래를 위해 추가 자원이나 시간을 투입할 필요가 없고, 다만, 거래 관련 전표입력ㆍ대금수수ㆍ계산서발급 업무만 추가되었으며 해당 업무는 아무런 추가 매입세액을 발생시키지 않는다. 이러한 사실은 거래구조 변경 전후로 청구법인의 공통부서 근무 인원의 변화가 없다는 점과 청구법인이 ④〜⑤단계 거래를 위한 직접매입세액이 없다는 점으로도 알 수 있다. 또한, 청구법인이 ①단계에서 매입한 원재료를 ②단계에서 적절한 마진을 가산하여 A에게 판매하고 있는 반면, ④단계에서 매입한 완성품을 ⑤단계에서 매입금액과 동일한 가액으로 판매함으로써 아무런 마진을 남기지 않는다는 점은 청구법인이 ①〜②단계 거래에 부가가치창출 요소를 투입하는 반면, ④〜⑤단계에 투입하는 부가가치창출 요소가 없다는 사실, 즉 매입세액을 발생시키지 않는다는 사실을 방증한다.
4. 법원은 과세사업인 호텔과 면세사업 등에 해당하는 카지노를 운영하는 법인의 청소용역비, 시설관리비 등 유지비용, 소모품비 등과 관련된 매입세액이 공통매입세액에 해당하는지를 판단한 사건에서 “호텔과 카지노사업장 사이에 상당한 영업상 관련성이 있는 점을 감안하더라도 쟁점매입세액은 호텔이 공급하는 재화 또는 용역의 수준을 유지 내지 향상하기 위하여 지출된 것이며 카지노사업장을 운영함에 있어 반드시 소요되는 비용이라 보기 어렵고 카지노 사업장이 운영됨이 없이 호텔만을 운영할 경우에도 지출되었을 비용에 해당하므로 호텔에만 대응하여 그 실지귀속을 구분할 수 있으므로 매출세액에서 공제되어야 할 것으로 보인다”라고 판시하였다(OOO). 이를 종합하면 쟁점매입세액은 거래구조 변경과 관련 없이 발생하는 매입세액으로 일반과세거래와 ①〜②단계 거래에 실지귀속되는 매입세액이고, 일반과세거래와 ①〜②단계 거래는 과세사업에 해당하므로 쟁점매입세액은 매출세액에서 전액 공제되어야 한다.
(2) 쟁점매입세액을 공통매입세액으로 보아 2단계(또는 1단계)에 걸쳐 불공제매입세액을 계산하여 적용한 결과, 쟁점국외거래에 실제 투입한 부가가치창출 요소가 없음에도 과도한 불공제매입세액이 발생하게 되어 공통매입세액 안분 취지에 반하게 되고, 수출하는 재화에 완전면세를 적용하여 수출경쟁력을 제고한다는 영세율 적용 취지에도 어긋나는 결과를 가져온다. (가) 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 면세공급가액의 비율 등 공통매입세액 안분기준을 적용하여 안분계산하여야 하고(부가가치세법 제40조), 공통매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 총공급가액에 과세사업 또는 면세사업등의 공급가액이 차지하는 비율에 따라 안분하도록 되어있으며, 다만, 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에는 총매입가액비율, 예정공급가액비율, 예정사용면적비율을 순차적으로 적용하도록 되어있다(부가가치세법 시행령 제81조). 이러한 공통매입세액의 안분계산 취지는 사업자가 공급받은 재화 또는 용역이 과세사업과 면세사업 등에 공통으로 사용되는 경우와 같이 그 실지귀속을 구분할 수 없는 경우 부득이 부가가치세법에서 정한 방법에 따라 그 매입세액 중 과세사업에 관련된 매입세액으로서 공제되는 매입세액과 면세사업 등에 관련된 매입세액으로서 공제되지 아니하는 매입세액을 합리적으로 배분하기 위한 것이다. (나) 이 건 반도체 패키지 거래구조 변경 후 청구법인이 쟁점국외거래를 위해 투입한 부가가치창출 요소는 없는 반면, 쟁점국외거래 공급가액에는 청구법인이 영세율로 완전면세 받은 원재료가액과 A가 추가 투입한 자원의 가액 및 A가 창출한 부가가치가액이 모두 포함되어 있어 청구법인이 쟁점국외거래를 위해 투입한 부가가치창출 요소가 없음에도 쟁점국외거래의 공급가액(즉, 면세사업 등 공급가액)이 청구법인의 부가가치창출 활동과 대비하여 과다하게 된다. 그 결과 청구법인 주장과 달리 어떠한 공통매입세액이 존재한다 하더라도 해당 공통매입세액을 청구법인의 과세사업 공급가액과 쟁점국외거래의 공급가액을 기준으로 안분하면 공통매입세액을 합리적으로 배분하기 위한 공통매입세액 안분 취지에 현저히 반하게 된다. 또한 A가 생산한 반도체 패키지 완성품은 OOO를 통해 전세계로 수출되는 재화인데, 거래구조 변경 전 전액 공제되던 매입세액이 형식상 거래구조가 변경되었다는 이유만으로 불공제되는 매입세액으로 전환되면 불공제 매입세액은 이 건 반도체 패키지 완성품의 원가에 반영됨으로써 완성품 판매가액의 상승을 유발하게 되어 수출경쟁력을 저하시킬 수 있다. 따라서 쟁점매입세액은 이 건 반도체 패키지 거래구조 변경 전에도 청구법인의 과세사업을 위해 필수적으로 수반되었던 매입세액이라는 점, 거래구조 변경 후 쟁점국외거래를 위한 추가 매입세액이 발생하였다거나 매입세액이 증가한 사실이 없다는 점, 쟁점국외거래에서는 어떠한 마진도 남기지 않는다는 점 등을 고려하면, 쟁점매입세액은 전부 청구법인의 과세사업에 실지귀속되는 매입세액에 해당한다.
(3) 처분청의 답변에 대한 청구법인의 항변은 아래와 같다. (가) 쟁점거래(필리핀 현지에서 A로부터 인도받은 재화를 OOO에게 재판매하는 거래)는 형식상의 거래에 불과하다. 쟁점거래는 형식상의 거래에 불과하여 해당 거래로 인해 발생하는 부가가치는 전무한데, 청구법인은 OOO로부터 지급받은 반도체 패키지 최종판매대금을 A에 그대로 지급할 뿐, 제조사인 A와 최종수요자인 OOO 사이에서 어떠한 중개수수료(Mark-up)도 수취하지 아니하며 소위 도관역할만을 수행한다. 따라서, 쟁점거래단계로부터 창출된 부가가치가 전무함에도, 이에 대한 매입세액을 불공제함으로써 청구법인으로 하여금 추가적인 세 부담을 지게 하는 것은 전단계세액공제 제도의 취지에 어긋난다. (나) 계약변경(2019년 7월, A 대신 청구법인을 1차 공급업체로 변경하는 계약) 전후로 청구법인이 수행하는 기능에는 차이가 없으므로 청구법인의 세부담 또한 종전과 동일해야 한다. 쟁점국외거래에서 청구법인의 역할은 1) OOO로부터 전달받은 대금을 A에 그대로 전달하고, 2) OOO에 대해 계산서를 발행(부가가치세법 집행기준 21-31-1에 근거함)하는 것 외에는 없다. 쟁점국외거래에서 그 외의 모든 기능들, 예컨대 반도체 패키지의 출고 및 OOO 현지 창고로의 운반 등은 종전과 다름없이 A가 직접 수행하고 있는바, 국세기본법 제14조 각항의 실질과세원칙은 과세관청뿐 아니라 납세의무자도 주장할 수 있는 것으로(OOO), 거래의 실질이 완전히 동일한 이상 계약의 형식에 변화가 있다 하여 청구법인의 조세부담이 달라져서는 안된다. (다) 처분청은 쟁점국외거래에 기여하는 매입세액의 존재를 전제로 하고 있으나, 아래와 같은 사유로 처분청 의견은 부당하다. 부가가치세법 제40조 에 따르면 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액에 한해서 면세공급가액의 비율 등 공통매입세액 안분기준을 적용하여 안분계산하여야 한다. 즉, 과세사업과 면세사업에 동시에 쓰이는 등 실지귀속이 불분명한 매입세액이 존재하는 경우에만 안분계산이 적용되는 것이고, 그 외의 모든 경우에는 실지귀속에 따른 공제여부의 판단이 우선되는 것이다. 그런데, 처분청이 공통매입세액이라고 본 쟁점매입세액은 청구법인의 공장관리비, 출퇴근버스 운영비, 전산유지관리비, 직원식대, 경비용역, 회계ㆍ법률 자문수수료, 기숙사관리비 등으로, 이 건 계약변경 전에도 계속 발생하던 비용들이고, 이 건 계약변경 전후로 청구법인이 수행하는 기능의 변화는 거래 관련 전표입력ㆍ대금수수ㆍ계산서발급 등 별도의 물적 설비를 요하지 아니하는 극히 단순한 업무의 추가에 그치며, 이와 같은 사실은 위 계약변경 전후로 청구법인의 지원부서 근무 인원의 변화가 없다는 점으로도 알 수 있으며, 이러한 단순업무에 수반되는 유의미한 매입세액이 존재한다고 보기는 어렵다. 따라서 쟁점매입세액은 쟁점거래와 무관하게 청구법인이 기존 과세사업을 영위하는 과정에서 필연적으로 수반되었던 매입세액이라는 점, 쟁점거래에서 청구법인이 수행하는 역할은 단순 도관역할에 그치는 바 그 과정에서 추가적으로 유의미한 매입세액이 발생하였으리라 보기는 어려운 점 등에 비추어 보면, 쟁점매입세액은 전부 청구법인의 기존 과세사업에 실지귀속되는 매입세액으로 보아야 하고, 이 건 계약변경 전후로 청구법인이 수행하고 있는 사업의 실질에는 변화가 없는 상황에서 단순히 계약형식의 변경만을 근거로 하여 추가적인 세부담을 요구하는 것은 부가가치세법상 전단계공제제도의 취지와 국세기본법에서 정하고 있는 실질과세원칙, 나아가 헌법상 조세평등주의 원칙에 비추어 지나치게 국고주의적인 세법해석이라고 하겠다. (라) 쟁청구법인이 당초 부가가치세 신고 시 공장관리비, 출퇴근버스 운영비, 공장경비용역비 등 쟁점거래 구조 변경에 따른 추가 업무와 무관한 매입세액을 공통매입세액으로 하여 불공제매입세액이 과다하게 계산되었으므로 거래 구조 변경에 따라 추가된 업무인 전표입력, 계산서 발행, 대금 송금 업무를 수행하는 자(PCS팀 AㆍB, 재무팀 C)와 관련된 매입세액(아래 <표1>)만을 공통매입세액으로 보아야 한다. <표1> 추가업무수행 관련 매입세액 ㅇㅇㅇ (마) 공통매입세액 불공제 안분 계산 시, 면세 공급가액은 면세사업등에 대한 수입금액을 의미하는 것이므로(부가가치세법 시행령 제81조 및 같은 법 시행규칙 제55조 1항), 청구법인의 공통매입세액 불공제금액 계산을 위한 면세공급가액은 계산서 발급금액에서 A에 수출한 원자재 매출가격을 차감한 금액이 되어야 한다. (바) 처분청은 쟁점매입세액을 안분계산에서 제외하는 것은 계약의 연속성과 일체성을 간과하는 결과를 초래할 수 있다는 의견이나, 이는 청구법인의 쟁점국외거래 전단계인 수출거래를 위한 원재료 등 직접 매입세액 또한 공통매입세액으로 보아야 한다는 논리로 귀결되고, 이는 전단계 매입세액공제 제도를 채택하고 있는 부가가치세법의 기본 원리에 정면으로 배치되는 것이다. 또한 거래구조 변경 전 청구법인이 비과세사업부문 없이 과세사업부문만을 영위할 때에도 쟁점매입세액은 계속 발생하였던 반면, 청구법인이 비과세사업부문만을 영위한다면, 국내 제조를 위한 직접적인 인적ㆍ물적 시설뿐만 아니라 이를 지원하는 시설도 존재할 필요가 없을 것이며, 공장관리비, 출퇴근버스 운영비, 공장경비용역비 등과 같은 쟁점매입세액이 발생하는 일도 없었을 것이다.
(1) 이 건 계약변경을 통해 OOO와 직접 계약을 하고 대금을 수취하는 등 면세매출과 관련한 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액이 존재한다. 부가가치세법은 부가가치 창출을 위한 ‘재화 또는 용역의 공급’이라는 거래 그 자체를 과세대상으로 하고 있을 뿐 그 거래에서 얻은 소득을 직접적인 과세대상으로 삼고 있지 아니하므로 쟁점국외거래에 대해서도 재화 또는 용역의 공급이라는 행위를 기준으로 거래의 실질을 판단하여야 한다. 이 건의 경우 계약변경 전 위탁거래에서 4자간 무역거래로 거래구조가 변경된 점, 청구법인이 명의만 존재하는 사업장이 아니라 OOO와 거래기본계약서를 직접 체결한 실체가 존재하는 사업장으로서 A가 수취하던 거래대금을 청구법인이 직접 수취하게 된 점, 쟁점국외거래를 청구법인이 실질적으로 관리한 점 등을 고려하면 이는 부가가치세법상 실질적 거래구조 변경에 해당한다. 또한, 청구법인의 회계감사 시 과세매출과 면세매출을 모두 검토하고, ERP 프로그램에 과세매출과 면세매출을 모두 기입하였으며, 면세 매출처인 OOO에 대한 영업 내용 등이 전표로 확인되는 등 면세매출과 관련한 공통매입세액이 명백하게 확인되므로, 청구법인이 거래의 실질을 언급하면서 과세거래 매입세액만 존재한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.
(2) 청구법인은 쟁점국외거래와 관련된 매입세액이 존재한다 하더라도 공급가액 등을 기준으로 안분할 수 없다고 주장하나, 부가가치세법 시행령 제81조 에 의하여 면세사업 등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고는 안분하여 계산하므로, 청구법인이 계상한 면세공급가액 비율로 안분하여 계산한 것은 정당하다. 청구법인은 쟁점국외거래의 실질은 별도의 중개수수료 없이 A 및 OOO에 대금의 정산·송금·청구 업무를 대행한 것으로서 사무대행 또는 알선용역을 무상 공급한 것이라고 주장하나, 아래 거래기본계약서(2019년 7월)와 같이 쟁점국외거래는 청구법인과 OOO 간 계약서상 목적물의 납품이 명시되어 있는 재화의 공급에 해당한다. 제23조 (납품)
① “협력회사”는 목적물을 “협력회사”의 책임과 부담으로 개별계약 등에서 정한 내용에 따라 납품장소에 납품한다. “삼성”은 “협력회사”가 목적물을 납품한 때에는 목적물에 대한 검사 전이라도 즉시(제58조에 따라 내국신용장을 개설한 경우에는 검사 완료 즉시) 수령증명서를 “협력회사”에게 교부한다.
② “협력회사”는 “삼성”이 요구할 경우 목적물을 납품하면서 “삼성”이 제공한 도면·사양서·취급설명서·예비품 등을 반환한다. 만약 쟁점국외거래를 무상용역 공급이라고 가정한다면, 청구법인은 쟁점국외거래 전체를 매출에서 제외했어야 하는데, 재무제표상 OOO에 대한 면세매출에서 A에 대한 영세율 매출을 차감한 금액을 매출로 계상하면서도 쟁점매입세액과 관련해서는 면세매출에 대응되는 것이 아니라는 모순된 주장을 하고 있다. 또한 쟁점국외거래와 관련된 회계처리가 분식회계가 아닌 이상 동 금액은 회계상 매출 및 수입금액이고 이는 공통매입세액 안분계산 대상에 해당한다.
(3) 청구법인은 2023년 11월경 대전지방국세청장이 실시한 세무조사 결과를 인정하여 세무조사 결과와 동일하게 2022〜2024년 과세기간의 공통매입불공제세액을 계산하여 신고하고도 이 건 경정청구를 통해 청구법인이 인정한 세무조사결과와 다른 주장을 하고 있다. 따라서 청구법인의 쟁점국외거래는 국내사업자 간 공급계약에 따라 해외 임가공업체를 통해 제품을 국외에서 인도하면서 임가공 부분에 대해 계산서를 발급한 것으로, 이는 공통매입세액 안분계산 대상인 ‘면세사업 등’에 해당하고, 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 사업자로서 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되고 실지귀속이 불분명한 공통매입세액은 안분계산 대상으로 보아야 하며, 또한 영세율 매출에 직접 대응되는 제조파트, 구매팀, 연구소 등의 매입세액은 매입세액공제를 적용하되, 실지귀속이 불분명한 지원조직(인사팀, 재무팀, 정보시스템팀, 영업팀) 등의 공통매입세액을 과면세 매출액 비율로 안분하여 불공제매입세액을 산정한 것은 정당하다.
(4) 청구법인의 항변에 대해 처분청은 아래와 같이 답변하였다. (가) 부가가치세법상 공통매입세액은 과세사업과 면세사업 등에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액을 의미하는바, 계약이 변경되어 새로운 업무가 추가되었더라도, 변경된 계약 전체를 수행하는 데 사용된 매입세액 중 과세사업과 면세사업에 모두 관련되면서 개별적인 귀속을 명확히 구분할 수 없는 부분이 있다면, 그 전체가 공통매입세액에 해당한다. 이 건 거래구조 변경에 따라 추가된 업무 수행자와 관련된 매입세액만을 공통매입세액으로 보아야 한다는 청구주장은, 추가 면세업무와 기존 과세업무 관련 매입세액을 실질적으로 구분할 수 있다는 사실을 전제로 하나, 청구법인의 사업구조 변경으로 추가된 업무와 기존 업무 모두 변경된 거래 전체를 이행하는 데 필요한 것이고, 이와 관련된 공통 지원관리 성격의 매입세액은 본질적으로 사업장 전체의 유지 및 운영이라는 포괄적인 기능에 귀속되는 비용이다. 법원은 공통매입세액이 하나의 과세사업 또는 면세사업 중 일부분에 관련되는 경우 그 부분이 사업장소와 운영실태 등에 비추어 나머지 부분과 구분되는 별개의 독립된 사업으로 볼 수 없다면 해당 사업 전체의 공급가액을 기준으로 면세 관련 매입세액을 계산하여야 한다고 판시하였다(OOO). (나) 공통매입세액의 귀속 여부는 추가 인력의 공통업무 수행 여부에 따라 결정되는 것이 아니라, 해당 재화나 용역이 대내적으로 어떤 사업 부문에 사용되어 실질적으로 효용을 미쳤는지에 따라 결정되는바(OOO), 면세사업 업무 수행자 2명이 수행하는 업무는 공장 시설의 관리, 보안, 출퇴근 교통 등 공통 관리 시스템의 지원을 받아야만 영위될 수 있으므로 이는 변경된 사업구조 아래에서 면세사업을 간접적으로 지원하는 필수적인 공통비용에 해당하고, 추가된 면세사업 업무수행 인력 2명이 사용하는 시공간 인프라가 공통관리 체계에서 완전히 분리되어 지원을 전혀 받지 않았다는 사실을 객관적으로 입증하지 않는 한 위 공통관리 시스템 비용이 오직 기존의 과세사업에만 귀속된다는 청구주장은 근거가 없다. (다) 부가가치세법 시행령 제81조 에 따르면, 공통매입세액 안분계산 시 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 사용하도록 명시하고 있고, 여기서 공급가액은 재화나 용역을 공급하고 받는 대가로서, 같은 법 제29조에 따라 법적으로 열거된 항목(환입, 에누리, 할인액)을 제외하고는 순액이 아닌 총액을 기준으로 하는 것이므로, 매출원가 등의 비용을 차감한 순액을 기준으로 안분계산해야 한다는 청구주장은 부가가치세법 기본 원칙에 어긋나는 것으로서 부당하다.
(1) 처분청과 청구법인이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인과 OOO 간 2019년 7월 임가공계약 변경 전후 거래구조는 아래 <표2>와 같고, 이에 따른 청구법인의 공급가액 신고내역은 아래 <표3>과 같다. <표2> 거래구조 요약 ㅇㅇㅇ <표3> 청구법인 공급가액 신고 내역 ㅇㅇㅇ * 계산서 항목에 쟁점국외거래분이 포함되어 면세등의 비율이 44%〜51%로 증가 (나) 처분청은 조사청의 청구법인에 대한 2019〜2021사업연도 세무조사 결과에 따라 청구법인의 지원조직(인사팀, 정보시스템팀, 재무팀 등)에서 발생한 쟁점매입세액을 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당하는 것으로 보아 공급가액을 기준으로 안분하여 매입세액 일부를 불공제하여 관련 부가가치세를 부과하였고, 이후 청구법인은 지원조직에서 발생한 매입세액 일부를 공통매입세액으로 보아 공급가액 비율로 안분계산한 매입세액을 불공제하여 아래 <표4>와 같이 2022년 제1기부터 2024년 제1기까지 부가가치세를 신고하였다. <표4> 청구법인의 2022년 제1기〜2024년 제1기 부가가치세 신고(수정신고) 내역 ㅇㅇㅇ (다) 청구법인은 제조와 직접 관련되지 않은 지원부서에서 전표를 입력한 쟁점매입세액의 실지귀속은 과세사업에 해당하는 것으로 보아 2024.11.30. 처분청에 2022년 제1기부터 2024년 제1기까지 부가가치세 과세기간에 대한 쟁점매입세액(아래 <표5>) 전부를 공제하여 환급하여 달라는 취지의 경정청구 제기하였고, 이와 관련한 구체적인 불공제매입세액 산정 내역은 아래 <표6>과 같다. <표5> 청구법인의 쟁점매입세액 산정 내역 ㅇㅇㅇ <표6> 청구법인의 불공제매입세액 산정 내용 구분 비용항목 인원수 및 공급가액 비율로 안분
① 공장관리비, 출퇴근버스 운용, 전산장비 및 소프트웨어, 기타 소모품, 기숙사 관리, 채용·인사 관련 자문수수료에서 발생한 매입세액을 2단계에 거쳐 불공제매입세액 금액 산출 1단계: 매입세액 중 청구법인 근무 총인원수에서 공통부서근무 인원수가 차지하는 비율을 곱하여 공통매입세액 산출(매입세액×공통부서인원수/총인원수) 2단계: 공통매입세액에 총공급가액에서 면세 등 공급가액이 차지하는 비율을 곱하여 불공제매입세액 산출(공통매입세액×면세등공급가액/총공급가액)
② 1공장 구내식당 식대, 1공장 경비용역, 1공장 관리비, 1공장 전산장비 등 소모품에서 발생한 매입세액을 2단계에 거쳐 불공제매입세액 금액 산출 1단계: 매입세액 중 1공장근무 총 인원수에서 1공장 공통부서 근무인원수가 차지하는 비율을 곱하여 공통매입세액 산출(매입세액×1공장 공통부서인원수/1공장근무총인원수) 2단계: 공통매입세액에 총공급가액에서 면세 등 공급가액이 차지하는 비율을 곱하여 불공제매입세액 산출(공통매입세액×면세등공급가액/총공급가액)
③ 회계·법률 등 자문 수수료, 전산관리비, 회의비, 소모품비 구입에서 발생한 매입세액에 총공급가액에서 면세 등 공급가액이 차지하는 비율을 곱하여 불공제매입세액 산출(공통매입세액×면세등공급가액/총공급가액)
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 는 면세사업에 관련된 매입세액 등을 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고, 같은 법 시행령 제81조 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따르되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율만큼 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하도록 규정하고 있다. 이러한 규정 문언과 입법취지를 종합하여 보면, 사업자가 여러 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지 귀속을 구분하여 계산하여야 하고, 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 안분 계산할 때에는 여러 사업 중 공통매입세액에 관련되는 과세사업과 면세사업을 가려내어 그 부분만의 해당 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하여야 한다(OOO). 한편 공통매입세액이 하나의 과세사업 또는 면세사업 중 일부분에 관련되는 경우에, 그 부분이 사업장소와 운영실태 등에 비추어 나머지 부분과 구분되는 별개의 독립된 사업 부분이라고 볼 수 없다면 해당 사업 전체의 공급가액을 기준으로 하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 한다(OOO). 이 건의 경우 청구법인이 A로부터 제품의 소유권을 이전받아 OOO에게 재판매하는 형식으로 거래구조를 변경한 이후 청구법인의 총 공급가액 중 면세사업 등의 비율이 변경 전 0%에서 변경 후 44% 내지 51%로 증가한 점, 이 같은 거래구조 변경에 따라 필리핀 자회사 매출대금의 국내수령 및 계산서 발행, 비과세사업 관련 원자재(일부)의 국내구매 등이 발생하여 청구법인의 공통지원조직에서 발생한 쟁점매입세액이 과세사업에만 사용된다고 보기 어렵고, 그 중 일부는 과세사업이 아닌 필리핀 자회사와 관련한 매출에도 귀속된다고 보이는 점 등에 비추어 거래구조 변경 전후에 실질적인 변경내역이 없어 불공제로 신고하였던 매입세액 전부를 공제하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵고, 따라서 처분청이 청구법인의 지원조직에서 발생한 쟁점매입세액을 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당하는 것으로 보아 공급가액을 기준으로 안분하여 매입세액 일부를 불공제한 것은 잘못이 없는 것으로 보인다. 다만, 청구법인이 제시한 쟁점국외거래의 절차 및 변경 경위 등에 비추어 거래구조의 변경에 따라 필리핀 자회사의 매출사실을 주고받고 이와 관련한 단순한 서류작업을 하였기에 청구법인의 지원조직 중 PCS팀 AㆍB, 재무팀 C이 이를 전담하였고, 실제적인 업무강도도 높지 않다는 소명에 신빙성이 있어 보이는바, 과세사업인 제조부문을 제외한 공통지원 부서에서 입력한 매입세액 항목(<표5>) 중 공장관리비, 출퇴근버스운영비, 기숙사관리비, 자문수수료, 1공장식대, 1공장경비, 1공장관리비는 쟁점거래 구조 변경에 따른 추가 업무와 무관하거나 그 관련성이 안분계산을 하여야 할 정도로 상당해 보이지 아니하므로, 이들 매입세액 항목을 제외한 나머지 전산관리비, 소모품비, 회의비만을 실지귀속이 불분명한 공통매입세액으로 보아 공급가액을 기준으로 관련 매입세액을 안분계산하여 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등
(1) 부가가치세법 제21조【재화의 수출】① 재화의 공급이 수출에 해당하면 그 재화의 공급에 대하여는 제30조에도 불구하고 영(零) 퍼센트의 세율(이하 "영세율"이라 한다)을 적용한다.
② 제1항에 따른 수출은 다음 각 호의 것으로 한다.
2. 중계무역 방식의 거래 등 대통령령으로 정하는 것으로서 국내 사업장에서 계약과 대가 수령 등 거래가 이루어지는 것 제29조【과세표준】⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 "면세사업 등"이라 한다)에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. 제31조【거래징수】사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제29조 제1항에 따른 공급가액에 제30조에 따른 세율을 적용하여 계산한 부가가치세를 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 징수하여야 한다. 제37조【납부세액 등의 계산】① 매출세액은 제29조에 따른 과세표준에 제30조의 세율을 적용하여 계산한 금액으로 한다.
② 납부세액은 제1항에 따른 매출세액(제45조 제1항에 따른 대손세액을 뺀 금액으로 한다)에서 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따라 공제되는 매입세액을 뺀 금액으로 한다. 이 경우 매출세액을 초과하는 부분의 매입세액은 환급세액으로 한다.
③ 제2항에 따른 납부세액을 기준으로 사업자가 최종 납부하거나 환급받을 세액은 다음 계산식에 따라 계산한다. 제38조【공제하는 매입세액】① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액
② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.
③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
3. 삭제 <2014.1.1>
4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액
5. 개별소비세법 제1조 제2항 제3호 에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액
6. 기업업무추진비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액
8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(제5조제1항에 따른 과세기간의 기산일을 말한다)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.
② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제40조【공통매입세액의 안분】사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. (2) 부가가치세법 시행령 제31조【수출의 범위】① 법 제21조 제2항 제2호에서 "중계무역 방식의 거래 등 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 것을 말한다.
2. 위탁가공무역 방식의 수출[가공임(加工賃)을 지급하는 조건으로 외국에서 가공(제조, 조립, 재성, 개조를 포함한다. 이하 같다)할 원료의 전부 또는 일부를 거래 상대방에게 수출하거나 외국에서 조달하여 가공한 후 가공물품 등을 외국으로 인도하는 방식의 수출을 말한다] 제81조【공통매입세액 안분 계산】① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.
1. 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만인 경우의 공통매입세액. 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다.
2. 해당 과세기간 중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액
3. 제63조 제3항 제3호가 적용되는 재화에 대한 매입세액
④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율
⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 공통매입세액의 안분 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. (3) 대외무역법 시행령 제2조【정의】이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
3. "수출"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
(4) 대외무역관리규정(산업통상자원부 고시 제2024-43호, 2024.3.8.) 제2조【정의】이 규정에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
6. ‘위탁가공무역’이란 가공임을 지급하는 조건으로 외국에서 가공(제조, 조립, 재생, 개조를 포함한다. 이하 같다)할 원료의 전부 또는 일부를 거래 상대방에게 수출하거나 외국에서 조달하여 이를 가공한 후 가공물품을 수입하거나 외국으로 인도하는 수출입을 말한다. 재화의 공급이 수출에 해당하면 그 재화의 공급에 대하여는 30조에도 불구하고 영(零) 퍼센트의 세율(이하 "영세율"이라 한다)을 적용한다. (5) 부가가치세법 기본통칙 3-0-3【국외거래에 대한 납세의무】
1. 부가가치세의 납세의무는 대한민국의 주권이 미치는 범위 내에서 적용하므로 사업자가 대한민국의 주권이 미치지 아니하는 국외에서 재화를 공급하는 경우에는 납세의무가 없다. 다만, 영 제31조 제1항 각 호에 따른 수출의 방법으로 재화를 공급하는 경우에는 그러하지 아니한다. (6) 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제12조【용역거래의 정상가격 산출방법】① 거주자와 국외특수관계인 간의 용역거래(경영관리, 금융자문, 지급보증, 전산지원 및 기술지원, 그 밖에 사업상 필요하다고 인정되는 용역의 거래를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 정상가격 산출방법으로 법 제8조 제1항 제3호에 따른 원가가산방법 또는 이 영 제8조 제1항 제3호에 따른 거래순이익률방법을 적용할 때에는 다음 각 호의 기준에 따라 산정한다.
1. 발생한 원가에는 그 용역 제공을 위하여 직접 또는 간접으로 발생한 비용 모두를 포함시킬 것
2. 용역 제공자가 그 용역을 수행하기 위하여 제3자에게 그 용역의 일부 또는 전부를 대행할 것을 의뢰하고 제3자에게 대금을 한꺼번에 지급한 후 이에 대한 비용을 용역을 제공받는 자에게 재청구하는 경우에는 용역 제공자는 자신이 그 용역과 관련하여 직접 수행한 활동으로부터 발생한 원가에 대해서만 통상의 이윤을 더할 것. 다만, 용역의 내용과 거래 상황 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 경우는 제외한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.