쟁점체납법인이 농어업경영체법에 따른 영농조합법인에 해당하는 이상 쟁점체납법인의 조합원 내지 임원은 구 국세기본법 제39조에 따른 제2차 납세의무를 부담하는 무한책임사원, 주주 또는 유한책임사원에 해당하지 않은 점, 구 국세기본법 제39조가 2024.12.31. 법률 제20611호로 개정되면서 쟁점체납법인과 같은 농어업경영체법 제16조에 따른 영농조합법인의 조합원과 그의 특수관계인의 출자액이 50%를 초과하는 경우 제2차 납세의무를 부여하는 규정이 신설되었으나, 해당 규정은 2025.1.1.부터 시행되고 시행 이후 법인의 납세의무가 성립하는 경우부터 적용하도록 규정하고 있어 2024.12.31. 이전 납세의무가 성립한 쟁점체납액에 적용할 수 없는 점 등에 비추어, 처분청이 청구인들을 쟁점체납액에 대한 제2차 납세의무자로 지정하고 및 납부고지한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
[주 문] 홍성세무서장이 2025.1.2. 청구인들을 <표1>과 같이 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분은 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구인들 주장 및 처분청 의견
(1) 청구인들은 국세기본법(2024.12.31. 법률 제20611호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 국세기본법”이라 한다) 제39조에 따라 제2차 납세의무를 지는 과점주주가 될 수 없으므로, 이 건 처분은 조세법률주의에 위배되어 위법하다. 청구인들과 같은 ‘영농조합법인의 출자자’를 구 국세기본법 제39조 제2호 의 ‘과점주주’로 볼 수 없다. 구 국세기본법 제39에서 법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다고 규정하고 있고, 그 제2호는 주주 또는 합자회사의 유한책임사원(가목), 유한책임회사의 사원(나목), 유한회사의 사원(다목)에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)을 제2차 납세의무를 지는 자의 하나로 규정하고 있다. 이에 대해 대법원은 헌법상의 조세법률주의 원칙상 과세요건과 부과징수절차는 법률로서 규정하여야 하고 그 법률이나 법률의 위임에 의한 명령, 규칙 등 조세법규의 집행에 있어서도 이를 엄격하게 해석, 적용하여야 하며 행정편의적인 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는다고 판시하며(대법원 1993.7.13. 선고 93누1442 판결), 국세기본법 제39조 의 과세요건에 관하여 과점주주의 제2차 납세의무는 사법상 주주 유한책임의 원칙에 대한 중대한 예외로서 본래의 납세의무자가 아닌 제3자에게 보충적인 납세의무를 부과하는 것이기 때문에 그 적용 요건을 엄격하게 해석하여야 한다고 판시한바(대법원 2019.5. 16. 선고 2018두36110 판결), 청구인들이 국세기본법 제39조 제2호 에 따라 제2차 납세의무를 부담하기 위해서는 먼저 쟁점체납법인의 과점주주에 해당하여야 한다. 다만 위 과점주주를 구성하는 ‘주주, 합자회사의 유한책임사원, 유한책임회사의 사원, 유한회사의 사원’의 개념에 관하여, 국세기본법은 별도의 정의 규정을 두고 있지 않으므로, 이에 관하여는 법적 안정성이나 조세법률주의가 요구하는 엄격해석의 원칙에 따라 상법상의 개념과 동일하게 해석되어야 한다(대법원 2022.5.26. 선고 2019두60226 판결 참조). 그런데 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(이하 “농어업경영체법”이라 한다)은 협업적 농업경영을 통한 농업생산성의 향상 등을 도모하기 위해 일정한 요건을 갖춘 조합체에 특별히 법인격을 부여하고 있다는 점(농어업경영체법 제16조 제1항, 제3항), 영농조합법인은 농어업경영체법 등 관련 법령에 특별한 규정이 없으면 법인격을 전제로 한 것을 제외하고는 민법의 조합에 관한 규정이 준용된다는 점(농어업경영체법 제16조 제8항, 대법원 2018.8.1. 선고 2017다246739 판결, 참조), 농어업경영체법이 일정한 요건 하에 영농조합법인을 주식회사, 합자회사, 유한책임회사, 유한회사 중 하나의 형태인 농업회사법인으로 조직을 변경할 수 있는 절차를 정하고 있다는 점(농어업경영체법 제18조 제1항), 영농조합법인에 상법상 주식회사, 합자회사, 유한책임회사, 유한회사에 관한 규정을 준용한다는 규정을 찾을 수 없다는 점에 비추어 볼 때, 영농조합법인을 상법상 주식회사, 합자회사, 유한책임회사, 유한회사라고 볼 수 없고, 영농조합법인의 실체는 민법상 조합에 해당함이 분명하다(수원고등법원 2019.11.13. 선고 2019누11404 판결 참조). 따라서 농어업경영체법에 따른 영농조합법인인 쟁점체납법인을 상법상 주식회사 등으로 볼 수 없고, 쟁점체납법인의 출자자인 청구인들은 국세기본법 제39조 제2호 의 과점주주에 해당하지 아니한다. 현행 국세기본법(2024.12.31. 법률 제20611호로 개정된 것, 이하 “현행 국세기본법”이라 한다) 제39조는 제3호를 신설하여 영농조합법인의 출자자를 제2차 납세의무자로 규정하였으나, 그 시행일 이전 법인의 납세의무가 성립한 이 건에서는 현행 국세기본법이 적용되지 않는다(아래 <표2>참조). 한편, 현행 국세기본법제39조는 구법의 조문에서 제3호를 신설하여 농어업경영체법 제16조 에 따른 영농조합법인 또는 영어조합법인의 조합원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 출자액의 합계가 해당 조합의 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들을 제2차 납세의무를 지는 자로 규정하고 있는바, 2024.12.31. 법률 제20611호로 개정되기 전의 구국세기본법은 영농조합법인 출자자에 대하여 제2차 납세의무를 부담하도록 하는 과세요건을 규정하지 아니하였다. <표2> 국가법령정보센터 신·구 조문 대비표 이에 현행 국세기본법은 개정이유에서 “법인이 보유한 재산으로 그 법인이 납부할 국세 등을 충당할 수 없는 경우 제2차 납세의무를 부담하는 출자자의 범위에 영농조합법인 또는 영어조합법인의 조합원을 추가”한 것이라는 점을 분명히 명시한바, 현행 국세기본법 제39조 제3호 가 신설된 것은, 구 국세기본법의 해석상 영농조합법인의 조합원의 경우 제2차 납세의무를 부담하는 출자자가 될 수 없기 때문이다. <표3> 현행 국세기본법 개정이유 따라서 청구인들에게 제2차 납세의무가 인정되기 위해서는 현행 국세기본법 제39조 제3호 가 적용되어야만 하나, 법률불소급의 원칙상 세법의 개정이 있을 경우에는 개정 전후의 법 중에서 납세의무가 성립될 당시의 세법을 적용하여야 하고(대법원 1985.4.9. 선고 83누453 판결, 1995.6.30. 선고 94누5502 판결, 1995.6.30. 선고 94누15387 판결 등 참조), 이에 국세기본법 제18조 제2항 에서는 국세를 납부할 의무가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다고 명시하여 소급과세금지 원칙을 분명히 규정하고 있으며, 나아가 현행 국세기본법 부칙 제1조는 이 법은 2025년 1월 1일부터 시행한다고 규정하여, 제5조에서 제39조 각 호 외의 부분 단서 및 같은 조 제3호의 개정규정은 이 법 시행 이후 법인의 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다고 규정하는바, 이 건 처분의 경우 현행 국세기본법 시행일 이전에 법인의 납세의무가 성립하였음이 명백하므로, 이 건 처분의 근거법령으로 구 국세기본법 제39조 가 적용되어야 한다. 따라서 현행 국세기본법 제39조 제3호 가 적용될 수 없는 이상 청구인들에 대하여 그에 기한 제2차 납세의무를 지울 수 없다. <표4> 현행 국세기본법 부칙 처분청은 청구인들이 “ 국세기본법 제39조 에 규정한 제2차 납세의무자에 해당한다”는 이유로 이 건 처분에 이르렀는바, 이는 청구인들이 구 국세기본법 제39조 제2호 의 과점주주에 해당하는 것으로 과세요건을 유추·확장해석하였거나, 현행 국세기본법을 적용하였기 때문인 것으로 보인다. 그러나 앞서 설명한 것처럼, ① 구 국세기본법 제39조 의 해석상 청구인들을 과점주주로 볼 수도 없고, ② 이 건 법인의 납세의무는 현행 국세기본법 시행일 이전에 성립하였으므로 이 건 처분의 근거법령으로는 구 국세기본법 제39조 가 적용되어야 한다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 건 처분은 조세법률주의에서 엄격히 금지하는 유추해석 및 확장해석 금지의 법리 혹은 소급과세금지 원칙에 반하여 위법함이 명백하다.
(2) 청구인들의 항변내용은 다음과 같다. (가) 쟁점체납법인 ‘설립 당시’ 조합원들은 모두 농업인 요건을 갖추었다. 처분청은 쟁점체납법인의 조합원 자격은 정관에 ① 1천 제곱미터 이상의 농지를 경영 또는 경작하는 자나 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 OOO원 이상인 자 또는 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 자, ② 민법 제4조 의 규정에 의한 성년으로서 본 조합법인의 설립취지에 찬동하는 자, ③ OOO원 이상의 현금 또는 이에 상응하는 농지, 농기계, 가축 기타의 현물을 출자한 자 등의 요건을 모두 갖춘 자로 명시되어 있는데, 주주 중 일부가 ① 요건을 충족하지 못한다고 하였다. 그러나 쟁점체납법인 설립 당시 조합원들은 모두 농업인 요건을 갖추었다. 농어업경영체법 시행령 제5조 제1항, 농어업경영체법 시행규칙 제8조 제2항 에 따르면 영농조합법인의 설립신고를 할 경우 신고서에 조합원의 명부 등의 서류를 첨부하여 제출하여야 한다. 쟁점체납법인은 ‘설립 당시’ 조합원의 명부를 갖추어 설립신고를 하여 적법하게 설립된 영농조합법인으로 처분청은 이와 달리 쟁점체납법인이 농어업경영체법 상 요건을 갖추지 못하였다는 점에 대한 입증책임이 있음에도 불구하고, 이에 대한 구체적인 증명을 하지 않았다. (나) 쟁점체납법인의 조합원 d은 농업인 요건을 갖추었다. 농어업경영체법 제2조 제1호, 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 제3조 제2호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항 제4호에 따르면, 영농조합법인의 농산물 출하·유통·가공·수출 활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람은 농업인으로 인정된다. 따라서 영농조합법인에서 1년 이상 근무하면 농업인으로 인정받을 수 있으며, 이를 통해 영농조합법인의 조합원 자격을 취득할 수 있다. 조합원 d은 2014.6.1.부터 2022.11.1.까지 쟁점체납법인에서 근무한 사실이 확인되므로(쟁점체납법인 직원명단), 영농조합법인의 농산물 출하·유통·가공·수출활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람으로서 농업인으로 인정되어 쟁점체납법인의 조합원 자격을 갖추고 있다. (다) 설령 쟁점체납법인의 주주 중 일부가 쟁점체납법인 ‘설립 이후’ 농업인에 해당하지 않게 되었다고 하더라도, 쟁점체납법인은 여전히 적법한 영농조합법인에 해당한다. 쟁점체납법인 설립 이후 일부 조합원이 농업인에 해당하지 않게 되어 쟁점체납법인의 조합원이 5인 미만이 되었더라도, 이는 영농조합법인을 당연무효로 만드는 사유가 아니다. 법원은 “영농조합법인의 조합원이 5인 미만이 된 경우에도 해산청구 사유에 불과하므로, 5인 미만의 조합원으로 영농조합법인을 설립한 경우에 그 효력이 당연무효라고 단정하기 어렵다”고 판시하였다[광주고등법원(제주) 2021 4.14. 선고 2020나10536 판결, 참조]. 농어업경영체법 및 같은 법 시행령에 따르면, 조합원이 5명 미만이 된 경우 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 영농조합법인에 대한 실태조사를 실시한 후 조합원 5명 미만인 영농조합법인에 대하여 6개월 이내에 시정하도록 명할 수 있을 뿐이다(농어업경영체법 제20조의2 제1항 및 제8항, 같은 법 시행령 제20조의7). 현재까지 쟁점체납법인에 대하여 어떠한 시정명령도 이루어진 사실이 없으므로, 쟁점체납법인은 여전히 적법한 영농조합법인으로서의 지위를 유지하고 있다. (라) 쟁점체납법인의 주주들이 OOO원 이상 출자 요건을 충족하지 못하였더라도 조합원으로 인정된다. 처분청은 쟁점체납법인의 주주 중 일부가 조합원의 자격요건 중 OOO원 이상 출자 요건을 충족하지 못하여 조합원 자격이 없다는 의견이나, 법원은 농어업경영체법령상 출자의무를 이행하여야만 영농조합법인 조합원의 지위를 취득할 수 있는지에 대해, “준조합원과 달리 조합원은 출자의무를 이행하지 아니하고서도 영농조합법인의 조합원으로서의 지위를 취득할 수 있다고 보아야 할 것이다”라고 하였다[광주고등법원(제주) 2021.4.14. 선고 2020나10536 판결]. 또한 “출자 및 조합의 설립의사를 밝힌 사람이 출자금을 현실로 납입하지 않는 경우 그가 한 출자약정 또는 조합 설립계약이 무효가 된다고 하기 위해서는 법률이나 정관에 별도의 규정이 있어야 한다. 그런데 영농조합법인의 법률관계를 규정한 농어업경영체법에는 출자금의 납입을 불이행할 경우 조합원의 지위를 취득하지 못하거나 실효되거나 또는 출자약정이 실효된다는 취지의 규정을 두고 있지 않다. (···) 피고 조합법인의 정관은 조합원의 의무 중 하나로 출자의무를 규정하고(제13조 제1항 제2호), 조합원이 출자의무를 이행하지 아니한 경우를 조합원 제명사유로 삼고 있는바(제15조 제1항 제1호), 이는 출자의무를 이행하지 않은 조합원도 조합원의 지위 및 그 출자지분이 인정됨을 전제로 하는 것”이라고 판시하였다[광주고등법원(제주) 2021.4.14. 선고 2020나10536 판결]. 쟁점체납법인의 정관 역시 조합원의 의무 중 하나로 출자의무를 규정하고(제12조 제1항 제2호), 조합원이 출자의무를 이행하지 아니한 경우를 조합원 제명사유로 삼고 있는바(제14조 제1항 제1호), 이는 출자의무를 이행하지 않은 조합원도 조합원의 지위 및 출자지분을 인정받는다는 점을 전제로 한 것이다. 따라서 농어업경영체법, 쟁점체납법인의 정관 및 판례를 종합하여 볼 때, 출자의무를 이행하지 않더라도 조합원의 지위는 유지된다고 보아야 한다. (마) 법인의 불법행위와 법인의 법적 성격은 별개의 문제이다. 처분청은 쟁점체납법인이 조세범 처벌법 제10조 제3항 을 위반하였으므로 영농조합법인의 설립 취지에 반하여 운영된 것으로서 영농조합법인이 아닌 통상의 법인체에 해당한다는 의견이나, 쟁점체납법인이 적법한 요건을 갖추어 영농조합법인으로 설립된 이상, 설령 그 이후 쟁점체납법인이 가공계산서를 수수하는 등의 불법행위를 했다고 하더라도 이는 법인의 운영상의 문제일 뿐 법인의 법적 성격 자체를 변경시키는 사유가 될 수 없다. 대법원은 “구 농어업경영체법은 영농조합법인의 실체를 민법상의 조합으로 보면서 협업적 농업경영을 통한 농업생산성의 향상 등을 도모하기 위해 일정한 요건을 갖춘 조합체에 특별히 법인격을 부여한 것”이라고 판시한바(대법원 2018.8.1. 선고 2017다246739 판결), 이는 영농조합법인의 법적 성격이 설립 당시의 요건 충족 여부에 따라 결정됨을 의미한다. 따라서 영농조합법인의 설립 이후의 운영상 문제는 별도의 법적 제재의 대상이 될 수 있을지언정, 법인의 기본적 성격을 사후적으로 변경시키는 사유가 될 수 없다. 또한 대법원은 과점주주의 제2차 납세의무는 주주 유한책임 원칙의 중대한 예외이므로 엄격하게 해석해야 한다는 입장이므로(대법원 2019.5.16. 선고 2018두36110 판결 참조), 설령 영농조합법인 설립 후 운영상의 문제가 발생했더라도 이는 법인의 기본적 성격을 바꾸어 2차 납세의무를 부과하는 사유가 될 수 없다. 과점주주의 제2차 납세의무는 주주유한책임 원칙의 예외로서 엄격하게 해석되어야 하며, 법률에 명확한 근거가 있는 경우에만 적용되어야 하기 때문이다. 따라서 영농조합법인 출자자를 상법상 회사의 과점주주와 동일하게 취급하여 제2차 납세의무를 부과하는 것은 조세법률주의에 위배되는 위법한 처분이다. (바) 설령 쟁점체납법인이 농어업경영체법상 영농조합법인이 아니더라도, 민법상 조합에 해당하여 제2차 납세의무를 지지 않는다. 농어업경영체법은 영농조합법인의 실체를 민법상 조합으로 보면서 협업적 농업경영을 통한 농업생산성의 향상 등을 도모하기 위해 일정한 요건을 갖춘 조합체에 특별히 법인격을 부여하고 있다(농어업경영체법 제16조 제1항, 제3항). 영농조합법인에 대해서는 농어업경영체법 등 관련 법령에 특별한 규정이 없으면 민법의 조합에 관한 규정이 준용된다(농어업경영체법 제16조 제8항). 대법원은 “구 농어업경영체법은 영농조합법인의 실체를 민법상의 조합으로 보면서 협업적 농업경영을 통한 농업생산성의 향상 등을 도모하기 위해 일정한 요건을 갖춘 조합체에 특별히 법인격을 부여한 것이며, 영농조합법인에 대하여는 구 농어업경영체법 등 관련 법령에 특별한 규정이 없으면 법인격을 전제로 한 것을 제외하고는 민법의 조합에 관한 규정이 준용된다.”라고 판시하였다(대법원 2018.8.1. 선고 2017다246739 판결 참조). 이는 영농조합법인의 본질이 민법상 조합이며, 법인격은 특별법에 의해 부여된 것에 불과함을 명확히 한 것이다. 따라서 설령 쟁점체납법인이 농어업경영체법상 영농조합법인의 요건을 충족하지 못하더라도, 그 실체는 여전히 민법상 조합으로 보아야 한다. 구 국세기본법 제39조 는 상법상 회사와 같은 법인격 있는 단체의 주주나 사원을 대상으로 하는 것으로서, 민법상 조합의 조합원에게는 국세기본법 제39조 의 과점주주 제2차 납세의무 규정이 적용될 수 없다. 따라서 설령 쟁점체납법인이 농어업경영체법상 영농조합법인으로 인정받지 못하더라도(이를 인정하는 것이 아니다), 그 실체는민법상 조합에 해당하므로 그 조합원들은 과점주주로서의 제2차 납세의무를 지지 않는다.
(1) 농어업경영체법에서 요구하는 조합원은 5명 이상이나 쟁점체납법인 정관 등에서 인정하는 조합원은 청구인들 3명이다. 이는 농어업경영체법에서 요구하는 농업인 조합원 5명 이상이 아니므로 영농조합법인 설립인가 구성요건을 충족하지 못하였기에 쟁점체납법인은 영농조합법인에 해당하지 않는다. 청구인들은 쟁점체납법인이 “협업적 농업경영을 통하여 농업 생산성의 향상을 도모하기 위해 일정한 요건을 갖춘 영농조합법인”이라고 주장하나, 쟁점체납액 대부분은 쟁점체납법인에 대한 중부지방국세청장의 2020∼2022사업연도 법인통합조사에 따른 금액으로 조사대상자 선정 사유가 “쟁점체납법인이 재화의 공급 없이 가공 계산서를 수수한 혐의”이고, 이에 대한 조사과정에서 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받은 사실 없이 가공계산서를 수수하여조세범 처벌법제10조 제3항을 위반한 사실을 확인하였다. 이러한 사실로 비추어 볼 때, 쟁점체납법인이 영농조합법인 설립 취지에 반하게 운영된 것으로 보이며, 이는 쟁점체납법인이 영농조합법인이 아닌 통상의 법인체임을 보여주는 것이다.
(2) 과점주주에 해당하는지는 과반수 주식의 소유집단의 일원인지 에 따라서 판단하여야 하고, 구체적으로 회사경영에 관여한 사실이 없다고 하더라도 그것만으로 과점주주가 아니라고 판단할 수 없으며, 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식변동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 그 명의자가 입증을 하여야 하며, 또한 현실적으로 주주권을 행사한 실적은 없더라도 납세의무 성립일 당시 소유하고 있는 주식에 대하여 주주권을 행사할 수 있는 가능성이나 지위에 있으면 족하다(대법원 2004.7.9. 선고 2003두1615판결, 대법원 2003.7.8. 선고 2001두5354 판결 등). 쟁점체납법인이 영농조합법인 설립요건을 충족하지 못한 점, 영농조합법인 설립 취지에 반하여 운영된 점 등으로 보아 쟁점체납법인을 영농조합법인으로 볼 수 없는바, 청구인들을 쟁점체납법인의 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지를 한 처분은 적법하다.
(3) 처분청의 추가 답변은 아래와 같다. (가) 이 건 심판청구는 조세심판절차의 취지에 반한다. 행정심판절차는 ‘위법’한 처분뿐만 아니라 ‘부당’한 처분에 대한 구제도 가능하다는 점을 특징으로 한다(행정소송법 제1조, 행정심판법 제1조, 국세기본법 제55조 제1항). 이는 소송에 앞서 심판절차를 통해 ‘적법성’ 외에 ‘합목적성’에 대한 통제까지 이루어지게 함으로써 개인의 권리구제를 강화하고, 행정권에 의한 행정작용을 행정권 스스로, 자율적으로 통제하기 위함이다. (나) 이 건 심판청구는 다음과 같은 문제가 있다. 1) 농어업경영체법 제16조 제1항 은 영농조합법인의 조합원을 최소 5인으로 규정하고 있고, 2022.1.17. 개정된 쟁점체납법인 정관 제8조는 조합원의 자격요건에 대하여 ① 1,000㎡ 이상의 농지를 경영 또는 경작하는 자나 농업경영을 통한 농산물, 축산물의 연간 판매액이 OOO원 이상인 자 또는 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 자, ② 민법 제4조 의 규정에 의한 성년으로서 본 조합법인의 설립취지에 찬동하는 자, ③ OOO원 이상의 현금 또는 이에 상응하는 농지, 농기계, 가축, 기타의 현물을 출자한 자로 규정하고 있다. 한편 농어업경영체법 제20조의3 은 조합원이 5명 미만이 된 후 1년 이내에 5명 이상이 되지 아니한 영농조합법인 또는 영어조합법인에 대하여는 시장·군수·구청장이 ‘해산’을 청구할 수 있다고 규정하고 있는바, 그렇다면 위 조합원 요건은 영농조합법인이 반드시 준수하여야 하는 ‘존속요건’이다. 그런데 쟁점체납법인은 2014년에 설립된 이래 2016년부터 계속하여 위 정관이 규정하는 조합원 자격요건을 충족하는 사람은 청구인들 3명뿐이었다(쟁점체납법인 정관, 주식등변동상황명세서, 주식발행법인의 주주현황조회 참조). 그렇다면 쟁점체납법인은 2016년부터 농어업경영체법이 규정하는 영농법인의 존속요건을 위반한 채 현재까지 운영되어 왔다.
2. 농어업경영체법은 ‘경쟁력 있는 농어업경영체를 육성하고 농어업의 공동경영을 활성화하여 국민에게 안전한 농수산물과 식품을 안정적으로 공급하고, 나아가 농어촌사회의 안정과 국가 발전에 이바지함을 목적’으로 하여 2009.4.1. 제정되었다. 쟁점체납법인 역시 위 법률을 근거로 하여 설립된 이상 그 운영에 있어서도 위 제1조의 목적을 준수하였어야 한다. 그러나 쟁점체납법인은 국가·지방자치단체로부터의 자금 지원, 세금 관련 우대 등 영농법인으로서의 혜택은 누리면서도 실질적인 운영에 있어서는 위 제1조의 취지와 거리가 멀었을 뿐만 아니라 나아가 재화의 공급 없이 가공계산서를 수수한 혐의로 세무조사를 받았고, 그 과정에서 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받은 사실 없이 가공계산서를 수수하여 조세범 처벌법 제10조 제3항 을 위반한 사실까지 확인되었다. 이와 같은 위법·부당한 쟁점체납법인의 운영에 대하여 청구인들은 과점주주로서 그 책임이 결코 가볍다고 할 수 없다.
3. 쟁점체납법인의 설립 후 운영 형태, 농어업경영체법의 취지에 전혀 부합하지 않는 탈법 행위 등과 같은 사정을 고려할 때 청구인들의 이 건 청구가 과연 행정심판이 의도하는 취지에 부합하는지는 매우 의문스럽다. (나) 이 건 주된 납세의무인자인 쟁점체납법인의 체납의 주된 원인은 청구인들이 재화의 공급 없이 가공계산서를 수수한 행위에서 비롯된 것이다. 법인격을 내세워 위법한 행위를 저지른 후 법인에 체납이 발생되자 법인격을 부정하여 제2차 납세의무를 회피하는 행위는 법인의 법인격을 악용하여 국세기본법 제39조 에서 규정하고 있는 제2차 납세의무자 제도를 형해화시키는 것으로서 조세정의와 실질과세의 원칙에도 반한다. 제2차 납세의무는 조세정의, 실질과세 원칙의 실현을 위해 납세의무를 법인단계에서 주주단계로 확대시키는 제도인바, 위와 같은 과세 경위 등을 살펴보면 이 건은 주된 납세의무자인 쟁점체납법인과 청구인들에게 동일한 책임을 묻는다고 하더라도 실질적인 공평을 잃지 않는 사안으로서 청구인들에 대한 의무 부과는 조세정의와 실질과세원칙의 실현 및 조세징수 확보라는 제2차 납세의무자 제도의 취지와 부합한다.
(1) 청구인들과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 국세청통합전산망에 따르면, 쟁점체납법인의 사업자등록 기본사항은 아래 <표5>와 같고, 쟁점체납법인이 사업자등록시 처분청에 제출한 조합원명부 및 쟁점체납법인 정관의 일부 내용은 아래 <표6> 및 <표7>과 같다. <표5> 쟁점체납법인의 사업자등록 기본사항 <표6> 조합원명부(2014.5.15.) <표7> 쟁점체납법인 정관 일부내용, 2022.1.17. (나) 아래 <표8>과 같은 쟁점체납법인의 출자지분 변동내역에 따르면, 2023.12.31. 기준 쟁점체납법인의 지분을 청구인 a(35.34%), 청구인 b(32.26%), 청구인 c(32.26%)이 합계 99.86%를 보유하고 있고, 2019년부터 2023년까지 지분율은 동일하다. <표8> 쟁점체납법인의 출자지분 변동내역에 따른 과점주주 해당 여부 (다) 처분청은 쟁점체납법인 정관, 주식등변동상황명세서 등을 근거로 쟁점체납법인이 2014년에 설립된 이래 2016년부터 계속하여 위 정관이 규정하는 조합원 자격요건을 충족하는 사람은 아래 <표9>에 따라 3명이므로 존속요건을 위반하였다는 의견을 제출한바, 처분청이 제출한 아래 자료는 심판청구일 현재 기준의 자료이고, 설립 당시 자료는 확인되지 않는다. <표9> 조합원 자격요건 해당 여부 (라) 청구인들은 쟁점체납법인의 직원명단을 아래와 같이 제출하면서 조합원 d은 2014.6.1.부터 2022.11.1.까지 쟁점체납법인에서 근무한 사실이 확인되므로 영농조합법인의 농산물 출하·유통·가공·수출활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람으로서 농업인으로 인정되어 쟁점체납법인의 조합원 자격을 갖추고 있다고 주장한다. <쟁점체납법인 직원명단> (마) 중부지방국세청장은 쟁점체납법인에 대하여 2024.8.12.〜2024.10.19. 기간 동안 세무조사를 실시한바, 조사 종결 후 가공계산서 발급 수취 등의 사유로 2024.12.16. 쟁점체납법인을 고발한 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인들을 쟁점체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분이 정당하다는 의견이나, 쟁점체납법인이 농어업경영체법에 따른 영농조합법인에 해당하는 이상 쟁점체납법인의 조합원 내지 임원은 구 국세기본법 제39조 에 따른 제2차 납세의무를 부담하는 무한책임사원, 주주 또는 유한책임사원에 해당하지 않은 점, 구 국세기본법 제39조 가 2024.12.31. 법률 제20611호로 개정되면서 쟁점체납법인과 같은 농어업경영체법 제16조 에 따른 영농조합법인의 조합원과 그의 특수관계인의 출자액이 50%를 초과하는 경우 제2차 납세의무를 부여하는 규정이 신설되었으나, 해당 규정은 2025.1.1.부터 시행되고 이 법 시행 이후 법인의 납세의무가 성립하는 경우부터 적용하도록 규정하고 있어 2024.12.31. 이전 납세의무가 성립한 쟁점체납액에 적용할 수 없는 점, 처분청 의견과 같이 영농조합법인의 조합원의 요건에 해당하는 인원이 5인 미만이 된 것으로 본다 하더라도, 이미 성립된 영농조합법인의 해산청구 사유에 불과할 뿐이어서, 조합원에게 제2차 납세의무가 있는지 여부를 다투는 이 사건 쟁점과 관련이 없어 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 청구인들을 쟁점체납액에 대한 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등
(1) 국세기본법(2024.12.31. 법률 제20611호로 개정되기 전의 것) 제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.
1. 무한책임사원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원
2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)
(2) 국세기본법(2024.12.31. 법률 제20611호로 개정된 것 제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주 또는 제3호에 따른 과점조합원의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주 또는 과점조합원이 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액(제3호 단서의 경우 그 부족한 금액과 과점조합원 간에 정한 손익분배비율을 곱한 금액으로 한다)을 한도로 한다.
1. 무한책임사원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원
2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)
3. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조 에 따른 영농조합법인 또는 영어조합법인의 조합원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 출자액의 합계가 해당 조합의 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들(이하 “과점조합원”이라 한다). 다만, 조합원 간에 손익분배비율을 정한 경우로서 그 손익분배비율이 출자액의 비율과 다른 경우에는 조합원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 손익분배비율의 합계가 100분의 50을 초과하는 자들을 과점조합원으로 한다. 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2025년 1월 1일부터 시행한다. 제5조(출자자의 제2차 납세의무에 관한 적용례) 제39조 각 호 외의 부분 단서 및 같은 조 제3호의 개정규정은 이 법 시행 이후 법인의 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다
(3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “농업인”이란 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 제3조 제2호 에 따른 농업인을 말한다. 제16조(영농조합법인 및 영어조합법인의 설립신고 등) ① 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출 및 농어촌 관광휴양사업 등을 공동으로 하려는 농업인 또는 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 제3조 제4호 에 따른 농업 관련 생산자단체(이하 “농업생산자단체”라 한다)는 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인을 설립할 수 있다.
③ 영농조합법인 및 영어조합법인을 설립하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시장(특별자치도의 경우에는 특별자치도지사를, 특별자치시의 경우 특별자치시장을 말한다. 이하 같다)ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 신고하여야 한다. 신고한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경되는 경우 또는 해산하는 경우에도 같은 방법으로 변경신고 또는 해산신고를 하여야 한다.
⑧ 영농조합법인 및 영어조합법인에 관하여 이 법에서 규정한 사항 외에는 민법 중 조합에 관한 규정을 준용한다. 제18조(영농조합법인 및 영어조합법인의 조직변경) ① 영농조합법인 또는 영어조합법인은 총조합원의 일치로 총회의 결의를 거쳐 다음 각 호의 어느 하나의 형태인 농업회사법인 또는 어업회사법인으로 조직을 변경할 수 있다.
2의2. 유한책임회사
제20조의2(실태조사) ① 주된 사무소 관할 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 농업법인 또는 어업법인의 적법한 운영과 효율적 관리를 위하여 농림축산식품부령 또는 해양수산부령으로 정하는 조사주기ㆍ방법 등에 따라 다음 각 호의 사항에 대하여 농업법인 또는 어업법인의 운영실태 등에 대한 조사를 실시하여야 한다.
1. 조합원(준조합원을 포함한다) 또는 사원이나 주주의 인적 사항, 주소 및 출자 현황
⑧ 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제1항에 따른 실태조사를 실시한 후 다음 각 호의 사항에 대하여 대통령령으로 정하는 기간 내에 시정하도록 명할 수 있다.
1. 조합원 5명 미만인 영농조합법인 또는 영어조합법인
2. 비농업인 또는 비어업인이 보유한 출자지분이 제19조 제2항 또는 제4항에서 정한 출자한도를 초과한 농업회사법인 또는 어업회사법인 (4) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제5조(영농조합법인 및 영어조합법인의 설립신고 등) ① 법 제16 제3항에 따라 같은 조 제1항에 따른 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다) 및 같은 조 제2항에 따른 영어조합법인(이하 “영어조합법인”이라 한다)의 설립신고, 변경신고 또는 해산신고를 하려는 자는 신고서에 농림축산식품부령 또는 해양수산부령으로 정하는 서류를 첨부하여 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시장(특별자치도의 경우에는 특별자치도지사를, 특별자치시의 경우 특별자치시장을 말한다. 이하 같다)ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 제출해야 한다. 제20조의7(시정기간) 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 법 제20조의2 제8항 각 호에 대하여 6개월 이내에 시정하도록 명할 수 있다. 다만, 부득이한 사유가 있는 경우에는 한 차례만 3개월의 범위에서 그 기간을 연장할 수 있다. (5) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행규칙 제8조(영농조합법인 및 영어조합법인의 설립신고서 등) ① 영 제5조 제1항에 따른 영농조합법인 및 영어조합법인의 설립신고서는 각각 별지 제11호서식 및 별지 제12호서식과 같다.
② 영 제5조 제1항에 따라 제1항의 설립신고서에 첨부해야 하는 서류는 다음 각 호와 같다.
2. 조합원ㆍ준조합원 및 임원의 명부
4. 각 조합원이 농업인이나 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법에 따른 생산자단체(이하 “농업생산자단체”라 한다) 또는 어업인이나 수산업ㆍ어촌 발전 기본법에 따른 생산자단체(이하 “어업생산자단체”라 한다)임을 확인할 수 있는 서류
5. 출좌 1좌당 금액과 조합원ㆍ준조합원별 보유 중인 출좌좌수를 적은 서류
7. 합병 또는 분할을 의결한 총회의사록(합병 또는 분할로 인하여 설립되는 경우만 해당하며, 합병 또는 분할로 인하여 존속하거나 설립되는 영농조합법인 또는 영어조합법인이 승계해야 할 권리ㆍ의무의 범위가 의결사항으로 적혀 있어야 한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.