쟁점①에 대하여 살피건대, 사후관리 규정에 공동사업자의 양도소득세 이월과세액 사후관리에 대한 별도 특례규정을 두고 있지 않고 있는 점, 양도소득세 이월과세 사후관리 규정상 공동사업자 간의 지분 처분에 대해 특례를 적용할 만한 합리적인 사유도 없어 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨쟁점②에 대하여 살피건대, 쟁점주식증여로 인해 이월과세된 양도소득세를 납부하여야 할 납세의무자는 쟁점법인이 아닌 청구인으로, 별개의 법인격을 가진 쟁점법인이 납부한 세액을 청구인이 납부한 세액으로 볼 수 없는 점, 쟁점법인이 착오로 납부한 양도소득세 이월과세액은 환금가산금을 포함하여 쟁점법인에게 환급된 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨
(1) 현물출자자(청구인)가 다른 현물출자자(공동소유자)에게 주식을 이전한 행위는 조특법 제32조 제5항 제2호에 규정한 처분으로 볼 수 없으므로 처분청이 청구인에게 부과한 양도소득세는 취소되어야 한다. (가) 법인전환에 따른 양도소득세 이월과세특례제도는 개인사업자가 부담하여야 하는 양도소득세를 즉시 납부할 필요가 없도록 지원하는 규정으로 이는 종전 개인사업을 안정적이고 지속적으로 경영할 수 있도록 지원하고 기업의 재정규모가 축소되는 것을 방지하는데 그 목적이 있다. 따라서 출자자나 전환법인이 출자받은 사업용고정자산을 처분하지도, 출자로 받은 주권을 제3자에게 처분하지도 않아 조세를 회피한 사실이 없음에도 불구하고 현물출자자가 다른 현물출자자에게 주식이전한 것을 처분으로 보아 이월과세액을 추징하게 되면, 전체 현물출자자들은 실제 발생한 소득이 없어 현물출자부동산의 소유자인 전환법인이 이를 담보로 납부할 자금을 추가로 대출받아야 하므로 기업의 재무구조는 더욱 악화되어 조세지원을 위한 과세특례제도의 입법취지에 맞지 않다. (나) 부동산 등 소유 비율이 50% 이상인 법인의 주식을 처분하는 경우 양도로 보는 규정으로 소득세법제94조 제1항 제4호 다목에 법인의 과점주주(주주1인과 기타주주가 소유한 주식합계액이 100분의50을 초과하는 주주)가 그 법인의 주식 등의 100분의 50 이상을 과점주주 이외자에게 주식 등을 처분하는 경우를 특정주식 양도로 규정하고 주주1인과 기타주주간에 거래시는 양도로 보지 않는 것과 같이, 청구인이 공동출자자인 A에게 주식을 이전한 행위는 과점주주간에 기업경영상 주식지분을 변동한 것이므로 조특법 제32조에 규정한 처분으로 보는 것은 입법취지를 간과한 잘못된 처분이다. 궁극적으로 현물출자부동산이나 전환법인의 주권을 출자자 이외자에게 실제로 처 분하는 경우에만 이월과세제도를 악용한 조세회피수단으로 보아야 한다. (다) 1세대 1주택을 부부가 공동으로 소유하다가 50% 이상 지분을 배우자에게 이전하였다고 하여 이를 양도소득세 등 조세회피할 수단으로 악용하였다고 볼 수 없고, 부부가 공동소유한 주택을 제3자에게 처분할 때까지 양도로 볼 수 없는 것과 같은 법논리이다. 또한 청구인이 공동출자자에게 주식을 이전하였지만, 쟁점부동산과 쟁점법인의 주권에 대한 실질적인 소유자가 법인 등기부, 주주명부 등 공부상에도 현물출자 당시와 전혀 변함이 없으므로 국세기본 법제14조 실질과세 규정을 적용하면 과세할 법적근거와 사유가 없다. (라) 따라서 재무구조개선 및 사업확장 등을 고려하여 공동출자자인 A에게 쟁점주식증여한 것은 조세를 경감하거나 회피할 목적으로 당초 출자자 이외자에게 처분한 것이 아니므로 조특법 제32조 제5항 제2호의 경우로 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 것은 위법․부당하다.
(2) 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세액을 현물출자로 설립한 쟁점법인이 법인세에 추가하여 국가에 납부한 것은 유효한 납세행위이므로, 처분청이 청구인에게 납부지연가산세를 부과한 처분은 취소되어야 한다. (가) 청구인이 쟁점법인에 쟁점부동산을 현물출자하고 받은 주식을, 타인에게 처분하거나 쟁점법인이 자본금을 감자하여 청구인에게 반환하기 전에는 청구인이 쟁점부동산에 대한 양도소득세를 납부할 자금을 마련하는 것은 불가능하다. 이러한 사정을 반영하여 전환법인이 현물출자부동산을 처분하거나 거주자가 주권을 타인에게 실제로 처분하여 자금을 확보할 때까지 법인전환에 대한 거주자의 양도소득세를 이월과세 하도록 과세특례규정을 제도화한 것이다. (나) 처분청도 청구인이 쟁점부동산에 대한 양도소득세 신고는 조특법 시행령 제29조 제4항에 따라 2020.12.22. 기한 내에 적법하게 신고하였고, 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세액 OOO원을 조특법 제32조 제5항에 따라 쟁점법인이 법인세 신고 시에 납부하였다고 인정하였다. (다) 과세대상물건, 납세행위 등이 동일한 경우에는 세목을 달리하여 신고․납부하였더라도 적법하게 신고․납부한 것인바(심사법인 2022-OOO, 2023.3.15., 조심 OOO, 2013.1.16., 같은 뜻임), 청구인과 공동소유자 A는 쟁점부동산에 대한 양도소득세를 적법하게 신고하였고, 쟁점주식증여 후에도 쟁점부동산과 쟁점법인에 대한 주권 소유는 당초 출자자인 청구인과 A로 변함이 없다. 그럼에도 불구하고 쟁점법인은 조특법 제32조 제5항에 대한 국세청 해석을 존중하여 ‘법인전환에 대한 양도소득세 이월과세액’을 법인세 신고시에 국가에 납부하였다. 처분청은 위 이월과세액에 대한 사후관리 과정에서 설령 납부한 자, 세목이 다르더라도 동일한 과세대상재산에 대한 세금납부가 확인된다면 성실납부한 행위를 존중하여야 하므로 이를 바로잡아 국고에 수납하는 것이 합리적이다. (라) 청구인은 쟁점법인이 관련법령을 잘못 이해하여 쟁점주식증여한 달의 2개월 내에 양도소득세 이월과세액을 납부하지 못하였고 쟁점법인이 청구인의 양도소득세 이월과세액을 납부함으로써 하여야 할 원천징수 신고 등을 생략하였다 하더라도, 현물출자로 받은 주식을 이전한 과세연도에 대한 쟁점법인의 법인세 과세표준을 신고할 때 ‘쟁점부동산에 대한 양도소득세 이월과세액’을 납부한 것은 명백한 사실이다. ‘전환법인 양도소득세 이월과세액’에 대한 처분청의 사후관리시점, 감사청의 감사시점 및 이 건 양도소득세의 경정․고지시점을 기준으로, 쟁점법인은 ‘쟁점부동산에 대한 양도소득세 이월과세액’을 납부하여 국고손실이 전혀 없었음에도 그 책임을 청구인에게 전가하여 납부지연가산세를 부과한 이 건 처분은 납세자의 성실한 납부행위를 무시한 행정이다.
(1) 조특법 제32조 제5항 제2호는 법인전환으로 취득한 주식의 100분의 50 이상을 처분(무상이전을 포함)한 경우 거주자는 이월과세액을 양도소득세로 납부하도록 하는 규정이고, 해당 규정에 ‘공동출자자가 공동출자자에게 법인전환으로 취득한 주식을 이전하는 경우’를 예외로 하지 않았다.
(2) 청구인은 쟁점법인이 양도소득세 이월과세액을 법인세액에 추가하여 납부하였으므로 납부지연가산세를 부과한 것을 취소하여야 한다고 주장하나, 청구인과 쟁점법인은 서로 다른 법인격체로 쟁점법인이 납부한 법인세를 청구인이 납부해야 할 양도소득세로 인정할 수 없다. 만약 쟁점법인이 청구인의 양도소득세 이월과세액을 납부하였다면, 청구인에 대한 상여처분과 그로 인한 종합소득세를 납부하였어야 하나 쟁점법인과 청구인은 위와 같이 신고한 사실이 없다. 또한 쟁점법인은 처분청이 이 건 양도소득세를 경정․고지한 이후 2024.8.8. 착오납부한 법인세(청구인의 양도소득세 이월과세액)를 경정청구하였고, 처분청은 법인세 OOO원과 국세환급가산금 OOO원을 환급하였으므로 청구인이 양도소득세를 납부하였다는 주장은 인정할 수 없으며, 청구인이 위 법인세를 환급받은 것은 납세자 스스로 감사지적 사항을 인정한 것이다.
① 현물출자한 부동산에 대하여, 양도소득세의 이월과세를 적용받은 후 현물출자로 취득한 출자지분의 50% 이상을 처분함에 따라 조특법 제32조 제5항 제2호를 적용하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분의 당부
② 가산세 감면에 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 조세특례제한법 제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. 다만, 해당 사업용고정자산이 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리인 경우는 제외한다.
② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.
③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.
④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조 제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.
⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립등기일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우
2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우 (2) 조세특례제한법 시행령 제29조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ⑥ 법 제32조 제1항에 따라 설립되는 법인(이하 이 조에서 “전환법인”이라 한다)이 같은 조 제1항에 따른 현물출자 또는 사업 양도ㆍ양수의 방법으로 취득한 사업용고정자산의 2분의 1이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제32조 제5항 제1호에 따른 사업의 폐지로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.
1. 전환법인이 파산하여 승계받은 자산을 처분한 경우
법인세법 제44조 제2항 에 따른 합병, 같은 법 제46조 제2항에 따른 분할, 같은 법 제47조 제1항에 따른 물적분할, 같은 법 제47조의2 제1항에 따른 현물출자의 방법으로 자산을 처분한 경우
3. 삭제 <2018. 2. 13.>
4. 전환법인이 채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우
⑦ 법 제32조 제5항 제2호의 처분은 주식 또는 출자지분의 유상이전, 무상이전, 유상감자 및 무상감자(주주 또는 출자자의 소유주식 또는 출자지분 비율에 따라 균등하게 소각하는 경우는 제외한다)를 포함한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 법 제32조 제1항을 적용받은 거주자(이하 이 조에서 “해당 거주자”라 한다)가 사망하거나 파산하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우
법인세법 제44조 제2항 에 따른 합병이나 같은 법 제46조 제2항에 따른 분할의 방법으로 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우
3. 해당 거주자가 법 제38조에 따른 주식의 포괄적 교환ㆍ이전 또는 법 제38조의2에 따른 주식의 현물출자의 방법으로 과세특례를 적용받으면서 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우
4. 해당 거주자가 채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우
5. 해당 거주자가 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우
6. 해당 거주자가 가업의 승계를 목적으로 해당 가업의 주식 또는 출자지분을 증여하는 경우로서 수증자가 법 제30조의6에 따른 증여세 과세특례를 적용받은 경우
⑧ 제7항 제6호에 해당하는 경우에는 수증자를 해당 거주자로 보아 법 제32조 제5항을 적용하되, 5년의 기간을 계산할 때 증여자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분을 보유한 기간을 포함하여 통산한다.
(3) 국세기본법 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우
3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 2020.12.22. 현물출자한 쟁점부동산에 대하여 이월과세 적용 신청서를 제출하면서 아래 <표1>과 같이 양도소득세를 신고하였다. <표1> 양도소득세 신고내역 (단위: 원) OOO (나) 쟁점법인은 청구인과 배우자 A가 쟁점부동산을 현물출자하여 설립되었고, 쟁점법인의 2020년부터 2021년까지 주식변동내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점법인의 주식변동상황명세서 (주, %) OOO (다) 청구인은 2021.8.2. 현물출자로 취득한 쟁점법인의 발행주식 55,000주 중 40,000주를 A에게 증여하였고, A는 2021.10.19. 아래 <표3>과 같이 증여세를 신고하였으며, 쟁점법인은 2022.3.31. 아래 <표4>와 같이 ‘법인전환에 대한 양도소득세 이월과세 OOO원’ 중 OOO원을 ‘감면분 추가납부세액’으로 하여 2021사업연도 법인세를 신고하였다. <표3> A의 증여세 신고내역 (단위: 개, 원) OOO <표4> 쟁점법인의 2021사업연도 법인세 신고내역 (단위: 원) OOO (라) 처분청은 2022.10.26. ‘청구인이 현물출자로 받은 주식의 50% 이상을 처분하고 이월과세액을 쟁점법인이 법인세로 납부하였다’는 사유로 쟁점법인의 양도소득세 공제감면에 대한 사후관리를 종결하였고, 감사청은 위 사후관리가 잘못된 것으로 보아 처분청에 청구인에게 양도소득세를 부과하도록 업무를 지시하였다. (마) 처분청은 2024.8.2. 감사청으로부터 감사내용을 통보받아 청구인에게 양도소득세 이월과세액 OOO원, 납부지연가산세 OOO원 합계 OOO원을 경정․고지하였다. (바) 쟁점법인은 2024.8.8. 처분청에 2021사업연도 법인세 중 ‘법인전환 양도소득세 이월과세 추가납부세액 OOO원을 환급하여 달라’는 취지의 경정청구를 하였고, 처분청은 2024.8.22. 쟁점법인에게 법인세 OOO원 및 국세환급가산금 OOO원을 환급하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 현물출자로 취득한 주식을 공동소유자인 현물출자자에게 이전한 것은 조특법 제32조 제5항 제2호에 따른 처분에 해당하지 않아 양도소득세 이월과세 추징대상이 아니라고 주장한다. 그러나 조특법 제32조 제1항은 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항 제2호는 사업용고정자산을 현물출자하여 법인으로 전환함에 따라 양도소득세 이월과세를 적용받은 거주자가 해당 법인의 설립등기일부터 5년 이내에 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우에는 해당 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다고 규정하고 있는바, 동 사후관리 규정에 공동사업자의 양도소득세 이월과세액 사후관리에 대한 별도 특례규정을 두고 있지 않고 있는 점, 양도소득세 이월과세 사후관리 규정상 공동사업자 간의 지분 처분에 대해 특례를 적용할 만한 합리적인 사유도 없어 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점법인이 청구인의 양도소득세 이월과세액을 법인세에 추가하여 국가에 납부하였으므로 청구인의 납부지연가산세는 취소되어야 한다고 주장한다. 그러나 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 않고, 법령의 부지 또는 오인은 위 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다 할 것(대법원 2004.9.24. 선고 OOO 판결 참조)인 바, 쟁점주식증여로 인해 이월과세된 양도소득세를 납부하여야 할 납세의무자는 쟁점법인이 아닌 청구인으로, 별개의 법인격을 가진 쟁점법인이 납부한 세액을 청구인이 납부한 세액으로 볼 수 없는 점, 쟁점법인이 착오로 납부한 양도소득세 이월과세액은 환금가산금을 포함하여 쟁점법인에게 환급된 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본 법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
쟁점①에 대하여 살피건대, 사후관리 규정에 공동사업자의 양도소득세 이월과세액 사후관리에 대한 별도 특례규정을 두고 있지 않고 있는 점, 양도소득세 이월과세 사후관리 규정상 공동사업자 간의 지분 처분에 대해 특례를 적용할 만한 합리적인 사유도 없어 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨쟁점②에 대하여 살피건대, 쟁점주식증여로 인해 이월과세된 양도소득세를 납부하여야 할 납세의무자는 쟁점법인이 아닌 청구인으로, 별개의 법인격을 가진 쟁점법인이 납부한 세액을 청구인이 납부한 세액으로 볼 수 없는 점, 쟁점법인이 착오로 납부한 양도소득세 이월과세액은 환금가산금을 포함하여 쟁점법인에게 환급된 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨