쟁점부동산의 실지취득가액이 불분명한 것으로 보아 그 취득가액을 환산취득가액으로 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

[사건번호] 조심2025전1490 (2025.07.10) [세 목] 양도 [결정유형] 기각 --------------------------------------------------------------------------------- [제 목] 쟁점부동산의 실지취득가액이 불분명한 것으로 보아 그 취득가액을 환산취득가액으로 적용하여야 한다는 청구주장의 당부 [결정요지] 신축공사를 수주한 ㅇㅇ건설이 청구인에게 발행한 세금계산서상 금액은 000원으로 확인되고, 이는 기성공사금액과 일치하며, 청구인은 스스로 부가가치세 신고시 매입세액으로 하여 매입세액공제를 받은 것으로 나타나는바, 이를 취득 당시 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비된 경우로 보기 어려운 점, 처분청은 이 건 건물의 신축공사와 관련하여 청구인이 제출한 설계 및 공사감리계약서, 상수관로연결공사 설계비용 및 지적공사비용 관련 입금증, 취·등록세 신고서 등 객관적 증빙자료를 통해 확인된 금액을 모두 합산하여 쟁점건물의 취득가액으로 인정한 것으로 나타나는 점, 쟁점부동산을 취득하는데 소요된 추가적인 취득가액이 있다면 나머지 취득가액에 대해서도 다른 증빙자료에 의하여 그 지출사실을 입증하여야 할 것이지 취득가액 전체를 환산가액으로 적용할 것은 아닌 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점부동산의 실지거래가액이 불분명하여 환산취득가액을 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단됨 [관련법령] [참조결정] 조심2022전6889 [따른결정] --------------------------------------------------------------------------------- [주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 A와 공동으로 2002.10.4. 충청남도 당진시 OOO 등 3필지 토지 15,885m2(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후, 2003.2.21. 그 지상에 장례식장용 건물 3,546.92m2(이하 “이 건 건물”이라 하고, 청구인이 취득한 지분 2분의 1을 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하였고, 2006.5.30. A가 보유한 이 건 토지와 이 건 건물의 지분 2분의1(이하 “쟁점지분”이라 하고, 이를 쟁점건물과 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득하였으며, 2022.11.30. 아래 <표1>과 같이 청구인이 소유한 쟁점부동산 등을 ㈜A에게 OOO원에 일괄 양도하였다. <표1> 청구인이 양도한 부동산 내역 ㅇㅇㅇ
• 나. 청구인은 2023.1.31. 양도소득세 신고시 쟁점부동산의 취득가액은 실지거래가액이 불분명한 것으로 보아, 환산취득가액을 적용(아래 <표2> 기재)하여 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.
• 다. 처분청은 청구인의 양도소득세 신고내용에 대한 세무조사를 실시한 결과, 아래 <표2>와 같이 쟁점건물의 공사업체로부터 수취한 세금계산서상 공사대금, 전소유자의 양도소득세 신고서상 매매가액 및 취·등록세 등의 합계 OOO원을 쟁점부동산의 취득가액으로 보아 2024.8.16. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다. <표2> 쟁점부동산의 취득가액 관련 청구인 신고 및 처분청 경정내역 ㅇㅇㅇ
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2024.10.28. 이의신청을 거쳐, 2025.2.21. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 쟁점부동산의 취득가액을 산정함에 있어 청구인이 신고한 환산취득가액을 부인하고, 이 건 양도소득세 신고내용에 대한 세무조사과정에서 확인한 가액을 쟁점부동산의 실지거래가액으로 산정한 것은 다음과 같은 사유로 위법·부당하다. (가) 쟁점건물의 경우, 시공사와 작성한 도급계약서상 공사금액 외에도 설계비, 냉난방시설비, 상수관로 연결비 등의 공사비용이 소요되었으나, 오랜 시간의 경과로 신축공사비 전부에 대한 증빙을 보관하지 않았기에 쟁점건물의 신축에 실제로 소요된 비용을 입증하기 어려운 측면이 있다. (나) 청구인은 A와 공동으로 장례식장을 운영하였으나, 2006.5.30. A로부터 쟁점지분을 매입하면서 토지와 건물에 대한 가액의 구분없이 일괄하여 매매계약을 체결하였다. A는 청구인에게 쟁점지분을 매도한 후 2006년 귀속 양도소득세를 신고하면서 실지양도가액으로 신고하였고, 해당 금액은 쟁점지분의 가치평가에 따른 순수한 부동산 가액만을 포함하고 있으나, 청구인은 쟁점지분을 매입하면서 해당 금액 외에도 당진장례식장의 영업권 지분에 상당하는 거액의 보상금을 지급하였다. 따라서 청구인으로서는 A가 양도가액으로 신고한 쟁점지분의 가액이 아닌, 청구인이 A에게 추가로 지급한 금액까지 합산하여 실제 지급한 금액을 실지취득가액으로 반영하여야 할 것이나, 청구인이 A로부터 쟁점지분을 취득한지 16년 이상이 경과하여 청구인이 지급한 금액을 입증할 수 있는 금융증빙 등의 확보가 어려웠기에 부득이하게 쟁점지분의 취득가액을 환산취득가액으로 하여 신고한 것이다. (다) 소득세법 제97조 제1항 에 따라 양도자산의 필요경비 계산시 취득가액은 실지거래가액으로 하는 것이 원칙이고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액을 적용하도록 규정하고 있으며, 소득세법 제114조 제7항 및 같은 법 시행령 제176조의2 제1항 내지 제2항에서 환산취득가액은 실지취득가액을 확인할 수 없는 경우 실지양도가액을 기준으로 취득당시 양도자산의 기준시가로 환산하는 방법으로 규정하고 있다. (라) 쟁점부동산은 ① 쟁점건물의 신축시 시공사로부터 교부받은 세금계산서상의 공급가액 외에 추가로 지출한 자본적 설비 등에 대한 공사대금의 증빙이 없어 쟁점건물 전체 건축비를 입증하기 어려웠고, ② A로부터 매입한 쟁점지분과 관련해서는 A가 신고한 양도가액에 더하여 지출한 대금을 입증할 증빙이 없었기에 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우로 보아 부득이하게 관련 소득세법령의 규정에 따라 쟁점부동산의 취득가액을 환산취득가액으로 추계하여 신고하게 된 것이다. (마) 이와 같이 쟁점부동산의 취득과 관련한 실지거래가액에 관한 증빙이 부족하여 모두 입증되지 않으므로 쟁점부동산의 취득에 관한 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 보아야 할 것이고, 이에 따라 쟁점부동산의 취득가액은 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액을 순차적으로 적용하여야 할 것이나, 취득 당시 매매사례가액이나 감정가액은 확인되지 아니하므로 소득세법 시행령 제176조 의 2 제2항 제2호의 규정에 따른 환산취득가액을 적용하는 것이 타당하다고 할 것이다.

(2) 처분청이 조사에 의해 산정한 쟁점건물의 실지취득가액은 다음과 같은 사유로 객관적으로 확인된 가액으로 볼 수 없기에 이를 인정하기 어렵다. (가) 처분청은 쟁점건물의 신축과 관련하여 당시 공급자인 (유)B이 총공급가액 OOO원의 세금계산서를 발급한 사실이 있고, 이에 취·등록세, 설계·감리비용, 상수관로 연결공사, 지적공사 측량비용 등 OOO원을 반영하여 청구인의 지분 1/2 해당분인 OOO원이 쟁점건물 신축과 관련한 실지거래가액이라는 의견이다. 그러나, 처분청은 쟁점건물의 신축과 관련한 비용 일부에 해당하는 증빙만을 토대로 하여 건물의 실지취득가액을 계산한 것에 불과하다. 처분청은 당초 쟁점건물의 신축공사를 수주하였던 (유)B이 발행한 세금계산서상의 공급가액 OOO원과 기타비용을 합한 급액의 1/2 상당액 OOO원을 쟁점건물의 신축비용으로 보고 있으나, (유)B은 세금계산서를 발행한 후에도 추가공사비를 청구하여 공사비 총괄표상의 공사비용 OOO원을 요구하였기에 상호 다툼이 발생하였고, 최종적으로는 정산서상의 가액인 OOO원을 공사비로 지급하였으나 추가 지급분에 해당하는 세금계산서를 수취하지 못하여 부가가치세 신고시 반영하지 못하였던 것이다. 또한 영세업체에 의뢰한 공사가 많았음에도 공사업체의 사정에 의해 공사비 지급에 관한 주요 증빙을 수취하지 못하였거나 수취한 증빙을 보관하지 못하여 이를 제시하지 못한 것이다. 청구인이 일부 보관하여 제출한 공사비 관련 증빙만 살펴보더라도 (유)B과 공사비정산서에 의해 합의하여 지급한 금액 OOO원은 처분청이 실제 공사비로 결정한 OOO원과 약 OOO원의 금액이 차이가 있고, 기타 증빙을 갖추지 못한 많은 공사비용을 입증하기 어려웠기에 청구인은 환산취득가액으로 신고할 수 밖에 없었다. 청구인이 쟁점건물을 신축한 때로부터 장기간이 경과하여 신축과 관련한 증빙이나 실제 공사비 지급과 관련한 금융증빙 등을 확보하기 어려웠고, 실지거래가액을 입증할 수 없는 상태였기에 청구인이 쟁점건물의 취득가액을 환산취득가액으로 신고할 수 밖에 없는 사정이었음에도, 처분청은 쟁점건물의 신축과 관련한 증빙의 일부에 불과한 세금계산서상의 공급가액만을 전체 공사대금으로 보아 쟁점건물의 실지취득가액으로 판단하였으나, 이는 쟁점건물의 실제 공사비에 한참을 미치지 못한 가액이므로 실지거래가액으로 볼 수 없다. (나) 또한, 처분청은 청구인이 동업자 A로부터 취득한 쟁점지분의 취득가액을 A의 양도소득세 신고내용과 부동산거래계약 신고필증상의 거래가액 및 취·등록세 과세표준과 일치한다는 사유로 쟁점지분의 취득가액 OOO원에 취·등록세 OOO원을 합한 OOO원을 실지취득가액으로 산정하면서도, 청구인이 주장한 추가 지급분에 대하여는 관련 금융증빙이나 양수도계약서 등이 확인되지 않는다는 사유로 인정하지 아니하였다. 청구인은 A와 쟁점부동산을 공유하면서 공동으로 장례식장을 운영하다가 2006년도에 쟁점지분 전체를 A로부터 청구인이 인수하게 되었고, A가 신고한 양도가액은 A가 쟁점지분을 양도하면서 본인이 보유한 쟁점지분에 대해 감정평가를 받아 산출한 순수한 부동산만의 가액으로서, 청구인은 공동사업에 대한 영업권도 함께 인수하면서 대금을 지급하였던 것이나, 영업권 인수대금과 관련한 금융증빙 등을 보관하고 있지 아니하여 이에 대한 실지거래가액을 제시하기 어려웠기에 실지취득가액으로 신고하지 못했던 것이다. 즉, 청구인과 A는 원만하게 잘 운영되고 있었던 OOO의 영업권을 쟁점지분과 함께 양수도하기로 약정하였고, 이에 따라 영업권에 상당하는 거액의 보상액을 지급하였으나, 양도인 A의 입장에서는 양도세 신고시, 영업권 보상액을 더하여 양도가액으로 신고할 하등의 이유가 없으므로 순수한 부동산의 양도가액만을 신고한 것이고, 청구인의 입장에서는 쟁점지분의 자본적 지출과 실질적으로 동일한 영업권 보상액을 취득가액에 포함할 수 밖에 없는 것이다. 그러나 청구인이 쟁점지분을 취득한 것은 16년 이상이 경과하여 지급 관련 금융증빙이나 이면약정서 등을 보관하고 있지 아니하여 실지거래가액으로 신고할 수가 없었기에 차선으로 환산취득가액을 적용하여 추계신고한 것이다. 일반적인 상거래 관행이나 사회통념에 비추어 보아도, 영업이 잘되고 있는 공동사업에서 공동사업자가 본인의 사업용자산 지분을 양도하면서 영업권의 양도에 대한 대가없이 순수한 부동산 가치 상당액만을 평가하여 양도한다는 것은 존재하기 어렵다.

(3) 처분청은 조사 개시 후 수차례에 걸쳐 증빙자료의 제출을 요구하였음에도 청구인이 일부 증빙만을 제출하였다는 의견이나, 청구인은 쟁점부동산의 취득과 관련한 증빙을 찾고자 최선을 다해 노력하였음에도 보관된 일부 증빙 외에는 대부분의 증빙이 분실되거나 보관되어 있지 아니하여 존재하고 있는 증빙은 모두 제출하였던 것이고, 다른 증빙이 존재함에도 고의적으로 이를 은폐하거나 제출하지 않은 것은 절대 아니다. 당초부터 관련 증빙이 모두 존재하고 있었다면 구태여 환산취득가액으로 신고할 이유가 없고, 증빙이 없어 실지취득가액을 입증하기 어려웠기에 환산취득가액을 신고하였던 것임에도, 이러한 사정에 대한 고려 없이 처분청이 쟁점건물 신축 공사비 중 일부에 불과한 (유)B의 세금계산서만을 토대로 쟁점부동산 취득과 관련한 실지거래가액으로 결정한 것은 과도한 조사권의 남용이며, 과세편의적 결정이다. 결국, 처분청이 쟁점부동산의 실지취득가액으로 결정한 근거는 쟁점부동산의 취득비용 중 일부 증빙만을 토대로 적용한 것에 불과하고, 쟁점부동산의 실지취득가액이 객관적으로 확인되지 아니하여 불분명하다고 할 것이므로 소득세법에서 규정한 바에 따라, 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액을 순차적으로 적용하여야 할 것이며, 매매사례가액과 감정가액이 없기에 환산취득가액을 적용하여 취득가액을 산정하는 것이 적법·타당함에도 일부 증빙만을 토대로 실지거래가액이 확인되는 것으로 보아 과세의 정당성을 주장하는 처분청의 의견은 적법하지 않다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점부동산의 실제 취득가액을 알 수 없다고 주장하나, 쟁점부동산에 대한 실지취득가액은 부동산신고거래내역, 전소유자의 양도소득세 신고내역. 계약서 등에 의해 매매거래의 중요한 부분이 확인된다. 매매계약서 등이 실제와 다르거나 매매계약서상 거래금액 이외에 지출된 필요경비(자본적 지출 등)가 있는 경우 그 지출에 관한 증명서류를 수취·보관하거나 실제 지출사실을 금융거래 증명서류 등을 통해 필요경비로 인정받아야 할 것이나, 청구인은 2024.4.17. 조사개시 이후 수차례의 자료제출요구에도 불구하고 관련 증빙이 없다는 입장만 일괄되게 주장할 뿐, 일체 금융거래내역 등을 제출하지 아니하였고, 2024.5.2. 청구인의 국외출장으로 자료준비 기간이 부족하다는 사유로 2024.5.7.부터 2024.5.17.까지 조사 중지를 신청하였으며, 조사가 재개된 이후에도 거래 관련 증빙을 일체 제출하지 아니하였고, 2024.5.24.) 3장의 의견서 및 당진장례식장 정산서 등 일부 자료만을 제출하였고, 금융거래내역은 미제출하여 2024.5.27. 조사가 종결되었다.

(2) 청구인은 쟁점건물의 신축시 도급계약서상 공사금액 외에 기타 공사비용이 소요되었으나 이에 대한 증빙이 없어 입증하기 어려우므로 환산취득가액을 적용하여 신고하였다고 주장하나, 청구인은 2002년 11월 당시 이 건 토지 및 건물에서 OOO(부동산업, 임대업)을 운영하던 사업자로, 2002년 제2기부터 2003년 제1기까지의 부가가치세 신고시 이 건 건물에 관한 매입세액공제를 받은 것으로 나타나고, 매입세금계산서의 발행처는 (유)B로, 해당 기간동안의 총 공급가액은 OOO원으로 확인된다. (유)B이 발행한 매입세금계산서상 금액은 (유)B이 OOO에 제출한 건설공사 실적자료의 기성금액과 일치한 것으로 확인되나, 이 외 청구인이 수취한 세금계산서 내역은 확인되지 아니한다. 처분청은 청구인이 (유)B 공사분 외에 추가 공사비가 있다고 주장함에 따라 이에 대한 증빙서류 등을 여러 차례 요청하였으나, 청구인은 관련 자료를 제출하지 아니하다가 2024.5.24.에 이르러 OOO 정산서, 공사비 총괄표, 설계계약서, 냉·난방공조비 견적서 등 일부를 제출하였다. 처분청은 청구인이 제출한 자료 등을 근거로 이 건 건물에 대한 (유)B의 공사비 OOO원(부가가치세 제외)과 추가 제출 증빙을 통해 확인된 취·등록세, 설계감리비용, 상수관로 연결공사, 지적공사측량비용 등 OOO원을 합산한 후 이 중 청구인 지분 2분의 1에 해당하는 OOO원을 실지취득가액으로 인정하였다.

(3) 청구인이 쟁점지분을 취득할 당시 ‘OOO’는 투기지역으로 지정되어 전소유자 A는 양도소득세를 실지거래가액 OOO원으로 양도가액을 신고하였고, 이는 부동산거래계약 신고필증 거래가액과 취·등록세 과세표준과 일치하므로 소득세법 제97조 제7항 및 같은 법 시행령 제163조 제11항 등에 따른 실지거래가액에 해당한다. 청구인은 전소유자인 A가 신고한 양도가액은 감정평가를 받아 산출한 순수한 금액으로, 이 외에 영업권 인수명목으로 추가로 지급한 금액이 있으나 이에 관한 금융증빙 등이 없어 취득가액이 불분명하다고 주장하나, 청구인은 처분청의 조사 당시 감정평가에 대한 주장을 전혀 하지 않았고, 청구인의 주장을 입증할만한 감정평가서, 감정평가수수료 지급에 관한 금융거래내역 등 이에 대한 어떠한 증빙도 제출하지 못하고 있으며, A와 영업권 등에 관하여 합의한 계약서도 전혀 확인되지 않으므로 청구인의 주장을 받아들이기는 어렵다. (4) 따라서 쟁점부동산의 취득가액은 부동산거래신고내역 및 부가가치세 신고내역 등에 의해 실지거래가액이 확인되므로 환산취득가액을 적용하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 실지취득가액이 불분명한 것으로 보아 그 취득가액을 환산취득가액으로 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2021.12.8. 법률 제18758호로 일부개정된 것) 제94조 (양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
• 나. 제1항 제1호 나목 및 제114조제7항에 따라 환산취득가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법 개정 법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 “의제취득일”이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액
• 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산취득가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

• 가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산취득가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액
• 나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

⑦ 제1항 제1호 가목을 적용할 때 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 양도한 거주자가 그 자산 취득 당시 대통령령으로 정하는 방법으로 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 그 거주자의 취득 당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 해당 자산에 대한 전 소유자의 양도가액이 제114조에 따라 경정되는 경우

2. 전 소유자의 해당 자산에 대한 양도소득세가 비과세되는 경우로서 실지거래가액보다 높은 가액으로 거래한 것으로 확인한 경우 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (2) 소득세법 시행령(2022.10.27. 대통령령 제32964호로 일부개정된 것) 제89조(자산의 취득가액등) ① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산 외의 자산은 해당 자산의 취득 당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액 제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다

1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과 부가가치세법 제10조 제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.(각 호 생략)

⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액”이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 2002.10.4. A와 공동으로 이 건 토지의 각 지분 2분의 1을 취득한 후, 2003.2.21. A와 공동으로 이 건 건물을 신축하여 각 지분 2분의 1을을 취득하였고, 2 006.5.30. A로부터 쟁점지분(이 건 토지ㆍ건물의 지분 1/2)을 취득하였다. (나) 청구인은 2022.11.30. 쟁점부동산을 다른 부동산과 함께 ㈜A에게 OOO원에 일괄 양도하였다. (다) 청구인은 2023.1.31. 양도소득세 신고시 쟁점부동산의 취득가액을 환산취득가액 OOO원으로 하여 2022년 귀속 양도소득세를 신고하였다. (라) 처분청은 2024.8.16. 청구인이 당초 신고한 쟁점부동산의 환산취득가액을 부인하고, 공사업체로부터 수취한 세금계산서, 전소유자의 양도소득세 신고내역 등으로 확인한 OOO원을 쟁점부동산의 실지거래가액으로 보아 이 건 양도소득세를 경정·고지하였다. <표3> 쟁점부동산의 취득가액 관련 신고 및 경정내역 ㅇㅇㅇ (마) 청구인은 쟁점부동산의 취득가액을 확인하기 어렵다는 주장으로, 아래와 같은 자료를 제출하였다.

1. 청구인이 제출한 이 건 건물의 공사비 정산서상 공사비용은 OOO원으로 기재되어 있고, 공사비 총괄표에서 이 건 건물의 공사비용은 OOO원으로 기재되어 있는바, 최종 영수금액을 확인할 수 있는 증빙은 제출하지 아니하였다.

2. 청구인은 쟁점지분의 전소유자인 A에게 OOO원 이외에 추가로 영업권 명목으로 일정 금액을 지급하였다고 주장하나, 이를 입증할만한 양수도계약서, 금융거래내역 증빙 등은 제출하지 아니하였다.

3. 청구인은 쟁점부동산의 장부가액을 확인할 수 있는 OOO의 재무제표, 고정자산명세서 등은 분실하였다고 소명하였다. (바) 처분청은 쟁점건물의 신축공사를 수주한 (유)B이 발행한 매입세금계산서, 용역계약서 및 입금증, 취·등록세 신고서등으로 쟁점건물의 취득가액(OOO원)을 산정한 것으로 나타난다. <표4> 처분청이 인정한 쟁점건물의 취득가액 ㅇㅇㅇ

1. 처분청이 제출한 OOO의 2002년 제2기부터 2003년 제1기까지 부가가치세 신고내역에 따르면, 이 건 건물의 신축에 관하여 제출된 공급대가는 OOO원으로, 이는 (유)B[구 (유)C]이 OOO에 신고한 기성공사계약금액과 일치한다. <표5> (유)B에 관한 매입세금계산서 제출내역 ㅇㅇㅇ <표6> OOO에 신고한 (유)B의 건설공사 실적자료 ㅇㅇㅇ

2. 처분청은 건설공사비 외 ① 청구인이 ㈜D와 체결한 쟁점건물의 설계계약서 및 공사감리계약서(OOO원), ② ㈜E로부터 수령한 상수관로연결공사 설계비용 관련 입금증(OOO원, 작성일자 2002.11.27.), ③ OOO로부터 수령한 지적공사비용 입금증(OOO원, 작성일자 2002.10.14.)에 기재된 금액 합계 OOO원의 2분의1을 쟁점건물의 취득가액에 합산하였다.

3. 처분청은 청구인과 A가 2003.3.5. 이 건 건물의 과세표준을 OOO원으로 하여 신고·납부한 취·등록세 OOO원의 2분의1을 쟁점건물의 취득가액에 합산하였다. (사) 처분청은 쟁점지분의 전소유자가 신고한 양도가액과 취·등록세 신고서에서 확인된 금액을 쟁점지분의 취득가액(OOO원)으로 산정하였다고 답변하면서 아래와 같은 자료를 제출하였다.

1. 처분청이 제출한 자료에 따르면, 쟁점지분의 전소유자인 A의 양도소득세 신고서(2007.5.31.)상 쟁점지분의 양도가액은 실거래가액 OOO원으로 기재되어 있고, 이는 부동산거래계약신고필증에 따른 거래가격 OOO원과 일치한다. <표7> 부동산거래계약신고필증상 거래가격 ㅇㅇㅇ

2. 처분청이 제출한 국세청 전산조회내역에 따르면, 청구인은 2006.5.30. 쟁점지분의 취득세 과세표준을 OOO원으로 하여 취·등록세 OOO원을 신고·납부한 것으로 조회된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. 청구인은 쟁점부동산의 취득당시 실거래가액을 확인하기 어려우므로 환산가액을 적용하여야 한다고 주장하나, 소득세법 제97조 의 규정에 의한 양도소득의 필요경비 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증하게 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요가 납세의무자에게 있다 할 것인바(대법원 2022.1.13. 선고 2021두52426 판결 외 다수), 이 건 건물의 신축공사를 수주한 (유)B이 2002년 제2기부터 2003년 제1기까지 청구인에게 발행한 세금계산서상 금액은 OOO원으로 확인되고, 이는 (유)B이 OOO에 신고한 기성공사금액과 일치하며, 청구인은 스스로 처분청이 인정한 금액 상당액을 부가가치세 신고시 매입세액으로 하여 매입세액공제를 받은 것으로 나타나는바, 이를 취득 당시 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비된 경우로 보기 어려운 점, 처분청은 (유)B이 발행한 세금계산서로 확인된 공사비 외에도 이 건 건물의 신축공사와 관련하여 청구인이 제출한 설계 및 공사감리계약서, 상수관로연결공사 설계비용 및 지적공사비용 관련 입금증, 취·등록세 신고서 등 객관적 증빙자료를 통해 확인된 금액을 모두 합산하여 쟁점건물의 취득가액으로 인정한 것으로 나타나는 점, 청구인은 쟁점지분과 관련하여 부동산거래계약신고필증 등에 기재된 거래금액 이외에 추가로 지급한 금액이 있다고 주장하면서도, 이를 입증할만한 금융거래내역 등 구체적이고 객관적인 증빙은 제출하지 못하고 있는 반면, 부동산거래계약신고필증에 기재된 거래금액 은 전 소유자인 A의 양도소득세 신고서상 양도가액, 청구인의 취득세 과세표준과 일치하는 것으로 확인되는 점, 쟁점부동산을 취득하는데 소요된 추가적인 취득가액이 있다면 나머지 취득가액에 대해서도 다른 증빙자료에 의하여 그 지출사실을 입증하여야 할 것이지 취득가액 전체를 환산가액으로 적용할 것은 아닌 것으로 보이는 점(조심 2022전6889, 2022.10.20., 같은 뜻임) 등에 비추어 쟁점부동산의 실지거래가액이 불분명하여 환산취득가액을 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.