청구법인은 세무조사 당시 매출내역의 관리는 쟁점장부를 통해 이루어지고 있다는 부분을 인정하였고, 처분청의 매출장부 관련 소명 요청에 따라 실제 매출거래와 차이가 있는 매출내역을 수정한 쟁점장부를 처분청에 제출한 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
청구법인은 세무조사 당시 매출내역의 관리는 쟁점장부를 통해 이루어지고 있다는 부분을 인정하였고, 처분청의 매출장부 관련 소명 요청에 따라 실제 매출거래와 차이가 있는 매출내역을 수정한 쟁점장부를 처분청에 제출한 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
[사건번호] 조심2025전1464 (2025.07.14) [세 목] 부가 [결정유형] 기각 --------------------------------------------------------------------------------- [제 목] 쟁점장부에 기재된 거래금액을 청구법인의 매출신고누락액으로 보아 법인세 및 부가가치세를 부과한 처분이 근거과세원칙에 위배된다는 청구주장의 당부 [결정요지] 청구법인은 세무조사 당시 매출내역의 관리는 쟁점장부를 통해 이루어지고 있다는 부분을 인정하였고, 처분청의 매출장부 관련 소명 요청에 따라 실제 매출거래와 차이가 있는 매출내역을 수정한 쟁점장부를 처분청에 제출한 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. [관련법령] 국세기본법 제16조 [참조결정] [따른결정] --------------------------------------------------------------------------------- [주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청이 과세근거로 삼은 쟁점장부는 청구법인 소속 6∼7명의 영업사원이 각자 영업한 거래내역을 엑셀파일 형태로 전산으로 입력한 후 월별로 취합하여 개인컴퓨터에 보관하던 것으로, 과거 청구법인에 근무하였던 직원 중 한 명이 제보한 자료로 추정된다.
(2) 그러나 쟁점장부는 다음과 같은 사유로 과세의 근거로 채택할 수 있는 증빙자료로서의 신뢰성 검증이 생략되었다. (가) 쟁점장부는 2019년 1기부터 2022년 2기까지의 기간동안 총 23,348건의 거래내역이 기록된 엑셀형태의 전산파일로, 언제든지 가공 편집할 수 있고, 악의적인 의도를 가지고 실매출보다 부풀려서 사후 편집가공할 수 있는 가능성을 배제할 수 없다. 쟁점장부는 청구법인의 영업사원(이하 “제보추정자”라 한다)이 제보한 것으로 추정되는데, 제보추정자는 청구법인의 영남지역 거래처 에 대한 영업관리를 총괄하였고, 평소에 청구법인에게 금전적 수당문제로 악감정을 갖고 있다가 2021.11월 퇴사이후 청구법인을 상대로 관할 지방노동청에 퇴직금 정산, 시간외수당 등 악의적 고소를 하여 사후 조정중재로 금전적 배상을 한 사실이 있으며, 과거 재직중에도 영업수당을 더 받기 위해 매출을 허위로 보고하는 행위를 하여 적발되어 경위서를 제출한 사실이 있고, 퇴사 이후에는 사업장을 방문하여 내부 전산자료를 무단 인출하여 세무조사 협박을 하는 등 개인적 악감정을 갖고 청구법인을 해하고 탈세포상금을 과다하게 지급받을 목적으로 실제보다 매출액을 부풀려서 가공편집할 동기가 충분한 상황이었다. 이는 탈세제보 포상금과도 직접적으로 관련이 있어 제보추정자의 의도대로 편집가공할 유인책이 충분하다고 판단된다. 현재 청구법인은 제보추정자 및 퇴사직원 1명을 업무상 배임, 영업비밀 누설, 공갈 등 혐의로 충북지방경찰청에 고발한 상태이다. (나) 처분청이 한 이 건 법인세 등의 부과처분은 쟁점장부의 내용이 사실에 부합되는지에 대한 사실관계 조사가 이루어지지 않았으며, 매출누락에 의한 과세표준을 경정시에 매출누락처를 확정하지 않고 과세하였기에 국세기본법 제16조 제3항 에 규정한 근거과세 원칙에 위배되는 처분으로 판단된다. 쟁점장부는 조사과정 중 사업장에서 예치한 자료도 아니고, 출력물로 인쇄된 자료도 아니며, 쟁점장부를 청구법인의 대표이사가 결제한 사실도 없는 청구법인의 대표이사 관리권 밖에 있던 단순 출처불명의 전산파일이다. 또한 쟁점장부의 기재된 거래처명은 국세청에 등록된 상호와 동일한 상호 로 관리되어 있지 않고, 청구법인측 임의의 거래처명으로 전산관리를 하고 있었으나, 이러한 거래처명도 불명확한 자료를 과세근거로 보았다는 것은 과세자료로서의 신뢰성을 의심할 수밖에 없다. 그러나 처분청은 세무조사시 과세근거로 삼은 쟁점장부에 기재된 매출액, 거래처, 품목, 수량, 일자, 담당영업사원 등이 실제 거래처별로 자료에 기재된 내용대로 매출이 이루어졌는지를 거래처별로 조사하여 거래처별로 신고금액과 대사하여 일자, 품목, 수량등을 구체적으로 명시하여 쟁점장부와 대조한 후 차액을 매출누락액으로 확정하여야 할 것이나, 세무조사 종료시 날인한 확인서는 부가가치세 과세기간별이 아닌 년도별 매출액을 기재되어 있고, 과세기간별로 매출액을 집계하여 신고금액과의 차액을 매출누락으로 확정하여 조사결과를 통지하였으므로 위법한 처분이다. (다) 쟁점장부는 청구법인이 과세표준을 신고한 내용의 입증자료가 아닌 처분청이 수집한 자료에 해당하고, 처분청이 수집한 자료를 근거로 과세시 이에 대한 입증책임은 처분청에 있다. 과세자료에 대한 매출신고 여부의 소명이 충분치 못하다 하여 과세요건이 충족했다고 볼 수 없고, 과세자료 내용상의 거래 건별로 ① 실제 기록내용과 동일하게 거래가 이루어졌는지, ② 실제 동일하게 거래가 이루어졌다면 청구법인의 신고 여부를 검증한 후 위 두가지 요건이 충족하였다면 신고누락분에 대해서 과세를 할 수 있는 것이다. 처분청은 조사종결시 청구법인으로부터 확인서를 수취하였으므로 쟁점자료가 과세근거로 충분하다는 의견이나, 확인서 상 기재된 매출누락금액은 부가가치세 과세 기간별 금액이 아닌 연도별 매출누락금액을 기재하였고, 이후 첨부서류로 ”해당사업년도 매출장부 1부“라고 기재되어 있다. <표2> 확인서상 매출누락금액 ㅇㅇㅇ 확인서에 첨부한 해당 사업연도 매출장부는 쟁점장부를 출력한 것으로 추정되나, 이 외 어떠한 거래 건을 매출누락으로 확정하였는지구체적인 내용을 알 수가 없으므로 확인서의 증거력은 상실되었다고 보아야 한다.
(3) 쟁점장부는 청구법인의 실제 매출내역과는 상이하므로 이를 토대로 이 건 법인세 등을 부과한 처분은 부당하다. (가) 청구법인의 지역별 A(주) 유통센터(이하 “A”라 한다)의 경우 거래구조상 신고누락이 발생할 수 없으나, 처분청이 과세근거로 삼은 쟁점장부상에는 포함되지 아니한 A 매출액이 확인되므로 쟁점장부를 신뢰하기 어렵다. 청구법인의 매출거래처는 전국의 지역농협, 농기계센터 등 사업자, 농민 등 비사업자와 같이 크게 3가지로 분류할 수 있고, 이 중 전국의 지역농협은 청구법인의 신고 수입금액 대비 약 29.4%(아래 <표3>기재)를 차지하는 가장 매출비중이 큰 거래처이다. <표3> 청구법인의 거래처 중 지역농협 매출비중 ㅇㅇㅇ A는 아래 <표4>과 같이 각 지역별로 권역을 나누어 각 지역농협에서 구매한 타이어에 대해 권역별 A 유통센터별로 월말에 구매내역을 정산하여 세금계산서를 발행받고 다음 달 20일∼25일경 결제하는 시스템으로 운영하고 있고, 정확한 금액에 대한 세금계산서를 발행해야 대금 지급을 받을 수 있는 거래처로, 매출누락이 발생될 수 없는 구조이다. <표4> A의 권역별 유통센터 ㅇㅇㅇ 쟁점장부상 A 거래처명을 <표4>의 5개 권역의 유통센터로 분류한 후 부가가치세 신고내역상 매출액과 쟁점장부와의 매출액을 비교하면, 2019년 제1기부터 2021년 제2기까지 약 OOO원의 차이가 존재(아래 <표5> 기재)한다. <표5> 부가가치세 신고내역과 쟁점장부에 따른 매출액 차이 ㅇㅇㅇ 쟁점장부는 영업사원의 수당과도 직결되기에 쟁점장부에 따른 매출액이 신고된 매출액보다 적다면 영업수당에서 손실을 볼 수 있고, 반대의 경우에는 영업수당을 과다하게 지급할 수밖에 없기에 최소한 A와의 거래만큼은 정확하게 신고금액과 일치해야 쟁점장부의 신뢰성을 담보할 수 있다. 일례로, 2020년 제1기부터 2021년 제2기까지 A 제주유통센터와의 거래의 경우, 매월 발행한 세금계산서와 쟁점장부의 월별 매출액이 정확하게 일치한다. <표6> A(주)제주유통센터 매출액 ㅇㅇㅇ 정상적으로 사실과 부합되게 입력 관리된 거래처는 신고금액과 쟁점장부가 동일한 결과값이 나올 수밖에 없으나, A와의 거래내역이 차이가 발생하므로 쟁점자료는 신뢰할 수 없다고 판단된다. 또한 권역별 A 외에도 “OOO”이라는 상호가 들어간 거래처에 세금계산서 발급내역에 관하여도 세금계산서 발행시기와 비슷한 시기의 쟁점장부상 거래기록을 확인할 수 없는 건도 다수 확인할 수 있다. <표7> 상호에 ”OOO“이 포함된 거래처의 세금계산서 발급내역 ㅇㅇㅇ (나) 처분청은 거래처명이 공란으로 처리된 내역을 쟁점매출누락액에 포함하였으나, 거래처가 공란이거나 단순 지역명으로 기재된 매출기록의 경우, 청구법인의 영업사원이 실제 영업실적보다 수당을 더 많이 받을 목적으로 사실과 다르게 쟁점장부를 조작하거나 사후 편집한 것으로 추정된다. 2019 사업연도에 쟁점장부상 거래처명이 공란으로 처리된 건은 총 246건, OOO원으로, 거래처명은 강원양구, 경기김포, 경북구미와 같이 단순 지역명으로 표기되어 있고, 연락처가 기재되지 않는 등의 내역이 다수 확인되며, 현금수령, 계좌이체, 신용카드를 제외한 미수금으로 처리된 건은 별도의 ERP 시스템이 도입되지 않은 상태에서 엑셀형태의 쟁점장부료만 매출내역을 관리하였다면 개별 영업사원들이 거래처가 불명인 상태로 미수금 관리를 어떻게 할 수 있었는지 상식적으로 납득하기 어렵다. 처분청은 현금영수증은 신고기한 전 고액으로 발행할 수 있어 거래처명이 불명확해도 무관하다고 주장하나, 현금영수증 발급도 수금이 되어야만 고액으로 여러 거래처를 묶어서 발급할 수 있기에 현금영수증 고액발급과 거래처 불명의 거래 건은 별도로 보아야 한다. (다) 처분청은 2022사업년도를 과세대상에서 제외하였으나, 쟁점장부상 2021년 11월경 퇴사한 청구법인의 영업사원 중 한 명인 A이 쟁점장부의 RC(Retail Consultant)란에 OOO원의 영업실적을 달성한 것으로 기재되어 있고, 이는 쟁점장부를 신뢰하기 어려운 부분 중 하나이다. (라) 처분청이 2024.6.19. 작성한 세무조사 개시 통지서를 살펴보면, 처분청은 조사대상 과세기간을 2019.1.1.부터 2022.12.31.로 기재하여 통지하였으나, 2021년 제2기분 이후 쟁점장부의 매출액보다 신고 매출액이 초과한 것으로 집계되자 2021년 제2기부터 2022년 제2기까지의 기간은 감액경정을 하지 아니하였고, 청구법인의 신고된 매출내역을 그대로 인정하였다. 2019년 제1기부터 2021년 제1기까지의 과세기간은 신고매출액이 과소한 것으로 집계되어 쟁점장부와의 차액을 매출누락으로 보고 경정한 것과 달리, 신고금액이 쟁점장부보다 초과한 과세기간에 대해서는 경정 대상에서 제외하여 감액경정하지 아니한 것은 처분청도 2021년 제2기 이후의 쟁점장부를 신뢰하지 않는다는 반증이다.
(1) 처분청은 청구법인과 그 대리인으로부터 제출받은 쟁점자료를 바탕으로 이 건 법인세 등을 처분한 것으로, 청구법인은 처분청이 세무조사시 과세근거로 삼은 쟁점장부의 신뢰성을 서면확인이나 세무조사시 쟁점장부의 신뢰성을 부인한 바 없고, 쟁점장부는 청구법인의 확인을 거친 신뢰할 수 있는 과세근거자료에 해당한다. (가) 처분청은 청구법인에 대한 조사 전에 청구법인이 신고한 매출금액에 대한 적정성 여부를 확인하기 위하여 2023.12.21.부터 2024.2.16.까지 서면확인을 실시하였고, 청구법인의 기장을 담당하는 세무대리인은 세무조사 착수 후 위임장을 제출하였고, 쟁점장부는 위임장을 제출한 세무대리인이 처분청에 제출한 자료로, 서면확인 및 조사기간 중에 청구법인의 세무대리인은 총 6회에 걸쳐 처분청에 회신하여 확인한 자료에 해당한다. 처분청은 청구법인에게 연도별로 각각 나누어진 총 4개의 엑셀파일을 해명요구자료로 제공하였으나, 청구법인이 자료를 검토하는 과정에서 기존 서식을 변경하여 1개의 파일로 과세관청에 제출하였고, 이때에도 금액을 정정하거나 해당 자료가 허위임을 주장하지 않았다. 또한, 청구법인은 처분청이 해명요구한 자료를 검토하면서 청구법인 외 다른 사업자의 매출이 포함되어 있다는 사실을 인지하고 있었고, 청구법인 소속 영업사원이 허위로 기재한 매출자료가 포함되어 있다는 사실 등 처분청으로서는 알 수 없었던 부분을 적극적으로 소명하였으며, 이는 청구법인이 쟁점장부를 종합적으로 검토하여 회신하였다는 반증이다. (나) 청구법인은 쟁점장부가 엑셀파일 형태이므로 언제든지 가공 편집할 수 있어 신뢰성이 의심된다고 주장하나, 쟁점장부는 처분청이 청구법인에게 해명요구하여 회신받은 것으로서 청구법인 확인을 거친 자료를 가공편집한다는 것은 상상하기 어려운 주장이다. 만약, 당초 해명요구한 자료에 일부 오류나 잘못된 내용이 있었다면 청구법인이 과세관청에 해명하여 반영하면 해결되었을 것으로, 청구법인은 처분청에서 수집하여 소명요구한 쟁점장부를 반박할 수 있는 별도의 자료를 보유하고 있어야 함에도 불구하고 서면확인 및 조사기간 중에 쟁점장부와 다른 형태의 자료를 제출한 사실이 없고, 이의신청 과정에서 스스로 “별도의 ERP시스템이 도입되지 않고 전적으로 엑셀에 의존하여 경영”하고 있다고 주장한 바 있다. (다) 청구법인은 세무대리인을 통해 제출한 쟁점장부에 대해 청구법인이 인지하지 못한 자료이며 신뢰성 검증이 되지 않았다고 주장하나, 해당 세무대리인은 세무조사 시 국세기본법 제81조의5 에 따라 청구법인을 대리하여 적법하게 조사에 참여할 수 있는 권한을 위임받았고, 세무조사 결과통지 이후 해당 세무대리인이 제출한 쟁점장부를 청구법인 대표이사의 관리권 밖에 있던 출처불명의 자료라고 주장하는 것은 이해할 수 없는 주장이다. 처분청은 청구법인이 해명한 내용을 검증․반영한 쟁점장부를 바탕으로 이 건 법인세 등의 부과처분을 하였으므로, 청구법인의 확인을 거치지 않은 신뢰성 없는 자료를 통해 처분한 것이라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다. (라) 세무조사 기간 중 청구법인과 대리인은 쟁점장부와 법인 계좌거래내역을 대사하는 등 쟁점장부를 지속적으로 검토‧확인하였고, 그 결과 조사종결시에 쟁점장부와 청구법인이 신고한 매출금액과의 차액을 신고 누락하였다는 내용의 확인서를 작성하였다. 청구법인은 처분청에서 거래처별로 매출액을 확인하지 않고 쟁점장부의 총액만을 집계하여 작성한 확인서를 근거로 하여 과세한 처분이 근거과세 원칙에 위배된다고 주장하나, 처분청은 단순히 확인서에 근거하여 과세한 것이 아니라 장기간 처분청과 청구법인 측이 함께 검증한 쟁점장부를 근거로 과세한 것이고, 청구법인이 제출한 자료를 근거로 매출누락 금액을 산정하였으며, 청구법인의 대표 2인은 해당 매출누락 사실을 인정한다는 내용의 확인서에 자유의사에 따라 각각 날인(법인인감)하였다. 이는 처분청이 쟁점장부를 요약하여 청구법인에게 설명하고 청구법인의 동의까지 얻었음을 나타내는 증거자료이다. (마) 한편, 처분청은 서면확인과 세무조사 모두 쟁점장부의 검증을 위주로 진행하였고, 해당 기간 동안 청구법인은 조사공무원에게 쟁점장부를 허위라고 주장하거나 자료의 신빙성에 대해 문제를 제기한 사실이 없었으며, 처분청은 세무조사 중 계속적으로 쟁점장부와 청구법인이 신고한 수입금액 간 차이에 대해 소명을 요청하였으나, 조사가 종결될 때까지 이와 관련된 자료를 제출하지 아니하였다. 더욱이, 청구법인은 쟁점장부 중 계좌로 지급받은 것으로 표기된 매출액을 계좌내역과 대사한 결과, 쟁점장부가 입금내역과 일치한다고 확인해 준 사실도 있다. 이와 같이, 장시간 중점적으로 검토했던 쟁점장부에 대해 조사기간 중에는 쟁점장부의 신빙성 문제를 제기하지 않고 불복청구시 허위라고 주장하는 것은 받아들일 수 없다.
(2) 청구법인은 쟁점장부의 매출액과 실제 매출액이 차이가 있다고 주장하나, 이는 받아들이기 어렵다. (가) 쟁점장부의 매출액 중 A 매출액은 A가 발급한 세금계산서 내역과 일부 차이가 있을 수 있다. 청구법인과 A 유통센터와의 거래 형식(2가지)은 ① A와 직접 거래하는 방식과 ② 전국의 지역농협과 거래한 후 거래내역에 대해 A의 유통센터에서 정산을 받는 형식으로 나뉘어 있다. 쟁점장부에 기재되어 있는 A 거래내역을 살펴보면, 타이어 등의 구매는 수시로 발생하고 있으나, 세금계산서는 매월 발행되고 있어, 세금계산서 발행시점에 해당 월의 모든 거래내역이 포함되기 어렵고, 쟁점장부에도 거래처명이 A 유통센터가 아닌 지역농협으로 기재되어 있어 일정부분 차이가 발생할 수 있는 것으로 보인다. 또한 청구법인이 세금계산서를 발급하였으나 쟁점장부에서 거래기록을 확인할 수 없다고 주장하나, 그 예시로 청구법인이 OOO에 2020.6.22.자로 발행한 매출세금계산서 내역(공급대가 OOO원)에 대하여 살펴보면, OOO과 거래 세금계산서 발행일자는 2020.6.22.이나, 쟁점장부는 2020.6.19.에 OOO에 타이어(D323 12-16.5)를 판매하고, 2020.6.23. 폐타이어 판매금액 OOO원을 합산하여 법인계좌에 OOO원이 입금되어 있다고 기재되어 있으며, 이는 청구법인의 농협계좌(OOO)를 살피더라도 2020.6.23. OOO에서 OOO원 입금된 내역이 확인된다. 청구법인은 통상적으로 A의 권역별 유통센터에서 세금계산서를 발급받고 있지만, 지역농협(OOO)과 직접 거래시에는 지역농협으로부터 세금계산서를 발급하고 있으므로 쟁점장부의 거래금액과 A로부터 발급받은 세금계산서 금액에 일부 차이가 있다는 이유로 쟁점장부 전부에 대한 신뢰성이 없다고 주장하는 것은 타당하지 않다. (나) 처분청이 매출누락 경정시 매출거래처를 특정하지 않았다고 해서 반드시 근거과세에 위배되는 것은 아니라 할 것이다. 청구법인은 쟁점장부를 거래처별로 신고금액과 대사하여 일자, 품목, 수량 등을 구체적으로 명시하여 매출누락액을 확정하지 않아 근거과세 원칙에 위배된다고 주장하나, 청구법인의 현금영수증 발행내역을 살펴보면, 불특정다수를 대상으로 상품을 소매로 판매하여 매출처를 특정할 수 없는 거래(국세청이 지정한 전화번호 OOO로 발행)에 대해서는 아래와 같이 분기별 부가가치세 신고기간이 임박한 시점에 일시에 건당 OOO원의 고액 현금영수증을 발행한 것이 확인되고, 특정 매출처에 대해서는 건당 평균 발행금액이 OOO원 가량으로 확인되며, 이외에도 청구법인이 발행한 현금영수증 내역을 보면, 건당 발행금액이 OOO원 이상인 고액 발행 건(납세자 자진 발급)이 다수 발생되고 있는 것으로 나타난다. 실제로, 청구법인의 사업특성상 쟁점장부에는 세금계산서, 현금영수증 등 적격증빙을 수취할 필요가 없는 농민이나 사업자와 거래할 경우 거래처명을 “OOO 개인”과 같이 “지역명 개인”, “OOO 국제”와 같이 “지역명 농기계제조사명”, “본사방문고객”과 같이 기재된 경우가 다수 확인되고, 이는 청구법인이 세금계산서나 현금영수증과 같은 적격증빙을 수취할 필요가 없는 농민 등과 거래할 경우 평소에는 별도의 회계처리를 하지 않고 있다가, 부가가치세 신고를 앞두고 한꺼번에 고액의 현금영수증을 발행해 온 사실을 잘 보여준다. (다) 청구법인은 세무조사기간 중에 영업사원 중 A이 작성하고 직접 서명한 ‘허위매출에 관한 경위서’를 제출하여 쟁점장부의 오류를 소명한 사실이 있고, 이에 대하여 처분청이 쟁점장부를 확인한 결과, 이미 쟁점장부에는 해당 금액이 OOO원으로 수정반영되어 제출되어 있었다. 만약 청구법인의 주장하는 바와 같이, 쟁점장부가 신뢰성이 결여된 자료라고 한다면, 청구법인이 쟁점장부에 타사업장의 수입금액이 포함되어 있다는 점과 청구법인의 영업사원이 작성한 허위매출경위서 상의 수입금액이 포함되어 있다는 구체적인 소명내역을 제기할 수 없었을 것이다.
② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.
③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.
④ 행정기관의 장은 해당 납세의무자 또는 그 대리인이 요구하면 제3항의 결정서를 열람 또는 복사하게 하거나 그 등본 또는 초본이 원본과 일치함을 확인하여야 한다.
⑤ 제4항의 요구는 구술(口述)로 한다. 다만, 해당 행정기관의 장이 필요하다고 인정할 때에는 열람하거나 복사한 사람의 서명을 요구할 수 있다.
(2) 법인세법 제66조(결정 및 경정) ② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우
2. 제120조 또는 제120조의2에 따른 지급명세서, 제121조에 따른 매출ㆍ매입처별 계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 경우
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 시설 규모나 영업 현황으로 보아 신고 내용이 불성실하다고 판단되는 경우
4. 삭제 <2016. 12. 20.>
③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.
④ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다. 제112조(장부의 비치ㆍ기장) 납세의무가 있는 법인은 장부를 갖추어 두고 복식부기 방식으로 장부를 기장하여야 하며, 장부와 관계있는 중요한 증명서류를 비치ㆍ보존하여야 한다. 다만, 비영리법인은 제4조 제3항 제1호 및 제7호의 수익사업(비영리외국법인의 경우 해당 수익사업 중 국내원천소득이 발생하는 경우만 해당한다)을 하는 경우로 한정한다.
(3) 부가가치세법 제57조(결정과 경정) ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조 및 제57조의2에서 “납세지 관할 세무서장등”이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.
1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우
2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우
3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우
4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우
② 납세지 관할 세무서장등은 제1항에 따라 각 예정신고기간 및 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.
1. 과세표준을 계산할 때 필요한 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료가 없거나 그 중요한 부분이 갖추어지지 아니한 경우
2. 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료의 내용이 시설규모, 종업원 수와 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가에 비추어 거짓임이 명백한 경우
3. 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료의 내용이 원자재 사용량, 동력(動力) 사용량이나 그 밖의 조업 상황에 비추어 거짓임이 명백한 경우
③ 납세지 관할 세무서장등은 제1항 및 제2항에 따라 결정하거나 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류가 있거나 누락된 내용이 발견되면 즉시 다시 경정한다.
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 처분청은 쟁점장부에 기재된 매출액 중 합계 OOO원을 청구법인이 신고 누락한 매출액에 해당한다고 보아, 2024.10.16. 청구법인에게 2019∼2021사업연도 법인세 OOO원(아래 <표8> 기재) 및 2019년 제1기∼2021년 제1기 부가가치세 합계 OOO원(아래 <표9> 기재)을 부과하였다. <표8> 법인세 과세표준 및 세액경정결의서 중 일부 ㅇㅇㅇ <표9> 부가가치세 재경정결의서 중 일부 ㅇㅇㅇ (나) 처분청이 제출한 법인세 통합조사 종결보고서의 주요 내용은 아래와 같다. <법인세 통합조사 종결보고서 중 일부 발췌> ㅇㅇㅇ (다) 처분청은 세무조사시 청구법인의 대리인로부터 회신내역이 아래 <표10>과 같이 기재된 후 이메일에 첨부된 파일을 증빙으로 제출받았고, 청구법인이 제출한 최종 장부파일을 쟁점장부로 보아 이 건 법인세 등을 부과처분하였다고 답변하였다. <표10> 청구법인의 대리인이 제출한 이메일 회신내역 ㅇㅇㅇ (라) 청구법인의 대표자(B·C)는 2019∼2021사업연도에 거래내역이 기재된 판매장부를 작성하여 관리하였으나, 법인세 등 신고시 누락한 사실이 있음을 확인한 후 법인인감 날인하였다. <처분청이 제출한 확인서> ㅇㅇㅇ (마) 청구법인이 작성한 확인서를 살펴보면, 각 사업연도별 매출누락액이 기재되어 있으나, 부가가치세 과세기간별 매출누락액은 별도로 구분되어 있지 않은 것으로 나타난다. (바) 청구법인은 부가가치세 신고내역 중 A관련 매출액과 쟁점장부에 따른 매출액의 차이가 OOO원에 해당한다고 주장하면서, 아래 <표11>와 같이 자료를 제출하였다. <표11> 부가가치세 신고내역과 쟁점장부에 따른 매출액 차이 ㅇㅇㅇ (사) 청구법인은 세금계산서 발급내역 중 거래처명에 “OOO”이 기재되어 있으나 A가 아닌 거래처에 대한 세금계산서 발급내역을 아래 <표12>와 같이 제출하였고, 해당 내역은 쟁점장부에 포함되어 있지 않다고 주장하였다. <표12> 상호에 ”OOO“이 포함된 거래처의 세금계산서 발급내역 ㅇㅇㅇ (아) 처분청은 <표12>의 세금계산서 내역이 모두 쟁점장부에 기재되어 있다는 의견으로, 2020.6.22. 발급한 OOO 세금계산서(부가가치세 포함 OOO원)에 관한 증빙자료를 아래와 같이 제출하였다. ㅇㅇㅇ
1. 쟁점장부 중 “9963열”을 살펴보면, 거래일자는 2020.6.19., 거래처명은 “OOO”, 매출액은 OOO원, 그 비고란에 “폐타이어 OOO원. 6/23-OOO 폐타이어포함 OOO원 입금완료”로 기재되어 있다.
2. 청구법인의 농협계좌 거래내역을 살펴보면, OOO으로부터 OOO원을 입금받은 것으로 나타남 (자) 처분청은 청구법인이 영위하는 도소매업 특성상 거래처를 특정하기 어려운 개인 등이 있다는 의견으로, 현금영수증 발행내역을 제출하였다.
1. 청구법인의 2019∼2020 사업연도 현금영수증 발행내역 중 OOO원 이상 매출액에 대한 현금영수증 발행비율이 80%를 초과하는 것으로 나타난다. <표13> 청구법인의 현금영수증 발행내역 ㅇㅇㅇ
2. 청구법인의 2019 사업연도의 현금매출액 발행내역 중 거래금액이 OOO원 이상인 건은 총 15건(OOO원)으로, 거래처가 특정되지 아니하여 발급수단번호를 “OOO”로 기재한 것으로 나타난다. <표14> 2019사업연도 거래처 미확인 현금영수증 발행내역 ㅇㅇㅇ (차) 청구법인은 2024.8. 충북지방경찰청에 A 외 1인을 업무상 배임, 부정경쟁방지및영업비밀보호에 관한 법률위반(영업비밀누설등), 공갈혐의로 고소장을 제출하였다. (카) 처분청은 쟁점자료에 A의 실적이 미반영되었다는 의견으로, 쟁점자료 중 A 실적에 관한 부분은 “OOO”원으로 기재되어 있고, 추가적으로 청구법인이 소명자료로 제출한 허위매출경위서를 제출하였다. (타) 처분청이 제출한 조사종결보고서에서 조사연도는 2019.1.1.부터 2022.12.31.까지 4개 사업연도로 기재되어 있고, 쟁점장부상 2022사업연도 매출액까지 포함되어 있으나, 처분청은 2021년 제2기 이후 신고내역과 쟁점장부상 매출내역의 차이를 별도로 집계하지 아니하였다. (파) 처분청이 제출한 이의신청결정서에서 “처분청은 2021년 제1기 매출누락액 OOO원, 2021년 제2기 매출누락액 △OOO원의 자료금액에 대하여 2021년 제2기 매출누락액 △OOO원을 2021년 제1기 매출누락액 OOO원에서 차감한 것으로 확인됨”으로 기재되어 있다. <표15> 처분청이 산정한 쟁점매출누락액 ㅇㅇㅇ
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. 청구법인은 이 건 과세처분이 근거과세 원칙에 위배되고, 쟁점장부를 신뢰성 있는 과세자료로 보기 어렵다고 주장하나, 청구법인은 세무조사 당시 매출내역의 관리는 쟁점장부를 통해 이루어지고 있다는 부분을 인정하였고, 처분청의 매출장부 관련 소명 요청에 따라 실제 매출거래와 차이가 있는 매출내역을 수정한 쟁점장부를 처분청에 제출한 것으로 나타나는 점, 쟁점장부는 청구법인에서 근무한 영업사원들이 작성한 것으로, 2019년부터 2022년까지의 거래일자, 품목, 수량, 거래금액, 거래처, 결제방식 등의 내용이 장기간에 걸쳐 구체적으로 기재되어 실지 장부로 인정될 정도의 수준으로 보이고, 그 양이 방대하여 이를 임의로 작성한 것이라고 보기는 어려운 점, 청구법인의 대표자들은 쟁점매출누락액을 신고 누락하였음을 인정하는 확인서에 동의․서명하여 처분청에 제출한 것으로 나타나는 점, 청구법인이 국세청 발급수단번호로 현금영수증을 발행해 온 점을 고려하면 청구법인이 영위하는 거래의 특성상 불특정다수를 대상으로 한 소매거래에 대하여는 거래처를 특정하기 어렵다는 처분청의 주장이 타당해보이며, 처분청은 쟁점장부에 A 관련 거래내역이 여러 건으로 구분 기재된 것을 확인한 후 이를 청구법인의 계좌에 입금된 내역과 대사한 것으로 나타나고, 퇴사한 영업사원(A)의 실적은 쟁점매출누락액에서 제외된 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. 청구법인은 이 건 과세처분이 근거과세 원칙에 위배되고, 쟁점장부를 신뢰성 있는 과세자료로 보기 어렵다고 주장하나, 청구법인은 세무조사 당시 매출내역의 관리는 쟁점장부를 통해 이루어지고 있다는 부분을 인정하였고, 처분청의 매출장부 관련 소명 요청에 따라 실제 매출거래와 차이가 있는 매출내역을 수정한 쟁점장부를 처분청에 제출한 것으로 나타나는 점, 쟁점장부는 청구법인에서 근무한 영업사원들이 작성한 것으로, 2019년부터 2022년까지의 거래일자, 품목, 수량, 거래금액, 거래처, 결제방식 등의 내용이 장기간에 걸쳐 구체적으로 기재되어 실지 장부로 인정될 정도의 수준으로 보이고, 그 양이 방대하여 이를 임의로 작성한 것이라고 보기는 어려운 점, 청구법인의 대표자들은 쟁점매출누락액을 신고 누락하였음을 인정하는 확인서에 동의․서명하여 처분청에 제출한 것으로 나타나는 점, 청구법인이 국세청 발급수단번호로 현금영수증을 발행해 온 점을 고려하면 청구법인이 영위하는 거래의 특성상 불특정다수를 대상으로 한 소매거래에 대하여는 거래처를 특정하기 어렵다는 처분청의 주장이 타당해보이며, 처분청은 쟁점장부에 A 관련 거래내역이 여러 건으로 구분 기재된 것을 확인한 후 이를 청구법인의 계좌에 입금된 내역과 대사한 것으로 나타나고, 퇴사한 영업사원(A)의 실적은 쟁점매출누락액에서 제외된 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.