조세심판원 심판청구 부가가치세

일괄 양도한 쟁점부동산의 공급가액을 공급계약일 현재의 기준시가로 안분하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부

사건번호 조심-2025-인-4295 선고일 2026.03.09 조세심판원

쟁점감정평가액은 “공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 평가한 감정평가가액”에 해당하지 않고, 부가가치세법 제29조 및 시행령 제64조는 기준시가 등과 비교하여 30%를 초과하는 차이가 있으면 일률적으로 안분계산한 금액을 공급가액으로 하는 것으로 해석되는바, 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요
  • 가. 청구인들은 2020.9.1. OOO이라는 상호로 사업자등록하여 기타비거주용 건물 건설업을 영위한 개인사업자들로, 청구인들은 2022.8.22.(사용승인일) 인천광역시 미추홀구 OOO에 집합건물인 주거용 오피스텔(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축한 후 분양 시 2022년 4월에 감정평가하여 산정된 감정평가액을 기준으로 토지와 건물을 안분계산하여 2022년 제1기부터 2024년 제2기까지의 부가가치세를 신고하였다.
  • 나. 처분청은 청구인들의 부가가치세 신고를 검토한 결과, 2023년 제1기부터 2024년 제2까지 청구인들이 안분계산하여 신고한 토지와 건물의 가액은 부가가치세법 제29조 및 같은 법 시행령 제64조에서 규정하고 있는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에 해당하는 것으로 보아, 청구인들에게 2025.8.11. 2023년 제1기∼2024년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 경정·고지하였다. <표1> 경정·고지 내역 (단위: 원)
  • 다. 청구인들은 이에 불복하여 2025.10.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인들 주장

(1) 청구인들은 2022년 4월 산정한 감정평가액을 기준으로 분양가액을 안분계산하여 분양하였다. 시행사를 운영하는 청구인들은 2022년 4월 감정평가를 받았고, 2022년 7월 쟁점건물의 분양 광고 시 감정평가 결과를 반영하여 토지와 건물의 가액을 적정하게 안분계산하여 산정된 가액을 최초 분양가액으로 산정하였다. 청구인들은 위 분양가액을 팸플릿 등을 통해 대외에 표명한 후 분양의 지연에도 가액을 변경하지 않고 분양하였고, 2023년 이후 미분양 물건을 계약 시에도 최초의 분양가액으로 계약을 체결하였다.

(2) 처분청은 2023년 이후의 분양거래에 대해 부가가치세법 제29조 및 같은 법 시행령 제64조의 규정에 따라 2022년 4월에 평가한 감정평가액이 법령에서 규정된 적용기간을 벗어나므로, 공급계약일 현재의 기준시가로 안분계산하여야 한다는 의견이나, 시행사인 납세자가 집합건물을 신축분양한 후 함께 공급한 토지와 그 토지 정착 건물의 과세표준을 적정하게 안분계산하여 최초 분양가액을 결정하였고, 최초 산정한 분양가액으로 미분양된 물건에 대해 분양가액의 변동 없이 계속 분양을 하는 경우 분양가액은 사실상 규제받고 있는 것으로 보아야 한다. 쟁점건물은 a(주)와 관리형토지신탁계약을 체결하였고, 해당 신탁계약 제8조에 따르면 당초 사업계획에서 정한 분양가액의 임의 변경은 사실상 불가능하다. 아울러 쟁점건물은 2023년 당시 분양이 진행된 상태로 미분양건물의 분양 시 분양가액의 변경은 기분양자와 마찰을 일으켜 사업진행이 어려운 상황을 초래할 수 있었다. 또한 감정평가 시 감정평가기관의 개별적인 호수별 토지 및 건물 가액 안분계산은 불가하여 쟁점건물 전체를 대상으로 감정평가하고 있어 매년 막대한 감정평가비용 소요로 분양지연을 겪고 있는 납세자의 부담을 더 가중시키고 있는 상황이다. (3) 부가가치세법 시행령 제64조 에서는 공급시기가 아닌 공급계약일 현재의 가액으로 안분계산하도록 규정하고 있는데, 공급계약일 시점으로 안분계산하는 것은 가격의 결정일 시점을 기준으로 안분하는 것을 의미한다. 즉 분양가격 결정일에 토지 및 건물의 가액을 적정하게 배분했는지가 쟁점일 것이다. 청구인들은 분양가격 결정 시점인 최초분양 당시의 감정평가액을 기준으로 토지 및 건물의 가액을 적법하게 배분하여 분양가액을 대외에 공표하고 현재까지 분양을 하고 있다. 청구인들과 같은 신축분양의 경우 분양가격 결정일에 세법기준에 따라 토지 및 건물의 가액을 적정하게 안분계산하였는지를 판단하여야 한다. 부가가치세법 제29조 의 입법취지는 임의로 토지 및 건물의 가액을 변경하여 세금부담을 축소하지 못하게 하는 것인바, 청구인들은 최초 분양 시 대외에 공표한 분양가액 즉, 이미 형성된 시가로 계속 분양을 하고 있고, 위 규정은 시가가 없거나 안분계산을 하지 않는 경우, 또는 납세자가 임의로 안분계산 하였을 경우에 제한적으로 거래관계를 부인하여 결정하는 것이다. 나. 처분청 의견 (1) 2022년 부가가치세 신고 시의 안분계산은 적정하나, 2023년∼2024년 부가가치세 신고 시 안분계산한 토지와 건물의 가액이 기준시가로 안분 계산한 가액과 30/100 이상 차이가 있고, 청구인들이 적용한 감정평가액도 안분계산 가능한 기간(공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일)을 벗어나 있다. 따라서 2023년∼2024년의 부가가치세 신고 시는 2022년 4월의 감정평가액이 아닌, 2023년∼2024년의 기준시가로 안분계산한 금액을 토지와 건물의 공급가액으로 하여 과세함이 타당한 것으로 판단된다.

(2) 청구인은 a(주)의 관리·감독으로 당초 분양가액의 변경이 자유롭지 못하다고 주장하나, 관리형 토지신탁 계약서 제8조에는 협의를 통해 분양가액을 변경할 수 있다고 기재되어 있으므로 분양가액을 규제받고 있는 상태로 보기도 어렵다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점건물의 토지가액과 건물가액을 공급계약일 현재의 기준시가로 과세표준을 안분계산하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2021.12.8. 법률 제18577호로 일부 개정된 것) 제29조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다. (2) 부가가치세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32419호로 일부 개정된 것) 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) ① 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

② 법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다.

1. 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우

2. 토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 감정가액으로 안분계산한 쟁점건물의 토지 및 건물가액과 기준시가로 안분계산하여 산정한 가액이 100분의 30을 초과한다는 사실에 대하여는 청구인과 처분청 간 이견은 없다. <표2> 안분계산(공급가액) 내역 (단위: 원, %)

(2) 청구인들이 2022년 4월에 OOO에 의뢰한 쟁점건물에 대한 감정평가(기준시점: 2022.4.15., 작성일: 2022.4.18.) 결과, 아래 <표3>과 같이 쟁점건물의 감정평가액은 OOO원(㎡당 OOO원)으로서 토지가액은 OOO원, 건물가액은 OOO원이다. <표2> 감정평가 내용 (단위: ㎡, 원)

(3) 청구인들이 쟁점건물에 대해 a(주)와 체결한 관리형 토지신탁 계약서의 주요 내용은 아래와 같다. <관리형 토지신탁 계약서(일부발췌)>

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 분양가격 결정 시점인 최초분양 당시의 감정평가액을 기준으로 토지 및 건물의 공급가액을 적법하게 배분하였다고 주장하나, 부가가치세법 시행령 제64조 는 “법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다”라고 규정하면서 제1호에서 “건물 등에 대한 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 제28조에 따른 공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가업자가 평가한 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 금액으로 한다”라고 규정하고 있는바, 청구인들이 안분계산 시 적용한 감정평가액의 작성일은 2022.4.18.로서 “공급시기가 속하는 과세기간(2023년 제1기∼2024년 제2기)의 직전 과세기간 개시일(2022.7.1.)부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일(2024.12.31.)까지 감정평가업자가 평가한 감정평가가액”에 해당하지 않는 점, 부가가치세법 제29조 및 같은 법 시행령 제64조의 개정 취지가 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하기 위한 것임을 고려할 때 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우로서 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 기준시가 등 대통령령으로 정하는 기준과 비교하여 30%를 초과하는 차이가 있으면 일률적으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 하는 것으로 해석되는바(조심 2020인2506, 2021.4.16. 외 다수, 같은 뜻임), 청구인들이 2022년 4월에 감정평가한 가액으로 안분계산한 쟁점건물의 토지가액이 기준시가로 안분계산하여 산정한 가액의 30%를 초과한다는 사실에 대하여 청구인과 처분청 간 이견이 없는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점건물의 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명한 경우로 보아 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액을 건물의 공급가액으로 하여 부가가치세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 청구인들 명세

심판청구를 기각한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)