청구법인이 거래 구조를 변경한 이후 청구법인의 총 공급가액 중 면세사업등의 비율이 증가하였고, 거래구조의 변경에 따라 필리핀 자회사의 매출대금의 국내수령 및 계산서 발행, 비과세사업 관련 원자재의 국내구매 등이 발생하여 공통지원조직에서 발생한 비용이 과세사업에만 사용된다고 보기 어려우며, 그 중 일부는 필리핀 자회사와 관련한 매출에도 귀속되는 것으로 보 이므로 쟁점매입세액을 공통매입세액으로 보아 안분함이 타당
청구법인이 거래 구조를 변경한 이후 청구법인의 총 공급가액 중 면세사업등의 비율이 증가하였고, 거래구조의 변경에 따라 필리핀 자회사의 매출대금의 국내수령 및 계산서 발행, 비과세사업 관련 원자재의 국내구매 등이 발생하여 공통지원조직에서 발생한 비용이 과세사업에만 사용된다고 보기 어려우며, 그 중 일부는 필리핀 자회사와 관련한 매출에도 귀속되는 것으로 보 이므로 쟁점매입세액을 공통매입세액으로 보아 안분함이 타당
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 2019년부터 쟁점버스를 수입하여 국내에 유통하되, 쟁점매출 외에 딜러에게 직접 공급(이하 “쟁점외매출”이라 한다)한 거래도 있었기에 쟁점매출은 면세로, 쟁점외매출은 과세로 구분하여 신고해 왔는데, 처분청은 이를 존중하였다가(심지어 수정신고와 경정청구를 거친 적도 있다), 갑자기 입장을 바꿔 실질과 무관하게 쟁점고시가 없다는 이유로 이 건 처분을 한바, 그간에 형성된 쟁점매출에 대한 면세관행과 납세자의 신뢰는 물론, 처분청이 스스로 채택한 경정청구에 따른 (감액)경정 행위까지 위반한 것이다.
(2) 쟁점면세규정이 정한 요건은 ｢환경친화적 자동차의 개발 및 보급 촉진에 관한 법률｣ 제2조 제2호 (이하 “쟁점타법규정”이라 한다) 각목의 요건을 갖추라는 것인데, 처분청은 그와 달리 각목 외 본문이 정한 쟁점고시를 처분 근거로 제시한바, 이는 납세자에게 불리한 결과가 되도록 세법을 유추․확장해석한 것으로 용납될 수 없다.
(3) 쟁점타법규정 각목의 요건을 살펴보면, 가목(에너지소비효율) 및 다목(기술적 세부사항)은 산업통상자원부령이 정한 기준에, 나목(저공해)은 환경부령이 정한 기준에 각각 적합하여야 하는데, 일단 나목은 환경부로부터 국고보조금을 수령한 사실로 입증되고, 가목 및 다목도 비록 산업통상자원부의 직접 회신 등은 없지만, 나목이 인정된 사실과 심판청구에 앞선 이의신청 결과 등에 비추어 보면, 마땅히 인정되어야 함에도 처분청은 이를 무시한 채, 위법․부당한 이 건 처분을 하였다. (가) 쟁점버스는 환경부가 친환경자동차로 인정하여 국고보조금을 지급한 이래 아무런 문제도 없었던바, 그렇다면 이를 배척하기 위한 별도의 특별한 사정이 없는 한, 산업통상자원부령이 정한 기준에도 적합한 것으로 추정함이 합리적이다. (나) 쟁점버스와 함께 수입한 다른 버스(이하 “쟁점외버스”라 한다)도 수입당시 고시가 없어 문제가 되었다가, 이후 같은 모델을 (추가) 수입할 때에는 고시가 있었기에 이의신청에서 (일부)인용되었는데, 쟁점버스는 쟁점매출 이후 단종되어 더 이상 수입할 수 없었기에 추가 고시가 없었을 뿐, 친환경버스라는 본질적인 측면에서 달리 볼 이유는 없다(단지 외형 등에서 일부의 차이만 있을 뿐이다).
(4) 설령, 쟁점매출에 대한 면세 적용이 어렵다면, 앞서 언급한 사정과 그에 추가하여, 다른 친환경버스인 천연가스버스에 대한 계산서 발급 사례[국내 제조사(현대자동차)가 관련 규정에 적합하게 생산․공급하기에 구매자는 별도의 고시 등을 고려할 필요 없이 당연히 관행적으로 (면세)계산서를 수수하고 있다]를 고려할 때, 최소한 가산세만큼은 감면되어야 한다.
(1) 신고납세제도에서 조세채권․채무 관계는 납세자의 신고로 (1차) 확정되고, 이후 과세관청은 그 신고에 오류 등이 있다면 부과제척기간 내에 (2차) 경정권을 행사할 수 있는바, 이 건 처분은 당초신고상 오류가 발견되어 (부과제척기간 내에) 이루어진 것으로 적법하다.
(2) 쟁점면세규정 및 쟁점타법규정은 조문의 조, 항, 호, 목 등이 계층적으로 구성되어, 이들을 체계적으로 해석할 필요가 있는 점을 고려하면, 본문은 무시한 채 각호만 충족되면 족하다는 청구주장은 부적절하다. 또한 면세(비과세/감면) 적용을 위한 조문은 엄격히 해석할 당위성이 내재되어 있고, 쟁점타법규정의 성격이 환경친화적 자동차를 정의하려는 것임을 고려하면, 쟁점타법규정의 각 호는 본문과 함께 체계적․합리적으로 해석함이 타당하다. 결국, 쟁점고시가 없었던 쟁점매출은 일반적인 과세(공급)거래로 보아야 한다.
(3) 앞서 살펴본바와 같이, 쟁점면세규정 및 쟁점타법규정에서 면세를 위한 요건(쟁점고시의 존재)을 명확하게 규정하고 있는 점을 고려하면, 이 건은 청구법인(납세자)의 단순한 부지, 오해 및 과실로 인한 것으로, 가산세가 부과되어야 함은 당연하다.
(1) 처분청은 쟁점매출에 면세가 적용되려면 쟁점타법규정 본문에 따른 쟁점고시가 필요한데, 청구법인은 수입당시 쟁점고시 없이 국내에 유통(쟁점매출)하였다는 점을 처분 근거로 제시하면서, 덧붙여 쟁점버스가 쟁점타법규정의 각 목이 정한 기준에 실질적으로 적합한지 여부에 대하여는 별도의 언급은 없다.
(2) 처분청은 당초 쟁점버스 외에 쟁점외버스의 공급에 대해서도 면세 적용을 부인하였다가, 이후 이의신청에서 쟁점외버스 부분은 일부 인용되었는데, 해당 이의신청 결정문(인천지방국세청 제2025-45호, 2025.6.11.)의 주요 내용(이유)은 다음과 같다. <쟁점외버스에 대한 면세 여부> 고시 요건은 추후 산업통산자원부의 고시를 받아 충족한 점, 환경부로부터 환경친화적 자동차로서 보조금을 지원받은 점, 쟁점외버스의 고시 전․후 공급분은 동일한 모델․재원의 차량인 점 등에 비추어, 고시 이전에 공급한 쟁점외버스에 대하여는 면세를 적용하여야 한다는 청구주장은 타당해 보인다. <쟁점버스에 대한 가산세 감면 여부> 쟁점버스에 대한 가산세부과는 청구법인이 쟁점조항을 잘못 해석하여 쟁점거래를 부가가치세 면제되는 거래로 판단한 것이며, 쟁점거래를 부가가치세가 면제되는 거래로 인지한 것은 단순한 법률의 부지나 오해에 불과한 것이어서 가산세를 감면할 정당한 사유로 볼 수 없다.
(3) 청구법인은 쟁점외버스도 수입당시 쟁점고시가 없었는데 이후 합리적 사정이 고려되어 면세로 인정된 점을 고려하면, 쟁점버스만 달리 취급하는 것은 억울하다면서, 다음과 같은 사항을 제시하였다. (가) 쟁점버스도 쟁점외버스와 마찬가지로 환경부로부터 환경친화적 자동차로 인정받아 2020.1.28. 및 2021.3.2. 국고보조금을 지급받았다. (나) 쟁점버스는 쟁점외버스와 달리 해당 모델이 단종되어 쟁점매출 이후 더 이상 수입할 수 없어 고시가 없었을 뿐, 실질적으로는 쟁점타법규정 가목 및 다목이 정한 기준을 충족한다면서 관련 기준<붙임2>을 제시하였다. 다만, 쟁점버스가 해당 기준에 적합한지에 대한 산업통산자원부 등의 입장 등은 제시하지 않았다.
(4) 청구법인은 2021년 제1기 및 제2기분은 최초신고에 오류[공급한 버스에 대한 과세(쟁점외매출)와 면세(쟁점매출)의 구분 오류]가 있어 수정신고와 경정청구를 거쳤는데 처분청이 이후 입장을 바꿔 이 건 처분을 한 것이라며, 신의칙 위반이라고 주장한다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점매출에 대해, 쟁점면세규정이 정한 면세요건을 충족한다면서 면세 재화(쟁점버스)를 공급한 거래라고 주장하나, 쟁점면세규정은 쟁점타법규정 각 목(가목 ～ 다목)의 요건을 갖춘 전기자동차의 공급에 대해 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있는데, 이 사건 쟁점버스의 경우 나목(저공해 기준)이 충족된 사실은 확인되나, 가목(에너지소비효율 기준) 및 다목(충전 용량 등 성능 기준)은 그 충족 여부가 확인되지 않아 쟁점면세규정이 정한 면세요건을 충족한 것으로 보기 어려운 점[나목(환경부장관)과 달리 가목과 다목은 산업통상자원부장관이 인증하는 항목으로, 절차는 물론 성격도 상이한바, 나목이 충족되었다는 이유로 가목과 다목까지 당연히 충족된다고 보기 어렵다], 청구법인은 쟁점외버스의 경우 사후적으로 면세 공급으로 인정받았다며, 쟁점버스도 동일하게 취급함이 타당하다고 주장하나, 쟁점외버스는 가목 및 다목의 요건이 충족되었음이 실체적으로 확인(동일 모델에 대해 인증절차를 거침)된 반면, 쟁점버스는 여전히 미확인 상태에 있어 양자를 동일하게 취급할 수 없는 점(쟁점버스와 쟁점외버스는 애초부터 다른 모델의 자동차로, 전기자동차라는 공통점만으로 면세요건 적용에 있어 동일하게 취급되어야 한다고 보기 어렵다), 부가가치세는 일반소비세로서, 원칙적으로 재화의 공급은 과세거래가 되어야 하는 점을 고려하면, 면세요건 충족 등 특별한 사정이 확인되는 경우에만 과세거래에서 제외하되, 면세요건의 충족 여부가 불분명한 상태에 머물러 있다면 다시 과세거래로 봄이 타당하고, 게다가 면세는 비과세․감면의 한 유형으로, 그 요건 충족 여부는 거래당사자(쟁점버스를 수입하여 국내에 공급한 청구법인)가 직접 입증하여야 하는데도, 청구법인은 면세 적용을 위한 인증 절차를 거치지 않고 국내에 유통시킨 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점매출에 대한 면세요건이 충족되지 않았다고 보아 면세 적용을 부인하여 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다[한편, 청구법인은 본세가 기각되면, 가산세만이라도 감면되어야 한다고 주장하나, 앞서 언급한 바와 같이 면세 적용을 위한 인증(기준 적합 여부) 누락을 정당한 사유로 인정하기 어렵고(가목 및 다목은 명문으로 산업통상자원부령이 정한 기준에 적합하여야 한다고 규정하고 있다), 청구법인이 언급한 경정(2021년 제2기)도 최초신고된 쟁점매출(면세로 신고)과 쟁점외매출(과세로 신고) 등의 구분 오류에 기인한 것으로 보일 뿐, 쟁점버스의 공급 자체에 대한 면세․과세 여부에 대한 입장 변경은 아니었던 것으로 보여, 그 이유로 달리 보기 어렵다].
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 따라 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제106조(부가가치세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 9의2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 버스
2. “환경친화적 자동차”란 제3호부터 제8호까지의 규정에 따른 전기자동차, 태양광자동차, 하이브리드자동차, 수소전기자동차 또는 대기환경보전법 제46조제1항 에 따른 배출가스 허용기준이 적용되는 자동차 중 산업통상자원부령으로 정하는 환경기준에 부합하는 자동차로서 다음 각 목의 요건을 갖춘 자동차 중 산업통상자원부장관이 환경부장관과 협의하여 고시한 자동차를 말한다.
3. “전기자동차”란 전기 공급원으로부터 충전받은 전기에너지를 동력원(動力源)으로 사용하는 자동차를 말한다. (3) 환경친화적 자동차의 개발 및 보급 촉진에 관한 법률 시행규칙 제2조(에너지소비효율 기준) ① 산업통상자원부장관은 ｢환경친화적자동차의 개발 및 보급 촉진에 관한 법률｣(이하 "법"이라 한다) 제2조 제2호 가목의 규정에 의하여 에너지소비효율의 기준(이하 "에너지소비효율기준"이라 한다)을 환경친화적자동차의 종류ㆍ배기량 및 동력원별로 정하여 고시하여야 한다. 이를 변경하는 경우에도 또한 같다.
② 제1항의 규정에 불구하고 산업통상자원부장관은 환경친화적자동차의 기술개발수준을 고려하여 법 제2조 제3호의 전기자동차 및 법 제2조 제4호의 태양광자동차에 대하여는 에너지소비효율기준을 정하지 아니할 수 있다.
(4) 부가가치세법 제60조(가산세)
② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다.
1. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하는 경우 그 공급가액의 1퍼센트
2. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 공급가액의 2퍼센트. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 1퍼센트로 한다.
(5) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.
⑤ 세법 외의 법률 중 국세의 부과ㆍ징수ㆍ감면 또는 그 절차에 관하여 규정하고 있는 조항은 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때에는 세법으로 본다. 제48조(가산세 감면 등)
① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우
3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (6) 국세기본법 시행령 제28조(가산세의 감면 등)
① 법 제48조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우
심판청구를 기각한다.