조세심판원 심판청구 부가가치세

공통매입세액 안분한 금액의 실제 귀속이 분명하므로 전액 매입세액공제를 하고, 면세 사업사용분은 자가공급으로 과세해야 한다는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2025-인-3779 선고일 2026.02.20 조세심판원

청구법인은 과·면세 겸영사업자로 건설사로부터 용역을 발주받아 원재료를 매입하여 생산한 제품에 인력·경비를 투입하여 국민주택 건설용역에 설치·시공한 용역의 공급은 면세전용에 해당한다고 보기 어려움

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 철구조물을 직접 판매하거나 건설공사 현장에 납품하는 부가가치세법상 과⋅면세 겸업사업자로, 2019년 2기 부가가치세 신고 시 전체 매입세액을 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분하여 매입세액 불공제 처리하였으나, 파주공장에 투입된 원재료 등의 매입세액은 과세재화인 제품생산에 직접 사용된 것으로 실지 귀속이 명확하여 전액 부가가치세 매입세액 공제 대상에 해당한다는 사유로 2025.1.25. 2019년 2기 부가가치세를 경정청구하였다.
  • 나. 처분청은 청구법인의 주장(실지 귀속이 명확하여 전액 부가가치세 매입세액공제 대상임)의 근거가 미흡하고, 실제 조사를 통해 확인할 수밖에 없다는 사유로 2025.5.21. 경정청구를 거부하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.4. 이의신청을 거쳐 2025.9.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 파주공장에서 경량 철골 등을 제조하고, 전문건설업 등록증을 보유하여 실내건축공사업을 함께 영위하고 있으며, 파주공장에서는 아연도강판이나 알루미늄을 원재료로 하는 경량 철골 및 천장재를 생산하여 제품의 대부분을 외부에 과세재화로 판매하고 있고, 일부 제품에 대해 청구법인의 건축공사 현장에서 건축자재로 사용하고 있으며, 건축공사 현장이 대부분 국민주택규모 이하에 해당하여, 청구법인이 제공한 용역은 부가가치세 면제공급분으로 신고하고, 어린이집 등의 경우 예외적으로 과세분으로 신고하고 있다. 청구법인이 공사를 시행할 때는 건설공사 표준 하도급 계약서를 작성하고, 해당 계약서에는 부가가치세 과세표준금액과 부가가치세 면제 공급가액이 구분되어 나타나며, 공장에서 생산된 과세 재화가 공사 현장별로 수불된 내역이 관리되고 있다. 부가가치세법상 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 재화의 매입세액은 실지 귀속이 불분명한 경우 안분계산하는 것이 원칙이나, 파주공장에서 제품생산을 위해 투입된 원재료 등의 매입세액 OOO원(공급가액 OOO원)은 과세 재화인 제품 생산에 직접 사용된 것이므로 실지 귀속이 명확하여 전액 공제 대상에 해당한다.

(2) 또한 파주공장에서 생산된 제품 중 청구법인의 면세사업을 위하여 직접 사용된 부분은 부가가치세법상 재화의 자가공급에 해당하는바, 면세관련 매출세액 OOO원(공급가액 OOO원)을 과세표준 및 매출세액에 각각 포함하여 부가가치세를 납부해야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 청구법인이 생산한 제품은 과세재화로서 이를 자기의 면세 사업현장에 직접 사용·소비하였으므로 부가가치세법 제10조 제1항 에서 규정한 재화의 공급에 해당하는 것으로 보아 파주공장 매입세액 전액을 매입세액 공제하고, 면세사업 전용 자가공급에 해당하는 금액을 과세표준에 포함하는 것이 정당하다는 주장이나, 부가가치세법 제10조 제1항 에서의 자기의 사업과 관련하여 생산 또는 소비하는 경우에 이를 재화의 공급으로 의제하는 것의 취지는, 부가가치세가 최종소비자에게 전가가 예정된 간접소비세인데, 과세사업을 위하여 생산 또는 취득함으로써 그 매입세액을 공제받은 재화를 면세사업에 전용하는 경우에는 매출세액이 발생하지 아니하여 부가가치세의 전가가 중단됨으로, 이러한 경우의 사업자를 최종소비자의 지위에 있는 것과 마찬가지로 봄으로써 부가가치세의 기본구조를 유지하고, 아울러 다른 면세사업의 경우 그와 같은 재화를 공급받는 데 부가가치세를 부담하므로 그 사이에 과세의 형평을 유지하기 위한 데 있는 것이다. 부가가치세법 제10조 제1항 의 “면세 전용”이란, 사업자가 생산하거나 취득한 재화를 거래처에 판매하거나 용역제공 하려던 것을 자기의 면세사업을 위하여 사용·소비한 것을 의미하는 것이고, 이 경우 “자기의 면세사업을 위하여 사용·소비하는 것”이란 “생산⋅취득한 재화를 사용⋅소비하는 행위가 자사가 운영하는 동일한 사업장 내에서만” 이루어져 청구법인이 최종소비자가 되는 경우를 뜻하는 것인데, 청구법인의 경우 청구법인의 사업장에서 제품을 생산하여 이를 거래처의 사업장에 공급한 것으로 그 사실관계가 달라 “면세 전용” 규정 자체가 적용될 수 없는 것이다.

(2) 위 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 볼 때, 청구법인의 경우 본점사업장에서 청구법인의 다른 사업장으로 반출한 것이 아닌 타 사업자의 건설 현장으로 재화를 포함한 하나의 건설용역을 공급하는 것인바, “면세전용”을 적용할 여지가 없고, 청구법인은 과⋅면세 겸영사업자로 공통매입세액은 안분계산하여 매입세액 불공제함이 타당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 과⋅면세 겸영사업자인 청구법인이 매입한 원재료 중 청구법인의 면세사업에 직접 사용된 부분은 부가가치세법상 재화의 자가공급(면세전용)으로 보아 부가가치세를 과세하고, 청구법인의 과세사업에 관련된 매입세액은 전액 공제하여야 한다는 주장의 당부
  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구법인의 사업자 기본사항은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구법인 사업자 기본사항 (나) 청구법인은 2025.1.25. 과세재화에 투입된 원재료 등의 매입세액 OOO원을 매입세액 공제신청하고, 청구법인이 청구법인의 면세사업에 사용한 공급가액 OOO원(매출세액 OOO원)을 과세표준에 포함하여 경정청구하였으며, 청구법인의 2019년 제2기 부가가치세 당초 신고내용 및 경정청구 내용은 아래 <표2>와 같다. <표2> 당초 신고내용 및 경정청구 내용 (단위: 천원) (다) 청구법인은 부가가치세법상 과⋅면세 겸영사업자로, 부가가치세법 제40조 및 같은 법 시행령 제81조 제1항에 따라 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 따라 면세공급가액에 상당하는 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 신고⋅납부 해왔으며, 2019년 제2기 청구법인이 부가가치세 확정신고 및 경정청구 시 공통매입세액 정산하여 불공제한 내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 청구법인 2019년 제2기 공통매입세액 정산 내용 (단위: 천원)

(2) 청구인이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구인이 제출한 2019년 제2기 파주공장 매입내역(매입세액 OOO원)은 아래와 같다. < 그림삽입을 위한 여백 > <2019년 제2기 파주공장 매입내역> (나) 청구법인은 이의신청 당시 위 매입내역과 관련한 세금계산서 일부와 파주공장에 부과된 OOO전기요금청구서 내역 등을 제출하였다. (다) 청구법인은 청구법인의 면세사업에 직접 사용된 제품을 명확히 구분 관리하고 있다는 증빙으로 아래와 같이 공장생산 제품의 건설현장 투입 현황표 및 거래명세서를 제출하였다. <파주공장 생산품 중 건설현장에 투입된 제품 현황> <거래명세서 일부>

(3) 경기도 파주시장이 2003.5.16. 발행한 건설업등록증에 따르면, 청구법인은 건설산업기본법 제9조 에 따라 실내건축공사업을 업종으로 하여 등록한 건설업자임이 확인된다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 원재료를 매입하여 생산한 제품의 일부를 면세사업인 국민주택규모 이하의 건설현장에 사용하였고, 청구법인은 원재료 매입자료를 과⋅면세사업 중 어디에 사용되었는지를 구분할 수 있기 때문에 타사업자의 건설현장에 재화를 포함한 하나의 일체된 건설용역을 공급한 것이 아니므로, 청구법인이 구분한 것을 기준으로 부가가치세 매입세액 공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 청구법인은 부가가치세법상 과·면세 겸영사업자로서 건설사로부터 용역을 발주받아 원재료를 매입하여 생산한 제품에 인력·경비 등을 투입하여 면세사업인 국민주택 규모 이하 건설에 설치·시공 한 용역의 공급은 부가가치세법제10조 제1항에서 규정하는 면세전용에 해당하지 아니한 점(조심 2019서3737, 2020.11.23. 같은 뜻), 청구법인은 원재료를 매입하여 직접 면세사업에 사용한 것이 아니라 원재료를 매입하여 생산한 제품을 면세사업 또는 과세사업에 사용한 것이므로 원재료 매입단계에서는 면세매출에 직접 대응되는 원재료의 매입이 구분되지 아니한 점, 청구법인이 제시한 파주공장의 매입자료 등의 증빙자료만으로는 매입된 원재료가 바로 면세사업인 국민주택규모 이하의 건설현장에 투입된 것은 아니므로 면세매출에 구분⋅사용된 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등

(1) 부가가치세법 제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다. 제10조(재화 공급의 특례) ① 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화(이하 이 조에서 “자기생산ㆍ취득재화”라 한다)를 자기의 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 “면세사업등”이라 한다)을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 것은 재화의 공급으로 본다.

1. 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입 세액이 공제된 재화 제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것 제12조(용역 공급의 특례) ① 사업자가 자신의 용역을 자기의 사업을 위하여 대가를 받지 아니하고 공급함으로써 다른 사업자와의 과세형평이 침해되는 경우에는 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다. 이 경우 그 용역의 범위는 대통령령으로 정한다. 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급 받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입 하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입 세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영 (兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액 (이하 “공통매입세액”이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 “공통매입세액 안분기준”이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산 한다. (2) 부가가치세법 시행령 제25조(용역 공급의 범위) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 법 제11조에 따른 용역의 공급으로 본다.

1. 건설업의 경우 건설사업자가 건설자재의 전부 또는 일부를 부담하는 것

2. 자기가 주요자재를 전혀 부담하지 아니하고 상대방으로부터 인도 받은 재화를 단순히 가공만 해 주는 것

3. 산업상ㆍ상업상 또는 과학상의 지식ㆍ경험 또는 숙련에 관한 정보를 제공하는 것 제81조(공통매입세액 안분 계산) ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세 사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 재정경제부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세 공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. 면세사업등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 총공급가액

(3) 조세특례제한법 제106조(부가가치세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.

4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다) (4) 조세특례제한법 시행령 제106조(부가가치세 면제 등) ④ 법 제106조 제1항 제4호에서 “대통령 령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역”이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 주택법 제2조 제1호 에 따른 주택으로서 그 규모가 같은 조 제6호에 따른 국민주택규모(재정경제부령으로 정하는 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다) 이하인 주택

2. 제1호의 규정에 의한 주택의 건설용역으로서 건설산업기본법전기공사업법소방시설공사업법정보통신공사업법주택법하수도법가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것. 다만, 소방시설공사업법에 따른 소방공사감리업은 제외한다.

3. 제1호의 규정에 의한 주택의 설계용역으로서 건축사법, 전력 기술관리법, 소방시설공사업법, 기술사법엔지니어링 산업 진흥법에 따라 등록 또는 신고를 한 자가 공급하는 것

심판청구를 기각한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)