조합원 이자대납액 공통손금 해당 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2014.5.28. 설립된 주택재건축조합(시행사)으로 도시 및 주거환경정비법(이하 “도시정비법”이라 한다) 제35조에 따라 주택재건축정비사업을 진행하여 2022.3.23. 아파트의 준공을 인가받았고, 2019사업연도 및 2020사업연도 법인세를 신고하면서 청구법인이 이주대출금 이자로 금융회사에 지급한 금액 중 일반분양분에 해당하는 이자 OOO원(이하 “쟁점이자대납액”이라 한다)과 OOO원을 재건축사업에 필수적인 비용으로 보아 손금에 산입하였다가, 2021사업연도 법인세를 신고하면서 다시 위 대납액을 조합원귀속분으로 보아OOO원을 손금불산입하였다.
• 나. aa지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.4.6.부터 2023.5.15.까지 청구법인에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 2023.6.19. 일반분양분에 해당하는 이자대납액의 귀속시기가 잘못되었다고 보아 2019사업연도 및 2020사업연도에 손금불산입하고, 2021사업연도에 손금산입하는 것으로 하여 법인세를 경정․고지하였다.
• 다. 이후 청구법인은 2025.3.17. 쟁점이자대납액에 대하여 손금에 해당하여 2019사업연도 법인세 OOO원을 환급해 달라는 취지로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2025.5.28. 이주대출금 이자는 비수익사업(조합원분양)에 속하는 사업비로서 손금이 될 수 없는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 조사청의 증액경정에 대한 불복청구 기간은 도과하였으나, 당초 청구법인이 신고한 과세표준 및 세액을 한도로 경정청구할 수 있으므로(대법원 2024.6.27. 선고 2021두3999 판결), 이 건 경정청구거부처분에 대한 취소청구는 정당하다

(2) 이주비에 대한 금융비용은 청구법인이 조합원들의 조기 이주를 장려하기 위하여 금융기관으로부터 이주에 필요한 자금을 대출받도록 알선하고 이주비 이자는 정비사업비로 편성하여 금융기관에 납부하고 있는바, 이주비 이자는 정비사업 진행에 필수적인 비용으로서 정비사업조합이 정비사업비로 부담한 그 금융비용은 전체 재건축사업의 공통손금에 해당하므로, 이 건 경정청구 거부처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 조사청의 청구법인에 대한 세무조사 후 2023년 5월경 청구법인에 납부고지서가 도달하였으므로 심판청구일 현재 불복기간이 도과하였으므로 각하되어야 한다.

(2) 쟁점이자대납액은 조합원들의 대체주거에 필요한 자금을 금융회사로부터 대출받은 후 그에 따라 발생한 이자를 채무자인 조합원들이 아닌 청구법인이 대납한 것으로서, 온전히 조합원들의 이익을 위해 지출한 비용에 해당하고, 청구법인이 대납하지 않아도 정비사업을 수행함에 있어 장애가 되지 않는다고 할 것이므로 쟁점이자대납액을 정비사업에 통상적으로 필요한 비용이라고 보기 어려우며, 청구법인은 이주비대출 약정서 및 이주비 금융이자 조합 대납 결의 관련 회의록 등을 공문으로 요청하였으나 현재까지 제출하지 않고 있다.

• 가. 쟁점

① 이 건 심판청구가 적법한 것인지 여부

② 청구법인이 부담한 조합원의 기본이주비 대출 관련 이자대납액이 조합원분양 사업 및 일반분양 사업의 공통손금에 해당하는지 여부

• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 은행으로부터 대출받은 금액을 조합원들에게 이주비로 지급한 후, 청구법인이 은행에 지급한 2019～2020사업연도 이자를 주택재개발사업의 공통경비로 보아 그 중 수익사업분(45.52%) OOO원을 손금에 산입하여 법인세 신고를 하였다가, 2021사업연도에 모두 손금불산입하여 법인세를 신고하였고, 조사청이 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 이자의 귀속시기가 잘못되었다며 2019사업연도에 손금불산입하였으며, 이후 손금에 산입해 달라는 경정청구를 제기하였고, 거부되자 이 건 심판청구를 제기하였다. (나) 이주비 이자 관련 경정내역 및 손금산입 등 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구법인의 이주비 이자 관련 경정내역 및 손금산입 내역 등

○○○ (다) 청구법인은 이주비 이자 관련 계정별원장, 손익계산서 및 공사원가명세서 및 경정청구 처리결과 통지서 등을 제출하였고, 이 중 경정청구 처리결과 통지서상 처리사유는 아래 <표2>와 같다. <표2> 경정청구 처리결과 통지서상 처리사유 처리 사유: 조합원의 기본이주비 이자 대납액은 공통손금에 해당하지 않음 (라) 처분청은 경정청구 관련 보정 요구서, 경정청구 검토서 등을 제출하였고, 그 중 경정청구 검토서의 주요 내용은 아래 <표3>과 같다. <표3> 경정청구 검토서 중 주요내용(일부발췌) Ⅲ. 청구내용 검토:

○ (쟁점) 조합원을 대신하여 조합에서 대납한 이주비 이자액의 공통손금 해당 여부

○ (불복진행) 동 쟁점에 대해 현재 소송이 진행 중(서울고등법원에 계류 중)

○ (판단) 위 불복진행 내용과 같이 동일 쟁점사항에 대하여 현재 소송이 진행 중에 있고 당 조합에 이주비 이자 지급 관련 조합회의록 및 대출약정서 등을 세무대리인에게 요구하였으나, 자료 제출이 어렵다고 회신해 주어 본 건 기각처리 타당

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 2023.6.19. 청구법인에 납부고지서가 도달된 후 90일이 경과하여 심판청구를 제기하였으므로 이 건 심판청구는 부적법하여 각하되어야 한다는 의견이나, 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세자가 그 후 이루어진 과세관청의 결정이나 경정으로 인한 처분에 대하여 소정의 불복기간 내에 다투지 아니하였더라도 5년의 경정청구기간 내에서는 경정청구권을 행사하는 데에는 아무런 영향이 없고(대법원 2014.6.26. 선고 2012두12822 판결, 같은 뜻임), 납세자는 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송에서 당초 신고에 대한 과다신고사유뿐만 아니라 과세관청의 증액경정사유도 함께 주장하여 다툴 수 있으며, 증액경정처분에 대한 불복기간이 경과한 경우에는 당초 신고한 과세표준 및 세액을 한도로 하여 취소를 구할 수 있다고 할 것인바(대법원 2024.6.27. 선고 2021두39997 판결, 같은 뜻임), 청구법인은 2019사업연도 법인세를 2020.3.31. 처분청에 신고하였음이 명백한 점 등에 비추어, 청구법인은 당초 신고한 과세표준 및 세액을 한도로 경정청구할 수 있으므로, 처분청의 경정청구 거부처분에 대하여 청구법인이 제기한 이 건 심판청구는 적법한 것으로 판단된다. (나) 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점이자대납액이 비수익사업만을 위해 지출하는 비수익사업의 개별손금이 아닌 재건축정비사업의 공통손금에 해당한다고 주장하나, 쟁점이자대납액은 조합원이 대체주거지를 찾는 등 이주에 필요한 자금을 금융기관과의 대출약정을 통해 차입하고 그에 따라 발생한 이자를 채무자인 조합원을 대신하여 청구법인이 우선 납부한 것으로 온전히 조합원의 이익을 위하여 지출한 비용에 해당하고, 청구법인이 조합원이 납부하여야 할 이주대출금이자를 대신 납부하지 아니한다 하더라도 정비사업을 수행함에 있어 장애가 되지 않는다 할 것이므로 쟁점이자대납액을 재건축 정비사업에 통상적으로 필요한 비용이라고 보기 어려운 점, 쟁점이자대납액이 조합원분양 대상인 조합원을 위하여 지출한 것으로, 일반분양분(수익사업)과 무관한 것임에도 이를 전체 공통비용으로 보게 되면 수익․비용의 대응 원칙에도 부합하지 아니하는 점, 실제 다양한 재건축․재개발사업장의 경우 개별 여건 및 상황에 따라 이주대출금이자를 부담한 주체가 달라서 당해 이자에 대한 회계처리가 각기 상이함에도 이 건과 같이 재건축 정비사업조합이 부담한 경우만 이자대납액을 통상적으로 부담하는 사업비로서 공통경비라고 주장하는 것은 불합리해 보이는 점 등에 비추어, 쟁점이자대납액은 재건축 정비사업의 공통경비에 해당한다고 보기는 어려우므로(조심 2024서3030, 2024.8.26. 외 다수, 같은 뜻임), 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본 법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 국세기본법 제22조의3(경정 등의 효력) ① 세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정(更正)은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

② 세법에 따라 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정으로 감소되는 세액 외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

(2) 조세특례제한법 제104조의7(정비사업조합에 대한 과세특례) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 조합(이하 이 조에서 “정비사업조합”이라 한다)에 대해서는 법인세법 제2조 에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아 법인세법(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다. 이 경우 전환정비사업조합은 제1항 단서에 따라 신고한 경우만 해당한다.

1. 도시 및 주거환경정비법 제35조 에 따라 설립된 조합(전환정비사업조합을 포함한다) (3) 조세특례제한법 시행령 제104조의4 (정비사업조합의 수익사업의 범위) 법 제104조의7 제2항을 적용할 때 정비사업조합이 도시 및 주거환경정비법에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 법인세법 제4조 제3항 에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다.

(4) 법인세법 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산: 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액 제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. (5) 법인세법 시행령 제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

2. 자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산：원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액