쟁점수익 및 쟁점비용을 청구법인들의 공동사업수익 및 공동경비로 보아 이를 조정하여 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)은 1993.9.28. 개업하여 인천광역시 서구 OOO에서 일반합판 등 도매업을 영위하는 법인이고, 청구법인 주식회사 B(이하 “B”이라 하고, A과 함께 언급할 때에는 “청구법인들”이라 한다)은 2006.9.21. 개업하여 A과 같은 장소에서 같은 업종을 영위하고 있으며, A과 B의 대표자는 동일하다.
• 나. 청구법인들은 2020년 12월경 C 주식회사(이하 “C”이라 한다)에 각자 소유하던 토지(인천광역시 서구 OOO 외 8필지, 24,920.5㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 약 OOO원에 양도하였고, C은 매매대금과 별도로 건축허가 및 사업시행자 지위 이전에 따른 대가로 청구법인들에게 OOO원(이하 “쟁점수익”이라 한다)을 지급하기로 약정하였으며, A은 쟁점수익을 전액 수취하여 C에게 세금계산서를 발급하였고, 쟁점수익을 영업외수익으로 계상하였다.
• 다. 한편 A은 쟁점토지에 대해 물류센터 건축허가 과정에서 발생한 비용과 쟁점토지 매매 관련 중개수수료 합계 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)을 전액 지급하고 비용으로 계상하였다.
• 라. OO 지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.6.18.부터 2024.8.30.까지 청구법인들에 대하여 2019～2022사업연도를 조사대상기간으로 법인세 통합조사를 실시한 결과, B이 쟁점수익 중 쟁점토지의 매매가액 비율만큼 수익을 누락한 것으로 보아 영업외수익 OOO원을 익금산입(기타사외유출)으로 세무조정하고, A이 쟁점비용에 대하여 원래 부담하여야 할 금액을 초과하여 부담한 것으로 보아 A에게 OOO원을 손금불산입(기타사외유출)으로 세무조정하여 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 2024년 9월경 A에게 2020사업연도 법인세 OOO원을, B에게 2020사업연도 법인세 OOO원을 각각 경정․고지하였다.
• 마. 이후 A은 2024.11.6. 처분청에 2020사업연도 법인세 계산 시 과다계상된 공동수익(B에 익금산입 소득처분된 금액) OOO원을 익금불산입하여 2020사업연도 법인세 OOO원을, B도 같은 날 처분청에 2020사업연도 법인세 계산 시 과소계상된 공동비용(A의 손금불산입된 공동경비 초과부담금액) OOO원을 손금산입하여 2020사업연도 법인세 OOO원을 환급해달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 A이 B에게 OOO원을 지급하지 않아 B로부터 자산수증이익이 발생하였고, B이 공통비용 OOO원을 부담하였다는 증빙을 제출하지 않았다는 이유로 2024.12.3. 청구법인들의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다.
• 바. 청구법인들은 이에 불복하여 2025.2.24. 이의신청을 거쳐 2025.7.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인들 주장

(1) 조사청은 공통비용만 A의 손금불산입으로 결정하였고, 이에 따라 A의 지출 대비 수익이 과다계상되었으며, B은 지출 없이 수익만 인식하게 되었다. (가) A과 B은 해당 사업에서 발생하는 수익 및 비용에 대하여 A이 이를 모두 수령한다거나 부담한다는 약정을 맺은 사실이 없었고, A이 인식한 수익과 비용을 B의 지분만큼 안분하여 분배하였어야 하나 A의 담당자가 실수로 이를 누락하였다. (나) 과거부터 청구법인들은 공동으로 사업을 영위하면서 적정 분배 비율에 의하여 수익이나 비용을 인식하여 왔고, 조사청의 세무조사 시에도 이 건 외에 공동수익이나 비용에 관한 경정사항이 없는 등 청구법인들은 조세를 부당히 감소시킬 의도가 아니라 단순하게 누락한 것이다.

(2) 조사청은 적정한 비율에 맞춰 A과 B의 쟁점수익과 쟁점비용을 분배하여야 함에도 단순히 A은 비용만 초과부담한 것으로, B은 영업외수익을 누락한 것으로 결정하였는바, A에게 손금불산입된 공통비용 OOO원에 대응하는 수익 OOO원에 대해서는 익금불산입으로 하고, B에게 익금산입된 공통수익 OOO원에 대응하는 비용 OOO원에 대해서는 손금산입으로 하여 청구법인들에게 부과된 법인세를 경정하는 것이 합리적이고 수익비용 대응의 원칙에도 부합한다.

• 나. 처분청 의견

(1) A은 쟁점수익을 B에게 지급하지 않고 전액 영업외수익으로 계상하였으므로 B이 관련 수익을 지급받지 않음으로써 A에게 이익을 분여한 것으로 보아 기타사외유출로 소득처분을 하였고, 이러한 수익은 A의 사업소득을 구성하는 것이며, 소득의 성격이 토지 매매 관련 수입에서 자산수증익으로 과목명만 변동될 뿐 과세표준과 세액에는 변동이 생기지 않으므로, 당초 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

(2) 법인이 당해 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생하거나 지출된 손비 중 법인세법제48조 제1항의 기준에 의한 분담금액을 초과하는 금액은 당해 법인의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 않고, 이 경우 당해 법인의 손금에 산입하지 않는 금액은 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위하는 다른 법인의 손금에 추가로 산입되지 않는 것이며(법인세과-534, 2010.6.10.), 쟁점비용은 A에서 전액 지급되었고 B이 부담한 금액은 없어 B은 순자산이 감소된 사실 또한 없으므로, B의 손금으로 보기 어려워 당초 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인 주식회사 A의 수익과 비용으로 계상된 쟁점수익 및 쟁점비용을 청구법인 A과 청구법인 B의 공동사업수익 및 공동경비로 보아 이를 조정하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인들과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인들의 사업자등록 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구법인들 사업자등록 내역

○○○ (나) 청구법인들의 주주 현황은 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구법인들의 주주 현황

○○○ (다) 이 건 경정청구거부처분과 관련한 이의신청 결정서상 청구법인들의 쟁점토지 취득 경위는 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점토지 취득 경위

○○○ (라) 청구법인들은 쟁점토지를 C에게 총 OOO원에 매매하였다(아래 <표4> 참조). <표4> 쟁점토지 매매 내역

○○○ (마) 처분청은 물류센터 설립 및 건축 허가와 관련한 매입세금계산서는 모두 A이 수취하였다며 쟁점비용 관련 세금계산서 등 수취 내역을 아래 <표5>와 같이 제출하였다. <표5> 쟁점비용 관련 세금계산서 등 수취 내역

○○○ (바) 처분청은 이 건 경정청구와 관련한 처분청의 경정청구 검토서를 제출하였고, 그 중 주요 내용은 아래 <표6>과 같다. <표6> 경정청구 검토서 중 주요 내용

○○○ (사) 처분청은 청구법인들이 공동사업에서 발생하는 수익 및 비용에 대하여 별도의 분배약정을 하지 않았다며 쟁점토지의 양도와 관련한 부동산매매계약서를 아래 <표7>과 같이 제출하였다. <표7> 쟁점토지 관련 부동산매매계약서(일부 발췌)

○○○ (아) 처분청은 청구법인들과 C 사이에 수수한 세금계산서 및 계산서를 정리하여 아래 <표8>과 같이 제출하였다. <표8> 쟁점토지 관련 세금계산서 및 계산서

○○○ (자) 처분청은 청구법인들에게 세무조사 후 세무조사 결과통지를 하였고 그 주요 내용은 아래 <표9>와 같다. <표9> 법인세 세무조사 항목별 세부내역(발췌)

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인들은 A의 회계처리 담당자의 실수로 쟁점수익과 쟁점비용을 A에게 귀속시킨 것일 뿐이므로, 수익․비용 대응의 원칙에 따라 B에 익금산입된 금액은 A에게 익금불산입되어야 하고, 마찬가지로 A에게 손금불산입된 금액은 B에 손금산입되어야 한다고 주장하나, A과 B 사이에 쟁점수익과 쟁점비용에 관하여 별도로 분배하는 내용을 기재한 계약서 등이 존재하지 아니한 가운데, 쟁점수익은 B에 지급되지 아니하고 A에게 최종적으로 귀속되어 있어 A이 B로부터 증여받았다고도 볼 수 있는 점, 쟁점비용은 A이 전액 부담하였고 B에서 부담한 사실이 없어 B의 손금으로 산입할 수 없는 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 법인세법 제15조(익금의 범위) ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.

② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.

③ 수익의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제26조(과다경비 등의 손금불산입) 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

3. 여비(旅費) 및 교육ㆍ훈련비

4. 법인이 그 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 경영함에 따라 발생되거나 지출된 손비

5. 제1호부터 제4호까지에 규정된 것 외에 법인의 업무와 직접 관련이 적다고 인정되는 경비로서 대통령령으로 정하는 것 (2) 법인세법 시행령 제11조(수익의 범위) 법 제15조 제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

11. 그 밖의 수익으로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액 제48조(공동경비의 손금불산입) ① 법인이 해당 법인 외의 자와 동일한 조직, 자산, 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 다음 각 호의 기준에 따른 분담금액을 초과하는 금액은 해당 법인의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

2. 제1호 외의 경우로서 해당 조직, 자산, 사업 등에 관련되는 모든 법인 등(이하 이 항에서 "비출자공동사업자"라 한다)이 지출하는 비용에 대하여는 다음 각 목에 따른 기준

• 가. 비출자공동사업자 사이에 제2조 제8항 각 호의 어느 하나의 관계가 있는 경우: 직전 사업연도 또는 해당 사업연도의 매출액 총액과 총자산가액(한 공동사업자가 다른 공동사업자의 지분을 보유하고 있는 경우 그 주식의 장부가액은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 총액 중 법인이 선택하는 금액(선택하지 아니한 경우에는 직전 사업연도의 매출액 총액을 선택한 것으로 보며, 선택한 사업연도부터 연속하여 5개 사업연도 동안 적용하여야 한다)에서 해당 법인의 매출액(총자산가액 총액을 선택한 경우에는 총자산가액을 말한다)이 차지하는 비율. 다만, 공동행사비, 공동구매비, 자산의 공동경비 등 기획재정부령으로 정하는 손비에 대하여는 참석인원 수, 구매금액, 해당 자산의 소유지분ㆍ사용횟수 등 기획재정부령으로 정하는 기준에 따를 수 있다.
• 나. 가목 외의 경우: 비출자공동사업자 사이의 약정에 따른 분담비율. 다만, 해당 비율이 없는 경우에는 가목의 비율에 따른다.