쟁점주택이 종합부동산세 과세표준 합산배제 임대주택에 해당하는지 여부 등

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 인천광역시 OOO에서 2019년 2월에 설립되어 부동산 개발, 공급, 매매, 임대업을 영위하는 법인으로 2019.7.1. 서울특별시 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 매입하였으며, 2021.12.15. 쟁점주택을종합부동산세법제8조 제2항에 따른 종합부동산세 과세표준 합산대상에서 제외되는 합산배제 임대주택으로 신고하였다.
• 나. 처분청은 종합부동산세 합산배제 종합점검 자료 처리 시 청구법인이 쟁점주택에 대해 관할 구청장에게 2019.7.5., 처분청에 2019.3.7. 임대사업자 등록을 한 것으로 확인하고, 쟁점주택은 민간임대주택법 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택으로 종합부동산세법 시행령제3조 제1항 제2호 단서에 따라 합산배제 임대주택에 해당하지 아니한다고 보아, 2025.3.20. 청구법인에게 종합부동산세(농어촌특별세 포함) 2021년 귀속분 OOO원, 2022년 귀속분 OOO원, 2023년 귀속분 OOO원, 2024년 귀속분 OOO원을 각 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인의 쟁점주택은 민간임대주택에 관한 특별법제2조 제3호에서 정의 된 "민간매입임대주택"에 해당하고, 인천광역시 남동구청장에게 주택임대사업자로 등록하였으며, 처분청에도 주택임대업으로 사업자등록을 하였고, 합산 배제신고도 하였는바, 종합부동산세법 시행령제3조 제1항 제2호의 민간 매입임대주택에 대한 합산배제규정에 의하여 종합부동산세 합산배제대상에 해당한다.

(2) 합산배제요건에 미비한 점이 있어 대상이 되지 않는다고 하더라도 처분청은 당초 청구법인이 한 합산배제신청에 대해 5년 이상을 이의제기하지 않은 상황에서 이 건을 과세하는 것은 국세기본법제15조의 신의성실원칙에 위배된다 할 것이다. 청구법인은 2020년에 역삼세무서장에게 임대주택 합산배제신고를 하였고, 2021년에는 처분청에 합산배제신고를 하였으나 처분청은 아무런 이의를 제기하지 않고 합산배제로 처리하였으며, 이후 2022년과 2023년에는 처분청이 특별한 이의를 제기하지 않고 쟁점주택을 합산배제로 처리하였다. 2021년 당시에 합산배제신고가 받아들여지지 않았다면 해당 부동산을 처분하는 등의 조치를 취하였을 것이고, 처분청이 쟁점주택을 합산배제임대 주택으로 인정하고 합산배제로 처리하였으므로 이를 신뢰한 청구법인은 의무임대기간을 충족시키기 위해 계속 보유한 것이므로, 이 건 과세처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 쟁점주택은 민간임대주택에 관한 특별법제2조 제3호에 정의된 “민간매입임대주택”에 해당하고, 종합부동산세법 시행령제3조 제2항 제1호에 민간매입임대주택에 대한 합산배제 적용 규정이 있다. 종합부동산세의 합산배제를 적용받는 민간매입임대주택은 2018.3.31.까지 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 임대사업자 등록과 법인세법제111조에 따른 사업자 주택임대업 사업자등록을 한 주택에 한정하여 적용되나, 청구법인은 쟁점주택에 대해 인천광역시 남동구청장에게 2019.7.5. 임대사업자 등록을 하였고, 법인세법 제111조 에 따른 사업자등록은 2019.2.28. 등록하여 종합부동산세법 시행령제3조 제2항 제1호에 규정되어 있는 2018.3.31.을 경과하여 등록한 사업자등록이므로 쟁점주택은 종합부동산세법 시행 령 제3조 제2항 제1호에 해당하는 합산배제 임대주택에 해당하지 않는

• 다. (2) 청구법인은 과세관청이 청구법인의 종합부동산세 합산배제 신고를 받은 후 5년 이상 별다른 이의를 제기하지 않았던 상황에서 이 건 종합부동산세를 과세한 것은 국세기본법제15조의 신의성실원칙을 위반한 처분이라고 주장하나, 종합부동산세법 제17조 제2항 및 종합부동산세법 시행령 제9조 제2항 및 제3항에서는 종합부동산세 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 종합부동산세 신고서 및 그 첨부서류에 의하여 과세표준과 세액을 경정하도록 되어 있고, 국세기본법 제26조의2 에 따르면 국세의 부과제척기간은 5년으로 과세한 내역 중 부과제척기간 기산일이 제일 이른 시점인 2021년 6월 귀속분 종합부동산세의 부과제척기한은 2026.5.31.로 부당한 처분이라고 할 수 없으며, 쟁점주택과 같은 민간매입 임대주택의 합산배제 요건은 법령에 따라 정해져 있어 청구법인이 법령을 제대로 확인하였다면 쟁점주택은 합산배제 대상이 아니라는 것을 알 수 있었으므로, 이 건 처분이 신의성실의 원칙에 반한다고 볼 수 없다.

• 가. 쟁점

① 쟁점주택이 종합부동산세 과세표준 합산배제 임대주택에 해당하는지 여부

② 이 건 처분이 신의성실원칙에 위배되는지 여부

• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제26조의2[국세의 부과제척기간] ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[ 국제조세조정에 관한 법률 제2조 제1항 제1호 에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다. 제15조[신의ㆍ성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

(2) 종합부동산세법 제8조[과세표준] ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 민간임대주택, 공공주택 특별법에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택 제17조[결정과 경정] ① 관할세무서장 또는 납세지 관할 지방국세청장(이하 "관할지방국세청장"이라 한다)은 과세대상 누락, 위법 또는 착오 등으로 인하여 종합부동산세를 새로 부과할 필요가 있거나 이미 부과한 세액을 경정할 경우에는 다시 부과ㆍ징수할 수 있다.

② 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제16조 제3항에 따른 신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때에는 해당 연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

(3) 종합부동산세 시행령 제3조[합산배제 임대주택] ① 법 제8조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 공공주택 특별법 제4조 에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다) 또는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호 또는 제9호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 주택의 보유현황 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

1. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택과 공공주택 특별법 제2조 제1호 의2에 따른 공공건설임대주택(이하 이 조에서 "건설임대주택"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 공공주택 특별법 제49조 제4항 에 따라 임대보증금 또는 임대료(이하 이 항에서 "임대료 등"이라 한다)를 증액하는 경우에는 다목 전단을 적용하지 않으며, 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록 등"이라 한다)을 한 주택으로 한정한다.

2. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택과 공공주택 특별법 제2조 제1호 의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 "매입임대주택"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 공공주택 특별법 제49조 제4항 에 따라 임대료 등을 증액하는 경우에는 다목 전단을 적용하지 않으며, 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

(4) 민간임대주택에 관한 특별법 제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. "민간매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다. 제5조[임대사업자의 등록] ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다. 다만, 외국인은 국내에 체류하는 자로서 출입국관리법 제10조 의 체류자격에 따른 활동범위를 고려하여 대통령령으로 정하는 체류자격에 해당하는 경우에 한정하여 등록을 신청할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 청구법인에게 한 이 건 과세처분은 아래 <표1>·<표2>와 같다. <표1> 종합부동산세 ㅇㅇㅇ <표2> 농어촌특별세 ㅇㅇㅇ

(2) 청구법인은 쟁점주택에 대하여 관할 구청에 매입임대사업자 등록을, 처분청에 주택임대 사업자등록을 하였으며, 주요 내용은 아래 <표3>과 같다. <표3> 관할 구청과 처분청에 한 사업자등록 내용 ㅇㅇㅇ

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점주택이 종합부동산세 과세표준 합산배제 임대주택에 해당한다는 주장이나, 종합부동산세법 제8조 제2항 및 같은 법 시행령 제3조 제1항 제2호에서 합산배제 임대주택에 해당하기 위해서는 2018.3.31. 이전에 지방자치단체장 및 세무서장에게 주택임대사업자 등록을 하여야 하는바, 청구법인은 쟁점주택에 대하여 2019.7.5. 지방자치단체장에게 임대사업자 등록을 하고 2019.3.7. 세무서장에게 주택임대 사업자등록을 한 것으로 확인되므로, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②의 청구법인은 이 건 과세처분이 신의성실 원칙에 위배된다는 주장에 대하여 살펴보면, 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 먼저 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명했어야 할 것인데, 처분청이 청구법인의 신고를 이의 없이 시인한 것만으로는 쟁점주택이 종합부동산세 과세표준 합산대상에서 제외되는 합산배제 임대주택이라는 공적인 견해를 표명한 것으로 보기 어려우므로, 위와 같은 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.