쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

[주 문] OO 세무서장이 2025.2.14. 청구법인에게 한 부가가치세 합계 OOO원(2016년 제1기분 OOO원, 2016년 제2기분 OOO원, 2017 년 제1기분 OOO원, 2017년 제2기분 OOO원)의 부과처분은 주식회사 A이 청구법인에게 발급한 공급가액 합계 OOO원(2016년 제1기분 OOO원, 2016년 제2기분 OOO원, 2017년 제1기분 OOO원)과 관련된 매입세액을 공제하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 폐플라스틱 재활용 가공업을 영위하는 법인으로, 2016 년 제1기부터 2017년 제2기까지 부가가치세 과세기간 동안 아래 <표1>과 같이 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고 이를 반영하여 부가가치세를 신고․납부하였다. <표1> 쟁점세금계산서 수취 내역 (단위: 원)

○○○

• 나. 처분청은 OO 지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)으로부터 청구법인이 실물거래 없이 A으로부터 위장으로 쟁점①세금계산서를 수취하였다는 내용의 과세자료를 통보받았고, B에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인이 실물거래 없이 쟁점②세금계산서를 수취하였다고 보았으며, 2025.2.14. 청구법인에게 2016년 제1기분～2017년 제2기분 부가가치세 합계 OOO원(2016년 제1기분 OOO원, 2016년 제2기분 OOO원, 2017년 제1기분 OOO원, 2017년 제2기분 OOO원)을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.5.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) (쟁점①) 청구법인은 A으로부터 자재를 매입하면서 쟁점①세금계산서를 수취하였다. (가) 청구법인은 A으로부터 합성수지, PVC Resin, ABS원료, 사시스크랩 등을 실제로 매입하면서 자재를 입고할 때 차량번호, 품명, 총중량, 공차중량, 실중량, 중량시간, 인수량, 계량자 등을 세부적으로 기록한 계량확인서를 작성하여 거래하였고, 쟁점①세금계산서를 수취하면서 그 대금을 계좌이체, 당좌수표, 약속어음, 가계수표 등을 통해 지급하였다. (나) A의 실제 대표이사인 a(이하 “a”이라 한다)은 ‘A에 대한 세무조사 당시 서울남부구치소에 수감 중이어서 관련 서류를 제대로 제출하지 못함에 따라 선의의 거래처가 피해를 보았다’는 내용의 진술서를 작성하여 제출하였는데, a은 A이 허위로 세금계산서를 발급한 업체가 있고, 청구법인을 포함한 일부 업체는 정상적인 거래를 하여 세금계산서를 발급한 것으로 진술하였다. (다) 위 a의 진술과 같은 취지로, 서울서부지방법원은 청구법인 이 A으로부터 수취한 쟁점①세금계산서에 대하여 ① 관련자의 진술(b의 진술내용), ② 거래처가 독립적으로 작성한 구체적 자료의 존재(거래와 관련하여 구체적으로 정리한 문서, 계량확인서의 존재), ③ 대금지급을 증명할 수 있는 내역의 존재(계좌이체 송금확인증, 입금내역, 입금표 및 가계수표, 당좌수표, 약속어음) 등을 종합적으로 판단하여 실물거래가 실제 있는 것으로 사실관계를 확정하였고(서울서부지방법원 2019.9.25. 선고 OOO 판결), 위 판결은 서울고등법원 2020.8.20. 선고 OOO 판결, 대법원 2020.11.12. 선고 OOO 판결에서 그대로 확정되었다.

(2) (쟁점②) 청구법인이 쟁점②세금계산서를 수취한 것에 적극적인 부정행위가 있었다고 보아 10년의 국세부과 제척기간을 적용하여 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다. (가) 국세기본법제26조의2 제2항 및 조세범 처벌법제3조 제6항에서 부정행위는 납세자가 장부의 거짓 기장과 같은 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위로 국세를 포탈하거나 환급․공제받는 경유로 규정하고 있고, 이를 적용하려면 납세자에게 허위의 세금계산서로 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에 허위의 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서 상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고․납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고․납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 부가가치세 납세의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 할 것이다(대법원 2014.2.27. 선고 2013두19516 판결 외 다수). (나) B은 쟁점②세금계산서에 대하여 부가가치세를 적법하게 신고하며 모두 정상적으로 납부하였고, 이후 경정청구를 통해 매출세액을 환급받은 사실도 없으며, B이 체납하였다는 부가가치세는 B에 대한 세무조사에 따라 부과된 부가가치세이고, 청구법인은 쟁점②세금계산서에 대한 매입세액을 공제받으면서 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 인식이 전혀 없었다.

(3) 처분청의 의견에 대한 청구법인의 항변은 아래와 같다. (가) 처분청은 쟁점①세금계산서에 대한 대금이 청구법인 등에게 순환 송금되었다는 의견이나, a은 2015년 경 청구법인이 아닌 청구법인의 대표자인 b에게 개인적으로 어음을 할인하였고, 위 어음이 부도처리되어 크게 손실을 입게 되자 a이 이에 대한 손해배상으로 b에게 그 대금을 입금한 것이지 쟁점①세금계산서에 대한 순환송금이 아니다. (나) 또한 b이 어음관련 증빙서류가 없는 것은 2016.1.25. 청구법인의 사업장 대부분이 소실될 정도로 큰 화재를 입어 당시 사업장에 보관 중이던 어음관련 자료를 포함한 사업관련 서류 및 공장 전체가 소실되었기 때문이다. (다) 청구법인은 이 건 과세자료에 대한 최초 해명시 청구법인이 기재된 판결문을 제출하였고, 처분청은 위 판결문에서 ‘청구법인과 함께 동일한 사유로 과세자료로 통보받은 A의 거래처 C’에 대한 내용을 바탕으로 쟁점①세금계산서에 대한 실질 거래를 인정해 주지 않는 것이다.

• 나. 처분청 의견

(1) (쟁점①) 쟁점①세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 부과한 처분은 정당하다. (가) 조사청은 A에 대한 세무조사를 실시하여 A이 2016년 제1기부터 2017년 제1기까지 과세기간 동안 청구법인에게 발급한 공급가액 OOO원의 세금계산서 중 쟁점①세금계산서(공급가액 OOO원)를 가공으로 확정하여 처분청에 과세자료로 통보하였다. (나) 청구법인이 제시한 서울서부지방법원의 판결문에는 “계량확인서의 존재가 곧바로 실물거래를 증명하는 정규 증빙 자료가 되는 것은 아니나 대금증빙 등으로 실물거래가 전혀 존재하지 않았다고 보이지 않는다”라고 적시하여 정상거래의 가능성은 있으나 가공거래의 여지 없이 A과 거래가 정상이 확실하다는 것은 아니다. (다) 청구법인이 대금증빙으로 제출한 금융증빙은 조사청의 세무조사 과정에서 A이 다른 법인 계좌 또는 실행위자의 계좌를 거쳐 다시 청구법인에게 반환된 것이 확인되었고, 청구법인이 A에게 지급한 어음은 청구법인 대표자의 자녀(c)가 금융기관에 제시한 것으로 확인되었다. 청구법인은 송금확인증, 입금내역, 입금표 및 가계수표, 당좌수표, 약속어음으로 대금을 실제로 지급하였다고 하면서 그 대금이 다시 청구법인의 대표자나 그의 자녀에게 가는 자금흐름에 대하여 어떠한 언급도 하지 않았다.

(2) (쟁점②) 청구법인은 B로부터 사실과 다른 세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제받는 등 조세 포탈을 목적으로 부정행위를 하였음이 분명하다. (가) 처분청이 B에 대한 세무조사를 실시하는 과정에서 B의 대표자 d는 2018.10.25. 처분청에 출석하여 청구법인에게 실제 공급가액보다 30% 과다하게 세금계산서를 발급하여 사실과 다른 세금계산서를 발급하였음을 인정하였고, B은 위 조사결과에 따라 경정된 부가가치세 및 법인세를 전액 체납하였고, 그 체납세액은 시효완성으로 소멸되었다. (나) 국세기본법 시행령제12조의2 제1항에서는 사기나 그 밖의 부정한 행위에 대하여 조세범 처벌법제3조 제6항에 해당하는 행위라고 규정하고 있고, 위 조항 제4호에서는 “사기나 그 밖의 부정한 행위”는 재산의 은닉, 소득․수익․행위․거래의 조작 또는 은폐라고 규정한바, 청구법인은 조세포탈 목적으로 사실과 다른 쟁점②세금계산서를 수취하여 그 매입세액을 공제받았으므로 10년의 국세부과 제척기간을 적용한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 쟁점①세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

② 쟁점②세금계산서에 대하여 10년의 국세부과 제척기간을 적용하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부

• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1) A의 실제 대표자에 대한 형사소송(허위 세금계산서 교부 등) 판결 등은 아래와 같다. (가) 서울서부지방법원(OOO 등 병합)은 2019.9.25.A의 실제 대표자 a의 조세범 처벌법 위반 등에 대한 사건에 대하여 아래 <표2>와 같은 판결을 선고하였다. <표2> 판결문(서울서부지방법원, 1․23․27～28면)

○○○ (나) a은 2018.10.12. 서울남부구치소에서 아래 <표3>과 같은 진술서를 작성하였다. <표3> a의 진술서(발췌)

○○○

(2) 청구법인이 쟁점①세금계산서와 관련하여 제출한 자료는 아래와 같다. (가) 청구법인은 쟁점①세금계산서에 대하여 아래 <표4>와 같이 정리한 자료와 계량확인서, 입금표 및 약속어음 등을 제출하였다. <표4> A 입고 및 결제현황 (단위: ㎏, 원)

○○○ (나) 청구법인은 어음과 관련하여 a이 청구법인의 대표이사인 b에게 개인적으로 어음할인하였고, 그에 대한 증빙자료가 없는 것은 사업장의 화재로 당시 보관 중이던 자료를 소실하였다고 주장하면서 경기도 김포소방서장이 2023.8.4. 발급한 화재증명원(화재일시 2016.1.25. 00:53, 장소 청구법인)과 현장사진을 제출하였다. (다) 청구법인은 ‘C가 2016년 제1기부터 2017년 제1기까지 과세기간 동안 A으로부터 수취한 세금계산서에 대한 해명자료를 처분청에 제출하였고, 처분청은 C가 수취한 세금계산서에 대하여 과세하지 않았다’고 주장하면서 아래 <표5>와 같은 ‘해명자료에 대한 처리결과 통지서’를 제출하였다. <표5> 부가가치세 해명자료에 대한 처리결과 통지서

○○○

(3) 처분청이 쟁점①세금계산서와 관련하여 제출한 자료는 아래와 같다. (가) 처분청은 쟁점①세금계산서에 대한 대금이 A을 거쳐 청구법인, 청구법인의 대표자 및 청구법인 대표자 자녀에게 다시 반환되었다는 의견으로 아래 <표6>․<표7>과 같은 자료을 제시하였다. <표6> 계좌이체 내역(발췌) (단위: 원)

○○○ <표7> 약속어음 및 당좌수표 등 제시내역

○○○

(4) 쟁점②세금계산서와 관련된 내용은 아래와 같다. (가) 청구법인은 B이 부가가치세를 신고․납부하였고, 경정청구를 통해 부가가치세를 환급받은 사실이 없으므로 쟁점②세금계산서를 수취하면서 국가의 조세수입이 감소하게 될 것이라는 인식이 없었다고 주장한다. (나) 처분청은 세무조사의 결과에 따라 B에게 부과된 부가가치세(2016년 제2기～2017년 제2기) 및 법인세(2016～2017사업연도)가 체납되었고, 시효 완성으로 체납세액이 소멸하였다는 의견이며, 세무조사 시 B의 대표자 d가 처분청에 출석하여 진술한 자료를 제출하였다. <표8> B 대표자 d의 심문조서(발췌)

○○○

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 지급한 쟁점①세금계산서에 대한 대금이 청구법인의 대표자 등에게 다시 반환되어 쟁점①세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 의견이나, 법원은 A의 실제 대표자 a에 대한 형사소송(허위 세금계산서 발급)에서 청구법인이 제출한 ‘계량확인서 등의 거래내역’, ‘송금확인증 등의 대금지급에 대한 구체적인 내역 및 진술’ 등을 감안하여 청구법인과의 쟁점①세금계산서에 대한 거래를 실물이 전혀 존재하지 않았다고 보이지 않는 것으로 판결한 점, 청구법인은 위 소송 및 이 건 심판청구에서 동일한 자료를 제출하였을 것으로 보이는 점, 조사청이 가공거래로 보아 자료파생한 A의 거래처인 C의 경우에도 법원이 청구법인과 같은 취지로 판단하여 처분청은 해당 거래에 대하여 실물 거래가 있는 것으로 보아 부가가치세를 부과하지 않은 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점①세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 B이 쟁점②세금계산서와 관련한 부가가치세를 신고․납부하였으므로 쟁점②세금계산서를 수취함으로 인해 국가의 조세수입을 감소시킨다는 인식이 없었다고 주장하나, B 대표자 d의 심문조서에 따르면 청구법인은 쟁점②세금계산서에 대한 대금(부가가치세를 포함한 공급대가)을 지급한 사실이 없어 보이고, 설령 B이 쟁점②세금계산서와 관련한 부가가치세를 신고․납부하였다 하더라도 청구법인은 B에게 부가가치세 상당액을 지급하지 않으면서 실물 없이 과다하게 쟁점②세금계산서를 수취한바, 그로 인해 국가의 조세수입이 감소하게 될 것이라는 인식이 없었다고 단정하기 어려운 점, B은 쟁점②세금계산서를 발급하면서 해당 부가가치세액에 상당하는 금액을 국가에 납부하지 않기 위해 실물거래 없이 다른 세금계산서를 수취한 것으로 보이는 점 등에 비추어 위 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본 법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 국세기본법 제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다. 제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. (단서 생략)

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우: 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다.

3. 납세자가 부정행위를 하여 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우: 해당 가산세를 부과할 수 있는 날부터 10년

• 가. 소득세법 제81조의10 제1항 제4호
• 나. 법인세법 제75조의8 제1항 제4호
• 다. 부가가치세법 제60조 제2항 제2호, 같은 조 제3항 및 제4항 (2) 국세기본법 시행령 제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제2항 제2호 전단에서 "대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위"란 조세범 처벌법 제3조 제6항 에 해당하는 행위를 말한다.

(3) 부가가치세법 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(4) 조세범 처벌법 제3조(조세 포탈 등) ⑥ 제1항에서 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6. 조세특례제한법 제5조의2제1호 에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위