조정대상지역내 쟁점주택은 종부세 합산배제대상 임대주택에 해당하지 않음
조정대상지역내 쟁점주택은 종부세 합산배제대상 임대주택에 해당하지 않음
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 처분청에 2020.9.23. 쟁점주택에 대해 합산배제 신청을 하였고, 처분청은 이를 승인하여 종합부동산세를 부과하지 않다가 2024.11.19. 및 2024.11.22. 한꺼번에 2021년부터 2024년까지 과세기간에 대하여 과세한 이 건 처분은 신의성실의 원칙을 위반한 것이다. 청구법인의 합산배제 신청할 때 요건이 충족되지 않다는 것을 알았다면 청구법인은 주택임대업에 따른 실익이 없으므로 용도변경을 통하여 주택임대를 유지하지 않았을 것이다.
(2) 쟁점주택은 상가주택으로서 주택임대소득과 상가임대소득 모두 있었기 때문에 청구법인은 2018.12.5. 사업자등록 신청서에 부동산임대업으로 신청하였다. 2019년 1월경 청구법인이 소유한 4개의 상가주택(쟁점주택 포함)을 지방자치단체에 임대주택 등록을 신청하였으나 쟁점주택은 시가 OOO원이 넘는다는 이유로 등록이 되지 못하였고, 2020년 9월에 다시 지방자치단체에 쟁점주택을 임대주택으로 등록하였는바, 다가구주택은 각 호실별 기준시가 금액이 OOO원 이하일 경우 등록이 가능하였던 것인데 담당자의 착오로 등록이 늦어지게 되었다. 또한 청구법인은 쟁점주택의 임대소득으로 상가임대소득과 주택임대소득을 모두 성실히 신고하였다. 국세청 예규(서면인터넷방문상담5팀-633, 2008.3.24.)에서 세무서에 등록된 사업자번호로 임대주택에서 발생하는 수입금액 등을 세법이 정하는 바에 따라 성실히 신고하였다면 합산배제 임대주택에 해당한다고 되어 있으므로 쟁점주택도 예규에 따라 합산배제 주택으로 인정하는 것이 타당하다. 종합부동산세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30404호로 개정된 것, 이하 “개정시행령”이라 한다) 제3조가 개정되어 다가구주택의 합산배제 요건이 기존 세무서 사업자등록에서 세무서 사업자등록 및 시․군․구 임대주택 등록으로 변경되었는바, 부칙 제6조에서 다가구주택의 경우에는 경과조치 규정이 있어 개정에도 불구하고 종전의 규정을 따른다고 명시되어 있다. 종합부동산세법 시행령(2019.12.3. 대통령령 제30285호로 개정된 것, 이하 “개정전시행령”이라 한다) 제3조 제3항 에 따르면 다가구주택은 세무서 사업자등록만으로도 합산배제 요건을 충족한다. 청구법인은 2018.12.5. 쟁점주택에 대한 세무서 사업자등록을 하여 개정전시행령 제3조 제3항에 따라 합산배제 요건을 충족하였기 때문에 개정시행령을 적용하여 부과한 이 건 처분은 위법하다.
(3) 청구법인은 종전 개인사업자의 주택임대업을 포괄양수도로 승계하였기 때문에 개인사업자의 주택임대업 등록을 승계한 것이다. 2018.12.5. 법인 사업자등록시 착오가 발생하여 2020.9.8. 주택임대 사업자등록을 신고함으로써 이를 정정한 것으로 보아야 한다.
(3) 쟁점주택 소재지는 조정대상지역이므로 종합부동산세법 시행령(2020.8.7. 대통령령 제30921호로 개정된 것) 제3조 제8호 나목 2)에 따라 이미 공고된 조정대상지역의 경우 2020.6.17. 이후 사업자등록 등을 신청한 조정대상지역에 있는 장기일반민간임대주택은 합산배제대상 장기임대주택에서 제외하도록 규정하는바, 청구법인은 2020.9.8. 주택임대를 위하여 세무서 사업자등록(업종추가)을 하였고, 2020.9.16. 지방자치단체에 임대주택등록을 하였으므로 쟁점주택은 합산배제 대상으로 보기 어려우므로 이 건 처분은 정당하다.
(4) 청구법인은 쟁점주택에 대하여 종전 개인사업자의 주택임대업을 포괄양수도 한 것이므로 청구법인은 주택임대사업자라고 주장하나, 민간임대주택에 관한 특별법 및 종합부동산세법에는 임대주택의 포괄양수도 계약과 관련하여 임대사업자 등록 간주규정을 두고 있지 않으며, 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하더라도 사업자등록일의 소급 여부 등과 관련한 규정을 두고 있지 않으므로 2020.9.8. 청구법인이 주택임대 사업자등록 하기 전부터 소급하여 주택임대사업자로 볼 수 없다.
(1) 종합부동산세법(2020.8.18. 법률 제17478호로 개정된 것) 제8조(과세표준) ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액［과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 “1세대 1주택자”라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액］에서 6억원을 공제(납세의무자가 법인 또는 법인으로 보는 단체로서 제9조 제2항 각 호의 세율이 적용되는 경우는 제외한다)한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.
1. 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 민간임대주택, 공공주택 특별법에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택
③ 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장(이하 “관할세무서장”이라 한다)에게 해당 주택의 보유현황을 신고하여야 한다.
④ 제1항을 적용할 때 1주택(주택의 부속토지만을 소유한 경우는 제외한다)과 다른 주택의 부속토지(주택의 건물과 부속토지의 소유자가 다른 경우의 그 부속토지를 말한다)를 함께 소유하고 있는 경우에는 1세대 1주택자로 본다. (2) 종합부동산세법 시행령 (가) 2019.12.3. 대통령령 제30285호로 개정된 것 제3조(합산배제 임대주택) ① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이란 공공주택 특별법 제4조 에 따른 공공주택사업자 또는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자 (이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록 (이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.
③ 다가구주택 또는 다가구주택과 그 밖의 주택을 소유한 납세의무자가 주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우에는 그 사업자등록을 한 날에 임대사업자에 해당하는 것으로 본다.
④ 제3항의 규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구 임대주택이 제1항의 규정에 따른 요건을 갖춘 경우에는 법 제8조 제2항제1호의 규정에 따른 합산배제 임대주택으로 본다. (나) 2020.2.11. 대통령령 제30404호로 일부개정된 것 제3조(합산배제 임대주택) ① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이란 공공주택 특별법 제4조 에 따른 공공주택사업자 또는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자 (이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.
8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 1세대가 국내에 1주택 이상을 보유한 상태에서 새로 취득(제7항 제2호 또는 제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우의 취득은 제외한다)한 조정대상지역(주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역을 말한다. 이하 같다)에 있는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 주택(주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)을 취득하거나 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다]은 제외한다.
③ 삭제 <2020. 2. 11.>
④ 삭제 <2020. 2. 11.> 부칙 제6조(다가구주택 임대사업자 등록에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 종전의 제3조 제3항 및 제4항에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구주택이 합산배제 임대주택에 해당하는 경우에는 제3조 제3항 및 제4항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (다) 2020.8.7. 대통령령 제30921호로 개정된 것 제3조(합산배제 임대주택) ① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 공공주택 특별법 제4조 에 따른 공공주택사업자 또는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다. (중략)
8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 가목 1)부터 3)까지의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 나목 1) 또는 2)에 해당하는 주택의 경우는 제외한다.
2. 법인 또는 법인으로 보는 단체가 조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상지역의 경우 2020년 6월 17일을 말한다)이 지난 후에 사업자등록등을 신청(임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함하며, 제7항 제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우는 멸실된 주택에 대한 신청을 말한다)한 조정대상지역에 있는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택 (3) 주택법(2017.8.9. 법률 제14866호로 일부개정된 것) 제63조의2(조정대상지역의 지정 및 해제) ① 국토교통부장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역으로서 국토교통부령으로 정하는 기준을 충족하는 지역을 주거정책심의위원회의 심의를 거쳐 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)으로 지정할 수 있다. 이 경우 제1호에 해당하는 조정대상지역의 지정은 그 지정 목적을 달성할 수 있는 최소한의 범위로 한다. 부칙 제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다. 제2조(조정대상지역 지정에 관한 준비행위) ① 국토교통부장관은 이 법 시행 전에 제63조의2의 개정규정의 시행을 위하여 주거정책심의위원회의 심의를 거쳐 조정대상지역 예정지를 지정할 수 있다.
② 국토교통부장관이 제1항에 따라 조정대상지역 예정지를 지정하였을 때에는 지체 없이 이를 공고하고, 해당 지역을 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 해당 공고 내용을 통보하여야 한다.
③ 제1항에 따라 지정된 조정대상지역 예정지는 이 법 시행일에 제63조의2의 개정규정에 따른 조정대상지역으로 지정된 것으로 본다. (4) 민간임대주택에 관한 특별법 제2조(정의) 7. "임대사업자"란 공공주택 특별법 제4조 제1항 에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다. 제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.
② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.
3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택
③ 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하고자 할 경우 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다.
⑤ 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 제4항에서 정한 기간 내에 신고수리 여부 또는 민원 처리 관련 법령에 따른 처리기간의 연장을 신고인에게 통지하지 아니하면 그 기간(민원 처리 관련 법령에 따라 처리기간이 연장 또는 재연장된 경우에는 해당 처리기간을 말한다)이 끝난 날의 다음 날에 신고를 수리한 것으로 본다.
(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 쟁점주택 소재지인 서울특별시 용산구는 2017.11.10. 주택법(2017.8.9. 법률 제14866호로 일부개정된 것) 제63조의2에 따라 조정대상지역으로 지정되었고, 쟁점주택(연면적 491.53㎡)은 <표1>과 같이 지하1층∼지상4층의 다가구주택 및 제2종근린생활시설이며, 청구법인은 2018.12.5. a, b로부터 현물출자를 원인으로 하여 2018.12.27. 쟁점주택을 취득하였다. <표1> 쟁점주택 건축물 현황
○○○ 청구법인은 현물출자계약서 및 법인전환 실사보고서를 제출하였는바, 청구법인은 a, b가 보유한 쟁점주택을 포함하여 총 4개의 건물에 관한 일체의 권리와 의무 등을 포괄적으로 양수한 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 2018.12.24. 쟁점주택을 지점으로 하여 부동산임대업으로 사업자등록을 하였고, 2020.9.8. 주거용건물임대업을 업종에 추가하였으며, 청구법인의 본점 및 지점 사업자등록 이력은 아래 <표2>와 같고, 청구법인의 임대 사업자 등록증(등록 번호 OOO)에는 임대주택등록일이 2020.9.16.으로 기재되어 있다. <표2> 본･지점 사업자등록 이력
○○○ (다) 청구법인의 쟁점주택 관련 부가가치세 신고내역에는 면세사업수입금액[주거용 건물 임대업(장기임대 다가구주택)]으로 2018년 제2기 OOO원, 2019년 제1기～2020년 제2기 과세기간 동안 각 OOO원을 신고한 것으로 나타난다. (라) 청구법인은 2019.12.12. 및 2020.9.23. 2차례 임대주택 합산배제 신고서를 제출하였는바, 2019.12.12. 쟁점주택을 합산배제 임대주택으로 신고하지 않았고, 2020.9.23. 쟁점주택을 합산배제 임대주택으로 신고하였다. 처분청은 이 건 처분이 있기 전까지 청구법인에 대한 종합부동산세 결정 내역은 없는 것으로 나타난다. (마) 종합부동산세법 시행령제3조의 개정 내용은 아래 <표3>과 같고, 개정시행령 제3조 제3항 및 제4항 개정과 관련하여 2020년 개정세법 해설내용을 살펴보면, 개정취지는 다가구주택도 일반 임대주택과 같이 시군구 임대주택등록 의무화한 것으로 나타나고, 개정내용은 합산배제되는 다가구주택 임대등록 요건을 당초 세무서 사업자등록에서 시군구 임대주택등록을 추가한 것으로 나타난다. 위 개정규정은 2020.2.11. 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용하도록 하고 있으나, 경과조치로 종전규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구주택이 합산배제 임대주택에 해당하는 경우에는 개정규정에도 불구하고 종전규정에 따르도록 하고 있다. <표3> 개정시행령 제3조 제3항 및 제4항 개정 내용 종전 2019.12.3. 대통령령 제30285호로 개정된 것(개정전시행령) 개정 2020.2.11. 대통령령 제30404호로 개정된 것(개정시행령)
□ 합산배제되는 일반 임대주택 임대등록 요건 ① 세무서 사업자등록 ② 시군구 임대주택등록
□ 합산배제되는 다가구주택 임대등록 요건 ① 세무서 사업자등록
□ 합산배제되는 다가구주택의 임대등록 요건 합리화 (좌동) <추가> ② 시군구 임대주택등록
○ 2020.
2.
11. 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용 ※ 경과조치: 이 영 시행 전에 종전의 §3③ 및 ④에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구주택이 합산배제 임대주택에 해당하는 경우에는 §3③ 및 ④의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 따름 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건 대, 청구법인은 개정전시행령에 따라 합산배제 요건을 충족하고, 이 건 처분은 신의성실의 원칙을 위배하였다고 주장하나, 조세법률주의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장하거나 유추하는 것은 허용되지 아니하며 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정인 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 외 다수 같은 뜻임)하는 것인바, 청구법인은 개정시행령 시행(2020.2.11.) 이후인 2020.9.8. 주거용건물임대업 사업자등록을 한 사실이 확인되므로 개정전시행령 제3조에 의한 임대사업자로 볼 수 없는 점, 조정대상지역 내의 쟁점주택은 2020.6.17. 이후에 주택임대 사업자등록(2020.9.8.) 및 임대주택 등록(2020.9.16.)을 한 사실이 확인되므로 쟁점주택은 종합부동산세법 시행령제3조 제1항 제8호 나목 2)의 ‘종합부동산세 합산배제 대상에서 제외되는 임대주택’에 해당하는 점, 종합부동산세법에서 임대주택의 포괄양수도 계약과 관련한 임대사업자 등록 간주 규정이나 별도의 규정을 두고 있지 아니한 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점주택에 대하여 종합부동산세 합산배제 대상이 아닌 것으로 보아 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 또한, 신의성실의 원칙이 적용 되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적 견해 를 표명하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 것에 대하여 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰 하여 어떤 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분 을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과를 초래하여야 하는바, 청구법인이 쟁점주택에 대하여 합산배제 신청한 것은 종합부동산세의 과세표준과 세액의 확정을 위한 납세의무자의 과세관청에 대한 협력의무를 이행한 것으로서 처분청이 쟁점주택에 대하여 합산배제 대상이라는 취지의 공적인 견해를 표시하였다고 보기 어려운 점, 처분청이 국세부과제척기간 이내에 당초 결정 또는 경정에 오류가 있는 것을 발견한 때에는 다시 경정할 수 있는 점(조심 2007중3959, 2007.12.3. 같은 뜻임) 등에 비추어, 이 건 처분이 신의성실의 원칙을 위반하였다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
심판청구를 기각한다.