추계결정하여 법인세를 부과한 처분의 당부

[주 문] aa세무서장이 2025.1.7. 청구법인에게 한 2022사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 청구법인이 제시하는 회계장부 및 증명서류 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 각하한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 부동산업(주거용 건물 개발 및 공급업)을 목적으로 2020.2.14. 경기도 파주시 OOO에서 설립된 법인으로 처분청은 2024.8.16. 청구법인의 사업자등록을 직권으로 폐업 조치하였다.
• 나. 청구법인은 2022사업연도 법인세를 신고하지 않았는데, 처분청은 청구법인의 법인세 무신고에 대하여 법인세법 제66조 및 같은 법 시행령 제104조 등의 추계결정 방법에 따라 청구법인의 2022사업연도 수입금액을 OOO원, 소득금액을 OOO원으로 산정하여, 2025.1.7. 청구법인에게 2022사업연도 법인세 OOO원을 결정․고지하고, 법인세법 시행령 제106조 에 따라 동 소득금액을 청구법인 대표이사들의 재직기간으로 안분계산하여 A(2022.1.1.〜2022.7.15., OOO원)과 B(2022.2.15.〜2022.12.31., OOO원)에 대한 이익처분에 의한 상여로 각 소득처분하여 A․B에게 각 소득금액변동통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인의 부득이한 사정으로 2022사업연도 법인세를 신고하지 못한 것에 대하여, 처분청은 추계의 방법으로 법인세를 결정하였으나, 비치된 장부와 증명서류 등에 의해 소득금액 계산이 가능하므로 이 건 법인세 부과처분은 실지조사에 의해 경정되어야 한다. (가) 청구법인은 경기도 남양주시 OOO외 1필지 지상에 OOO(40호실, 이하 “쟁점오피스텔”이라 한다)을 신축하여 2022년 1월 가사용 승인을 받았고, 같은 사업연도에 전체 호실의 소유권이 이전되었으나, 정상적으로 분양된 903호를 제외한 나머지 호실에 대해서는 채권자와 공사업체들의 채무상환 독촉에 따라 대물변제를 하였다. (나) 청구법인에서 보관하고 있는 하도급계약서․금융거래내역 등을 근거로 2022사업연도의 회계처리를 결산한 결과, 제출한 재무제표의 내용과 같이 당기순손실 OOO원이 발생되었을 뿐만 아니라, 정상적으로 분양된 903호의 분양가액이 OOO원인 점, 쟁점오피스텔의 대부분은 대물변제로 소유권이 이전된 점 등을 감안할 때 처분청이 산정한 수입금액도 실제 발생한 수입금액을 초과한다. (2) 청구법인의 공동대표자 중 B은 명의만 대여한 사실이 관련 증빙에 의해 명확히 확인되므로 이 건 인정상여 소득처분에 의한 소득금액변동통지는 취소되어야 한다. 2022.2.15. B이 공동대표로 등재된 이유는 쟁점오피스텔 신축과 관련된 대출실행을 목적으로 명의만 빌려준 것으로서 실제 법인의 경영에 관여한 바가 없다. (가) B의 주민등록초본 내용을 보면, 2022사업연도 이전부터 최근까지 계속하여 전라남도 OOO에 거주한 자임을 알 수 있고, 청구법인의 운영에 일체 관여하거나 아는 바가 없다. (나) B과 청구법인이 관련이 없다는 사실은 거래처를 통해 언제든지 확인할 수 있으며, 더욱이 B이 청구법인으로부터 수령한 급여가 없었던 점은 청구법인을 실질적으로 운영한 사실이 없음을 뒷받침하는 명백한 근거라 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 이 건 법인세 부과처분이 있기 전까지 기한 후 신고를 이행하지 아니하다가 이 건 심판청구 이후 2025.9.12.에 이르러서야 재무상태표, 손익계산서(결손 OOO원), 공사원가명세서, 합계잔액시산표, 하도급 공사계약 요약표, 계정별원장을 제시하며 실지조사에 의하여 소득금액을 경정할 것을 주장하나, 법인 장부의 구성은 회계처리 자료와 그 회계처리를 위한 증빙자료로 이루어지는데, 청구법인이 2025.9.12. 제출한 자료만으로는 청구법인이 신고한 소득금액 등의 적정 여부를 검증할 수 없다. 국세청 전산망으로 확인가능한 주요경비인 매입 전자세금계산서 공급가액인 OOO원과 청구법인이 제출한 장부상 공사원가 OOO원과의 차이가 크나, 청구법인은 대금지급과 관련한 객관적 금융증빙 등 회계처리의 근거가 되는 증빙자료는 보유하지 않은 것으로 보이고, 청구법인이 제출한 자료는 공사비용을 언제, 어떠한 방식으로 지급하였는지, 누구의 소득으로 귀속되었는지 등 거래사실을 구체적으로 입증할만한 객관적 자료에 해당하지 않으므로 동 자료를 통해 청구법인이 신고한 소득금액의 적정 여부를 검증하기 어렵다. (2) 청구법인은 B이 대출실행을 위하여 명의만을 대여한 형식상 대표이사일 뿐 청구법인의 운영에 일체 관여한 바가 없다고 주장하면서 B이 청구법인으로부터 수령한 급여가 없고 청구법인의 소재지와는 거리가 먼 전라남도 OOO에 계속하여 거주하였다는 근거를 제시하고 있으나, 청구법인이 항변서와 함께 제출한 계정별원장을 통해 ‘B(대표) 급여’로 OOO원을 지급하였다는 사실이 확인되고, 국세청 전산망을 통해 청구법인이 제출한 근로소득지급명세서(소득자 B)와 원천세 신고서(2022년 2월 OOO원․3월 OOO원․4월 OOO원․5월 OOO원․6월 OOO원․7월 OOO원, 총 지급액 OOO원)를 보면, 근로소득 내용도 확인되며, 청구법인이 대물변제로 소유권이 이전되었다고 주장하는 오피스텔 40개 호실 중 7개 호실은 B 본인에게, 3개 호실은 B의 누나인 C에게, 7개 호실은 B의 조카인 D에게 2022.7.15. 소유권이 이전된 사실이 건물등기부등본을 통해 확인되는바, 청구법인의 40개 호실 중 17개 호실이 B 본인과 친인척에게 소유권이 이전된 사실과 국세청 전산망 및 청구법인이 제출한 계정별원장을 통해 확인되는 B 급여 지급 사실을 통해 B이 청구법인 운영에 일체 관여하였거나 아는 바가 없다는 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁점

① 청구법인의 2022사업연도 사업소득금액을 추계결정하여 법인세를 부과한 처분의 당부

② B은 공동대표자로 명의만 대여하였으므로 인정상여 소득처분이 부당하다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다.

(2) 법인세법 제66조(결정 및 경정)

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다. 제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 국세기본법 제45조 에 따른 수정신고 제68조(추계에 의한 과세표준 및 세액계산의 특례) 제66조 제3항 단서에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 추계하는 경우에는 제13조 제1항 제1호, 제18조의4 및 제57조를 적용하지 아니한다. 다만, 천재지변 등으로 장부나 그 밖의 증명서류가 멸실되어 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계하는 경우에는 그러하지 아니하다. (3) 법인세법 시행령 제104조(추계결정 및 경정)

① 법 제66조 제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산할 때 필요한 장부 또는 증명서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량ㆍ전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제66조 제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다.

1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

• 가. 매입비용(사업용 유형자산 및 무형자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용 유형자산 및 무형자산에 대한 임차료로서 증명서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액
• 나. 대표자 및 임원 또는 직원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증명서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액
• 다. 사업수입금액에 소득세법 시행령 제145조 의 규정에 의한 기준경비율(이하 "기준경비율"이라 한다)을 곱하여 계산한 금액

2. 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재지변 등으로 장부나 그 밖의 증명서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 고려하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준신고 후에 장부나 그 밖의 증명서류가 멸실된 때에는 법 제60조에 따른 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준신고 전에 장부나 그 밖의 증명서류가 멸실된 때에는 직전 사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다.

3. 조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 가목에 따른 소기업이 폐업한 때(조세탈루혐의가 있다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우는 제외한다)에는 다음 각 목에 따라 계산한 금액 중 적은 금액을 과세표준으로 하여 결정 또는 경정하는 방법

• 가. 수입금액에서 수입금액에 소득세법 시행령 제145조 에 따른 단순경비율을 곱한 금액을 뺀 금액
• 나. 수입금액에 직전 사업연도의 소득률을 곱하여 계산한 금액
• 다. 제1호의 방법에 따라 계산한 금액

③ 법 제66조 제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 제2항에 따라 계산한 금액에 다음 각 호의 금액을 더한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정한다.

1. 제11조(제1호는 제외한다)의 수익(비영리법인의 경우에는 법 제4조 제3항에 따른 수익사업에서 생기는 수익으로 한정하며, 이하 이 호에서 "사업외수익"이라 한다)의 금액에서 다음 각 목의 금액을 차감한 금액

• 가. 사업외수익에 직접 대응되고 증명서류나 객관적인 자료에 의하여 확인되는 원가상당액
• 나. 사업외수익에 해당 사업연도 중에 지출한 손비 중 환입된 금액이 포함된 경우에는 그 금액
• 다. 부동산을 임대하는 법인의 수입이자가 사업외수익에 포함된 경우에는 부동산임대에 의한 전세금 또는 임대보증금에 대한 수입이자 상당액

2. 특수관계인과의 거래에서 제88조 및 제89조에 따라 익금에 산입하는 금액 제105조(추계결정ㆍ경정 시의 사업수입금액계산) ② 제1항에 따라 수입금액을 추계결정 또는 경정한 경우에도 법인이 비치한 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 있는 경우에는 해당 사업연도의 과세표준과 세액은 실지조사에 의하여 결정 또는 경정하여야 한다. 제106조(소득처분) ② 제104조 제2항에 따라 결정된 과세표준과 법인의 재무상태표상의 당기순이익과의 차액(법인세상당액을 공제하지 않은 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다. 다만, 법 제68조 단서에 해당하는 경우에는 이를 기타 사외유출로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제출한 법인세 결정결의서 등 심리자료를 보면, 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 처분청은 청구법인의 2022사업연도 법인세 무신고에 대하여 법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호 가목(단순경비율)에 따른 방법으로 법인세를 추계․결정한 것으로 보이는데, 관련 검토서 및 법인세 결정결의서 세부내용은 아래 <표1>․<표2>와 같다. <표1> 법인세 무신고법인 검토서 ㅇㅇㅇ <표2> 법인세 결정결의서 ㅇㅇㅇ (나) 청구법인의 등기사항전부증명서를 보면, 청구법인의 대표이사는 2022.1.1. 현재 A이었다가, 2022.2.15. B이 공동대표이사로 취임하였고, 이후 2022.7.15. 공동대표 규정을 폐지하여 B이 단독 대표이사가 된 것으로 나타난다. (다) 처분청은 위 <표2>의 법인세 결정․고지 후 소득금액에 대하여 법인세법 시행령 제106조 에 따라 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 소득처분 한 후, 청구법인의 폐업을 이유로 A(OOO원)과 B(OOO원)에게 각 소득금액변동통지(소득자통지용)를 하였다. (2) 청구법인이 제출한 회계장부 등 심리자료를 보면, 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 처분청이 결정한 청구법인의 2022사업연도 수입금액 대부분은 쟁점오피스텔 양도에 의한 것으로 보이는데, 청구법인이 제출한 쟁점오피스텔 양도내용은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점오피스텔 양도내용 ㅇㅇㅇ (나) 청구법인은 이 건 심판청구를 제기한 후 하도급계약서·금융거래내역 등을 근거로 하여 2022사업연도의 회계처리 내역(계정별원장, 재무상태표, 손익계산서 등)을 제출(결손)하였는데, 주요 내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 손익계산서 등 ㅇㅇㅇ (1) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 제출한 회계장부 등은 신뢰하기 어려워 단순경비율을 적용하여 추계로 과세한 처분이 정당하다는 의견이나, 소득금액산정은 실지조사방법이 원칙으로, 추계조사방법은 소득을 포착하기 위한 중요부분(장부나 증빙서류 등)이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고, 달리 소득의 실체를 밝힐 수 있는 마땅한 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이라 할 것인바, 청구법인이 제출한 회계장부 등을 그대로 인정하기 어려운 측면은 있으나, 청구법인의 수입금액 대부분이 쟁점오피스텔의 양도에 의한 것으로서 부동산등기부등본, 건축계약서 및 양도계약서 등에 의해 수입금액과 이에 대응되는 손금의 계산이 가능할 것으로 보이는 점, 청구법인은 거래명세, 금융거래내역 등과 같은 지출사실을 입증할 수 있는 자료들을 제시할 수 있다고 주장하는바, 이를 이용해 소득금액을 산정할 수 있다면, 소득금액의 추계 여부를 달리 판단할 가능성이 있어 보이는 점(특히, 처분청이 이 건 부과처분 시 산정한 단순경비율 추계방법은 공사원가 등을 전혀 반영하지 않고 있는 것으로 보인다) 등에 비추어, 처분청은 청구법인이 비치한 회계장부 및 그 밖의 증명서류 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다. (나) 다 음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 소득(상여)처분에 따른 소득금액변동통지는 외형적으로는 통지의 형식을 빌렸으나 그 실질은 법인에게 원천징수하는 소득세의 납세의무를 법률의 규정에 의하여 직접 확정시키는 것이므로 그 법적 성격은 부과처분과 유사한 것으로 볼 수 있어 법인에 대한 소득금액변동통지는 불복대상인 처분으로 보는 것이 타당하다 할 것이나OOO, 개인에 대한 소득금액변동통지는 이로 인하여 구체적인 납세의무를 확정시키는 별도의 관련 규정 등이 없으므로 통지 그 자체에 대해 부과처분의 성격을 갖는 것으로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 단지 소득세 등의 부과처분에 앞서 당해 개인의 소득금액이 변동되었음을 사전에 통보하는 통지행위에 불과하므로 심판청구의 대상이 되는 처분으로 볼 수 없는바, 청구법인이 청구법인의 대표자인 B에게 한 소득금액변동통지를 불복대상으로 하여 심판청구를 제기한 것은 불복청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하는 부적법한 청구에 해당된다고 판단된다(조심 2022서6294, 2022.9.22. 등, 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있거나 부적법하므로 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제1호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.